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課題

互いに異なる安定性及び/又は活性を示す、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体の提供。

解決手段

1)共通塩基配列及び長さ;2)骨格結合共通パターン;及び3)骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって,この組成物は,同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ調製物に比べて,特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるようにキラル制御され,前記骨格キラル中心の共通パターンは,5’から3’のRp(Sp)2を含み,前記複数のうちそれぞれのオリゴヌクレオチドは,5又はそれ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を有し,前記複数のうちそれぞれのオリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも50%は,Sp構造を有する組成物。

概要

背景

オリゴヌクレオチド治療上または診断上の研究およびナノマテリアルの応用に役立っている。自然発生した核酸(たとえば,未修飾DNAまたはRNA)はその細胞外および細胞ヌクレアーゼに対する不安定な性質および/または細胞透過および細胞分布がしにくい性質により治療での使用が限られている。さらに,生体外での研究ではアンチセンスオリゴヌクレオチドの特性である結合親和性相補的なRNAとの配列特異的結合,(Cosstick and Eckstein,1985;LaPlanche et al.,1986;Latimer et al.,1989;Hacia et al.,1994;Mesmaeker et al.,1995),ヌクレアーゼの安定性リン原子立体化学的絶対配置の影響を受けやすいと示されている。それゆえに,たとえば新たなアンチセンスオリゴヌクレオチド,siRNAオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物のような新しく改良されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物が必要とされている。

概要

互いに異なる安定性及び/又は活性を示す、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体の提供。1)共通塩基配列及び長さ;2)骨格結合共通パターン;及び3)骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって,この組成物は,同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ調製物に比べて,特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるようにキラル制御され,前記骨格キラル中心の共通パターンは,5’から3’のRp(Sp)2を含み,前記複数のうちそれぞれのオリゴヌクレオチドは,5又はそれ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を有し,前記複数のうちそれぞれのオリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも50%は,Sp構造を有する組成物。なし

目的

本発明は、興味あるオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体である新規化学的実体を提供する

効果

実績

技術文献被引用数
0件
牽制数
0件

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請求項1

1)共通塩基配列および長さ;2)骨格結合共通パターン;および3)骨格キラル中心の共通パターンを有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって,この組成物は,同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ調製物に比べて,特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるようにキラル制御され,前記骨格キラル中心の共通パターンは,5’から3’のRp(Sp)2を含み,前記複数のうちそれぞれのオリゴヌクレオチドは,5又はそれ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を有し,前記複数のうちそれぞれのオリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも50%は,Sp構造を有する組成物。

関連出願の相互参照

0001

本出願は、2014年1月16日に出願された米国特許仮出願第61/928,405号及び2014年10月13日に出願された同第62/063,359号の優先権を主張し、各出願の全文は、参照により本明細書に組み入れられるものとする。

背景技術

0002

オリゴヌクレオチド治療上または診断上の研究およびナノマテリアルの応用に役立っている。自然発生した核酸(たとえば,未修飾DNAまたはRNA)はその細胞外および細胞ヌクレアーゼに対する不安定な性質および/または細胞透過および細胞分布がしにくい性質により治療での使用が限られている。さらに,生体外での研究ではアンチセンスオリゴヌクレオチドの特性である結合親和性相補的なRNAとの配列特異的結合,(Cosstick and Eckstein,1985;LaPlanche et al.,1986;Latimer et al.,1989;Hacia et al.,1994;Mesmaeker et al.,1995),ヌクレアーゼの安定性リン原子立体化学的絶対配置の影響を受けやすいと示されている。それゆえに,たとえば新たなアンチセンスオリゴヌクレオチド,siRNAオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物のような新しく改良されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物が必要とされている。

0003

とりわけ、本発明は、ステレオランダムオリゴヌクレオチド調製物が、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心立体化学構造において互いに異なる複数の特異な化学的実体を含むという認識を包含する。さらに、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、関連するオリゴヌクレオチドの可能性のあるあらゆる立体異性体を含むことは通常はありそうにないという洞察を包含する。したがって、とりわけ、本発明は、興味あるオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体である新規な化学的実体を提供する。すなわち、本発明は、特定のオリゴヌクレオチド化合物が、その塩基配列、その長さ、その骨格結合パターン、およびその骨格キラル中心のパターンにより定義されてもよい、単一のオリゴヌクレオチド化合物の実質的に純粋な調製物を提供する。

0004

本発明は、とりわけ、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および/または活性を示し得ることを示す。さらに、本開示は、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル構造の含有および/または位置により実現される安定性の改善が、特定の修飾された骨格結合、塩基、および/または糖の使用により(例えば、特定のタイプの修飾されたリン酸エステル(phophates)、2’−修飾、塩基修飾などの使用により)実現される安定性の改善と同等か、またはそれよりもさらに良くなり得ることを示す。

0005

とりわけ、本発明は、オリゴヌクレオチドの特性および活性が、その骨格キラル中心のパターンを最適化することによって調節され得ることを認める。いくつかの実施形態において、本発明は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの安定性および/または生物活性予想外に大きく向上させる骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、増加した安定性をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに増加した活性をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、増加した安定性および活性をもたらす。いくつかの実施形態において、核酸高分子を切断するためにオリゴヌクレオチドが利用されるとき、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに単独で、標的核酸高分子切断パターンを変化させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、第2の部位での切断を効果的に防ぐ。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位を生み出す。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドに対して相補的である標的核酸高分子の配列内のただ1つの部位で標的核酸高分子が切断されるように、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位での切断効率を向上させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、標的核酸高分子の切断を改善する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、オフターゲット効果を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、一塩基多型(SNP)のみが異なる2つの標的配列間の切断選択性を増加させる。

0006

本出願で引用したすべての刊行物および特許文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

0007

定義
脂肪族:本明細書中で使用されるとき、「脂肪族」または「脂肪族基」という語は、他の分子へのひとつの結合点を有する、完全に飽和もしくは1つ以上の不飽和単位を含有する直鎖(すなわち、分岐でない)もしくは分岐鎖置換もしくは非置換炭化水素鎖、または完全に飽和もしくは1つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族でない単環式炭化水素もしくは多環式炭化水素(本明細書で、「炭素環」、「脂環式」または「シクロアルキル」とも呼ぶ)を意味する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1〜50個の脂肪族炭素原子を含む。特に指定しない限り、脂肪族基は、1〜10個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1〜6個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1〜5個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、1〜4個の脂肪族炭素原子を含む。更に他の実施形態では、脂肪族基は、1〜3個の脂肪族炭素原子を含み、更に他の実施形態では、脂肪族基は、1〜2個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、「脂環式」(または「炭素環」または「シクロアルキル」)は、他の分子へのひとつの結合点を有する、完全に飽和もしくは1つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族でない単環式もしくは二環式C3〜C10炭化水素を表す。いくつかの実施形態では、「脂環式」(または「炭素環」または「シクロアルキル」)は、他の分子へのひとつの結合点を有する、完全に飽和もしくは1つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族でない単環式C3〜C6炭化水素を表す。適切な脂肪族基としては、直鎖または分岐鎖、置換または非置換アルキル基アルケニル基アルキニル基、および(シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキルまたは(シクロアルキル)アルケニルなどのそれらの複合体が挙げられるが、これに限定されない。

0008

アルキレン:「アルキレン」という語は、二価アルキル基を表す。「アルキレン鎖」は、ポリメチレン基、すなわち、−(CH2)n−であり、式中、nは正整数、好ましくは、1〜6、1〜4、1〜3、1〜2、または2〜3である。置換アルキレン鎖は、1つ以上のメチレン水素原子が、置換基で置換されたポリメチレン基である。適切な置換基としては、置換脂肪族基について下に記載のものが挙げられる。

0009

アルケニレン:「アルケニレン」という語は、二価アルケニル基を表す。置換アルケニレン基は、1つ以上の水素原子が、置換基で置換された、少なくとも1つの二重結合を含有するポリメチレン基である。適切な置換基としては、置換脂肪族基について下に記載のものが挙げられる。

0010

動物:本明細書中で使用されるとき、「動物」という語は、動物界の任意の成員を表す。いくつかの実施形態では、「動物」は、発育の任意の段階における、ヒトを表す。いくつかの実施形態では、「動物」は、発育の任意の段階における、非ヒト動物を表す。特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類(例えば、げっ歯類マウスラットウサギサルイヌネコヒツジウシ霊長類、および/またはブタ)である。いくつかの実施形態では、動物としては、哺乳類、鳥類爬虫類両生類魚類、および/または蠕虫類を挙げられるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物遺伝子組み換え動物、および/またはクローンであり得る。

0011

およそ:本明細書中で使用されるとき、数を表すときの「およそ」または「約」という語は、一般に、特に明記もしくは特に文脈から明白でない限り(かかる数が、0%より小さいまたは100%超の可能な値である場合を除き)、該数のどちらの方向でも(より大きいまたはより小さい)、5%、10%、15%、または20%の範囲内に含まれる数を含むと考える。いくつかの実施形態では、投与量を表すときの「約」という語の使用は、±5mg/kg/日を意味する。

0012

アリール:単独でまたは「アラルキル」、「アラルコシ」、または「アリールオキシアルキル」として大きな部分の一部として使用される「アリール」という語は、構造の少なくとも1つの環が芳香族であり、構造の各環が3〜7環員を含む、全5〜14環員を有する単環式および二環式環構造を表す。「アリール」という語は、「アリール環」という語と、互換的に使用され得る。本発明の特定の実施形態では、「アリール」は、限定されないが、1つ以上の置換基を有してもよい、フェニルビフェニルナフチルアントラシル(anthracyl)などを含む芳香族環構造を表す。インダニル、フタルイミジルナフトイミジル(naphthimidyl)、フェナントリニル、またはテトラヒドロナフチルなどの、芳香族環が1つ以上の非芳香族環縮合している基も、本明細書で、「アリール」という語の範囲に含まれる。

0013

特徴的部分:本明細書中で使用されるとき、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的部分」という言い回しは、全体で、タンパク質またはポリペプチドの特徴である一続きアミノ酸、または一続きのアミノ酸の集合を含むものである。かかる各連続鎖は、一般に、少なくとも2つのアミノ酸を含むだろう。さらに、当業者は、通常、少なくとも、5、10、15、20またはそれ以上のアミノ酸が、タンパク質の特徴であるために必要であることを認識するだろう。一般に、特徴的部分は、上記特定の配列相同性に加えて、少なくとも1つの機能的特徴を、関連性ある無傷タンパク質共有する。

0014

特徴的配列:「特徴的配列」は、ポリペプチドまたは核酸のファミリーの全成員中で見られる配列であり、従って、該ファミリーの成員を定義するために、当業者により使用され得る。

0015

特徴的構造要素:「特徴的構造要素」という語は、ポリペプチド、小分子、または核酸のファミリーの全成員中で見られる、はっきりと区別できる構造要素(例えば、骨格構造懸垂部分の集合、配列要素、他)を表し、従って、該ファミリーの成員を定義するために、当業者により使用され得る。

0016

同等:「同等」という語は、得られた結果または観察された現象の比較を可能となるように、互いに十分似ている状態または環境の2つ(またはそれ以上)のセットを言い表すために、本明細書で使用される。いくつかの実施形態では、状態または環境の同等なセットは、複数の実質的に同じ特徴および1つまたは少数の変更された特徴により特徴付けられる。当業者は、実質的に同じ特徴の十分な数と型により特徴付けられ、異なるセットの状態または環境下で得られる結果または観察される現象における違いが、状態のセットが、変更されるそれらの特徴中の差異を原因とするまたは示すという合理的結論正当化できるとき、互いに同等であることを認識するだろう。

0017

投与計画:本明細書中で使用されるとき、「投与計画」または「治療レジメン」は、通常、ある期間により分けられて、対象に個別に投与される1組の単位用量(通常、1つ以上)を表す。いくつかの実施形態では、所与治療薬は、1つ以上の用量を含み得る所要投与計画を有する。いくつかの実施形態では、投与計画は、その各々が、同じ長さの期間により互いに分離した複数の用量を含み;いくつかの実施形態では、投与計画は、複数の用量および別々の用量を分ける少なくとも2つの異なる期間を含む。いくつかの実施形態では、投与計画内の全用量は、同じ単位投与量である。いくつかの実施形態では、投与計画内の異なる用量は、異なる量である。いくつかの実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1番目の用量、次いで、1番目の投与量と異なる2番目の用量で1つ以上の追加の用量を含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1番目の用量、次いで、1番目の投与量と同じ2番目の用量で1つ以上の追加の用量を含む。

0018

同等の薬剤:本開示を読んで、当業者は、本発明の文脈中の有用な薬剤の範囲が、本明細書で具体的に言及または例示したものに限定されないことを認識するだろう。具体的には、当業者は、活性剤が、通常、骨格および結合した懸垂部分から成る構造を有することを認識しており、従ってかかる骨格および/または懸垂部分の簡単な変更が、薬剤の活性を有意に変化させないことを理解するだろう。例えば、いくつかの実施形態では、同等の3次元構造および/または化学反応特性の基を有する1つ以上の懸垂部分の置換は、親の基準化合物または部分と同等の置換された化合物または部分を生成し得る。いくつかの実施形態では、1つ以上の懸垂部分の付加または分離は、親の基準化合物と同等な置換された化合物を生成し得る。いく つかの実施形態では、例えば、少数の結合(通常、5、4、3、2以下、または1つの結合、およびしばしば一重結合のみ)の付加または分離による骨格構造の変更は、親の基準化合物と同等置換された化合物を生成し得る。多くの実施形態では、同等の化合物は、例えば、容易に入手可能な物質試薬および従来または提供される合成手順を用いて、下記一般的反応スキームで示された方法、またはその変法により、合成され得る。これらの反応で、それ自体では既知であるが、ここで言及されない変更も利用可能である。

0019

同等の投与量:「同等の投与量」という語は、同じ生物学的結果をもたらす異なる薬剤的に活性な薬剤の投与量を比較するために、本明細書で使用される。2つの異なる薬剤の投与量は、もし、それらが、同等のレベルまたは程度の生物学的結果を達成するならば、本発明に従って、互いに「同等」であると見なされる。いくつかの実施形態では、本発明に従って使用される異なる医薬の同等の投与量は、本明細書で記載の生体外および/または生体内アッセイを用いて決定される。いくつかの実施形態では、本発明に従って使用される1つ以上のリソソーム活性剤は、基準リソソーム活性剤の用量と同等の用量で利用され;いくつかの実施形態では、かかる目的の基準リソソーム活性剤は、小分子アロステリック活性化剤(例えば、ピラゾロピリミジン類(pyrazolpyrimidines))、イミノ糖類(imminosugars)(例えば、イソファゴミン)、酸化防止剤(例えば、n−アセチルシステイン)、および細胞輸送制御因子(例えば、Rab1aポリペプチド)から成る群から選択される。

