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技術 治療用ペプチド

出願人 デイナファーバーキャンサーインスティチュート,インコーポレイテッド
発明者 カイ・ダブリュー・ウッチャープフェニッググレン・ドラノフエフ・スティーブン・ホディベッティナ・フランツケネス・エフ・メイ・ジュニアクリストファー・ハービー
出願日 2014年12月5日 (6年10ヶ月経過) 出願番号 2016-536690
公開日 2017年1月19日 (4年9ヶ月経過) 公開番号 2017-501692
状態 特許登録済
技術分野 蛋白脂質酵素含有:その他の医薬 突然変異または遺伝子工学 ペプチド又は蛋白質 化合物または医薬の治療活性 抗原、抗体含有医薬:生体内診断剤
主要キーワード 磁気部分 折衷案 相互作用面 インターフェース領域 全長サイズ 核磁気共鳴断層撮影 インデックス位置 オートメーション化
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図面 (20)

課題・解決手段

本開示は、一部において、MHCクラスポリペプチドリレイティッド・シークエンスA(MICA)と免疫特異的に結合するペプチドを含む組成物を提供する。

概要

背景

ある状態または疾病に曝されたヒト対象は、治療上の潜在力を有する抗体の供給源となり、そのような抗体を得るための一般的な方法は当分野では公知である。しかしながら、治療上の潜在力を有する抗体を特異的に得る方法は、一般に、そのような抗体を発現するB細胞低頻度で遅い増殖率および低い抗体分泌レベルにより制限される。例えば、規定の特異性を有する記憶B細胞は、典型的には、100万末梢血単核細胞につき又は約1ミリリットルの血液あたりたった1つの細胞の割合に過ぎない(Lanzavecchiaら、Curr.Opin.Immunol.,21:298−304(2009):Yoshidaら、Immunol.Rev.,237:117−139(2010))。治療上の潜在力を有する抗体の頻度癌患者ではより低いようであり、高精度かつ高効率に、そのような細胞を単離することを可能にする新しいアプローチの開発が必要である。

従来の方法は、一般に、インビトロ培養による記憶B細胞から抗体分泌細胞への転換に、および/または免疫動物モデル(例えば、マウス)の使用に頼っている(Crottyら、J.Immunol.,171:4969−4973(2003):Fecteauら、Immunology,128:e353−e365(2009):Buismanら、Vaccine,28:179−186(2009):Cortiら、PLoS One,5:e8805(2010))。例えば、最長1週間のインビトロ培養の後、抗体は培養上清において評価することができ、抗体分泌細胞の頻度は酵素結合免疫吸吸着スポット(ELISPOT)アッセイを用いて評価する。そのような方法の限界報告されている(Hennら、J.Immunol.,183:31777−3187(2009):Caoら、J.Immunol.,Methods,358:56−65(2010))。例えば、記憶B細胞のインビトロ培養は、記憶B細胞の表現型改変し、異なる機能的特性を有する形質細胞のようになる(Jiangら、Eur.J.Immunol.,37:2205−2213(2007):Hugginsら、Blood,109:1611−1619(2007):Jourdanら、Blood,114:5173−5181(2009))。蛍光抗原ベースの方法についての限界も報告されている(Hoferら、Immunol.Rev.,211:295−302(2006):Odendahlら、Blood,105:1614−1621(2005);Kunkelら、Nat.Rev.Immunol.,3:822−829(2003):Scheidら、Nature,458:636−640(2009):Wuら、Science,329:856−861(2010))。

概要

本開示は、一部において、MHCクラスポリペプチドリレイティッド・シークエンスA(MICA)と免疫特異的に結合するペプチドを含む組成物を提供する。 なし

目的

概要
本開示は、治療上の潜在力を有する抗体に関連した組成物および方法を提供する

効果

実績

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請求項1

MHCクラスポリペプチドリレイティッド・シークエンスA(MICA)と免疫特異的に結合する抗体または抗体断片であって、配列番号:168の配列の重鎖可変領域(VH)に示されるVHCDR1、VHCDR2およびVHCDR3を含むVH、またはVHCDR1、CDR2および/またはCDR3に5個以下の保存的アミノ酸置換を有するそのバリアントを含む、抗体もしくは抗体断片。

請求項2

配列番号:170の配列の軽鎖可変領域(VL)に示されるVLCDR1、VLCDR2およびVLCDR3を含むVL、またはVLCDR1、CDR2および/またはCDR3に5個以下の保存的アミノ酸置換を有するそのバリアントをさらに含む、請求項1に記載の抗体もしくは抗体断片。

請求項3

配列番号:168に示されるアミノ酸配列を含むVH領域、またはそのCDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有し、配列番号:168のFR1、FR2、FR3、FR4領域と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む対応するFR1、FR2、FR3、FR4領域を含むそのバリアント;および、配列番号:170に示されるアミノ酸配列を含むVL領域、またはそのCDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有し、配列番号:170のFR1、FR2、FR3、FR4領域と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む対応するFR1、FR2、FR3、FR4を含むそのバリアントを含む、請求項1または2に記載の抗体または抗体断片。

請求項4

配列番号:168と少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むVHを含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項5

配列番号:170と少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むVL領域を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項6

前記VH領域が、配列番号:172を含むVHCDR1;配列番号:174を含むVHCDR2;および、配列番号:176を含むVHCDR3を含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項7

配列番号:179を含むVLCDR1、配列番号:181を含むVLCDR2、および配列番号:183を含むVLCDR3を含むVL領域を含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項8

前記VH領域が配列番号:168に示されるアミノ酸配列を含む、またはCDR範囲外の残基に5個以下の保存的アミノ酸置換を含むそのバリアントを含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片、

請求項9

配列番号:170に示されるアミノ酸配列を含むVL領域、またはCDR範囲外の残基に5個以下の保存的アミノ酸置換を含むそのバリアントを含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項10

配列番号:185に示されるアミノ酸配列を含むヒトMHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)のアミノ酸199〜208に対応する、配列TCRASSFYPR(配列番号:189)の1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個またはそれを超えるアミンの酸に結合する、抗体または抗体断片。

請求項11

アミノ酸配列TCRASSFYPR(配列番号:189)を含むヒトMHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)のエピトープに結合する、請求項1〜10のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項12

(a)MICAα3ドメインに結合する;(b)sMICAレベルを低下させる;(c)腫瘍細胞からMICAの脱落阻害する;(d)NK細胞上のNKG2DレセプターのsMICA媒介性ダウンレギュレーションを阻害する;(e)腫瘍細胞のNK細胞媒介性細胞溶解を増加させる;または(f)(a)〜(e)の1つまたは複数の組合せの、請求項1〜11のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項13

配列番号:168のアミノ酸配列を含むVH;および、配列番号:170のアミノ酸配列を含むVL領域を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項14

ヒト抗体ヒト化抗体またはキメラ抗体である、請求項1〜13のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。

請求項15

請求項1〜14のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片を含む医薬組成物

請求項16

抗癌治療をさらに含む、請求項15に記載の医薬組成物。

請求項17

ヒドロキサム酸ボリノスタットヒドロキサミン酸サブエロイルアニリド(SAHA、トリコスタチンA(TSA)、LAQ824、パノビスタット(LBH589)、ベリノスタット(PXD101)、ITF2357イタルファルマコSpA、環状テトラペプチドデプシペプチドロミデプシン、FK228)、ベンズアミドエンチノスタット(SNDX−275/MS−275)、MGCD0103、短鎖脂肪酸バルプロ酸酪酸フェニル、AN−9、ピバネックス(pivanex)、CHR−3996およびCHR−2845からなる群より選択されるヒストンデアセチラーゼ阻害剤(HDAC)をさらに含む、請求項15または16に記載の医薬組成物。

請求項18

ボルテゾミブ、NPI−0052、カルフィルミブ(PR−171)、CEP18770およびMLN9708からなる群より選択されるプロテアソーム阻害剤をさらに含む、請求項15〜17のいずれか一項に記載の医薬組成物。

請求項19

抗CTLA−4抗体またはペプチド、抗PD−1抗体またはペプチド、抗PDL−1抗体またはペプチド、抗OX40抗体またはペプチド、抗GIR抗体またはペプチド、抗LAG−3抗体またはペプチド、および抗TIM−3抗体またはペプチドからなる群より選択される1つまたは複数の付加的な試薬をさらに含む、請求項15〜18のいずれか一項に記載の医薬組成物。

請求項20

化学療法放射線療法サイトカインケモカインおよび他の生物学的シグナル伝達分子腫瘍特異的ワクチン細胞癌ワクチン(例えば、GMCSF形質導入癌細胞)、腫瘍特異的モノクローナル抗体自家および他家幹細胞レスキュー(例えば、移植片腫瘍効果を増大させるためのもの)、分子標的療法、抗脈管形成療法および遺伝子治療からなる群より選択される癌の処置に使用される1つまたは複数の付加的な試薬と共に投与するために処方された、請求項15〜19のいずれか一項に記載の医薬組成物。

請求項21

請求項1〜14のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片のVH領域をコードする単離された核酸

請求項22

配列番号:167と少なくとも約75%、80%、90%、95%または99%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項21の単離された核酸。

請求項23

配列番号:168と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を有するペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。

請求項24

請求項2〜14のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片のVL領域をコードする単離された核酸。

請求項25

配列番号:169と少なくとも約75%、80%、90%、95%または99%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項24の単離された核酸。

請求項26

配列番号:170と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を有するペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。

請求項27

請求項21〜26のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター

請求項28

プラスミドまたはウイルスベクターである、請求項27に記載のベクター。

請求項29

前記ウイルスベクターが、ポックスウイルスアデノウイルスレトロウイルスヘルペスウイルスおよびアデノ随伴ウィルスからなる群より選択される、請求項28に記載のベクター。

請求項30

対象における癌の処置に使用するための、請求項15〜20のいずれか一項に記載の医薬組成物。

技術分野

0001

(関連出願)
本願は、2013年12月6日出願の米国仮特許出願番号第61/913,198号および2014年3月14日出願の米国仮特許出願番号第61/953,588号(これらの全開示内容引用により本明細書に組み込まれる)に関する利益を主張する。

0002

政府支援
本発明は、国立衛生研究所による助成金番号P01AI045757およびP01 CA78378のもと、政府支援により成された。政府は、本発明において特定の権利を有する。

0003

(技術分野)
本発明は、ヒト対象に関連した治療用組成物(例えば、ペプチド)に関する。

背景技術

0004

ある状態または疾病に曝されたヒト対象は、治療上の潜在力を有する抗体の供給源となり、そのような抗体を得るための一般的な方法は当分野では公知である。しかしながら、治療上の潜在力を有する抗体を特異的に得る方法は、一般に、そのような抗体を発現するB細胞低頻度で遅い増殖率および低い抗体分泌レベルにより制限される。例えば、規定の特異性を有する記憶B細胞は、典型的には、100万末梢血単核細胞につき又は約1ミリリットルの血液あたりたった1つの細胞の割合に過ぎない(Lanzavecchiaら、Curr.Opin.Immunol.,21:298−304(2009):Yoshidaら、Immunol.Rev.,237:117−139(2010))。治療上の潜在力を有する抗体の頻度癌患者ではより低いようであり、高精度かつ高効率に、そのような細胞を単離することを可能にする新しいアプローチの開発が必要である。

0005

従来の方法は、一般に、インビトロ培養による記憶B細胞から抗体分泌細胞への転換に、および/または免疫動物モデル(例えば、マウス)の使用に頼っている(Crottyら、J.Immunol.,171:4969−4973(2003):Fecteauら、Immunology,128:e353−e365(2009):Buismanら、Vaccine,28:179−186(2009):Cortiら、PLoS One,5:e8805(2010))。例えば、最長1週間のインビトロ培養の後、抗体は培養上清において評価することができ、抗体分泌細胞の頻度は酵素結合免疫吸吸着スポット(ELISPOT)アッセイを用いて評価する。そのような方法の限界報告されている(Hennら、J.Immunol.,183:31777−3187(2009):Caoら、J.Immunol.,Methods,358:56−65(2010))。例えば、記憶B細胞のインビトロ培養は、記憶B細胞の表現型改変し、異なる機能的特性を有する形質細胞のようになる(Jiangら、Eur.J.Immunol.,37:2205−2213(2007):Hugginsら、Blood,109:1611−1619(2007):Jourdanら、Blood,114:5173−5181(2009))。蛍光抗原ベースの方法についての限界も報告されている(Hoferら、Immunol.Rev.,211:295−302(2006):Odendahlら、Blood,105:1614−1621(2005);Kunkelら、Nat.Rev.Immunol.,3:822−829(2003):Scheidら、Nature,458:636−640(2009):Wuら、Science,329:856−861(2010))。

先行技術

0006

Lanzavecchiaら、Curr.Opin.Immunol.,21:298−304(2009)
Yoshidaら、Immunol.Rev.,237:117−139(2010)
Crottyら、J.Immunol.,171:4969−4973(2003)
Fecteauら、Immunology,128:e353−e365(2009)
Buismanら、Vaccine,28:179−186(2009)
Cortiら、PLoS One,5:e8805(2010)
Hennら、J.Immunol.,183:31777−3187(2009)
Caoら、J.Immunol.,Methods,358:56−65(2010)
Jiangら、Eur.J.Immunol.,37:2205−2213(2007)
Hugginsら、Blood,109:1611−1619(2007)
Jourdanら、Blood,114:5173−5181(2009)
Hoferら、Immunol.Rev.,211:295−302(2006)
Odendahlら、Blood,105:1614−1621(2005)
Kunkelら、Nat.Rev.Immunol.,3:822−829(2003)
Scheidら、Nature,458:636−640(2009)
Wuら、Science,329:856−861(2010)

