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この項目の情報は公開日時点(2016年12月28日)のものです。
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図面 (20)

課題

プロトポルフィリノーゲンIX(PPX)遺伝子における変異による、PPX阻害除草剤に対して抵抗性を有する、非トランスジェニック植物の提供。

解決手段

PPX遺伝子に標的化された変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を導入した植物細胞、及び、再生した植物体

概要

背景

以下の記述は、本発明の理解を助けることのみを意図して提供されるもので、従来の技術を記載または構成することを認めているものではない。

植物のPPX遺伝子における特定の変異の例が報告されている。例えば、米国特許第5,767,373号は、「除草剤耐性である天然プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ(プロトックス)または該酵素改変体をコードする真核生物DNA配列」を開示し;米国特許第6,282,837号は、「除草剤耐性である天然のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ(プロトックス)または該酵素の改変体をコードする真核生物DNA配列および除草剤に対する耐性を与える改変されたプロトックス活性を有する植物を使って雑草を抑制する方法」を開示し; 米国特許第6,308,458号は、「プロトックス阻害型除草剤に対して耐性のある改変されたプロトックス酵素をコードするDNA配列で形質転換したトランスジェニック植物もしくは植物種子個体群、または該トランスジェニック植物または植物種子の固体群栽培している場所に、有効量のプロトックス阻害型除草剤を適用することを含む、望ましくない植生成長を抑制するための方法」を開示し;米国特許第 6,905,852号は、「配列ID番号2[PPXタンパク質]により表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは上記アミノ酸配列中の1つまたは複数のアミノ酸欠失、付加、置換などによりそこから誘導される変異したペプチドを含み、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼの活性に実質的に相当する活性を有する、光退色除草剤およびその誘導体に対して耐性のあるプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ」を開示している; 米国特許第( )号は、「作物植物にプロトポルフィリノーゲン阻害型除草剤に対する抵抗性を与える方法。抵抗性は、ポルフィリン系除草剤に対して抵抗性のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼをコードする、クローニングしたDNAを発現するように遺伝子操作することにより与えられる」を開示している;米国特許出願公開第20020086395号は、(1)各条件下で、形質転換体成長率を測定するために、試験化合物の存在および非存在の各比較系において、DNAフラグメント中に存在するプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ遺伝子を発現する形質転換体を、プロトヘム化合物を実質的に含まない培地で培養するステップ(ただし、前記形質転換体は、宿主細胞中で機能可能なプロモーターおよびプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ遺伝子が作動可能に連結しているDNAフラグメントによって形質転換されたプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性に基いて、成長能力不足のある宿主細胞から生じる)、ならびに(2)成長率などを比較することにより、化合物のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性を阻害する能力を求めるステップを含む、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性を阻害する化合物の能力の評価の方法」を開示している;Patzoldt WLら、PNAS USA 103:12329−34(2006年) は、PPXの「G210コドンに対応する3−bp欠失」を開示している;Li Xら、Plant Physiology 133:736−47(2003年)は、「植物プロトポルフィリノーゲン(PPO)遺伝子の単離および除草剤耐性変異の単離」を開示している。PPOおよびPPXという用語は、本明細書中では同義語的に使用される。

概要

プロトポルフィリノーゲンIX(PPX)遺伝子における変異による、PPX阻害型除草剤に対して抵抗性を有する、非トランスジェニック植物の提供。PPX遺伝子に標的化された変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を導入した植物細胞、及び、再生した植物体

目的

本開示は、また、かかる変異したPPX遺伝子を含む組み換えベクター、ならびにかかる変異したPPX遺伝子を含むトランスジェニック植物を提供する

効果

実績

技術文献被引用数
0件
牽制数
0件

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請求項1

変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含む非トランスジェニック植物細胞であって、前記遺伝子が、配列ID番号:152、85、105、111, 130、139、143、144、 145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、または前記遺伝子が、配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、非トランスジェニック植物細胞。

請求項2

1つまたは複数のアミノ酸位置における変異が、配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;配列ID番号:7の位置52に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン; 配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン; 配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン; 配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン; 配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン; 配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:7の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン; 配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン;配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン;配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:7の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン;配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン; 配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン;配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン; 配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン; 配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン.配列ID番号:7の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン;配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン; 配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン; 配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン; 配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン; 配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン; 配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン; 配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン; 配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択されることを特徴とする、請求項1に記載の非トランスジェニック植物細胞。

請求項3

前記変異PPX遺伝子が表2、表3aおよび表3bから選択される1つまたは複数の核酸配列変異を含むことを特徴とする、請求項1および2のいずれかに記載の非トランスジェニック植物細胞。

請求項4

前記変異したPPX遺伝子が、表4aおよび表4bから選択される1つまたは複数の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項1から3のいずれかに記載の非トランスジェニック植物細胞。

請求項5

変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含む非トランスジェニック植物であって、 前記遺伝子が、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、 143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードするまたは前記遺伝子が配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、非トランスジェニック植物。

