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課題

D因子阻害剤での治療のための患者を選択し又は同定する方法の提供。

解決手段

変性疾患の患者における変性疾患の進行速度を予測する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、変性疾患の進行速度が増加している可能性が高いとして同定することを含む、方法。

概要

背景

補体系は、免疫複合体の排除及び感染病原体外来性抗原ウイルス感染細胞及び腫瘍細胞への免疫応答に中心的な役割を担っている。しかしながら、補体はまた病的炎症及び自己免疫疾患関与もしている。よって、補体カスケードの過剰な又は制御されていない活性化の阻害は、かかる疾患及び病態患者臨床的恩恵をもたらしうる。

補体系は、古典経路及び代替経路と命名された2つの区別できる活性化経路を含む(V.M. Holers, In Clinical Immunology: Principles and Practice, R.R. Rich編, Mosby Press; 1996, 363-391)。古典経路は、通常は抗原抗体複合体の形成によって活性化されるカルシウムマグネシウム依存性カスケードである。代替経路は、ある感受性表面(例えば酵母及び細菌の細胞壁多糖類、及びある種の生体高分子材料)上でのC3の沈着及び活性化によって活性化されるマグネシウム依存性カスケードである。補体経路の活性化は、マクロファージ好中球血小板肥満細胞及び内皮細胞の活性化、血管透過性細胞溶解、及び組織傷害に関連する炎症活動を媒介する、補体タンパク質生物学的に活性な断片、例えばC3a、C4a及びC5aアナフィラトキシン及びC5b−9膜侵襲複合体(MAC)を産生する。

D因子代替補体経路の活性化に必須の高度に特異的なセリンプロテアーゼである。それは、C3bに結合したB因子を切断し、代替経路C3/C5コンバターゼ活性成分であるC3b/Bb酵素を産生する。D因子は、ヒトにおけるその血漿中濃度が非常に低い(1.8μg/ml)ので、阻害のための好適な標的となり得、代替補体経路の活性化の制限酵素であることが示されている(P.H. Lesavre及びH.J. Muller-Eberhard. J. Exp. Med., 1978; 148: 1498-1510;J.E. Volanakis等, New Eng. J. Med., 1985; 312: 395-401)。

補体活性化ダウンレギュレーションは、動物モデル及びエキソビボ実験において、幾つかの疾患の徴候、例えば全身性エリテマトーデス及び糸球体腎炎(Y. Wang等, Proc. Natl. Acad. Sci.; 1996, 93: 8563-8568)、関節リウマチ(Y. Wang等, Proc. Natl. Acad. Sci., 1995; 92: 8955-8959)、心肺バイパス術及び血液透析(C.S. Rinder, J. Clin. Invest., 1995; 96: 1564-1572)、臓器移植における超急性拒絶反応(T.J. Kroshus等, Transplantation, 1995; 60: 1194-1202)、心筋梗塞(J. W. Homeister等, J. Immunol., 1993; 150: 1055-1064;H.F. Weisman等, Science, 1990; 249: 146-151)、再灌流傷害(E.A. Amsterdam等, Am. J. Physiol., 1995; 268: H448-H457)、及び成人呼吸促迫症候群(R. Rabinovici等, J. Immunol., 1992; 149: 1744-1750)の治療に効果的であることが実証されている。また、熱傷重症喘息アナフィラキシーショック腸炎症蕁麻疹、血管浮腫脈管炎多発性硬化症重症筋無力症膜性増殖性糸球体腎炎、及びシェーグレン症候群を含む、他の炎症性病態及び自己免疫/免疫複合体疾患もまた補体活性化に密接に関連している(V.M. Holers,同書, B.P. Morgan. Eur. J. Clin. Invest., 1994: 24: 219-228)。

加齢黄斑変性(AMD)は、治療しないで放置される場合、先進国において50を超えた人々における不可逆失明の主因である(Friedman等, Arch Opthalmol, 122:564-72 (2004))。およそ8百万人のアメリカ人がAMDの中間期黄斑網膜中心)における大きなサイズのドルーゼンの存在によって特徴付けられる)にあり、彼らに疾患進行及び視力喪失になるリスクをもたらしている。進行期AMDは二つの臨床形態に分類される:地図状萎縮(GA)と、脈絡膜血管新生(CNV)により特徴付けられる滲出型又はウェット型である(Age-Related Eye Disease Study [AREDS] Research Group, Arch Ophthalmol, 121:1621-24 (2003))。GAは、覆っている視細胞萎縮を伴う網膜色素上皮(RPE)細胞死集密的な領域を意味する。GAは視覚機能に大きな影響をもたらす:患者サブセットのおよそ40%が2年で少なくとも3スネレン等価視力ラインを失うことが示されている(Sunness等, Retina, 7:204-10 (2007))。AMDの病因は殆ど知られていないが、年齢喫煙民族性食餌及び遺伝的特徴がAMDにおける危険因子であると示唆されており(Amabti等, Surv Opthalmol, 48(3): 257-93 (2003);Gorin等, Mol Aspects Med, 33:467-486 (2012))、第二補体経路(ACP)がAMDに関係付けられている (de Jong, N. Engl J. Med., 355: 1474-1485 (2006))。ACPの増加した活性化は、RPEとブルッフ膜の間の空間におけるリポタンパク質性沈着であるドルーゼンに見出されており、これはAMDの特徴である。更に、AMDにおけるACP活性化の役割はヒト遺伝学によって裏付けられている(Yates等, New Engl J Med, 357: 553-61 (2007))。補体因子Dは、第二補体経路(ACP)の活性化において極めて重要な役割を果たす律速酵素である。AMDの病理発生におけるD因子の証拠は、D因子の遺伝的欠損を伴うマウスモデルにおける酸化ストレス媒介性光受容体変性に対する保護(Rohrer等, Invest Ophtalmol Vis Sci, 48:5282-89 (2007))とAMD患者対対照血清中のD因子を含む補体の全身性活性化の増加の検出を含み、AMDが加齢黄斑の局所症状を伴う全身性疾患でありうることを示唆している(Scholl等,PLos ONE, 3(7):e2593 (2008))。更に、AMDの遺伝的特徴に関する多くの論文が、補体因子H(CFH)における一塩基多型を独立に確認している。Y402Hは、早期と後期双方のAMDを発症するリスクの増加に強く関連していた(Edwards等, Science, 308(5720): 421-4 (2005);Hageman等, PNAS, 102(20): 7227-32 (2005);Haines等, Science, 208(5720): 419-21 (2005);Klein等, Science, 308(5720): 385-9 (2005);Prosser等, J. Exp. Med., 204(10: 2277-83 (2007);Zareparsi等, Am J. Hum Genet, 77:149-153 (2005))。他のリスクアレルは、補体因子H(CFH)リスク座(rs10737680)、補体因子I(CFI)リスク座(rs4698775)、補体成分2/補体因子B(C2/CFB)リスク座(rs429608)、及び補体成分(C3)リスク座(rs2230199)における多型を含む(Fritsche等, Nat Genet, 45:433-439 (2013))。CFI、CFH、C2、CFB及びC3は補体経路の更なるメンバーである。補体経路における遺伝子に関連する更なるSNPとそれらのAMDとの相関は、例えばPCT公報の国際公開第2011/017229号、国際公開第2009/146204号及び国際公開第2009/134709号において関係づけられている。しかしながら、これらの文献の何れも、同定されたSNPと、患者の疾患が如何に経時的に進行するか又は患者がAMD療法に如何に良好に応答するかとの相関を開示も示唆もしていない。AMD進行に対する遺伝的影響のプロスペクティブ研究では、補体経路におけるSNP等の遺伝的変異体が、中程度のドルーゼンから大きなドルーゼンへの、また大きなドルーゼンからGA又はNYへの進行に関連していた。Yu等, Invest. Ophthalm. & Visual Sci., 53:1548-56 (2012)。該結果は、AMDに関連する遺伝子が、進行中における明確に異なるAMD段階間移行に関与している場合があることを示唆している。しかしながら、同定された遺伝子が、例えばGAのような進行期において、疾患進行速度に関連しているかどうかは知られていなかった。

現在、抗VEGF(血管内皮細胞増殖因子)が、進行期AMDのウェット型の殆どの症例の治療のための標準治療法である。現在はGAの進行を停止又は遅延させる有効な治療法はない。GAの進行を防止する承認された治療法は存在せず、GAの患者にとって重要な満たされていない要求を作り出している。よって、GAのための効果的な治療法とGA患者を如何にして治療するかを理解するための改善された方法を同定する必要性が存在する。具体的には、GA進行速度増加のリスクがあり、抗D因子抗体治療から恩恵を受ける可能性の高い患者を同定するために有用な診断方法は、これらの患者の臨床管理に大いに役立つであろう。この発明はこれらの必要性やその他の必要性を満たす。

特許出願及び刊行物を含むここで引用された全ての文献は、あらゆる目的のためにその全体が出典明示により援用される。

概要

D因子阻害剤での治療のための患者を選択し又は同定する方法の提供。変性疾患の患者における変性疾患の進行速度を予測する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、変性疾患の進行速度が増加している可能性が高いとして同定することを含む、方法。

目的

本発明の一実施態様は、AMD(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)の進行に対するリスクが増加した個体を同定する方法であって、個体の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレル(例えば、変性疾患関連多型、例えばAMD関連多型)を保有すると判定される個体が、AMD(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)の進行リスクが増加した個体として同定される方法を提供する

効果

実績

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請求項1

変性疾患患者における変性疾患の進行速度を予測する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、変性疾患の進行速度が増加している可能性が高いとして同定することを含む、方法。

請求項2

CFIアレルがその等価なアレルであり、CFHアレルがその等価なアレルであり、C2アレルがその等価なアレルであり、CFBアレルがその等価なアレルであり、又はC3アレルがその等価なアレルである、請求項1に記載の方法。

請求項3

CFIアレルが一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルが一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、かつC3アレルが一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む、請求項1に記載の方法。

請求項4

生体試料が、血液試料唾液口腔粘膜採取検体組織試料又は体液試料である、請求項1に記載の方法。

請求項5

核酸試料がDNAを含む、請求項1に記載の方法。

請求項6

核酸試料がRNAを含む、請求項1に記載の方法。

請求項7

核酸試料が増幅される、請求項1に記載の方法。

請求項8

核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、請求項7に記載の方法。

請求項9

少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項8に記載の方法。

請求項10

少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、請求項8に記載の方法。

請求項11

少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法ホモニア蛍光PCRベース一塩基多型解析リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項1に記載の方法。

請求項12

少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項1に記載の方法。

請求項13

患者におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、疾患の進行速度の増加を示す、請求項1に記載の方法。

請求項14

一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項3に記載の方法。

請求項15

変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項1に記載の方法。

請求項16

加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期AMDである、請求項15に記載の方法。

請求項17

進行期AMDが地図状萎縮(GA)である、請求項16に記載の方法。

請求項18

遺伝子型が、表9に従って各アレルに対して配列番号:17−41から選択されるオリゴヌクレオチドセットを使用してPCRによって検出され、かつCFIアレルに対してのSNP rs4698775のリスクアレルGが、CFHアレルに対するSNP rs1329428か又はC2/CFBアレルに対するSNP rs429608の何れかの少なくとも一のリスクアレルGと共に存在するとき、患者が増加した進行速度を有している可能性が高いと同定される、請求項1に記載の方法。

請求項19

オリゴヌクレオチドセットが、表9に従って、配列番号17、18、25、26、34及び35からなる群から選択される順方向プライマー;配列番号19、20、27、28、36及び37からなる群から選択される逆方向プライマー及び配列番号21−24、29−33、及び38−41からなる群から選択される標識プローブを含む、請求項18に記載の方法。

請求項20

rs4698775(CFI)における遺伝子型が、配列番号:19又は20の逆方向プライマー及び配列番号:21−24から選択される標識プローブと組み合わせて配列番号:17又は18の順方向プライマーを使用して検出され;rs429608(C2)における遺伝子型が、配列番号:27又は28の逆方向プライマー及び配列番号:29−33から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号:25又は26の順方向プライマーを使用して検出され;かつrs1329428(CFH)における遺伝子型が、配列番号:36又は37の逆方向プライマー及び配列番号:38−41から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号:34又は35の順方向プライマーを使用して検出される、請求項19に記載の方法。

請求項21

変性疾患の患者を、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法応答する可能性が高いとして同定する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定することを含む、方法。