発明が解決しようとする課題

0007

治療上の潜在力を有する抗体を特異的に得る又は標的とする改善された方法が要求されている。

0008

MICAは、ほとんどのヒトNK細胞、γδT細胞およびCD8+ T細胞上に発現しているNKG2D、Cタイプ・レクチンII型膜貫通型受容体に対するリガンドである。ライゲーションの際に、NKG2Dは、アダプタータンパク質AP10を通じてシグナル送りパーフォリン依存的細胞溶解を引き起こし、及び副刺激を与える。ヒトでは、NKG2DリガンドにはMHCクラスI鎖関連タンパク質A(MHCclass I chain−related protein A:MICA)、その近縁のMICB、UL−16結合タンパク(ULBP)1−4およびRAE−1Gが含まれる。NKG2Dリガンドは健常組織では通常見られないが、さまざまな形態の細胞ストレス、例えばDNA損傷により、リガンドの発現が上方調節され、結果的に、複数の固形悪性腫瘍および血液学的悪性腫瘍、例えばメラノーマにおいてそれらは高頻度に検出される。NKG2D欠損や抗NKG2D遮断抗体で処理した野生型マウスは増強された腫瘍感受性を呈するため、リガンド陽性形質転換細胞を通じたNKG2Dの活性化は外因性腫瘍抑制に寄与する。しかしながら、患者では腫瘍細胞からNKG2Dリガンドが脱落し、これは表面NKG2Dの内面化および細胞障害性リンパ球機能障害起し、これによって、免疫回避が獲得され得る。可溶性NKG2Dリガンドは、また、Fasリガンド、IL−10およびTGF−βを通じた抗腫瘍細胞障害性アンタゴナイズし得る制御性NKG2D+CD4+Foxp3−T細胞の増殖を刺激し得る。MICAは、腫瘍細胞から脱落された、即ち細胞表面から周囲の媒体に放出されたNKG2Dリガンドであり、癌患者由来血清は典型的には高濃度の可溶型(sMICA)を含む。MICA脱落は、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼERp5との相互作用を通じて部分的に達成される。ERp5はそのα3ドメインアンフォールディングを結果的にもたらす重要なシステインジスルフィド結合を形成し、ADAM−10/17およびMMP14によるタンパク質分解に対してMICAを感受性にさせる。

0009

癌標的を特異的に認識して結合する、免疫ベースの癌治療としての新しい薬物を特定することに関する要求がある。そのような薬物は、診断上のスクリーニング及び腫瘍成長と関連する疾病状態における治療的介入に有用であり得る。

課題を解決するための手段

0010

概要
本開示は、治療上の潜在力を有する抗体に関連した組成物および方法を提供する。

0011

いくつかの実施形態において、本開示は、MHCクラスI鎖関連タンパク質A(MHCclass I chain−related protein A:MICA)またはそのエピトープ免疫特異的に結合するペプチドを含む組成物を提供する。いくつかの態様において、前記組成物のペプチドは、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1で示される抗体ID11または12のVHの相補性決定領域(CDR)3、および5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1で示される抗体ID11または12のVLのCDR3を含む。いくつかの態様において、そのようなペプチドは、表1で示される抗体ID11または12のVHの相補性決定領域(CDR)3、および表1で示される抗体ID11または12のVLのCDR3を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1で示される抗体ID11または12のVHのCDR2、又は5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1で示される抗体ID11または12のVLのCDR2、もしくはその両方をさらに含む。いくつかの態様において、そのようなペプチドは、表1で示される抗体ID11または12のVHの相補性決定領域(CDR)2、又は表1で示される抗体ID11または12のVLのCDR2、もしくはその両方を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1で示される抗体ID11または12のVHのCDR1、又は5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1で示される抗体ID11または12のVLのCDR1、もしくはその両方をさらに含む。いくつかの態様において、そのようなペプチドは、表1で示される抗体ID11または12のVHの相補性決定領域(CDR)1、又は表1で示される抗体ID11または12のVLのCDR1、もしくはその両方を含む。

0012

いくつかの態様において、ペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:150または168と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID11または12のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつFR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:150または168内の領域は、表1に示される抗体ID11または12のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;および、配列番号:152または170と同一性を有するVL鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID11または12のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつFR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:152または170内の領域は、表1に示される抗体ID11または12のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%または100%同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:150または168を含むVH鎖および配列番号:152または170を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0013

いくつかの態様において、本開示は、本明細書に記載される特定の抗体によって認識されるエピトープの全部もしくは一部を含むMICA内のエピトープに結合する抗体または抗体断片であるペプチドを提供する。いくつかの実施例では、抗体または抗原結合断片は、MICA*009の参照配列(配列番号:185)のアミノ酸181〜274に対応するMICAα3ドメイン内の領域を認識する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:131を含むVH鎖および配列番号:133を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。いくつかの実施例において、抗体または抗体断片は、アミノ酸配列GDLPDGNGTYQTWVATRIC(配列番号:186)を含む又は重複するMICAの少なくとも1つの一部の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15個のアミノ酸を含むエピトープを認識する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:113を含むVH鎖および配列番号:115を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。いくつかの実施例において、抗体または抗体断片は、アミノ酸配列NVETEEWTVP(配列番号:187)を含む又は重複するMICAの少なくとも1つの一部の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15個のアミノ酸を含むエピトープを認識する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:150を含むVH鎖および配列番号:152を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。いくつかの実施例において、抗体または抗体断片は、アミノ酸配列TVPPMVVTR(配列番号:188)を含む又は重複するMICAの少なくとも1つの一部の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15個のアミノ酸を含むエピトープを認識する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:168を含むVH鎖および配列番号:170を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。いくつかの実施例において、抗体または抗体断片は、アミノ酸配列TCRASSFYPR(配列番号:189)を含む又は重複するMICAの少なくとも1つの一部の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15個のアミノ酸を含むエピトープを認識する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:77を含むVH鎖および配列番号:79を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:2を含むVH鎖および配列番号:11を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、抗体または抗体断片は、配列番号:96を含むVH鎖および配列番号:98を含むVL鎖を含む抗体と同じエピトープに結合する。

0014

いくつかの態様において、ペプチドに加えて、組成物は1つ以上の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または20未満)の抗癌療法をさらに含む。いくつかの態様において、組成物は医薬組成物(例えば、対象への投与のための組成物)として処方される。

0015

いくつかの実施例において、本開示は、MHCクラスIポリペプチドリレイティッド・シークエンスA(MICA)またはそのエピトープと免疫特異的に結合するペプチドをコードする核酸を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、組成物の核酸は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHをコードする。いくつかの態様において、組成物の核酸は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVLをコードする。

0016

1つの態様において、本開示は、配列番号:1と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:2と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:10と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:11と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0017

1つの態様において、本開示は、配列番号:76と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:77と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:78と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:79と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0018

1つの態様において、本開示は、配列番号:95と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:96と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:97と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:98と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0019

1つの態様において、本開示は、配列番号:112と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:113と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:114と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:115と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0020

1つの態様において、本開示は、配列番号:130と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:131と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:132と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:133と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0021

1つの態様において、本開示は、配列番号:149と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:150と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:151と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:152と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0022

1つの態様において、本開示は、配列番号:167と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:168と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:169と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:170と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0023

いくつかの実施形態において、本開示は、MICAおよび細胞内T細胞ドメインと免疫特異的に結合するペプチドを含むキメラ抗原受容体(CARs)を提供する。1つの態様において、CARに含まれるペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:2と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID1のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:2内の領域は、表1に示される抗体ID1のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;または配列番号:11と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID1のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:11内の領域は、表1に示される抗体ID1のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:2を含むVH鎖および配列番号:11を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0024

1つの態様において、CARsに含まれるペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:77と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID6のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:77内の領域は、表1に示される抗体ID6のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む;または配列番号:79と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID6のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:79内の領域は、表1に示される抗体ID6のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:77を含むVH鎖および配列番号:79を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0025

1つの態様において、CARsに含まれるMICAと免疫特異的に結合するペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:96と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID7のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:96内の領域は、表1に示される抗体ID7のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;および配列番号:98と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID7のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:98内の領域は、表1に示される抗体ID7のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:96を含むVH鎖および配列番号:98を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0026

1つの態様において、CARsに含まれるMICAと免疫特異的に結合するペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:113と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID8のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:113内の領域は、表1に示される抗体ID8のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;または配列番号:115と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID8のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:115内の領域は、表1に示される抗体ID8のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:113を含むVH鎖および配列番号:115を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0027

1つの態様において、CARsに含まれるMICAと免疫特異的に結合するペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:131と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID9のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:131内の領域は、表1に示される抗体ID9のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;または配列番号:133と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID9のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:133内の領域は、表1に示される抗体ID9のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:131を含むVH鎖および配列番号:133を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0028

1つの態様において、CARsに含まれるMICAと免疫特異的に結合するペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:150と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID11のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:150内の領域は、表1に示される抗体ID11のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;または配列番号:152と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID11のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:152内の領域は、表1に示される抗体ID11のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:150を含むVH鎖および配列番号:152を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0029

1つの態様において、CARsに含まれるMICAと免疫特異的に結合するペプチドは、以下を含む抗体または抗体断片である:配列番号:168と同一性を有するVH鎖、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID12のVHのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:168内の領域は、表1に示される抗体ID12のVHのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含み;または配列番号:170と同一性を有するVL鎖を含む抗体または抗体断片、ここで、CDR1、CDR2およびCDR3に対応する領域は、CDR1、CDR2およびCDR3領域内に5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID12のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含み、かつ、FR1、FR2、FR3、FR4に対応する配列番号:170内の領域は、表1に示される抗体ID11のVLのFR1、FR2、FR3、FR4と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、配列番号:168を含むVH鎖および配列番号:170を含むVL鎖を含む抗体または抗体断片を含む。

0030

他の実施形態において、本開示は、MICAと免疫特異的に結合するペプチドをコードする核酸を含むベクター(例えば、発現ベクターウイルスベクターレトロウイルスベクターアデノウイルスベクターアデノ随伴ウィルス(AAV)ベクター、ヘルペスウイルスベクターまたはポックスウイルスベクター)を提供する。1つの態様において、ベクターは、配列番号:10、78、97、114、132、151または169と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:11、79、98、115、133、152または170と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0031

他の態様において、ベクターは、配列番号:1、76、95、112、130、149または167と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:2、77、96、113、131、150または168と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0032

他の態様において、ベクターは、配列番号:1、76、112、130または149と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:2、77、96、113、131または150と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0033

1つの態様において、ベクターは、配列番号:1と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:2と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:10と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:11と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0034

1つの態様において、ベクターは、配列番号:76と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:77と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:78と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:79と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0035

1つの態様において、ベクターは、配列番号:95と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:96と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:97と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:98と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0036

1つの態様において、ベクターは、配列番号:112と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:113と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:114と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:115と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0037

1つの態様において、ベクターは、配列番号:130と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:131と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:132と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:133と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0038

1つの態様において、ベクターは、配列番号:149と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:150と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:151と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:152と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0039

1つの態様において、ベクターは、配列番号:167と少なくとも75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:168と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:169と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれを超える配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:170と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0040

いくつかの実施例において、本開示は、対象における癌を処置する方法を含む。いくつかの態様において、方法は、本明細書中で開示した1つまたは複数のペプチドおよび/または核酸を含む組成物を対象に投与することを含む。

0041

また、本開示は、免疫治療の後に、癌患者からヒト抗体を単離する方法を提供する。

0042

いくつかの実施例において、本開示は、対象から自己抗原に対する免疫細胞を得る方法であって、自己抗原に対して陽性の免疫応答を示す対象を特定すること、多重型の自己抗原を供すること、前記多重型の自己抗原を自己抗原に対して陽性の免疫応答を示す前記対象由来サンプルと接触させること、および前記多重型の自己抗原に結合した免疫細胞を得ることを含む方法を含む。

0043

いくつかの実施例において、本開示は、癌患者から自己抗原に対する免疫細胞を得る方法であって、自己抗原に対して陽性の免疫応答を示す対象を特定すること;多重型の自己抗原を供すること;前記多重型の自己抗原を自己抗原に対して陽性の免疫反応を示す前記対象由来のサンプルと接触させること;および前記多重型の自己抗原と結合した免疫細胞を得ることを含む方法を含む。

0044

本明細書中で使用される全ての技術的および科学的用語は、そうでないと定義されない限り、本発明が属する技術分野における当業者によって通常理解される意味と同一の意味を有する。本発明に使用するための方法および物質を本明細書に記載するが;当分野で公知の他の適切な方法および物質を用いることもできる。物質、方法および実施例は、単なる例示であり、限定されることを意図するものではない。すべての刊行物、特許出願、特許、配列、データベースエントリおよび本明細書で言及される他の参考文献は、引用により完全に本明細書に組み込まれる。齟齬がある場合、定義を含め本明細書が優先される。