請求項6

1つまたは複数のアミノ酸位置にある前記変異が、配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;配列ID番号7の位置52に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン; 配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン; 配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン, ; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン; 配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン; 配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン; 配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:7の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン; 配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン; 配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン;配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン;配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:7の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン; 配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン; 配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン; 配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン; 配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン.および配列ID番号:7の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン;配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン; 配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン; 配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン; 配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン; 配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン; 配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン; 配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン; 配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択されることを特徴とする、請求項5に記載の非トランスジェニック植物。

請求項7

前記変異したPPX遺伝子が表2および表3から選択される1つまたは複数の核酸配列変異を含むことを特徴とする、請求項5または6のいずれかに記載の非トランスジェニック植物。

請求項8

前記変異したPPX遺伝子が、表4aおよび4bから選択される2つまたは複数の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項5から7のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項9

前記植物が、バレイショヒマワリテンサイトウモロコシワタダイズコムギライムギエンバク、イネ、キャノーラ果実野菜タバコオオムギモロコシトマトマンゴモモリンゴナシイチゴバナナメロンニンジンレタスタマネギ、ダイズspp、サトウキビエンドウマメフィールドビーン(field bean)、ポプラブドウカンキツアルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナキュウリアサガオホウセンカトウガラシナスマリーゴールド、スイレンキャベツヒナギクカーネーションペチュニアチューリップアイリスユリ、および堅果を生じる植物から成る群から選択されることを特徴とする、請求項5から8のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項10

前記植物がSolanumtuberosum、OryzasativaおよびZeamaysから成る群から選択される種であることを特徴とする、請求項5から9のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項11

前記植物がRussetBurbankバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項5から10のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項12

前記植物が有性生殖により産生されることを特徴とする、請求項5から11のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項13

前記植物が塊茎から産生されることを特徴とする、請求項5から12のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項14

前記植物が1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項5から13のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項15

前記植物が1つまたは複数のPPX阻害型除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項5から14のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項16

前記植物が表5から選択される1つまたは複数の除草剤に抵抗性を有すことを特徴とする、請求項5から15のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項17

前記植物がフルミオキサジンスルフェントラゾンおよびサフルフェナシルから成る群から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項5から16のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項18

植物細胞に、プロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子に標的化された変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を導入し、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むPPXタンパク質を発現するPPX遺伝子を有する植物細胞を産生することを含む、または前記遺伝子が配列ID番号:958、 64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、変異したPPX遺伝子を有する非トランスジェニック植物細胞を産生するための方法。

請求項19

前記変異が、配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;図7、配列ID番号7の位置52に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン; 配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン; 配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン, ; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン; 配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン; 配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン; 配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:7の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン; 配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン; 配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン;配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン;配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:7の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン; 配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン; 配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン;配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン; 配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン; 配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン;配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン; 配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン; 配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン; 配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン; 配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン; 配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン; 配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン; 配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置を含むことを特徴とする、請求項18に記載の方法。

請求項20

前記変異したPPX遺伝子が、表2から選択される1つまたは複数の核酸配列変異を含むことを特徴とする、請求項18から19のいずれか一項に記載の方法。

請求項21

前記変異したPPX遺伝子が表3aおよび表3bから選択される2つまたはそれ以上の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項18から20のいずれか一項に記載の方法。

請求項22

前記植物細胞が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズspp、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン(field bean)、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および堅果を生じる植物から成る群から選択される植物から成る群から選択される植物に由来することを特徴とする、請求項18から21のいずれか一項に記載の方法。

請求項23

前記植物細胞が、Solanumtuberosum、Oryzasativa、Sorghumbicolor、Ricinuscommunis、Brassicanapus、 GlycinemaxおよびZea maysから成る群から選択される種であることを特徴とする、請求項18から22のいずれか一項に記載の方法。

請求項24

前記植物細胞が、RussetBurbankバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項18から23のいずれか一項に記載の方法。

請求項25

前記植物が、1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有する、請求項18から24のいずれか一項に記載の方法。

請求項26

前記植物が、1つまたは複数のPPX阻害型除草剤に対して抵抗性を有する、請求項18から25のいずれか一項に記載の方法。

請求項27

前記植物が、表5から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有する、請求項18から26のいずれか一項に記載の方法。

請求項28

前記植物が、フルミオキサジン、スルフェントラゾンおよびサフルフェナシルから成る群から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有する、請求項18から27のいずれか一項に記載の方法。

請求項29

除草剤耐性植物を産生するための方法であって、(a)配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むPPXタンパク質を発現するPPX遺伝子を有する植物細胞を産生することを含む、プロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子に標的化された変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を、植物細胞に導入すること(または前記遺伝子は、 配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、 150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする);(b)除草剤の存在下で、対応する野生型植物細胞と比較して実質的に正常な成長および触媒活性を有する植物細胞同定する;および(c)変異したPPX遺伝子を有する非トランスジェニック除草剤耐性植物を前記植物細胞から再生することを含む方法。