請求項22

CFIアレルがその等価なアレルであり、CFHアレルがその等価なアレルであり、C2アレルがその等価なアレルであり、CFBアレルがその等価なアレルであり、又はC3アレルがその等価なアレルである、請求項21に記載の方法。

請求項23

CFIアレルが一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルが一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、かつC3アレルが一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む、請求項21に記載の方法。

請求項24

生体試料が、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、請求項21に記載の方法。

請求項25

核酸試料がDNAを含む、請求項21に記載の方法。

請求項26

核酸試料がRNAを含む、請求項21に記載の方法。

請求項27

核酸試料が増幅される、請求項21に記載の方法。

請求項28

核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、請求項21に記載の方法。

請求項29

少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項28に記載の方法。

請求項30

少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、請求項28に記載の方法。

請求項31

少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項21に記載の方法。

請求項32

少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項21に記載の方法。

請求項33

患者におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗D因子抗体での治療に対する応答の可能性の増加を示す、請求項21に記載の方法。

請求項34

一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項23に記載の方法。

請求項35

変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項21に記載の方法。

請求項36

加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期AMDである、請求項35に記載の方法。

請求項37

進行期AMDが地図状萎縮(GA)である、請求項36に記載の方法。

請求項38

抗D因子抗体又はその抗原結合断片が、HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3、及びHVRL3を含み、各HVRが配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列番号:5及び配列番号:6のアミノ酸配列を有する、請求項21に記載の方法。

請求項39

抗D因子抗体又はその抗原結合断片が、配列番号:7の可変重鎖及び/又は配列番号:8の可変軽鎖を含む、請求項21に記載の方法。

請求項40

抗D因子抗体又はその断片が、ラムパリズマブである、請求項21に記載の方法。

請求項41

抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法を患者に推奨する工程を更に含む、請求項21に記載の方法。

請求項42

抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法で患者を治療する工程を更に含む、請求項41に記載の方法。

請求項43

抗D因子抗体又はその抗原結合断片が、HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3、及びHVRL3を含み、各HVRが配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列番号:5及び配列番号:6のアミノ酸配列を有する、請求項42に記載の方法。

請求項44

抗D因子抗体又はその抗原結合断片が、配列番号:7の可変重鎖及び/又は配列番号:8の可変軽鎖を含む、請求項42に記載の方法。

請求項45

抗D因子抗体又はその断片がラムパリズマブである、請求項42に記載の方法。

請求項46

遺伝子型が、表9に従って各アレルに対して配列番号:17−41から選択されるオリゴヌクレオチドセットを使用してPCRによって検出され、かつCFIアレルに対してのSNP rs4698775のリスクアレルGが、CFHアレルに対するSNP rs1329428か又はC2/CFBアレルに対するSNP rs429608の何れかの少なくとも一のリスクアレルGと共に存在するとき、患者が抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いと同定される、請求項21に記載の方法。

請求項47

オリゴヌクレオチドセットが、表9に従って、配列番号17、18、25、26、34及び35からなる群から選択される順方向プライマー;配列番号19、20、27、28、36及び37からなる群から選択される逆方向プライマー及び配列番号21−24、29−33、及び38−41からなる群から選択される標識プローブを含む、請求項46に記載の方法。

請求項48

rs4698775における遺伝子型が、配列番号:19又は20の逆方向プライマー及び配列番号:21−24から選択される標識プローブと組み合わせて配列番号:17又は18の順方向プライマーを使用して検出され;rs429608(C2)における遺伝子型が、配列番号:27又は28の逆方向プライマー及び配列番号:29−33から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号:25又は26の順方向プライマーを使用して検出され;かつrs1329428(CFH)における遺伝子型が、配列番号:36又は37の逆方向プライマー及び配列番号:38−41から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号:34又は35の順方向プライマーを使用して検出される、請求項47に記載の方法。

請求項49

抗D因子抗体又はその抗原結合断片を用いての、変性疾患の患者の治療の治療効果を最適化する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定することを含む、方法。

請求項50

抗D因子抗体又はその抗原結合断片での治療に対する変性疾患患者の応答性を予測する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定することを含む、方法。

請求項51

変性疾患患者が抗D因子抗体、又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける可能性を判定する方法において、(a)患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、(i)生体試料から単離された核酸試料を提供し、(ii)少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり;(b)CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定することを含む、方法。

請求項52

生体試料中の少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を判定するためのキットにおいて、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在に対する生体試料の遺伝子型を決定するための試薬及び指示書を含み、ここで、多型はCFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルである、キット。

請求項53

生体試料が、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、請求項52に記載のキット。

請求項54

生体試料が、変性疾患と診断された患者から得られる、請求項52に記載のキット。

請求項55

変性疾患が、加齢黄斑変性(AMD)である、請求項52に記載のキット。

請求項56

AMDが早期、中間期又は進行期AMDである、請求項55に記載のキット。

請求項57

進行期AMDが地図状萎縮(GA)である、請求項56に記載のキット。

請求項58

キットが、変性疾患患者が抗D因子抗体、又はその抗原結合断片に応答する可能性があるかどうかを判定するためのパッケージ挿入物を更に含む、請求項52に記載のキット。

請求項59

キットが、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル、又はC3リスクアレルの存在を検出するために使用される、請求項52に記載のキット。

請求項60

キットが、SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレルあるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の二のアレルの存在を検出するために使用される、請求項52に記載のキット。

請求項61

試薬が、CFI、C2、CFB、C3又はCFHアレルにおける多型を検出するために特異的なオリゴヌクレオチドセットを含む、請求項52に記載のキット。

請求項62

前記オリゴヌクレオチドセットが、SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型からなる群から選択される、多型をそれぞれCFI、C2、CFB、C3又はCFHに含むCFI、C2、CFB、C3又はCFH遺伝子の領域を増幅させるために適した順方向プライマー及び逆方向プライマーを含む、請求項61に記載のキット

請求項63

多型を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブを更に含む、請求項62に記載のキット。

請求項64

試薬が、表9に従って各アレルに対して配列番号:17−41から選択されるオリゴヌクレオチドセットを含む、請求項52に記載のキット。

請求項65

試薬が、(i)配列番号:19又は20の逆方向プライマー及び配列番号:21−24から選択される標識プローブと組み合わされた配列番号:17又は18の順方向プライマー;(ii)配列番号:27又は28の逆方向プライマー及び配列番号:29−33から選択される標識プローブと組み合わされた配列番号:25又は26の順方向プライマー;又は(iii)配列番号:36又は37の逆方向プライマー及び配列番号:38−41から選択される標識プローブと組み合わされた配列番号:34又は35の順方向プライマーを含む、請求項64に記載のキット。

請求項66

試薬が、(i)−(iii)の組合せを含む、請求項65に記載のキット。

請求項67

変性疾患を診断するための診断薬の製造のための、少なくとも一の変性疾患関連多型に特異的に結合する薬剤であって、ここで、多型が、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである、薬剤の使用。

請求項68

CFIアレルがその等価なアレルであり、CFHアレルがその等価なアレルであり、C2アレルがその等価なアレルであり、CFBアレルがその等価なアレルであり、又はC3アレルがその等価なアレルである、請求項67に記載の使用。

請求項69

CFIアレルが一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルが一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、かつC3アレルが一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む、請求項67に記載の使用。

請求項70

少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項67に記載の使用。

請求項71

少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項67に記載の使用。

請求項72

個体におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行のリスクの増加を示す、請求項67に記載の使用。

請求項73

一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項69に記載の使用。

請求項74

変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項67に記載の使用。

請求項75

加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期AMDである、請求項74に記載の使用。

請求項76

進行期AMDが地図状萎縮である、請求項75に記載の使用。

請求項77

少なくとも一の変性疾患関連多型に結合する薬剤のインビトロでの使用であって、ここで、多型が、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する見込みがある変性疾患の患者を同定するためのCFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルであり、ここで、前記多型の存在が、患者が該療法により応答する可能性があると特定する、使用。

請求項78

CFIアレルがその等価なアレルであり、CFHアレルがその等価なアレルであり、C2アレルがその等価なアレルであり、CFBアレルがその等価なアレルであり、又はC3アレルがその等価なアレルである、請求項77に記載の使用。

請求項79

CFIアレルが一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルが一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルが一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、かつC3アレルが一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む、請求項77に記載の使用。

請求項80

少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項77に記載の使用。

請求項81

少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項77に記載の使用。

請求項82

個体におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行のリスクの増加を示す、請求項77に記載の使用。

請求項83

一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項79に記載の使用。

請求項84

変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項77に記載の使用。

請求項85

加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期AMDである、請求項84に記載の使用。

請求項86

進行期AMDが地図状萎縮である、請求項85に記載の使用。

技術分野

0001

(関連出願とのクロスリファレンス
この出願は、2013年8月12日出願の米国仮特許出願第61/864941号、2013年8月16日出願の同第61/866651号、2013年8月30日出願の同第61/872098号、2014年5月2日出願の同第61/988012号、及び2014年7月7日出願の同第62/021487号の優先権を主張し、前記出願の内容はその全体が出典明示によりここに援用される。

0002

(発明の分野)
本発明は、D因子阻害剤(例えば抗D因子抗体又はその抗原結合断片)を用いて様々な補体関連病態(例えば加齢黄斑変性)を治療するための方法及び組成物に関する。また提供されるのはD因子阻害剤での治療のための患者を選択し又は同定する方法である。方法は予後及び/又は予測バイオマーカーの使用を含む。

背景技術

0003

補体系は、免疫複合体の排除及び感染病原体外来性抗原ウイルス感染細胞及び腫瘍細胞への免疫応答に中心的な役割を担っている。しかしながら、補体はまた病的炎症及び自己免疫疾患関与もしている。よって、補体カスケードの過剰な又は制御されていない活性化の阻害は、かかる疾患及び病態の患者に臨床的恩恵をもたらしうる。

0004

補体系は、古典経路及び代替経路と命名された2つの区別できる活性化経路を含む(V.M. Holers, In Clinical Immunology: Principles and Practice, R.R. Rich編, Mosby Press; 1996, 363-391)。古典経路は、通常は抗原抗体複合体の形成によって活性化されるカルシウムマグネシウム依存性カスケードである。代替経路は、ある感受性表面(例えば酵母及び細菌の細胞壁多糖類、及びある種の生体高分子材料)上でのC3の沈着及び活性化によって活性化されるマグネシウム依存性カスケードである。補体経路の活性化は、マクロファージ好中球血小板肥満細胞及び内皮細胞の活性化、血管透過性細胞溶解、及び組織傷害に関連する炎症活動を媒介する、補体タンパク質生物学的に活性な断片、例えばC3a、C4a及びC5aアナフィラトキシン及びC5b−9膜侵襲複合体(MAC)を産生する。

0005

D因子は代替補体経路の活性化に必須の高度に特異的なセリンプロテアーゼである。それは、C3bに結合したB因子を切断し、代替経路C3/C5コンバターゼ活性成分であるC3b/Bb酵素を産生する。D因子は、ヒトにおけるその血漿中濃度が非常に低い(1.8μg/ml)ので、阻害のための好適な標的となり得、代替補体経路の活性化の制限酵素であることが示されている(P.H. Lesavre及びH.J. Muller-Eberhard. J. Exp. Med., 1978; 148: 1498-1510;J.E. Volanakis等, New Eng. J. Med., 1985; 312: 395-401)。

0006

補体活性化ダウンレギュレーションは、動物モデル及びエキソビボ実験において、幾つかの疾患の徴候、例えば全身性エリテマトーデス及び糸球体腎炎(Y. Wang等, Proc. Natl. Acad. Sci.; 1996, 93: 8563-8568)、関節リウマチ(Y. Wang等, Proc. Natl. Acad. Sci., 1995; 92: 8955-8959)、心肺バイパス術及び血液透析(C.S. Rinder, J. Clin. Invest., 1995; 96: 1564-1572)、臓器移植における超急性拒絶反応(T.J. Kroshus等, Transplantation, 1995; 60: 1194-1202)、心筋梗塞(J. W. Homeister等, J. Immunol., 1993; 150: 1055-1064;H.F. Weisman等, Science, 1990; 249: 146-151)、再灌流傷害(E.A. Amsterdam等, Am. J. Physiol., 1995; 268: H448-H457)、及び成人呼吸促迫症候群(R. Rabinovici等, J. Immunol., 1992; 149: 1744-1750)の治療に効果的であることが実証されている。また、熱傷重症喘息アナフィラキシーショック腸炎症蕁麻疹、血管浮腫脈管炎多発性硬化症重症筋無力症膜性増殖性糸球体腎炎、及びシェーグレン症候群を含む、他の炎症性病態及び自己免疫/免疫複合体疾患もまた補体活性化に密接に関連している(V.M. Holers,同書, B.P. Morgan. Eur. J. Clin. Invest., 1994: 24: 219-228)。