0045

本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および図面および特許請求の範囲から明らかとなろう。

図面の簡単な説明

0046

図1は、抗体ID1(抗MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)抗体)の重鎖可変領域(VH)の核酸配列(配列番号:1)である。
図2は、抗体ID1(抗MICA抗体)のVH鎖のアミノ酸配列(配列番号:2)である。
図3は、抗体ID1(抗MICA抗体)のVL鎖の核酸酸配列(配列番号:10)である。
図4は、抗体ID1(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:11)である。
図5A〜5Fは、B細胞から抗体を産生する例示的な方法のイラストである。(A)抗原を、蛍光標識ストレプトアビジンによる部位特異的ビオチン化および四量体化のためのBirAタグを含めて発現させる。(B)B細胞を四量体およびモノクローナル抗体パネルで染色する。四量体+、クラススイッチした記憶B細胞をPCRストリップ単細胞保存する。(C)T7RNAポリメラーゼを用いてmRNA増幅を実施する。(D)300〜400bpのPCR産物を用いて、PCR産物の配列決定を行う。(E)別個のベクターにクローニングされている全長IgG重鎖およびカッパラムダ軽鎖配列構築物のために、オーバーラップPCRを用いる。ベクターを、完全なヒト組換え抗体の発現のためにCHO−S細胞に一過性に導入する。(F)抗体を、抗原結合性について試験して、潜在的な治療上の特徴について評価する。
図6A〜6Bは、記憶B細胞を特定するための単量体および四量体抗原の比較を示すグラフである。(A)モノビオチン化TTCFまたはCD80抗原を、直接、Alexa−488フルオロフォア標識化した。未標識ストレプトアビジンを用いて、四量体を創出した。各ドナーから富化したB細胞を、3つの画分に分け、対照CD80四量体、TTCF単量体またはTTCF四量体を同じ総抗原濃度0.125μg/mLにて用いて染色した。FACSプロットは、CD19+ CD27+IgM−クラススイッチした記憶B細胞を示す。ゲート近接する数値は、元のゲートに関するパーセンテージを表す。(B)3つの異なるドナーで検出された四量体+記憶B細胞の頻度。数値は、CD19+記憶B細胞1×106個あたりの四量体+細胞として計算される。
図7A〜7Bは、形質芽細胞および記憶B細胞から創出された抗体によるTTCFに関する高親和性の結合を示す線グラフである。飽和結合試験を行い、組換え抗体の親和力を決定した。TTCF抗原を、キレート試薬と共にインキュベーとした際に615nmで強蛍光シグナルを発するユーロピウムで標識化した。抗体を96ウェルプレート固相化し、TTCF−ユーロピウム(100nM〜4pM)と共に37℃で2時間インキュベートした。615nmの蛍光カウントを記録し、非線形回帰分析を用いて、KDを計算した。CHO−S細胞でも産生された対照抗体(クローン8.18.C5)をすべての試験においてインキュベートした。(A)組換えTTCFAb1およびAb2をTTCF四量体+形質芽細胞(ドナー1)から創出した。(B)TTCF抗体3、4および5は3つの異なるドナーのTTCF四量体+記憶B細胞から創出した。
図8は、MICA被覆したluminexビーズに対する抗MICA抗体の結合性を示す棒グラフである。
図9A〜9Eは、MICA被覆したビーズに対する抗MICA抗体の結合性を示す線グラフである。
図9F〜9Jは、MICA被覆したビーズに対する抗MICA抗体の結合性を示す線グラフである。
図9K〜9Oは、MICA被覆したビーズに対する抗MICA抗体の結合性を示す線グラフである。
図10は、抗体ID6(抗MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)抗体)の可変重鎖(VH)の核酸配列(配列番号:76)を示す。
図11は、抗体6(抗MICA抗体)のVH鎖のアミノ酸配列(配列番号:77)を示す。
図12は、抗体ID6(抗MICA抗体)の可変軽鎖(VL)の核酸配列(配列番号:78)を示す。
図13は、抗体ID6(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:79)を示す。
図14は、抗体ID7(抗MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)抗体)の可変重鎖(VH)の核酸配列(配列番号:95)を示す。
図15は、抗体ID7(抗MICA抗体)のVH鎖のアミノ酸配列(配列番号:96)を示す。
図16は、抗体ID7(抗MICA抗体)の可変軽鎖(VL)の核酸配列(配列番号:97)を示す。
図17は、抗体ID7(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:98)を示す。
図18は、抗体ID8(抗MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)抗体)の可変重鎖(VH)の核酸配列(配列番号:112)を示す。
図19は、抗体ID8(抗MICA抗体)のVH鎖のアミノ酸配列(配列番号:113)を示す。
図20は、抗体ID8(抗MICA抗体)の可変軽鎖(VL)の核酸配列(配列番号:114)を示す。
図21は、抗体ID8(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:115)を示す。
図22は、抗体ID9(抗MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)抗体)の可変重鎖(VH)の核酸配列(配列番号:130)を示す。
図23は、抗体ID9(抗MICA抗体)のVHのアミノ酸配列(配列番号:131)を示す。
図24は、抗体ID9(抗MICA抗体)の可変軽鎖(VL)の核酸配列(配列番号:132)を示す。
図25は、抗体ID9(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:133)を示す。
図26A〜Gは、組換え抗MICA抗体によるMICAアレル特異的結合に関する評価を示す線グラフである。
図27は、抗MICA抗体CM24002Ab2による自己腫瘍細胞の標識化を示す線グラフである。
図28は、血清MICAによるNKG2D調節を示す一連のFACSプロットである。ヒトNK細胞を、患者CM24002由来の対照血清と共に1:10希釈で48時間インキュベートした。表示した抗体をインキュベーション開始時に濃度10μg/mlで加えた。CD56+NK細胞上でのNKG2Dの発現をフローサイトメトリーにて評価した。
図29は、組換えMICAによるNKG2D調節を示す一連のFACSプロットである。ヒトNK細胞を、組換えMICA2ng/mlと共に48時間インキュベートした。表示した抗体をインキュベーション開始時に濃度10μg/mlで加えた。48時間後にCD56+NK細胞上でのNKG2Dの発現をフローサイトメトリーにて評価した。
図30は、抗MICA抗体CM24002Ab2による細胞媒介性細胞障害(cell−mediated toxicity)の亢進を実証する線グラフである。ヒトNK細胞を、表示した抗体10μg/mlの存在下、組換えMICA(2ng/ml)と共に48時間インキュベートした。表示した比率でのK562標的細胞を殺傷するNK細胞(エフェクター)の能力を、4時間のインキュベーション後のLDH放出を測定することにより評価した。
図31は、抗MICA抗体CM24002Ab2およびCM33322Ab29による細胞媒介性細胞障害を実証する棒グラフである。ヒトNK細胞を、表示した抗体10μg/mlの存在下、組換えMICA(2ng/ml)と共に48時間インキュベートした。K562標的細胞を殺傷するNK細胞(エフェクター)の能力を、4時間のインキュベーション後のLDH放出を測定することにより評価した。NKG2D遮断抗体またはFc遮断抗体を加え、エフェクター細胞と標的細胞とを4時間インキュベートする間に、細胞媒介性細胞障害に対するFc受容体およびNKG2Dの寄与を評価した。
図32は、組換え抗MICA抗体によるMICAα3ドメインの結合を示す一連の線グラフである。組換えMICAα3ドメインをビオチン化し、ストレプトアビジン被覆したビーズの表面に捕捉させた。表示した抗体を10μg/mlで各組換えタンパク質で被覆したビーズと共に1時間インキュベートした。続いて、ビーズを洗浄し、FITCコンジュゲート抗ヒトIgG二次抗体と共にインキュベートした。FITC蛍光をフローサイトメトリーにより定量した。
図33は、抗MICA抗体CM24002Ab2およびCM33322Ab29による腫瘍細胞の標識化を実証する線グラフである。蛍光はフローサイトメトリーにより測定した。
図34は、Luminexアッセイにより決定された抗MICA抗体CM33322Ab29のMICA対立遺伝子特異性を実証する棒グラフである。
図35は、抗体ID11(抗MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)抗体)の可変重鎖(VH)の核酸配列(配列番号:149)を示す。
図36は、抗体ID11(抗MICA抗体)のVH鎖のアミノ酸配列(配列番号:150)を示す。
図37は、抗体ID11(抗MICA抗体)の可変軽鎖(VL)の核酸配列(配列番号:151)を示す。
図38は、抗体ID11(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:152)を示す。
図39は、進行性メラノーマに罹患した患者における血清MICA濃度を実証する棒グラフである。血清MICAを、商業的に入手可能なサンドウィッチELISAを用いて検出した。血清は1:10希釈で試験した。
図40は、抗MICA抗体が、メラノーマ患者血清と共にインキュベートしたNK細胞におけるNKG2Dダウンレギュレーションを阻止することを示す表である。PBMCを、対照血清または可溶性MICA単独もしくは表示した抗体100μg/mlの存在下で可溶性MICAを含むメラノーマ患者試料と共に48時間インキュベートした。48時間の時点で、NK細胞(CD3−、CD8−、CD56+)上でのNKG2D発現を、フローサイトメトリーにより測定した。データは、NKG2D陽性であるNK細胞の%として示す。
図41は、抗MICA抗体が、メラノーマ患者血清と共にインキュベートしたNK細胞によるK562標的細胞のNKG2D媒介性細胞障害を亢進することを示す図41図43の一連のグラフの一つである。PBMCを、対照血清または可溶性MICA単独もしくは表示した抗体100μg/mlの存在下で可溶性MICAを含むメラノーマ患者試料と共に48時間インキュベートした。48時間の時点で、細胞を洗浄し、51Cr標識したK562標的細胞と共に、エフェクター対標的 20:1の比率でインキュベートした。特異的な溶解を、4時間後にシンチレーション計数により評価した。
図42は、抗MICA抗体が、メラノーマ患者血清と共にインキュベートしたNK細胞によるK562標的細胞のNKG2D媒介性細胞障害を亢進することを示す図41図43の一連のグラフの一つである。
図43は、図41と同様、抗MICA抗体が、メラノーマ患者血清と共にインキュベートしたNK細胞によるK562標的細胞のNKG2D媒介性細胞障害を亢進することを示す図41図43の一連のグラフの一つである。
図44は、形質導入されてヒトMICAを発現するB16メラノーマ細胞に対する抗MICA抗体CM33322Ab29の結合を示すグラフである。表示した抗体を、B16メラノーマ細胞およびヒトMICA10μg/mlを発現する形質導入したB16メラノーマ細胞と共にインキュベートし、染色はフローサイトメトリーにより分析した。
図45は、B16−MICA腫瘍が、脾臓NK細胞および腫瘍−浸潤性NK細胞上のNKG2D発現をダウンレギュレートすることを実証する一連のグラフである。非腫瘍マウスの脾臓または腫瘍を有する動物の脾臓および腫瘍から単離したNK細胞(CD3−、CD8−、CD335+)におけるNKG2D発現はフローサイトメトリーにより測定した。
図46は、抗MICA抗体処置がB16−MICA腫瘍を有するマウスにおける血清MICAレベルを低下させることを実証する一連のグラフである。B16−MICA腫瘍を有するB6マウスを、1週間に3回、投薬あたり100μgまたは200μgのCM33322Ab29を尾静脈注射した。最初の処置後1週間で採血し、血清MICAをELISAにより測定した。
図47は、抗MICA抗体の投与がサンドウィッチELISAによるMICA検出と干渉しないことを示すグラフである。組換えMICAを100倍超の抗体と共に回転させながら18時間インキュベートした。MICA濃度はサンドウィッチELISAにより測定した。
図48は、抗MICA抗体CM33322Ab29を用いたB16−MICA腫瘍を有するマウスの処置は腫瘍成長を停止させることを実証するグラフである。腫瘍が直径5mmに達したら開始する投薬あたり200μgのマウスIgG2a/κアイソタイプ対照または抗MICA抗体CM33322Ab29を用いて、B16−MICA腫瘍を有するマウスを静脈内処置した。1週間に3回投薬をし、腫瘍容積毎日記録した。矢印は投薬を示す。
図49は、腫瘍細胞から脱落するMICAを低減させる抗MICA抗体の能力を実証する一連のグラフである。RPMI−8226細胞を、10μg/mlのアイソタイプ対照抗体、CM33322Ab29またはCM24002Ab2の存在下で培養した。48時間後に、細胞を洗浄し、MICAの表面発現をフローサイトメトリーにより測定し、馴化培地中にて脱落したMICAをサンドウィッチELISAにより評価した。
図50は、抗体ID12(CM33322Ab28)(抗MICA抗体)の可変重鎖(VH)の核酸配列(配列番号:167)である。
図51は、抗体ID12(CM33322Ab28)(抗MICA抗体)のVH鎖のアミノ酸配列(配列番号:168)である。
図52は、抗体ID12(CM33322Ab28)(抗MICA抗体)の可変軽鎖(VL)の核酸配列(配列番号:169)である。
図53は、抗体ID12(CM33322Ab28)(抗MICA抗体)のVL鎖のアミノ酸配列(配列番号:170)である。
図54は、抗MICA抗体であるCM24002Ab2、CM33322Ab4、CM33322Ab11およびCM33322Ab28による細胞媒介性細胞障害を実証する棒グラフである。51Cr標識したK562細胞を、表示した抗体の存在下で30分間インキュベートした。30分の時点で、全PBMCを、エフェクター対標的 20:1の比率で加えた。特異的な溶解を、4時間後にシンチレーション計測により評価した。
図55は、腫瘍細胞から脱落するMICAを低減する抗MICA抗体の能力を実証する一連のグラフである。RPMI−8226細胞を、アイソタイプ対照抗体、CM24002Ab2、CM33322Ab4、CM33322Ab11またはCM33322Ab28の存在下で培養した。48時間後に、細胞を洗浄し、MICAの表面発現をフローサイトメトリーにより測定し、馴化培地中にて脱落したMICAをサンドウィッチELISAにより評価した。
図56は、抗MICA抗体が、メラノーマ患者血清と共にインキュベートしたNK細胞によるK562標的細胞のNKG2D媒介性細胞障害を亢進することを示す線グラフである。PBMCを、対照血清または可溶性MICA単独もしくは表示した抗体の存在下で可溶性MICAを含むメラノーマ患者試料と共に48時間インキュベートした。48時間の時点で、細胞を洗浄し、51Cr標識したK562標的細胞と共に、エフェクター対標的 20:1、10:1および5:1の比率でインキュベートした。特異的な溶解を、4時間後にシンチレーション計数により評価した。
図57は、血清MICAによるNKG2D調節を示す一連のFACSプロットである。全PBMCを、対照血清またはメラノーマ血清単独もしくは表示した抗体の存在下でのメラノーマ血清と共に48時間インキュベートした。48時間後に、細胞を洗浄し、NKG2Dの表面発現をフローサイトメトリーにより評価した。
図58は、抗MICA抗体であるCM24002Ab2、CM33322Ab4、CM33322Ab11、CM33322Ab28による細胞媒介性細胞障害を示す線グラフである。全PBMCを、表示した抗体、陰性対照の抗体(TTCF特異的)または陽性対照抗体(BioLegend)の存在下、組換えMICA(rMICA)と共に48時間インキュベートした。特異的な溶解を、4時間後に51Crの放出により評価した。
図59は、組換えMICAによるNKG2D調節を示す一連のFACSプロットである。全PBMCを、対照血清またはrMICA単独をスパイクした血清もしくは表示した抗体の存在下でrMICAをスパイクした血清と共に48時間インキュベートした。48時間後に、細胞を洗浄し、NKG2Dの表面発現をフローサイトメトリーにより評価した。
図60Aは、MICA*009(配列番号:185)のアミノ酸配列内のCM33322Ab29のエピトープを示す。
図60Bは、MICA*009(配列番号:185)のアミノ酸配列内のCM33322Ab4のエピトープを示す。図60Cは、MICA*009(配列番号:185)のアミノ酸配列内のCM33322Ab11のエピトープを示す。図60Dは、MICA*009(配列番号:185)のアミノ酸配列内のCM33322Ab23のエピトープを示す。
図61は、MICA*009の参照構造におけるCM33322Ab29、CM33322Ab4およびCM33322Ab28のエピトープのマッピングを示す。エピトープマッピングは、オーバーラップペプチドアレイを用いて実施した。各ペプチドは、各ペプチドにつき10アミノ酸のオフセットを含む20アミノ酸直鎖長であった。
図62a〜62cは、抗体CM24002Ab2、CM33322Ab29およびCM33322Ab28がヒトの(a)NK細胞および(b)CD8T細胞においてNKGD受容体のダウンレギュレーションを抑止したこと;および(c)CM24002Ab2およびCM33322Ab28抗体が、sMICA(NY−ESOに特異的なクローン、51Cr標識化Mel375細胞、20:1 E:Tの比率)によるCD8T細胞の細胞毒性阻害を抑止したことを示す一連の棒グラフである。データは、少なくとも3回の独立した試験の代表値である。
図63a〜63cは、(a)ELISA測定により測定されるように、MICA抗体がMICAα3ドメインに結合すること;(b)MICAα3ドメイン特異抗体が48時間のインキュベーションの間にRPMI−8226細胞上のMICA表面レベルを増大させたこと;および(c)MICAの脱落が、A375細胞によって48時間のインキュベーションの間に阻止されたこと(sMICAに関する上清のELISA)、を示す一連のグラフである。データは、少なくとも3回の独立した試験の代表値である。
図64a〜64bは、ヒトU937腫瘍細胞を移植したSCIDマウスにおける1週間のMICA抗体による処置(1週あたり3×100μg Ab)が、(a)腫瘍ホモジネート中のsMICAを低減させ(腫瘍容積について規格化した);および(b)腫瘍細胞表面においてMICA発現を増大させた(フローサイトメトリー)。データは、3回の独立した試験の合成数(composite)を表す。
図65a〜65fは、MICAmAbs(3×100μg)で1週間処置したU937腫瘍を有するSCIDマウスにおけるNK細胞機能の評価を示す一連のグラフである。抗体処置は、腫瘍浸潤性CD45+NK1.1+NK細胞によるNKG2D(a)およびNKp46(b)の表面レベルを増大させ、並びに、腫瘍におけるNK細胞の蓄積誘導した(c)(1×105CD45+細胞について規格化した)。処置は、腫瘍浸潤性CD45+NK1.1+NK細胞によるIFNγ(d)およびパーフォリン(e)発現を増大させた。(f)3つのヒトMICA抗体はすべて脾臓細胞による51Cr標識化YAC−1細胞のエクスビボ殺傷を増進させた。

