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課題

急性又は慢性の炎症等の治療に有用なToll様受容体遺伝子の発現下方調節するdsRNA化合物の提供。

解決手段

以下の構造を有するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子。5’N1−(N)x−Z3’(アンチセンス鎖)、3’Z’−N2−(N’)y−z”5’(センス鎖)。(各N2、N及びN’は未修飾或いは修飾されたリボヌクレオチド又は非定型;(N)xはTLR4mRNA配列相補的;(N’)yの配列は(N)xの配列に相補的;x及びyは17〜24の整数;N1は(N)xに共有結合し標的RNAに対してミスマッチである未修飾或いは修飾されたリボヌクレオチド;z”は存在又は非存在であって、存在するならばキャッピング部分;Z及びZ’は存在又は非存在で、存在するならば、存在する鎖の3’末端にて共有結合する1〜5の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド部分又はその組み合わせ)

概要

背景

dsRNAを生成するのに有用なオリゴヌクレオチド配列及びヌクレオチドの修飾は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる、とりわけ、米国特許公開番号、US20080293655、US20090162365、US20100292301及びUS20110112168並びにPCT特許公開番号、WO2011/066475、WO2011/084193及びWO2011/085056にて本開示の出願者によって記載されている。

Toll様受容体経路を調節することにて有用な高いノックダウン活性、高い安定性及び/又は低下したオフターゲット効果を示す活性のある且つ効果的なdsRNA治療剤に対するニーズが存在したままである。

概要

急性又は慢性の炎症等の治療に有用なToll様受容体遺伝子の発現下方調節するdsRNA化合物の提供。以下の構造を有するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子。5’N1−(N)x−Z3’(アンチセンス鎖)、3’Z’−N2−(N’)y−z”5’(センス鎖)。(各N2、N及びN’は未修飾或いは修飾されたリボヌクレオチド又は非定型;(N)xはTLR4mRNA配列相補的;(N’)yの配列は(N)xの配列に相補的;x及びyは17〜24の整数;N1は(N)xに共有結合し標的RNAに対してミスマッチである未修飾或いは修飾されたリボヌクレオチド;z”は存在又は非存在であって、存在するならばキャッピング部分;Z及びZ’は存在又は非存在で、存在するならば、存在する鎖の3’末端にて共有結合する1〜5の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド部分又はその組み合わせ)なし

目的

表A1は、本明細書で開示されるようなオリゴヌクレオチド阻害剤指向するヒトmRNAの例となるポリヌクレオチド配列についてのgi(GeneInfo識別子)及び受入番号を提供する

効果

実績

技術文献被引用数
0件
牽制数
0件

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請求項1

センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖が、TLR2_25(配列番号:20607及び20614)、TLR2_28(配列番号:20608及び20615)、TLR2_42(配列番号:20609及び20616)、TLR2_43(配列番号:20610及び20617)、TLR2_47(配列番号:20611及び20618)、TLR2_31(配列番号:20612及び20619)、TLR2_34(配列番号:20613及び20620)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。

請求項2

センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖が、TLR4_08(配列番号:20621及び20630)、TLR4_10(配列番号:20622及び20631)、TLR4_11(配列番号:20623及び20632)、TLR4_14(配列番号:20624及び20633)、TLR4_15(配列番号:20625及び20634)、TLR4_28(配列番号:20626及び20635)、TLR4_29(配列番号:20627及び20636)、TLR4_31(配列番号:20628及び20637)、TLR4_33(配列番号:20629及び20638)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。

請求項3

センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖がMYD88_11(配列番号:12178及び12660)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。

請求項4

センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖がTICAM1_20(配列番号:20644及び20655)、TICAM1_15(配列番号:20639及び20650)、TICAM1_16(配列番号:20640及び20651)、TICAM1_17(配列番号:20641及び20652)、TICAM1_18(配列番号:20642及び20653);TICAM1_19(配列番号:20643及び20654);TICAM1_21(配列番号:20645及び20656)、TICAM1_22(配列番号:20646及び20657)、TICAM1_23(配列番号:20647及び20658)、TICAM1_24(配列番号:20448及び20659)、TICAM1_25(配列番号:20649及び20660)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。

請求項5

センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、センス鎖及びアンチセンス鎖が、TIRAP_16(配列番号:20661及び20673)、TIRAP_17(配列番号:20662及び20674)、TIRAP_18(配列番号:20663及び20675);TIRAP_19(配列番号:20664及び20676);TIRAP_20(配列番号:20665及び20677)、TIRAP_21(配列番号:20666及び20678)、TIRAP_22(配列番号:20667及び20679)、TIRAP_23(配列番号:20668及び20680)、TIRAP_24(配列番号:20669及び20681)、TIRAP_25(配列番号:20670及び20682)、TIRAP_26(配列番号:20671及び20683)及びTIRAP_27(配列番号:20672及び20684)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される二本鎖核酸分子。

請求項6

センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であって、鎖が配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)に示されるオリゴヌクレオチド対から選択される二本鎖核酸分子。

請求項7

以下の構造を有する二本鎖核酸分子であって、(A1)5’(N)x−Z3’(アンチセンス鎖)3’Z’−(N’)y−z’’5’(センス鎖)式中、各N及びN’は未修飾であってもよく又は修飾されてもよいヌクレオチド、又は非定型の部分であり;式中、(N)x及び(N’)yのそれぞれは各連続するN又はN’が共有結合によって次のN又はN’と連結されるオリゴヌクレオチドであり;Z及びZ’のそれぞれが独立して存在し、又は非存在であるが、存在するならば、それが存在する鎖の3’末端にて共有結合する1〜5の連続するヌクレオチド又は非ヌクレオチド部分又はその組み合わせを独立して含み;z"は、存在してもよく又は非存在であってもよいが、存在するならば、(N’)yの5’末端で共有結合するキャッピング部分であり;x及びyのそれぞれは独立して18〜25の間の整数であり;(N’)yの配列が(N)xの配列に相補性であり、(N)xが配列番号:1(TLR2のmRNA);配列番号:2〜4(TLR4のmRNA)、配列番号:5〜9(MYD88のmRNA)、配列番号:10(TICAM1のmRNA)又は配列番号:11〜12(TIRAPのmRNA)のいずれか1つで示される標的RNAに対するアンチセンス配列を含む、二本鎖核酸分子。

請求項8

(N)x及び(N’)yが、配列番号:13〜1448又は1449〜3060(TLR2を標的とする);又は配列番号:5847〜8320又は8321〜8612(TLR4を標的とする);又は配列番号:12145〜13108又は13109〜13924(MYD88を標的とする);又は配列番号:16333〜16866又は16867〜16882(TICAM1を標的とする);又は配列番号:18243〜19010又は19011〜19046(TIRAPをを標的とする)で示されるセンス配列及び相補性のアンチセンス配列を含む請求項7に記載の二本鎖核酸分子。

請求項9

(N)x及び(N’)yが、TLR2_25(配列番号:20607及び20614)、TLR2_28(配列番号:20608及び20615)、TLR2_42(配列番号:20609及び20616)、TLR2_43(配列番号:20610及び20617)、TLR2_47(配列番号:20611及び20618)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項8に記載の二本鎖核酸分子。

請求項10

(N)x及び(N’)yが、TLR4_08(配列番号:20621及び20630)、TLR4_10(配列番号:20622及び20631)、TLR4_11(配列番号:20623及び20632)、TLR4_14(配列番号:20624及び20633)、TLR4_15(配列番号:20625及び20634)、TLR4_28(配列番号:20626及び20635)、TLR4_29(配列番号:20627及び20636)、TLR4_31(配列番号:20628及び20637)、TLR4_33(配列番号:20629及び20638)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項8に記載の二本鎖核酸分子。

請求項11

(N)x及び(N’)yが、MYD88_11(配列番号:12178及び12660);TICAM1_20(配列番号:20644及び20655);又はTIRAP_16(配列番号:20661及び20673)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項8に記載の二本鎖核酸分子。

請求項12

分子が、(N)x(アンチセンス鎖)の5’末端ヌクレオチドで標的mRNAに対してミスマッチを1つ含む請求項7に記載の二本鎖分子

請求項13

以下の構造:(A2)5’N1−(N)x−Z3’(アンチセンス鎖)3’Z’−N2−(N’)y−z"5’(センス鎖)を有し、式中、各N2、N及びN’は未修飾又は修飾されたリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり;式中、(N)x及び(N’)yのそれぞれは各連続するN又はN’が共有結合によって隣接するN又はN’と連結されるオリゴヌクレオチドであり;式中、x及びyのそれぞれは独立して17〜24の間の整数であり;式中、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して相補性であり、(N)xは、配列番号:1(TLR2のmRNA);配列番号:2〜4(TLR4のmRNA)、配列番号:5〜9(MYD88のmRNA)、配列番号:10(TICAM1のmRNA)又は配列番号:11〜12(TIRAPのmRNA)のいずれか1つに示される標的RNAにおける連続する配列に対して相補性であり;式中、N1は、(N)xに共有結合し、標的RNAに対してミスマッチがあり、又は標的RNAに対して相補性のDNA部分であり;式中、N1は、ウリジン(rU)、デオキシリボウリジン(dU)、リボチミジン(rT)、デオキシリボチミジン(dT)、アデノシン(rA)及びデオキシアデノシン(dA)から選択される未修飾又は修飾されたヌクレオチドから成る群から選択される部分であり;式中、z"は存在してもしなくてもよいが、存在する場合、N2−(N’)yの5’末端にて共有結合されるキャッピング部分であり;式中、Z及びZ’のそれぞれは独立して存在するか又は非存在であるが、存在するならば独立して、それが存在する鎖の3’末端で共有結合する1〜5の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド部分又はそれらの組み合わせである、請求項12に記載の二本鎖核酸分子。

請求項14

(N)x及び(N’)yが、配列番号:3061〜5260又は5261〜5846(TLR2を標的とする);配列番号:8613〜12040又は12041〜12144(TLR4を標的とする);配列番号:13925〜15910又は15911〜16332(MYD88を標的とする);配列番号:16883〜18236又は18237〜18242(TICAM1を標的とする)又は配列番号:19047〜20590又は20591〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるセンス配列及び相補性のアンチセンス配列を含む請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項15

N1−(N)x及びN2−(N’)yが、TLR2_31(配列番号:20612及び20619)、TLR2_34(配列番号:20613及び20620)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項16

N1−(N)x及びN2−(N’)yが、TICAM1_15(配列番号:20639及び20650)、TICAM1_16(配列番号:20640及び20651)、TICAM1_17(配列番号:20641及び20652)、TICAM1_18(配列番号:20642及び20653);TICAM1_19(配列番号:20643及び20654);TICAM1_21(配列番号:20645及び20656)、TICAM1_22(配列番号:20646及び20657)、TICAM1_23(配列番号:20647及び20658)、TICAM1_24(配列番号:20448及び20659)、TICAM1_25(配列番号:20649及び20660)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項17

N1−(N)x及びN2−(N’)yが、TIRAP_17(配列番号:20662及び20674)、TIRAP_18(配列番号:20663及び20675);TIRAP_19(配列番号:20664及び20676);TIRAP_20(配列番号:20665及び20677)、TIRAP_21(配列番号:20666及び20678)、TIRAP_22(配列番号:20667及び20679)、TIRAP_23(配列番号:20668及び20680)、TIRAP_24(配列番号:20669及び20681)、TIRAP_25(配列番号:20670及び20682)、TIRAP_26(配列番号:20671及び20683)及びTIRAP_27(配列番号:20672及び20684)として記載されるオリゴヌクレオチドから選択される請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項18

各連続するN又はN’を連結する共有結合がホスホジエステル結合である請求項7〜17のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項19

x=yであり、x及びyのそれぞれが、19、20、21、22又は23である請求項7に記載の二本鎖核酸分子。

請求項20

x=y=19である請求項19に記載の二本鎖核酸分子。

請求項21

x=yであり、x及びyのそれぞれが、18、19、20、21、又は22である請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項22

x=y=18である請求項21に記載の二本鎖核酸分子。

請求項23

(N’)yの配列が(N)xの配列に対して完全に相補性である請求項7〜12に記載の二本鎖核酸分子。

請求項24

N2−(N’)yの配列がN1−(N)xの配列に対して完全に相補性である請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項25

N1及びN2が少なくとも1つの水素結合を形成する請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項26

N1及びN2がワトソンクリック塩基対を形成する請求項25に記載の二本鎖核酸分子。

請求項27

N1及びN2が非ワトソン/クリックの塩基対を形成する請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項28

N1及びN2がリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの間で塩基対を形成する請求項26又は27に記載の二本鎖核酸分子。

請求項29

N1が、(N)xに共有結合し、標的RNAに対して相補性であるDNA部分を含む請求項28に記載の二本鎖核酸分子。

請求項30

N1が、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにおける対合ヌクレオチドがアデノシンである請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項31

N1が、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにおける対合ヌクレオチドがシチジンである請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項32

N1が、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにおける対合ヌクレオチドがグアノシンである請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項33

N1が、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン、又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにおける対合ヌクレオチドがウリジンである請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項34

N1が、アデノシン及びデオキシアデノシンから選択され、N2がウリジンであり、N1及びN2が塩基対を形成する請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項35

N1が、ウリジン又はデオキシウリジンから選択され、N2がデオキシアデノシン又はアデノシンから選択され、N1及びN2が塩基対を形成する請求項13に記載の二本鎖核酸分子。

請求項36

N1が、アデノシンを含み、N2がウリジンを含み、N1及びN2が塩基対を形成する請求項28に記載の二本鎖核酸分子。

請求項37

N又はN’の少なくとも一方が、修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分を含む請求項7〜36のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項38

(N)x又はN1−(N)xにおけるピリミジンリボヌクレオチドの少なくとも1つが2’糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む請求項37に記載の二本鎖核酸分子。

請求項39

2’糖修飾されたリボヌクレオチドが2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む請求項38に記載の二本鎖核酸分子。

請求項40

(N)x又はN1−(N)xにおいて1、3、5、9、11、13、15、17及び19(5’>3’)位におけるNが2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含み、2、4、6、8、10、12、14、16及び18(5’>3’)位におけるNが未修飾のリボヌクレオチドを含む請求項7〜39のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項41

(N)x又はN1−(N)xにおいて2、4、6、8、11、13、15、17及び19(5’>3’)位におけるNが2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む請求項7〜39のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項42

Zが、(N)x又はN1−(N)xの3’末端に共有結合し、C3OH、C3Pi、C3Pi−C3OH及びC3Pi−C3Piから成る群から選択される非ヌクレオチド部分を含む請求項7〜41のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項43

Zが、(N)x又はN1−(N)xの3’末端に共有結合し、ジヌクレオチドdTdTを含む請求項7〜41のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項44

(N’)y又はN2−(N’)yの5’末端から7、8、9又は10位の少なくとも1つにおけるN’がトレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド及びシュードウリジンから選択される請求項7〜43のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項45

N’が、(N’)y又はN2−(N’)yにおける3’末端又は3’末端から2番目で開始する4、5又は6の連続する位置にてトレオース核酸(TNA)部分又は2’,5’ヌクレオチドを含む請求項7〜44のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項46

z"が、(N’)y又はN2−(N’)yの5’末端に共有結合し、逆位脱塩デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、脱塩基リボース部分、C3部分、L−DNA又はL−RNAから成る群から選択される請求項7〜45のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項47

Z’が、(N’)y又はN2−(N’)yの3’末端に共有結合し、C3OH、C3Pi、C3Pi−C3OH及びC3Pi−C3Piから成る群から選択される請求項7〜46のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項48

5位におけるTNA部分、6位におけるTNA部分、7位におけるTNA部分、8位におけるTNA部分、9位におけるTNA部分、5〜6位におけるTNA部分、6〜7位におけるTNA部分、7〜8位におけるTNA部分、8〜9位におけるTNA部分、5〜7位におけるTNA部分、6〜8位におけるTNA部分、7〜9位におけるTNA部分、5〜8位におけるTNA部分、6〜9位におけるTNA部分又は5〜9位におけるTNAを含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項49

(N)x又はN1−(N)xが、5位における2’,5’ヌクレオチド、6位における2’,5’ヌクレオチド、7位における2’,5’ヌクレオチド、8位における2’,5’ヌクレオチド、9位における2’,5’ヌクレオチド、5〜6位における2’,5’ヌクレオチド、6〜7位における2’,5’ヌクレオチド、7〜8位における2’,5’ヌクレオチド、8〜9位における2’,5’ヌクレオチド、5〜7位における2’,5’ヌクレオチド、6〜8位における2’,5’ヌクレオチド、7〜9位における2’,5’ヌクレオチド、5〜8位における2’,5’ヌクレオチド、6〜9位における2’,5’ヌクレオチド又は5〜9位における2’,5’ヌクレオチドを含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項50

(N)x又はN1−(N)xが、5位におけるミラーヌクレオチド、6位におけるミラーヌクレオチド、7位におけるミラーヌクレオチド、8位におけるミラーヌクレオチド、9位におけるミラーヌクレオチド、5〜6位におけるミラーヌクレオチド、6〜7位におけるミラーヌクレオチド、7〜8位におけるミラーヌクレオチド、8〜9位におけるミラーヌクレオチド、5〜7位におけるミラーヌクレオチド、6〜8位におけるミラーヌクレオチド、7〜9位におけるミラーヌクレオチド、5〜8位におけるミラーヌクレオチド、6〜9位におけるミラーヌクレオチド又は5〜9位におけるミラーヌクレオチドを含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項51