請求項30

該除草剤が、PPXを阻害する除草剤であることを特徴とする、請求項29に記載の方法。

請求項31

前記変異が配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;図7、配列ID番号:7の位置52に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン; 配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン; 配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン; 配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン; 配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン; 配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:7の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン; 配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン; 配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン;配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン;配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:7の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン;配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン; 配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン;配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン; 配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン; 配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン;配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン; 配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン; 配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン; 配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン; 配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン; 配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン; 配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン; 配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択される1つまたは複数の変異を含むことを特徴とする、請求項29から30のいずれか一項に記載の方法。

請求項32

前記変異したPPX遺伝子が、表2から選択される1つまたは複数の核酸配列の変異を含むことを特徴とする、請求項29から31のいずれか一項に記載の方法。

請求項33

前記変異したPPX遺伝子が、表3aおよび表3bから選択される2つまたはそれ以上の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項29から32のいずれか一項に記載の方法。

請求項34

前記植物が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズspp、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン(field bean)、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および場合は堅果を生じる植物から成る群から選択されることを特徴とする、請求項29から33のいずれか一項に記載の方法。

請求項35

前記植物が、Solanumtuberosum、OryzasativaおよびZeamaysから成る群から選択される種であることを特徴とする、請求項29から34のいずれか一項に記載の方法。

請求項36

前記植物が、RussetBurbankバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項29から35のいずれか一項に記載の方法。

請求項37

前記植物が、有性生殖により産生されることを特徴とする、請求項29から36のいずれか一項に記載の方法。

請求項38

前記植物が塊茎から産生されることを特徴とする、請求項29から37のいずれか一項に記載の方法。

請求項39

前記植物が1つまたは複数の除草剤に抵抗性を有することを特徴とする、請求項29から38のいずれか一項に記載の方法。

請求項40

前記植物が1つまたは複数のPPX阻害型除草剤に抵抗性を有することを特徴とする、請求項29から39のいずれか一項に記載の方法。

請求項41

前記植物が、表5から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有することを特徴とする、請求項29から40のいずれか一項に記載の方法。

請求項42

前記植物がフルミオキサジン、スルフェントラゾンおよびサフルフェナシルから成る群から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項29から41のいずれか一項に記載の方法。非トランスジェニック植物。

請求項43

変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含む植物細胞であって、前記遺伝子が、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、143、144, 145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、または前記遺伝子が、配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、 150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含む植物細胞。

請求項44

1つまたは複数のアミノ酸の変異が、配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;図7、配列ID番号:7の位置52の位置に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン; 配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン; 配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン; 配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン; 配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン; 配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:7の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン; 配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン; 配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン;配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン;配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:7の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン;配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン; 配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン;配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン; 配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン; 配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン.および配列ID番号:7の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン;配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン; 配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン; 配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン; 配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン; 配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン; 配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン; 配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン; 配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および 配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択されることを特徴とする、請求項43の植物細胞。

請求項45

前記変異したPPX遺伝子が、表2から選択される1つまたは複数の核酸変異から選択されることを特徴とする、請求項43から44のいずれか一項に記載の植物細胞。

請求項46

前記の変異したPPX遺伝子が、表3aおよび3bから選択される2つまたはそれ以上の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項43から45のいずれか一項に記載の植物細胞。

請求項47

前記遺伝子が、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、143、144, 145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、または前記遺伝子が、配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、 214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含む植物。

請求項48

1つまたは複数のアミノ酸位置での前記変異が、配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;図7、配列ID番号:7の位置52の位置に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン; 配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン; 配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン, ; 配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン; 配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン; 配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン; 配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:7の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン; 配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン; 配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン;配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン;配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン;配列ID番号:7の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:7の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸; 配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン;配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン; 配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン; 配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン; 配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン; 配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン; 配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン; 配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン; 配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸; 配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン; 配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン、および配列ID番号:7の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン;配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン; 配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン; 配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン; 配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン; 配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン; 配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン; 配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン; 配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン; 配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン; 配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン; 配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン;配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸; 配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン; 配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン; 配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン; 配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン; 配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン; 配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン; 配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン; 配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン; 配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸; 配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン; 配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン; 配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン; 配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択されることを特徴とする、請求項47に記載の植物。

請求項49

前記変異したPPX遺伝子が、表4aおよび4bから選択される2つまたはそれ以上の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項47から48のいずれか一項に記載の植物細胞。

請求項50

前記変異したPPX遺伝子が、表2、表3aおよび表3bから選択される1つまたは複数の核酸配列の変異を含むことを特徴とする、請求項47から49のいずれか一項に記載の植物。

請求項51

前記変異したPPX遺伝子が、表4aおよび表4bから選択される2つまたはそれ以上の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項47から50のいずれか一項に記載の植物。