0007

加齢黄斑変性(AMD)は、治療しないで放置される場合、先進国において50を超えた人々における不可逆失明の主因である(Friedman等, Arch Opthalmol, 122:564-72 (2004))。およそ8百万人のアメリカ人がAMDの中間期黄斑網膜中心)における大きなサイズのドルーゼンの存在によって特徴付けられる)にあり、彼らに疾患進行及び視力喪失になるリスクをもたらしている。進行期AMDは二つの臨床形態に分類される:地図状萎縮(GA)と、脈絡膜血管新生(CNV)により特徴付けられる滲出型又はウェット型である(Age-Related Eye Disease Study [AREDS] Research Group, Arch Ophthalmol, 121:1621-24 (2003))。GAは、覆っている視細胞萎縮を伴う網膜色素上皮(RPE)細胞死集密的な領域を意味する。GAは視覚機能に大きな影響をもたらす:患者サブセットのおよそ40%が2年で少なくとも3スネレン等価視力ラインを失うことが示されている(Sunness等, Retina, 7:204-10 (2007))。AMDの病因は殆ど知られていないが、年齢喫煙民族性食餌及び遺伝的特徴がAMDにおける危険因子であると示唆されており(Amabti等, Surv Opthalmol, 48(3): 257-93 (2003);Gorin等, Mol Aspects Med, 33:467-486 (2012))、第二補体経路(ACP)がAMDに関係付けられている (de Jong, N. Engl J. Med., 355: 1474-1485 (2006))。ACPの増加した活性化は、RPEとブルッフ膜の間の空間におけるリポタンパク質性沈着であるドルーゼンに見出されており、これはAMDの特徴である。更に、AMDにおけるACP活性化の役割はヒト遺伝学によって裏付けられている(Yates等, New Engl J Med, 357: 553-61 (2007))。補体因子Dは、第二補体経路(ACP)の活性化において極めて重要な役割を果たす律速酵素である。AMDの病理発生におけるD因子の証拠は、D因子の遺伝的欠損を伴うマウスモデルにおける酸化ストレス媒介性光受容体変性に対する保護(Rohrer等, Invest Ophtalmol Vis Sci, 48:5282-89 (2007))とAMD患者対対照血清中のD因子を含む補体の全身性活性化の増加の検出を含み、AMDが加齢黄斑の局所症状を伴う全身性疾患でありうることを示唆している(Scholl等,PLos ONE, 3(7):e2593 (2008))。更に、AMDの遺伝的特徴に関する多くの論文が、補体因子H(CFH)における一塩基多型を独立に確認している。Y402Hは、早期と後期双方のAMDを発症するリスクの増加に強く関連していた(Edwards等, Science, 308(5720): 421-4 (2005);Hageman等, PNAS, 102(20): 7227-32 (2005);Haines等, Science, 208(5720): 419-21 (2005);Klein等, Science, 308(5720): 385-9 (2005);Prosser等, J. Exp. Med., 204(10: 2277-83 (2007);Zareparsi等, Am J. Hum Genet, 77:149-153 (2005))。他のリスクアレルは、補体因子H(CFH)リスク座(rs10737680)、補体因子I(CFI)リスク座(rs4698775)、補体成分2/補体因子B(C2/CFB)リスク座(rs429608)、及び補体成分(C3)リスク座(rs2230199)における多型を含む(Fritsche等, Nat Genet, 45:433-439 (2013))。CFI、CFH、C2、CFB及びC3は補体経路の更なるメンバーである。補体経路における遺伝子に関連する更なるSNPとそれらのAMDとの相関は、例えばPCT公報の国際公開第2011/017229号、国際公開第2009/146204号及び国際公開第2009/134709号において関係づけられている。しかしながら、これらの文献の何れも、同定されたSNPと、患者の疾患が如何に経時的に進行するか又は患者がAMD療法に如何に良好に応答するかとの相関を開示も示唆もしていない。AMD進行に対する遺伝的影響のプロスペクティブ研究では、補体経路におけるSNP等の遺伝的変異体が、中程度のドルーゼンから大きなドルーゼンへの、また大きなドルーゼンからGA又はNYへの進行に関連していた。Yu等, Invest. Ophthalm. & Visual Sci., 53:1548-56 (2012)。該結果は、AMDに関連する遺伝子が、進行中における明確に異なるAMD段階間移行に関与している場合があることを示唆している。しかしながら、同定された遺伝子が、例えばGAのような進行期において、疾患進行速度に関連しているかどうかは知られていなかった。

0008

現在、抗VEGF(血管内皮細胞増殖因子)が、進行期AMDのウェット型の殆どの症例の治療のための標準治療法である。現在はGAの進行を停止又は遅延させる有効な治療法はない。GAの進行を防止する承認された治療法は存在せず、GAの患者にとって重要な満たされていない要求を作り出している。よって、GAのための効果的な治療法とGA患者を如何にして治療するかを理解するための改善された方法を同定する必要性が存在する。具体的には、GA進行速度増加のリスクがあり、抗D因子抗体治療から恩恵を受ける可能性の高い患者を同定するために有用な診断方法は、これらの患者の臨床管理に大いに役立つであろう。この発明はこれらの必要性やその他の必要性を満たす。

0009

特許出願及び刊行物を含むここで引用された全ての文献は、あらゆる目的のためにその全体が出典明示により援用される。

0010

本発明は、補体経路における遺伝子に関連したある種の多型が、AMD患者の進行速度並びにその抗D因子治療法に対する応答に対する信頼できる予測因子であるとの臨床試験から集められた新規で驚くべき知見に部分的に基づいている。ここで提供される治療、診断/予後及び治療への応答を予測する方法は、加齢黄斑変性に罹患している患者に適用することができる。

0011

本発明の一実施態様は、AMD(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)の進行に対するリスクが増加した個体を同定する方法であって、個体の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレル(例えば、変性疾患関連多型、例えばAMD関連多型)を保有すると判定される個体が、AMD(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)の進行リスクが増加した個体として同定される方法を提供する。幾つかの実施態様では、AMDの進行のリスク増加は、早期から中間期AMDへの及び/又は中間期から進行期AMDへの進行を含む。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、AMDの進行のリスク増加は、AMD段階(早期AMD、中間期AMD及び進行期AMDを含む)の各々において早期からより進行した疾患への進行を含み、早期AMDは、複数の小さな(<63μm)又は≧1の中程度のドルーゼン(≧63μmで<125μm)により特徴付けられ;中間期AMDは、しばしば網膜色素上皮の色素沈着過剰又は色素沈着低下を伴う多くの中程度又は≧1の大きなドルーゼン(≧125μm)によって特徴付けられ;進行期AMDは、地図状萎縮(GA)又は血管新生(ウェット)AMDによって特徴付けられる。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、補体因子I(CFI)リスクアレル、補体因子H(CFH)リスクアレル、補体成分2(C2)リスクアレル、補体因子B(CFB)リスクアレル及び/又は補体成分3(C3)リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs2230199にGを含むか、又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置している(ゲノムリファレンスコンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸アルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流又は下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、個体は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、個体におけるリスクアレルの存在は、個体からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチド同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法ホモニア蛍光PCRベース一塩基多型解析リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料唾液試料口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)がある患者として同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しているとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あ
るいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有していないならば、AMD進行のリスクが減少しているとして同定される。

0012

本発明の一実施態様は、AMD(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)の進行を予測する方法であって、患者の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレル(例えばAMD関連多型)を保有すると判定される個体が、AMD(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)の進行のリスクが増加した患者として同定される方法を提供する。幾つかの実施態様では、AMDの進行のリスク増加は、早期から中間期AMDへの及び/又は中間期から進行期AMDへの進行を含む。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、AMDの進行のリスク増加は、AMD段階(早期AMD、中間期AMD及び進行期AMDを含む)の各々において早期からより進行した疾患への進行を含み、早期AMDは、複数の小さな(<63μm)又は≧1の中程度のドルーゼン(≧63μmで<125μm)により特徴付けられ;中間期AMDは、しばしば網膜色素上皮の色素沈着過剰又は色素沈着低下を伴う多くの中程度又は≧1の大きなドルーゼン(≧125μm)によって特徴付けられ;進行期AMDは、地図状萎縮(GA)又は血管新生(ウェット)AMDによって特徴付けられる。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、補体因子I(CFI)リスクアレル、補体因子H(CFH)リスクアレル、補体成分2(C2)リスクアレル、補体因子B(CFB)リスクアレル及び/又は補体成分3(C3)リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs4698775のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs17440077のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs10737680のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs1329428のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs2230199にGを含むか、又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs2230199のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流及び下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流又は下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、個体は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレ
オチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加(例えば中間期又は進行期AMD、例えばウェット(血管新生/滲出)AMD又は地図状萎縮)がある患者として同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しているとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有していないならば、AMD進行のリスクが減少しているとして同定される。

0013

本発明は、患者における変性疾患(例えばAMD)を抗D因子抗体、又はその抗原結合断片で治療する方法を、少なくとも部分的に含む。一態様では、本発明は、様々な変性疾患(例えば加齢黄斑変性)を補体阻害剤で治療するための方法と組成物を含む。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。ここに開示される実施態様の何れかにおいて、補体阻害剤は、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。従って、本発明の一実施態様は、患者における加齢黄斑変性を治療する方法において、加齢黄斑変性と診断された患者に、有効量の抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を投与することを含み、ここで、患者が加齢黄斑変性に対する一又は複数のリスクアレル(例えばAMD関連多型)を保有している、方法を提供する。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルはCFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはCFIリスクアレルである。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs4698775のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs17440077のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs10737680のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs1329428のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs2230199にGを含むか、又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs2230199のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流及び下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流又は下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加があり、抗D因子抗体又はその抗原結合断片に応答する可能性がある患者として同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs13294
28、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しており、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療に応答する可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有していないならば、より進行期のAMDへの進行のリスクが減少しており、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療に応答する可能性が少ないとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮(GA)面積平均変化を有する。幾つかの実施態様では、GA面積の平均変化は、標準的なイメージング法(例えば眼底自発蛍光FAF)又はカラー眼底写真(CFP)を介したGA面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。

0014

本発明の更なる実施態様は、抗D因子抗体での治療から恩恵を受け、及び/又は該治療に応答しうる変性疾患患者(例えばAMD患者)を同定する方法において、患者の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレルを保有すると判定される患者が、抗D因子抗体又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受けうる患者として同定される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、該方法は、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法を選択することを更に含む。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレル(例えばAMD関連多型)は、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはCFIリスクアレルである。幾つかの実施態様では、CFIアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs4698775のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFIアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs17440077のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs10737680のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs1329428のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs2230199にGを含むか、又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs2230199のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流又は下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。 幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加があり、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療から恩恵を受け、及び/又は該治療に応答する可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は
二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しているとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有していないならば、より進行期のAMDへの進行のリスクが減少しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。

0015

本発明の他の実施態様は、変性疾患(例えばAMD)の治療に対して治療効果を最適化する方法において、患者の遺伝子型を決定することを含み、ここで、リスクアレル(例えばAMD関連多型)を保有すると判定される患者が、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片又はその抗原結合断片での治療に応答する可能性が高い、方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはCFIリスクアレルである。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs4698775のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFIアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs17440077のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs10737680のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs1329428のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs2230199にGを含むか、又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs2230199のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流又は下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流及び下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加があり、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療から恩恵を受ける可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs1073768
0又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮(GA)面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、GA面積の平均変化は、標準的なイメージング法(例えば眼底自発蛍光(FAF)又はカラー眼底写真(CFP)を介したGA面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。幾つかの実施態様では、該方法は対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。

0016

本発明の更に他の実施態様は、変性疾患(例えばAMD)患者の抗D因子抗体又はその抗原結合断片での治療に対する応答性を予測する方法であって、患者の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレルを保有すると判定される患者が、AMD進行(例えばGA進行)のリスクが増加しており、抗D因子抗体又はその抗原結合断片での治療に応答する可能性が高い患者として同定される、方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレル(例えばAMD関連多型))は、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはCFIリスクアレルである。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs4698775のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFIアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs17440077のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs10737680のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs1329428のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいはSNP rs2230199にGを含むか、又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs2230199のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流及び下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、血液試料は、全血血液由来細胞血漿血清及びそれらの組合せを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加があり、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療から恩恵を受ける可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価ア
レルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。幾つかの実施態様では、該方法は対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。