実施例

0047

本開示は、ある疾病において重要な治療標的に対する抗体が、前記疾病に曝されたヒト対象から目的とする抗原の四量体形でB細胞を標識化することで得ることができるという観測結果に、部分的に、基づく。上のバックグラウンドセクションで記載したように、以前の方法では、少なくともヒト対象にて適切なB細胞を特定する効率が悪い点で、および/または、捕捉したB細胞が誘導されて表現型変化を受け、それらの有用性を低下させるために制限される。対照に、特定の疾病関連の抗原に対する希少な記憶B細胞の捕捉を可能にする方法を本文中に記載する。下記するように、本方法は疾病関連の抗原の四量体化を必要とし、当該プロセスは、下記の実施例で実際に示されるように、適切な記憶B細胞の特定を向上させる。具体的には、本明細書中の方法は、対象の抗原への最初の曝露後の増加された期間、適切な記憶B細胞のより効率的な捕捉を可能にする。また、本明細書中の方法は、本明細書中で開示される方法を用いて捕捉した記憶B細胞から得られる遺伝物質を用いて創出された抗体(および、該抗体の配列から創出されたペプチド)を含む。

0048

MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA)に対するヒト抗体が、本明細書中で記載される。MICAに対するこれらのヒト抗体は、細胞ベース癌ワクチンGMCSFを形質導入した自家腫瘍細胞)を受けた患者から、四量体抗原の使用を伴う方法によって特定された。

0049

いくつかの例において、本開示は、選抜したヒト対象から治療上の潜在力を有する抗体を特異的に取得または標的化する方法、およびその結果得られる治療用組成物を提供する。これらの方法は、ヒト対象における免疫細胞を取得または標的化すること(ここで、免疫細胞は限定するものではないが、例えばB細胞および/または記憶B細胞を含む)、取得または標的化した免疫細胞から遺伝物質(例えばDNAおよび/またはmRNA)を単離または精製すること、および単離または精製した遺伝物質を治療用組成物、例えば本明細書に開示する治療用組成物を製造するために使用することを含んでよい。前記方法のさらなる詳細は、以下に記載の表題“方法”の項で記載する。

0050

いくつかの例において、本開示は、健康状態または疾患を有した若しくは有し、前記健康状態または疾患に対して陽性の免疫応答を示した対象に存在する抗体に関連する治療用組成物(例えば、治療用ペプチドを含み、抗体、抗体断片、抗体誘導体、および/または抗体コンジュゲートを含む)を提供する。

0051

治療用組成物
いくつかの例において、本明細書中の治療用組成物は疾病または状態に関連した結合パートナー(例えば、免疫原、抗原および/またはエピトープ)と相互作用(例えば、結合、特異的に結合および/または免疫特異的に結合)することができ、ここで、治療用組成物と結合パートナーとの間の相互作用は、前記状態または疾病に対して前向きな免疫応答(例えば、対象における疾病またはその症状のレベルでの減少)という結果になる。

0052

いくつかの例において、治療用組成物は可変重鎖(VH)の少なくとも1つ(例えば、1、2、3、4、5および/または6つ)の相補性決定領域(CDR)および/または表1に示す抗体ID1、6、7、8、911または12の可変軽鎖(VL)を含む(例えば、含む、本質的に含む又はから成る)ペプチドを含んでもよい。

0053

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12の可変重鎖(VH)および/または可変軽鎖(VL)の少なくとも1つ(例えば、1、2、3、4、5および/または6つ)の相補性決定領域(CDR)を含有し(例えば、含み、本質的に含み又はから成り)、かつ、MHCクラスIポリペプチド・リレイティッド・シークエンスA(MICA(例えば、UniGene Hs.130838))(例えば、可溶性のMICA(sMICA))、例えばそのエピトープと相互作用する(例えば、結合する、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ペプチドを含んでもよい。

0054

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでいてよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性MICA(sMICA)))に結合する(例えば、特異的に結合するおよび/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、ペプチドは、少なくとも2つのCDRを含んでいてよく、ここで、前記少なくとも2つのCDRは異なる抗体について表1で示されたCDRである。換言すれば、抗体ID1、6、7、8、9、11または12に関して表1で示されたCDR(および、FRおよび/またはAA配列)は相互に交換可能であり、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))に結合する(例えば、特異的に結合するおよび/または免疫特異的に結合する)限り、それらを組み合わせてペプチドを創出してもよい。いくつかの例に、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID1、6、7、8、9および/または11のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2とを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:2、77、96、113、131、150または168の1つ、および/または配列番号:11、79、98、115、133、152または170の1つを含む。各々の例に、ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAとの間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、例えば約10nMであってよい。

0055

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID1のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID1のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID1のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID1のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2とを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID1のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID1のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID1のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:2および/または配列番号:11を含む。各々の例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAとの間の結合親和性は、0.1nM〜約1μMの間、例えば約10nMであってよい。

0056

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID6のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでいてよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID6のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID6のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID6のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID6のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID6のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID6のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:77および/または配列番号:79を含む。各例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAと間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、約50nM〜200nMの間、または1nM〜20nMの間、例えば、500nMまたはそれ未満、400nMまたはそれ未満、300nMまたはそれ未満、200nMまたはそれ未満、100nMまたはそれ未満、50nMまたはそれ未満、10nMまたはそれ未満、5nMまたはそれ未満、1nM、0.5nMまたはそれ未満、0.4nMまたはそれ未満、0.3nMまたはそれ未満、0.2nMまたはそれ未満、または0.10nMまたはそれ未満であってよい。

0057

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID7のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID7のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID7のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID7のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID7のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID7のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID7のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:96および/または配列番号:98を含む。各例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAと間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、約50nM〜200nMの間、または1nM〜20nMの間、例えば、500nMまたはそれ未満、400nMまたはそれ未満、300nMまたはそれ未満、200nMまたはそれ未満、100nMまたはそれ未満、50nMまたはそれ未満、10nMまたはそれ未満、5nMまたはそれ未満、1nM、0.5nMまたはそれ未満、0.4nMまたはそれ未満、0.3nMまたはそれ未満、0.2nMまたはそれ未満、または0.10nMまたはそれ未満であってよい。

0058

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID8のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID8のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID8のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID8のVHおよび/またはVLのCDR1やCDR2を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID8のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID8のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID8のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:113および/または配列番号:115を含む。各例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAと間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、約50nM〜200nMの間、または1nM〜20nMの間、例えば、500nMまたはそれ未満、400nMまたはそれ未満、300nMまたはそれ未満、200nMまたはそれ未満、100nMまたはそれ未満、50nMまたはそれ未満、10nMまたはそれ未満、5nMまたはそれ未満、1nM、0.5nMまたはそれ未満、0.4nMまたはそれ未満、0.3nMまたはそれ未満、0.2nMまたはそれ未満、または0.10nMまたはそれ未満であってよい。

0059

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID9のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID9のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID9のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID9のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2とを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID9のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID9のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID9のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:131および/または配列番号:133を含む。各例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAと間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、約50nM〜200nMの間、または1nM〜20nMの間、例えば、500nMまたはそれ未満、400nMまたはそれ未満、300nMまたはそれ未満、200nMまたはそれ未満、100nMまたはそれ未満、50nMまたはそれ未満、10nMまたはそれ未満、5nMまたはそれ未満、1nM、0.5nMまたはそれ未満、0.4nMまたはそれ未満、0.3nMまたはそれ未満、0.2nMまたはそれ未満、または0.10nMまたはそれ未満であってよい。

0060

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID11のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID11のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID11のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID11のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2とを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID11のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID11のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID11のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:150および/または配列番号:152を含む。各例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAと間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、約50nM〜200nMの間、または1nM〜20nMの間、例えば、500nMまたはそれ未満、400nMまたはそれ未満、300nMまたはそれ未満、200nMまたはそれ未満、100nMまたはそれ未満、50nMまたはそれ未満、10nMまたはそれ未満、5nMまたはそれ未満、1nM、0.5nMまたはそれ未満、0.4nMまたはそれ未満、0.3nMまたはそれ未満、0.2nMまたはそれ未満、または0.10nMまたはそれ未満であってよい。

0061

いくつかの例において、治療用組成物は、表1に示される抗体ID12のVHおよび/またはVLの少なくとも1つのCDRを含むペプチドを含んでよく、ここで、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される抗体ID12のVHおよび/またはVLのCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID12のVHおよびVLのCDR3と、抗体ID12のVHおよび/またはVLのCDR1および/またはCDR2を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、抗体ID12のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、表1に示される、抗体ID12のVHおよび/またはVLのCDR1、CDR2およびCDR3と、抗体ID12のVHおよび/またはVLのFR1、FR2、FR3および/またはFR4の少なくとも1つとを含む。いくつかの例において、そのようなペプチドは、配列番号:168および/または配列番号:170を含む。各例において、前記ペプチドは、MICA(例えば、ヒトMICA(例えば、可溶性のMICA(sMICA)))と結合する(例えば、特異的に結合する、および/または免疫特異的に結合する)ことができる。いくつかの例において、ペプチドとMICAと間の結合親和性は、約0.1nM〜1μMの間、約50nM〜200nMの間、または1nM〜20nMの間、例えば、500nMまたはそれ未満、400nMまたはそれ未満、300nMまたはそれ未満、200nMまたはそれ未満、100nMまたはそれ未満、50nMまたはそれ未満、10nMまたはそれ未満、5nMまたはそれ未満、1nM、0.5nMまたはそれ未満、0.4nMまたはそれ未満、0.3nMまたはそれ未満、0.2nMまたはそれ未満、または0.10nMまたはそれ未満であってよい。

0062

いくつかの例において、治療用組成物は、配列番号:2および/または配列番号:11;配列番号:77および/または配列番号:79;配列番号:96および/または配列番号:98;配列番号:113および/または配列番号:115;配列番号:131および/または配列番号:133;配列番号:150および/または配列番号:152、および配列番号:168および/または170含むペプチドを含んでよい。

0063

0064

0065

0066

0067

* 配列は、表示した配列、またはその配列と(例えば少なくとも)80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%,および/または100%の配列同一性を有するバリアントを含む。
** 配列は、1個、2個、3個、4個、5個、5個未満または10個未満の保存的アミノ酸置換を含んでよい。
# 配列は、表示した配列、またはその配列と、例えばFR1、FR2、FR3および/またはFR4に対応する領域内に示される配列と(例えば少なくとも)80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%,および/または100%の配列同一性を有する、および/またはCDR1、2および/または3に対応する領域内に1個、2個、3個、4個、5個、5個未満または10個未満の保存的アミノ酸修飾を有するバリアントを含む。
## 配列は、表示した配列、またはその配列と(例えば少なくとも)80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%,および/または100%の配列同一性を有するバリアントを含み、前記配列が対応するAAをコードする。
A.A.#は、VHまたはVLのアミノ酸配列を示す。
Nuc.Acid##は、VHまたはVLの核酸配列を示す。
CDRおよびFR領域を以上で示したが、そのような領域はKabat(Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1987および1991))に従って規定されてもよい。抗体または抗原結合断片のアミノ酸番号付けも、Kabatの番号付けに従う。

0068

「ペプチド」は、連続して連結された少なくとも2個のアミノ酸残基を含む鎖を示し、鎖長に上限はない。タンパク質中の1個以上のアミノ酸残基が、限定するものではないが、グリコシル化リン酸化またはジスルフィド結合形成などの修飾を含んでもよい。用語「ペプチド」は、本明細書において「ポリペプチド」および「タンパク質」と交換可能に用いられる。

0069

いくつかの例において、治療用組成物は、ペプチド、例えば抗体(例えば、全長および/または完全な抗体)または抗体断片を含んでよい。「抗体」は、標的(例えば炭水化物ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなど)に、その可変領域内に位置する少なくとも1つの抗原認識部位を介して特異的に結合することができる免疫グロブリン分子である。本明細書で用いられるように、用語「抗体」は、完全なポリクローナルまたはモノクローナル抗体だけでなく、いずれかの抗原結合断片(即ち「抗原結合部分」)またはその一本鎖、抗体を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含む免疫グロブリン分子のいずれかの他の修飾構造物(modified configuration)を包含する。抗体は、いずれかのクラスの抗体、例えばIgG、IgAまたはIgM(もしくはそのサブクラス)、およびいずれかの特定のクラスである必要のない抗体を含む。その重鎖の定常領域の抗体アミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンは別のクラスに割り当てられる。免疫グロブリンの5つの主要なクラス、IgA、IgDIgE、IgGおよびIgMがある。これらの幾つかは、さらにサブクラス(アイソタイプ)、例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2にさらに分けることができる。重鎖の定常領域は免疫グロブリンの種々のクラスに対応し、該定常領域はアルファデルタイプシロンガンマおよびミューとそれぞれ呼ばれる。免疫グロブリンの種々のクラスのサブユニット構造および三次元配置は周知である。

0070

例示的な抗体および抗体断片は、限定するものではないが、モノクローナル抗体(例えば全長モノクローナル抗体)、ポリクローナル抗体、少なくとも2つの異なるエピトープ結合断片から形成される多重特異的抗体(multispecific antibody)(例えば、二重特異的抗体)、ラクダ化抗体(camelised antibodies)、キメラ抗体、一本鎖Fv(scFv)、一本鎖抗体単一ドメイン抗体ドメイン抗体Fab抗体、F(ab’)2断片、所望の生物活性を示す抗体断片(例えば抗原結合部分)、ジスルフィド連結されたFv(dsFv)、および抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例えば、本発明の抗体に対する抗Id抗体)、細胞内抗体、および上記のいずれかのエピトープ結合断片を含む。抗体または抗体断片は、ヒトまたはヒト化されていてよい。特定の実施形態において、抗体は非天然抗体、例えば天然の抗体に対して多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個のアミノ酸の相違(例えば、置換、不可または欠失)を含む抗体である。1個以上のアミノ酸の相違が軽鎖および/または重鎖にあってよく、1つ以上のCDRにあってよく、フレームワーク領域、もしくは定常領域内、例えばCL、CH1、ヒンジ、CH2またはCH3にあってもよい。