請求項52

前記植物が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズspp、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン(field bean)、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および場合は堅果を生じる植物から成る群から選択されることを特徴とする、請求項47から51のいずれか一項に記載の植物。

請求項53

前記植物細胞が、Solanumtuberosum、Oryzasativa、およびZea maysから成る群から選択される種であることを特徴とする、請求項47から52のいずれか一項に記載の植物。

請求項54

前記植物がRussetBurbankバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項47から53のいずれか一項に記載の非トランスジェニック植物。

請求項55

前記植物が有性生殖により産生されることを特徴とする、請求項47から54のいずれか一項に記載の植物。

請求項56

前記植物が塊茎から産生されることを特徴とする、請求項47から55のいずれか一項に記載の植物。

請求項57

前記植物が1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項47から56のいずれか一項に記載の植物。

請求項58

前記植物が1つまたは複数のPPX阻害型除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項47から57のいずれか一項に記載の植物。

請求項59

前記植物が表5から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項47から58のいずれか一項に記載の植物。

請求項60

前記植物がフルミオキサジン、スルフェントラゾンおよびサフルフェナシルから成る群から選択される1つまたは複数の除草剤に対して抵抗性を有すことを特徴とする、請求項47から59のいずれか一項に記載の植物。

請求項61

前記変異が、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン(R98C)、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン(R98H)、 配列ID番号:9の位置98(R98L)に対応する位置におけるアルギニンからリジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン(T124I)、配列ID番号:9の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン(R144C)、配列ID番号:9の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン(R144H)、配列ID番号:9の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン(R144L)、配列ID番号:9の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン(P185Y)、配列ID番号:9(P185R)の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:9の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン(P185H)、配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン(P214S)、配列ID番号:9の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン(A220T)、 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン(P214H)、配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン(K229Q)、配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン(C307S)、配列ID番号:9の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン(S332C)、配列ID番号:9の位置332に対応する位置におけるセリンからロイシン(S332L)、および配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン(A423V)から成る群から選択される1つまたは複数の変異であることを特徴とする、請求項1から17および請求項43から60のどちらかのいずれか一項に記載の植物細胞または植物。

請求項62

前記変異が、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン(R98C)、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン(R98H)、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからリジン(R98L)、配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン(T124I)、 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン(P214S)、配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン(P214H)、配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン(K229Q)、 配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン (C307S)、および配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン(A423V)から成る群から選択されることを特徴とする、請求項18から42のいずれか一項に記載の方法。

技術分野

0001

本開示は、少なくとも部分的には、植物における遺伝子および/またはタンパク質の変異に関する。

背景技術

0002

以下の記述は、本発明の理解を助けることのみを意図して提供されるもので、従来の技術を記載または構成することを認めているものではない。

0003

植物のPPX遺伝子における特定の変異の例が報告されている。例えば、米国特許第5,767,373号は、「除草剤耐性である天然プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ(プロトックス)または該酵素改変体をコードする真核生物DNA配列」を開示し;米国特許第6,282,837号は、「除草剤耐性である天然のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ(プロトックス)または該酵素の改変体をコードする真核生物DNA配列および除草剤に対する耐性を与える改変されたプロトックス活性を有する植物を使って雑草を抑制する方法」を開示し; 米国特許第6,308,458号は、「プロトックス阻害型除草剤に対して耐性のある改変されたプロトックス酵素をコードするDNA配列で形質転換したトランスジェニック植物もしくは植物種子個体群、または該トランスジェニック植物または植物種子の固体群栽培している場所に、有効量のプロトックス阻害型除草剤を適用することを含む、望ましくない植生成長を抑制するための方法」を開示し;米国特許第 6,905,852号は、「配列ID番号2[PPXタンパク質]により表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは上記アミノ酸配列中の1つまたは複数のアミノ酸欠失、付加、置換などによりそこから誘導される変異したペプチドを含み、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼの活性に実質的に相当する活性を有する、光退色除草剤およびその誘導体に対して耐性のあるプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ」を開示している; 米国特許第( )号は、「作物植物にプロトポルフィリノーゲン阻害型除草剤に対する抵抗性を与える方法。抵抗性は、ポルフィリン系除草剤に対して抵抗性のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼをコードする、クローニングしたDNAを発現するように遺伝子操作することにより与えられる」を開示している;米国特許出願公開第20020086395号は、(1)各条件下で、形質転換体成長率を測定するために、試験化合物の存在および非存在の各比較系において、DNAフラグメント中に存在するプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ遺伝子を発現する形質転換体を、プロトヘム化合物を実質的に含まない培地で培養するステップ(ただし、前記形質転換体は、宿主細胞中で機能可能なプロモーターおよびプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ遺伝子が作動可能に連結しているDNAフラグメントによって形質転換されたプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性に基いて、成長能力不足のある宿主細胞から生じる)、ならびに(2)成長率などを比較することにより、化合物のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性を阻害する能力を求めるステップを含む、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性を阻害する化合物の能力の評価の方法」を開示している;Patzoldt WLら、PNAS USA 103:12329−34(2006年) は、PPXの「G210コドンに対応する3−bp欠失」を開示している;Li Xら、Plant Physiology 133:736−47(2003年)は、「植物プロトポルフィリノーゲン(PPO)遺伝子の単離および除草剤耐性変異の単離」を開示している。PPOおよびPPXという用語は、本明細書中では同義語的に使用される。