0017

本発明の更に他の実施態様は、AMD患者が抗D因子抗体、又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける可能性を判定するための方法において、患者の遺伝子型を決定することを含み、ここで、リスクアレルを保有する患者が、AMD進行のリスクが増加しており、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片での治療に応答する可能性が高いとして同定される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたSNPの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレル(例えばAMD関連多型) はCFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはCFIリスクアレルである。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs4698775:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs4698775にGを含むか、又はrs4698775に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs4698775のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFIリスクアレルは、rs17440077G:アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs17440077にGを含むか、又はrs17440077に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs17440077のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs10737680:Aアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs10737680にAを含むか、又はrs10737680に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs10737680のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFHリスクアレルは、rs1329428:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs1329428にGを含むか、又はrs1329428に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs1329428のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C2リスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs429608にGを含むか又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、CFBリスクアレルは、rs429608:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs429608にGを含むか、又はrs429608に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs429608のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、C3リスクアレルは、rs2230199:Gアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたSNP rs2230199にGを含むか又はrs2230199に連鎖不平衡にある代替SNPを含む。幾つかの実施態様では、代替SNPは、マイナーアレル又は選択されたSNP rs2230199のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はD’尺度又はr2尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のD’尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は≧0.60である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は、≧0.70、0.80又は0.90である。幾つかの実施態様では、選択されたSNPと代替SNPの間のr2尺度は1.0である。幾つかの実施態様では、代替SNPは表4−7において指定されたSNPである。幾つかの実施態様では、SNP rs4698775は、ヒト4番染色体上の位置110590479に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs10737680は、ヒト1番染色体上の位置196679455に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs1329428は、ヒト1番染色体上の位置196702810に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs429608は、ヒト6番染色体上の位置31930462に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。幾つかの実施態様では、SNP rs2230199は、ヒト19番染色体上の位置6718387に位置しており(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替SNPは、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(rs4698775に対して)(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)、SEC24B遺伝子とEGF遺伝子の間のヒト4番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs17440077に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs10737680に対して)、KCNT2遺伝子とLHX9遺伝子の間のヒト1番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs1329428に対して)、SLC44A4遺伝子とTNXB遺伝子の間のヒト6番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs429608に対して)、TNFSF14遺伝子とVAV1遺伝子の間のヒト19番染色体(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)(rs2230199に対して)上に位置している。幾つかの実施態様では、代替SNPは、選択されたSNPの上流及び下流の500000塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、CFIリスクアレル及び/又はCFHリスクアレル及び/又はC2リスクアレル及び/又はCFBリスクアレル及び/又はC3リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等のAMDリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はDNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はRNAを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムDNAが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムDNAを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはPCR解析、配列解析又はLCR解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、SNP rs4698775におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs17440077におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs10737680におけるAヌクレオチドの存在、SNP rs1329428におけるGヌクレオチドの存在、SNP rs429608におけるGヌクレオチドの存在又はSNP rs2230199におけるGヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、AMDの進行のリスク増加があり、抗D因子抗体又はその抗原結合断片に応答する可能性がある患者として同定される。患者は、もし患者がCFIに関連したrs4698775又はrs17440077、又はその等価アレル、CFHに関連したrs1329428、又はその等価アレル、又はC2/CFBに関連したrs429608、又はその等価アレル、C3に関連したrs2230199、又はその等価アレルにGアレルの一又は二のコピーを、あるいはCFHに関連したrs10737680又はその等価アレルにAアレルの一又は二のコピーを有しているならば、AMD進行のリスクが増加しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを
有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。

0018

本発明の更に他の実施態様は、患者の変性疾患(例えばAMD)を治療する方法において、変性疾患と診断された患者に有効量の抗D因子抗体又はその抗原結合断片を投与することを含み、ここで、患者は対照と比較して治療後にAMDの進行が減少している、方法を提供する。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮(GA)面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、GA面積の平均変化は、標準的なイメージング法(例えば眼底自発蛍光(FAF)又はカラー眼底写真(CFP)を介したGA面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。

0019

本発明の更に他の実施態様は、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受けうる変性疾患患者(例えばAMD患者)を同定する方法において、患者のベースラインGA面積を決定することを含み、ここで、臨床的介入を必要とするベースラインGA面積を有する患者が、抗D因子抗体での治療から恩恵を受けうる患者として同定される、方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライAMDである。幾つかの実施態様では、ドライAMDは進行期ドライAMDである。幾つかの実施態様では、進行期ドライAMDは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮(GA)面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、GA面積の平均変化は、標準的なイメージング法(例えば眼底自発蛍光(FAF)又はカラー眼底写真(CFP)を介したGA面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期AMD又は中間期AMDである。幾つかの実施態様では、早期AMD又は中間期AMDの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある(例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し(早期及び中間期AMDに対して)、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする(中間期AMDに対して)ことを含みうる)。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。

0020

幾つかの実施態様では、ここに記載の方法における補体阻害剤は、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片である。幾つかの実施態様では、抗体はD因子に特異的に結合する。幾つかの実施態様では、抗体は、アミノ酸配列ITSTDDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体は、モノクローナル抗体抗体断片キメラ抗体ヒト化抗体単鎖抗体又はその各抗原エピトープへの抗D因子抗体の結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗D因子抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む抗D因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖配列;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列を含む重鎖;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体は、他のD因子抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含むD因子抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖配列;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列を含む重鎖;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブが結合するD因子の同じエピトープに結合する。

0021

幾つかの実施態様では、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、眼球内又は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、10mgのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月10mg又は隔月10mgのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月10mg又は隔月10mgのフラットな用量で硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体又は抗原結合断片の別の製剤又は薬物送達モードは、10mgより少ないか又は多い用量を含みうる。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、長時間作用性送達(LAD)装置を介して投与される場合、10mgより少ない用量で投与される。例えば、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、9、8、7、6、5、4、3、2、1mgの用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、硝子体内に投与される場合、10mgより多い用量で投与される。例えば、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20mgの用量で投与される。

0022

幾つかの実施態様では、抗体の投与は次のものの一又は複数に効果的である:(1)GA面積の低減、(2)視力喪失の低減。幾つかの実施態様では、ここに記載の方法は、患者に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。幾つかの実施態様では、第二の医薬はAMDに対する標準治療である。

0023

他の態様では、本発明は、D因子阻害剤の投与を含む、リスクアレルを保有し、治療を必要とする患者の治療のための治療レジメンを提供する。幾つかの実施態様では、補体阻害剤は抗D因子抗体、又はその抗原結合断片である。幾つかの実施態様では、抗体は5−30mgのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月5−15mg又は隔月10−30mgのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、眼球内又は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月5mg又は15mgのフラットな用量で硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列

を含む重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列

を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するはラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体は、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体又はその各抗原エピトープへの抗D因子抗体の結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗D因子抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む抗D因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖配列;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列を含む重鎖;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体は、他のD因子抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含むD因子抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖配列;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列を含む重鎖;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブが結合するD因子の同じエピトープに結合する。

0024

他の態様では、本発明は、D因子阻害剤での治療から恩恵を受けうるAMD患者を同定する方法であって、患者からの試料から遺伝子型を決定することを含み、ここで、遺伝子型アッセイによって測定されるリスクアレルを保有する患者が、D因子阻害剤での治療から恩恵を受けうる患者として同定される、方法を提供する。他の態様では、本発明は、AMD患者のD因子阻害剤での治療に対する応答性を予測する方法であって、患者からの試料から遺伝子型を決定することを含み、ここで、リスクアレルを保有する患者が、D因子阻害剤での治療に応答する可能性がある患者として同定される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、遺伝子型アッセイは、SNPアレイ、Taqman(Hui等, Current Protocol in Human Genetics, Supp 56: 2.10.1-2.10.8 (2008))、蛍光偏光法、Sequenom又はここに記載のSNP解析のための他の方法を使用して実施される。幾つかの実施態様では、遺伝子型アッセイはPCR又はシークエンシングを利用する。

0025

他の態様では、本発明は、HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3、及びHVRL3を含み、ここで、各HVRは、配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列番号:5及び配列番号:6のアミノ酸を有する抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を、変性疾患に罹患している患者に毎月10mgの用量で投与することを含む変性疾患を治療する方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期AMDである。一実施態様では、進行期AMDは地図状萎縮である。一実施態様では、第二の医薬が投与される。一実施態様では、第二の医薬はVEGF阻害剤である。一実施態様では、VEGF阻害剤はラニビズマブである。一実施態様では、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号:7を含むVHと配列番号:8を含むVLを含む抗体又はその抗原結合断片である。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100%を越えるGA面積の減少変化を生じる。 一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から80%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から75%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から70%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から65%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から60%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から55%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から50%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から45%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から40%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から35%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から30%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から25%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から20%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から15%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から10%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインGA面積から5%を越えるGA面積の減少変化を生じる。一実施態様では、患者は、AMDに続発する地図状萎縮を有している。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/400の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/50と20/100の間のBCVAを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、20/25より良いか20/400より悪いBCVAを有する。一実施態様では、BCVAはETDRSチャートを使用して決定された。一実施態様では、患者は、試験眼において如何なる硝子体内治療、網膜手術又は他の網膜治療術も過去に受けていない。

0026

一態様では、本発明は、変性疾患患者からの生体試料でのジェノタイピングのためのキットであって、リスクアレルの検出のためのポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシング用のオリゴヌクレオチドを含むキットを提供する。他の態様では、本発明は、生体試料における少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を決定するためのキットであって、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について生体試料の遺伝子型を検出するための試薬及び指示書を含み、ここで、多型が、CFIアレル、CFHアレル、C2アレル、CFBアレル、又はC3アレルからなる群から選択されるリスクアレルである、キットを提供する。一実施態様では、生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である。一実施態様では、生体試料は核酸試料である。一実施態様では、核酸試料はDNAを含む。一実施態様では、核酸試料はRNAを含む。一実施態様では、核酸試料は増幅される。一実施態様では、生体試料は、早期、中間期及び進行期AMDを含む、AMDのような変性疾患と診断された患者から得られる。一実施態様では、進行期AMDはGAである。一実施態様では、キットは、変性疾患患者が抗D因子抗体、又はその抗原結合断片に対して応答する可能性があるかどうかを判定するためのパッケージ挿入物を更に含む。一実施態様では、キットは、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルの存在を検出するために使用される。一実施態様では、キットは、SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレルあるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の二のアレルの存在を検出するために使用される。一実施態様では、キットの試薬は、CFI、C2、CFB、C3又はCFHアレルにおける多型の検出に対して特異的なオリゴヌクレオチドセットを含む。本発明によるオリゴヌクレオチドは、SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型からなる群から選択される、CFI、C2、CFB、C3又はCFHそれぞれに多型を含むCFI、C2、CFB、C3又はCFH遺伝子の領域を増幅させるために適した順方向プライマー及び逆方向プライマーでありうる。キットは、多型を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブを更に含みうる。本発明に対するプライマー及びプローブとして有用なオリゴヌクレオチドは、配列番号:17−41のような表9に列挙されたものを含む。一態様では、キットの試薬は、(i)配列番号:19又は20の逆方向プライマー及び配列番号:21−24から選択される標識プローブと組み合わされる配列番号:17又は18の順方向プライマー;(ii)配列番号:27又は28の逆方向プライマー及び配列番号:29−33から選択される標識プローブと組み合わされる配列番号:25又は26の順方向プライマー;あるいは(iii)配列番号:36又は37の逆方向プライマー及び配列番号:38−41から選択される標識プローブと組み合わされる配列番号:34又は35の順方向プライマーを含む。一実施態様では、キットの試薬は、上記の(i)、(ii)及び(iii)に列挙されたプライマーとプローブを組み合わせる。

0027

他の態様では、本発明は、患者が抗D因子抗体又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける高い可能性を有しているかどうかを予測するためのキットであって、CFI、C2、CFB、C3又はCFHにおける多型に特異的な第一のオリゴヌクレオチドと第二のオリゴヌクレオチドを含む、キットを提供する。一実施態様では、前記第一のオリゴヌクレオチドと前記第二のオリゴヌクレオチドは、SNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型からなる群から選択される、多型をCFI、C2、CFB、C3又はCFHのそれぞれに含むCFI、C2、CFB、C3又はCFH遺伝子の領域を増幅させるために使用されうる。一実施態様では、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2、HVRL3、及びHVRL3を含み、各HVRは、配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列番号:5及び配列番号:6のアミノ酸配列を有する。