センス鎖の5’末端から9又は10位の少なくとも一方におけるN’が、トレオース核酸(TNA)部分、2’,5’ヌクレオチド、シュードウリジン又はそれらの組み合わせから選択される請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項52

(N’)y又はN2−(N’)yが、9位及び/又は10位にてトレオース核酸(TNA)部分を含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項53

(N’)y又はN2−(N’)yが、9位及び/又は10位にて2’,5’ヌクレオチドを含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項54

(N’)y又はN2−(N’)yが、9位及び/又は10位にてシュードウリジンを含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項55

N’が、センス鎖の3’末端又は3’末端から2番目で開始する4、5又は6の連続する2’,5’ヌクレオチドを含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項56

センス鎖がさらにZ’を含む請求項7〜47のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項57

Z’が、C3部分又は3’末端のリン酸(Pi)を含む請求項56に記載の二本鎖核酸分子。

請求項58

センス鎖が、3’末端又は3’末端から2番目で開始する4又は5の連続する2’,5’ヌクレオチドを含む請求項7〜57のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項59

各鎖が長さ19のヌクレオチドであり、(N’)yが15、16、17及び18位又は16、17、18及び19位又は15、16、17、18及び19位で2’,5’ヌクレオチドを含む請求項58に記載の二本鎖核酸分子。

請求項60

x=y=19であり、アンチセンス鎖の5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにおけるNが、トレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドから選択され;センス鎖の5’末端から9又は10位の少なくとも1つにおけるN’が、トレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド及びシュードウリジンから選択され;アンチセンス鎖における少なくとも1つのピリミジンリボヌクレオチドが置換される請求項58に記載の二本鎖核酸分子。

請求項61

x=y=19であり、アンチセンス鎖の9位にて2’,5’ヌクレオチド及びセンス鎖の5又は6位にて2’,5’ヌクレオチドを含む請求項58に記載の二本鎖核酸分子。

請求項62

さらに、少なくとも1つの2’−OMe修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む請求項61に記載の二本鎖核酸分子。

請求項63

x=y=19であり;アンチセンス鎖の5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにおけるNが、トレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドから選択され;センス鎖の3’末端又は3’末端から2番目で開始する4、5又は6の連続する位置におけるN’が2’,5’ヌクレオチドを含む請求項58に記載の二本鎖核酸分子。

請求項64

N’の少なくとも1つがミラーヌクレオチドを含む請求項37に記載の二本鎖核酸分子。

請求項65

(N’)y又はN2−(N’)yが、一方の又は双方の末端にて少なくとも1つのミラーヌクレオチドを含む請求項64に記載の二本鎖核酸分子。

請求項66

(N’)y又はN2−(N’)yが、2つの連続するミラーヌクレオチドを含み、1つは3’末端から2番目の位置に、1つは3’末端にある請求項65に記載の二本鎖核酸分子。

請求項67

少なくとも1つのミラーヌクレオチドがL−リボヌクレオチド及びL−デオキシリボヌクレオチドから選択される請求項64に記載の二本鎖核酸分子。

請求項68

ミラーヌクレオチドがL−デオキシリボヌクレオチドである請求項67に記載の二本鎖核酸分子。

請求項69

(N)x又は(N’)yが、3’末端及び5’末端でリン酸化されない、又は3’末端若しくは3’末端及び5’末端の双方でリン酸化される請求項7〜12のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項70

N1−(N)x又はN2−(N’)yが3’末端及び5’末端でリン酸化されない、又は3’末端若しくは3’末端及び5’末端の双方でリン酸化される請求項13〜17のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項71

各N及び各N’が未修飾のリボヌクレオチドを含む請求項7〜36のいずれかに記載の二本鎖核酸分子。

請求項72

遺伝子の発現阻害するのに有効な量での請求項1〜71のいずれかに記載の二本鎖核酸分子と薬学上許容可能なキャリアを含む医薬組成物であって、遺伝子が配列番号1〜12のいずれか1つで示されるポリヌクレオチド配列を有するRNAをコードする医薬組成物。

請求項73

遺伝子の発現を阻害するのに有効な量で請求項1〜71のいずれかに記載の二本鎖核酸分子を含む細胞であって、遺伝子が配列番号1〜12のいずれか1つで示されるポリヌクレオチド配列を有するRNAをコードする細胞。

請求項74

治療における使用のための請求項1〜71のいずれかに記載の二本鎖核酸分子及び請求項72に記載の組成物

請求項75

前記治療が、慢性又は急性無菌性炎症神経障害性疼痛、一次移植片不全虚血性再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫同種移植片機能不全再移植応答及び/又は臓器移植における一次移植片機能不全PGD)から成る群から選択される疾患又は傷害の治療である請求項74の使用。

請求項76

標的遺伝子の発現に関連する疾患又は障害又は症状又は状態を治療することが必要な対象を治療する方法であって、ある量の請求項1〜71のいずれかに記載の二本鎖核酸分子、又は遺伝子発現下方調節するのに有効な量での請求項72に記載の組成物を前記対象に投与することを含み、前記遺伝子が配列番号1〜12のいずれか1つで示されるポリヌクレオチド配列を有するRNAをコードする、方法。

請求項77

前記疾患又は傷害が、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は臓器移植における一次移植片機能不全(PGD)から成る群から選択される請求項76に記載の方法。

請求項78

前記疾患又は傷害が、臓器移植における一次移植片機能不全(PGD)を含む請求項77に記載の方法。

請求項79

前記臓器移植が肺移植を含む請求項78に記載の方法。

請求項80

それを必要とする対象にて一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は一次移植片機能不全(PGD)から成る群から選択される移植後合併症の発生及び重症度を治療する又は予防する方法であって、前記合併症が、配列番号1〜12のいずれか1つで示されるポリヌクレオチド配列を有するRNAをコードする遺伝子の発現に関連し、前記方法が、予防上又は治療上有効な量の請求項1〜71のいずれかに記載の二本鎖核酸分子、又は遺伝子発現を下方調節するのに有効な量での請求項72に記載の組成物を対象に投与することを含む、方法。

請求項81

それを必要とする対象にて急性又は慢性の炎症を軽減する方法であって、前記炎症が、配列番号1〜12のいずれか1つで示されるポリヌクレオチド配列を有するRNAをコードする遺伝子の発現に関連し、前記方法が、治療上有効な量の請求項1〜71のいずれかに記載の二本鎖核酸分子、又は遺伝子発現を下方調節するのに有効な量での請求項72に記載の組成物を対象に投与することを含む、方法。

技術分野

0001

関連出願
本出願は、あらゆる目的でその全体が参照によって本明細書に組み入れられる「TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPヌクレオチド阻害剤及びその使用方法」と題する2011年3月3日に出願された米国仮特許出願、出願番号61/448,707の利益を主張する。

0002

配列表
本出願は、233〜PCT1_ST25.txtと題され、2012年2月28日に3,908kbの大きさで創製され、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる配列表を含有する。

0003

本明細書で提供されるのは、Toll様受容体(TLR)経路における哺乳類標的遺伝子TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPを阻害するための核酸分子、それを含む医薬組成物及びその使用方法である。具体的な化合物には、未修飾の及び化学的に修飾されたdsRNA及びsiRNAオリゴヌクレオチド及びそれを含む組成物が含まれる。

背景技術

0004

dsRNAを生成するのに有用なオリゴヌクレオチド配列及びヌクレオチドの修飾は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる、とりわけ、米国特許公開番号、US20080293655、US20090162365、US20100292301及びUS20110112168並びにPCT特許公開番号、WO2011/066475、WO2011/084193及びWO2011/085056にて本開示の出願者によって記載されている。

0005

Toll様受容体経路を調節することにて有用な高いノックダウン活性、高い安定性及び/又は低下したオフターゲット効果を示す活性のある且つ効果的なdsRNA治療剤に対するニーズが存在したままである。

発明が解決しようとする課題

0006

本明細書で提供されるのは、Toll様受容体経路における標的遺伝子の発現を調節するのに有用な組成物、方法及びキットである。種々の態様では、提供されるのは、配列番号:1(TLR2のmRNA);配列番号:2〜4(TLR4のmRNA)、配列番号:5〜9(MYD88のmRNA)、配列番号:10(TICAM1のmRNA)又は配列番号:11〜12(TIRAPのmRNA)を含む配列番号1〜12で示されるmRNAポリヌクレオチド配列を有するTLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPから成る群から選択される哺乳類遺伝子の核酸分子阻害剤である。

0007

特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPから成る群から選択される遺伝子の発現を阻害する、下方調節する又は低下させる新規二本鎖核酸分子、特に二本鎖RNA(dsRNA)、及び1以上のそのようなオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを発現することが可能であるベクターを含む医薬組成物である。さらに本明細書で提供されるのは、炎症及び炎症性疾患、及び移植のような臓器移植に関連する移植片拒絶治療する方法であり、その際、TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAP遺伝子の1以上の発現が炎症及び臓器移植に関連する移植片拒絶の病因又は進行に関連する。

課題を解決するための手段

0008

一部の態様及び実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチドは化学的に修飾されたdsRNA化合物である。一部の実施形態では、dsRNAのセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドは、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるセンスオリゴヌクレオチド及び対応するアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択される。

0009

従って、態様の1つでは、提供されるのは、以下の二本鎖構造を有する核酸分子であり、
(A1) 5’ (N)x−Z 3’(アンチセンス鎖
3’ Z’−(N’)y〜z" 5’(センス鎖
式中、各N及びN’は、未修飾であってもよく又は修飾されてもよいヌクレオチド、又は非定型の部分であり;
式中、(N)x及び(N’)yのそれぞれは、各連続するN又はN’が共有結合によって次のN又はN’に連結されるオリゴヌクレオチドであり;
式中、Z及びZ’のそれぞれは、独立して存在し又は非存在であるが、存在するならば、独立してそれが存在する鎖の3’末端にて共有結合する1〜5の連続するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分又はその組み合わせを含み;
式中、z"は、存在しても非存在であってもよいが、存在するならば、(N’)yの5’末端にて共有結合するキャッピング部分であり;
式中、x及びyのそれぞれは独立して18〜25の間の整数である。

0010

式中、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して相補性であり、(N)xは配列番号1〜12のいずれか1つで示される標的RNAのアンチセンス配列を含む。

0011

一部の実施形態では、各連続したN又はN’を連結する共有結合はホスホジエステル結合である。

0012

一部の実施形態では、x=yであり、x及びyのそれぞれが独立して19、20、21、22又は23である。種々の実施形態では、x=y=19である。

0013

一部の実施形態では、センス鎖オリゴヌクレオチド及びアンチセンス鎖オリゴヌクレオチドは、TLR2を標的とするための配列番号:13〜3060;TLR4を標的とするための配列番号:5847〜8612;MYD88を標的とするための配列番号:12145〜13924;TICAM1を標的とするための配列番号:16333〜16882;又はTIRAPを標的とするための配列番号:18243〜19046で示されるオリゴヌクレオチド対から選択される。

0014

特定の好まれる実施形態では、本明細書で開示されるような二本鎖核酸分子(たとえば、siNA分子)のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、配列番号:13〜1448若しくは1449〜3060(TLR2を標的とする);又は配列番号:5847〜8320若しくは8321〜8612(TLR4を標的とする);又は配列番号:12145〜13108若しくは13109〜13924(MYD88を標的とする);又は配列番号:16333〜16866若しくは16867〜16882(TICAM1を標的とする);又は配列番号:18243〜19010若しくは19011〜19046(TIRAPを標的とする)で示されるセンス配列及びアンチセンス配列のいずれか1つに相当する配列を含む。

0015

一部の実施形態では、二本鎖核酸分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、TLR2_25、TLR2_28、TLR2_42、TLR2_43及びTLR2_47で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TLR2_25(配列番号:20607及び20614)、TLR2_28(配列番号:20608及び20615)、TLR2_42(配列番号:20609及び20616)、TLR2_43(配列番号:20610及び20617)並びにTLR2_47(配列番号:20611及び20618)で示される配列の対から選択される。

0016

一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_25(配列番号:20607及び20614)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_28(配列番号:20608及び20615)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_42(配列番号:20609及び20616)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_43(配列番号:20610及び20617)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_47(配列番号:20611及び20618)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。

0017

一部の実施形態では、二本鎖核酸分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、TLR4_08、TLR4_10、TLR4_11、TLR4_14、TLR4_15、TLR4_28、TLR4_29、TLR4_31及びTLR4_33で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TLR4_08(配列番号:20621及び20630)、TLR4_10 (配列番号:20622及び20631)、TLR4_11(配列番号:20623及び20632)、TLR4_14(配列番号:20624及び20633)、TLR4_15(配列番号:20625及び20634)、TLR4_28(配列番号:20626及び20635)、TLR4_29(配列番号:20627及び20636)、TLR4_31(配列番号:20628及び20637)並びにTLR4_33(配列番号:20629及び20638)で示される配列の対から選択される。

0018

一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_08(配列番号:20621及び20630)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_10(配列番号:20622及び20631)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_11(配列番号:20623及び20632)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_14(配列番号:20624及び20633)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_15(配列番号:20625及び20634)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_28(配列番号:20626及び20635)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_29(配列番号:20627及び20636)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_31(配列番号:20628及び20637)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR4_33(配列番号:20629及び20638)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。

0019

一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はMYD88_11で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、アンチセンス鎖及びセンス鎖はMYD88_11(配列番号:12178及び12660)で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはMYD88_11(配列番号:12178及び12660)で示される配列の対が含まれる。

0020

一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はTICAM1_20で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はTICAM1_20(配列番号:20644及び20655)で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_20(配列番号:20644及び20655)で示される配列の対が含まれる。

0021

一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はTIRAP_16で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、アンチセンス鎖及びセンス鎖はTIRAP_16(配列番号:20661及び20673)で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_16(配列番号:20661及び20673)で示される配列の対が含まれる。

0022

種々の実施形態では、二本鎖分子ガイド鎖(アンチセンス鎖)の5’末端ヌクレオチドにて標的mRNAに対するミスマッチを含む。

0023

従って、提供されるのは、以下の構造を有する二本鎖核酸分子である。

0024

(A2)5’ N1−(N)x−Z 3’(アンチセンス鎖)
3’ Z’−N2−(N’)y−z" 5’(センス鎖)
式中、各N2、N及びN’は未修飾の又は修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分であり;
式中、(N)x及び(N’)yのそれぞれは、各連続するN又はN’が共有結合によって隣接するN又はN’に連結するオリゴヌクレオチドであり;
式中、x及びyのそれぞれは17〜24の間の整数であり;
式中、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して相補性であり、(N)xはTLR2、TLR4、MYD88、TICAM及びTIRAPから選択される標的RNAにおける連続配列に対して相補性であり;
式中、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対してミスマッチがあり、又は標的RNAに対して相補性のDNA部分であり;
式中、N1は、ウリジン(rU)、デオキシリボウリジン(dU)、リボチミジン(rT)、デオキシリボチミジン(dT)、アデノシン(rA)及びデオキシアデノシン(dA)から選択される未修飾又は修飾されたヌクレオチドから成る群から選択される部分であり;
式中、z"は存在してもしなくてもよいが、存在する場合、N2−(N’)yの5’末端にて共有結合されるキャッピング部分である。

0025

式中、Z及びZ’のそれぞれは独立して存在するか又は非存在であるが、存在するならば独立して、それが存在する鎖の3’末端で共有結合する1〜5の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド又はそれらの組み合わせである。

0026

一部の実施形態では、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して完全に相補性である。種々の実施形態では、N2−(N’)yの配列はN1−(N)xの配列に対して相補性である。一部の実施形態では、(N)xは標的RNAの約17〜約24の連続するヌクレオチドに対して完全に相補性であるアンチセンスを含む。他の実施形態では、(N)xは標的RNAの約17〜約39の連続するヌクレオチドに対して実質的に相補性であるアンチセンスを含む。

0027

一部の実施形態では、N1及びN2は少なくとも1つの水素結合を形成する。一部の実施形態では、N1及びN2はワトソンクリック塩基対を形成する。一部の実施形態では、N1及びN2は非ワトソン/クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、塩基対はリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの間で形成される。

0028

構造A2の一部の実施形態では、x=y=18、x=y=19又はx=y=20である。好まれる実施形態ではx=y=18である。

0029

一部の実施形態では、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対してミスマッチがある。種々の実施形態では、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対して相補性のDNA部分である。

0030

一部の実施形態では、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対して相補性のDNA部分である。

0031

一部の実施形態では、N1は、アデノシン、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにて対合するヌクレオチドはアデノシンである。好まれる実施形態では、N1はアデノシン、デオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。

0032

一部の実施形態では、N1は、アデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにて対合するヌクレオチドはシチジンである。好まれる実施形態では、N1はアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。