発明が解決しようとする課題

0004

本開示は、少なくとも部分的には、植物における遺伝子およびタンパク質変異に関係する方法および組成物に関する。いくつかの態様および実施形態において、本開示はまた除草剤耐性の植物を作り出すための組成物および方法に関係する可能性がある。本開示の方法および組成物は、少なくとも部分的にはプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子における変異に関する。

課題を解決するための手段

0005

1つの態様において、変異したPPX遺伝子を含む植物または植物細胞が提供される。特定の実施形態において、変異したPPX遺伝子は、変異したPPXタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異したPPX遺伝子を含む植物細胞を有する植物は、除草剤耐性、例えば、PPXを阻害する除草剤に対して抵抗性を有し得る。特定の実施形態において、該植物または植物細胞は非トランスジェニックである。特定の実施形態において、該植物または植物細胞はトランスジェニックである。本開示は、また、かかる変異したPPX遺伝子を含む組み換えベクター、ならびにかかる変異したPPX遺伝子を含むトランスジェニック植物を提供する。

0006

本明細書中で使用される場合、「PPX遺伝子」という用語は、アミノ酸配列配列ID番号:1と相同性および/もしくはアミノ酸同一性共有し、ならびに/またはPPX活性を示すタンパク質をコードするPPXポリペプチドを生成することの可能なDNA配列を指す。特定の実施形態において、該PPX遺伝子は、特定のPPX遺伝子、例えばStmPPX1もしくは StmPPX2;または、例えばプラスチドのRusset Burbank PPX遺伝子、例えば StcPPX1、例えばミトコンドリアのRusset Burbank PPX遺伝子に対して70%;75%;80%;85%;90%;95%;96%;97%;98%;99%;または100%の同一性を有する。特定の実施形態において、 PPX遺伝子は、図2図4図6図8図10図12図14図16図18図20図22図24図26図28図30図32図34図36図38図41図43および図45の配列から選択される配列に対して60%;70%;75%;80%;85%;90%;95%;96%;97%;98%;99%;または100%の同一性を有する。 いくつかの実施形態では、PPX遺伝子はミトコンドリアのPPX遺伝子、例えばStmPPX1または StmPPX2である。いくつかの実施形態では、PPX遺伝子は プラスチドのPPX遺伝子、例えば、StcPPXである。いくつかの実施形態では、PPX遺伝子はミトコンドリアのPPX遺伝子の対立遺伝子、例えばStmPPX2.1またはStmPPX2.2である。 いくつかの実施形態では、PPX遺伝子はプラスチドのPPX遺伝子の対立遺伝子;例えば、StcPPX1またはStcPPX1.1である。ウォーターヘンプ(water hemp)などの一部の植物では、単一のPPX遺伝子のタンパク質産生物は、Patzoldt WLらによる PNAS USA 103:1、2329−34(2006年)で開示されているようにミトコンドリアおよびプラスチドの両方の産生物である。

0007

本明細書中で使用される場合、「変異」という用語は正常な配列または野生型配列またはリファレンス配列、例えば配列ID番号:1もしくは配列ID番号2に比較して、核酸配列中の少なくとも1つのヌクレオチドの変化および/またはポリペプチド中の1つのアミノ酸変化を指す。いくつかの実施形態では、変異は除草剤耐性ではないPPXタンパク質のヌクレオチドまたはアミノ酸配列と比較して、核酸配列における少なくとも1個のヌクレオチドの変化および/またはポリペプチドにおける1個のアミノ酸変化を指す。特定の実施形態において、変異は置換、欠失、反転または挿入を含み得る。いくつかの実施形態では、置換、欠失、挿入または反転は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23または24個のヌクレオチドでの変化を含み得る。いくつかの実施形態では、置換、欠失、挿入または反転は1、2、3、4、5、6、7または8のアミノ酸位置における変異を含み得る。「核酸」または「核酸配列」という用語は、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドおよびフラグメントまたはこれらの一部を指し、1本鎖の場合も2本鎖の場合もあり得、センス鎖またはアンチセンス鎖を表す。核酸はDNAまたはRNAを含み、天然起源または合成によるものとすることができる。例えば、核酸はmRNAまたはcDNAを含み得る。核酸は(例えばポリメラーゼ連鎖反応を使って)増幅された核酸を含み得る。変換「NTwt###NTmut」は、変異型NTmutによって置換されている核酸で位置###にある野生型ヌクレオチドNTwtに帰結する変異を表すのに用いられる。ヌクレオチドを表す単一のアルファベット・コードは、米国特許審査手続便覧セクション2422、表1の記述に従う。この点において、ヌクレオチド指定「R」は、グアニンまたはアデニンなどのプリンを意味し、「Y」はシトシンまたはチミン(RNAの場合はウラシル)などのピリミジンを意味する;「M」はアデニンまたはシトシンを意味する;「K」はグアニンまたはチミンを意味する;「W」はアデニンまたはチミンを意味する。