0028

本発明の一態様では、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号:7の可変重鎖及び/又は配列番号:8の可変軽鎖を含む。

0029

本発明の一態様では、多型はCFI多型である。一実施態様では、CFI多型は、CFH多型、C2多型、C3多型又はCFB多型からなる群から選択される一又は複数の更なる多型と組み合わされて存在する。

0030

一態様では、本発明は、変性疾患を診断するための診断薬(diagnostic)の製造のための、少なくとも一の変性疾患関連多型であって、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルからなる群から選択されるマイナーアレルである多型に特異的に結合する薬剤の使用を提供する。一実施態様では、CFIアレルはその等価なアレルであり、CFHアレルはその等価なアレルであり、C2アレルはその等価なアレルであり、CFBアレルはその等価なアレルであり、又はC3アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、CFIアレルは一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルは一塩基多型(SNP)rs10737680にAを、又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、C3アレルは一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期AMDである。一実施態様では、進行期AMDは地図状萎縮である。

0031

一態様では、本発明は、抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する見込みがある変性疾患の患者を同定するための、少なくとも一の変性疾患関連多型であって、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである多型に結合する薬剤のインビトロでの使用であって、ここで、前記多型の存在が、患者が該療法により応答する可能性があると特定する、使用を提供する。一実施態様では、CFIアレルはその等価なアレルであり、CFHアレルはその等価なアレルであり、C2アレルはその等価なアレルであり、CFBアレルはその等価なアレルであり、又はC3アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、CFIアレルは一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルは一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、C3アレルは一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期AMDである。一実施態様では、進行期AMDは地図状萎縮である。

0032

一態様では、本発明は、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に対して応答する可能性があるとして、変性疾患に罹患している患者を選択するための変性疾患関連多型のインビトロでの使用であって、ここで、変性疾患関連多型が患者からの試料において検出されるときに、患者が該療法により応答する可能性が高いと特定される、使用を提供する。一実施態様では、変性疾患関連多型はAMD関連多型である。一実施態様では、AMD関連多型は、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性がある変性疾患の患者を同定するための、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルであり、前記多型の存在が、患者が該療法に応答する可能性が高いことを特定する。一実施態様では、CFIアレルはその等価なアレルであり、CFHアレルはその等価なアレルであり、C2アレルはその等価なアレルであり、CFBアレルはその等価なアレルであり、又はC3アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、CFIアレルは一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルは一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、C3アレルは一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期AMDである。一実施態様では、進行期AMDは地図状萎縮である。

0033

一態様では、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に対する、変性疾患に罹患している患者の応答の可能性を評価するための診断薬の製造のための変性疾患関連多型の使用を提供する。一実施態様では、変性疾患関連多型はAMD関連多型である。一実施態様では、AMD関連多型は、抗D因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性がある変性疾患の患者を同定するための、CFIリスクアレル、CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル又はC3リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルであり、前記多型の存在が、患者が該療法に応答する可能性が高いことを特定する。一実施態様では、CFIアレルはその等価なアレルであり、CFHアレルはその等価なアレルであり、C2アレルはその等価なアレルであり、CFBアレルはその等価なアレルであり、又はC3アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、CFIアレルは一塩基多型(SNP)rs4698775又はrs17440077にGを含み、CFHアレルは一塩基多型(SNP)rs10737680にAを又は一塩基多型(SNP)rs1329428にGを含み、C2アレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、CFBアレルは一塩基多型(SNP)rs429608にGを含み、C3アレルは一塩基多型(SNP)rs2230199にGを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアDNAシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、テンポラル温度勾配電気泳動法(TTGE)、Zn(II)−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光PCRベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットSNPジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、5’ヌクレアーゼ反応、Taqmanアッセイ、MassArray(マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法)、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム(Invader Assay(登録商標)等)、一塩基プライマー伸長(SBE)アッセイ、PCR増幅(例えば、磁気ナノ粒子(MNP)でのPCR増幅、PCR産物の制限酵素解析(RFLP法)、アレル特異的PCR、マルチプルプライマー伸長法(MPEX)、及び等温smart増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるSNP rs4698775、SNP rs17440077、SNP rs1329428、SNP rs429608又はSNP rs2230199におけるG遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはSNP rs10737680におけるA遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型(SNP)rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期AMDである。一実施態様では、進行期AMDは地図状萎縮である。

0034

一態様では、本発明は、補体関連遺伝子座の一又は複数のヌクレオチド位置における多型を検出するためのオリゴヌクレオチドを提供する。一実施態様では、補体関連遺伝子座は、CFH、CFI、C3、C2及びCFBリスク遺伝子座から選択される。一実施態様では、ヌクレオチド位置は、rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608及びrs2230199に関連したヌクレオチド位置からなる群から選択される。一実施態様では、オリゴヌクレオチドは、配列番号:17−41からなる群から選択される配列の一又は複数の3’末端ヌクレオチドに少なくとも90%同一であり、これを有する。該オリゴヌクレオチドは、3’末端ヌクレオチド及び/又は3’末端における最後の前の5つのヌクレオチド間の少なくとも一のミスマッチを除き、前記配列の一つと3以下のミスマッチを含むかもしれない。該オリゴヌクレオチドは、3’末端の末端の5つのヌクレオチド間に少なくとも一の修飾されたヌクレオチドを更に含むかもしれない。幾つかの実施態様では、オリゴヌクレオチドは、rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199のアレルの一又は複数を検出するのに適している。

0035

一態様では、本発明は、CFH、CFI、C3、C2又はCFBリスク遺伝子座におけるSNPを検出する診断方法である。一実施態様では、SNPは、rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、及びrs2230199から選択される。一実施態様では、SNPは、配列番号:17−41から選択されるオリゴヌクレオチド又は該オリゴヌクレオチドに対して少なくとも90%同一であってその3’末端ヌクレオチドを有する変異体を使用して検出される。一実施態様では、該方法は、核酸を含む生体試料をオリゴヌクレオチドの一又は複数に、対応する下流のプライマー及び検出プローブの存在下で接触させることを含む。有利には、数個のSNPの検出を単一反応で実施することができる。幾つかの実施態様では、幾つかの近接した多型を、例えば、一反応混合物において単一の下流プライマー及び場合によっては単一の検出プローブと組み合わせることができる表9に列挙された配列から選択される、二つ以上のアレル特異的オリゴヌクレオチドを含む単一反応で検出することができる。更なる実施態様では、該方法は、核酸を含む試験試料を、対応する順方向及び逆方向プライマー(つまり、指数関数的増幅を可能にするように標的DNA核酸の反対のストランドにハイブリダイズすることができるプライマー)、ヌクレオシド三リン酸及び核酸ポリメラーゼの存在下で、変異が試料中に存在するときにのみ一又は複数のアレル特異的プライマーが効率的に伸長されるように、SNP特異的プローブとしてのオリゴヌクレオチドの一又は複数と接触させ、プライマー伸長の有無を直接的又は間接的に検出することによって変異の有無を検出することを含む。

0036

特定の実施態様では、プライマー伸長の存在はプローブで検出される。該プローブは、放射性又は発色団フルオロフォア)標識、例えば、FAM、JA270、CY5ファミリー染料、又はHEX染料を取り込んだ標識で標識化されうる。蛍光標識されたプローブを使用する検出の一例として、変異はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(rt−PCR)によって検出することができ、プローブのハイブリダイゼーションはプローブの酵素消化と生じる蛍光の検出をもたらす(TaqManTM probe method, Holland等(1991) P.N.A.S. USA 88:7276-7280)。別法では、伸長産物及び増幅産物の存在は、例えばSambrook, J.及びRussell, D.W. (2001) Molecular Cloning, 3版 CSHLPress, 5及び9章に記載されているように、ゲル電気泳動と続く染色又はブロッティング及びハイブリダイゼーションによって検出することができる。

0037

幾つかの実施態様では、ここに記載され、ここに記載の用途に使用されるD因子阻害剤は抗D因子抗体である。該抗体はD因子に特異的に結合する。幾つかの実施態様では、該抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、該抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、該抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、該抗体はCAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体は、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体又は抗D因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗D因子抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む抗D因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖配列;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列を含む重鎖;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗D因子抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗D因子抗体は、他のD因子抗体が結合するD因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む抗D因子抗体が結合するものと同じD因子上のエピトープに結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するものと同じD因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖配列;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するものと同じD因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するものと同じD因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、配列番号:15のアミノ酸配列を含む重鎖;及び/又は配列番号:16のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するものと同じD因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗D因子抗体は、CAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブが結合するものと同じD因子上のエピトープと結合する。

0038

他の態様では、本発明は、フラットな用量の抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を患者に送達するIVT投与装置具備する製造品を提供し、ここで、フラットな用量はマイクログラムからミリグラムの範囲である。幾つかの実施態様では、フラットな用量は、毎月10mg又は隔月10mgである。幾つかの実施態様では、装置中の抗体の濃度は約10mgである。他の態様では、本発明は、10mgの濃度で抗D因子抗体、又はその抗原結合断片を含有する製造品を提供する。幾つかの実施態様では、抗体は、アミノ酸配列ITSTDIDDDMN(配列番号:1)を含むHVR−L1、アミノ酸配列GGNTLRP(配列番号:2)を含むHVR−L2、及びアミノ酸配列LQSDSLPYT(配列番号:3)を含むHVR−L3を含む軽鎖;及び/又はアミノ酸配列GYTFTNYGMN(配列番号:4)を含むHVR−H1、アミノ酸配列WINTYTGETTYADDFKG(配列番号:5)を含むHVR−H2、及びアミノ酸配列EGGVNN(配列番号:6)を含むHVR−H3を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の重鎖可変領域配列;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号:7のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域;及び/又は配列番号:8のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体はCAS登録番号1278466−20−8を有するラムパリズマブである。

0039

他の態様では、本発明は、D因子阻害剤での治療に対して恩恵を受けうる変性疾患患者を同定するためのキットであって、変性疾患患者からの血液試料を収集するためのバイアルと変性疾患患者がリスクアレルを保有しているかどうかを決定するための指示書とを含むキットを提供する。幾つかの実施態様では、補体因子I(CFI)、補体因子H(CFH)、補体因子B(CFB)、補体成分3(C3)及び補体成分2(C2)からなる群から選択される少なくとも一のSNPの存在は、変性疾患患者がリスクアレルを保有するかどうかを判定するために使用される。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。幾つかの実施態様では、黄斑変性疾患はAMDである。幾つかの実施態様では、D因子阻害剤は抗D因子抗体、又はその抗原結合断片である。

0040

他の態様では、本発明は、注射用滅菌水での再構成の後に、約80から約120mg/mLの量の抗D因子抗体、又はその抗原結合断片、約8から約40mMの量の塩化ナトリウム、約80mMから約240mMの量のスクロース、約10から約60mMの量のL−ヒスチジン、約0.01から約0.08%w/vの量のポリソルベート20を含む、安定な凍結乾燥組成物を提供し、ここで、組成物は約5.0から約6.0のpHを有している。

0041

ここに記載された様々な実施態様の性質の一つ、幾つか、又は全てを組み合わせて、本発明の他の実施態様を構成してもよいことが理解されるべきである。本発明のこれらの態様及び他の態様は当業者には明らかであろう。本発明のこれらの実施態様及び他の実施態様を、以下に続く詳細な説明において更に記載する。

図面の簡単な説明

0042

図1は以下の実施例1に記載されるMAHALO試験の研究デザイン図である。

0043

図2Aは、実施例1に記載された試験の第II相コンポーネントからの効果の評価可能な全患者(n=123)に対するベースライン特性をまとめた表である。ここで使用される「効果の評価可能な患者」は、少なくとも一回の治療の注射を受け、少なくとも一回のベースラインGA面積測定後のランダム化された全患者として定義される。
図2Bは、CFI状態に基づいてアッセイされた患者のベースライン特性をまとめた表であり、リスクアレル保有者は、検査されているSNPにおいてヘテロ接合性か又はリスクアレルホモ接合性の個体として定義される。VA=視力。GA=地図状萎縮。DA=円面積(1DA=2.54mm2)。