0071

抗体は、典型的には、10−5〜10−11Mまたはそれ未満の解離定数(KD)を反映した高親和性でもって同起源の抗原と特異的に結合する。約10−4M超のいずれかのKDは、一般的には、非特異的結合を示すと考えられる。本明細書中で用いられるように、抗原に「特異的に結合する」抗体は、その抗原および実質的に同一の抗原と、高親和性(KDが10−7M以下、好ましくは10−8M以下、さらにより好ましくは5×10−9M以下、および最も好ましくは10−8M〜10−10Mの間もしくはそれ未満)でもって結合するが、無関係の抗原とは高親和性でもって結合しない抗体を示す。所定の抗原と高い配列同一性を示す場合、例えば、所定の抗原と少なくとも80%、少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、より好ましくは少なくとも97%、またはさらにより好ましくは少なくとも99%の配列同一性を示す場合、それは、所定の抗原と「実質的に同一な」抗原である。例示を目的として、ヒトMICAに特異的に結合する抗体は、特定の霊長類種由来のMICA抗原(例えば、カニクイザルMICA)とも交差反応するが、他の種由来のMICA抗原またはMICA以外の抗原とは交差反応し得ない。

0072

抗体断片は、それらがその抗原結合部分を含み、かつ全長の抗体が有する所望の親和性および特異性を維持する限り、提供する方法での使用に適している。用語、抗体の「抗原結合部分」(または、単純に「抗体部分」)は、本明細書中で用いられるように、抗原(例えば、ヒトMICA)に特異的に結合する能力を維持した抗体の1つまたは複数の断片を示す。そのような「断片」は、例えば、約8〜約1500アミノ酸長であり、好ましくは約8〜約745アミノ酸長、好ましくは約8〜約300、例えば約8〜約200アミノ酸、または約10〜約50もしくは100アミノ酸長である。かくして、抗MICA抗体の断片は、MICAに結合する能力をそのFv部分に、樹状細胞マクロファージ好中球、B細胞およびNK細胞上のFc受容体に結合する能力をそのFc部分に、それぞれ維持し得る。そのような断片は、対応する全長の抗MICA抗体に類似する特性により特徴づけられ、即ち、該断片は、ヒトの細胞表面で発現するヒトMICA抗原、または培地中に脱落した対応するsMICA抗原を、それぞれ結合し得る。

0073

抗体の抗原結合機能は、全長の抗体の断片により実行し得ることが示された。用語、抗体の「抗原結合部分」に包含される結合断片の例としては、(i)VL、VH、CLおよびCH1ドメインからなる一価断片であるFab断片;(ii)ヒンジ領域のジスルフィド結合により連結された2つのFab断片を含む二価断片であるF(ab’)2断片;(iii)VHおよびCH1ドメインからなるFd断片;(iv)抗体の一方の腕のVLおよびVHからなるFv断片、(v)VHドメインからなるdAb断片(Wardら、(1989)Nature 341:544−546);および(vi)単離された相補性決定領域(CDR)または(vii)二以上の単離されたCDRの組合せであって、場合により合成リンカーにより連結されていてよい組合せを含む。さらに、Fv断片の2つのドメインであるVLおよびVHは別個の遺伝子にコードされているが、それらは組換え方法を用いて、VLおよびVH領域が一対となって一価の分子を形成して単一タンパク質の鎖となるように合成リンカーにより連結されてもよい(一本鎖Fv(scFv)として知られている;例えば、Birdら、(1988)Science242:423−426;およびHustonら、(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879−5883を参照のこと)。そのような一本鎖抗体もまた、用語、抗体の「抗原結合部分」に包含されることを意図する。これらの抗体断片は、当業者には既知の従来技術を用いて得られ、断片は完全な抗体と同じ方法で有用性に関してスクリーニングされる。抗原結合部分は、組換えDNA技術により産生され、または完全な免疫グロブリンの酵素もしくは化学分解により産生される。

0074

Fv断片は、完全な抗原認識および結合部位を含む抗体断片である。この領域は、例えばscFvにおける本質的に共有結合であり得る、強く会合した1つの重鎖および1つの軽鎖可変ドメインの2量体からなる。この構成において、各可変ドメインの3つのCDRは相互作用して、VH−VL二量体の表面上の抗原結合部位を規定する。6つのCDRまたはそのサブセットは、全体として、抗体の抗原特異性を与える。しかしながら、単一の可変ドメイン(即ち、Fvの半分であって、抗原に特異的な3つのCDRのみを含む)は、完全な結合部位よりも通常低い親和性であっても、抗原を認識して結合する能力を有し得る。

0075

一本鎖Fv、すなわち(scFv)抗体断片は、抗体のVHおよびVLドメインを含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。一般的に、Fvポリペプチドは、VHとVLドメインの間にポリペプチドリンカーをさらに含み、該リンカーは、scFvが抗原結合に望ましい構造を形成することを可能にする。

0076

Fab断片は、軽鎖の可変ドメインおよび定常ドメインと、重鎖の可変ドメインおよび第1の定常ドメイン(CH1)とを含む。F(ab’)2抗体断片は、Fab断片とFab断片との間のヒンジのシステインによりそれらのカルボキシル末端付近で一般的に共有結合している一対のFab断片を含む。抗体断片の他の化学的カップリングも当該分野で既知である。

0077

二重特異性抗体」または「二機能性抗体」は、2つの異なる重鎖/軽鎖のペアおよび2つの異なる結合部位を有する人工ハイブリッド抗体である。二重特異的抗体は、様々な方法、例えばハイブリドーマ融合またはFab’断片の連結により創出することができる。例えば、Songsivilai&Lachmann,Clin.Exp.Immunol.79:315−321(1990);Kostelnyら、J.Immunol.148,1547−1553(1992)を参照のこと。

0078

二重特異性抗体は、2つの抗原結合部位を有する小さな抗体断片であり、その断片は同一ポリペプチド鎖(VHおよびVL)内でVLに連結されたVHを含む。同一鎖上での2つのドメイン間で対となることを可能にするには短すぎるリンカーを用いることで、該ドメインは他の鎖の相補的ドメインと対を形成するようになり、それで2つの抗原結合部位が創出される。

0079

リニア抗体は一対のタンデムFdセグメント(VH−CH1−VH−CH1)を含み、相補的な軽鎖ポリペプチドと共に一対の抗原結合領域を形成する。リニア抗体は、二重特異的または単一特異的であってよい。

0080

本開示の抗体および抗体断片は、所望のエフェクター機能または血清半減期を与えるようにFc領域が改変されてもよい。いくつかの例において、Fc領域は血清半減期を増加させるPEGまたはアルブミンとコンジュゲートされていてよく、結果的に所望の効果が得られる他のコンジュゲートがなされてもよい。別には、エフェクター機能を消去または低減させ、それにより副作用または治療の複雑さを最小限にすることが望まれる場合、特定の他のFc領域を用いることができる。

0081

ヒト抗体およびヒト化抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する(または、それらから得られたものと同じアミノ酸配列を有する)抗体を含む。ヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列にコードされていないアミノ酸残基(例えば、インビトロでのランダム変異導入または部位特異的変異導入により、あるいはインビボでの体細胞変異により導入された変異)を、例えば、CDRに、特にCDR3に含んでもよい。用語「組換えヒト抗体」は、本明細書中で用いられるように、組換え技術により調製、発現、創出または単離されるすべてのヒト抗体を含み、例えば、(a)ヒト免疫グロブリン遺伝子に関するトランスジェニックまたはトランスクロモソーマル(transchromosomal)動物(例えばマウス)又はそれらから調製されたハイブリドーマから単離された抗体、(b)抗体を発現させるために形質転換された宿主細胞から、例えばトランスフェクトーマから単離された抗体、(c)コンビナトリアル・ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体、および(d)ヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のDNA配列スプライシングすることを含む他のいずれかの方法により調製、発現、創出または単離された抗体を含む。そのような組換えヒト抗体は、特定のヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列を利用し、生殖細胞系列遺伝子にコードされる可変領域および定常領域を含み、後に生じる再構成および突然変異、例えば抗体成熟(antibody maturation)の間に生じる再構成および突然変異も含む。当該分野で既知なように(例えば、Lonberg(2005)Nature Biotech.23(9):1117−1125)、可変領域は抗原結合ドメインを含み、該ドメインは再構成して、外来抗原に特異的な抗体を形成する様々な遺伝子にコードされる。再構成に加えて、可変領域は、さらに、複数回の単一アミノ酸交換(体細胞変異または超変異とも称される)によりさらに改変され、当該外来抗原に対する抗体の親和性が向上し得る。定常領域が変化して、さらに抗原に応答するようになり得る(即ち、アイソタイプスイッチ)。従って、抗原に応答する軽鎖および重鎖免疫グロブリンポリペプチドをコードする再構成された及び体細胞変異した核酸分子は、元の核酸分子と配列同一性を有さないが、代わりに、実質的に同一または類似し得る(即ち、少なくとも80%の同一性を有する)。

0082

「ヒト」抗体(HuMAb)は、フレームワークとCDR領域の両方がヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体を示す。さらに、抗体が定常領域を含む場合、定常領域もヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列に由来する。本発明のヒト抗体はヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列にコードされていないアミノ酸残基(例えば、インビトロでのランダムもしくは部位特異的変異またはインビボでの体細胞変異により導入された突然変異)を含み得る。しかしながら、用語「ヒト抗体」は、本明細書中で用いられるように、他の哺乳動物種、例えばマウスの生殖細胞系列に由来するCDR配列をヒトフレームワーク配列グラフトした抗体を含むことを意図していない。用語「ヒト」抗体および「完全なヒト」抗体は、同意義に用いられる。

0083

「ヒト化」抗体は、非ヒト抗体CDRドメイン外のアミノ酸の幾つか、ほとんど又は全てをヒト免疫グロブリンに由来する対応するアミノ酸に置換した抗体を示す。ヒト化形態の抗体に関する1つの実施形態において、CDRドメイン外のアミノ酸の幾つか、ほとんど又は全てをヒト免疫グロブリンのアミノ酸と置換するが、1つまたは複数のCDR領域内の幾つか、ほとんど又は全てのアミノ酸は変更されていない。アミノ酸の少ない付加、欠失、挿入、置換または改変は、それらが特定の抗原に結合する抗体の能力を損なわない限り、許容される。「ヒト化」抗体は元の抗体の抗原特異性と同様の抗原特異性を保持する。

0084

「キメラ抗体」は、その可変領域がある種に由来し、且つその定常領域が他の種に由来する抗体、例えば、その可変領域がマウス抗体に由来し、且つその定常領域がヒト抗体に由来する抗体を示す。

0085

用語「エピトープ」は、本明細書で用いられるように、抗体に結合することができるタンパク質の決定因子を示す。エピトープは、通常、分子のうち化学的に活性な表面の基、例えばアミノ酸または糖側鎖から構成され、通常、特異的な三次元構造特性、並びに特異的な電荷特性を有する。エピトープは、タンパク質の三次フォールディングにより並置される不連続アミノ酸から形成されるもの(例えば、立体構造エピトープ)、または連続するアミノ酸から形成されるもの(例えば、非立体構造エピトープ)の双方いずれであってもよい。立体構造エピトープおよび非立体構造エピトープは、変性溶媒の存在下では前者に対する結合は消失するが後者に対する結合は消失しないという点において、区別される。エピトープは、典型的には、特有空間配置において少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15個のアミノ酸を含む。所定の抗体により結合されるエピトープがいずれであるかを決定する方法(例えばエピトープマッピング)は当該分野で周知であり、例えば、免疫ブロッティングおよび免疫沈降アッセイが挙げられ、重複または隣接ペプチド(例えば、MICA由来)を、所定の抗体(例えば、抗MICA抗体)との反応性について試験される。エピトープの空間配置を決定する方法としては、当該分野での技術および本明細書に記載の方法、例えば、x線結晶構造解析および2次元核磁気共鳴が挙げられる(例えばEpitope MappingProtocols in Methodsin Molecular Biology,Vol.66,G.E.Morris,Ed.(1996)を参照のこと)。

0086

用語「エピトープマッピング」は、抗体−抗原認識に関する分子決定基を特定する工程を示す。

0087

抗体または抗体断片に関連する用語「エピトープに結合する」または「エピトープを認識する」は、抗原内のアミノ酸の連続セグメントまたは不連続セグメントを示す。当業者は、前記用語が抗体または抗体断片がエピトープ配列内のアミノ酸のそれぞれと直接接触することを必ずしも意味しないと理解する。

0088

2以上の抗体に関連する用語「同一のエピトープに結合する」は、該抗体がアミノ酸の連続もしくは不連続セグメントと同じ、重複する若しくは包含するセグメントに結合することを意味する。当業者は、成句「同一のエピトープに結合する」が、該抗体が同一のアミノ酸と正確に結合または接触することを必ずしも意味しないと理解する。抗体が接触する正確なアミノ酸は異なっていてもよい。例えば、第一の抗体は、第二の抗体が結合するアミノ酸セグメントを完全に包含するアミノ酸セグメントに結合してよい。他の例では、第一の抗体は、第二の抗体が結合する一以上のセグメントと顕著に重複する一以上のアミノ酸セグメントに結合する。本明細書の目的に関して、そのような抗体は、「同一のエピトープに結合する」とみなされる。

0089

従って、本発明は、本明細書に記載の特定の抗体が認識するエピトープの全部または一部(例えば、3、4、5、6、7、8、9または10個の、連続する又は不連続なアミノ酸)を含むMICA上のエピトープ(同一もしくは重複する領域または領域間もしくは領域を跨ぐ領域)に結合する抗体を包含する。

0090

本明細書に記載の抗体と「MICA上の同一のエピトープ」に結合する抗体を決定する技術には、例えばエピトープマッピング法、例えばエピトープの原子レベル分解能を与える抗原:抗体複合体のx線結晶構造解析が挙げられる。抗原断片または抗原の変異バリアントに対する抗体の結合をモニタする他の方法において、抗原配列内のアミノ酸残基の改変のために結合が消失する場合、それはエピトープ成分の指標であるとしばしば考えられる。これらの方法は、コンビナトリアル・ファージディスプレイペプチドライブラリー由来の特異的な短いペプチドを親和力で単離する、興味対象の抗体の能力に依存する。該ペプチドを、次いで、ペプチドライブラリーをスクリーニングするのに用いた抗体に対応するエピトープを規定するためのリードみなす。エピトープマッピングに関して、不連続立体構造エピトープをマッピングする計算アルゴリズムが示されている。