0033

一部の実施形態では、N1は、未修飾の又は修飾されたアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにて対合するヌクレオチドはグアノシンである。一部の実施形態では、N1は、2’−OMe糖修飾されたアデノシン、ウリジン又はリボチミジンを含む。一部の実施形態では、N1は、2’フルオロ又は2’アミノ糖修飾されたアデノシン、ウリジン又はリボチミジンを含む。

0034

好まれる実施形態では、N1は、アデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。一部の実施形態では、N1はアデノシン及びデオキシアデノシンから選択され、N2はウリジンであり、N1とN2は塩基対を形成する。一部の実施形態では、N1はウリジン及びデオキシウリジンから選択され、N2はアデノシンであり、N1とN2は塩基対を形成する。

0035

一部の実施形態では、N1はデオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択され、標的RNAにて対合するヌクレオチドにおけるヌクレオチドはウリジンである。好まれる実施形態では、N1はデオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。

0036

一部の実施形態では、N1はウリジン又はデオキシウリジンから選択され、N2はアデノシン又はデオキシアデノシンから選択され、N1とN2は塩基対を形成する。

0037

一部の実施形態では、N1はアデノシン又はデオキシアデノシンから選択され、N2はウリジン又はデオキシウリジンから選択され、N1とN2は塩基対を形成する。他の実施形態では、N1はデオキシウリジンであり、N2はアデノシンであり、N1とN2は塩基対を形成する。一部の実施形態では、N1はアデノシンであり、N2はウリジンであり、N1とN2は塩基対を形成する。

0038

一部の実施形態では、センス鎖オリゴヌクレオチド及びアンチセンス鎖オリゴヌクレオチドは、TLR2を標的とするための配列番号:3061〜5260若しくは5261〜5846;TLR4を標的とするための配列番号:8613〜12040若しくは12041〜12144;MYD88を標的とするための配列番号:13925〜15910若しくは15911〜16332;TICAM1を標的とするための配列番号:16883〜18236若しくは18237〜18242又はTIRAPを標的とするための配列番号:19047〜20590若しくは20591〜20606で示されるオリゴヌクレオチド対から選択される。

0039

一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はTLR2_31及びTLR2_34で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TLR2_31(配列番号:20612及び20619)並びにTLR2_34(配列番号:20613及び20620)で示される配列の対から選択される。種々の実施形態では、アンチセンス鎖におけるN1はウリジン又は化学的に修飾されたウリジンを含み、センス鎖におけるN2はリボアデノシン又は化学的に修飾されたリボアデノシンを含む。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_31(配列番号:20612及び20619)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTLR2_34(配列番号:20613及び20620)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。

0040

一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TICAM1_15、TICAM1_16、TICAM1_17、TICAM1_18、TICAM1_19、TICAM1_21、TICAM1_22、TICAM1_23、TICAM1_24、及びTICAM1_25で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TICAM1_15(配列番号:20639及び20650)、TICAM1_16(配列番号:20640及び20651)、TICAM1_17(配列番号:20641及び20652)、TICAM1_18(配列番号:20642及び20653);TICAM1_19(配列番号:20643及び20654);TICAM1_21(配列番号:20645及び20656)、TICAM1_22(配列番号:20646及び20657)、TICAM1_23(配列番号:20647及び20658)、TICAM1_24(配列番号:20448及び20659)並びにTICAM1_25(配列番号:20649及び20660)で示される配列の対から選択される。

0041

一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_15(配列番号:20639及び20650)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_16(配列番号:20640及び20651)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siRNA分子)にはTICAM1_17(配列番号:20641及び20652)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_18(配列番号:20642及び20653)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_19(配列番号:20643及び20654)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_21(配列番号:20645及び20656)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_22(配列番号:20646及び20657)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_23(配列番号:20647及び20658)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_24(配列番号:20448及び20659)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTICAM1_25(配列番号:20649及び20660)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。

0042

一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TIRAP_17、TIRAP_18、TIRAP_19、TIRAP_20、TIRAP_21、TIRAP_22、TIRAP_23、TIRAP_24、TIRAP_25、TIRAP_26及びTIRAP_27で示される配列の対から選択される。一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、TIRAP_17(配列番号:20662及び20674)、TIRAP_18(配列番号:20663及び20675);TIRAP_19(配列番号:20664及び20676);TIRAP_20(配列番号:20665及び20677)、TIRAP_21(配列番号:20666及び20678)、TIRAP_22(配列番号:20667及び20679)、TIRAP_23(配列番号:20668及び20680)、TIRAP_24(配列番号:20669及び20681)、TIRAP_25(配列番号:20670及び20682)、TIRAP_26(配列番号:20671及び20683)並びにTIRAP_27(配列番号:20672及び20684)で示される配列の対から選択される。

0043

一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_17(配列番号:20662及び20674)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_18(配列番号:20663及び20675)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_19(配列番号:20664及び20676)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_20(配列番号:20665及び20677)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_21(配列番号:20666及び20678)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_22(配列番号:20667及び20679)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_23(配列番号:20668及び20680)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_24(配列番号:20669及び20681)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_25(配列番号:20670及び20682)で示される配列の対が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_26(配列番号:20671及び20683)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるような核酸分子(たとえば、siNA分子)にはTIRAP_27(配列番号:20672及び20684)で示される配列の対のセンス鎖及びアンチセンス鎖が含まれる。

0044

種々の実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)又は好ましくは、以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチド対に基づいて生成され、構造(A1)及び構造(A2)に係る以下の修飾の1以上を含む:
(a)(N)x=19又はN1−(N)x=19であり、(N)x又はN1−(N)xの5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つが、トレオース核酸(TNA)部分、2’,5’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、UNA又は脱塩基部分から選択される;
(b)(N)x=19又はN1−(N)x=19であり、(N)x又はN1−(N)xにおけるピリミジンリボヌクレオチドの少なくとも1つが2’糖修飾されたリボヌクレオチドを含む;
(c)(N)x又はN1−(N)xにて、11、13、15、17及び19位におけるNは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含み、10,12,14、16及び18位におけるNは未修飾のリボヌクレオチドを含む;
(d)(N)x又はN1−(N)xにて、1、3、5、9、11、13、15、17及び19位におけるNは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含み、2、4、6、8、10,12,14、16及び18位におけるNは未修飾のリボヌクレオチドを含む;
(e)(N)x又はN1−(N)xにて、2、4、6、8、11、13、15、17及び19位におけるNは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む;
(f)Zは(N)x又はN1−(N)xの3’末端に共有結合し、C3OH、C3Pi、C3Pi−C3OH及びC3Pi−C3Piから成る群から選択される非ヌクレオチド部分を含む;
(g)(N’)y又はN2−(N’)yの5’末端から7、8、9又は10位の少なくとも1つにおけるN’はトレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド及びシュードウリジンから選択される;
(h)N’は、(N’)y又はN2−(N’)yにおける3’末端位置又は3’末端から2番目の位置にて4、5、又は6の連続した位置でトレオース(TNA)核酸部分又は2’,5’ヌクレオチドを含む;
(i)(N’)y又はN2−(N’)yにおけるピリミジンリボヌクレオチドの少なくとも1つは2’糖修飾したリボヌクレオチドである;
(j)z"は(N’)y又はN2−(N’)yの5’末端に共有結合するキャップ部分であり、逆位脱塩基デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、脱塩基リボース部分、以下で定義されるようなC3部分、L−DNA、L−RNAから選択され;
(k)Z’は(N’)y又はN2−(N’)yの3’末端に共有結合し、C3OH、C3Pi、C3Pi−C3OH又はC3Pi−C3Piの1つを含む。

0045

好まれる実施形態では、x=y=19である。

0046

一部の実施形態では、それぞれ連続するN又はN’を連結する共有結合はホスホジエステル結合である。種々の実施形態では、共有結合はすべてホスホジエステル結合である。

0047

構造A1及び構造A2の二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、アンチセンス鎖[(N)x又はN1−(N)x]の5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにおけるNは、トレオース核酸(TNA)部分、2’,5’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、UNA又はそれらの組み合わせから選択される。理論に束縛されることは望まないが、前述の位置の1以上にてトレオース核酸(TNA)部分、2’,5’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチドを有する二本鎖核酸は、二本鎖分子に高いオンターゲット活性及び/又は低いオフターゲット活性及び/又はヌクレアーゼに対する高い安定性を付与する。

0048

一部の実施形態では、アンチセンス鎖[構造A1の(N)x又は構造A2のN1−(N)x]は、5位におけるTNA部分、6位におけるTNA部分、7位におけるTNA部分、8位におけるTNA部分、9位におけるTNA部分、5〜6位におけるTNA部分、6〜7位におけるTNA部分、7〜8位におけるTNA部分、8〜9位におけるTNA部分、5〜7位におけるTNA部分、6〜8位におけるTNA部分、7〜9位におけるTNA部分、5〜8位におけるTNA部分、6〜9位におけるTNA部分、又は5〜9位におけるTNA部分を含む。

0049

一部の実施形態では、アンチセンス鎖[構造A1の(N)x又は構造A2のN1−(N)x]は、5位における2’,5’ヌクレオチド、6位における2’,5’ヌクレオチド、7位における2’,5’ヌクレオチド、8位における2’,5’ヌクレオチド、9位における2’,5’ヌクレオチド、5〜6位における2’,5’ヌクレオチド、6〜7位における2’,5’ヌクレオチド、7〜8位における2’,5’ヌクレオチド、8〜9位における2’,5’ヌクレオチド、5〜7位における2’,5’ヌクレオチド、6〜8位における2’,5’ヌクレオチド、7〜9位における2’,5’ヌクレオチド、5〜8位における2’,5’ヌクレオチド、6〜9位における2’,5’ヌクレオチド、又は5〜9位における2’,5’ヌクレオチドを含む。

0050

一部の実施形態では、アンチセンス鎖[構造A1の(N)x又は構造A2のN1−(N)x]は、5位におけるミラーヌクレオチド、6位におけるミラーヌクレオチド、7位におけるミラーヌクレオチド、8位におけるミラーヌクレオチド、9位におけるミラーヌクレオチド、5〜6位におけるミラーヌクレオチド、6〜7位におけるミラーヌクレオチド、7〜8位におけるミラーヌクレオチド、8〜9位におけるミラーヌクレオチド、5〜7位におけるミラーヌクレオチド、6〜8位におけるミラーヌクレオチド、7〜9位におけるミラーヌクレオチド、5〜8位におけるミラーヌクレオチド、6〜9位におけるミラーヌクレオチド、又は5〜9位におけるミラーヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ミラーヌクレオチドはL−DNA又はL−RNAである。

0051

二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、センス鎖の5’末端から9又は10位の少なくとも1つにおけるN’[構造A1の(N’)y又は構造A2のN2−(N’)y]は、トレオース核酸(TNA)部分、2’,5’ヌクレオチド、シュードウリジン又はそれらの組み合わせから選択される。理論に束縛されることは望まないが、センス(パッセンジャー)鎖における9又は10位のいずれか1以上にてトレオース核酸(TNA)部分、2’,5’ヌクレオチド、シュードウリジンを有する二本鎖核酸分子は、二本鎖分子に高いオンターゲット活性及び/又は高いヌクレアーゼ安定性を付与する。

0052

一部の実施形態では、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは9位及び/又は10位にてトレオース核酸(TNA)部分を含む。

0053

一部の実施形態では、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは9位及び/又は10位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。

0054

一部の実施形態では、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは9位及び/又は10位にてシュードウリジンを含む。

0055

二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、N’は、センス鎖[構造A1の(N’)y又は構造A2のN2−(N’)y]の3’末端位置又は末端から2番目の位置にて4、5又は6の連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。理論によって束縛されることは望まないが、センス(パッセンジャー)鎖の3’末端位置又は末端から2番目の位置にて4、5又は6の連続する2’,5’ヌクレオチドを有する二本鎖核酸分子は、二本鎖に対する高いヌクレアーゼ安定性及び/又はセンス(パッセンジャー)鎖の低いオフターゲット効果を付与する。一部の実施形態では、センス鎖はさらにZ’を含む。一部の実施形態では、ZはC3部分(たとえば、C3Pi、C3−OH)又は3’末端のリン酸(Pi)を含む。

0056

構造A1及びA2の一部の実施形態では、センス鎖は3’末端位置又は末端から2番目の位置にて4つの連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。構造A1の一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは15、16、17及び18位又は16、17、18及び19位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。構造A2の一部の実施形態では、x=y=18であり、N2−(N’)yは15、16、17及び18位又は16、17、18及び19位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。

0057

構造A1及びA2の一部の実施形態では、センス鎖は3’末端位置又は末端から2番目の位置にて5つの連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。構造A1の一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは14、15、16、17及び18位又は15、16、17、18及び19位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。構造A2の一部の実施形態では、x=y=18であり、N2−(N’)yは14、15、16、17及び18位又は15、16、17、18及び19位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。

0058

構造A1及びA2の一部の実施形態では、センス鎖は3’末端位置又は末端から2番目の位置にて6つの連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。構造A1の一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは13、14、15、16、17及び18位又は14、15、16、17、18及び19位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。構造A2の一部の実施形態では、x=y=18であり、N2−(N’)yは14、15、16、17及び18位又は14、15、16、17、18及びN2位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。

0059

一部の実施形態では、x=y=19であり、二本鎖核酸分子は以下を含む

0060

アンチセンス鎖の5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにおけるNは、トレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド、ミラーヌクレオチドから選択される。

0061

センス鎖の5’末端から9又は10位の少なくとも1つにおけるN’はトレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド、及びシュードウリジンから選択される;並びに

0062

アンチセンス鎖における少なくとも1つのピリミジンリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドである。

0063

一部の実施形態では、二本鎖分子は、アンチセンス鎖の9位にて2’,5’ヌクレオチド及びセンス鎖の5又は6位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、アンチセンス鎖はさらに2’−OMe修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む。

0064

別の実施形態では、x=y=19であり、二本鎖核酸分子は以下を含む

0065

アンチセンス鎖の5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにおけるNはトレオース核酸部分、2’,5’ヌクレオチド、又はミラーヌクレオチドから選択され;及び

0066

センス鎖の3’末端位置又は末端から2番目の位置にて開始する4、5又は6の連続する位置におけるN’は2’,5’ヌクレオチドを含む。

0067

一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は、dsRNA、siRNA、siNA又はmiRNAを含む二本鎖オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、(N)x及び(N’)yは、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対を含み、好ましくは、TLR2_25(配列番号:20607及び20614)、TLR2_28(配列番号:20608及び20615)、TLR2_42(配列番号:20609及び20616)、TLR2_43(配列番号:20610及び20617)、TLR2_47(配列番号:20611及び20618)、TLR2_31(配列番号:20612及び20619)、TLR2_34(配列番号:20613及び20620);又は

0068

TLR4_08(配列番号:20621及び20630)、TLR4_10(配列番号:20622及び20631)、TLR4_11(配列番号:20623及び20632)、TLR4_14(配列番号:20624及び20633)、TLR4_15(配列番号:20625及び20634)、TLR4_28(配列番号:20626及び20635)、TLR4_29(配列番号:20627及び20636)、TLR4_31(配列番号:20628及び20637)、TLR4_33(配列番号:20629及び20638);又は

0069

MYD88_11(配列番号:12178及び12660);又は

0070

TICAM1_20(配列番号:20644及び20655)、TICAM1_15(配列番号:20639及び20650)、TICAM1_16(配列番号:20640及び20651)、TICAM1_17(配列番号:20641及び20652)、TICAM1_18(配列番号:20642及び20653);TICAM1_19(配列番号:20643及び20654);TICAM1_21(配列番号:20645及び20656)、TICAM1_22(配列番号:20646及び20657)、TICAM1_23(配列番号:20647及び20658)、TICAM1_24(配列番号:20448及び20659)、TICAM1_25(配列番号:20649及び20660);又は

0071

TIRAP_16(配列番号:20661及び20673)、TIRAP_17(配列番号:20662及び20674)、TIRAP_18(配列番号:20663及び20675);TIRAP_19(配列番号:20664及び20676);TIRAP_20(配列番号:20665及び20677)、TIRAP_21(配列番号:20666及び20678)、TIRAP_22(配列番号:20667及び20679)、TIRAP_23(配列番号:20668及び20680)、TIRAP_24(配列番号:20669及び20681)、TIRAP_25(配列番号:20670及び20682)、TIRAP_26(配列番号:20671及び20683)並びにTIRAP_27(配列番号:20672及び20684);又は
又は
又は
で示されるセンス鎖及びアンチセンス鎖の対の1つを含む。

0072

一部の実施形態では、二本鎖分子はホスホジエステル結合を含む。種々の実施形態では、二本鎖分子は、x=yであり、xが19、20、21、22及び23から成る群から選択される整数であるリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=19である。

0073

一部の実施形態では、構造1の(N)x又は構造A2のN1−(N)xは未修飾のリボヌクレオチドを含む。

0074

一部の実施形態では、構造1の(N)x又は構造A2のN1−(N)xは、修飾された及び未修飾のリボヌクレオチドを含み、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾のリボヌクレオチドであり、(N)xの3’末端におけるNは修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xは、3’末端で開始する少なくとも5つの交互修飾されたリボヌクレオチド及び全部で少なくとも9つの修飾されたリボヌクレオチドを含み、残りのNはそれぞれ未修飾のリボヌクレオチドである。追加の実施形態では、(N)xは、5’及び3’末端での各Nが2’−OMe糖修飾のリボヌクレオチドである交互位置では修飾されたリボヌクレオチドを含み、真ん中のリボヌクレオチド、たとえば、19量体鎖の10位でのリボヌクレオチドは修飾されない。