0008

本明細書中で使用される場合、「変異したPPX遺伝子」という用語は、リファレンスPPX核酸配列と比較してヌクレオチド位置に1つまたは複数の変異を有するPPX遺伝子を指す。特定の実施形態において、変異したPPX遺伝子は、対応する野生型PPX配列と比較して1つまたは複数の変異を有する。本明細書中で使用される場合、「野生型」という用語は、遺伝子座にある標準対立遺伝子、すなわち、特定の固体群において最高頻度を有する対立遺伝子を指定するのに使われることもある。一部の事例では、野生型対立遺伝子は、特定のアミノ酸または核酸配列によって表されることもある。例えば、野生型のバレイショのプラスチドのPPXタンパク質は、配列ID番号:7によって表され得る。例えば、野生型のバレイショのミトコンドリアのPPXタンパク質は、配列ID番号:9によって表され得る。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、例えば、配列ID番号:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、41、43もしくは45、またはこれらのパラログ相同位置において、リファレンスPPX核酸配列と比較して1つまたは複数の変異を有する。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、少なくとも1つの変異によって改変される。他の実施形態では、変異したPPX遺伝子は、少なくとも2つの変異によって改変される。 他の実施形態では、変異したPPX遺伝子は、少なくとも3つの変異によって改変される。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、表2、3aおよび3bから選択される2つまたはそれ以上の核酸配列の変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、1つまたは複数の変異したミトコンドリアのPPXタンパク質をコードする。他の実施形態では、変異したPPX遺伝子は、1つまたは複数の変異したプラスチドのPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したミトコンドリアのPPX遺伝子、例えば、変異したStmPPX1である。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したミトコンドリアのPPX遺伝子、例えば、変異したStmPPX2である。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したプラスチドのPPX遺伝子、例えば、変異したStcPPX1である。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したミトコンドリアのPPX遺伝子の対立遺伝子、例えば、変異したStmPPX2.1または、変異したStmPPX2.2である。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したプラスチドのPPX遺伝子の対立遺伝子、例えば、変異したStcPPX1または、変異したStcPPX1.1である。いくつかの実施形態では、プラスチドのPPX遺伝子に少なくとも1つの変異があり、さらにミトコンドリアのPPX遺伝子に少なくとも1つの変異がある。いくつかの実施形態では、PPX遺伝子における1つまたは複数の変異は、除草剤耐性、例えば、PPXを阻害する除草剤に対する耐性につながる。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、リファレンスPPXタンパク質に比較して、1つまたは複数の除草剤に対する耐性を増加した変異したPPXタンパク質をコードする。

0009

いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子における変異は、2つまたはそれ以上の変異の組合せを有するタンパク質をコードする。特定の実施形態においては、少なくとも1つの変異が、プラスチドのPPX遺伝子に存在し、少なくとも1つの変異がミトコンドリアのPPX遺伝子に存在する。特定の実施形態において、その組合せは、表4aおよび4bから選択される。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子における変異は、3つまたはそれ以上の変異の組合せ、例えば、表4aおよび4bから選択される組合せを有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、プラスチドのPPX遺伝子におけるその少なくとも1つの変異およびミトコンドリアのPPX遺伝子におけるその少なくとも1つの変異は、同一の対応する位置に存在する。他の実施形態では、プラスチドのPPX遺伝子におけるその少なくとも1つの変異およびミトコンドリアのPPX遺伝子におけるその少なくとも1つの変異は、異なる対応する位置に存在する。

0010

本明細書中で使用される場合、「PPXタンパク質」という用語は、配列ID番号:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、40、42または44のPPXタンパク質に対して、相同性および/またはアミノ酸同一性を有し、さらに/またはPPX活性を示すタンパク質を指す。特定の実施形態において、該PPXタンパク質は、 特定のPPXタンパク質、例えば、ミトコンドリアのRusset Burbank PPXタンパク質またはプラスチドのRusset Burbank PPXタンパク質に対して、70%;75%;80%;85%; 90%;95%;96%;97%;98%;99%; または100%の同一性を有する。特定の実施形態においては、PPXタンパク質は、図1図3図5図7図9図11図13図15図17図19図21図23図25図27図29図31図33図35図37図39図40図42または図44の配列から選択される配列に対して、70%;75%;80%;85%;90%;95%;96%;97%;98%;99%;または100%の同一性を有する。.