0044

図3A及び3Bは、参加希望者全員の集団でのMAHALO第II相試験の一次データベースロック後の予備的効果の結果を示す;試験は、眼底自発蛍光(FAF)によって測定される18ヶ月でのGA面積におけるベースラインからの平均変化のその主要エンドポイントを達成し、ラムパリズマブの毎月投与群においてカラー眼底写真(CFP)によって評価される18ヶ月でのGA面積におけるベースラインからの平均変化のその二次エンドポイントを達成した。GA面積発達の進行の遅延化におけるポジティブな治療効果が、一次(FAF)及び二次(CFP)造影エンドポイントを伴って6ヶ月で始まり18ヶ月まで延びる毎月投与群において観察された。図3Aは、LOCFデータでの未調整平均に基づいて、ラムパリズマブ毎月投与群が、統合シャム群に対して、GA面積発達の進行において23.1%減少したことを示している。
図3Bは、層化分散分析(Henry Scheffe. 1.2章 “Mathematical Models” The Analysis of Variance, New York: John Wiley & Sons, Inc., 1999, p. 4-7)からの最小二乗平均に基づいて、LOCFデータを用いて<4DA対>4DAでベースラインの病巣サイズカテゴリーによって層化して、ラムパリズマブ毎月投与群が、統合シャム群に対して、GA面積発達の進行において20.4%減少したことを示している。該結果は、18ヶ月の試験治療期間にわたってのGA面積発達の低減に対する毎月投与のラムパリズマブの臨床的に意味があり統計的に有意な効果を証明している。「統合(プールシャム」は、シャムを毎月又はシャムを隔月に受ける治療群を意味する。「afD1m」は、ラムパリズマブを毎月受ける治療群を意味する。「afD2m」は、ラムパリズマブを隔月に受ける治療群を意味する。LOCF法は、欠測データのインピュテーションに使用されるlast−observation−carried−forward法を意味する(David Streiner. “Last-Observation-Carried-Forward Method” Encyclopedia of Research Design, 2巻, Neil Salkind編 Thousand Oaks, California: Sage Publications, Inc., 2010, p.681-745)。

0045

図4は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群における明確な自発蛍光低下(definitive decreased autofluorescence)(DDAF)変化(ここで使用されるGA面積におけるDDAF変化は、ベースラインから18ヶ月までの病巣サイズの変化(mm2)を意味する)を比較する。シャム及びラムパリズマブ毎月治療群における患者の全数は「全て」と示されている。シャム及びラムパリズマブ毎月治療群におけるCFHリスクアレル(rs1329428)、C2/CFBリスクアレル(rs429608)、C3リスクアレル(rs2230199)又はCFIリスクアレル(rs17440077)保有患者の数が示されている。全ての患者がC2/CFBリスクアレル(シャム群における1名の患者を除く)を保有していた。全ての患者がCFHリスクアレル(シャム群における2名の患者を除く)をまた保有していた。

0046

図5は、18月での群中のDDAF変化(シャム平均−毎月治療平均)及びGA面積の減少%(シャム平均−毎月治療平均÷シャム平均)を示している。シャム及びラムパリズマブ毎月治療群における患者の全数は「全て」と示されている。CFHリスクアレル、C2リスクアレル、CFBリスクアレル、C3リスクアレル又はCFIリスクアレルに対してヘテロ接合性又はホモ接合性であるシャム及びラムパリズマブ毎月治療群の患者数が示されている。CFIリスクアレルに対してヘテロ接合性である患者(これらの患者はまたC2/CFB及びCFHリスクアレルを保有している)は、−2.29mm2のシャム対毎月治療におけるGA面積の平均変化と52.66%の毎月治療対シャムの減少%を示しており、毎月治療群における病巣進行率がシャム対照に対して有意に減少したことを示している。ここで使用される「DDAF」はGA面積を意味する。ここで使用される「DDAF変化」はベースラインからの変化を意味する。

0047

図6は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群中のCFH、C2/CFB及びCFIリスクアレルを保有する患者におけるFAFによるGA面積のベースラインからのDDAF変化の最小二乗平均を示している。この図のデータは、ベースラインにおける連続変数及び病巣サイズカテゴリーとしてベースラインにおける病巣サイズに対して調整されている(<4DAかつ≧4DA)。治療効果及び減少率は、18月の主要有効性時点で計算される;18月での絶対治療効果は、44%の減少率に対応する1.837mm2であった。垂直バーは最小二乗平均の95%信頼区間である。星印(*)は実測データでの混合効果モデルに基づく未調整p値<0.005を意味する。

0048

図7は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群中のCFIリスクアレルを持たないでCFH及びC2/CFBリスクアレルを保有する患者と比較しての、CFH、C2/CFB及びCFIリスクアレルを保有する患者におけるFAFによるGA面積のベースラインからのDDAF変化の最小二乗平均を示している。この図のデータは、ベースラインにおける連続変数及び病巣サイズカテゴリーとしてベースラインにおける病巣サイズに対して調整されている(<4DAかつ≧4DA)。治療効果及び減少率は、18月の主要有効性時点で計算される。18月での絶対治療効果は、図6に示されるように44%の減少率に対応する1.837mm2であった;しかしながら、CFIリスクアレルを持たないラムパリズマブ治療患者においては治療効果は観察されなかった。また、CFIリスクアレルを伴う患者は、シャム対照群対CFIリスクアレルを伴わないシャム群においてより迅速な進行を示した。これらの知見は、CFIバイオマーカーがAMDの進行(例えばGA)に対して予後性があり、かつラムパリズマブに対する治療応答に対して予測性があることを示唆している。垂直バーは最小二乗平均の95%信頼区間である。星印(*)は実測データでの混合効果モデルに基づく未調整p値<0.005を意味する。

0049

図8は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群中のCFH、C2/CFB及びCFIリスクアレルと20/50−20/100のベースラインBCVAを保有する患者におけるFAFによるGA面積のベースラインからのDDAF変化の最小二乗平均を示している。この図のデータは、ベースラインにおける連続変数及び病巣サイズカテゴリーとしてベースラインにおける病巣サイズに対して調整されている(<4DAかつ≧4DA)。治療効果及び減少率は、18月の主要有効性時点で計算される;18月での絶対治療効果は、54%の減少率に対応する2.827mm2であった。垂直バーは最小二乗平均の95%信頼区間である。星印(*)は実測データでの混合効果モデルに基づく未調整p値<0.005を意味する。

0050

図9は、公に利用できるCancer Genome Atlas(TCGA)データベースからのCFIのmRNAベル(CFI nRPKM)が肝臓組織において最も高いことを示している。(RPKM=マッピングされた百万リード当たりトランスクリプト長のKb当たりのリード;nRPKMは、ゲノム配列のある領域が他の領域よりもより効果的であるという事実を説明するRPKMの正規化値である)。

0051

図10は、rs4698775SNP遺伝子型による正常な肝臓組織中のCFImRNAのレベルを示している。rs698775SNP遺伝子型は正常なTCGA肝臓試料においてCFImRNAレベルと有意に関連している(p=0.02)。リスクアレルホモ接合体(GG)は、ヘテロ接合体GT)よりCFImRNAが少なく、後者は今度は非リスクアレルホモ接合体(TT)よりCFImRNAが少ない。

0052

図11は、対照と比較しての、MAHALO臨床試験試料からの試料中におけるCFIレアミスセンス変異富化を示している(p=0.015)。

0053

図12は、CFI−(rs17440077に基づきCFI−)レアミスセンス変異保有者が、CFI+(rs17440077に基づきCFI+)と同様の進行率(GA面積のベースラインからの平均変化)を有していることを示している。

0054

(詳細な説明)
別段の定めがある場合を除き、ここで使用される技術的及び科学的用語は、この発明が属する分野の通常の技術者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。Singleton等, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2版, J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994)、及びMarch, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4版, John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)は、当業者に本出願において使用されている多くの用語に対する一般的なガイドを提供する。

0055

I.序
本発明は、とりわけ、抗D因子抗体又はその抗原結合断片でAMD(例えばGA、ウェット(血管新生/滲出)、早期AMD又は中期(intermediate)AMD)患者を治療する方法、及びそのような治療から恩恵を受ける見込みのある患者を同定する方法(例えば、患者の層別化)、及びAMD進行のリスクについて患者を診断する方法を提供する。

0056

II.定義
この明細書を解釈する目的には、次の定義が適用され、適切な場合には、単数で使用される用語は複数をまた含み、その逆もある。以下に記載される何れかの定義が、出典明示によりここに援用される何れかの文献と矛盾している場合には、以下に記載の定義が優先する。

0057

この明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈が明らかに他の定義を示していない限り、複数形を含む。よって、例えば「a protein」又は「an antibody」との記載は複数のタンパク質又は抗体を含み;「a cell」との記載は細胞の混合物を含む等々である。

0058

「補体関連疾患」なる用語は、最も広い意味で使用され、過剰な又は制御されない補体活性化に関連する疾患を含む。それらは、心肺バイパス手術中の補体活性化;急性心筋梗塞動脈瘤、脳卒中、出血性ショック圧挫損傷、多臓器障害循環血液量減少性ショック、腸虚血又は虚血を生じる他の事象後の虚血再かん流による補体活性化を含む。補体活性化はまた炎症性病態、例えば、重度の熱傷、内毒素血、敗血性ショック、成人呼吸促迫症候群、血液透析;アナフィラキシーショック、重症喘息、血管浮腫、クローン病鎌状赤血球貧血連鎖球菌感染後糸球体腎炎及び膵炎に伴っていることが示されている。該疾患は薬の副作用薬物アレルギーIL−2誘発血管漏出症候群又はX線撮影造影剤アレルギーの結果でありうる。該疾患は、全身性エリテマトーデス、重症筋無力症、関節リウマチ、アルツハイマー病及び多発性硬化症のような自己免疫疾患をまた含む。補体活性化はまた移植による拒絶反応に伴う。補体活性化はまた眼疾患、例えば加齢黄斑変性症糖尿病性網膜症及び他の虚血関連網膜症、脈絡膜血管新生(CNV)、地図状萎縮(GA)、ブドウ膜炎糖尿病性黄斑浮腫病的近視フォンヒッペルリンドウ病、眼のヒストプラスマ症網膜中心静脈閉塞症(CRVO)、角膜血管新生、及び網膜血管新生にも伴う。

0059

「補体関連眼疾患」なる用語は最も広い意味で使用され、古典的及び代替経路、特に補体の代替経路を含む病態が補体に関連する全ての眼の病態を含む。補体関連眼疾患には、限定するものではないが、黄斑変性疾患、例えばドライ及びウェット(非滲出性及び滲出性)型を含む加齢黄斑変性症(AMD)の全ての段階、脈絡膜血管新生(CNV)、地図状萎縮(GA)、ブドウ膜炎、糖尿病及び他の虚血関連網膜症、及び他の眼内血管新生疾患、例えば糖尿病性黄斑浮腫、病的近視、フォン・ヒッペル・リンドウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症(CRVO)、角膜血管新生、及び網膜血管新生が含まれる。一例では、補体関連眼疾患は、非滲出(ドライ又は萎縮)及び滲出(ウェット)AMDを含む加齢黄斑変性(AMD)、脈絡膜血管新生(CNV)、糖尿病性網膜症(DR)、地図状萎縮(GA)及び眼内炎を含む。

0060

ここで使用される「AMD」ともここで称される「加齢黄斑変性」は、中心視野に関与している網膜部分であるの細胞の変性によって引き起こされる眼の疾患である。AMDは、(1)最終的には視細胞を損傷する液又は血液の漏洩を生じる網膜の下の血管の異常増殖によって特徴付けられるウェット(滲出)又は(2)網膜と脈絡膜との間のドルーゼンと呼ばれる細胞残屑蓄積によって特徴付けられるドライ(非滲出)の何れかでありうる。

0061

ここで使用される「GA」ともここで称される「地図状萎縮」は、視細胞の喪失を伴う網膜色素上皮(RPE)の変性に関与する疾患である。GAはドライAMDの進行期形態である。

0062

ここで使用される「GA面積」は、網膜解剖(例えば視細胞及び網膜色素上皮(RPE))の喪失を表す分散面積を意味する。GA面積は、眼底自発蛍光(FAF)及びデジタルカラー眼底写真(CFP)のような標準的な画像技術によって測定される。

0063

ここで使用される「早期AMD」は、複数の小さな(<63μm)又は≧1の中程度のドルーゼン(≧63μmで<125μm)により特徴付けられる疾患である。

0064

ここで使用される「中間期AMD」は、しばしば網膜色素上皮の色素沈着過剰又は色素沈着低下を伴う多くの中程度又は≧1の大きなドルーゼン(≧125μm)によって特徴付けられる疾患である。