0020

ヘテロ脂肪族:「ヘテロ脂肪族」という語は、C、CH、CH2、またはCH3から選択される1つ以上の単位が、独立して、ヘテロ原子により置換された脂肪族基を表す。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。

0021

ヘテロアリール:単独でまたは大きな部分、例えば、「ヘテロアラルキル」、または「ヘテロアラルコシ」の一部として使用される「ヘテロアリール」および「ヘテロアル−」という語は、5〜10個の環原子、好ましくは、5個、6個、または9個の環原子を有し;環状配列中で共有される6個、10個、または14個のπ電子を有し;および炭素原子に加えて、1〜5個のヘテロ原子を有する基を表す。「ヘテロ原子」という語は、窒素酸素、または硫黄を表し、窒素もしくは硫黄のいずれの酸化形態も、およびいずれの塩基性窒素四級化形態も含む。ヘテロアリール基としては、チエニルフラニルピロリル、イミダゾリルピラゾリルトリアゾリルテトラゾリルオキサゾリルイソオキサゾリルオキサジアゾリルチアゾリルイソチアゾリルチアジアゾリル、ピリジルピリダジニルピリミジニルピラジニルインドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、およびプテリジニルが挙げられるが、これに限定されない。本明細書で、「ヘテロアリール」および「ヘテロアル−」という語は、ヘテロ芳香族環が、ラジカルまたは結合点が芳香族環上にある1つ以上のアリール、脂環式、またはヘテロシクリル環に縮合している基も含む。制限されない例としては、インドリルイソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリルベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリルキノリルイソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニルキノキサリニル、4H−キノリジニル、カルバゾリルアクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニルテトラヒドロイソキノリニル、およびピリド[2,3−b]−1,4−オキサジン−3(4H)−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式または二環式であり得る。「ヘテロアリール」という語は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、または「芳香族複素環」という語と互換的に使用され得、その語のいずれも、置換されていてもよい環を含む。「ヘテロアラルキル」という語は、ヘテロアリールにより置換されたアルキル基を表し、該アルキルおよびヘテロアリール部分は、独立して、置換されていてもよい。

0022

ヘテロ原子:「ヘテロ原子」という語は、1つ以上の酸素、硫黄、窒素、リンホウ素、セレンまたはケイ素(窒素、ホウ素、セレン、硫黄、リン、もしくはケイ素のいずれもの酸化形態;いずれもの塩基性窒素の四級化形態または;複素環、例えば、N(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリル中の)、NH(ピロリジニル中の)もしくはNR+(N−置換ピロリジニル中の)の置換可能な窒素を含む)を意味する。

0023

複素環:本明細書中で使用されるとき、「複素環(heterocycle)」、「ヘテロシクリル」、「複素環式ラジカル」、および「複素環(heterocyclic ring)」という語は、互換的に使用され、飽和あるいは部分的に不飽和であり、炭素原子に加えて、1つ以上の、好ましくは、1〜4個の上記のヘテロ原子を有する安定な3〜7員単環式または7〜10員二環式複素環式部分を表す。複素環の環原子を表すのに使用されるとき、「窒素」という語は、置換された窒素を含む。例えば、酸素、硫黄または窒素から選択される0〜3個のヘテロ原子を有する飽和または部分的に不飽和な環で、該窒素は、N(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリル中のような)、NH(ピロリジニル中のような)または+NR(N−置換ピロリジニル中のような)であり得る。

0024

複素環は、安定構造をもたらすいずれのヘテロ原子または炭素原子にあるその側基に結合され得、いずれの環原子も置換されていてもよい。かかる飽和または部分的に不飽和な複素環式ラジカルの例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフェニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニルピペラジニルジオキサニルジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、およびキヌクリジニルが挙げられるが、これに限定されない。「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、および「複素環式ラジカル」という用語は、本明細書で、互換的に使用され、インドリニル、3H−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロキノリニルなどの、ヘテロシクリル環が1つ以上のアリール基、ヘテロアリール基、または脂肪族環に縮合する基を含み、該ラジカルまたは結合点は、ヘテロシクリル環上にある。ヘテロシクリル環は、単環式または二環式であり得る。「ヘテロシクリルアルキル」という語は、ヘテロシクリルにより置換されたアルキル基を表し、該アルキルおよびヘテロシクリル部は、独立して、置換されていてもよい。

0025

腹腔内:本明細書中で使用されるとき、「腹腔内投与」および「腹腔内に投与された」という言い回しは、対象の腹膜中への化合物または組成物の投与を表すその技術分野で理解される意味を有する。

0026

生体外:本明細書中で使用されるとき、「生体外」という語は、生物(例えば、動物、植物、および/または微生物)内でなく、人工的環境、例えば、試験管または反応器中、細胞培養液中、その他で起こる事象を表す。

0027

生体内:本明細書で、「生体内」という語は、生物(例えば、動物、植物、および/または微生物)内で起こる事象を表す。

0028

低級アルキル:「低級アルキル」という語は、C1〜4直鎖または分岐鎖アルキル基を表す。実例として低級アルキル基は、メチルエチルプロピルイソプロピルブチルイソブチル、およびtert−ブチルである。

0029

低級ハロアルキル:「低級ハロアルキル」という語は、1つ以上のハロゲン原子で置換されたC1〜4直鎖または分岐鎖アルキル基を表す。

0030

置換されていてもよい:本明細書に記載されるとき、本発明の化合物は、「置換されていてもよい」部分を含み得る。一般に、「置換された」という語は、「してもよい」という語があるかないかに係わらず、該指定部分の1つ以上の水素が適切な置換基で置換されることを意味する。特に指示されない限り、「置換されていてもよい」基は、いずれかの所与の構造中の1つ以上の位置が、位置毎に同じあるいは異なり得るとき、該基の各置換可能な位置で適切な置換基を有し得る。本発明により考えられる置換基の組み合わせは、好ましくは、安定または化学的に有り得る化合物の生成をもたらすものである。本明細書中で使用されるとき、「安定」という語は、それらの製造、検出、および、特定の実施形態では、本明細書で開示の1つ以上の目的のそれらの回収、精製および使用を可能にする状態にあるとき、実質的に変化しない化合物を表す。

0031

「置換されていてもよい」基の置換可能な炭素原子上の適切な一価置換基は、独立して、ハロゲン;−(CH2)0〜4R○;−(CH2)0〜4OR○;−O(CH2)0〜4R○、−O−(CH2)0〜4C(O)OR○;−(CH2)0〜4CH(OR○)2;−(CH2)0〜4SR○;R○で置換されていてもよい(CH2)0〜4Ph;R○で置換されていてもよい(CH2)0〜4O(CH2)0〜1Ph;R○で置換されていてもよいCH=CHPh;R○で置換されていてもよい(CH2)0〜4O(CH2)0〜1−ピリジル;−NO2;−CN;−N3;(CH2)0〜4N(R○)2;−(CH2)0〜4N(R○)C(O)R○;−N(R○)C(S)R○;−(CH2)0〜4N(R○)C(O)NR○2;N(R○)C(S)NR○2;−(CH2)0〜4N(R○)C(O)OR○;−N(R○)N(R○)C(O)R○;N(R○)N(R○)C(O)NR○2;N(R○)N(R○)C(O)OR○;−(CH2)0〜4C(O)R○;−C(S)R○;−(CH2)0〜4C(O)OR○;−(CH2)0〜4C(O)SR○;(CH2)0〜4C(O)OSiR○3;−(CH2)0〜4OC(O)R○;−OC(O)(CH2)0〜4SR−、SC(S)SR○;−(CH2)0〜4SC(O)R○;−(CH2)0〜4C(O)NR○2;−C(S)NR○2;−C(S)SR○;−SC(S)SR○、(CH2)0〜4OC(O)NR○2;C(O)N(OR○)R○;−C(O)C(O)R○;−C(O)CH2C(O)R○;−C(NOR○)R○;(CH2)0〜4SSR○;−(CH2)0〜4S(O)2R○;−(CH2)0〜4S(O)2OR○;−(CH2)0〜4OS(O)2R○;−S(O)2NR○2;(CH2)0〜4S(O)R○;N(R○)S(O)2NR○2;−N(R○)S(O)2R○;−N(OR○)R○;−C(NH)NR○2;−P(O)2R○;P(O)R○2;OP(O)R○2;−OP(O)(OR○)2;−SiR○3;−(C1〜4直鎖または分岐鎖アルキレン)O−N(R○)2;または−(C1〜4直鎖または分岐鎖アルキレン)C(O)O−N(R○)2(式中、各R○は、下記のように置換されてもよく、独立して、水素、C1〜6脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0〜1Ph、−CH2−(5〜6員ヘテロアリール環)または5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環、または、上記定義にもかかわらず、独立して出現する2つのR○が、それらの介在する原子と一緒になって、下記のように置換されてもよく、独立して、窒素、酸素、もしくは硫黄から選択される0〜4個のヘテロ原子を有する3〜12員飽和、部分的に不飽和、もしくはアリール単環式もしくは二環式環を形成する)である。

0032

R○上の適切な一価置換基(または独立して出現する2つのR○が、それらの介在する原子と一緒になって形成する環)は、独立して、ハロゲン、−(CH2)0〜2R●、−(ハロR●)、−(CH2)0〜2OH、−(CH2)0〜2OR●、−(CH2)0〜2CH(OR●)2;O(ハロR●)、−CN、−N3、−(CH2)0〜2C(O)R●、−(CH2)0〜2C(O)OH、−(CH2)0〜2C(O)OR●、−(CH2)0〜2SR●、−(CH2)0〜2SH、−(CH2)0〜2NH2、−(CH2)0〜2NHR●、−(CH2)0〜2NR●2、−NO2、−SiR●3、−OSiR●3、C(O)SR●、−(C1〜4直鎖または分岐鎖アルキレン)C(O)OR●、または−SSR●(式中、各R●は非置換または、「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンでのみ置換され、および、独立して、C1〜4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0〜1Ph、または5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される)である。R○の飽和炭素原子上の適切な二価置換基としては、=Oおよび=Sが挙げられる。

0033

「置換されていてもよい」基の飽和炭素原子上の適切な二価置換基としては、次のもの:=O、=S、=NNR*2、=NNHC(O)R*、=NNHC(O)OR*、=NNHS(O)2R*、=NR*、=NOR*、−O(C(R*2))2〜3O−、または−S(C(R*2))2〜3S−(式中、独立して出現する各R*は、水素、下記の置換され得るC1〜6脂肪族、または非置換5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される)が挙げられる。「置換されていてもよい」基の隣接する置換可能な炭素に結合した適切な二価置換基として:−O(CR*2)2〜3O−(式中、独立して出現する各R*は、水素、下記の置換され得るC1〜6脂肪族、または非置換5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される)が挙げられる。

0034

R*の脂肪族基上の適切な置換基としては、ハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH2、−NHR●、−NR●2、または−NO2(式中、各R●は、非置換または、「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンにのみ置換され、および、独立して、C1〜4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0〜1Ph、または5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環である)が挙げられる。

0035

「置換されていてもよい」基の置換可能な窒素上の適切な置換基としては、−R†、−NR†2、−C(O)R†、−C(O)OR†、−C(O)C(O)R†、−C(O)CH2C(O)R†、−S(O)2R†、S(O)2NR†2、−C(S)NR†2、−C(NH)NR†2、または−N(R†)S(O)2R†;(式中、各R†は、独立して、ハロゲン、下記の置換され得るC1〜6脂肪族、非置換−OPh、または非置換5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環、または、上記定義にもかかわらず、独立して出現する2つのR†が、それらの介在する原子と一緒になって、独立して、窒素、酸素、もしくは硫黄から選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換3〜12員飽和、部分的に不飽和、もしくはアリール単環式もしくは二環式環を形成する)が挙げられる。

0036

R†の脂肪族基上の適切な置換基は、独立して、ハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH2、−NHR●、−NR●2、または−NO2(式中、各R●は、非置換または、「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンにのみ置換され、および、独立して、C1〜4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0〜1Ph、または5〜6員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有するアリール環である)である。

0037

経口:本明細書中で使用されるとき、「経口投与」および「経口的に投与した」という言い回しは、化合物または組成物の、口による投与を表し、その技術分野で理解される意味を有する。

0038

非経口:本明細書中で使用されるとき、「非経口投与」および「非経口的に投与した」という言い回しは、通常注射による、腸内および局所的投与でない投与方法を表す、その技術分野で理解される意味を有し、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内嚢内眼窩内心臓内、皮内、腹腔内、経気管内、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下脊髄内、および胸骨内注射および注入が挙げられるが、これに限定されない。

0039

部分的に不飽和:本明細書中で使用されるとき、「部分的に不飽和」という語は、少なくとも1つの二重結合または三重結合を含む環部分を表す。「部分的に不飽和」という語は、不飽和の複数部を有する環を包含することを意図するが、本明細書で定義したアリールまたはヘテロアリール部分を含むことを意図しない。

0040

中で使用されるときで、「医薬組成物」という語は、1つ以上の薬剤的に許容可能な担体と一緒に処方した活性剤を表す。いくつかの実施形態では、活性剤は、適切な集団に投与した時に、所定の治療効果を達成する統計的有意な確率を示す治療レジメンでの投与に適切な単位投与量中に存在する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、固体または液体の形態で投与するために特に処方され得、次の用途のもの:経口投与、例えば、水薬水性もしくは非水性溶液または懸濁液)、錠剤、例えば、口腔下、および全身吸収用途のもの、巨丸剤散剤顆粒剤、舌に適用するペースト剤;例えば、滅菌溶液もしくは懸濁液、または徐放処方物として、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または硬膜外注射による非経口投与;例えば、皮膚、、もしくは口腔に適用するクリーム剤軟膏剤、または徐放性パッチ剤もしくはスプレー剤として局所投与;例えば、ペッサリー、クリーム剤、もしくは泡末剤として腔内または直腸内に;舌下に;眼に;経皮的に;または経鼻的に、肺、および他の粘膜面が挙げられる。

0041

薬剤的に許容可能:本明細書中で使用されるとき、「薬剤的に許容可能」という言い回しは、健全医学的判断内で、合理的な利益/リスク比に見合っており、過剰な有害性刺激アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症なしで、ヒトおよび動物の組織と接触して使用するのに適切な、化合物、物質、組成物、および/または剤形を表す。