0011

本明細書中で使用される場合、「変異したPPXタンパク質」という用語は、リファレンスPPXアミノ酸配列に比較したアミノ酸の位置もしくはこれらのパラログの相同位置に、1つまたは複数の変異を有するPPXタンパク質を指す。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、40、42もしくは44を有するリファレンスPPXアミノ酸配列またはこれらの一部を有するリファレンスPPXアミノ酸配列に対して、1つまたは複数の変異を有する。特定の実施形態において変異したPPXタンパク質は、対応する野生型タンパク質と比較して1つまたは複数の変異を有する。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、除草剤耐性ではない対応するタンパク質と比較して1つまたは複数の変異を有する。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質は、少なくとも1つの変異によって改変される。他の実施形態では、PPXタンパク質は、少なくとも2つの変異によって改変される。他の実施形態では、PPXタンパク質は、少なくとも3つの変異によって改変される。いくつかの実施形態では、1つまたは複数のミトコンドリアのPPXタンパク質が変異している。他の実施形態では、1つまたは複数のプラスチドのPPXタンパク質が変異している。さらにもう1つの実施形態では、1つまたは複数のミトコンドリアのPPXタンパク質および1つまたは複数のプラスチドのPPXタンパク質が変異している。いくつかの実施形態では、「変異したPPXタンパク質」という用語は、リファレンスタンパク質と比較して、1つまたは複数の除草剤に対して増加した抵抗性を有するPPXタンパク質を指す。

0012

いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパクは、配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、 214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、遺伝子が配列ID番号:1のG52、N85、N105、E111、G130、D139、P143、R144、F145、L147、F165、L167、I170、A180、P185、E192、S193、R199、V206、E212、Y219、A220、G221、L226、M228、K229、A230、K237、S244、R256、R257、K270、P271、Q272、S305、E311、T316、 T318、S332、S343、A354、L357、K359、 L360、A366、L393、L403、L424、Y426、S430、K438、E440、V444、L455、K457、V470、F478、F483、D484、I485、D487、K490、L503、V508およびI525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、遺伝子が配列ID番号:9のD58、E64、G74、G84、L93、K97、K98、A101、S119、F121、T124、N139、E150、S151、Q157、V164、D170、C177、H187、L188、X195、P214、I215、K229、K230、C271、D274、F283、A292、S296、C307、N324、D330、S396、A404、R406、K410、L421、A423、C434、D447、S448、V449、D451、D454、Y465、K470およびT500から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、変異したプロトポルフィリノーゲンIXオキシダーゼ(PPX)遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質 (例えば、PPXタンパク質は、バレイショのプラスチドのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置52に対応する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されていること、配列ID番号:1の位置272に対応する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されていること;配列ID番号:1の位置359に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること;および/または配列ID番号:1の位置525に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていることがあり得る。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の G52、N85、N105、E111、G130、D139、P143、R144、F145、L147、F165、L167、I170、A180、P185、E192、S193、R199、V206、E212、Y219、A220、G221、L226、M228、K229、A230、K237、S244、R256、R257、K270、P271、Q272、S305、E311、T316、T318、S332、S343、A354、L357、K359、L360、A366、L393、L403、L424、Y426、S430、K438、E440、V444、L455、K457、V470、F478、F483、D484、I485、D487、K490、L503、V508およびI525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に2つまたはそれ以上の変異、少なくとも1つの変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9のD58、E64、G74、G84、L93、K97、K98、A101、S119、F121、T124、N139、E150、S151、Q157、V164、D170、C177、H187、L188、X195、P214、I215、K229、K230、C271、D274、F283、A292、S296、C307、N324、D330、S396、A404、R406、K410、L421、A423、C434、D447、S448、V449、D451、D454、Y465、K470およびT500から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置にある2つまたは複数の変異、少なくとも1つの変異を含む。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質は、 Arabidopsis thalian PPXタンパク質(例えば、このPPXタンパク質はバレイショのプラスチドのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、このPPXタンパク質は2つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の1つまたは複数を有する:(1)配列ID番号:1の位置52に対応する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されていること;(2)配列ID番号:1の位置272に対応する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されていること(3)配列ID番号:1の位置359に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること;および/または(4)配列ID番号:1の位置525に相当する位置にSを有し、そのがS以外のアミノ酸で置換されていること。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:1のG52、N85、N105、E111、G130、D139、P143、R144、F145、L147、F165、L167、I170、A180、P185、E192、S193、R199、V206、E212、Y219、A220、G221、L226、M228、K229、A230、K237、S244、R256、R257、K270、P271、Q272、S305、E311、T316、T318、S332、S343、A354、L357、K359, L360、A366、L393、L403、L424、Y426、S430、K438、E440、V444、L455、K457、V470、F478、F483、D484、I485、D487、K490、L503、V508およびI525から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に3つまたはそれ以上、少なくとも1つの変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9のD58、E64、G74、G84、L93、K97、K98、A101、S119、F121、T124、N139、E150、S151、Q157、V164、D170、C177、H187、L188、X195、P214、I215、K229、K230、C271、D274、F283、A292、S296、C307、N324、D330、S396、A404、R406、K410、L421、A423、C434、D447、S448、V449、D451、D454、Y465、K470およびT500から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に3つまたはそれ以上、少なくとも1つの変異を含む。いくつかの実施形態では、PXタンパク質は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質 (例えば、このPPXタンパク質はバレイショのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、このPPXタンパク質は3つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の1つまたは複数を有する:(1)配列ID番号:1の位置52に相当する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されていること;(2)配列ID番号:1の位置272に相当する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されていること;(3)配列ID番号:1の位置359に相当する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること; および/または(4)配列ID番号:1の位置525にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること。