0075

一部の実施形態では、構造1の(N)x又は構造A2のN1−(N)xは、単一交互の2’−O−メチル(2’−OMe)糖修飾されたリボヌクレオチド及び未修飾のリボヌクレオチドを含み、たとえば、その際、1、3、5、7、9、11、13、15、17及び19位におけるリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドである。他の実施形態では、2、4、6、8、11、13、15、17及び19位におけるリボヌクレオチドが2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドであり、残りのリボヌクレオチドは修飾されない。

0076

一部の実施形態では、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは、ミラーヌクレオチド、又は2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接するヌクレオチドに連結されたヌクレオチドから選択される少なくとも1つの非定型の部分を含む。

0077

上記構造の一部の実施形態では、化合物は、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yの一方又は双方の末端にて少なくとも1つのミラーヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、化合物は、2つの連続するミラーヌクレオチドを含み、1つは構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yの3’末端から2番目の位置であり、1つは3’末端位置である。好まれる一実施形態では、x=y=19であり、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは18位にてL−デオキシリボヌクレオチドを含む。

0078

一部の実施形態では、ミラーヌクレオチドは、L−リボヌクレオチド及びL−デオキシリボヌクレオチドから選択される。種々の実施形態では、ミラーヌクレオチドはL−デオキシリボヌクレオチドである。一部の実施形態では、y=19であり、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは、1〜17位及び19位における未修飾のリボヌクレオチド及び3’末端から2番目(18位)におけるL−DNA1つから成る。他の実施形態では、y=19であり、(N’)yは、1〜16位及び19位における未修飾のリボヌクレオチド及び3’末端から2番目での連続する2つのL−DNA(17及び18位)から成る。一部の実施形態では、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yはさらに、Z’、たとえば、C3OH及び/又はz"、たとえば、及び逆位脱塩基部分又はアミノ部分を含む。

0079

上記構造の別の実施形態では、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは、一方又は双方の末端での2’,5’ホスホジエステル結合によって次のヌクレオチドに一緒に連結される少なくとも2つの連続するヌクレオチドを含む。構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yの特定の好まれる実施形態では、3’末端から2番目のヌクレオチドは2’,5’ホスホジエステル架橋によって3’末端のヌクレオチドに連結される。

0080

二本鎖RNA分子は、平滑末端(すなわち、z"、Z及びZ’が存在しない)の二本鎖オリゴヌクレオチド構造、x=y=19であり、構造A1における(N’)y又は構造A2におけるN2−(N’)yは、2’,5’ホスホジエステル結合によって3’末端での3つの連続するヌクレオチドが一緒に連結される未修飾のリボヌクレオチド及び未修飾リボヌクレオチドと2’−OMe糖修飾のリボヌクレオチドが交互にあるアンチセンス鎖(AS)を含む。

0081

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;1、5、6又は7位(5’>3’)の少なくとも1つにおけるTNA、2’,5’リボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、UNA又は脱塩基部分;及び3’末端に共有結合する3’末端の非ヌクレオチド部分を含み;並びにセンス鎖は、少なくとも1つの2’,5’リボヌクレオチド又は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチド及び3’末端に共有結合する非ヌクレオチド部分及び5’末端に共有結合するキャップ部分を含む。

0082

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、7位におけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド、及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含み;センス鎖は、3’末端の16〜19位又は15〜19位(5’>3’)における4〜5の連続した2’,5’リボヌクレオチド又はTNA、3’末端で共有結合する非ヌクレオチド部分及び5’末端で共有結合する逆位脱塩基部分のようなキャップ部分を含み、任意でアンチセンス鎖の1位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチド又はアンチセンス鎖の1位にて2’,5’リボヌクレオチドを含む。

0083

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、アンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、7位における2’,5’リボヌクレオチド、及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はC3Pi−C3OH非ヌクレオチド部分を含み;及びセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、9位におけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド、及び3’末端で共有結合するC3OH又はC3Piの非ヌクレオチド部分、及び5’末端に共有結合する逆位脱塩基部分のようなキャップ部分を含む。

0084

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分;及び5’末端で共有結合するキャップ部分を含み;並びにアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;5、6又は7位の少なくとも1つにおけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド;及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。

0085

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分;及び5’末端で共有結合するキャップ部分を含み;並びにアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;7位におけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド;及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。

0086

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;3’末端で共有結合するC3OH部分;及び5’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み;並びにアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;7位(5’>3’)におけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド;及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はC3Pi−C3OH非ヌクレオチド部分を含む。

0087

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、3’末端における2’,5’リボヌクレオチド;3’末端に共有結合する非ヌクレオチド部分及び5’末端に共有結合するキャップ部分を含み;並びにアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;5、6又は7位(5’>3’)の少なくとも1つにおけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド;及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。

0088

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、(5’>3’)15〜19位又は16〜19位における4〜5の連続するTNA又は2’,5’リボヌクレオチド、3’末端で共有結合するC3〜OH3’部分及び5’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み;並びにアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド;7位におけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド;及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はC3Pi−C3OH部分を含む。

0089

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、9又は10位の1つにおける任意の2’,5’リボヌクレオチド、3’末端で共有結合する非ヌクレオチド部分及び5’末端で共有結合するキャップ部分を含み;並びにアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチド、5、6又は7位の少なくとも1つにおけるTNA又は2’5’リボヌクレオチド、及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分を含む。

0090

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、9位における2’,5’リボヌクレオチド、3’末端で共有結合するC3OH非ヌクレオチド部分及び5’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み;且つアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、6位におけるTNA又は2’,5’リボヌクレオチド、及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はC3Pi−C3OH部分を含む。

0091

一実施形態では、二本鎖核酸分子は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対から選択されるアンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、センス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、3’末端で共有結合するC3OH又はC3Piの非ヌクレオチド部分、及び5’末端で共有結合する逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド部分のようなキャップ部分を含み;且つアンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチド、6位における2’,5’リボヌクレオチド、及び3’末端で共有結合するヌクレオチド部分又はC3Pi−C3OH部分を含む。

0092

一部の実施形態では、3’末端で共有結合するヌクレオチド部分はジヌクレオチドdTdTを含む。

0093

態様の1つによれば、本発明は、TLR2を標的とする配列番号:13〜3060;TLR4を標的とする配列番号:5847〜8612;MYD88を標的とする配列番号:12145〜13924;TICAM1を標的とする配列番号:16333〜16882;又はTIRAPを標的とする配列番号:18243〜19046で示されるオリゴヌクレオチド配列を有するセンス鎖及びアンチセンス鎖から成る二本鎖RNA分子を生成する方法を提供し、該方法は、
(a)センス鎖を合成する工程と
(b)アンチセンス鎖を合成する工程と
(c)アンチセンス鎖にセンス鎖をアニーリングする工程を含み、
それによって二本鎖RNA分子を生成することを含む。一部の実施形態では、合成には、化学的に修飾されていないdsRNA鎖の合成が含まれる。一部の実施形態では、合成には、2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチド、又は2’,5’結合した核酸、脱塩基及び逆位脱塩基の部分等を含む非定型の部分を含む修飾されたヌクレオチドの取り込みが含まれる。

0094

一部の実施形態では、(N)xも(N’)yも3’及び5’の末端でリン酸化されない。他の実施形態では、(N)x及び(N’)yのいずれか又は双方が3’末端でリン酸化される。

0095

第2の態様では、本明細書で提供されるのは、標的遺伝子の発現を阻害するのに十分な量での本明細書で開示されるような1以上の二本鎖分子及び薬学上許容可能なキャリアを含む医薬組成物であり、標的遺伝子は、配列番号1〜12で示されるmRNAを有する遺伝子から選択される。

0096

別の態様では、提供されるのは、標的遺伝子の発現を阻害するのに十分な量での本明細書で開示されるような1以上の二本鎖分子を含む細胞である。

0097

種々の実施形態では、化合物は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)で示されるオリゴヌクレオチドの対、アンチセンスオリゴヌクレオチド(N)x及び対応するセンスオリゴヌクレオチド、又は以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対を含む。

0098

他の態様では、開示されるのは、慢性又は急性無菌性炎症神経障害性疼痛、一次移植片不全虚血性再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又はそれが必要な対象における肺移植のような臓器移植における一次移植片機能不全PGD)を予防する又は治療するのに有用なオリゴヌクレオチド化合物である。

0099

標的遺伝子の発現を低下させる又は阻害する量の本明細書で開示されるような二本鎖分子を対象に投与することを含む、標的遺伝子の発現に関連する疾患又は障害に関連する疾患又は障害又は症状の治療を必要とする対象を治療する方法である。好まれる実施形態では、二本鎖分子は本明細書で記載されるように化学的に修飾される。

0100

また提供されるのは、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は肺移植のような臓器移植における一次移植片機能不全(PGD)から選択される疾患又は傷害の治療のための本明細書で記載されるような二本鎖分子である。

0101

さらに提供されるのは、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は肺移植のような臓器移植における一次移植片機能不全(PGD)から選択される疾患又は傷害の治療のために薬物を調製するための本明細書で記載されるような二本鎖分子である。

0102

他の態様では、開示は、それが必要な対象における一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は一次移植片機能不全(PGD)から選択されるが、これらに限定されない移植後(たとえば、肺移植の後)合併症の発生又は重症度を治療する又は防ぐ方法に関するものであり、その際、合併症は表A1で示される遺伝子から選択される遺伝子の発現に関連する。そのような方法には、そのような治療を必要とする哺乳類に予防上又は治療上有効な量の本明細書で開示される1以上の二本鎖分子を投与して少なくとも1つのそのような遺伝子の発現又は活性を阻害する又は低下させることが関与する。他の態様では、開示は、それを必要とする対象において急性又は慢性の炎症を抑える方法に関するものであり、その際、炎症は表A1で示される遺伝子から選択される遺伝子の発現に関連する。そのような方法には、そのような治療を必要とする哺乳類に予防上又は治療上有効な量の本明細書で開示される1以上の二本鎖分子を投与して少なくとも1つのそのような遺伝子の発現又は活性を阻害する又は低下させることが関与する。

0103

一部の実施形態では、臓器移植のレシピエント(たとえば、肺移植のレシピエント)にて移植後の合併症が存在し、標的遺伝子は、配列番号1〜12で示されるmRNAのポリヌクレオチド配列を有するTLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPから選択される。TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPの発現を阻害するためにdsRNAを調製するのに有用なセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドの対は、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)又は好ましくは以下の表1〜5で示されるオリゴヌクレオチドの対で示される。

0104

ここに記載される方法、物質及び例は、説明に役立つのみであって、限定を意図するものではない;本明細書で記載されるものに類似する又は同等である物質及び方法を本発明の実践又は試験で使用することができる。本発明の他の特徴及び利点は、以下の詳細な説明及びクレームから明らかとなるであろう。

0105

本開示は、本明細書における種々の実施形態で開示される特徴の組み合わせの適用及び変異のいずれか及びすべてを網羅するように意図される。特定の実施形態が本明細書で説明され、記載されるが、本発明は同一目的を達成するこれら実施形態の特徴の任意の配置を包含することが十分に理解されるべきである。本明細書で具体的に述べられない実施形態を形成する上記特徴の組み合わせは本記載を見直す際、当業者に明らかであろう。

0106

本発明は一般に、移植後(たとえば、肺移植後)合併症に関連する特定の標的遺伝子の発現を下方調節する化合物及びそのような移植後合併症に関連する疾患又は障害に罹っている対象を治療することにおけるその使用に関する。TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPから選択される標的遺伝子の1以上の発現の阻害は今や、臓器移植、たとえば、肺移植の有害効果;さらに具体的には、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は一次移植片機能不全(PGD)から選択されるが、これらに限定されない移植後(たとえば、肺移植後)合併症に苦しむ対象を治療するのに有益であることが示される。本発明は特に、TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPの発現を阻害する干渉RNA(siRNA)化合物のような小分子の二本鎖RNA分子及び特定の疾患及び障害の治療におけるこれらsiRNA化合物の使用に関する。dsRNA化合物の調製で有用な好まれるセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドは、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)にて示される。

0107

配列番号1〜12のいずれか1つで示されるmRNAを有する標的遺伝子を阻害するための化合物、組成物及び方法が本明細書で詳細に議論され、前記化合物及び/又は組成物のいずれかが移植後に遭遇する移植後(たとえば、肺移植後)合併症に苦しむ患者の治療に有益に採用される。

0108

本明細書で提供されるのは、TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAP遺伝子から選択される標的遺伝子の生体内での発現を阻害するための組成物及び方法である。一般に、方法は、配列番号:1(TLR2のmRNA);配列番号:2〜4(TLR4のmRNA),配列番号:5〜9(MYD88のmRNA),配列番号:10(TICAM1のmRNA)又は配列番号:11〜12(TIRAPのmRNA)から選択されるmRNAを標的とする小分子干渉RNA(すなわち、siRNA)を含むdsRNA化合物のようなオリゴヌクレオチドを投与することを含む。

0109

化学的に修飾されたdsRNA化合物を対象に送達する方法が本明細書で詳細に議論され、前記分子及び/又は組成物が本明細書で開示される疾患及び障害で苦しんでいる対象の治療で有益に採用され得る。治療は完全であってもよいし、又は部分的であってもよく、当業者によって容易に決定され得る。

0110

本明細書で開示される化合物は未修飾のdsRNA化合物と比べると活性を高め、安定性を高め、毒性をできるだけ抑え、オフターゲット効果を低下させ、及び/又は免疫応答を低下させる構造及び修飾を持ち、本明細書で開示されるdsRNAの新規の修飾は、特に本明細書で議論される標的遺伝子における標的遺伝子の発現を妨げる又は減衰させるのに有用な二本鎖オリゴヌクレオチド配列に有益に適用される。

0111

本明細書で開示される標的遺伝子の詳細を以下の表A1にて提示する。

0112

0113

表A1は、本明細書で開示されるようなオリゴヌクレオチド阻害剤が指向するヒトmRNAの例となるポリヌクレオチド配列についてのgi(GeneInfo識別子)及び受入番号を提供する。

0114

表A1で示されるmRNAポリヌクレオチドのいずれか1つの阻害は、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、臓器移植(たとえば肺移植)における移植後合併症、たとえば、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は一次移植片機能不全(PGD)を予防する、治療する及び/又は減衰させるのに有用である。

0115

種々の実施形態では、開示されるのは、小分子干渉RNA(siRNA)を含む化学的に修飾されたdsRNA分子及び臓器移植、たとえば、肺移植患者における種々の移植後合併症の予防及び治療におけるdsRNAの使用である。治療される疾患及び状態は、慢性又は急性の無菌性炎症、神経障害性の疼痛、一次移植片不全、虚血性の再潅流傷害、再潅流傷害、再潅流浮腫、同種移植片機能不全、肺再移植応答及び/又は一次移植片機能不全(PGD)に向けられる。

0116

dsRNA化合物を合成するのに有用な好まれるセンス及びアンチセンスのオリゴヌクレオチドのリストは、配列番号:13〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜20606(TIRAPを標的とする)にて提供される。dsRNA化合物の合成に有用な18量体及び19量体のセンスオリゴヌクレオチド及び対応するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトの遺伝子発現を標的とするための最良の配列として所有権のあるアルゴリズムに従ってそのスコアに基づいて優先順位が付けられる。標的遺伝子を阻害する分子、組成物及び方法が本明細書で詳細に議論され、前記分子及び/又は組成物のいずれかが前記移植後合併症に苦しむ患者の治療に有益に採用される。

0117

構造的設計
態様の1つでは、本明細書で提供されるのは、センス鎖とアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であり、その際、少なくとも一方の鎖は、3’末端で共有結合する1、2、3、4又は5の非ヌクレオチド部分を含み、非ヌクレオチド部分はアルキル炭化水素)部分又はその誘導体及びリン酸系部分から選択される。特定の好まれる実施形態では、少なくとも一方の鎖はアンチセンス鎖である。好まれる実施形態では、アンチセンス鎖は、以下で定義されるようなC3−C3;C3−C3−Pi;C3−C3−Ps;idAb−idAbを含む、3’末端で共有結合する2つの非ヌクレオチド部分を含む。

0118

種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、二本鎖核酸分子であり、その際、
(a)核酸分子はセンス鎖とアンチセンス鎖を含み;
(b)核酸分子の各鎖は独立して長さ17〜40ヌクレオチドであり;
(c)アンチセンス鎖の17〜40のヌクレオチド配列は、TLR2をコードするmRNA(たとえば、配列番号:1)、TLR4をコードするmRNA(たとえば、配列番号:2〜4);MYD88をコードするmRNA(たとえば、配列番号:5〜9;TICAM1をコードするmRNA(たとえば、配列番号:10)又はTIRAPをコードするmRNA(たとえば、配列番号:11〜12)から選択されるmRNAの配列に対して相補性であり;且つ
(d)センス鎖の17〜40のヌクレオチド配列は、アンチセンス鎖に対して相補性であり、TLR2をコードするmRNA(たとえば、配列番号:1)、TLR4をコードするmRNA(たとえば、配列番号:2〜4);MYD88をコードするmRNA(たとえば、配列番号:5〜9;TICAM1をコードするmRNA(たとえば、配列番号:10)又はTIRAPをコードするmRNA(たとえば、配列番号:11〜12)から選択されるmRNAの17〜40のヌクレオチド配列を含む。