0042

薬剤的に許容可能な担体:本明細書中で使用されるとき、「薬剤的に許容可能な担体」という語は、1つの器官、または身体の部分から、別の器官、または身体の部分に運搬または輸送にかかわる液体もしくは固体充填剤希釈剤賦形剤、または溶媒封入材料などの薬剤的に許容可能な材料、組成物または媒体を意味する。各担体は、処方物の他成分と適合性があり、患者に有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬剤的に許容可能な担体として役立ち得る材料のいくつかの例としては:ラクトースグルコースおよびショ糖などの糖類;コーンスターチおよびジャガイモデンプンなどのデンプン類カルボキシメチルセルロースナトリウムエチルセルロースおよび酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体トラガント麦芽ゼラチンタルクカカオ脂および坐薬などの賦形剤;ピーナッツ油綿実油紅花油、ゴマ油オリーブ油トウモロコシ油およびダイズ油などの油類プロピレングリコールなどのグルコル類グリセリンなどのポリオール類ソルビトールマニトールおよびポリエチレングリコールオレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル類寒天水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤アルギン酸発熱物質フリー水;等張食塩水リンゲル液エチルアルコール;pH緩衝溶液ポリエステル類ポリカーボネート類および/またはポリ酸無水物;および製剤処方物で使用される他の無害適合物質が挙げられる。

0043

薬剤的に許容可能な塩:本明細書中で使用されるとき、「薬剤的に許容可能な塩」という語は、薬剤的文脈中での使用に適切なかかる化合物の塩、すなわち、健全な医学的判断内で、合理的な利益/リスク比に見合っており、過度の有害性、刺激、アレルギー応答などがなく、ヒトおよび下等動物の組織と接触して使用するのに適切な塩を表す。薬剤的に許容可能な塩は、当技術分野で周知である。例えば、S. M. Bergeらは、J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)で、詳細に、薬剤的に許容可能な塩を記載している。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な塩としては、アジピン酸塩アルギン酸塩アスコルビン酸塩アスパラギン酸塩ベンゼンスルホン酸塩安息香酸塩重硫酸塩ホウ酸塩酪酸塩ショウノウ酸塩(camphorate)、樟脳スルホン酸塩クエン酸塩シクロペンタンプロピオン酸塩ジグルコン酸塩ドデシル硫酸塩エタンスルホン酸塩ギ酸塩フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩グルコン酸塩ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩ヨウ化水素酸塩、2−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩ラウリル酸塩、ラウリル硫酸塩リンゴ酸塩マレイン酸塩マロン酸メタンスルホン酸塩、2−ナフタレンスルホン酸塩ニコチン酸塩、硝酸塩オレイン酸塩シュウ酸塩パルミチン酸塩パモ酸塩ペクチン酸塩過硫酸塩3−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩ピクリン酸塩ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩コハク酸塩硫酸塩、酒石酸塩チオシアン酸塩p−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これに限定されない。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩類は、ナトリウムリチウムカリウムカルシウムマグネシウムなどを含む。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な塩としては、適切な場合、ハロゲン化物水酸化物カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1〜6個の炭素原子を有するアルキルスルホン酸塩およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて生成した無害性のアンモニウム第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。

0044

プロドラッグ:一般的、「プロドラッグ」は、本明細書で使用される語として、当技術分野で理解されるように、生物に投与した時、身体中で代謝されて、興味ある活性(例えば、治療または診断)剤を送達する実体である。典型的に、かかる代謝は、活性剤が生成されるように、少なくとも1つの「プロドラッグ部分」の除去を引き起こす。「プロドラッグ」の様々な形態が、当技術分野で周知である。かかるプロドラッグ部分の例としては:
a)Design of Prodrugs, edited by H. Bundgaard, (Elsevier, 1985) and Methodsin Enzymology, 42:309-396, edited by K. Widder, et al. (Academic Press, 1985);
b)Prodrugs and Targeted Delivery, edited by by J. Rautio (Wiley, 2011);
c)Prodrugs and Targeted Delivery, edited by by J. Rautio (Wiley, 2011);
d)A Textbook of Drug Design and Development, edited by Krogsgaard-Larsen;
e)Bundgaard, Chapter 5 “Design and Application of Prodrugs”, by H. Bundgaard, p. 113-191 (1991);
f)Bundgaard, Advanced Drug Delivery Reviews, 8:1-38 (1992);
g)Bundgaard, et al., Journal of Pharmaceutical Sciences, 77:285 (1988);および
h)Kakeya, et al., Chem. Pharm. Bull., 32:692 (1984)
参照。

0045

本明細書に記載の他の化合物のように、プロドラッグは、様々な形態、例えば、結晶形塩形態、他などのいずれでも、提供され得る。いくつかの実施形態では、プロドラッグは、その薬剤的に許容可能な塩として提供される。

0046

保護基:本明細書中で使用されるとき、「保護基」という語は、当技術分野で周知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons, 1999(この全文をおは、参照することにより、本明細書中に組み入れられたものとする)中、詳細に記載されたものを含む。Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, edited by Serge L. Beaucage et al. 06/2012(第2章の全文は、参照することにより、本明細書中に組み入れられたものとする)中に記載のヌクレオチドおよびヌクレオチド化学に特に適応される保護基も含まれる。適切なアミノ保護基としては、メチルカルバメートエチルカルバメート、9−フルオレニルメチルカルバメート(Fmoc)、9−(2−スルホ)フルオレニルメチルカルバメート、9−(2,7−ジブロモ)フルオレニルメチルカルバメート、2,7−ジ−t−ブチル−[9−(10,10−ジオキソ−10,10,10,10−テトラヒドロチオキサンチル)]メチルカルバメート(DBD−Tmoc)、4−メトキシフェナンシルカルバメート(Phenoc)、2,2,2−トリクロロエチルカルバメート(Troc)、2−トリメチルシリルエチルカルバメート(Teoc)、2−フェニルエチルカルバメート(hZ)、1−(1−アダマンチル)−1−メチルエチルカルバメート(Adpoc)、1,1−ジメチル−2−ハロエチルカルバメート、1,1−ジメチル−2,2−ジブロモエチルカルバメート(DB−t−BOC)、1,1−ジメチル−2,2,2−トリクロロエチルカルバメート(TCBOC)、1−メチル−1−(4−ビフェニリル)エチルカルバメート(Bpoc)、1−(3,5−ジ−t−ブチルフェニル)−1−メチルエチルカルバメート(t−Bumeoc)、2−(2’−および4’−ピリジル)エチルカルバメート(Pyoc)、2−(N,N−ジシクロヘキシルカルボキサミド)エチルカルバメート、t−ブチルカルバメート(BOC)、1−アダマンチルカルバメート(Adoc)、ビニルカルバメート(Voc)、アリルカルバメート(Alloc)、1−イソプロピルアリルカルバメート(Ipaoc)、シンナミルカルバメート(Coc)、4−ニトロシンナミルカルバメート(Noc)、8−キノリルカルバメート、N−ヒドロキシピペリジニルカルバメート、アルキルジチオカルバメートベンジルカルバメート(Cbz)、p−メトキシベンジルカルバメート(Moz)、p−ニトロベンジルカルバメート、p−ブロモベンジルカルバメート、p−クロロベンジルカルバメート、2,4−ジクロロベンジルカルバメート、4−メチルスルフィニルベンジルカルバメート(Msz)、9−アントリルメチルカルバメート、ジフェニルメチルカルバメート、2−メチルチオエチルカルバメート、2−メチルスルホニルエチルカルバメート、2−(p−トルエンスルホニル)エチルカルバメート、[2−(1,3−ジチアニル)]メチルカルバメート(Dmoc)、4−メチルチオフェニルカルバメート(Mtpc)、2,4−ジメチルチオフェニルカルバメート(Bmpc)、2−ホスホニオエチルカルバメ−ト(Peoc)、2−トリフェニルホスホニオイソプロピルカルバメ−ト(Ppoc)、1,1−ジメチル−2−シアノエチルカルバメ−ト、m−クロロ−p−アクリロキシベンジルカルバメ−ト、p−(ジヒドロキシボリル)ベンジルカルバメ−ト、5−ベンズイソオキサゾリルメチルカルバメ−ト、2−(トリフルオロメチル)−6−クロモニルメチルカルバメ−ト(Tcroc)、m−ニトロフェニルカルバメ−ト、3,5−ジメトキシベンジルカルバメ−ト、o−ニトロベンジルカルバメ−ト、3,4−ジメトキシ−6−ニトロベンジルカルバメ−ト、フェニル(o−ニトロフェニル)メチルカルバメ−ト、フェノチアジニル−(10)−カルボニル誘導体、N’−p−トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、N’−フェニルアミノチオカルボニル誘導体、t−アミルカルバメ−ト、S−ベンジルチオカルバメ−ト、p−シアノベンジルカルバメ−ト、シクロブチルカルバメ−ト、シクロヘキシルカルバメ−ト、シクロペンチルカルバメ−ト、シクロプロピルメチルカルバメ−ト、p−デシルオキシベンジルカルバメート、2,2−ジメトキシカルボニルビニルカルバメート、o−(N,N−ジメチルカルボキサミド)ベンジルカルバメート、1,1−ジメチル−3−(N,N−ジメチルカルボキサミド)プロピルカルバメート、1,1−ジメチルプロピニルカルバメート、ジ(2−ピリジル)メチルカルバメート、2−フラニルメチルカルバメート、2−ヨードエチルカルバメート、イソボルニルカルバメート、イソブチルカルバメート、イソニコチニルカルバメート、p−(p’−メトキシフェニルアゾ)ベンジルカルバメート、1−メチルシクロブチルカルバメート、1−メチルシクロヘキシルカルバメート、1−メチル−1−シクロプロピルメチルカルバメート、1−メチル−1−(3,5−ジメトキシフェニル)エチルカルバメート、1−メチル−1−(p−フェニルアゾフェニル)エチルカルバメート、1−メチル−1−フェニルエチルカルバメート、1−メチル−1−(4−ピリジル)エチルカルバメート、フェニルカルバメート、p−(フェニルアゾ)ベンジルカルバメート、2,4,6−トリ−t−ブチルフェニルカルバメート、4−(トリメチルアンモニウム)ベンジルカルバメート、2,4,6−トリメチルベンジルカルバメート、ホルムアミドアセトアミドクロロアセトアミドトリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミドフェニルアセトアミド、3−フェニルプロパンアミドピコリンアミド、3−ピリジルカルボキサミド、N−ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、p−フェニルベンズアミド、o−ニトロフェニルアセトアミド、o−ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、(N’−ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ)アセトアミド、3−(p−ヒドロキシフェニルプロパンアミド、3−(o−ニトロフェニル)プロパンアミド、2−メチル−2−(o−ニトロフェノキシ)プロパンアミド、2−メチル−2−(o−フェニルアゾフェノキシ)プロパンアミド、4−クロロブタンアミド、3−メチル−3−ニトロブタンアミド、o−ニトロシンナミド、N−アセチルメチオニン誘導体、o−ニトロベンズアミド、o−(ベンゾイルオキシメチル)ベンズアミド、4,5−ジフェニル−3−オキサゾリン−2−オン、N−フタルイミド、N−ジチアコハク酸イミド(Dts)、N−2,3−ジフェニルマレイミド、N−2,5−ジメチルピロール、N−1,1,4,4−テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物(STABASE)、5−置換1,3−ジメチル−1,3,5−トリアザシクロヘキサン−2−オン、5−置換1,3−ジベンジル−1,3,5−トリアザシクロヘキサン−2−オン、1−置換3,5−ジニトロ−4−ピリドン、N−メチルアミン、N−アリルアミン、N−[2−(トリメチルシリル)エトキシ]メチルアミン(SEM)、N−3−アセトキシプロピルアミン、N−(1−イソプロピル−4−ニトロ−2−オキソ−3−ピロオリン−3−イル)アミン、第四級アンモニウム塩類、N−ベンジルアミン、N−ジ(4−メトキシフェニル)メチルアミン、N−5−ジベンゾスベリルアミン、N−トリフェニルメチルアミン(Tr)、N−[(4−メトキシフェニル)ジフェニルメチル]アミン(MMTr)、N−9−フェニルフルオレニルアミン(PhF)、N−2,7−ジクロロ−9−フルオレニルメチレンアミン、N−フェロセニルメチルアミノ(Fcm)、N−2−ピコリルアミノN’−オキシド、N−1,1−ジメチルチオメチレンアミン、N−ベンジリデンアミン、N−p−メトキシベンジリデンアミン、N−ジフェニルメチレンアミン、N−[(2−ピリジル)メシチル]メチレンアミン、N−(N’,N’−ジメチルアミノメチレン)アミン、N,N’−イソプロピリデンアミン、N−p−ニトロベンジリデンアミン、N−サリシリデンアミン、N−5−クロロサリシリデンアミン、N−(5−クロロ−2−ヒドロキシフェニル)フェニルメチレンアミン、N−シクロヘキシリデンアミン、N−(5,5−ジメチル−3−オキソ−1−シクロヘキセニル)アミン、N−ボラン誘導体、N−ジフェニルボリン酸誘導体、N−[フェニル(ペンタカルボニルクロム−またはタングステン)カルボニル]アミン、N−銅キレート、N−亜鉛キレート、N−ニトロアミン、N−ニトロソアミン、アミンN−オキシド、ジフェニルホスフィンアミド(Dpp)、ジメチルチオホスフィンアミド(Mpt)、ジフェニルチオホスフィンアミド(Ppt)、ジアルキルホスホロアミダート類、ジベンジルホスホロアミダート、ジフェニルホスホロアミダート、ベンゼンスルフェナミド、o−ニトロベンゼンスルフェナミド(Nps)、2,4−ジニトロベンゼンスルフェナミド、ペンタクロロベンゼンスルフェナミド、2−ニトロ−4−メトキシベンゼンスルフェナミド、トリフェニルメチルスルフェナミド、3−ニトロピリジンスルフェナミド(Npys)、p−トルエンスルホンアミド(Ts)、ベンゼンスルホンアミド、2,3,6,−トリメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mtr)、2,4,6−トリメトキシベンゼンスルホンアミド(Mtb)、2,6−ジメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Pme)、2,3,5,6−テトラメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mte)、4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mbs)、2,4,6−トリメチルベンゼンスルホンアミド(Mts)、2,6−ジメトキシ−4−メチルベンゼンスルホンアミド(iMds)、2,2,5,7,8−ペンタメチルクロマン−6−スルホンアミド(Pmc)、メタンスルホンアミド(Ms)、β−トリメチルシリルエタンスルホンアミドSES)、9−アントラセンスルホンアミド、4−(4’,8’−ジメトキシナフチルメチル)ベンゼンスルホンアミド(DNMBS)、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド、およびフェナシルスルホンアミドが挙げられる。

0047

適切に保護されたカルボン酸としては、シリル−、アルキル−、アルケニル−、アリール−、およびアリールアルキル−保護カルボン酸が挙げられるが、これに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。適切なアルキル基の例としてはメチル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、トリチル、t−ブチル、テトラヒドロピラン−2−イルが挙げられる。適切なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、置換されていてもよいフェニル、ビフェニル、またはナフチルが挙げられる。適切なアリールアルキル基の例としては、置換されていてもよいベンジル(例えば、p−メトキシベンジル(MPM)、3,4−ジメトキシベンジル、O−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル)、および2−および 4−ピコリルが挙げられる。