0091

また、本発明はまた、本明細書に記載の抗体とMICA結合に関して競合する抗体を包含する。同一のエピトープを認識する抗体または結合の際に競合する抗体は、従来技術を用いて特定することができる。そのような技術には、例えば、ある抗体が標的抗原に対する他の抗体の結合を阻止する能力を示す免疫アッセイ、即ち競合結合アッセイが挙げられる。競合結合は、免疫グロブリンが、試験下参照抗体の共通する抗原、例えばMICAとの特異的な結合を阻止するアッセイで決定される。多くのタイプの競合結合アッセイが知られており、例えば、直接または間接固相ラジオイムノアッセイRIA)、固相ダイレクト又はインダイレクト酵素免疫アッセイ(EIA)、サンドウィッチ競合アッセイ(Stahliら、Methodsin Enzymology 9:242(1983)参照のこと);固相ダイレクトビオチンアビジンEIA(Kirklandら、J.Immunol.137:3614(1986)参照のこと);固相ダイレクト標識化アッセイ、固相ダイレクト標識化サンドウィッチアッセイ(HarlowおよびLane,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press(1988)参照のこと);I−125標識を用いる固相ダイレクト標識RIA(Morelら、Mol.Immunol.25(1):7(1988)参照のこと);固相ダイレクトビオチン−アビジンEIA(Cheungら、Virology 176:546(1990));およびダイレクト標識化RIA(Moldenhauerら、Scand.J.Immunol.32:77(1990))が挙げられる。典型的には、そのようなアッセイは、固体表面に結合した精製された抗原またはそれらのいずれかを保有する細胞、未標識試験免疫グロブリンおよび標識化参照免疫グロブリンの使用を含む。競合阻害は、試験免疫グロブリンの存在下、固相表面または細胞に結合した標識の量を決定することにより測定される。通常、試験免疫グロブリンは過剰量存在する。競合抗体が過剰量存在する場合、通常、参照抗体の共通する抗原に対する特異的な結合は、少なくとも50〜55%、55〜60%、60〜65%、65〜70%、70〜75%もしくはそれ以上に阻止される。

0092

本明細書中で用いられるように、用語「特異的結合」、「選択的結合」、「選択的に結合する」および「特異的に結合する」は、抗体が所定の抗原上のエピトープに結合することを示す。典型的には、抗体は、組換えMICAをアナライトとして用い、抗体をリガンドとして用いるBIACORE2000装置における表面プラズモン共鳴(SPR)技術により決定される場合、約10−7M未満、例えば約10−8M、10−9Mまたは10−10M未満もしくはそれ未満の平衡解離定数でもって結合し、所定の抗原または近縁の抗原以外の非特異的な抗原(例えば、BSA、カゼイン)との結合親和性よりも少なくとも2倍大きい親和性でもって結合する。したがって、「ヒトMICAに特異的に結合する」抗体は、10−7Mまたはそれ未満、例えば約10−8M、10−9Mまたは10−10Mまたはそれ未満のKDでもってヒトMICAと結合する抗体を示す。「カニクイザルMICAと交差反応する」抗体は、10−7Mまたはそれ未満、例えば約10−8M、10−9Mまたは10−10Mまたはそれ未満のKDでもってカニクイザルMICAに結合する抗体を示す。特定の実施形態において、ヒト以外の種のMICAと交差反応しない抗体は、本質的に、標準的な結合アッセイでこれらのタンパク質に対する検出可能な結合は示さない。

0093

用語「kassoc」または「ka」は、本明細書中で用いられるように、特定の抗体−抗原相互作用の会合速度を示すことを意図し、一方、用語「kdis」または「kd」は、本明細書中で用いられるように、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度を示すことを意図する。用語「KD」は、本明細書中で用いられるように、解離定数を示すことを意図し、それはkdのkaに対する比(すなわち、kd/ka)により得られ、モル濃度(M)で表される。抗体のKD値は、当該分野の慣用方法を用いて決定することができる。抗体のKDを決定する好ましい方法は、表面プラズモン共鳴を使用する方法、好ましくはBiacore(登録商標)システムなどのバイオセンサーシステムを使用する方法である。

0094

本明細書中で用いられるように、IgG抗体に関する用語「高親和性」は、抗体が標的抗原に対して10−8Mまたはそれ未満、より好ましくは10−9Mまたはそれ未満、さらにより好ましくは10−10またはそれ未満のKDを有する抗体を示す。しかしながら、「高親和性」の結合は、他の抗体アイソタイプに応じて変化し得る。例えば、IgMアイソタイプに関して「高親和性」は、10−7Mまたはそれ未満、より好ましくは10−8Mまたはそれ未満のKDを有する抗体を示す。

0095

用語「EC50」は、本明細書中で用いられるように、インビトロまたはインビボアッセイのいずれかにおいて、最大応答の50%の応答、即ち最大応答とベースラインとの間の中間の応答を誘発する抗体またはその抗原結合部分の濃度を示す。

0096

用語「固相化したMICAに対する結合」は、本発明の抗体が、例えば細胞表面に発現した又は固体支持体に付着されたMICAに結合する能力を示す。

0097

用語「交差反応」は、本明細書中で用いられるように、本発明の抗体が他の種のMICAに結合する能力を示す。例えば、ヒトMICAに結合する本発明の抗体は、他の種のMICA(例えば、カニクイザルMICA)に結合してもよい。本明細書中で用いられるように、交差反応は、結合アッセイ(例えば、SPR、ELISA)において精製した抗原との特異的な反応性、または細胞生理学的に発現するMICAとの結合、或いはその他の機能的相互作用を検出することにより測定される。交差反応を決定する方法には、本明細書に記載の標準的な結合アッセイ、例えば、Biacore(商標)2000SPR装置(Biacore AB,ウプサラ、スウェーデン)を用いるBiacore(商標)表面プラズモン共鳴(SPR)分析、フローサイトメトリー技術による方法が挙げられる。

0098

可変ドメインの「CDR」は、Kabatの定義、Chothiaの定義、Kabat定義とChothia定義との組合せ、AbM定義、コンタクト定義、および/またはコンフォメンショナル定義または当該分野で周知のCDR決定法のいずれかに従って定義される超可変領域内のアミノ酸残基である。抗体のCDRは、Kabatら(例えば、Kabatら、1992,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th ed.,Public Health Service,NIH,Washington D.C.を参照のこと)により最初に定義された超可変領域と同一であってもよい。CDRの位置は、Chothiaなど(例えばChothiaら、1989,Nature 342:877−883を参照のこと)により最初に説明された立体的ループ構造と同一であってもよい。CDR特定に関する他のアプローチに、Kabat定義とChothia定義との折衷案であり、オックスフォードモレキュラーAbM抗体モデリングソフトウェア(Oxford Molecular’s AbM antibody modeling software:現在はAccelrys(登録商標))を用いて導出される「AbM定義」、または観察した抗原の接触(コンタクト)に基づき、MacCallumら、1996,J.Mol.Biol.,262:732−745に記載のCDRの「コンタクト定義」が挙げられる。本明細書においてCDRの「コンフォメンショナル定義」と称する他のアプローチでは、CDRの配置は、エンタルピー上、抗原結合に寄与する残基として定義される(例えば、Makabeら、2008,Journal of Biological Chemistry,283:1156−1166を参照のこと)。さらなる他のCDR境界定義(boundary definition)は、上記アプローチのいずれかに厳格に従わないものであってよく、予測または特定の残基または残基群もしくは完全なCDRが抗原結合に有意に影響を及ぼさないとの試験的知見に鑑みて、それらは短くても又は長くてもよいが、それでも少なくともKabatのCDRの一部と重複するであろう。本明細書中で用いられるように、CDRは、当該分野で既知のアプローチ、それらの組合せを含むアプローチのいずれにより定義される。本明細書で使用される方法は、これらアプローチのいずれかによって定義されるCDRを利用してもよい。1つ以上のCDRを含有する所定の実施形態に関して、CDRはKabat定義、Chothia定義、拡張された定義、AbM定義、コンタクト定義および/またはコンフォメンショナル定義のいずれに従って定義されてよい。

0099

いくつかの例において、本明細書で開示されるペプチドのアミノ酸配列は、ペプチドバリアント(例えば、本明細書に開示されるペプチドに対して既定配列相同性を有するペプチド)を創出するために、例えば、該ペプチドバリアントの抗原結合特性が未修飾ペプチドと比べて維持されている若しくは改善されている限り(いずれかの改変ペプチドの抗原結合特性は、本明細書に記載のインビトロおよび/またはインビボアッセイ、および/または当該分野で公知の技術を用いて評価することができる)、修飾および改変されてよい。

0100

ペプチドバリアントは、アミノ酸レベルで一般的に観察および議論されるが、実際の改変は、典型的には、核酸レベルで導入または実施される。例えば、表1に示すペプチドと80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%のアミノ酸配列同一性を有するバリアントは、当該分野で公知の技術(例えばクローニング技術)および/または本明細書に開示した技術を用いて、配列番号:1、10、76、78、95、97、112、114、130、132、149、151、167および/または169をコードする核酸、もしくはその一部/断片を改変することにより創出し得る。

0101

アミノ酸配列の改変は、典型的には、置換、挿入または欠失の改変の3つの種類の1つまたは複数に入る。挿入は、単独または複数のアミノ酸残基のアミノ末端融合および/または末端融合、ならびに内部配列への挿入を含む。挿入は、一般的に、例えば1〜4残基のオーダーでのアミノまたはカルボキシル末端融合よりも小規模の挿入であってよい。欠失は、タンパク質配列からの1つまたは複数のアミノ酸残基の除去により特徴づけられる。典型的には、タンパク質分子内のいずれかの部位で約2〜6残基を超えない残基が失われる。アミノ酸置換は、典型的には、単一の残基であるが、多くの異なる箇所で一時に生じてもよく、挿入は、通常、約1〜10アミノ酸残基のオーダーであり、欠失は、約1〜30残基の範囲であろう。欠失または挿入は、隣接する対で、即ち2残基の欠失または2残基の挿入が生じ得る。置換、欠失、挿入、またはそれらのいずれかの組合せが組み合せられ、最終の構築物が形成されてよい。突然変異は、リーディングフレーム外の配列では生じず、好ましくは、mRNAの二次構造を生成し得る相補領域を創出しない。置換改変は、少なくとも1つの残基が除去され、その箇所に異なる残基が挿入されることである。いくつかの例において、置換は、保存的アミノ酸置換であってよい。いくつかの例において、本明細書中のペプチドは、表1に示すペプチドに対して1つまた2以上の保存的アミノ酸置換を含んでよい。例えば、バリアントは、表1に示すペプチドに対して1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜30、30〜40、または40〜50の保存的アミノ酸置換を含んでよい。別には、バリアントは、表1に示すペプチドに対して50またはそれ未満、40またはそれ未満、30またはそれ未満、20またはそれ未満、10またはそれ未満、9またはそれ未満、8またはそれ未満、7またはそれ未満、6またはそれ未満、5またはそれ未満、4またはそれ未満、3またはそれ未満、2またはそれ未満の保存的アミノ酸置換を含んでよい。そのような置換は、一般に以下の表2に従って作製され、保存的置換と称される。タンパク質改変に対する耐性を予測する方法は当該分野において公知である(例えば、Guら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,101(25):9205−9210(2004)を参照のこと)。

0102

表2:保存的アミノ酸置換

0103

いくつかの例において、置換は保存的ではない。例えば、表1に示すペプチドにおいてアミノ酸が、ペプチドのある程度の特性又は態様を変更し得るアミノ酸で置換されてもよい。いくつかの例において、非保存的アミノ酸置換が生じて、例えば、ペプチドの構造を変化させ得る、ペプチドの結合特性を変化させ得る(例えば、抗原に対するペプチドの結合親和性を増大もしくは減少させる、および/または抗原に対するペプチドの結合特異性を増大もしくは低下させる)。

0104

いくつかの例において、ペプチドおよび/またはペプチドバリアントは、表1で示されるペプチド断片であってよく、または含んでよい。そのような断片は、例えば、該断片が全長ペプチドの結合特性の少なくとも一部(例えば、全長ペプチドの結合特性の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、または100%)を少なくとも維持する限り、例えば、表1で示すCDR、FRおよび/またはAAよりも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、50〜100、101〜150個少ないアミノ酸を含んでよい。切断は、本明細書のペプチドのアミノ末端で、カルボキシ末端で、および/またはペプチド内で生じてもよい。

0105

いくつかの例において、ペプチドバリアントの相互作用面は、未修飾ペプチドに対して該ペプチドバリアントの結合特性を改変(例えば増大または減少)、保存または維持するために、未修飾ペプチドと同じ(例えば、実質的に同じ)であってよい。ペプチドの相互作用面を特定する方法は、当該分野において公知である(Gongら、BMC:Bioinformatics,6:1471−2105(2007);AndradeおよびWeiら、PureおよびAppl.Chem.,64(11):1777−1781(1992);Choiら、Proteins:Structure,Function、およびBioinformatics,77(1):14−25(2009);Parkら、BMC:およびBioinformatics,10:1471−2105(2009)。

0106

当業者は、2つのポリペプチド(例えば、未修飾ペプチドとペプチドバリアント)の同一性を決定する方法を容易に理解する。例えば、同一性は、もっとも高いレベルで同一となるように2つの配列を整列させた後に計算してよい。他の同一性の計算方法は、公表されたアルゴリズムにより実施することができる。比較のための最適な配列アライメントは、SmithおよびWaterman,Adv.Appl.Math,2:482(1981)のローカルアイデンティティー・アルゴリズム(local identity algorithm)により、NeedlemanおよびWunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970)のアイデンティティーアライメント・アルゴリズム(identity alignment algorithm)により、PearsonおよびLipman,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:2444(1988)の類似法のためのサーチにより、これらのアルゴリズムのコンピュータ実装(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WI におけるGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA)により、あるいは、検査により実施することができる。

0107

同種の同一性は、例えば、Zuker,Science 244:48−52(1989);Jaegerら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:7706−10(1989);Jaegerら、MethodsEnzymol.183:281−306(1989)(これらの文献は、少なくとも核酸アルゴリズムに関する内容に関して、引用により本明細書中に組み込まれる)に開示されるアルゴリズムにより、核酸について得ることができる。典型的には、該方法のいずれを用いてもよく、特定の例において、これら変法の結果、異なっていてもよいことは理解され、当業者であれば、これらの方法の少なくとも1つを用いて同一性が見いだされた場合、その配列は本明細書に記載の同一性を有すると言え、その配列は本明細書に開示されていると言える。