0119

一部の実施形態では、提供されるのは、構造(A1)を有する二本鎖核酸分子であり:
(A1) 5’ (N)x−Z 3’(アンチセンス鎖)
3’ Z’〜(N’)y−z" 5’(センス鎖)
式中、各N及びN’は、未修飾であってもよく又は修飾されてもよいヌクレオチド又は非定型の部分であり;
式中、(N)x及び(N’)yのそれぞれは、各連続するN又はN’が共有結合によって次のN又はN’に連結されるオリゴヌクレオチドであり;
式中、Z及びZ’の少なくとも一方が存在し、それが存在する鎖の3’末端にて共有結合する非ヌクレオチド部分を含み;
式中、z"は、存在しても非存在であってもよいが、存在するならば、(N’)yの5’末端にて共有結合するキャッピング部分であり;
式中、x及びyのそれぞれは独立して18〜40の間の整数であり;
式中、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して相補性を有し、(N)xの配列は配列番号1〜12のいずれか1つで示される標的RNAにおける連続配列に対して相補性を有する。

0120

一部の実施形態では、各連続するN又はN’を連結する共有結合はホスホジエステル結合である。

0121

一部の実施形態では、x=y=18〜25又は19〜27、たとえば、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27である。一部の実施形態では、x=yであり、x及びyのそれぞれは19、20、21、22、又は23である。一部の実施形態では、x=y=19である。

0122

一部の実施形態では、x=y=19であり、Z又はZ’の一方が存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成る。

0123

一部の実施形態では、x=y=19であり、Z’が存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成る。

0124

一部の実施形態では、x=y=19であり、Zが存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成る。

0125

一部の実施形態では、x=y=19であり、Zが存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成り、Z’が存在し、1つの非ヌクレオチド部分から成る。

0126

追加の実施形態では、x=y=19であり、Z及びZ’が存在し、それぞれ独立して2つの非ヌクレオチド部分を含む。

0127

一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は、DNA部分又はアンチセンス鎖の1位(5’末端)にて標的に対するミスマッチを含む。そのような構造が本明細書で記載される。一実施形態によれば、提供されるのは以下で示される構造(A2)を有する二本鎖核酸分子である:
(A2)5’ N1−(N)x−Z 3’(アンチセンス鎖)
3’ Z’−N2−(N’)y−z" 5’(センス鎖)
式中、各N2、N及びN’は未修飾の又は修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分であり;
式中、(N)x及び(N’)yのそれぞれは、各連続するN又はN’が共有結合によって隣接するN又はN’に連結するオリゴヌクレオチドであり;
式中、x及びyのそれぞれは独立して17〜39の間の整数であり;
式中、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して相補性を有し、(N)xは配列番号1〜12で示される標的RNAにおける連続配列に対して相補性を有し;
式中、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対してミスマッチがあり、又は標的RNAに対して相補性のDNA部分であり;
式中、N1は、天然の又は修飾されたウリジン、デオキシリボウリジン、リボチミジン、デオキシリボチミジン、アデノシン及びデオキシアデノシンから成る群から選択される部分であり;
式中、z"は存在してもしなくてもよいが、存在するのであれば、N2−(N’)yの5’末端にて共有結合されるキャッピング部分であり;
式中、Z又はZ’の少なくとも一方が存在し、それが存在する鎖の3’末端にて共有結合される非ヌクレオチド部分を含む。

0128

一部の実施形態では、x=y=17〜24又は18〜23である。好まれる実施形態では、x=y=18である。

0129

一部の実施形態では、x=y=18であり、Z’が存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成る。

0130

好まれる実施形態では、x=y=18であり、Zが存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成る。

0131

好まれる実施形態では、x=y=18であり、Zが存在し、2つの非ヌクレオチド部分から成り;且つZ’が存在し、1つの非ヌクレオチド部分から成る。

0132

追加のx=y=18であり、Z及びZ’が存在し、それぞれ独立して2つの非ヌクレオチド部分を含む。

0133

一部の実施形態では、(N’)yの配列は(N)xの配列に対して完全に相補性である。種々の実施形態では、N2−(N’)yの配列はN1−(N)xの配列に対して相補性である。一部の実施形態では、(N)xは標的RNAにおける約17〜約39の連続するヌクレオチドに対して完全に相補性であるアンチセンスを含む。他の実施形態では、(N)xは標的RNAにおける約17〜約39の連続するヌクレオチドに対して実質的に相補性であるアンチセンスを含む。

0134

一部の実施形態では、N1及びN2はワトソン/クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、N1及びN2は非ワトソン/クリックの塩基対を形成する。一部の実施形態では、塩基対はリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの間で形成される。

0135

一部の実施形態では、x=y=18、x=y=19又はx=y=20である。好まれる実施形態では、x=y=18である。N1−(N)xにてxが18である場合、N1は1位を指し、2〜19位は(N)18に含められる。N2−(N’)yにてxが18である場合、N2は19位を指し、1〜18位は(N’)18に含められる。

0136

一部の実施形態では、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対してミスマッチがある。種々の実施形態では、N1は(N)xに共有結合し、標的RNAに対して相補性であるDNA部分である。

0137

一部の実施形態では、アンチセンス鎖の1位におけるウリジンはアデノシン、デオキシアデノシン、デオキシウリジン(dU)、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるN1によって置換される。種々の実施形態では、N1はアデノシン、デオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。

0138

一部の実施形態では、アンチセンス鎖の1位におけるグアノシンはアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるN1によって置換される。種々の実施形態では、N1はアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。

0139

一部の実施形態では、アンチセンス鎖の1位におけるシチジンはアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるN1によって置換される。種々の実施形態では、N1はアデノシン、デオキシアデノシン、ウリジン又はデオキシウリジンから選択される。

0140

一部の実施形態では、アンチセンス鎖の1位におけるアデノシンは、デオキシアデノシン、デオキシウリジン、リボチミジン又はデオキシチミジンから選択されるN1によって置換される。種々の実施形態では、N1は、デオキシアデノシン又はデオキシウリジンから選択される。

0141

一部の実施形態では、N1及びN2はウリジン又はデオキシウリジンとアデノシン又はデオキシアデノシンとの間で塩基対を形成する。他の実施形態では、N1及びN2はデオキシウリジンとアデノシンとの間で塩基対を形成する。

0142

一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は、たとえば、siRNA、siNA、又はmiRNAのような二本鎖RNAである。本明細書で提供されるような二本鎖核酸分子は「二本鎖」とも呼ばれる。

0143

特定の好まれる実施形態では、x=y=18である。一部の実施形態では、N1及びN2はワトソン/クリック型の塩基対を形成する。他の実施形態では、N1及びN2は非ワトソン/クリック型の塩基対を形成する。特定の実施形態では、N1はリボアデノシン、修飾されたリボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾されたデオキシリボアデノシンから成る群から選択される。他の施形態では、N1はリボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾されたリボウリジン、修飾されたデオキシリボウリジンから成る群から選択される。

0144

特定の実施形態では、アンチセンス鎖の1位(5’末端)はデオキシリボウリジン(dU)又はアデノシンを含む。一部の実施形態では、N1はリボアデノシン、修飾されたリボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾されたデオキシリボアデノシンから成る群から選択され、N2はリボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾されたリボウリジン、修飾されたデオキシリボウリジンから成る群から選択される。特定の実施形態では、N1はリボアデノシン及び修飾されたリボアデノシンから成る群から選択され、N2はリボウリジン及び修飾されたリボウリジンから成る群から選択される。

0145

特定の実施形態では、N1はリボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾されたリボウリジン、修飾されたデオキシリボウリジンから成る群から選択され、N2はリボアデノシン、修飾されたリボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾されたデオキシリボアデノシンから成る群から選択される。特定の実施形態では、N1はリボウリジン及びデオキシリボウリジンから成る群から選択され、N2はリボアデノシン及び修飾されたリボアデノシンから成る群から選択される。特定の実施形態では、N1はリボウリジンであり、N2はリボアデノシンである。特定の実施形態では、N1はデオキシリボウリジンであり、N2はリボアデノシンである。

0146

構造(A2)の一部の実施形態では、N1は2’−OMe糖修飾されたリボウラシル又は2’−OMe糖修飾されたリボアデノシンを含む。N1は2’フルオロ及び2’アミノ糖修飾されたリボウラシル又は2’フルオロ及び2’アミノ糖修飾されたリボアデノシンを含む。構造(A2)の特定の実施形態では、N2は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドを含む。

0147

構造(A2)の一部の実施形態では、N1は2’−OMe糖修飾されたリボウラシル又は2’−OMe糖修飾されたリボシトシンを含む。構造(A2)の特定の実施形態では、N2は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。

0148

以下の表、表A2はN1及び相当するN2の非限定例を提供する。

0149

0150

一部の実施形態では、N及びN’のそれぞれは未修飾のヌクレオチドである。一部の実施形態では、N及びN’の少なくとも一方は化学的に修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分である。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチド、脱塩基リボース部分及び脱塩基デオキシリボース部分から選択される。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチド、好ましくはL−DNA部分である。一部の実施形態では、N及びN’の少なくとも一方は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドである。

0151

一部の実施形態では、(N’)yの配列は(N)xの配列に完全に相補性である。他の実施形態では、(N’)yの配列は(N)xの配列に実質的に相補性である。

0152

一部の実施形態では、(N)xは標的RNAの約17〜約39の連続するヌクレオチドに対して完全に相補性であるアンチセンス配列を含む。他の実施形態では、(N)xは標的RNAの約17〜約39の連続するヌクレオチドに対して実質的に相補性であるアンチセンス配列を含む。

0153

一部の実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は、たとえば、siRNA、siNA又はmiRNAのようなdsRNAである。

0154

構造A1及びA2の一部の実施形態では、Zが存在し、Z’は存在しない。他の実施形態では、Z’が存在し、Zは存在しない。追加の実施形態では、Z及びZ’双方が存在する。一部の実施形態では、Z及びZ’が存在し、同一である。さらなる実施形態では、Z及びZ’が存在し、異なる。一部の実施形態では、Z及びZ’は独立して2、3、4又は5の非ヌクレオチド部分又は2、3、4又は5の非ヌクレオチド部分とヌクレオチドの組み合わせである。一部の実施形態では、Z及びZ’のそれぞれは、ホスホジエステル結合を介してdsRNAの3’末端に共有結合する2つの非ヌクレオチド部分から成る。

0155

非ヌクレオチド部分は、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はその誘導体、及び無機リン酸から成る群から選択される。一部の実施形態では、非ヌクレオチド部分はアルキル部分又はその誘導体である。一部の実施形態では、アルキル部分はアルコール末端アミン末端リン酸及び末端ホスホロチオエート部分から成る群から選択される末端官能基を含む。

0156

一部の実施形態では、Zは存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分又はその誘導体、及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Zは存在し、2つのアルキル部分又はその誘導体から成る。

0157

追加の実施形態では、Z’は存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分、及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Z’は存在し、1以上のアルキル部分又はその誘導体から成る。

0158

一部の実施形態では、Zは存在し、2つのアルキル部分又はその誘導体から成り、Z’は存在し、単一のアルキル部分又はその誘導体から成る。

0159

一部の実施形態では、Z及びZ’のそれぞれは、脱塩基部分、たとえば、デオキシリボ脱塩基部分(本明細書ではdAbとも呼ぶ)又はリボ脱塩基部分(本明細書ではrAbとも呼ぶ)を含む。一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれは、2つの共有結合した脱塩基部分を含み、たとえば、5’>3’dAb−dAb又はrAb−rAb又はdAb−rAb又はrAb−dAbである。各部分は共有結合、好ましくはホスホ系の結合を介して隣接部分と共有結合する。一部の実施形態では、ホスホ系の結合はホスホロチオエート結合、ホスホロアセテート結合又はホスホジエステル結合である。

0160

一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれは独立してC2、C3、C4、C5又はC6のアルキル部分、任意でC3[プロパン、−(CH2)3−]部分又はその誘導体、たとえば、プロパノール(C3−OH)、プロパンジオール、又はプロパンジオールのホスホジエステル誘導体(「C3Pi」)を含む。好まれる実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれは2つの炭化水素部分を含み、一例ではC3−C3である。各C3は共有結合、好ましくはホスホ系の結合を介して隣接C3と共有結合する。一部の実施形態では、ホスホ系の結合はホスホロチオエート結合、ホスホロアセテート結合又はホスホジエステル結合である。

0161

一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれは独立してプロパノール、リン酸プロピル、プロピルホスホロチオエート、それらの組み合わせ又はそれらの複数から選択される。

0162

非限定の例となる非ヌクレオチド部分を以下の図に示す。

0163

構造A1及び構造A2の一部の実施形態では、Z又はZ’の少なくとも一方が存在し、それが存在する鎖に共有結合する少なくとも2つの非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Z又はZ’のそれぞれは独立してC3アルキル、C3アルコール又はC3エステルの部分を含む。一部の実施形態では、Z’は存在せず、Zが存在し、非ヌクレオチドC3部分を含む。一部の実施形態では、Zは存在せず、Z’が存在し、非ヌクレオチドC3部分を含む。

0164

構造A1及びA2の一部の実施形態では、N及びN’のそれぞれは未修飾のヌクレオチドである。一部の実施形態では、N又はN’の少なくとも一方は化学的に修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分である。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド、脱塩基リボース部分及び脱塩基デオキシリボース部分から選択される。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチド、好ましくはL−DNA部分である。一部の実施形態では、N又はN’の少なくとも一方は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。

0165

一部の実施形態では、(N’)yの配列は(N)xの配列に完全に相補性である。他の実施形態では、(N’)yの配列は(N)xの配列に実質的に相補性である。

0166

他の実施形態では、構造A1又は構造A2の化合物は糖残基にて修飾された少なくとも1つのリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、化合物は糖残基における2’位での修飾を含む。一部の実施形態では、2’位での修飾にはアミノ、フルオロ、アルコキシ又はアルキルの部分の存在が含まれる。特定の実施形態では、2’位での修飾にはアルコキシ部分が含まれる。好まれる実施形態では、アルコキシ部分はメトキシ部分(2’−O−メチル;2’−OMe;2’−OCH3としても知られる)である。一部の実施形態では、核酸化合物は、アンチセンス鎖及びセンス鎖の一方又は双方にて2’−OMe糖修飾された交互のリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、化合物はアンチセンス鎖、(N)x又はN1−(N)xのみにて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、アンチセンス鎖の真ん中のリボヌクレオチド、たとえば、19量体鎖における10位のリボヌクレオチドは修飾されない。種々の実施形態では、核酸化合物は少なくとも5つの交互の2’−OMe糖修飾された及び未修飾のリボヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、構造A1又は構造A2の化合物は、交互の位置にて修飾されたリボヌクレオチドを含み、(N)x又はN1−(N)xの5’及び3’末端での各リボヌクレオチドは糖残基で修飾され、(N)y又はN2−(N)yの5’及び3’末端での各リボヌクレオチドは糖残基で未修飾である。

0167

一部の実施形態では、二本鎖分子は以下の修飾の1以上を含む。
(a)アンチセンス鎖の5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにおけるNは2’,5’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドから選択される;
(b)センス鎖の5’末端から9又は10位の少なくとも1つにおけるN’は2’,5’ヌクレオチド又はシュードウリジンから選択される;
(c)(N’)yの3’末端位置での連続する4、5又は6位におけるN’は2’,5’ヌクレオチドを含む。

0168

一部の実施形態では、二本鎖分子は以下の修飾の組み合わせを含む。
(a)アンチセンス鎖は5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにて2’,5’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドを含み;且つ
(b)センス鎖は5’末端から9又は10位にて2’,5’ヌクレオチド及びシュードウリジンの少なくとも1つを含む。

0169

一部の実施形態では、二本鎖分子は以下の修飾の組み合わせを含む。
(a)アンチセンス鎖は2’,5’ヌクレオチド又は5’末端から5、6、7、8又は9位の少なくとも1つにてミラーヌクレオチドを含み;且つ
(c)センス鎖は3’末端から2番目又は3’末端の位置にて4、5又は6の連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。

0170

一部の実施形態では、センス鎖[(N)x又はN1−(N)x]は1、2、3、4、5、6、7、8、又は9の2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖は、2、4、6、8、11、13、15、17及び19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アンチセンス鎖は1、3、5、7、9、11、13、15、17及び19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アンチセンス鎖は3、5、7、9、11、13、15、17及び19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖は1以上の2’−OMe糖修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖におけるピリミジンヌクレオチドはすべて2’−OMe糖修飾される。一部の実施形態では、センス鎖は2’−OMe糖修飾されたピリミジンを含む。