0048

適切なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシメチル(MOM)、メチルチオメチル(MTM)、t−ブチルチオメチル、(フェニルジメチシリル)メトキシメチル(SMOM)、ベンジルオキシメチル(BOM)、p−メトキシベンジルオキシメチル(PMBM)、(4−メトキシフェノキシ)メチル(p−AOM)、グアヤコールメチル(GUM)、t−ブトキシメチル、4−ペンテニルオキシメチル(POM)、シロキシメチル、2−メトキシエトキシメチル(MEM)、2,2,2−トリクロロエトキシメチルビス(2−クロロエトキシ)メチル、2−(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEMOR)、テトラヒドロピラニルTHP)、3−ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、1−メトキシシクロヘキシル、4−メトキシテトラヒドロピラニル(MTHP)、4−メトキシテトラヒドロチオピラニル、4−メトキシテトラヒドロチオピラニルS,S−ジオキシド、1−[(2−クロロ−4−メチル)フェニル]−4−メトキシピペラジン−4−イル(CTMP)、1,4−ジオキサン−2−イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、2,3,3a,4,5,6,7,7a−オクタヒドロ−7,8,8−トリメチル−4,7−メタノベンゾフラン−2−イル、1−エトキシエチル、1−(2−クロロエトキシ)エチル、1−メチル−1−メトキシエチル、1−メチル−1−ベンジルオキシエチル、1−メチル−1−ベンジルオキシ−2−フルオロエチル、2,2,2−トリクロロエチル、2−トリメチルシリルエチル、2−(フェニルセレニル)エチル、t−ブチル、アリル、p−クロロフェニル、p−メトキシフェニル、2,4−ジニトロフェニル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、o−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル、p−フェニルベンジル、2−ピコリル、4−ピコリル、3−メチル−2−ピコリルN−オキシド、ジフェニルメチル、p,p’−ジニトロベンズヒドリル、5−ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α−ナフチルジフェニルメチル、p−メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ(p−メトキシフェニル)フェニルメチル、トリ(p−メトキシフェニル)メチル、4−(4’−ブロモフェナシルオキシフェニル)ジフェニルメチル、4,4’,4’’−トリス(4,5−ジクロロフタルイミドフェニル)メチル、4,4’,4’’−トリス(レブノイルオキシフェニル)メチル、4,4’,4’’−トリス(ベンゾイルオキシフェニル)メチル、3−(イミダゾール−1−イル)ビス(4’,4’’−ジメトキシフェニル)メチル、1,1−ビス(4−メトキシフェニル)−1’−ピレニルメチル、9−アントリル、9−(9−フェニル)キサンテニル、9−(9−フェニル−10−オキソ)アントリル、1,3−ベンゾジチオラン−2−イル、ベンズイソチアゾリルS,S−ジオキシド、トリメチルシリル(TMS)、トリエチルシリル(TES)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル(IPDMS)、ジエチルイソプロピルシリル(DEIPS)、ジメチルテキシルシリル、t−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t−ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ−p−キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル(DPMS)、t−ブチルメトキシフェニルシリル(TBMPS)、ギ酸エステルベンゾイルギ酸エステル酢酸エステルクロロ酢酸エステル、ジクロロ酢酸エステル、トリクロロ酢酸エステル、トリフルオロ酢酸エステルメトキシ酢酸エステル、トリフェニルメトキシ酢酸エステル、フェノキシ酢酸エステル、p−クロロフェノキシ酢酸エステル、3−フェニルプロピオン酸エステル、4−オキソペンタン酸エステルレブリン酸エステル)、4,4−(エチレンジチオ)ペンタン酸エステル(レブリノイルジチオアセタール)、ピバル酸エステル、アダマンテート、クロトン酸エステル、4−メトキシクロトン酸エステル、安息香酸エステル、p−フェニル安息香酸エステル、2,4,6−トリメチル安息香酸エステル(メシトエート(mesitoate))、炭酸アルキルメチル、炭酸9−フルオレニルメチル(Fmoc)、炭酸アルキルエチル、炭酸アルキル2,2,2−トリクロロエチル(Troc)、炭酸2−(トリメチルシリル)エチル(TMSEC)、炭酸2−(フェニルスルホニル)エチル(Psec)、炭酸2−(トリフェニルホスホニオ)エチル(Peoc)、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルp−ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルp−メトキシベンジル、炭酸アルキル3,4−ジメトキシベンジル、炭酸アルキルo−ニトロベンジル、炭酸アルキルp−ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルS−ベンジル、炭酸4−エトキシ−1−ナフチル、ジチオ炭酸メチル、2−ヨード安息香酸エステル、4−アジド酪酸エステル、4−ニトロ−4−メチルペンタン酸エステル、o−(ジブロモメチル)安息香酸エステル、2−ホルミルベンゼンスルホン酸エステル、2−(メチルチオメトキシ)エチル、4−(メチルチオメトキシ)酪酸エステル、2−(メチルチオメトキシメチル)安息香酸エステル、2,6−ジクロロ−4−メチルフェノキシ酢酸エステル、2,6−ジクロロ−4−(1,1,3,3−テトラメチルブチル)フェノキシ酢酸エステル、2,4−ビス(1,1−ジメチルプロピル)フェノキシ酢酸エステル、クロロジフェニル酢酸エステル、イソ酪酸エステルモノコハク酸エステル、(E)−2−メチル−2−ブテン酸エステル、o−(メトキシカルボニル)安息香酸エステル、α−ナフトエ酸硝酸エステル、アルキルN,N,N’,N’−テトラメチルホスホロジアミダート、アルキルN−フェニルカルバメート、ホウ酸エステル、ジメチルホスフィノチオニル、アルキル2,4−ジニトロフェニルスルフェネート硫酸エステルメタンスルホン酸エステル(メシル酸エステル)、ベンジルスルホン酸エステル、およびトシレート(Ts)が挙げられる。1,2−または1,3−ジオール類を保護するためには、該保護基としては、メチレンアセタールエチリデンアセタール、1−t−ブチルエチリデンケタール、1−フェニルエチリデンケタール、(4−メトキシフェニル)エチリデンアセタール、2,2,2−トリクロロエチリデンアセタール、アセトニドシクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、p−メトキシベンジリデンアセタール、2,4−ジメトキシベンジリデンケタール、3,4−ジメトキシベンジリデンアセタール、2−ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、1−メトキシエチリデンオルトエステル、1−エトキシエチリデンオルトエステル、1,2−ジメトキシエチリデンオルトエステル、α−メトキシベンジリデンオルトエステル、1−(N,N−ジメチルアミノ)エチリデン誘導体、α−(N,N’−ジメチルアミノ)ベンジリデン誘導体、2−オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ−t−ブチルシリレン基(DTBS)、1,3−(1,1,3,3−テトライソプロピルジシロキサニリデン)誘導体(TIPDS)、テトラ−t−ブトキシジシロキサン−1,3−ジイリデン誘導体(TBDS)、環状炭酸エステル類環状ボロン酸エステル類、ボロン酸エチル、およびボロン酸フェニルが挙げられる。

0049

いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、t−ブチル、t−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1−エトキシエチル、1−(2−クロロエトキシ)エチル、2−トリメチルシリルエチル、p−クロロフェニル、2,4−ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p−フェニルベンゾイル、2,6−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p−ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’−ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロアセチルトリクロロアセチルトリフルオロアセチル、ピバロイル、炭酸9−フルオレニルメチル、メシレート、トシレート、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’−ジメトキシトリチル、(DMTr)および4,4’,4’’−トリメトキシトリチル(TMTr)、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2−(2−ニトロフェニル)エチル、2−(4−シアノフェニル)エチル2−(4−ニトロフェニル)エチル(NPE)、2−(4−ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5−ジクロロフェニル、2,4−ジメチルフェニル、2−ニトロフェニル、4−ニトロフェニル、2,4,6−トリメチルフェニル、2−(2−ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’−トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、2−(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2−(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9−フェニルキサンテン−9−イル(pixyl)または9−(p−メトキシフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)である。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリルおよび4,4’−ジメトキシトリチルから選択される。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチルおよび4,4’−ジメトキシトリチル基から成る群から選択される。

0050

いくつかの実施形態では、亜リン酸保護基は、オリゴヌクレオチド合成の至る所でのヌクレオチド間亜リン酸結合に結合した基である。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合硫黄原子に結合する。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間リン酸結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−トリメチルシリルエチル、2−ニトロエチル、2−スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o−ニトロベンジル、2−(p−ニトロフェニル)エチル(NPEまたはNpe)、2−フェニルエチル、3−(N−tert−ブチルカルボキサミド)−1−プロピル、4−オキソペンチル、4−メチルチオ−l−ブチル、2−シアノ−1,1−ジメチルエチル、4−N−メチルアミノブチル、3−(2−ピリジル)−1−プロピル、2−[N−メチル−N−(2−ピリジル)]アミノエチル、2−(N−ホルミル,N−メチル)アミノエチル、4−[N−メチル−N−(2,2,2−トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。

0051

タンパク質:本明細書中で使用されるとき、「タンパク質」という語は、ポリペプチド(すなわち、ペプチド結合によりもう1つと結合した少なくとも2つのアミノ酸の鎖)を表す。いくつかの実施形態では、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、1つ以上の天然に存在しないアミノ酸(例えば、隣接アミノ酸と1つ以上のペプチド結合を形成する部分)を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質鎖の1つ以上の残基は、非アミノ酸部分(例えば、グリカン、他)を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、例えば、1つ以上のジスルフィド結合により結合または他手段により会合した1つより多いポリペプチド鎖を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、L−アミノ酸、D−アミノ酸、または両方を含む;いくつかの実施形態では、タンパク質は、当技術分野で周知の1つ以上のアミノ酸修飾物または類似体を含む。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化アミド化メチル化、他が挙げられる。「ペプチド」という語は、一般に、約100個未満のアミノ酸、約50個未満のアミノ酸、約20個未満のアミノ酸、または約10個未満のアミノ酸の長さを有するポリペプチドを表すために使用される。いくつかの実施形態では、タンパク質は抗体、抗体フラグメント、その生物学的活性部分、および/またはその特徴的部分である。

0052

試料:本明細書において用いられる「試料」は、そこから得られる、特異的な生物または材料である。いくつかの実施形態において、試料は、本明細書に記載の、対象となる源から得られる、またはそれに由来する生物試料である。いくつかの実施形態では、対象となる源は、動物またはヒトなどの生物を含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、生物組織または生体液を含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、骨髄;血液;血液細胞腹水;組織または細針生検試料細胞含有体液;浮遊核酸;唾液:尿;脳脊髄液、腹水;胸水糞便リンパ液婦人科液;皮膚スワブスワブ;口腔スワブ;スワブ;導管洗浄液または気管支肺胞洗浄液などの洗液または洗浄液;吸引液擦過;骨髄検体組織生検検体外科検体;糞便、他の体液、分泌液、および/またはそれからの細胞、他であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、個体から得られる細胞であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、試料は、いずれかの適切な手段により、対象となる源から直接得られる「一次試料」である。例えば、いくつかの実施形態では、一次生物試料は、生検(例えば、細針吸引または組織生検)、手術、体液(例えば、血液、リンパ液、糞便、他)の収集、他から成る群から選択される方法により得られる。いくつかの実施形態では、文脈から明白になるように、「試料」という語は、一次試料を処理により(例えば、その1つ以上の成分の除去および/またはそれに1つ以上の薬剤の添加により)得られる調製物を表す。例えば、半透膜を用いた濾過。かかる「処理試料」は、例えば、試料から抽出または一次試料を、mRNA増幅もしくは逆転写、単離および/または特定成分の精製、他などの技術による処理により得られる核酸またはタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態において、試料は生物である。いくつかの実施形態において、試料は植物である。いくつかの実施形態において、試料は動物である。いくつかの実施形態において、試料はヒトである。いくつかの実施形態において、試料は、ヒト以外の生物である。

0053

立体化学異性体:本明細書中で使用されるとき、「立体化学異性体」という言い回しは、同じ一連の結合により結合された同じ原子で組み立てられているが、互換性でない異なる三次元構造を有する異なる化合物を表す。本発明のいくつかの実施形態では、提供される化学組成物は、化合物の個々の立体化学異性体の純粋な合成物であり得、またはそれを含み得る;いくつかの実施形態では、提供される化学組成物は、該化合物の2つ以上の立体化学異性体の混合物であり得、またはそれを含み得る。特定の実施形態では、かかる混合物は、同量の異なる立体化学異性体を含む;特定の実施形態では、かかる混合物は、異なる量の少なくとも2つの異なる立体化学異性体を含む。いくつかの実施形態では、化学組成物は、該化合物の全ジアステレオマーおよび/または鏡像異性体を含み得る。いくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全部より少ないジアステレオマーおよび/または鏡像異性体を含み得る。いくつかの実施形態では、もし、本発明の化合物の特定の鏡像異性体が所望されるならば、例えば、不斉合成、またはキラル補助基を用いた誘導により合成され得、得られたジアステレオマー混合物は分離し、補助基開裂して、純粋な所望の鏡像異性体を得る。あるいは、分子がアミノなどの塩基性官能基を含む場合、ジアステレオマー塩を、適切な光学活性酸を用いて生成し、例えば、分別再結晶により分割する。

0054

対象:本明細書中で使用されるとき、「対象」または「被験者」という語は、提供される化合物または組成物が、例えば、実験、診断、予防、および/または治療目的用途で、本発明に従って投与されるいずれもの生物を表す。典型的な対象としては、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、およびヒト;昆虫蠕虫;他などの哺乳類)および植物が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象は、疾病障害、および/または症状を患っている、および/またはこれらにかかり易い。

0055

実質的:本明細書中で使用されるとき、「実質的」という語は、対象としている特徴または特性の全部またはほとんど全部の範囲もしくは程度を示す定性的状態を表す。生物学技術分野の当業者は、生物学的および化学的現象が、めったに、完結および/または完了もしくは達成もしくは絶対的結果を回避しないことを理解するだろう。従って、「実質的」という語は、多くの生物学的および/または化学的現象に本来備わる完全性の潜在的欠如を取り込むために、本明細書で使用される。

0056

患っている:疾病、障害、および/または症状を「患っている」個体は、疾病、障害、および/または症状の1つ以上の症候を診断された、および/または示している。

0057

病気に)かかり易い:疾病、障害、および/または症状「にかかり易い」個体は、一般社会の成員よりも、該疾病、障害、および/または症状を発病するリスクが高いものである。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および/または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および/または症状と診断されない可能性がある。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および/または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および/または症状の症候を示し得る。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および/または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および/または症状の症候を示さない可能性がある。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および/または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および/または症状を発病するだろう。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および/または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および/または症状を発病しないだろう。