0108

2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列の最適なアライメントのために投入される必要があるギャップの数、および各ギャップの長さを考慮して、2つの配列により共有される同一部分の数の関数である(即ち、ホモロジー(%)=同一部位の数(#)/部位の総数(#)×100)。2つの配列間の配列比較および同一性パーセントの決定は、以下の比制限的な実施例に記載されるように、数学アルゴリズムを用いて実施することができる。

0109

2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、GCソフトウェアパッケージ(http://www.gcg.comにて入手可能)のGAPプログラムを用い、NWSgapdna.CMPマトリックスおよび40、50、60、70または80のギャップの重みづけ、および1、2、3、4、5または6の鎖長の重みづけを用いて決定することができる。2つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の同一性パーセントは、E.MeyersおよびW.Miller(CABIOS,4:11−17(1989))のアルゴリズムをALIGNプログラムバージョン2.0)に組み込み、PAM120重みづけ残基テーブル、12のギャップ長ペナルティーおよび4のギャップペナルティーを用いる前記アルゴリズムを用いて決定することもできる。加えて、2つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、NeedlemanおよびWunsch(J.Mol.Biol.(48):444−453(1970))アルゴリズムを、GCGソフトウェアパッケージhttp://www.gcg.comにて入手可能)のGAPプログラムに組み込み、Blossum62マトリックスまたはPAM250マトリックス、および16、14、12、10、8、6、または4のギャップ重みづけおよび1、2、3、4、5または6の鎖長の重みづけを用いて決定することができる。

0110

本発明の核酸およびタンパク質配列は、さらに、公知のデータベースに対する検索を実施するための、例えば、関連する配列を特定するための「クエリー配列」として用いることができる。そのような検索は、Altschulら、(1990)J.Mol.Biol.215:403−10のNBLASTおよびXBLASTプログラム(バージョン2.0)を用いて実施することができる。BLASTヌクレオチド検索は、NBLASTプログラム、スコア=100、ワードレングス(wordlength)=12を用いて実施し、本発明の核酸分子に対するヌクレオチド配列ホモロジーを得ることができる。BLASTプロテイン検索は、XBLASTプログラム、スコア=50、ワードレングス=3用いて、本発明のアミノ酸配列ホモロジーを得ることができる。比較のためのギャップアライメントを得るために、Altschulら、(1997)Nucleic AcidsRes.25(17):3389−3402に記載されるように、Gapped BLASTを用いることができる。BLASTおよびGapped BLASTプログラムを用いる場合、各プログラム(例えば、XBLASTおよびNBLAST)に関するデフォルトパラメーターを用いることができる。www.ncbi.nlm.nih.gov.を参照のこと。

0111

いくつかの例では、以下の方法の項目のもとでより詳細に記載されるように、本明細書に開示される治療用組成物は、本明細書に開示された方法を用いて得られた免疫細胞(例えば記憶B細胞を含むB細胞)から単離および/または精製された遺伝物質(例えば、DNAおよび/またはmRNA)を用いて製造することができる。そのような遺伝物質が得られると、本明細書中で開示される治療用組成物を製造するためにそれを使用するための方法は、当分野において公知であり、および/または以下で概説される。

0112

いくつかの例において、ペプチドは、検出可能な標識を含んでもよい。本明細書中で用いられるように、「標識」は、そこに導入された少なくとも1つのエレメント同位元素、または官能基を有する構成部分であって、それが結合したペプチドの検出を可能にする構成部分を示す。標識は、直接(即ち、結合を介して)結合させてよく、または、リンカー(例えば、リンカーを構成し得る、環式もしくは非環式分枝もしくは非分枝飽和もしくは不飽和アルキレン;環式もしくは非環式、分枝もしくは非分枝、飽和もしくは不飽和アルケニレン;環式もしくは非環式、分枝もしくは非分枝、飽和もしくは不飽和アルキニレン;環式もしくは非環式、分枝もしくは非分枝、飽和もしくは不飽和ヘテロアルキレン;環式もしくは非環式、分枝もしくは非分枝、飽和もしくは不飽和ヘテロアルケニレン;環式もしくは非環式、分枝もしくは非分枝、飽和もしくは不飽和ヘテロアルキニレン;飽和もしくは不飽和アリレン(arylene);飽和もしくは不飽和ヘテロアリレン(heteroarylene);または飽和もしくは不飽和アシレン(acylene)、またはそれらの組合せ)により結合されてもよい。標識は、検出される本発明のペプチドの生物学的活性または特徴に干渉しない、いずれかの部位でペプチドに結合させることができる。

0113

標識としては、限定するものではないが、2H、3H、13C、14C、15N、31P、32P、35S、67Ga、99mTc(Tc−99m)、111In、123I、125I、169Yb、および186Reを含む放射活性もしくは重同位元素であってよい同位元素構成部分を含む標識;免疫もしくは免疫活性な構成部分、例えば、酵素(例えば、西洋わさびペルオキシダーゼ)が結合していてよい、抗体または抗原を含む標識;発色性発光性リン光性の標識、または蛍光分子(例えば、蛍光標識FITC)を含む標識;1つまたは複数の光親和性部分を有する標識;1つまたは複数の公知の結合パートナーとリガンド部分とを有する標識(例えば、ビオチン−ストレプトアビジン、FK506−FKBPなど)が挙げられ得る。

0114

いくつかの例において、標識は、生物系での分子間相互作用の直接的な解明のための1つまたは複数の光親和性部分を含んでもよい。公知の様々な発光器を用いることができ、そのほとんどがジアゾ化合物アジドもしくはジアジリンナイトレンまたはカルベンへの光変換(photoconversion)に拠っている(例えば、Bayley,H.,Photogenerated Reagents in BiochemistryおよびMolecular Biology(1983),Elsevier,Amsterdam、その全内容は引用により本明細書に組み込まれる。)。本発明の特定の実施形態において、用いられる光親和性標識は、1つまたは複数のハロゲン部分で置換されたo−、m−およびp−アジドベンゾイル、例えば、限定するものではないが、4−アジド−2,3,5,6−テトラフルオロ安息香酸である。

0115

標識は、イメージング試薬であってよく、またはイメージング試薬として提供され得る。例示的なイメージング試薬は、限定するものではないが、ポジトロン放出断層撮影(PET)、コンピュータ断層撮影CAT)、単一光子放射型コンピュータ断層撮影、x線、蛍光顕微鏡および核磁気共鳴断層撮影MRI);静吐薬;および造影剤を含む。例示的な診断薬は、限定するものではないが、蛍光部分発光部分、磁気部分ガドリニウムキレート剤(gadolinium chelate)(例えば、DTPA、DTPA−BMA、DOTAおよびHP−DO3Aを含むガドリニウムキレート剤)、鉄キレート剤マグネシウムキレート剤、マンガンキレート剤、銅キレート剤クロムキレート剤、CATおよびx線イメージングに有用なヨウ素ベースの物質、および放射性核種を含む。適切な放射性の核種は、限定するものではないが、123I、125I、130I、131I、133I、135I、47Sc、72As、72Se、90Y、88Y、97Ru、100Pd、101mRh、119Sb、128Ba、197Hg、211At、212Bi、212Pb、109Pd、111In、67Ga、68Ga、67Cu、75Br、77Br、99mTc、14C、13N、150、32P、33P、および18Fを含む。

0116

蛍光性部分および発光性部分は、限定するものではないが、「色素」、「標識」または「指示薬」とも一般に称される多種多様有機または無機小分子を含む。例としては、限定するものではないが、フルオロセイン、ローダミンアクリジン色素、Alexa色素、シアニン色素などが挙げられる。蛍光性部分および発光性部分は、様々な天然のタンパク質およびその誘導体、例えば遺伝子工学によるバリアントを含み得る。例えば、蛍光性タンパク質は、緑色蛍光タンパク質(GFP)、改変されたGFP、赤色、青色、黄色、試案およびサファイヤ蛍光タンパク質サンゴ由来の蛍光タンパク質などが挙げられる。蛍光性タンパク質としては、ルシフェラーゼエクオリンおよびその誘導体が挙げられる。多くの蛍光性および発光性色素およびタンパク質が、当該分野で公知である(例えば、米国特許出願公報2004/0067503;Valeur,B.,「Molecular Fluorescence:PrinciplesおよびApplications」 John WileyおよびSons,2002;およびHandbook of Fluorescent Probes and Research Products,Molecular Probes,9th edition,2002を参照のこと)。

0117

用語「精製した」または「単離した」は、本明細書中で用いられるように、その天然環境から成分を特定および分離および/または回収した他の分子、例えばポリペプチド、核酸分子を示す。このように、1つの実施形態において、本発明の抗体は、その天然環境の1つまたは複数の成分から分離されて、精製された抗体である。

0118

核酸組成物
いくつかの例において、本開示は、開示した(例えば、表1に開示した)ペプチドに対応する(コードする)核酸配列を提供する。これらの配列は、開示されたペプチドに関連したすべての縮重配列、即ち1つの特定のペプチド、及びそのバリアントおよび誘導体をコードする配列を有するすべての核酸を含む。かくして、それぞれの特定の核酸配列が本明細書中で書き出されている訳ではないが、各々すべての配列が、実際には、開示したポリペプチド配列を通じて、本明細書中に開示され、記載されていると理解される。

0119

いくつかの例において、開示するものの核酸は、発現ベクターを含み得る。適切なベクターの例は、限定するものではないが、プラスミド人工染色体(例えばBAC、YACまたはPAC)およびウイルスベクターを含む。

0120

また、提供されるベクターは、例えば、複製オリジンおよび/またはマーカーを含んでもよい。マーカー遺伝子は、細胞に選択可能な表現型(例えば、抗生抵抗)を与え得る。マーカー産物は、ベクターが細胞に提供され、かつ提供されて発現されているかどうかを決定するために使用される。哺乳動物細胞のための選択可能なマーカーの例は、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)、チミジンキナーゼネオマイシン、ネオマイシンアナログG418、ハイグロマイシンピューロマイシンおよびブラストサイジンである。そのような選択マーカー哺乳動物宿主細胞にうまくトランスファーされると、選択圧下に置いた場合にトランスファーされた哺乳動物宿主細胞は生き残ることができる。他のマーカーの例としては、例えば大腸菌lacZ遺伝子、緑色蛍光タンパク質(GFP)およびルシフェラーゼが挙げられる。加えて、発現ベクターは、発現されたポリペプチドの操作または検出(例えば、精製または局在化)を促進するために設計されたタグ配列を含んでよい。タグ配列(例えばGFP、グルタチオントランスフェラーゼ(GST)、ポリヒスチジン、c−myc、ヘマグルチニンまたはFLAG(商標)タグ(Kodak;New Haven、CT)配列は、典型的には、コードされたポリペプチドとの融合体として発現される。そのようなタグは、ポリペプチドの範囲内でいずれの個所(カルボキシル末端またはアミノ末端のいずれかに含む)に挿入することができる。

0121

いくつかの例において、本開示は、本明細書中で開示される核酸(例えば、ベクター)および/またはペプチドを含む細胞を含む。細胞は、例えば、真核生物および/または原核細胞を含み得る。概して、本明細書中で用いられ得る細胞は商業的に入手可能であり、例えば、アメリカン・タイプ・カルチャーコレクションATCC)(P.O.Box 1549、Manassas、VA 20108)から入手可能である。また、F.Ausubelら、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、New York、NY,(1998)を参照のこと。本明細書中で開示された細胞の創出に有用な形質転換方法およびトランスフェクション方法は、例えば、F.Ausubelら、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、New York、NY,(1998)に記載されている。

0122

ベクター媒介型の遺伝子導入は、抗体の標的化された送達を生じさせることが示された(Balazsら、Nature.2011 Nov 30;481(7379):81−4)。したがって、1つの態様において、本開示は、目的とするMICAに免疫特異的に結合するペプチドをコードするポリヌクレオチドを標的細胞にウイルスを用いて送達するための方法および組成物を提供する。遺伝子治療の関係で、MICAと免疫特異的に結合するペプチドをコードする核酸配列は、ベクター(例えば、限定するものではないが、アデノウイルスワクシニアウイルスまたはアデノ随伴ウィルスを含むウイルスベクター)を通じて、細胞に送達されてもよい。遺伝子治療の関係で、MICAと免疫特異的に結合するペプチドをコードする核酸配列は、ベクター(例えば、限定するものではないが、アデノウイルス、ワクシニアウイルスまたはアデノ随伴ウィルスを含むウイルスベクター)を通じて、細胞に送達されてもよい。さらに、ウイルスを改変して、前記ウイルスが特定の細胞(例えば癌細胞)のいで機能することを可能にする核酸配列(例えばプロモーター)を含めてもよい。

0123

いくつかの例において、開示された治療用組成物は、MICAと免疫特異的に結合するペプチドをコードする核酸を含むベクター(例えば、発現ベクター、ウイルスベクター、アデノ随伴ウィルス・ベクター)を含んでよい。1つの態様において、MICAと免疫特異的に結合するペプチドは、MICAと免疫特異的に結合する抗体または抗体断片である。本明細書中で開示されるように、抗体および抗体断片は、限定するものではないが、モノクローナル抗体(例えば全長モノクローナル抗体)、ポリクローナル抗体、少なくとも2つの異なるエピトープ結合断片から形成される多重特異的抗体(例えば、二重特異的抗体)、ラクダ化抗体(camelised antibodies)、キメラ抗体、一本鎖Fv(scFv)、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン抗体、Fab抗体、F(ab’)2断片、所望の生物活性を示す抗体断片(例えば抗原結合部分)、ジスルフィド連結されたFv(dsFv)、および抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例えば、本発明の抗体に対する抗Id抗体)、細胞内抗体、および上記のいずれかのエピトープ結合断片を含む。

0124

従って、1つの態様において、本開示は、配列番号:1、76、95、112、130、149または167と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むベクターおよび細胞を提供する。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:2、77、96、113、131、150または167と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0125

1つの態様において、ベクターは、配列番号:10、78、97、114、132、151または169と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含み得る。いくつかの態様において、核酸配列は、配列番号:11、79、98、115、133、152または169と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0126

いくつかの実施形態において、本開示は、MHCクラスI鎖関連タンパク質A(MICA)またはそのエピトープと免疫特異的に結合するペプチドをコードする核酸を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、組成物の核酸は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHをコードする。いくつかの態様において、組成物の核酸は、5個以下の保存的アミノ酸置換を有する表1に示される抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVLをコードする。