0171

構造A1及び構造A2の一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は独立して3’末端及び5’末端にてリン酸化される又はリン酸化されない。構造A1及び構造A2の一部の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は3’及び5’の末端にてリン酸化されない。他の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は3’末端にてリン酸化される。

0172

構造A1及び構造A2の一部の実施形態では、(N)yはミラーヌクレオチド、2’,5’ヌクレオチド及びTNAから選択される少なくとも1つの非定型の部分を含む。一部の実施形態では、非定型の部分はミラーヌクレオチドである。種々の実施形態では、ミラーヌクレオチドはL−リボヌクレオチド(L−RNA)及びL−デオキシリボヌクレオチド(L−DNA)から選択される。好まれる実施形態では、ミラーヌクレオチドはL−DNAである。特定の実施形態では、センス鎖は(5’末端から)9又は10位にて非定型の部分を含む。好まれる実施形態では、センス鎖は(5’末端から)9位にて非定型の部分を含む。一部の実施形態では、センス鎖は長さ19ヌクレオチドであり、(5’末端から)15位にて4、5又は6の連続する非定型の部分を含む。一部の実施形態では、センス鎖は15、16、17及び18位にて4の連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、センス鎖は15、16、17、18及び19位にて5の連続する2’,5’ヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、センス鎖はさらにZ’を含む。一部の実施形態では、Z’はC3OH部分又はC3Pi部分を含む。

0173

構造A1の一部の実施形態では、(N’)yは少なくとも1つのL−DNAを含む。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは1〜17及び19位における未修飾のリボヌクレオチド及び3’末端の2番目の位置(18位)における1つのL−DNAから成る。他の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは1〜16及び19位における未修飾のリボヌクレオチド及び3’末端の2番目の位置(17及び18位)における2つのL−DNAから成る。種々の実施形態では、非定型の部分は2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドである。種々の実施形態によれば、(N’)yは2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって連結される3’末端での2、3、4、5又は6の連続するリボヌクレオチドを含む。一実施形態では、(N’)yの3’末端における4つの連続するヌクレオチドは3つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され、その際、2’,5’ホスホジエステル結合を形成する2’,5’ヌクレオチドの1以上が3’−O−メチル(3’OMe)糖修飾をさらに含む。好ましくは、(N’)yの3’末端のヌクレオチドは2’−OMe糖修飾を含む。特定の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、15、16、17、18及び19位にて2以上の連続するヌクレオチドを含み、2’,5’ヌクレオチド間結合(2’,5’ヌクレオチド)によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、2’,5’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは3’デオキシリボースヌクレオチド又は3’メトキシヌクレオチド(3’OHの代わりに3’H又は3’OMe)を含む。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、15〜16、16〜17及び17〜18位の間で隣接するヌクレオチドが2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結されるように15、16及び17位にて、又は15〜16、16〜17、17〜18及び18〜19位の間で隣接するヌクレオチドが2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結されるように15、16、17、18及び19位にて2’,5’ヌクレオチドを含み、16〜17、17〜18及び18〜19位の間で隣接するヌクレオチドが2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結されるように3’OHが、3’末端ヌクレオチドにて又は16、17及び18位にて利用可能である。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、それぞれ、16〜17及び17〜18位間で又は17〜18及び18〜19位間で又は15〜16及び17〜18位間で2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドが連結されるように、16及び17位又は17及び18位又は15及び17位にて2’,5’ヌクレオチドを含む。他の実施形態では、(N’)yにおけるピリミジンリボヌクレオチド(rU、rC)は2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドで置換される。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、4つの2’,5’結合、特にヌクレオチド位置15〜16、16〜17、17〜18及び18〜19の間での結合によって連結される3’末端における5つの連続するヌクレオチドを含む。

0174

一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、4つの2’5’結合によって連結される3’末端における5つの連続するヌクレオチドを含み、任意でさらに、逆位脱塩基部分及びC3アルキル[C3;1,3−プロパンジオールモノリン酸二水素)]キャップから独立して選択されるZ’及びz’を含む。一部の実施形態では、C3アルキルキャップは3’又は5’末端のヌクレオチドに共有結合する。一部の実施形態では、3’のC3末端キャップはさらに3’リン酸を含む。一部の実施形態では、3’のC3末端キャップはさらに3’末端ヒドロキシル基を含む。

0175

一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、18位にてL−DNAを含み;(N’)yは任意でさらに逆位脱塩基部分及びC3アルキル[C3;1,3−プロパンジオールモノ(リン酸二水素)]キャップから独立して選択されるZ’及びz’を含む。

0176

一部の実施形態では、(N’)yは、3’末端のリン酸を含む(すなわち、3’末端でリン酸化される)。一部の実施形態では、(N’)yは、3’末端のヒドロキシルを含む。

0177

一部の実施形態では、x=y=19であり、(N)xは1、3、5、7、9、11、13、15、17、19位又は2、4、6、8、11、13、15、17、19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N)xは2’−OMe糖修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、(N)xにおけるピリミジンはすべて2’−OMe糖修飾を含む。

0178

構造A2の一部の実施形態では、x=y=18であり、N2はリボアデノシン部分である。一部の実施形態では、x=y=18であり、N2−(N’)yは、4つの2’,5’結合、特にヌクレオチド位置15〜16、16〜17、17〜18及び18〜19の間での結合によって連結される3’末端における5つの連続するヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、結合はホスホジエステル結合を含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、N2−(N’)yは、4つの2’,5’結合によって連結される3’末端における5つの連続するヌクレオチドを含み、任意でさらに逆位脱塩基部分及びC3アルキル[C3;1,3−プロパンジオールモノ(リン酸二水素)]キャップから独立して選択されるZ’及びz’を含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、N2−(N’)yは、18位にてL−DNAを含み、任意でさらに逆位脱塩基部分及びC3アルキル[C3;1,3−プロパンジオールモノ(リン酸二水素)]キャップから独立して選択されるZ’及びz’を含む。一部の実施形態では、(N’)yは、3’末端のリン酸を含む。一部の実施形態では、N2−(N’)yは、3’末端のヒドロキシルを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、N1−(N)xは、1、3、5、7、9、11、13、15、17、19位又は1、3、5、9、11、13、15、17、19位又は3、5、9、11、13、15、17位又は2、4、6、8、11、13、15、17、19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、N1−(N)xは、(5’末端から)11、13、15、17及び19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、N1−(N)xは、1、3、5、7、9、11、13、15、17、19位又は3、5、7、9、11、13、15、17、19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、N1−(N)xは、2、4、6、8、11、13、15、17、19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。

0179

一部の実施形態では、x=y=18であり、N1−(N)xは、2’−OMe糖修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、(N)xにおけるピリミジンはすべて2’−OMe糖修飾を含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖はさらに、5、6又は7位(5’>3’)にてL−DNA又は2’,5’ヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アンチセンス鎖はさらに、5〜6位又は6〜7位(5’>3’)におけるリボヌクレオチド間で2’,5’ヌクレオチド間結合を生成するリボヌクレオチドを含む。

0180

追加の実施形態では、N1−(N)xはさらに、非ヌクレオチドのオーバーハングからなるZを含む。一部の実施形態では、非ヌクレオチドのオーバーハングはC3−C3[1,3−プロパンジオールモノ(リン酸二水素]2である。

0181

構造A2の一部の実施形態では、(N)yは少なくとも1つのL−DNAを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、(N’)yは、1〜16及び18位における未修飾のリボヌクレオチドと3’末端の2番目の位置(17位)におけるL−DNAから成る。他の実施形態では、x=y=18であり、(N’)yは、1〜15及び18位における未修飾のリボヌクレオチドと3’末端の2番目の位置(16及び17位)における2つの連続するL−DNAから成る。種々の実施形態では、非定型の部分は、2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドである。種々の実施形態によれば、(N’)yは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結される3’末端における2、3、4、5又は6の連続するリボヌクレオチドを含む。一実施形態では、(N’)yの3’末端での4つの連続するヌクレオチドが2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され、その際、2’,5’ホスホジエステル結合を形成する2’,5’ヌクレオチドの1以上がさらに3’−O〜メチル(3’OMe)糖修飾を含む。好ましくは、(N’)yの3’末端のヌクレオチドは2’−OMe糖修飾を含む。特定の実施形態では、x=y=18であり、(N’)yにおいて14、15、16、17及び18位における2以上の連続するヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、2’,5’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは3’デオキシリボースヌクレオチド又は3’メトキシヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、(N’)yは、15〜16、16〜17及び17〜18位の間にて又は16〜17及び17〜18位の間にて2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=18であり、(N’)yは、14〜15、15〜16、16〜17及び17〜18位の間で、又は15〜16、16〜17及び17〜18位の間で、又は16〜17及び17〜18位の間で、又は17〜18位の間で、又は15〜16及び17〜18位の間で2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。他の実施形態では、(N’)yにおけるピリミジンリボヌクレオチド(rU、rC)は2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドで置換される。

0182

構造A1及び構造A2の一部の実施形態では、各Nは未修飾のリボヌクレオチドから成る。構造A1及び構造A2の一部の実施形態では、各N’は未修飾のリボヌクレオチドから成る。好まれる実施形態では、N及びN’の少なくとも1つは修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分である。

0183

他の実施形態では、構造A1又は構造A2の分子は、糖残基で修飾された少なくとも1つのリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、化合物は糖残基の2’位における修飾を含む。一部の実施形態では、2’位における修飾にはアミノ、フルオロ、アルコキシ又はアルキル部分の存在が含まれる。特定の実施形態では、2’の修飾にはアルコキシ部分が含まれる。好まれる実施形態では、アルコキシ部分はメトキシ部分(2’−O−メチル;2’−OMe;2’−OCH3としても知られる)である。一部の実施形態では、核酸化合物はアンチセンス鎖及びセンス鎖の一方又は双方で2’−OMe糖修飾された交互のリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、化合物は、アンチセンス鎖、(N)x又はN1−(N)xにて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、アンチセンス鎖の真ん中のリボヌクレオチド、たとえば、19量体鎖における10位のリボヌクレオチドは修飾されない。種々の実施形態では、核酸化合物は少なくとも5つの交互の2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドを含む。

0184

追加の実施形態では、構造A1又は構造A2の化合物は、交互の位置で未修飾のリボヌクレオチドを含み、その際、(N)x又はN1−(N)xの5’及び3’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾され、(N’)y又はN2−(N’)yの5’及び3’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾されない。

0185

一部の実施形態では、(N)x又はN1−(N)xは2、4、6、8、11、13、15、17及び19位にて2’−OMeで修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、(N)x(N)x又はN1−(N)xは1、3、5、7、9、11、13、15、17及び19位にて2’−OMeで修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)x又はN1−(N)xは2’−OMeで修飾されたピリミジンを含む。一部の実施形態では、(N)x又はN1−(N)xにおけるピリミジンヌクレオチドはすべて2’−OMeで修飾される。一部の実施形態では、(N)y又はN2−(N)yは2’−OMeで修飾されたピリミジンを含む。追加の実施形態では、構造A1又は構造A2の化合物は交互の位置で修飾されたリボヌクレオチドを含み、その際、(N)x又はN1−(N)xの5’及び3’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾され、(N’)y又はN2−(N’)yの5’及び3’末端の各リボヌクレオチドはその糖残基で修飾されない。

0186

本明細書で開示される核酸分子は、たとえば、Z及びz"が存在しない場合又はZ’が存在しない場合、一方の末端で平滑末端を有する。核酸分子は、センス鎖又はアンチセンス鎖のいずれかに沿ってどの位置に位置してもよい修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分によって修飾され得る。核酸分子は、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15の修飾されたヌクレオチドを含み得る。核酸分子は、約1、2、3、4、5、6、7又は8の非定型の部分を含み得る。核酸分子は、約1、2、3、4、5、6、7又は8の、好ましくは1、2、3又は4の隣接する修飾されたヌクレオチド又は非定型の部分の群を含み得る。修飾された核酸は、センス鎖のみ、アンチセンス鎖のみ、又はセンス鎖とアンチセンス鎖の双方に存在し得る。一部の実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、2’−O−メチルで修飾されたヌクレオチド、2’−デオキシフルオロで修飾されたヌクレオチド、2’−アミノで修飾されたヌクレオチドを含む2’−糖修飾されたヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド(すなわち、L−DNA又はL−RNA)又は2’,5’結合を形成することができるヌクレオチド(2’5’ヌクレオチド)を含む。

0187

本明細書で使用されるとき、用語「二本鎖領域」は、2つの相補性又は実質的に相補性のオリゴヌクレオチドが、通常ワトソン/クリック型塩基対によって又は二本鎖形成を可能にする任意の他の様式によって互いに塩基対を形成する二本鎖分子における領域を指す。たとえば、19ヌクレオチド単位を有するオリゴヌクレオチド鎖は19ヌクレオチド単位の相補性のオリゴヌクレオチドによって塩基対になることができ、又は「二本鎖領域」が15、16、17若しくは18の塩基対から成るように各鎖における15、16、17若しくは18の塩基によって塩基対になることができる。残りの塩基対は、たとえば、5’及び3’のオーバーハングとして存在し得る。さらに、二本鎖領域の範囲内で、100%の相補性が求められることはなく、実質的な相補性が二本鎖領域の範囲内で許される。オーバーハング領域はヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分から成る。本明細書で開示されるとき、少なくとも1つのオーバーハング領域は1以上の非ヌクレオチド部分から成る。

0188

一般的な非限定の核酸分子パターンを以下に示すが、その際、N’=二本鎖領域におけるセンス鎖ヌクレオチド;z"=センス鎖の5’末端で共有結合する5’キャッピング部分;C3=3炭素非ヌクレオチド部分;N=二本鎖領域におけるアンチセンス鎖ヌクレオチド;idB=逆位脱塩基デオキシリボヌクレオチド非ヌクレオチド部分である。各N、N’は独立して修飾され、又は未修飾であり、又は非定型の部分である。センス鎖及びアンチセンス鎖はそれぞれ独立して長さ18〜40のヌクレオチドである。以下で提供する例は19ヌクレオチドの二本鎖領域を有するが、本明細書で開示される核酸分子は18〜40ヌクレオチドの間のいずれかで二本鎖領域を有することができ、その際、各鎖は独立して長さ18〜40の間のヌクレオチドである。各二本鎖でアンチセンス鎖(N)xを上に示す。構造A1に従ってdsRNAを生成するのに有用な好まれる19量体のセンス配列及びアンチセンス配列は、配列番号:13〜3060(TLR2を標的とする)、配列番号:5847〜8612(TLR4を標的とする)、配列番号:12145〜13924(MYD88を標的とする)、配列番号:16333〜16882(TICAM1を標的とする)及び配列番号:18243〜19046(TIRAPを標的とする)に示される。構造A2に従ってdsRNAを生成するのに有用な好まれる18量体のセンス配列及びアンチセンス配列は、配列番号:3061〜5846(TLR2を標的とする)、配列番号:8613〜12144(TLR4を標的とする)、配列番号:13925〜16332(MYD88を標的とする)、配列番号:16883〜18242(TICAM1を標的とする)及び配列番号:19047〜20606(TIRAPを標的とする)に示される。dsNAを生成するのに有用な特定の好まれるオリゴヌクレオチド対は表1〜5に示される。

0189

一部の実施形態では、二本鎖核酸分子は以下の構造を有し、その際、各N又はN’は未修飾のリボヌクレオチド、修飾されたリボヌクレオチド又は非定型の部分を含む。
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ PiC3−PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ PiC3−PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−aB−aB
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−aB−aB
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−idB−idB
3’ aB〜aB〜N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−aB−aB
3’ aB〜aB〜N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Pi
3’ aB〜aB〜N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ PiC3−PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ PiC3−PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Ps
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Ps
3’ N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Ps
3’ OHC3−PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3Ps
3’ OHC3−PiC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"

0190

一部の好まれる実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は以下の構造を有する。
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ iPC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
式中、N及びN’は独立して、修飾されてもよく、未修飾であってもよいリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり;
式中、各Nは共有結合によって隣接Nに連結され;
式中、各N’は共有結合によって隣接N’に連結され;
式中、z"はセンス鎖の5’末端に共有結合するキャッピング部分である。

0191

用語「aB」は、リボ脱塩基部分又はデオキシリボ脱塩基部分又は逆位リボ脱塩基部分又は逆位デオキシリボ脱塩基部分であることができる脱塩基部分を指す。

0192

一部の実施形態では、本明細書で開示される核酸分子はZを含む。他の実施形態では、本明細書で開示される核酸分子はZ’を含む。追加の実施形態では、Z及びZ’の双方が存在する。一部の実施形態では、Z及びZ’は双方が存在し、同一である。さらなる実施形態では、Z及びZ’は双方が存在し、異なる。一部の実施形態では、Z及びZ’は独立して1又は2の非ヌクレオチド部分を含む。一部の実施形態では、Z及びZ’は独立して2の非ヌクレオチド部分を含む。

0193

一部の実施形態では、Zが存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はその誘導体、及び無機リン酸部分から選択される1以上の非ヌクレオチド部分を含む。

0194

追加の実施形態では、Z’が存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、アルキル部分又はその誘導体、及び無機リン酸部分から選択される1以上の非ヌクレオチド部分を含む。