0058

全身的:本明細書中で使用されるとき、「全身的投与」、「全身的に投与された」、「末梢投与」、および「末梢的に投与された」という言い回しは、それが、レシピエントの全身に入るように化合物または組成物を投与することを表す、その技術分野で理解される意味を有する。

0059

互変異性体:本明細書中で使用されるとき、「互変異性体」という言い回しは、容易に転換可能な異なる異性体の有機化合物を言い表すために使用される。互変異性体は、一重結合および隣接する二重結合の転換と同時に起こる、水素原子またはプロトンホルマール移動により特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、互変異性体は、プロトン互変異性(すなわち、プロトンの再配置)からもたらされ得る。いくつかの実施形態では、互変異性体は、原子価互変異性(すなわち、結合電子の急速な再配置)からもたらされ得る。かかる全互変異性体は、本発明の範囲内に含まれるものとする。いくつかの実施形態では、化合物の互変異性体は、別々の物質を合成する試みが、結果的に、混合物を生成するように、互いに可動平衡中に存在する。いくつかの実施形態では、化合物の互変異性体は、分離可能および単離可能な化合物である。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の単一の互変異性体の純粋な合成物である、またはそれを含みものを提供され得る。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の2つ以上の互変異性体の混合物として提供され得る。特定の実施形態では、かかる混合物は、同量の異なる互変異性体を含む;特定の実施形態では、かかる混合物は、化合物の、異なる量の少なくとも2つの互変異性体を含む。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全互変異性体を含み得る。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全部より少ない互変異性体を含み得る。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、相互転換の結果として時間とともに変化する量で、化合物の1つ以上の互変異性体を含み得る。本発明のいくつかの実施形態では、該互変異性は、ケトエノール互変異性である。化学技術分野の当業者は、ケトエノール互変異性を、化学技術分野で周知のいずれかの適切な試薬を用いて、「捕捉」(すなわち、「エノール」体を保持するように化学的に修飾)し得、当技術分野で周知の1つ以上の適切な技術を用いて、引き続いて単離され得るエノール誘導体を得られる。特に指示がない限り、本発明は、純粋な形態または互いの混合物であろうとなかろうと、関連する化合物の全互変異性体を包含する。

0060

治療薬:本明細書中で使用されるとき、「治療薬」という語は、対象に投与されたとき、治療効果および/または所望の生物学的および/または薬理学的効果を誘発するいずれもの薬剤を表す。いくつかの実施形態では、治療薬は、疾病、障害、および/または症状の1つ以上の症候もしくは特徴を、軽減、寛解解放、抑制、予防、発病遅延重篤度軽減、および/または発生率低下させるために使用され得るいずれもの物質である。

0061

治療有効量:本明細書中で使用されるとき、「治療有効量」という語は、治療レジメンの一部として投与されるとき、所望の生物学的応答を誘発する物質(例えば、治療薬、組成物、および/または処方物)の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、疾病、障害、および/または症状を患っている、またはかかり易い対象に投与するとき、該疾病、障害、および/または症状を治療、診断、予防、および/または発病遅延するために十分な量である。当業者により認識されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的の細胞または組織、他などの要因に依存して変化し得る。例えば、疾病、障害、および/または症状を治療するための処方物中の化合物の有効量は、該疾病、障害、および/または症状の1つ以上の症候もしくは特徴を、軽減、寛解、解放、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および/または発生率低下させる量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、単一の用量で投与される;いくつかの実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために必要である。

0062

治療:本明細書中で使用されるとき、「治療する」、「治療」または「治療すること」という語は、疾病、障害、および/または症状の1つ以上の症候もしくは特徴を、部分的にもしくは完全に、軽減、寛解、解放、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および/または発生率低下させるために使用されるいずれもの方法表す。治療は、疾病、障害、および/または症状の徴候を示さない対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、例えば、疾病、障害、および/または症状に関連する病理を発病するリスクを低下させる目的で、治療は、該疾病、障害、および/または症状の初期徴候のみ示す対象に投与され得る。

0063

不飽和:本明細書中で使用されるとき、「不飽和」という語は、部分が、1つ以上の不飽和単位を有することを意味する。

0064

単位用量:本明細書中で使用されるとき、「単位用量」という表現は、医薬組成物の単一用量として、および/または物理的に別々単位で投与される量を表す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性薬を含む。いくつかの実施形態では、単位用量は、全単一用量の該薬剤を含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の単位用量は、全単一用量を達成するために投与される。いくつかの実施形態では、複数の単位用量の投与は、意図された効果を達成するために、必要または必要であると期待される。単位用量は、例えば、所定量の1つ以上の治療薬、所定量の固体形態、徐放性処方物または所定量の1つ以上の治療薬を含む薬剤送達装置、他を含むある体積の液体(例えば、許容可能な担体)であり得る。単位用量は、治療薬に加えて、いずれかの様々な成分を含む処方物中に存在し得ることは、認識されるだろう。例えば、許容可能な担体(例えば、薬剤的に許容可能な担体)、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤、他が、下記のように、含まれ得る。多くの実施形態では、特定治療薬の1日の適切な全投与量が、一部分、または複数の単位用量を含み得、例えば、健全な医学的判断の範囲内で主治医により決定され得ることは、当業者により理解されるだろう。いくつかの実施形態では、いずれかの特定対象もしくは生物のための具体的有効用量レベルは、治療される障害および該障害の重篤度;使用される具体的活性化合物活性度;使用される具体的組成物;対象の年齢、体重、健康状態性別および食事投与回数、および使用される具体的化合物の排出率;治療持続期間;使用される具体的化合物と併用または同時使用される薬剤および/または追加療法、および医学分野で周知の同様な要因を含む様々な要因に依存し得る。

0065

野生型:本明細書中で使用されるとき、「野生型」という語は、「正常な」(突然変異の、病気の、変更された、他とは対照的に)状態または文脈中に、実際に見られる構造および/または活性を有する実体を表す、その技術分野で理解される意味を有する。当業者は、野生型遺伝子およびポリペプチドが、しばしば、複数の異なる形態(例えば、アレル)で存在することを認識するだろう。

0066

核酸:「核酸」という語は、いずれものヌクレオチド、その類似体、およびその重合体を含む。本明細書中で使用されるとき、「ポリヌクレオチド」という語は、いずれもの長さのヌクレオチド類重合形態リボヌクレオチド(RNA)あるいはデオキシリボヌクレオチド(DNA)を表す。これらの語は、該分子の一次構造を表し、従って、二本鎖および一本鎖DNA、および二本鎖および一本鎖RNAを含む。これらの語は、同等物として、限定されないが、メチル化、保護化および/またはキャップされたヌクレオチドまたはポリヌクレオチドなどのヌクレオチド類似体および修飾ポリヌクレオチドから合成されたRNAあるいはDNAいずれかの類似体を含む。該語は、ポリまたはオリゴリボヌクレオチド(RNA)およびポリまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基および/または修飾核酸塩基のN−グリコシド類またはC−グリコシド類由来のRNAまたはDNA;糖類および/または修飾糖類由来の核酸類;およびリン酸架橋および/または修飾リン原子架橋(本明細書中、「ヌクレオチド間結合」とも呼ぶ)由来の核酸類を包含する。該語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖類、修飾糖類、リン酸架橋または修飾リン原子架橋のいずれかの組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、限定されないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。接頭語ポリは、2〜約10,000ヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を表し、接頭語オリゴは、2〜約200ヌクレオチドモノマー単位を表す。

0067

ヌクレオチド:本明細書中で使用されるとき、「ヌクレオチド」という語は、複素環式塩基、糖、および1つ以上のリン酸基またはリン含有ヌクレオチド間結合から成るポリヌクレオチドのモノマー単位を表す。天然塩基グアニン(G)、アデニン(A)、シトシン(C)、チミン(T)、およびウラシル(U))は、プリンまたはピリミジン誘導体であるが、天然および非天然塩基類似体も含まれると理解すべきである。天然糖は、ペントース五炭糖)デオキシリボース(DNAを形成する)またはリボース(RNAを形成する)であるが、天然および非天然塩基類似体も含まれると理解すべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して結合して、核酸、またはポリヌクレオチドを生成する。多くのヌクレオチド間結合は、当技術分野で周知である(限定されないが、リン酸ホスホロチオエートボラノリン酸など)。人工核酸としては、PNA類(ペプチド核酸)、ホスホトリエステル類、ホスホロチオナート類、H−ホスホン酸エステル、アミド亜リン酸エステル類、ボラノリン酸エステル類、メチルホンスホン酸エステル類、ホスホノ酢酸エステル類、チオホスホノ酢酸エステル類および本明細書に記載したものなど天然核酸のリン酸骨格の他の変異体が挙げられる。

0068

ヌクレオシド:「ヌクレオシド」という語は、核酸塩基または修飾核酸塩基が、糖または修飾糖に共有結合で結合している部分を表す。

0069

糖:「糖」という語は、閉形態および/または開形態単糖を表す。糖類としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノースペントピラノース、およびヘキソピラノース部分を挙げられるが、これに限定されない。本明細書で、該語は、その重合体が核酸類似体グリコール核酸(「GNA」)の骨格を形成するグリコールなどの通常の糖分子の代わりに使用される構造的類似体も包含する。

0070

修飾糖:「修飾糖」という語は、糖を置き換え得る部分を表す。該修飾糖は、空間配置電子状態、または糖のいくつかの他物理化学的特性模倣する。

0071

核酸塩基:「核酸塩基」という語は、配列特異的方法で、1つの核酸鎖をもう1つの相補鎖と結合させる水素結合に関連する核酸部分を表す。ほとんどの天然核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、およびチミン(T)である。いくつかの実施形態では、該天然核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、該天然核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、「修飾核酸塩基」、例えば、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、およびチミン(T)以外の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、該修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、該修飾核酸塩基は、空間配置、電子状態、または核酸塩基のいくつかの他物理化学的特性を模倣し、配列特異的方法で、1つの核酸鎖をもう1つの相補鎖と結合させる水素結合の特性を保持する。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞間酵素による認識またはオリゴヌクレオチド二本鎖の活性に実質的に影響なしで、該5つの全天然塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン)と対合し得る。

0072

キラルリガンド:「キラルリガンド」または「キラル助剤」という語は、キラルであり、反応が特定の立体選択性を有して実行され得るように、反応物中取り入れ得る部分を表す。

0073

縮合試薬:縮合反応で、「縮合試薬」という語は、反応性の低い部位を活性化し、別試薬との作用感受性をより高くする試薬を表す。いくつかの実施形態では、かかる別試薬は、求核剤である。

0074

ブロック基:「ブロック基」という語は、官能基の反応性を遮蔽する基を表す。該官能基は、続いて、該ブロック基の除去により遮蔽を取り除き得る。いくつかの実施形態では、ブロック基は、保護基である。

0075

部分:「部分」という語は、分子の特異的セグメントまたは官能基を表す。化学的部分は、分子中に組み込まれた、または追加された化学的実体と、しばしば認識される。

0076

固形担体:「固形担体」という語は、核酸の合成を可能にするいずれもの担体を表す。いくつかの実施形態では、該語は、核酸合成を実行し、反応性基を導入するために誘導化する反応ステップで使用される媒体中に不溶ガラスまたは重合体を表す。いくつかの実施形態では、該固形担体は、高度架橋ポリスチレン(HCP)またはコントロールドポアガラス(CPG)である。いくつかの実施形態では、該固形担体は、コントロールドポアガラス(CPG)である。いくつかの実施形態では、該固形担体は、コントロールドポアガラス(CPG)および高度架橋ポリスチレン(HCP)の複合担体である。

0077

結合部分:「結合部分」という語は、末端ヌクレオチドと該固形担体間または末端ヌクレオシドと別のヌクレオシド、ヌクレオチドまたは核酸間に位置してもよいいずれもの部分を表す。

0078

DNA分子:「DNA分子」という語は、その一本鎖形態または二重らせんデオキシリボヌクレオチド(アデニン、グアニン、チミン、またはシトシン)の重合形態を表す。本用語は、該分子の一次および二次構造のみを表し、いずれの特定の三次形態にも限定しない。従って、本用語は、とりわけ、直鎖DNA分子(例えば、制限酵素フラグメント)、ウィルスプラスミド、および染色体中に見られる二本鎖DNAを含む。特定二本鎖DNA分子構造を論じる中で、配列は、非転写鎖のDNA(すなわち、mRNAと相同配列を有する鎖)に沿って5’から3’の方向の配列のみを与える通例に従って、本明細書中で記載され得る。

0079

コード配列:DNA「コード配列」または「コード領域」は、適切な発現制御配列の制御下に置かれたとき、生体内ポリペプチド転写および翻訳される二本鎖DNAである。コード配列の境界(「オープンリーディングフレーム」または「ORF」)は、5’(アミノ)末端での開始コドンおよび3’(カルボン酸)末端での翻訳終止コドンにより決定される。コード配列としては、限定されないが、原核生物配列、原核生物のmRNAからのcDNA、原核生物(例えば、哺乳類)のDNAからのゲノムDNA配列、および合成DNA配列が挙げられる。ポリアデニル化シグナルおよび転写終止配列は、通常、該コード配列の3’側に位置する、「非コード配列」または「非コード領域」という語は、アミノ酸に翻訳されないポリヌクレオチド配列の領域(例えば、5’および3’非翻訳領域)を表す。

0080

リーディングフレーム:「リーディングフレーム」という語は、二本鎖DNA分子の各方向に3つの計6つの可能なリーディングフレームの内の1つを表す。使用される該リーディングフレームは、DNA分子のコード配列内のアミノ酸をコードするために、どのコドンを使用するかを決定する。

0081

アンチセンス:本明細書中で使用されるとき、「アンチセンス」核酸分子は、例えば、二本鎖cDNA分子のコード鎖に相補の、mRNA配列に相補の、または遺伝子コード鎖に相補の「センス核酸コードタンパク質に相補の核酸配列を含む。従って、アンチセンス核酸分子は、センス核酸分子と水素結合を介して会合し得る。

0082

ゆらぎ位置:本明細書中で使用されるとき、「ゆらぎ位置」は、コドンの3番目の位置を表す。いくつかの実施形態では、コドンのゆらぎ位置内のDNA分子中の突然変異は、アミノ酸レベルサイレント変異または保存的変異をもたらす。例えば、グリシンをコードする4つのコドン、すなわち、GGU、GGC、GGAおよびGGGがあり、従って、いずれものゆらぎ位置のヌクレオチドの、A、U、CおよびGから選択される他のヌクレオチドへの変異は、コードされるタンパク質のアミノ酸レベルでの変化をもたらさず、従って、サイレント置換である。