0065

ここで使用される「進行期AMD」は、地図状萎縮(GA)又は血管新生(ウェット)AMDによって特徴付けられる疾患である。

0066

ここで使用される「予後バイオマーカー」は、未処置の個体における疾患の可能性のある過程を示すマーカーである。

0067

ここで使用される「予測バイオマーカー」は、与えられた治療に最も応答しそうな患者の亜集団を特定する。

0068

「親和性」とは、分子(例えば、抗体)の単一結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原)との間の非共有結合相互作用の総和の強度を指す。ここで使用される場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対のメンバー(例えば、抗体及び抗原結合アーム)間の1:1の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーYに対する分子Xの親和性は、一般的に解離定数(Kd)で表すことができる。親和性は、ここに記載されたものを含む、当該技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための特定の例証的かつ例示的実施態様は、以下で説明される。

0069

「親和性成熟」抗体とは、そのような改変を有していない親抗体と比較し、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、一又は複数の高頻度可変領域(HVR)における一又は複数の変化を伴う抗体を意味する。

0070

「抗標的抗体」及び「標的に結合する抗体」なる用語は、抗体が、標的(例えばD因子)を標的とする際に診断及び/又は治療薬剤として有用であるように、十分な親和性で標的(例えばD因子)に結合することができる抗体を指す。一実施態様では、抗標的抗体の無関係な、非標的タンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイRIA)又はビアコアアッセイによって測定した場合、抗体の標的への結合の約10%未満である。ある実施態様では、標的へ結合する抗体は、解離定数(Kd)が、≦1μM、≦100nM、≦10nM、≦1nM、≦0.1nM、≦0.01nM、又は≦0.001nM(例えば、10−8M以下、例えば、10−8Mから10−13M、例えば、10−9Mから10−13M)である。ある実施態様では、抗標的抗体は、異なる種の間で保存されている標的のエピトープに結合する。

0071

ここでの「抗体」なる用語は、最も広義に使用され、特にモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも二つのインタクト抗体から形成される多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、及びそれらが所望の生物活性を示す限り、抗体断片を包含する。

0072

「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含む、インタクトな抗体の一部分を含む。抗体断片の例は、Fab、Fab’、F(ab’)2、及びFv断片;ダイアボディ;直鎖状抗体、単鎖抗体分子;及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む。

0073

参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて50%以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体を指し、逆に参照抗体は競合アッセイにおいて50%以上、抗体のその抗原への結合をブロックする。一態様では、本発明の抗体は、例えばELISAウェスタンブロット法等のような既知の方法によって、その抗原結合活性について試験される。幾つかの実施態様では、競合アッセイが、D因子への結合について参照抗体と競合する抗体を同定するために使用されうる。ある実施態様では、そのような競合抗体は、ここで特定された参照抗D因子抗体が結合するものと同じエピトープ(例えば直線状又は立体構造エピトープ)に結合する。抗体が結合するエピトープのマッピングの詳細な例示的方法は、Morris (1996A) “Epitope MappingProtocols,” in Methodsin Molecular Biology vol. 66 (Humana Press, Totowa, NJ)に提供されている。例示的な競合アッセイにおいて、固定化D因子を、D因子に結合する第一の標識抗体(例えばラムパリズマブ)とD因子への結合について第一の抗体と競合するその能力が試験されている第二の未標識抗体とを含有する溶液中でインキュベートする。第二の抗体はハイブリドーマ上清中に存在しうる。対照として、固定化D因子を、第一の標識抗体(例えばラムパリズマブ)を含むが第二の未標識抗体を含まない溶液中でインキュベートさせる。D因子への第一の抗体の結合を許容する条件下でのインキュベーション後、過剰な未結合抗体が取り除かれ、固定化D因子に関連する標識の量が測定される。固定化D因子に関連する標識の量が、対照試料に対して試験試料において実質的に減少していれば、それは、第二の抗体がD因子への結合について第一の抗体(例えばラムパリズマブ)と競合していることを示す。Harlow及びLane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual 14章(Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY)を参照のこと。

0074

ここでの目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に定義されるような、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークから由来する軽鎖可変ドメイン(VL)フレームワーク又は重鎖可変ドメイン(VH)フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「から由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含みうるか、又はアミノ酸配列変化を含んでいてもよい。幾つかの実施態様では、アミノ酸変化の数は、10以下、9以下、8以下、7以下、6以下、5以下、4以下、3以下、又は2以下である。幾つかの実施態様では、VLアクセプターヒトフレームワークは、VLヒト免疫グロブリンフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。

0075

ここでの目的に対して、「インタクトな抗体」は、重鎖及び軽鎖可変ドメイン並びにFc領域を含むものである。

0076

ここで使用される場合、「抗ヒトD因子抗体」は、補体活性化を阻害するか又は実質的に減少させるようにヒトD因子に特異的に結合する抗体を意味する。

0077

ここで使用される場合、「D因子」なる用語は、ここでは、天然配列及び変異体D因子ポリペプチドを意味するものとして使用される。

0078

「天然配列」D因子は、その調製態様にかかわらず、天然由来のD因子ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドである。よって、天然配列D因子は、自然から単離することもできるし、あるいは組換え及び/又は合成手段により生産することもできる。成熟ヒトD因子タンパク質(NM_001928)のような成熟D因子タンパク質に加えて、「天然配列D因子」なる用語は、D因子の天然に生じる前躯体形態(例えば、タンパク分解的に切断されて活性型を生じる不活性型プレタンパク質)、天然に生じる変異体形態(例えば、選択的スプライシング型)及びD因子の天然に生じるアレル変異体、並びに天然由来のD因子ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するD因子分子の立体構造変異体を特に包含する。高等霊長類及び非ヒト哺乳類を含む非ヒト動物のD因子ポリペプチドはこの定義に特に含まれる。

0079

「D因子変異体」は、例えば天然配列ヒトD因子ポリペプチド(NM_001928)のような天然配列D因子ポリペプチドと少なくとも約80%のアミノ酸配列同一性を有する以下に定義される活性なD因子ポリペプチドを意味する。通常は、D因子変異体は、成熟ヒトアミノ酸配列(NM_001928)と、少なくとも約80%のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約85%のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約90%のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約95%のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約98%のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約99%のアミノ酸配列同一性を有するであろう。

0080

ここで使用される「D因子阻害剤」なる用語は、野生型又は変異D因子の生物学的機能を阻害する能力を有する分子を意味する。従って、「阻害剤」なる用語は、D因子の生物学的役割の文脈で定義される。一実施態様では、ここで言及されるD因子阻害剤は補体の代替経路を特に阻害する。D因子阻害剤は、D因子の活性を阻害することができる限り、任意の形態でありうる;阻害剤は抗体(例えば、ここで以下に定義され、米国特許第8067002号及び第8273352号に記載されたようなモノクローナル抗体)、小有機無機分子アンチセンスオリゴヌクレオチドアプタマー阻害性ペプチド/ポリペプチド、阻害性RNA(例えば小干渉RNA)、それらの組合せ等を含む。本発明のD因子アンタゴニスト又は阻害剤の文脈における「活性な」又は「活性」又は「生物学的活性」は、D因子の生物学的活性をアンタゴナイズする(部分的に又は完全に阻害する)能力である。D因子アンタゴニストの生物学的活性の一例は、D因子関連疾患又は病態、例えば補体関連眼疾患の状態、例えば症状の測定可能な改善を達成する能力である。活性は、関連した動物モデルを使用して、結合アッセイ、代替経路溶血アッセイを含むインビトロ又はインビボ試験において、あるいはヒト臨床試験において決定することができる。

0081

ここで使用される「バイオマーカー」なる用語は、哺乳動物組織もしくは細胞中又はその上での発現を標準的な方法(又はここに開示された方法)によって検出することができ、例えば補体の代替経路のような、補体の阻害に基づく治療レジメンに対する哺乳動物細胞又は組織の感受性を予測し、診断し及び/又は予後診断をする、一塩基多型(SNP)、タンパク質、糖鎖構造、又は糖脂質を含む分子を一般に指す。場合によっては、SNPバイオマーカーは、SNP(バイナリー体)が個体の群をレスポンダー及びノンレスポンダーに層化するとき決定される。例えば、AがリスクアレルであるGとAの2つのヌクレオチドを持つSNPが与えられる場合、Aアレルの保有者(例えばAA又はGAの個体)は治療に応答する一方、Aアレルを持たない個体(例えばGGの個体)は応答しない。

0082

ここで使用される「SNP」とも称される「一塩基多型」なる用語は、遺伝的変動に至るDNA配列内の一塩基置換を意味する。一つを越える配列が集団において可能であるゲノム中のヌクレオチド位置はここでは「多型部位」又は「多型」と称される。多型部位は、例えば、2以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列、挿入されたヌクレオチド又はヌクレオチド配列、欠失されたヌクレオチド又はヌクレオチド配列、又はマイクロサテライトでありうる。2以上のヌクレオチド長である多型部位は、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15以上、20以上、30以上、50以上、75以上、100以上、500以上、又は約1000のヌクレオチド長であり得、ここで、ヌクレオチド配列の全て又は幾つかは領域内で異なる。一塩基長である多型部位はここではSNPと称される。多型部位に2、3又は4の別のヌクレオチド配列がある場合、各ヌクレオチド配列は「多型変異体」又は「核酸変異体」と称される。DNA配列中のそれぞれの可能な変異体は「アレル」と称される。二つの多型変異体が存在する場合、集団由来の試料の大半において占められる多型変異体は「一般的(prevalent)アレル」又は「主要アレル」と称され、集団において一般的ではない多型変異体は「希なアレル」又は「マイナーアレル」と称される。2つの一般的アレル又は2つの希なアレルを保有する個体は、多型に関して「ホモ接合性」である。一つの一般的アレルと一つの希なアレルを保有する個体は、多型に関して「ヘテロ接合性」である。C/G又はA/T SNPでは、アレルは曖昧であり、ジェノタイピングプラットフォームからデータを抽出するために使用されるストランドに依存する。これらC/G又はA/T SNPでは、C又はGヌクレオチドあるいはA又はTヌクレオチドはそれぞれリスクアレルであり得、アレル頻度の相関によって決定される。疾患に対するリスク増加と相関するか又は>1のオッズ比又は相対リスクで関係しているアレルは、「リスクアレル」又は「効果アレル」と称される。「リスクアレル」又は「効果アレル」はマイナーアレル又は主要アレルでありうる。例えば、加齢黄斑変性疾患の個体の集団において、リスクアレルは、SNP rs4698775、rs17440077及びrs2230199に対してマイナーアレルであり、リスクアレルは、SNP rs10737680、rs1329428及びrs429608に対して主要アレルである(例えばアレルの主要及びマイナーアレル状態は加齢黄斑変性疾患の個体集団において決定される)。「リスク座」なる用語は、特定の疾患(例えばAMD)に関連したリスクアレルを内部に持っているゲノムの領域である。幾つかの態様では、リスク座とリスクアレルは、特定の疾患(例えばAMD)に関係している特定の遺伝子(例えば補体経路中の遺伝子)との関連で表される。例えば、ここでは互換的に使用される「CFHリスクアレル」又は「CFHアレル」は、CFHリスク座に関連したリスクアレルを意味し;ここでは互換的に使用される「CFIリスクアレル」又は「CFIアレル」は、CFIリスク座に関連したリスクアレルを意味し、ここでは互換的に使用される「C3リスクアレル」又は「C3アレル」は、C3リスク座に関連したリスクアレルを意味し;ここでは互換的に使用される「C2リスクアレル」又は「C2アレル」は、C2リスク座に関連したリスクアレルを意味し;ここでは互換的に使用される「CFBリスクアレル」又は「CFBアレル」は、CFBリスク座に関連したリスクアレルを意味し;ここでは互換的に使用される「C2/CFBリスクアレル」又は「C2/CFBアレル」は、C2/CFBリスク座に関連したリスクアレルを意味する。ここで使用される「等価アレル」又は「サロゲートアレル」は、刊行物発表されたリスクアレルと同様に挙動することが期待され、刊行物発表されたリスクアレル及び/又はここで定義される選択されたSNPと共にアレル頻度及び高r2(≧0.6)及び/又は高D’(≧0.6)に基づいて選択されるアレルを意味する。一実施態様では、高r2は≧0.6、0.7、0.8、0.9又は1.0である。一実施態様では、高D’は≧0.6、0.7、0.8、0.9又は1.0である。加齢黄斑変性に関連したSNPには、限定されないが、CFH、CFI、C3、C2、CFBリスク座を含む、補体カスケードの成分に対する遺伝子座におけるSNPが含まれる(Fritsche等 (Nature Genetics, 45(4): 435-441 (2013))。加齢黄斑変性に関連したそのようなSNPはここでは「AMD関連多型」と称される。「変性疾患関連多型」は、変性疾患に関連した多型又はSNPを意味し、加齢黄斑変性関連多型及び/又はSNPを含む。ここで使用される場合、「連鎖不平衡」又は「LD」は、ランダムには関連がない、つまりその頻度に比例して関連がない異なった遺伝子座におけるアレルを意味する。アレルが正の連鎖不平衡にあるならば、アレルは、統計的独立を仮定すると、予想されるよりも高頻度一緒に発生する。逆に、アレルが負の連鎖不平衡にあるならば、アレルは、統計的独立を仮定すると、予想よりも低頻度で一緒に発生する。ここで使用される場合、「オッズ比」又は「OR」は、マーカー(アレル又は多型)を持たない個体における疾患のオッズに対する、マーカー(アレル又は多型)を持つ個体に対する疾患のオッズの比を意味する。ここで使用される場合、「ハプロタイプ」は、通常はユニットとして受け継がれるのに十分に関連した単染色体上のアレルの群を意味する。SNP rs4698775及びrs17440077はCFIリスク座に位置し、rs10737680及びrs1329428はCFHリスク座に位置し、rs429608はC2/CFBリスク座に位置し、rs2230199はC3リスク座に位置する(Genome Reference Consortium GRCh37; UCSC Genome H19 Assembly; February 2009)。SNP rs4698775はヒト4番染色体上の位置110590479に位置する(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をTからGに変化させる。SNP rs17440077はヒト4番染色体上の位置110537567に位置する(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。SNP rs10737680はヒト1番染色体上の位置196679455に位置する(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Aアレルはヌクレオチド配列をCからAに変化させる。SNP rs1329428はヒト1番染色体上の位置196702810に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。SNP rs429608はヒト6番染色体上の位置31930462に位置する(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をAからGに変化させる。SNP rs2230199はヒト19番染色体上の位置6718387に位置している(ゲノム・リファレンス・コンソーシアムGRCh37;UCSCゲノムHG19アセンブリ;2009年2月)。Gアレルはヌクレオチド配列をCからGに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。多型変異体は二本鎖核酸の何れか又は双方のストランド上に検出されうる。また、多型変異体は、遺伝子のイントロン又はエクソン内、又はプロモーター、5’非翻訳領域(UTR)、3’UTRのような調節領域の一部内、及びDNA(例えばゲノムDNA(gDNA)及び相補DNAcDNA))、RNA(例えばmRNA、tRNA、及びRRNA)、又はポリペプチド内に位置しうる。多型多様性は、遺伝子発現ポリペプチド構造又はポリペプチド機能に検出可能な差を生じさせる場合があり、又は生じさせない場合がある。