0195

追加の実施形態では、Z及び/又はZ’が存在し、独立して、1以上のヌクレオチド及び本明細書で開示される部分から選択される1以上の非ヌクレオチドの組み合わせを含む。

0196

一部の実施形態では、Z及びZ’のそれぞれは、脱塩基部分、任意でデオキシリボ脱塩基(本明細書では「dAb]と呼ぶ)部分又はリボ脱塩基(本明細書では「rAb]と呼ぶ)部分を含む。一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれはdAb−dAb又はrAb−rAbである。

0197

一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれは独立してアルキル部分、任意でプロパンジオールのホスホジエステル誘導体((CH2)3−Pi、「C3Pi」とも呼ぶ)で修飾された部分を含む。一部の実施形態では、Z及び/又はZ’はC3Pi−C3Piである。特定の実施形態では、x=y=19であり、Zは2つのプロパンジオール誘導体C3−C3(すなわち、C3−Pi−C3−Pi)を含む。種々の実施形態では、C3部分はホスホジエステル結合を介してセンス鎖又はアンチセンス鎖の3’末端に共有結合する。

0198

追加の実施形態では、Z及び/又はZ’は、1以上の脱塩基部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は1以上の炭化水素部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は1以上の脱塩基部分と炭化水素部分の組み合わせを含む。そのような実施形態では、Z及び/又はZ’は任意でC3−rAb又はC3−dAbである。

0199

構造A1又はA2に関するさらなる実施形態では、核酸分子はさらにアンチセンス鎖の2、4、6、8、11、13、15、17及び19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、化合物はまたセンス鎖の18位にてL−DNAヌクレオチドも含む。追加の実施形態では、化合物は2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。追加の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yにおける15〜19又は16〜19又は17〜19位におけるヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結される。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yにおける15〜19又は16〜19又は17〜19又は15〜18又は16〜18位におけるヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結される。

0200

特定の実施形態によれば、本明細書で提供されるのは、1以上の修飾されたヌクレオチドをさらに含むsiRNAのようなdsRNA化合物であり、その際、修飾されたヌクレオチドは、糖部分、塩基部分又はヌクレオチド間結合部分にて修飾を持つ。

0201

一部の実施形態では、(N)xは修飾されたリボヌクレオチド及び未修飾のリボヌクレオチドを含み、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xの3’末端におけるNは修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xは3’末端で開始する少なくとも5つの交互の修飾されたリボヌクレオチド及び合計少なくとも9の修飾されたリボヌクレオチドを含み、残りの各Nは未修飾のリボヌクレオチドである。

0202

一部の実施形態では、(N)x及び(N’)yの少なくとも一方が少なくとも1つのミラーヌクレオチドを含む。(N’)yにおける一部の実施形態では、少なくとも1つの非定型の部分が存在し、非定型の部分は、脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、修飾された若しくは未修飾のデオキシリボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチド、又は本明細書で開示される任意の他の非定型の部分であり得る。

0203

一部の実施形態では、非定型の部分はL−DNAミラーヌクレオチドであり;追加の実施形態では、少なくとも1つの非定型の部分が(N’)yにおける15、16、17又は18位に存在する。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド、脱塩基リボース部分、及び脱塩基デオキシリボース部分から選択される。一部の実施形態では、非定型の部分は、ミラーヌクレオチド、好ましくはL−DNA部分である。一部の実施形態では、L−DNA部分は17位、18位、又は17と18位に存在する。

0204

一部の実施形態では、(N)xは9の交互に存在する修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、(N)xは2位にて2’修飾されたヌクレオチドをさらに含む9交互に存在する修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)xは、奇数の1、3、5、7、9、11、13、15、17、19位にて2’−OMe修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、(N)xは2位及び18位の一方又は双方で2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドをさらに含む。さらに他の実施形態では、(N)xは2、4、6、8、11、13、15、17、19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)xにおける少なくとも1つのピリミジンリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾を含む。一部の実施形態では、(N)xにおけるピリミジンリボヌクレオチドはすべて2’−OMe糖修飾を含む。一部の実施形態では、(N)xにおける2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15のピリミジンリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾を含む。

0205

種々の実施形態では、z"が存在し、脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分;C6−アミノ−Pi;ミラーヌクレオチドから選択される。

0206

核酸分子の一実施形態では、(N’)yは、2’,5’ホスホジエステル結合によって連結される、(N’)yの5’及び3’末端のいずれか又は双方にて少なくとも2つのヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、x=y=19であり;(N)xにおいてヌクレオチドは修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe修飾され、(N)xの真ん中に位置するリボヌクレオチドは未修飾であり;(N’)yの3’末端にて3つのヌクレオチドが2つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結される。他の実施形態では、x=y=19であり;(N)xにおいてヌクレオチドは修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe修飾され、(N)xの真ん中に位置するリボヌクレオチドは未修飾であり;(N’)yの5’末端にて4つの連続するヌクレオチドが3つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結される。さらなる実施形態では、(N)yの中央位置に位置する追加のヌクレオチドは2’−OMe修飾されたリボヌクレオチドであり得る。別の実施形態では、(N)xにおいてヌクレオチドは2’−OMe修飾されたリボヌクレオチドと未修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、(N’)yにおいて5’末端の4つの連続するヌクレオチドは3つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され、5’末端のヌクレオチド又は5’末端における2又は3の連続するヌクレオチドは3’−O−Me糖修飾を含む。

0207

構造(A1)の特定の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yにおいて少なくとも1つの位置でのヌクレオチドはミラーヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド及び2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。

0208

構造(A1)の特定の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yはミラーヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、ミラーヌクレオチドはL−DNAヌクレオチドである。特定の実施形態では、L−DNAはL−デオキシリボシチジンである。一部の実施形態では、(N’)yは18位にてL−DNAを含む。他の実施形態では、(N’)yは17位及び18にてL−DNAを含む。特定の実施形態では、(N’)yは2位及び17位と18位の一方又は双方にてL−DNA置換を含む。x=y=21又はx=y=23である構造(A1)の他の実施形態が予想され、これらの実施形態では、15、16、17、18位の代わりに上記で議論された(N’)yのための修飾は、21量体については17、18、19、20位であり、23量体については19、20、21、22であり、同様に、17位と18位の一方又は双方における修飾は、21量体については19位又は20位の一方又は双方であり、23量体については21位及び22位の一方又は双方である。19量体における修飾はすべて同様に21量体及び23量体について調整される。

0209

構造A1又はA2の種々の実施形態によれば、(N’)y又はN2−(N’)yにおける3’末端での2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13又は14の連続するリボヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結される。一実施形態では、(N’)yの3’末端での4つの連続するヌクレオチドは2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され、2’,5’ホスホジエステル結合を形成する2’,5’ヌクレオチドはさらに3’−Oメチル糖修飾を含む。好ましくは、(N’)yの3’末端のヌクレオチドは2’−Oメチル糖修飾を含む。構造(A1)の特定の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yにおいて15、16、17、18、及び19位の2以上の連続するヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接ヌクレオチドに連結されるヌクレオチドを含む。種々の実施形態では、2’,5’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは3’デオキシリボースヌクレオチド又は3’メトキシヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N’)yにおける17位及び18位のヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結される。他の実施形態では、(N’)yにおける16、17、18、16〜17、17〜18、又は16〜18位のヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結される。

0210

特定の実施形態では、(N’)yは、2位にてL−DNA及び16、17、18、16〜17、17〜18、又は16〜18位にて2’,5’ヌクレオチド間結合を含む。特定の実施形態では、(N’)yは、16、17、18、16〜17、17〜18、又は16〜18位における2’,5’ヌクレオチド間結合、及び5’末端のキャップヌクレオチドを含む。

0211

核酸分子の一実施形態では、3’末端のヌクレオチド又は(N’)yの3’末端での2又は3の連続するヌクレオチドはL−デオキシリボヌクレオチドである。

0212

核酸分子の他の実施形態では、(N’)yにおいていずれかの末端での2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13若しくは14の連続するリボヌクレオチド、又は5’及び3’末端のそれぞれでの2〜8の修飾されたヌクレオチドは独立して2’糖修飾されたヌクレオチドである。一部の実施形態では2’糖修飾は、アミノ、フルオロ又はアルキルの部分の存在を含む。特定の実施形態では、2’糖修飾はメトキシ部分(2’−OMe)を含む。

0213

一実施形態では、(N’)yの5’末端における3、4又は5の連続するヌクレオチドは2’−OMe修飾を含む。別の実施形態では(N’)yの3’末端における3つの連続するヌクレオチドは2’−OMe糖修飾を含む。

0214

(N’)y又はN2−(N’)y又はさらなるものにおける構造A1又はA2の一部の実施形態では、いずれかの末端での連続するリボヌクレオチド又は5’及び3’末端のそれぞれにおける2〜8の修飾されたヌクレオチドは独立して二環式ヌクレオチドである。種々の実施形態では、二環式ヌクレオチドはロックされた核酸(LNA)である。2’−O,4’−C−エチレン架橋した核酸(ENA)はLNAの一種である。

0215

種々の実施形態では、(N’)y又はN2−(N’)yは5’末端又は3’及び5’末端の双方で修飾されたヌクレオチドを含む。

0216

構造A1又はA2の一部の実施形態では、(N’)yの3’及び5’末端のいずれか又は双方での少なくとも2つのヌクレオチドはP−エトキシ主鎖修飾によって連結される。(N)xにおける特定の実施形態x=y=19又はx=y=23では、ヌクレオチドは、修飾されたリボヌクレオチドと非修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xの真ん中位置に位置するリボヌクレオチドは修飾されず、(N’)yの3’末端又は5’末端における4つの連続するヌクレオチドはP−エトキシ主鎖修飾によって連結される。別の実施形態では、(N’)yの3’末端又は5’末端における3つの連続するヌクレオチドはP−エトキシ主鎖修飾によって連結される。

0217

(N’)y又はN2−(N’)y以上における構造A1又はA2の一部の実施形態では、5’及び3’末端のそれぞれにおける2、3、4、5、6、7、又は8の連続するリボヌクレオチドは独立してミラーヌクレオチド、2’,5’ホスホジエステル結合によって連結されるヌクレオチド、2’−OMe糖修飾されたヌクレオチド、又は二環式ヌクレオチドである。一実施形態では、(N’)yの5’及び3’末端は同一である。一実施形態では、(N’)yの5’末端における4つの連続するヌクレオチドは3つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され、(N’)yの3’末端における3つの連続するヌクレオチドは2つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結される。別の実施形態では、(N’)yの5’末端における修飾は(N’)yの3’末端における修飾とは異なる。一実施形態では、(N’)yの5’末端における修飾されたヌクレオチドは、ミラーヌクレオチドであり、(N’)yの3’末端における修飾されたヌクレオチドは2’,5’ホスホジエステル結合によって連結される。別の特定の実施形態では、(N’)yの5’末端における3つの連続するヌクレオチドはLNAヌクレオチドであり、(N’)yの3’末端における3つの連続するヌクレオチドは2つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結される。(N)xでは、ヌクレオチドは、修飾されたリボヌクレオチドと非修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xの真ん中に位置するリボヌクレオチドは修飾されず、又は(N)xにおけるリボヌクレオチドは修飾されない。

0218

構造A1の別の実施形態では、本明細書で提供されるのは、x=y=19であり;(N)xでは、ヌクレオチドは、修飾されたリボヌクレオチドと非修飾のリボヌクレオチドの間で交互であり、各修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xの真ん中位置に位置するリボヌクレオチドは修飾されず、(N’)yの3’末端における3つのヌクレオチドは2つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され、(N’)yの5’末端における3つのヌクレオチドはENAのようなLNAであり;且つZ及び/又はZ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分、又は1以上の非ヌクレオチドと1以上のヌクレオチドの組み合わせを含む化合物である。一部の実施形態では、ZはC3Pi−C3Pi、C3Pi−C3OH;C3Pi−rAb;C3Pi−dAb;dAb−dAb及びrAb−rAbから選択される。

0219

別の実施形態では、(N’)y又はN2−(N’)yの5’末端における5つの連続するヌクレオチドは2’−O−メチル糖修飾を含み、(N’)yの3’末端における2つの連続するヌクレオチドはL−DNAである。

0220

N’)y又はN2−(N’)yにおける他の実施形態によれば、5’又は3’末端のヌクレオチド、又はいずれかの末端における2、3、4、5又は6の連続するヌクレオチド又は5’及び3’末端のそれぞれにおける1〜4の修飾されたヌクレオチドは独立して、ホスホノカルボキシレート又はホスフィノカルボキシレートヌクレオチド(PACEヌクレオチド)である。一部の実施形態では、PACEヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドである。N’)y又はN2−(N’)yにおける一部の実施形態では、5’及び3’末端のそれぞれにおける1又は2の連続するヌクレオチドはPACEヌクレオチドである。PACEヌクレオチド及び類似体の例は、双方とも参照によって組み入れられる米国特許第6,693,187号及び同第7,067,641号に開示されている。

0221

構造(A1)の一実施形態では、x=y=19であり、(N)xは、3’末端にて2’,5’ヌクレオチド間結合1つによって2つの連続するヌクレオチドが連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み;(N’)yは5’末端にて2’,5’ヌクレオチド間結合1つによって2つの連続するヌクレオチドが連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み;且つZ及び/又はZ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分、又は1以上の非ヌクレオチドと1以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。Zは、C3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;C3Pi−C3Pi;C3Pi−rAb;C3Pi−dAb;dAb−dAb及びrAb−rAbから選択され、各C3、rAb、dAbはホスホノ系の結合を介して隣接するC3Pi、rAb、dAbに共有結合する。一部の実施形態では、ホスホノ系の結合はホスホジエステル結合又はホスホロチオホスフェート結合である。

0222

一部の実施形態では、x=y=19であり;(N)xは、3’末端における3つの連続するヌクレオチドが2’,5’ホスホジエステル結合によって一緒に連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み;(N’)yは、5’末端における4つの連続するヌクレオチドが2’,5’ホスホジエステル結合によって一緒に連結される非修飾のリボヌクレオチドを含み;且つZ及び/又はZ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分、又は1以上の非ヌクレオチドと1以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態では、ZはC3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;C3Pi−C3Pi;C3Pi−rAb;C3Pi−dAb;dAb−dAb及びrAb−rAbから選択され、各C3Pi、rAb、dAbはホスホノ系の結合を介して隣接するC3Pi、rAb、dAbに共有結合する。一部の実施形態では、ホスホノ系の結合はホスホジエステル結合又はホスホロチオホスフェート結合である。

0223

構造A1又はA2の一実施形態によれば、(N’)y又は(N’)y− N2の5’末端における4つの連続するヌクレオチドはそれぞれ3つの2’,5’ホスホジエステル結合によって連結され;(N’)xの3’末端における3つの連続するヌクレオチドは2つの’,5’ホスホジエステル結合によって連結され;且つZ及びZ’は、独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分、又は1以上の非ヌクレオチドと1以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態では、ZはC3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;C3Pi−C3Pi;C3Pi−rAb;C3Pi−dAb;;C3−dAb;dAb−dAb及びrAb−rAbから選択される。(N’)yの5’末端における3つのヌクレオチド及び(N’)xの3’末端における2つのヌクレオチドは3’−O−Me糖修飾も含み得る。

0224

構造A1又はA2の一実施形態では、(N’)y又は(N’)y−N2の5’末端における5つの連続するヌクレオチドはそれぞれ2’−O−Me糖修飾を含み、(N’)xの3’末端における5つの連続するヌクレオチドは2’−O−Me糖修飾を含む。別の実施形態では、(N’)yの5’末端における10の連続するヌクレオチドは2’−O−Me糖修飾を含み、(N’)xの3’末端における5つの連続するヌクレオチドは2’−O−Me糖修飾を含む。別の実施形態では、(N’)y5’末端における13の連続するヌクレオチドは2’−O−Me糖修飾を含み、(N’)xの3’末端における5つの連続するヌクレオチドは2’−O−Me糖修飾を含み;且つZ及びZ’は、独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分、又は1以上の非ヌクレオチドと1以上のヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態では、Zは選択されたC3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;C3Pi−C3Pi;C3Pi−rAb;C3Pi−dAb;dAb−dAb及びrAb−rAbである。

0225

特定の実施形態では、(N’)y又は(N’)y−N2の5’末端における5つの連続するヌクレオチドは2’−O−Me糖修飾を含み、(N’)yの3’末端における2つの連続するヌクレオチドはL−DNAである。加えて、化合物はさらに(N’)xの3’末端にて5つの連続する2’−Oメチル修飾されたヌクレオチドを含んでもよく、Z及び/又はZ’は独立して、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、炭化水素部分及び無機リン酸から成る群から選択される1以上の非ヌクレオチド部分、又は1以上の非ヌクレオチドと1以上のヌクレオチドの組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、ZはC3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;C3Pi−C3Pi;C3Pi−rAb;C3Pi−dAb;dAb−dAb及びrAb−rAbから選択される。