0083

サイレント置換:「サイレント置換」または「サイレント変異」は、コドン内のヌクレオチドが変更されるが、該コドンによりコードされるアミノ酸残基の変化がもたらされないものである。例としては、AGGに変異したときでもまだ、Argをコードするコドン「CGG」などの特定のコドンの1番目の位置だけでなく、コドンの3番目の位置の突然変異が挙げられる。

0084

遺伝子:本明細書中で使用されるとき、「遺伝子」、「組み換え遺伝子」および「遺伝子構築物」という語は、タンパク質またはその部分をコードするDNA分子、またはDNA分子部分を表す。該DNA分子は、該タンパク質(エキソン配列として)をコードするオープンリーディングフレームを含み得、イントロン配列をさらに含み得る。本明細書で、「イントロン」という語は、タンパク質に翻訳されない所与の遺伝子中に存在、および全ての場合ではないが、いくつかの場合に、エキソン間で見られるDNA配列を表す。当技術分野で周知であるように、遺伝子が、1つ以上のプロモーターエンハンサーリプレッサーおよび/または該遺伝子の活性または発現を調節する他の制御配列作動可能に結合する(または含み得る)ことは望まれ得る。

0085

相補DNA:本明細書中で使用されるとき、「相補DNA」または「cDNA」は、mRNAの逆転写により合成された組み換えポリヌクレオチドを含み、それから、介在配列(イントロン)が除去される。

0086

相同性:「相同性」または「同一性」または「類似性」は、2つの核酸分子間の配列類似性を表す。相同性および同一性は各々、比較目的で配置し得る各配列の位置の比較により決定され得る。該比較される配列の同位置が、同じ塩基により占有されるとき、その時、該分子は、その位置で同一である;同部位が、同じまたは類似の核酸残基(例えば、立体的および/または電子状態で類似)により占有されるとき、その時、該分子は、その位置で相同(類似)であると呼ばれ得る。相同性/類似性または同一性の百分率での表現は、比較される配列により共有される位置で、同一または類似の核酸の数の関数を表す。「無関係」または「非相同」な配列は、本明細書に記載の配列と、40%未満の同一性、35%未満の同一性、30%未満の同一性、または25%未満の同一性を共有する。2つの配列を比較するとき、残基(アミノ酸または核酸)の欠如または余分な残基の存在も、該同一性および相同性/類似性を低下させる。

0087

いくつかの実施形態では、「相同性」という語は、類似の機能またはモチーフと同一の遺伝子に使用される配列類似性の数学的に基づいた比較を記述する。本明細書に記載の核酸配列は、例えば、他のファミリー成員、関連する配列または相同体を特定するために、公開データベースに対して検索実行するための「問い合わせ配列」として使用され得る。いくつかの実施形態では、かかる検索は、Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のNBLASTおよびXBLASTプログラムバージョン2.0)を用いて実行され得る。いくつかの実施形態では、BLASTヌクレオチド検索は、本発明の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得るために、NBLASTプログラム、スコア=100、ワード長=12で実行され得る。いくつかの実施形態では、比較目的でギャップアライメントを得るため、ギャップBLASTを、Altschul et al., (1997) Nucleic AcidsRes. 25(17):3389-3402中に記載のように利用され得る。BLASTおよびギャップBLASTプログラムを利用するとき、それぞれのプログラム(例えば、XBLASTおよびBLAST)のデフォルトパラメータを使用され得る(www.ncbi.nlm.nih.gov参照)。

0088

同一性:本明細書中で使用されるとき、「同一性」は、配列を、配列マッチング最大限になるように、すなわち、ギャップおよび挿入を考慮して、アライメントするとき、2つ以上の配列中の対応する位置における同一のヌクレオチド残基の百分率を意味する。同一性は、既知の方法により、容易に算出され得、Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991; and Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988)に記載のものが挙げられるが、これに限定されない。同一性を決定する方法は、被検配列間で最大に一致するように設計されている。さらに、同一性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータープログラムでコードされている。2つの配列間の同一性を決定するコンピュータープログラム方法としては、GCGプログラムパッケージ(Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(1): 387 (1984)),BLASTP, BLASTN, andFASTA (Altschul, S. F. et al., J. Molec. Biol. 215: 403-410 (1990) and Altschul et al. Nuc. Acids Res. 25: 3389-3402 (1997))が挙げられるが、これに限定されない。BLAST Xプログラムは、NCBIおよび他出所から公的に入手可能である(BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBINLM NIH Bethesda, Md. 20894; Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990))。周知のスミウォーターマンアルゴリズムも、同一性決定に使用できる。

0089

非相同的:DNA配列の「非相同」領域は、より大きな配列に関連して全く発見されないより大きなDNA配列内のDNAの同定可能なセグメントである。従って、非相同領域が哺乳類遺伝子をコードするとき、該遺伝子は、通常、源生物ゲノム中の哺乳類ゲノムDNAに隣接しないDNA側にあり得る。非相同性コード配列の別例は、該コード配列自体が、全く発見されない配列(例えば、ゲノムコード配列が無修飾遺伝子と異なるコドンまたはモチーフを有するイントロンまたは合成配列を含むcDNA)である。アレル変異または天然突然変異イベントは、本明細書に定義のDNAの非相同領域を生じさせない。

0090

塩基転位型突然変異:「塩基転位型突然変異」という語は、ピリミジンシチジン(C)またはチミジン(T))が、別のピリミジンにより置換される、またはプリン(アデノシン(A)またはグアノシン(G))が、別のプリンにより置換される、DNA配列中の塩基の変化を表す。

0091

塩基転換型突然変異:「塩基転換型突然変異」という語は、ピリミジン(シチジン(C)またはチミジン(T))が、プリンにより置換される、またはプリン(アデノシン(A)またはグアノシン(G))が、ピリミジンにより置換される、DNA配列中の塩基の変化を表す。

0092

オリゴヌクレオチド:「オリゴヌクレオチド」という語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、リン酸架橋、または修飾リン原子架橋(本明細書中、本明細書にさらに定義の「ヌクレオチド間結合」とも呼ぶ)のいずれもの組み合わせを含むヌクレオチドモノマーの重合体またはオリゴマーを表す。

0093

オリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖であり得る。本明細書で、「オリゴヌクレオチド鎖」という語は、一本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域を有し得、二本鎖オリゴヌクレオチドは、一本鎖領域を有し得る。実例となるオリゴヌクレオチドとしては、構造遺伝子、制御領域および終端領域を含む遺伝子、ウィルスまたはプラスミドDNA、一本鎖および二本鎖siRNAおよび他のRNA干渉剤RNAi剤またはiRNA剤)などの自己複製系、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイムマイクロRNA、マイクロRNA擬態スーパーmir(supermir)、アプタマー、抗mir(antimir)、アンタゴmir(antagomir)、Ulアダプター三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、グアニン四重鎖オリゴヌクレオチド、RNAアクチベーター免疫賦活性オリゴヌクレオチド、およびデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。

0094

RNA干渉の誘導に有効である二本鎖および一本鎖オリゴヌクレオチドは、本明細書中、siRNA、RNAi剤、またはiRNA剤とも呼ぶ。いくつかの実施形態では、これらのRNA干渉誘導オリゴヌクレオチドは、RNAi誘導サイレンシング複合体RISC)として知られる細胞質多タンパク質複合体と関連する。多くの実施形態では、一本鎖および二本鎖RNAi剤は、それらが、RISC機構入り、標的配列、例えば、標的mRNAのRISC介在の切断に関与し得るより小さいオリゴヌクレオチドを産生するために、内因性分子、例えば、ダイサーにより切断され得るほど十分に長い。

0095

本発明のオリゴヌクレオチドは、様々な長さであり得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約2〜約200ヌクレオチド長さの範囲であり得る。様々な関係する実施形態では、一本鎖、二本鎖、および三本鎖のオリゴヌクレオチドは、約4〜約10ヌクレオチド、約10〜約50ヌクレオチド、約20〜約50ヌクレオチド、約15〜約30ヌクレオチド、約20〜約30ヌクレオチドの長さの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、約9〜約39ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも4ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも6ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも7ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも8ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも9ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド長さの二本鎖の相補鎖である。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチド長さの二本鎖の相補鎖である。

0096

ヌクレオチド間結合:本明細書中で使用されるとき、「ヌクレオチド間結合」という言い回しは、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間のリン含有結合を表し、上記および本明細書中で、「糖間結合」および「リン原子架橋」と同義である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然DNAおよびRNA分子中に見られるホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、該ホスホジエステル結合の各酸素原子が任意におよび独立して、有機部分または無機部分により置換される「修飾ヌクレオチド間結合」である。いくつかの実施形態では、かかる有機部分または無機部分は、=S、=Se、=NR’、−SR’、−SeR’、−N(R’)2、B(R’)3、−S−、−Se−、および−N(R’)−(式中、各R’は、独立して、下記定義および記載の通りである)から選択されるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル結合、ホスホロチオエートジエステル結合




または修飾ホスホロチオエートトリエステル結合である。該ヌクレオチド間結合が、該結合の酸または塩基部分の存在により、所与のpHにおいて、アニオンまたはカチオンとして存在し得ることを、当業者は理解している。

0097

特に指定しない限り、オリゴヌクレオチド配列を用いて使用されるとき、各s、s1、s2、s3、s4、s5、s6およびs7は、独立して、下記表1に示される次の修飾ヌクレオチド間結合を表す。

0098

表1.実例となる修飾ヌクレオチド間結合

0099

例えば、(Rp,Sp)−ATsCs1GAは、1)TとC間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合





;および2)CとG間の



の構造を有するホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を有する。特に指定しない限り、オリゴヌクレオチド配列に先行するRp/Spの表記は、該オリゴヌクレオチド配列の順次5’から3’の該ヌクレオチド間結合のキラル結合リン原子の立体配置を言い表す。例えば、(Rp,Sp)−ATsCs1GAでは、TとC間の「s」結合のリンは、Rp立体配置を有し、CとG間の「s1」結合のリンは、Sp立体配置を有する。いくつかの実施形態では、「全(Rp)」または「全(Sp)」は、オリゴヌクレオチドの全キラル結合リン原子が、それぞれ、同じRpまたはSp立体配置を有することを示すために使用される。例えば、全(Rp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、該オリゴヌクレオチドの全ての該キラル結合リン原子が、Rp立体配置を有することを示す;全(Sp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、該オリゴヌクレオチドの全ての該キラル結合リン原子が、Sp立体配置を有することを示す。

0100

オリゴヌクレオチド型:本明細書中で使用されるとき、「オリゴヌクレオチド型」という言い回しは、特定の塩基配列、骨格結合パターン(すなわち、ヌクレオチド間結合型パターン、例えば、リン酸、ホスホロチオエート、他)、骨格キラル中心パターン(すなわち、結合リン立体化学パターン(Rp/Sp))、および骨格リン修飾パターン(例えば、式Iの「−XLR1」基のパターン)を有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。共通に表記された「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに、構造的に同一である。

0101

当業者は、オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、該結合リンにおける特定の立体化学および/または該結合リンにおける特定の修飾および/または特定の塩基および/または特定の糖を有するように、設計されおよび/または前以て選択され得るように、本発明の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖の合成中にある程度の制御を提供することを認識するだろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、該結合リンにおける特定の組み合わせの修飾を有するように、設計されおよび/または決定される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するため、設計されおよび/または選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの1つ以上の上記構造的特徴を有するように、設計されおよび/または選択される。本発明は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むまたはから成る組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。いくつかの実施形態では、かかる全分子は、同じ型である(すなわち、互いに構造的に同一である)。しかしながら、多くの実施形態では、提供される組成物は、通常、所定の相対量で、異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを含む。

0102

キラル制御:本明細書中で使用されるとき、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド鎖内のキラル結合リン毎の立体化学表記を制御する能力を表す。「キラル制御されたオリゴヌクレオチド」という言い回しは、該キラル結合リンに関して単一のジアステレオ異性体で存在するオリゴヌクレオチドを表す。

0103

キラル制御オリゴヌクレオチド組成物:本明細書中で使用されるとき、「キラル制御オリゴヌクレオチド組成物」という言い回しは、所定のレベルの個々のオリゴヌクレオチド型を含むオリゴヌクレオチド組成物を表す。例えば、いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチド型の混合物を含む。実例となるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物が、本明細書中にさらに記載される。

0104

キラル純粋:本明細書で、「キラル純粋」という言い回しは、全オリゴヌクレオチドが、該結合リンに関して単一のジアステレオ異性体で存在するキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を言い表すために使用される。

0105

キラル均一:本明細書中で使用されるとき、「キラル均一」という言い回しは、全ヌクレオチド単位が、該結合リンにおいて、同じ立体化学を有するオリゴヌクレオチド分子または型を言い表すために使用される。例えば、そのヌクレオチド単位が、全て、結合リンにおいて、Rp立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル均一である。同様に、そのヌクレオチド単位が、全て、結合リンにおいて、Sp立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル均一である。

0106

所定の:所定は、例えば、無作為に起こるまたは達成の反対語として、計画的に選択されることを意味する。当業者は、本明細書を読み、本発明が、提供される組成物の調剤および/または封入のための特定のオリゴヌクレオチド型の選択を可能にし、提供される組成物が調剤されるように、任意に、選択された特定の相対量で、正確に、選択された特定の型の制御された調剤をさらに可能にする新規および驚くべき技術を提供することを理解するであろう。かかる提供される組成物は、本明細書に記載の「所定の」ものである。それらが、偶然、特定のオリゴヌクレオチド型の意図的な作成を制御できないプロセスを通して作成されたので、特定の個々のオリゴヌクレオチド型を含み得る組成物は、「所定の」組成物ではない。いくつかの実施形態では、所定の組成物は、(例えば、制御されたプロセスの反復を通して)意図的に複製され得るものである。

0107

結合リン:本明細書中で定義されるとき、「結合リン」という言い回しは、表される特定のリン原子が、ヌクレオチド間結合中に存在し、該リン原子が、天然DNAおよびRNA中に起こるヌクレオチド間結合のホスホジエステルのリン原子に対応することを示すために使用される。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、修飾ヌクレオチド間結合中にあり、ホスホジエステル結合の各酸素原子が、有機または無機部分により、任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、式IのP*である。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、キラルである。いくつかの実施形態では、キラル結合リン原子は、式IのP*である。

0108

P修飾:本明細書中で使用されるとき、「P修飾」という語は、立体化学的修飾以外の結合リンにおけるいずれもの修飾を表す。いくつかの実施形態では、P修飾は、結合リンに共有結合した懸垂部分の付加、置換、または除去を含む。いくつかの実施形態では、該「P修飾」は、−X−L−R1(式中、X、LおよびR1は、独立して、本明細書および下記に定義および記載の通りである)である。