0127

いくつかの実施形態において、本明細書に記載のペプチド、例えば抗体の重鎖または軽鎖をコードする核酸は、非天然の核酸である。非天然の核酸は、例えば、天然の核酸と比較して多くとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つまたは10のヌクレオチドとの差異(例えば、置換、付加または欠失)を含んでもよい。

0128

1つの態様において、本開示は、配列番号:1と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:2と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:10と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:11と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0129

1つの態様において、本開示は、配列番号:76と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:77と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:78と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:79と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0130

1つの態様において、本開示は、配列番号:95と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:96と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:97と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:98と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0131

1つの態様において、本開示は、配列番号:112と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:113と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:114と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:115と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0132

1つの態様において、本開示は、配列番号:130と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:131と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:132と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:133と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0133

1つの態様において、本開示は、配列番号:149と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:150と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:151と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:152と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0134

1つの態様において、本開示は、配列番号:167と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:168と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。他の態様において、本開示は、配列番号:169と少なくとも約75%、80%、90%、95%、99%またはそれ以上の配列同一性、もしくは完全な(100%)配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離した核酸を提供する。いくつかの態様において、単離した核酸配列は、配列番号:170と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチドをコードする。

0135

用語「核酸」または「核酸分子」は、本明細書中で用いられるように、DNA分子およびRNA分子を含むことを意図する。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であってよいが、好ましくは二本鎖DNAである。

0136

単離された核酸は、例えば、DNA分子であってよく、但し、その核酸配列の1つは、通常、天然の染色体から取り出され又は欠失する際にそのDNA分子に隣接して見いだされるものであってよい。かくして、単離された核酸は、限定するものではなく、他の配列から独立した別個の分子(例えば、化学合成核酸、cDNA、PCRもしくは制限酵素処理により産生されたゲノムDNA断片)として、並びにベクター、自己複製プラスミド、ウイルス(例えば、レトロウイルスレンチウイルス、アデノウイルス、またはヘルペスイル)または原核もしくは真核生物のゲノムDNAへ組み込まれたDNAとして存在するDNAを含む。加えて、単離された核酸は、人工的に生成した核酸、例えばハイブリッドもしくは融合核酸の一部である組換えDNA分子を含み得る。例えば、cDNAライブラリーまたはゲノムライブラリー、もしくはゲノムDNA制限酵素消化産物を含有するゲルスライス内の何百から何百万の他の核酸中に存在する核酸は、単離された核酸と考慮されない。

0137

配列同一性パーセントを計算するにあたって、2つの配列を整列させ、前記2つの配列間のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の完全な一致の数を決定する。その完全な一致の数を、整列した領域の長さ(即ち、整列したヌクレオチドまたはアミノ酸残基の数)で除し、100を乗じることで、配列同一性パーセント値が得られる。整列した領域の長さは、一方または両方の配列の一部であってよく、最大その最短の配列の全長サイズであり得ることは認識される。単一の配列を2以上の他の配列に対して整列させ、整列した領域それぞれに対して個々の配列同一性パーセント値があり得ることも認識される。同一性パーセント値は通常最も近い整数四捨五入されることに留意すべきである。例えば、78.1%、78.2%、78.3%および78.4%は切り捨てられて78%とされ、一方、78.5%、78.6%、78.7%、78.8%および78.9%は切り上げられ79%とされる。整列した領域の長さは常に整数であることにも留意すべきである。

0138

本明細書中で用いられるように、用語「配列同一性パーセント」は、所定のいずれかのクエリー配列と対象配列との間の同一性の程度を示す。いずれかのクエリー核酸配列またはアミノ酸配列に関する同一性パーセント、例えば、他の対象核酸配列またはアミノ酸配列に関連する転写因子は、以下のように決定することができる。

0139

核酸は、細胞全体に、細胞溶解物に、または部分的に精製された若しくは実質的に純粋な形態で存在してよい。核酸は、他の細胞性成分または他の夾雑物、例えば他の細胞性核酸もしくはタンパク質から、標準的な技術(例えばアルカリ/SDS処理、CsClバンドカラムクロマトグラフィーアガロースゲル電気泳動および当該分野で周知の他の技術(Ausubelら(編)、Current Protocols in Molecular Biology、Greene Publishing and Wiley Interscience、New York(1987)を参照のこと)により分けて精製される場合、「単離された」または「実質的に純粋にされた」ものである。

0140

天然の配列(改変された制限酵素認識部位およびその他を除く)にしばしば存在するが、cDNA、染色体もしくはそれらの混合物由来の本発明の核酸組成物は、遺伝子配列を与える標準的な技術に従って、変異導入されていてもよい。コード配列に関して、これらの突然変異は、所望のアミノ酸配列に影響を及ぼし得る。特に、天然のV、D、J、定常、スイッチおよび本明細書中に記載の他のそのような配列と実質的に相同な又は誘導されたDNA配列が考えられる(「誘導された」は、ある配列が他の配列と同一または改変されていることを示す。)。

0141

核酸は、他の核酸配列と機能的に関連して配置された場合、作動可能に連結されている。例えば、プロモーターまたはエンハンサーがあるコード配列の転写に影響を及ぼす場合、そのプロモーターまたはエンハンサーはそのコード配列と作動可能に連結されている。転写調節配列に関して、作動可能に連結は、連結されているDNA配列が近接している、2つのタンパク質コード領域を連結する必要がある場合、近接し、リーディングフレーム内に存在する。スイッチ配列に関して、作動可能に連結されているは、配列がスイッチ組換えに影響を及ぼすことができることを示す。

0142

用語「ベクター」は、本明細書中で用いられるように、核酸配列を宿主細胞にトランスファーするのに用いられるいずれかの分子を示す。いくつかの態様において、発現ベクターが利用される。発現ベクターは、宿主細胞の形質転換に適した核酸分子であり、トランスファーされた核酸配列の発現を指示するおよび/または調節する核酸配列を含む。発現は、限定するものではないが、転写、翻訳、およびイントロンが存在する場合にはスプライシングなどの工程を含む。いくつかの態様において、ウイルスベクターが利用される(例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウィルス(AAV)、ヘルペスウイルスまたはポックスウイルス、他のもの)。当該分野において、多くのそのようなウイルスベクターが利用可能であることは理解される。さらなる他の態様において、非ウイルスプラスミドベクターも本発明を実施するにあたって好ましい場合がある。本発明のベクターは、当業者には広く利用可能な標準的な組み換え技術を用いて構築することができる。そのような技術は、一般的な分子生物参考書、例えば、Sambrookら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual(第2版)1989)において見出すことができる。

0143

用語「組換え宿主細胞」(または単純に「宿主細胞」)は、本明細書中で用いられるように、組換え発現ベクターが導入された細胞を示すことを意図する。そのような用語は、特定の対象細胞のみを指すのではなく、そのような細胞の娘細胞も指すことが意図されることは理解されるべきである。特定の改変が、突然変異または環境の影響により、世代継代において生じ得て、そのような娘細胞は、実際には、親細胞と同一ではないが、本明細書で用いられるように用語「宿主細胞」の範囲内に依然として含まれる。

0144

キメラ抗原受容体
いくつかの例において、本発明は、MICAおよび細胞内T細胞受容体シグナリングドメイン(Kalos Mら、Sci Transl Med.2011 Aug10;3(95))と免疫特異的に結合するペプチドを含むキメラ抗原受容体(CAR)を提供する。いくつかの態様において、CARは、MICA、細胞外ヒンジドメイン、T細胞受容体膜貫通ドメインおよび細胞内T細胞受容体シグナリングドメインと免疫特異的に結合するペプチドを含む。本発明のさらなる実施形態は、関連核酸、組換え発現ベクター、宿主細胞、細胞集団、抗体またはその抗原結合部分、および本発明のCARに関連する医薬組成物を提供する。

0145

キメラ抗原受容体(CAR)は、人工的に構築された、T細胞シグナリングドメインに連結された抗体の抗原結合ドメイン(scFv)を含むハイブリッドタンパク質またはポリペプチドである(Kalos Mら、Sci Transl Med.2011Aug10;3(95))。Kalosらは、CD19を標的とするCART細胞の作出を記載し、そのCAR改変T細胞が慢性リンパ性白血病患者に潜在的な抗腫瘍作用を媒介したことを実証している。人工的に作り出したCARに関するT細胞特徴は、MHC非制限的様式で選択した標的に対するT細胞特異性および反応性を向け直させる能力を含み、モノクローナル抗体の抗原結合特性を拡張するものである。CAR改変T細胞は、生体内で複製し、長期間残留する潜在力を有し、これは、持続した腫瘍制御、および抗体輸注を繰り返す必要性を取り除くことを可能にする(Kalos Mら、Sci Transl Med.2011Aug10;3(95))。MHC非制限的抗原認識は、CARを発現するT細胞に抗原処理から独立して抗原を認識する能力を与え、かくして、腫瘍エスケープの主たる機序を回避する。さらにCARをT細胞に発現させた場合、CARは、有利なことに、内因性のT細胞受容体(TCR)アルファ鎖およびベータ鎖と二量体を形成しない。CAR改変T細胞は、米国特許出願公開第2003/022450号および第2010/0261269号に、ならびにMiloneら、2009 Mol.Ther.17:1453に詳細に記載されている。

0146

医薬製剤
いくつかの例において、本明細書中で開示される治療用組成物は、癌の処置に使用される他の化合物、薬物および/または試薬を含んでよい。そのような化合物、薬物および/または試薬には、例えば、所定の癌に対する免疫応答を刺激する化学療法薬小分子薬または抗体が含まれ得る。いくつかの例において、治療用組成物には、例えば、本明細書中で開示される1つまたは複数のペプチド、および1つまたは複数の抗CTLA−4抗体またはペプチド、抗PD−1抗体またはペプチド、抗PDL−1抗体またはペプチド、抗OX40(別名、CD134、TNFRSF4、ACT35および/またはTXGP1L)抗体またはペプチド、抗GITR(別名、TNFRSF18、AITRおよび/またはCD357)抗体またはペプチド、抗LAG−3抗体またはペプチド、および/または抗TIM−3抗体またはペプチドが含まれ得る。例えば、いくつかの例において、本明細書中で開示される治療用組成物は、1つまたは複数(例えば、1、2、3、4、5または10未満)化合物と組み合わせることができる。

0147

いくつかの例において、本明細書中で開示される治療用組成物は、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤(「HDAC」)阻害剤を含む他の化合物を含んでよい。HDAC阻害剤の例には、例えば、ヒドロキサム酸、Vorinostat(Zolinza);ヒドロキサミン酸サブエロイルアニリド(SAHA)(Merck)、トリコスタチンA(TSA)、LAQ824(Novartis)、パノビスタット(LBH589)(Novartis)、ベリノスタット(PXD101)(CuraGen)、ITF2357イタルファルマコSpA(Cinisello)、環式テトラペプチドデプシペプチドロミデプシン、FK228)(Gloucester Pharmaceuticals)、ベンズアミドエンチノスタット(SNDX−275/MS−275)(Syndax Pharmaceuticals)、MGCD0103(Celgene)、短鎖脂肪酸バルプロ酸フェニルブチレート、AN−9、ピバネックス(pivanex)(Titan Pharmaceutical)、CHR−3996(Chroma Therapeutics)およびCHR−2845(Chroma Therapeutics)が含まれる。

0148

いくつかの例において、本明細書中で開示される治療用組成物は、プロテアソーム阻害剤、例えばボルテゾミブ(Millennium Pharmaceuticals)、NPI−0052(Nereus Pharmaceuticals)、カルフィルミブ(PR−171)(Onyx Pharmaceuticals)、CEP18770及びMLN9708を含む他の化合物を含んでもよい。いくつかの例において、本明細書中で開示される治療用組成物はメルファラン(mephalan)などのアルキル化剤およびアドリアマイシンドキソルビシン)などのトポイソメラーゼ阻害剤を含んでよく、それらは、MICA発現を高め、抗MICAモノクローナル抗体の効能を高めることができたことが示された。

0149

いくつかの例において、治療用組成物は、例えば、本明細書中で開示される1つまたは複数のペプチド、および1つまたは複数の別の試薬(例えば化学療法放射線療法サイトカインケモカインおよび他の生物学的シグナル伝達分子、腫瘍特異ワクチン細胞癌ワクチン(例えば、GM−CSF形質導入癌細胞)、腫瘍特異モノクローナル抗体、自家および他家幹細胞レスキュー(例えば、移植片腫瘍効果を増大させる)、他の治療抗体分子標的療法、抗脈管形成療法、治療を意図した感染試薬(例えば細菌が局在する腫瘍)および遺伝子治療)を含み得る。

0150

いくつかの例において、治療用組成物は、本明細書中で記載されるように医薬上許容される担体と共に処方された、抗MICA抗体またはその抗原結合部分の1つまたはそれらの組合せ含んでよい。そのような組成物は、MICAに結合するペプチド、抗体、抗原結合性部分免疫複合体または二重特異性分子の1つまたはそれら(例えば、異なる2つまたは3以上)の組合せを含んでもよい。

0151

例えば、医薬組成物は、標的抗原上の異なるエピトープに結合する、または相補性活性を有する抗体(または、免疫複合体または2重特異性)の組合せを含んでもよい。いくつかの例において、そのような組成物は、MICA*009配列(配列番号:185)内のアミノ酸229〜248を含む又は重複するエピトープと相互作用する1つまたは複数の抗体または抗体断片、MICA*009アミノ酸配列(配列番号:185)内のアミノ酸179〜188を含む又は重複するエピトープと相互作用する抗体または抗体断片、MICA*009アミノ酸配列(配列番号:185)内のアミノ酸119〜128を含む又は重複するエピトープと相互作用する抗体または抗体断片、および/またはMICA*009アミノ酸配列(配列番号:185)内のアミノ酸199〜208を含む又は重複するエピトープと相互作用する抗体または抗体断片を含んでもよい。

0152

いくつかの例において、治療用組成物は、MICAに結合し、CM33322mAb4のVHのCDR1、CDR2およびCDR3、および/またはCM33322mAb4のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含むペプチド、抗体または抗体断片と、抗体ID1、6、7、8、9または12のVHのCDR1、CDR2およびCDR3、および/または抗体ID1、6、7、8、9または12のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む1つまたは複数のペプチド、抗体または抗原結合断片とを組み合せて、含んでもよい。いくつかの例において、治療用組成物は、MICAに結合し、CM33322mAb28のVHのCDR1、CDR2およびCDR3および/またはCM33322mAb28のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含むペプチド、抗体または抗体断片と、抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVHのCDR1、CDR2およびCDR3および/または抗体ID1、6、7、8、9、11または12のVLのCDR1、CDR2およびCDR3を含む1つまたは複数のペプチド、抗体または抗原結合断片とを組み合せて、含んでもよい。

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