0226

構造A1又はA2の種々の実施形態では、(N)xにおける修飾されたヌクレオチドは(N’)yにおける修飾されたヌクレオチドとは異なる。たとえば、(N)xにおける修飾されたヌクレオチドは2’糖修飾のヌクレオチドであり、(N’)yにおける修飾されたヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結されたヌクレオチドである。別の例では、(N)xにおける修飾されたヌクレオチドはミラーヌクレオチドであり、(N’)yにおける修飾されたヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結されたヌクレオチドである。別の例では、(N)xにおける修飾されたヌクレオチドは2’,5’ヌクレオチド間結合によって連結されたヌクレオチドであり、(N’)yにおける修飾されたヌクレオチドはミラーヌクレオチドである。

0227

一部の実施形態では、(N’)yは、3’末端にて2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される2、3、4、5、6、7又は8のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N’)yは、3’末端から2番目にて2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される2、3、4、5、6、7又は8のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、3’末端にて2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される2、3、4又は5のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N’)yは、3’末端にて、すなわち、15、16、17、18及び19位(5’>3’)にて2’,5’ヌクレオチド間結合によって隣接するヌクレオチドに連結される5つのヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)xは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)xは2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)xは未修飾のリボヌクレオチドと交互である2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、x=y=19であり、(N)xは(5’>3’)3、5及び11、13、15、17及び19位にて2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、(N)xはさらに6又は7位にてミラーヌクレオチド又は2’,5’ヌクレオチドを含む。

0228

一部の実施形態では、(N)xの配列は、(N’)yの配列に対して相補性を有し;(N’)yの配列は、標的遺伝子によってコードされるmRNAの範囲内での配列に対して同一性を有する。

0229

一部の好まれる実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は以下の構造を有する。
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ iPC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
式中、N及びN’は独立して未修飾でもよい若しくは修飾されてもよいリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり;
式中、各Nは共有結合によって隣接するNに連結され;
式中、各N’は共有結合によって隣接するN’に連結され;
式中、Nの1〜10は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドであり;
式中、5、6、7、8又は9位(5’>3’)のNは2’,5’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドであり;
式中、15〜19位(5’>3’)のN’は2’,5’リボヌクレオチドであり;
式中、z"は、センス鎖の5’末端に共有結合するキャッピング部分である。

0230

一部の好まれる実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は以下の構造を有する。
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ HOC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
又は
5’ N N N N N N N N N N N N N N N N N N N−C3Pi−C3OH
3’ iPC3−N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’N’−z"
式中、N及びN’は独立して未修飾でもよい若しくは修飾されてもよいリボヌクレオチド、又は非定型の部分であり;
式中、各Nは共有結合によって隣接するNに連結され;
式中、各N’は共有結合によって隣接するN’に連結され;
式中、Nの1〜10は2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドであり;
式中、5、6、7、8又は9位(5’>3’)のNは2’,5’ヌクレオチド又はミラーヌクレオチドであり;
式中、N’は1以上の2’−OMe糖修飾されたピリミジンリボヌクレオチドを含み;
式中、9又は10位(5’>3’)のNは2’,5’リボヌクレオチドであり;
式中、z"は、センス鎖の5’末端に共有結合するキャッピング部分である。

0231

構造(A1〜A2)の一部の実施形態では、センス鎖若しくはアンチセンス鎖のいずれか、又はセンス鎖及びアンチセンス鎖の双方が3’末端にて無機リン酸部分を含む。

0232

二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、3’末端でのNは修飾されたリボヌクレオチドであり、(N)xは少なくとも8の修飾されたリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、修飾されたリボヌクレオチドは2’−OMe糖修飾されたリボヌクレオチドを含む。他の実施形態では、少なくとも8の修飾されたリボヌクレオチドのうち少なくとも5つが3’末端にて開始して交互である。

0233

二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、z"が存在し、脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分、逆位脱塩基リボース部分、デオキシリボース部分、C6−アミノ−Pi、ミラーヌクレオチドから選択される。

0234

(N’)yにおける二本鎖核酸分子の一部の実施形態では、少なくとも1つの追加の非定型の部分が存在し、その非定型の部分は、脱塩基リボース部分、脱塩基デオキシリボース部分、修飾された若しくは未修飾のデオキシリボヌクレオチド、ミラーヌクレオチド、非塩基対ヌクレオチド類似体、又は2’,5’ヌクレオチド間リン酸結合によって隣接するヌクレオチドに連結されるヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、(N)xも(N’)yも3’及び5’末端ではリン酸化されない。一部の実施形態では、(N)x及び(N’)yの双方が3’末端でリン酸化される。さらに別の実施形態では、(N)x及び(N’)yのいずれか又は双方が非切断性リン酸基を用いて3’末端にてリン酸化される。さらに別の実施形態では、(N)x及び(N’)yのいずれか又は双方が切断性又は非切断性のリン酸基を用いて末端2’末端位置にてリン酸化される。

0235

上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、Zが存在する。他の実施形態では、Z’が存在する。追加の実施形態では、Z及びZ’の双方が存在する。一部の実施形態では、Z及びZ’双方が存在し、同一である。さらなる実施形態では、Z及びZ’双方が存在し、異なる。一部の実施形態では、Z及びZ’は独立して1、2、3、4又は5の非ヌクレオチド部分又は非ヌクレオチド部分とヌクレオチドの組み合わせである。

0236

一部の実施形態では、Zが存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、(CH2)3のような炭化水素部分、及び無機リン酸部分から選択される1非以上のヌクレオチド部分を含む。

0237

追加の実施形態では、Z’が存在し、脱塩基部分、逆位脱塩基部分、(CH2)3のような炭化水素部分、及び無機リン酸部分から選択される1非以上のヌクレオチド部分を含む。

0238

一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれは1又は2の非ヌクレオチド部分を含み、さらにヌクレオチドを含む。

0239

一部の実施形態では、Z及び/又はZ’は脱塩基部分、任意で、デオキシリボ−脱塩基部分(「dAb」と呼ぶ)又はリボ脱塩基(「rAb」と呼ぶ)部分を含む。一部の実施形態では、Z及び/又はZ’のそれぞれはdAb−dAb又はrAb−rAbである。

0240

一部の実施形態では、Z及び/又はZ’は1以上の炭化水素部分、任意で(CH2)3−Pi(「C3Pi」と呼ぶ)を含む。一部の実施形態では、Z及び/又はZ’はC3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;又はC3Pi−C3Piである。

0241

追加の実施形態では、Z及び/又はZ’は、脱塩基部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は炭化水素修飾部分と未修飾のヌクレオチドの組み合わせ、又は脱塩基部分と炭化水素修飾部分の組み合わせを含む。そのような実施形態では、Z及び/又はZ’は任意でC3Pi−rAbである。特定の実施形態ではZのみが存在し、C3Pi−C3Ps;C3Pi−C3OH;C3Pi−C3Piである。

0242

上述の構造の実施形態では、化合物は、少なくとも1つの非ヌクレオチド部分を含む少なくとも1つの3’オーバーハング(Z及び/又はZ’)を含む。Z及びZ’は独立して1つの非ヌクレオチド部分及び1以上の共有結合した修飾された若しくは未修飾のヌクレオチド又は非定型の部分、たとえば、逆位dT若しくはdA;dT、LNA、ミラーヌクレオチド等を含む。Z及び/又はZ’が存在するsiRNAは、Z及び/又はZ’が存在しない又はZ及び/又はZ’がdTdTであるsiRNAと比べると、改善された活性及び/又は安定性及び/又はオフターゲット活性及び/又は低下した免疫応答を有する。

0243

上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、化合物は、1以上のホスホノカルボキシレート及び/又はホスフィノカルボキシレートヌクレオチド(PACEヌクレオチド)を含む。一部の実施形態では、PACEヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドであり、ホスフィノカルボキシレートヌクレオチドホスフィノアセテートヌクレオチドである。PACEヌクレオチド及び類似体の例は双方とも参照によって本明細書に組み入れられる米国特許第6,693,187号及び同第7,067,641号に開示されている。

0244

上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、化合物は、架橋された核酸又は二環式ヌクレオチドとしても定義される1以上のロックされた核酸(LNA)を含む。例となるロックされた核酸には、2’−O,4’−C〜エチレンヌクレオシド(ENA)又は2’−O,4’−C−メチレンヌクレオシドが挙げられる。LNA及びENAの他の例は、すべて参照によって本明細書に組み入れられるWO98/39352、WO00/47599及びWO99/14226に開示されている。

0245

上述の構造すべてに関する特定の実施形態では、化合物は、1,5−アンヒドロ−2−デオキシ−D−アルトリト−ヘキシトールとしても定義される1以上のアルトリトールを含む(たとえば、すべて参照によって本明細書に組み入れられるAllart, et al., 1998. Nucleosides & Nucleotides 17:1523〜1526; Herdewijn et al., 1999. Nucleosides & Nucleotides 18:1371〜1376; Fisher et al., 2007, NAR 35(4):1064〜1074を参照)。

0246

本発明は、N及び/又はN’のそれぞれがデオキシリボヌクレオチド(dA、dC、dG、dT)である二本鎖化合物を排除する。特定の実施形態では、(N)x及び(N’)yは独立して1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10のデオキシリボヌクレオチドを含み得る。特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、Nのそれぞれが未修飾のリボヌクレオチドであり、(N’)yの3’末端ヌクレオチド又は3’末端における2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10のヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドである化合物である。さらなる実施形態では、(N)xの5’末端のヌクレオチド又は5’末端における2、3、4、5、6、7、8若しくは9の連続するヌクレオチド又は3’末端における1、2、3、4、5若しくは6の連続するヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドであり、N’のそれぞれは未修飾のリボヌクレオチドである。その上さらなる実施形態では、(N)xは、5’及び3’末端のそれぞれで独立して未修飾のリボヌクレオチド及び1又は2、3又は4の連続するデオキシリボヌクレオチド及び内部位置での1又は2、3、4、5又は6の連続するデオキシリボヌクレオチドを含み、N’のそれぞれは未修飾のリボヌクレオチドである。一部の実施形態では、Nの5’末端ヌクレオチド又はNの2若しくは3の連続するもの及びN’の1、2若しくは3はデオキシリボヌクレオチドである。活性のあるDNA/RNAsiRNAキメラの特定の例は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる米国特許公開2005/0004064及びUi−Tei,2008(NAR36(7):2136〜2151)に開示されている。

0247

共有結合は1つのヌクレオチド単量体を隣接するヌクレオチド単量体に連結するヌクレオチド間結合を指す。共有結合には、たとえば、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、P−アルコキシ結合、P−カルボキシ結合等が挙げられる。RNA及びDNAの正常なヌクレオチド間結合は3’から5’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、共有結合はホスホジエステル結合である。共有結合には、とりわけWO2004/041924にて開示されたもののようなリンを含有しないヌクレオチド間結合が包含される。特に指示されない限り、本明細書で議論される構造の実施形態では、各連続するN又はN’の間での共有結合はホスホジエステル結合である。

0248

一部の実施形態では、(N)xのオリゴヌクレオチド配列は(N’)yのオリゴヌクレオチド配列に対して完全に相補性である。他の実施形態では、(N)x及び(N’)yは実質的に相補性である。特定の実施形態では、(N)xは標的mRNAにおける連続する配列に対して完全に相補性である。他の実施形態では、(N)xは標的mRNAにおける連続する配列に対して実質的に相補性である。

0249

定義
便宜上、本明細書、実施例及びクレームで採用される特定の用語を本明細書で説明する。

0250

本明細書で使用されるとき、単数形態「a」、「an」及び「the」は、内容が明瞭に指示さない限り、複数形態を含むことが留意されるべきである。

0251

「阻害剤」は、所望の生物学的な又は生理学的な効果を達成するのに十分な程度まで遺伝子の発現又はそのような遺伝子の産物の活性を(部分的に又は完全に)低減することが可能である化合物である。用語「阻害剤」は本明細書で使用されるとき、二本鎖の核酸阻害剤を指す。

0252

「dsRNA阻害剤」又はdsNA阻害剤は、所望の生物学的な又は生理学的な効果を達成するのに十分な程度まで遺伝子の発現又はそのような遺伝子の産物の活性を低減することが可能である二本鎖の核酸化合物又は分子を指す。用語「siRNA」は本明細書で使用されるとき、siRNA、shRNA、合成shRNA、miRNAの1以上を指す。本明細書で使用されるとき、遺伝子の発現に関して、用語「阻害する」、「下方調節する」又は「低減する」は、1以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニット(たとえば、mRNA)をコードする標的遺伝子の発現若しくはRNA分子若しくは同等のRNA分子のレベル、又は1以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性を、阻害剤(たとえば、核酸分子、たとえば、本明細書で記載されるような構造的特徴を有するdsNA)の非存在下で見られるものを下回って低減すること、たとえば、発現が阻害剤非存在下で見られるものよりも90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、5%未満に低減され得ることを意味する。

0253

本明細書で使用されるとき、標的遺伝子の用語「阻害」は、遺伝子発現(転写又は翻訳)又は標的遺伝子のポリペプチド活性の阻害を意味し、その際、標的遺伝子はTLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAP又はそれらの変異体から成る群から選択される哺乳類の遺伝子である。標的mRNAのポリヌクレオチド配列又はmRNA配列を有する標的遺伝子は、TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPのmRNAに対して好ましくは少なくとも70%の同一性、さらに好ましくは80%の同一性、一層さらに好ましくは90%又は95%の同一性を有するmRNA配列又はその相同配列を指す。従って、TLR2、TLR4、MYD88、TICAM1及びTIRAPから成る群から選択される哺乳類の遺伝子に由来するポリヌクレオチド配列、及び本明細書で記載されるような変異、変更及び修飾を受けたmRNAは、本発明に包含される。用語「mRNAポリヌクレオチド配列」、「mRNA配列」及び「mRNA」は相互交換可能に使用される。

0254

本明細書で使用されるとき、用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は相互交換可能に使用されてもよく、デオキシリボ核酸(DNA)及びリボ核酸(RNA)を含むヌクレオチド配列を指す。用語はまたヌクレオチド類似体から作製されるRNA又はDNAの類似体を同等物として含むように理解されるべきである。本出願の全体を通して、mRNA配列は相当する遺伝子の標的を表すように言及される。用語「mRNAポリヌクレオチド配列」及びmRNAは相互交換可能に使用される。

0255

「オリゴヌクレオチド」又は「オリゴマー」は、約2〜約50ヌクレオチドのデオキシリボヌクレオチド配列又はリボヌクレオチド配列を指す。各DNA又はRNAのヌクレオチドは独立して天然であっても合成であってもよく、及び/又は修飾されてもよく又は未修飾であってもよい。修飾には、オリゴヌクレオチドにおける糖部分、塩基部分への変化及び/又はヌクレオチド間の結合が含まれる。本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドにはデオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたデオキシリボヌクレオチド、修飾されたリボヌクレオチド及びそれらの組み合わせが包含される。本明細書で使用されるとき、用語「非対合ヌクレオチド類似体」は、6デスアミノアデノシン(ネブラリン)、4−Me−インドール、3−ニトピロール、5−ニトロインドール、Ds、Pa、N3−MeリボU、N3−MeリボT、N3−MedC、N3−Me−dT、N1−Me−dG、N1−Me−dA、N3−エチル−dC、N3−MedCを含むが、これらに限定されない非塩基対合部分を含むヌクレオチド類似体を意味する。一部の実施形態では、非塩基対合ヌクレオチド類似体はリボヌクレオチドである。他の実施形態では、それはデオキシリボヌクレオチドである。

0256

本明細書で提供されるのは、生体内での標的遺伝子の発現を阻害する方法及び組成物である。一般に、方法は、RNA干渉のメカニズムによって標的遺伝子の発現を下方調節するのに十分な量で、二本鎖RNA、特に小分子干渉RNA(すなわち、siRNA)又は細胞にてsiRNAを生成する核酸物質のようなオリゴヌクレオチドを投与して哺乳類mRNAを標的とすることを含む。特に、方法は、その遺伝子の発現に関連する疾患で苦しんでいる対象の治療のために遺伝子の発現を阻害するのに有用である。本明細書で開示されるように、標的遺伝子のdsRNA又は阻害剤は種々の病理を治療するための薬剤として使用される。

0257

「siRNA化合物」及び「核酸分子」は本明細書では相互交換可能に使用されてもよい。

0258

「ヌクレオチド」は、ヌクレオシド(糖、通常、リボース又はデオキシリボース、及びプリン塩基又はピリミジン塩基)とホスホリンカー;たとえば、天然であっても合成であってもよく、及び修飾されてもよく又は未修飾であってもよいデオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドから成る化合物を包含することとする。修飾には、糖分子、塩基分子及び/又はヌクレオチド間結合への変化及び置換が含まれる。

0259

「リン酸系」の部分には無機リン酸(Pi)及びホスホロチオエート(Ps)が含まれる。

0260

ヌクレオチド/オリゴヌクレオチドの類似体又はそれへの修飾すべては、前記類似体又は修飾がヌクレオチド/オリゴヌクレオチドの機能に実質的に有害に影響しないという条件で、本明細書にて開示される分子と共に採用され得る。許容可能な修飾には、糖部分の修飾、塩基部分の修飾、ヌクレオチド間結合における修飾及びそれらの組み合わせが挙げられる。

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