0109

ブロックマー:本明細書中で使用されるとき、「ブロックマー」という語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、該ヌクレオチド間リン結合において共通の構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続したヌクレオチド単位の存在により特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。共通の構造的特徴は、該結合リンにおける共通立体化学または該結合リンにおける共通修飾を意味する。いくつかの実施形態では、該ヌクレオチド間リン結合における共通構造的特徴を共有する該少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「ブロック」と呼ばれる。

0110

いくつかの実施形態では、ブロックマーは、「ステレオブロックマー」であり、例えば、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて、同じ立体化学を有する。かかる少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「ステレオブロックマー」を形成する。例えば、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位、TsおよびCs1が、結合リン(両方のSp)において、同じ立体化学を有するので、(Rp,Sp)−ATsCs1GAは、ステレオブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドでは、(Rp,Sp)−ATsCs1は、ブロックを形成し、それは、立体ブロックである。

0111

いくつかの実施形態では、ブロックマーは、「P修飾ブロックマー」であり、例えば、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて、同じ修飾を有する。かかる少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「P修飾ブロック」を形成する。例えば、(Rp,Sp)−ATsCsGAは、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位、TsおよびCsが、同じP修飾(すなわち、両方がホスホロチオエートジエステルである)を有するので、P修飾ブロックマーである。(Rp,Sp)−ATsCsGAの同じオリゴヌクレオチドでは、TsCsは、ブロックを形成し、それは、P修飾ブロックである。

0112

いくつかの実施形態では、ブロックマーは、「結合ブロックマー」であり、例えば、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて、同じ立体化学および同じ修飾を有する。少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「結合ブロック」を形成する。例えば、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位、TsおよびCsが、同じ立体化学(両方のRp)およびP修飾(両方のホスホロチオエート)を有するので、(Rp,Rp)−ATsCsGAは、結合ブロックマーである。(Rp,Rp)−ATsCsGAの同じオリゴヌクレオチドでは、TsCsは、ブロックを形成し、結合ブロックである。

0113

いくつかの実施形態では、ブロックマーは、独立して、立体ブロック、P修飾ブロックおよび結合ブロックから選択される1つ以上のブロックを含む。いくつかの実施形態では、ブロックマーは、1つのブロックに対するステレオブロックマー、および/または別のブロックに対するP修飾ブロックマー、および/またはさらに別のブロックに対する結合ブロックマーである。例えば、(Rp,Rp,Rp,Rp,Rp,Sp,Sp,Sp)−AAsTsCsGsAs1Ts1Cs1Gs1ATCGは、立体ブロックAsTsCsGsAs1(結合リンにおける全Rp)もしくはTs1Cs1Gs1(結合リンにおける全Sp)に関してステレオブロックマーであり、P修飾ブロックAsTsCsGs(全s結合)もしくはAs1Ts1Cs1Gs1(全s1結合)に関してP修飾ブロックマーであり、または結合ブロックAsTsCsGs(結合リンにおける全Rpおよび全s結合)もしくはTs1Cs1Gs1(結合リンにおける全Spおよび全s1結合)に関して結合ブロックマーである。

0114

アルトマー(altmer):本明細書中で使用されるとき、「アルトマー」という語は、各個別のヌクレオチド単位を特徴付けるその構造的特徴パターンが、該ヌクレオチド間リン結合における特定の構造的特徴を共有する、オリゴヌクレオチド鎖中に連続する2つのヌクレオチド単位がないことで特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。いくつかの実施形態では、アルトマーは、それが、繰り返しパターンを含むように設計される。いくつかの実施形態では、アルトマーは、それが、繰り返しパターンを含まないように設計される。

0115

いくつかの実施形態では、アルトマーは、「ステレオアルトマー」であり、例えば、該結合リンにおいて同じ立体化学を有する連続する2つのヌクレオチド単位はない。例えば、(Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsC。

0116

いくつかの実施形態では、アルトマーは、「P修飾アルトマー」であり、例えば、該結合リンにおいて同じ修飾を有する連続する2つのヌクレオチド単位はない。例えば、各結合リンが、他と異なるP修飾を有する、全(Sp)CAs1GsT。

0117

いくつかの実施形態では、アルトマーは、「結合アルトマー」であり、例えば、該結合リンにおいて同一の立体化学または同一の修飾を有する連続する2つのヌクレオチド単位はない。例えば、(Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp)−GsCs1CsTs1CsAs1GsTs1CsTs1GsCs1TsTs2CsGs3CsAs4CsC。

0118

ユニマー:本明細書中で使用されるとき、「ユニマー」という語は、各個別のヌクレオチド単位を特徴付けるその構造的特徴パターンは、鎖内の全ヌクレオチド単位が、該ヌクレオチド間リン結合における少なくとも1つの共通構造的特徴を共有するものであるオリゴヌクレオチド鎖を表す。共通構造的特徴は、該結合リンにおける共通立体化学または該結合リンにおける共通修飾を意味する。

0119

いくつかの実施形態では、ユニマーは、「ステレオユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて同じ立体化学を有する。例えば、該結合全てがSpリンを有する、全(Sp)−CsAs1GsT。

0120

いくつかの実施形態では、ユニマーは、「P修飾ユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて同じ修飾を有する。例えば、該ヌクレオチド間結合全てがホスホロチオエートジエステルである、(Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsC。

0121

いくつかの実施形態では、ユニマーは、「結合ユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて同じ立体化学および同じ修飾を有する。例えば、該クレオチド間結合全てが、Sp結合リンを有するホスホロチオエートジエステルである、全(Sp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsC。

0122

ギャップマー:本明細書中で使用されるとき、「ギャップマー」という語は、オリゴヌクレオチド鎖の少なくとも1つのヌクレオチド間リン結合がリン酸ジエステル結合、例えば、天然DNAまたはRNA中に見られるものなどであることで特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチド鎖の1つ以上のヌクレオチド間リン結合は、天然DNAまたはRNA中に見られるものなどのリン酸ジエステル結合である。例えば、CとA間の該ヌクレオチド間結合がリン酸ジエステル結合である、全(Sp)−CAs1GsT。

0123

スキップマー:本明細書中で使用されるとき、「スキップマー」という語は、該オリゴヌクレオチド鎖の1つおきのヌクレオチド間リン結合が、リン酸ジエステル結合、例えば、天然DNAまたはRNA中に見られるものなどであり、該オリゴヌクレオチド鎖の1つおきのヌクレオチド間リン結合が、修飾されたヌクレオチド間結合である、ギャップマーの型を表す。例えば、全(Sp)−AsTCs1GAs2TCs3Gである。

0124

本発明の目的のため、化学元素は、CAS編集、化学と物理のハンドブック、67版、1986−87年、内表紙の元素周期表に従って特定される。

0125

本発明の化合物および組成物に関する本明細書に記載の方法および構造は、薬剤的に許容可能な酸または塩基付加酸ならびにこれらの化合物および組成物の全立体異性体にも適用する。

図面の簡単な説明

0126

ラット肝臓ホモジネートインキュベーション後の逆相HPLCを示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを37℃で異なる日数インキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。ONT−154のインビトロ代謝安定性は、2’−MOEを有するONT−87と同様であることが明らかになったが、いずれも、ステレオランダムである2’−MOEギャップマー(ONT−41、ミポメルセン)よりもはるかに良い安定性を有する。残留する全長のオリゴマーの量を逆相HPLCで測定し、対象となるピークピーク面積内部標準規格化した。

0127

ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン(ONT−41)の様々なキラル純粋な類似体の分解を示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを37℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。Spヌクレオチド間結合の増加と共に、ヒトApoB配列ONT−41(ミポメルセン)のキラル純粋なジアステレオマーのインビトロ代謝安定性が増加することが明らかになった。残留する全長のオリゴマーの量を逆相HPLCで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。

0128

ラット全肝臓ホモジネート中のマウスApoB配列(ISIS 147764、ONT−83)の様々なキラル純粋な類似体の分解を示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを37℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。Spヌクレオチド間結合の増加と共に、マウスApoB配列(ONT−83、2’−MOEギャップマー、ステレオランダムなホスホロチオエート)のキラル純粋なジアステレオマーのインビトロ代謝安定性が増加することが明らかになった。残留する全長のオリゴマーの量を逆相HPLCで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。

0129

ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン類似体ONT−75の分解を24時間にわたって示す図である。この図は、ラット(rate)全肝臓ホモジネート中のONT−75の安定性を示す。

0130

ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン類似体ONT−81の分解を24時間にわたって示す図である。この図は、ラット(rate)全肝臓ホモジネート中のONT−81の安定性を示す。

0131

ONT−87、ONT−88、およびONT−89におけるノックダウンの期間を示す図である。立体異性体は、大幅に異なるノックダウンの期間を示し得る。ONT−87は、他の立体異性体よりも耐久性が大幅に高い抑制をもたらす。ONT−87の長い作用時間が複数のインビボ試験で観察された。ONT−88は、特定のインビボ試験において、ONT−41(ミポメルセン)と同様の効果および回復プロファイルを示した。Hu ApoBトランスジェニックマウス(n=4)に、10 mpk IPボーラスを投与した(2×/週、3週間)。マウスを無作為化して群を調査し、各投与日に投与する前に測定した個々のマウスの体重に基づいて、10mg/kgを腹腔内に(IP)投与した(1日目、4日目、8日目、11日目、15日目、18日目、および22日目)。0日目、17日目、24日目、31日目、38日目、45日目および52日目に顎下)で出血させて血液を採取し、次に、52日目に心穿刺により屠殺して血清処理した。ApoBをELISAにより測定した。強調表示部:投与3週後の維持されたノックダウン(72%対35%)。

0132

いくつかのRp、Spまたはステレオランダムなホスホロチオエート結合を有するsiRNA二本鎖における代謝安定性の違いを示す、ヒト血清中で測定されるHPLCプロファイルを示す図である。

0133

リボヌクレアーゼHの活性に対する立体化学の影響。オリゴヌクレオチドをRNAとハイブリダイズさせ、次に、1×リボヌクレアーゼH緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼHと共に37℃でインキュベートした。上から下へ(120分):ONT−89、ONT−77、ONT−81、ONT−80、ONT−75、ONT−41、ONT−88、ONT−154、ONT−87。ONT−77/154は互いに非常に近い。

0134

ヒトApoBmRNAの同じ領域を標的にするホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの立体異性体の異なる調製物とハイブリダイズさせたときの20−mer RNAのヒトリボヌクレアーゼH1切断の分析。切断の特異的部位は、特異な立体化学の強い影響を受ける。矢印は、切断位置(切断部位)を示す。産物は、UPLC/MSで分析した。矢印の長さは、反応混合物中に存在する産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた(矢印が長いほど、検出された切断産物が多い)。(A)は、切断地図記号を説明する。(B)および(C)は、オリゴヌクレオチドの切断地図を示す。

0135

異なるオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を示す((A)〜((C)))。これら3つの配列は、FOXO1mRNA中の異なる領域を標的にする。各配列を5つの異なる化学で調査した。切断地図は、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で30分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。(┬)は、両方のフラグメント、5’−リン酸エステル種ならびに5’−OH 3’−OH種(specie)が反応混合物中で同定されたことを示す。(┌)は、5’−リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、(┐)は、5’−OH 3’−OH成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた(矢印が長いほど、検出可能な切断産物が多い)。5’−OH 3’−OHが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、5’−リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長RNAの量を逆相HPLCで測定することによって求めた。定めた時点で、30mM Na2EDTAで反応を止めた。

0136

異なる共通塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を示す図である((A)〜(B))。切断地図は、ステレオランダムなDNA組成物(上のパネル)と、立体化学的に純粋な、3つの特異なオリゴヌクレオチド組成物との比較を示す。データは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の結果と、FOXO1mRNA中の異なる領域を標的にする2つのステレオランダムなホスホロチオエートオリゴヌクレオチド組成物(ONT−366およびONT−367)の結果とを比較する。各パネルは、ステレオランダムな(setreorandom)DNA(上のパネル)と、立体化学的に純粋な、3つの特異なオリゴヌクレオチド調製物(preparaitons)との比較を示す。切断地図は、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で30分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。矢印は、切断部位を示す。(┬)は、両方のフラグメント、5’−リン酸エステル種ならびに5’−OH 3’−OH種(specie)が反応混合物中で同定されたことを示す。(┌)は、5’−リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、(┐)は、5’−OH 3’−OH成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた(矢印が長いほど、検出可能な切断産物が多い)。5’−OH 3’−OHが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、5’−リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。

0137

リボヌクレアーゼHの活性に対する立体化学の影響。独立した2つの実験において、FOXO1mRNAの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをRNAとハイブリダイズさせ、次に、1×リボヌクレアーゼH緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼHと共に37℃でインキュベートした。全長RNAの消失を、RP−HPLCを用いて、254nmでのそのピーク面積から測定した。(A)は、残留するRNA基質(%)を示する(上から下へ(60分):ONT−355、ONT−316、ONT−367、ONT−392、ONT−393およびONT−394(60分のとき、ONT−393およびONT−394はほぼ同じ;5分のとき、ONT−393のほうが、残留するRNA基質(%)が高かった))。(B)は、残留するRNA基質(%)を示す(上から下へ(60分):ONT−315、ONT−354、ONT−366、ONT−391、ONT−389およびONT−390)。切断速度は、反応混合物中に残留する全長RNAの量を逆相HPLCで測定することによって求めた。定めた時点で、30mM Na2EDTAで反応を止めた。

0138

アンチセンスオリゴヌクレオチドのターンオーバーを示す図である。二本鎖は、6μMに等しい各DNA鎖濃度およびRNA100μMで形成させた。これらの二本鎖を、0.02μMリボヌクレアーゼH酵素と共にインキュベートし、全長RNAの消失を、RP−HPLCを用いて、254nmでのそのピーク面積から測定した。切断速度は、反応混合物中に残留する全長RNAの量を逆相HPLCで測定することによって求めた。定めた時点で、30mM Na2EDTAで反応を止めた。上から下へ(40分):ONT−316、ONT−367およびONT−392。

0139

ステレオランダムなホスホロチオエートオリゴヌクレオチドと、同じFOXO1mRNA領域を標的にする立体化学的に純粋な、6つの特異なオリゴヌクレオチド調製物とを比較する切断地図を示す図である。

0140

リボヌクレアーゼHの活性に対する立体化学の影響。アンチセンスオリゴヌクレオチドをRNAとハイブリダイズさせ、次に、1×リボヌクレアーゼH緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼHと共に37℃でインキュベートした。リボヌクレアーゼHの活性への立体化学の依存性が観察された。同様に、ONT−367(ステレオランダムなDNA)とONT−316(5−10−5 2’−MOEギャップマー)との比較において明らかなことは、リボヌクレアーゼHの活性への組成物の化学の強い依存性である。上から下へ(40分):ONT−316、ONT−421、ONT−367、ONT−392、ONT−394、ONT−415、およびONT−422(40分のとき、ONT−394/415/422は同等のレベルである;5分のとき、DNA/RNA二本鎖内に残留するRNA(%)は、ONT−422>ONT−394>ONT−415)。