0083

ここで使用される場合、「選択されたSNP」なる用語は、rs4698775、rs17440077、rs10737680、rs1329428、rs429608、rs2230199からなる群から選択されるSNPを意味する。

0084

ここで使用される場合、「代替SNP」なる用語は、選択されたリスクアレルと同様に挙動することが期待され、同様のアレル頻度に基づいて選択され、選択されたSNPとr2≧0.6及び/又はD’≧0.6によって測定される連鎖不平衡を有するSNPを意味する。代替SNPは、SNP rs1329428、SNP rs2230199、SNP rs17440077又はSNP rs429608を含むここに記載のSNPと連鎖不平衡(≧0.6のD’又はr2)にある表4−7に列挙されたSNPを含む。代替SNPは、SNP rs2230199又はSNP rs4698775を含むここに記載のSNPと連鎖不平衡(≧0.6のD’又はr2)にあるSNPを含む。表4−7で使用される用語は次の通りに定義される:(i)MAHALO_SNPは実施例1−4に記載された本抗D因子試験において使用されるSNPを意味する;(ii)LD_SNPは、MAHALO_SNPのLD中のSNP(rsID命名はNCBI dbSNPビルド137(2012年6月6日)から来るか又はゲノムビルドhg18(UCSC HG18ゲノムアセンブリ;2006年3月)からの染色体及び塩基対位置(最初の番号=染色体番号、ハイフン後の第二の番号=塩基対位置)を含む内部命名法による命名(例えばX−XXXXX))を意味する;(iii)CHRはLD_SNP(ゲノムビルドhg19;UCSC HG19ゲノムアセンブリ;2009年2月)の染色体位置を意味する;(iv)BPはLD_SNPのDNA塩基対の位置を意味する(ゲノムビルドhg19;UCSC HG19ゲノムアセンブリ;2009年2月)。R2はMAHALO_SNP及びLD_SNPのr二乗値を意味する;(v)D’はMAHALO_SNP及びLD_SNPのD’値を意味する;(vi)祖先又は「ANC」は、r2及びD’値を決定するために使用される集団の祖先を意味する;(vii)ソース又は「SRC」は、ヒトゲノム中の一般的なバリエーションを列挙するデータベースを意味する(内部データ又は「GID」は非公的データベースを意味し、1000GP又は「GP」は1000ゲノムプロジェクト公的データベース(1000 Genomes Project Consortium等, Nature, 467(7319): 1061-73 (2010))を意味し、Hapmap又は「HM」はHapMap公的データベース(International HapMap Consortium, Nature, 437(7063): 1299-320 (2005)を意味する)。集団の記述は、白人(CAU);米国西のアフリカ系(ASW(A));CEPHコレクションからの及び西ヨーロッパ系を含むユタ州居住者(CEU(C));中国北京の漢民族(CHB(H));コロラド州メトロポリタンデンバーの中国人(CHD(D));テキサスヒュストンのグジャラートイディアン(GIH(G));日本東京の日本人(JPT(J));ケニヤWebuyeのルイヤ族(LWK(L));カリフォルニアロサゼルスのメキシコ系(MEX(M));ケニヤKinyawaのマサイ族(MKK(K));イタリアのトスカナ人(TSI(T));ナイジェリアのイバダンのYoruban人(YRI(Y))を含む。表4は、MAHALO_SNP rs17440077と連鎖不平衡(LD)にあるLD_SNPを示す。表5は、MAHALO_SNP rs2230199と連鎖不平衡(LD)にあるLD_SNPを示す。表6は、MAHALO_SNP rs429608と連鎖不平衡(LD)にあるLD_SNPを示す。表7は、MAHALO_SNP rs1329428と連鎖不平衡(LD)にあるLD_SNPを示す。

0085

本発明は、治療に対する応答を予測するための予測バイオマーカーとして及びAMDの進行を評価するための予後バイオマーカーとしてSNP又は他の遺伝ベース機構を使用する方法、治療方略を選択するためにSNP又は他の遺伝ベース機構を使用する方法、及び限定しないが臨床試験のための患者を選択すること又は臨床的治療決定をすることを含む患者の層化に対してSNP又は他の遺伝ベース機構を使用する方法を提供する。ここで使用されるとき、「患者の層化」は、治療に対する応答の可能性を決定するための個体のジェノタイピングを意味する。ジェノタイピングは個体がSNPを保有しているかどうかを特定するために実施される。特定のSNP遺伝子型の測定には多くの方法が存在する。一又は複数のSNPに変異を保有する個体は、限定されないが、SNPアレイ、Taqman、蛍光偏光法、Sequenom(又はここに記載のSNPの解析のための他の方法)を含む様々な技術によってDNAレベルで検出されうる。診断のための核酸は、患者の細胞、例えば、血液、尿、唾液、組織生検及び部検材料から得ることができる。

0086

ここで使用される「リスク増加」は、ゲノムの特定の位置における特定の塩基の個体のゲノム中における存在が、ゲノムのその位置にその塩基を持たない集団に相対して、AMDのより進行した形態を発症するその個体の蓋然性の増加と相関するとき、その個体はAMDのより進行した形態を発症する「リスク増加」状態にある、つまり増加した易罹患性を有すると言われることを意味する。本例の場合、そのような蓋然性の増加は、塩基が個体のアレルの一方又は他方又は両方に存在するとき、存在する。更に、蓋然性は、塩基が個体のアレルの一方よりむしろ個体の両方のアレルに存在するとき、増加する。

0087

ここで使用される「リスク減少」は、ゲノムの特定の位置における特定の塩基の個体のゲノム中における存在が、ゲノムのその位置にその塩基を持たない集団に相対して、AMDのより進行した形態を発症するその個体の蓋然性の減少と相関するとき、その個体はAMDのより進行した形態を発症する「リスク減少」状態にある、つまり減少した易罹患性を有すると言われることを意味する。そのようなアレルは「保護的」であると当該分野においてしばしば称される。リスク増加と同様に、リスク減少を、優性又は劣性として特徴付けることもまた可能である。

0088

「リスク変化」はリスク増加又は減少を意味する。

0089

ゲノムDNAを検出に直接使用してもよく、又はゲノムDNA又は転写物の解析前にPCRを使用して増幅させてもよい。例えば、個体からの断片化された一本鎖DNAを、何百から何千もの固定された独特ヌクレオチドプローブ配列を含むアレイにハイブリダイズさせる。ヌクレオチドプローブ配列を設計して標的DNA配列に結合させる(例えば、あるSNPに対して、アレル特異的プローブを使用して該SNPを同定し、その有無を分析する)。検出システムを使用して、固定化プローブ個体由来のDNAの間のハイブリダイゼーションシグナルを記録し解釈する(プローブかDNAの何れかが、検出され測定されるフルオロフォアで標識される)。特異的DNA配列の検出は、限定されないが、ハイブリダイゼーション、リボヌクレアーゼ保護、化学分解、直接的DNAシークエンシング又は制限酵素の使用、ゲノムDNAのサザンブロッティングインサイツ分析、何百又は何千ものオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイへの試料及び対照核酸のハイブリダイゼーションを含む方法(Cronin等, Hum Mutat, 7(3): 244-55 (1996)(又はここに記載のSNP解析のための他の方法)によって達成されうる。例えば、ゲノム変異はマイクロアレイを使用して同定することができる(Shen等, Mutat Res,573(1-2): 70-82 (2005)))。これらの遺伝子検査は、抗D因子の治療に対して異なった応答性を有する亜集団に個体の集団を層別化するのに有用である。

0090

ここで使用される「ジェノタイピング」なる用語は、限定しないが、DNA挿入又は欠失、多型(SNP又は他のもの)、アレル(分析的又は生物学的アッセイ(又はここに記載のSNPの他の分析方法)を使用して個体のDNA配列を調べることによる、SNPの形態のマイナー又は主要又はリスクアレルを含む)の存在の検出を含む、個体の遺伝子構成(genetic make-up)(「遺伝子型」)における差を決定する方法を意味する。例えば、シークエンシング又は他の方法(例えばここに記載のSNPの他の分析方法)によって決定される個体のDNA配列を、他の個体の配列又は参照配列と比較することができる。ジェノタイピングの方法は、当該分野において一般に知られており(例えばここに記載のSNPの他の分析方法)、限定されないが、ゲノムDNAの制限断片長多型同定(RFLP)、ゲノムDNAのランダム増幅多型検出(RAPD)、増幅断片長多型検出(AFLPD)、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAシークエンシング、アレル特異的オリゴヌクレオチド(ASO)プローブ、及びDNAマイクロアレイ又はビーズへのハイブリダイゼーションを含む。同様に、これらの技術を、SNP又は他の遺伝因子をコードする転写物の分析に応用することができる。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)分析、アレイハイブリダイゼーションを使用して又はDNAマイクロアレイスナップショットを含む市販のDNA SNPチップマイクロアレイを使用して、SNPについて試料を簡便にアッセイすることができる。SNPが核酸試料中にあるかないかを決定するためにマイクロアレイを利用することができる。マイクロアレイはオリゴヌクレオチドを含み得、診断用途に適したオリゴヌクレオチドを作製し使用する方法は、米国特許第5492806号;同第5525464号;同第5589330号;同第5695940号;同第5849483号;同第6018041号;同第6045996号;同第6136541号;同第6152681号;同第6156501号;同第6197506号;同第6223127号;同第6225625号;同第6229911号;同第6239273;国際公開第00/52625号;国際公開第01/25485号;及び国際公開第01/29259号に開示されている。

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