0141

リボヌクレアーゼHの活性に対する立体化学の影響。FOXO1mRNAの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをRNAとハイブリダイズさせ、次に、1×リボヌクレアーゼH緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼHと共に37℃でインキュベートした。リボヌクレアーゼHの活性への立体化学の依存性が観察された。上から(form)下へ(40分):ONT−396、ONT−409、ONT−414、ONT−408(40分のとき、ONT−396/409/414/408は同等のレベルである。)、ONT−404、ONT−410、ONT−402(40分のとき、ONT−404/410/408は同等のレベルである。)、ONT−403、ONT−407、ONT−405、ONT−401、ONT−406およびONT−400(40分のとき、ONT−401/405/406/400は同等のレベルである)。

0142

リボヌクレアーゼHの活性に対する立体化学の影響。FOXO1mRNAの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをRNAとハイブリダイズさせ、次に、1×リボヌクレアーゼH緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼHと共に37℃でインキュベートした。リボヌクレアーゼHの活性への立体化学の依存性が観察された。ホスホジエステルオリゴヌクレオチドONT−415の切断速度をわずかに上回る速度で、ONT−406が、二本鎖RNAの切断を誘発することが観察された。上から下へ(40分):ONT−396、ONT−421、ONT−392、ONT−394、ONT−415 ONT−406、およびONT−422(40分のとき、ONT−394/415/406は同等のレベルである;5分のとき、DNA/RNA二本鎖内に残留するRNA(%)は、ONT−394>ONT−415>ONT−406)。

0143

RNA(ONT−388)をステレオランダムなDNA(ONT−367)と二本鎖にしたとき(上)、および、ステレオ純粋なDNAを繰り返しトリプレットモチーフ−3’−SSR−5’(ONT−394)と二本鎖にしたとき(下)に得られたRNA切断産物の例示的なUVクロマトグラムを示す図である。)。2.35分:7mer;3.16分:8merおよびP−6mer;4.48分:P−7mer;5.83分:P−8mer;6.88分:12mer;9.32分:13mer;10.13分:P−11mer;11.0分:P−12merおよび14mer;11.93分:P−13mer;13.13分:P−14mer。ONT−394(下)のピークの帰属:4.55分:p−7mer;4.97分:10mer;9.53分:13mer。

0144

RNA切断産物のエレクトロスプレーイオン化スペクトルを示す図である。二本鎖を、1×RNse H緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼHと共に30分間インキュベートしたときに、二本鎖ONT−387、RNA/ONT−354、(7−6−7、DNA−2’−OMe−DNA)(上)およびONT−387、RNA/ONT−315、(5−10−5,2’−MOEギャップマー)(下)から得られたRNAフラグメント

0145

リボヌクレアーゼHと共に30分インキュベーションした後のONT−406およびONT−388二本鎖のUVクロマトグラムおよびTICを示す図である。

0146

提案されている例示的な切断を示す図である。提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、示す通り標的を切断することができる。

0147

変異ハンチンチンのmRNAを標的にする例示的な対立遺伝子特異的切断を示す図である。(A)および(B):例示的なオリゴヌクレオチド。(C)〜(E):切断地図。(F)〜(H):RNA切断。変異ハンチンチンを対立遺伝子選択的に抑制する目的で一塩基多型を標的にするために、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製した。ONT−453(muHTT)およびONT−454(wtHTT)を標的にするONT−450(ステレオランダム)は、RNA切断およびそれらの切断地図において、わずかな差異を示した。ONT−453(muHTT)およびONT−454(wtHTT)を標的にし、リボヌクレアーゼH認識部位内に3’−SSR−5’モチーフの選択的な配置を有するキラル制御されたONT−451は、RNA切断速度において大きな差異を示した。切断地図において、RNAの5’−末端から読まれる場合に、ミスマッチ後である8位と9位の間に切断を導くよう3’−SSR−5’モチーフが配置されることは注目に値する。ONT−453(muHTT)およびONT−454(wtHTT)を標的にし、リボヌクレアーゼH認識部位内に3’−SSR−5’モチーフの選択的な配置を有するONT−452は、RNA切断速度において中程度の差異を示した。RNAの5’−末端から読まれる場合にはミスマッチ前である7位および8位での切断を導くよう3’−SSR−5’モチーフは配置された。例示的なデータは、対立遺伝子特異的切断のために高度な識別を実現するには、3’−SSR−5’モチーフの配置の位置が重要であることを示す。すべての切断地図は、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で5分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。(┬)は、両方のフラグメント、5’−リン酸エステル種ならびに5’−OH 3’−OH種が反応混合物中で同定されたことを示す。(┌)は、5’−リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、(┐)は、5’−OH 3’−OH成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。5’−OH 3’−OHが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、5’−リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。

0148

(A)〜(C)は、FOXO1mRNAを標的にする例示的な対立遺伝子特異的切断を示す図である。

0149

ApoBオリゴヌクレオチドで処理後のApoBmRNAのインビトロ用量反応サイレンシング(in vitro dose response silencing)を示す図である。2’−MOE翼ありとなしの立体化学的に純粋なジアステレオマー(diasetereomers)は、ONT−41(ミポメルセン)と同様の効果を示す。

0150

ステレオランダムな組成物(ONT−367)およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(ONT−421(すべてSp)およびONT−455(すべてRp))およびDNA(ONT−415)のリボヌクレアーゼH切断地図(A)およびRNA切断速度(B)の比較を示す図である。これらの配列は、FOXO1mRNA中の同じ領域を標的にする。切断地図は、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で5分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。矢印は、切断部位を示す。(┬)は、両方のフラグメント、5’−リン酸エステル種ならびに5’−OH 3’−OH種が反応混合物中で同定されたことを示す。(┌)は、5’−リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、(┐)は、5’−OH 3’−OH成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。5’−OH 3’−OHが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、5’−リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長RNAの量を逆相HPLCで測定することによって求めた。定めた時点で、30mM Na2EDTAで反応を止める。

0151

DNAの3’−末端から開始する位置の変更を伴う1つのRpを含む配列の切断地図の比較を示す図である。これらの配列は、FOXO1mRNA中の同じ領域を標的にする。切断地図は、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で5分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。(┬)は、両方のフラグメント、5’−リン酸エステル種ならびに5’−OH 3’−OH種が反応混合物中で同定されたことを示す。(┌)は、5’−リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、(┐)は、5’−OH 3’−OH成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。5’−OH 3’−OHが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、5’−リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。

0152

(A)ステレオ純粋なオリゴヌクレオチド(ONT−406)、(ONT−401)、(ONT−404)および(ONT−408)のリボヌクレアーゼH切断速度の比較を示す図である。4つの配列はすべて、1つのRp結合を有するステレオ純粋なホスホロチオエートである。これらの配列は、FOXO1mRNA中の同じ領域を標的にする。すべての二本鎖を、1×PBS緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼH1Cと共に37℃でインキュベーションした(were incubation)。定めた時点で、30mM Na2EDTAで反応を止めた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長RNAの量を逆相HPLCで測定することによって求めた。ONT−406およびONT−401は、優れた切断速度を有することが明らかになった。(B)リボヌクレアーゼHアッセイ(10μMオリゴヌクレオチド)において切断されたRNA(%)と、インビトロアッセイ(20nMオリゴヌクレオチド)におけるmRNAノックダウン(%)との相関関係を示す図である。すべての配列が、FOXO1標的内のmRNAの同じ領域を標的にする。残留するRNAの量は、同じ反応混合物中のDNAに対して規格化したときのRNAのUVピーク面積により求められる。上述の切断地図はすべて、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で5分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。ONT−396からONT−414のすべての配列は、1つのRpホスホロチオエートを有し、これらの配列は、Rpの位置が異なる。ONT−421(すべてSp)ホスホロチオエートは、不活性なインビトロアッセイであった。これは、ONT−421を相補RNAと二本鎖にしたときのリボヌクレアーゼHアッセイにおけるRNAの低い切断速度に関係する。

0153

単一のRpウォーク(walk)PS DNA(ONT−396−ONT−414)、ステレオランダムなPS DNA(ONT−367)、全Sp PS DNA(ONT−421)および全Rp PS DNA(ONT−455)のラット血清中の2日間の血清安定性アッセイを示す図である。ONT−396およびONT−455は、試験した時点で分解したことに留意されたい。

0154

ヘミマーを含む例示的なオリゴヌクレオチドを示す図である。(A):切断地図。(B):RNA切断アッセイ。(C):FOXO1mRNAノックダウン。いくつかの実施形態において、配列の5’−末端への2’−修飾の導入は、リボヌクレアーゼHの活性を維持しながら、標的RNAとの結合の安定性を増加させる。ONT−367(ステレオランダムなホスホロチオエートDNA)およびONT−440(5−15、2’−F−DNA)は、リボヌクレアーゼHアッセイ(10μMオリゴヌクレオチド)において同様の切断地図および同様のRNA切断速度を有する。いくつかの実施形態において、ONT−440(5−11、2’−F−DNA)配列は、より良い細胞透過性を有することができる。いくつかの実施形態において、非対称の2’−修飾は、リボヌクレアーゼHの活性を維持しながら、Tmの利点をもたらす。RSSモチーフの導入は、ヘミマーにおいてリボヌクレアーゼHの効率をさらに向上させ得る。切断地図は、1×PBS緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼH1Cと共に37℃で5分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。(┬)は、両方のフラグメント、5’−リン酸エステル種ならびに5’−OH 3’−OH種が反応混合物中で同定されたことを示す。(┌)は、5’−リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、(┐)は、5’−OH 3’−OH成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、UVピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。5’−OH 3’−OHが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、5’−リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。

0155

切断アッセイの例示的な質量分析データを示す図である。上:ONT−367のデータ:2.35分:7 mer;3.16分:8 merおよびP−6 mer;4.58分:P−7 mer;5.91分:P−8 mer;7.19分:12 mer;9.55分:13 mer;10.13分:P−11 mer;11.14分:P−12 merおよび14 mer;12.11分:P−13 mer;13.29分:P−14 mer;14.80分:全長RNA(ONT−388)および18.33分:ステレオランダムなDNA(ONT−367)。下:ONT−406のデータ:4.72分:p−rArUrGrGrCrUrA、5’−リン酸化7 mer RNA;9.46分:5’−rGrUrGrArGrCrArGrCrUrGrCrA、5’−OH 3’−OH 13 mer RNA;16.45分:全長RNA(ONT−388);19.48分および19.49分:ステレオ純粋なDNA(ONT−406)。

0156

合成オリゴヌクレオチドは、幅広い種類の応用へ有用な分子ツールを提供する。例えば、オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究および新規ナノマテリアル用途において有用である。天然の核酸の使用は(例えば、非修飾DNAまたはRNA)、例えば、エンドおよびエキソヌクレアーゼに対するそれらの感受性により制限される。よって、これらの短所を回避するために、さまざまな合成同等物が開発されている。合成同等物にはそれらの分子を分解されにくくする骨格修飾を含む合成オリゴヌクレオチドが含まれる。構造的な観点から見ると、そのようなインターヌクレオチドのリン酸結合に対する修飾は、キラリティーを導入する。オリゴヌクレオチドのある特性は、オリゴヌクレオチドの骨格を形成するリン原子の配置により影響を受ける可能性があることが明らかになっている。例えば、インビトロの研究では、結合親和性、相補RNAと特に結合する配列、ヌクレアーゼに対する安定性といったアンチセンスヌクレオチドの特性は、特に、骨格のキラリティーによって影響を受けることを示している(例えば、リン原子の配置)。

0157

とりわけ、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において互いに異なる複数の特異な化学的実体を含むという認識を包含する。さらに、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、関連するオリゴヌクレオチドの可能性のあるあらゆる立体異性体を含むことは通常はありそうにないという洞察を包含する。したがって、とりわけ、本発明は、興味あるオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体である新規な化学的実体を提供する。すなわち、本発明は、特定のオリゴヌクレオチド化合物が、その塩基配列、その長さ、その骨格結合のパターン、およびその骨格キラル中心のパターンにより定義されてもよい、単一のオリゴヌクレオチド化合物の実質的に純粋な調製物を提供する。

0158

本発明は、とりわけ、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および/または活性を示し得ることを示す。さらに、本開示は、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル構造の含有および/または位置により実現される安定性の改善が、修飾された骨格結合、塩基、および/または糖の使用により(例えば、特定のタイプの修飾されたリン酸エステル、2’−修飾、塩基修飾などの使用により)実現される安定性の改善と同等か、またはそれよりもさらに良くなり得ることを示す。いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル構造の含有および/または位置により実現される活性の向上が、修飾された骨格結合、塩基、および/または糖の使用により(例えば、特定のタイプの修飾されたリン酸エステル、2’−修飾、塩基修飾などの使用により)実現される活性の向上と同等か、またはそれよりもさらに良くなり得ることも示す。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル結合の含有および/または位置は、驚いたことに、このようなオリゴヌクレオチドが核酸高分子の切断に利用されるとき、核酸高分子の切断パターンを変化させ得る。例えば、いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、予想外に高い標的核酸高分子の切断効率をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、例えば、特定の既存の切断部位をブロックすることにより、より少ない切断部位をもたらす。さらにもっと予想外に、いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断に利用されるオリゴヌクレオチドに対して相補的である配列内の標的核酸高分子のただ1つの部位での切断をもたらす。いくつかの実施形態において、切断部位の数を最小にする骨格キラル中心のパターンを選択することにより、さらに高い切断効率が実現される。

0159

いくつかの実施形態において、本発明は、
1)共通塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)オリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、5’から3’の結合リン立体化学の組み合わせ(Rp/Sp)により指定することができる。例えば、下に例示の通り、ONT−154は、5S−(SSR)3−5Sのパターンを有し、ONT−80はS19を有する。

0160

いくつかの実施形態において、本発明は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して組成物が濃縮されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、
1)共通塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターン
を共有する単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して組成物が濃縮されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの(またはキラル制御されない)調製物において、カップリングテップは、立体選択性を向上させるように特異的に行われないという点で、すべてまたはほとんどのカップリングステップはキラル制御されない。オリゴヌクレオチドの例示的な実質的にラセミの調製物は、テトラエチルチウラムジスルフィド(tteraethylthiuram disulfide)または(TETD)または3H−1,2−ベンゾジチオール(bensodithiol)−3−オン1,1−ジオキシド(BDTD)のいずれかで亜リン酸トリエステル硫化する当技術分野において周知のプロセスによるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物は、実質的にラセミのオリゴヌクレオチド組成物(またはキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物)をもたらす。

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