0013

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、 変異したPPXタンパク質は、表1、表2、表3a、表3b、表4a、表4b、表8a〜f、 表9a〜dおよび表10から選択される1つまたは複数のアミノ酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、表1、表2、表3a、表3b、表4a、表4b、表8a〜f、表9a〜dおよび表10から選択される2つまたはそれ以上のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、表1、表2、表3a、表3b、表4a、表4b、表8a〜f、表9a〜dおよび表10から選択される3つまたはそれ以上のアミノ酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、表2、表3aおよび表3bから選択される1つまたは複数の核酸配列の変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質における1つまたは複数の変異は、配列ID番号:1の位置52に対応する位置におけるグリシンからリジン;配列ID番号:1の位置85に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸;配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン、配列ID番号:1の位置130に相当する位置でのグリシンからアスパラギン、配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジ、配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン;配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン;配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン、配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン;配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸、配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:1の199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン、配列ID番号:1の220の位置に対応する位置におけるアラニンからシステイン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからロイシン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン;配列ID番号:1の位置220対応する位置におけるアラニンからバリン;配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の228の位置に対応する位置におけるメチオニンからロイシン;配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン、配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン、配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン、配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸、配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン、配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の403の位置に対応する位置におけるロイシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置430に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン、配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン、配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン、配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン、配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン、配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン、配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン、配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置487に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン、配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン、配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン、および配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンから成る群から選択される1つもしくはそれ以上の変異、2つもしくはそれ以上の変異、または3つもしくはそれ以上の変異を含む。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質はArabidopsis thalian PPXタンパク質(例えば、該PPXタンパク質はバレイショのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は配列ID番号:1の位置52に対応する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されている;配列ID番号:1の位置272に対応する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されている;配列ID番号:1の位置359に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されている;および/または配列ID番号:1の位置525に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されている。このような実施形態では、変異したPPXタンパク質における1つまたは複数の変異は、配列ID番号:1の位置52対応する位置におけるアスパラギンからリジン; 配列ID番号:1の位置85に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸;配列ID番号:1の144の位置に対応する位置におけるアルギニンからシステイン;配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン;配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン;配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン;配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからシステイン;配列ID番号:1の220の位置に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからロイシン; 配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン;配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからバリン;配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン;配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン;配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン;配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の403の位置に対応する位置におけるロイシンからアルギニン;配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン;配列ID番号:1の位置426の位置に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン;配列ID番号:1の426の位置に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン;配列ID番号:1の426の位置に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン;配列ID番
号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン;配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン;配列ID番号:1の426の位置に対応する位置におけるチロシンからトレオニン;配列ID番号:1の426の位置に対応する位置におけるチロシンからバリン;配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン、配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン、配列ID番号:9の位置58に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン、配列ID番号:9の位置64に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン;配列ID番号:9の位置74に対応する位置におけるグリシンからシステイン;配列ID番号:9の位置84に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン;配列ID番号:9の位置93に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置97に対応する位置におけるリジンからアルギニン;配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置98に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置101に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ID番号:9の位置119に対応する位置におけるセリンからアスパラギン、配列ID番号:9の位置121に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン;配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン、配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン、配列ID番号:9の位置139に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸、配列ID番号:9の位置150に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ID番号:9の位置151に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:9の位置157に対応する位置におけるグルタミンからロイシン;配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン;配列ID番号:9の位置164に対応する位置におけるバリンからアラニン;配列ID番号:9の位置170に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸、配列ID番号:9の位置177に対応する位置におけるシステインからセリン;配列ID番号:9の位置187に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン;配列ID番号:9の位置188に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置195に対応する位置におけるアスパラギンからリジン;配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからセリン; 配列ID番号:9の位置214に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン; 配列ID番号:9の位置215に対応する位置におけるイソロイシンからセリン;配列ID番号:9の位置215に対応するイソロイシンからヒスチジン;配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ID番号:9の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ID番号:9の位置230に対応する位置におけるリジンからアルギニン、配列ID番号:9の位置271に対応する位置におけるシステインからアルギニン、配列ID番号:9の位置274に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:9の位置283に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン、配列ID番号:9の位置292に対応する位置におけるアラニンからグリシン;配列ID番号:9の位置296に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:9の位置307に対応する位置におけるシステインからセリン;配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸;配列ID番号:9の位置324に対応する位置におけるアスパラギンからリジン;配列ID番号:9の位置330に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸、配列ID番号:9の位置396に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:9の位置404に対応する位置におけるアラニンからセリン;配列ID番号:9の位置406に対応する位置におけるアルギニンからリジン、配列ID番号:9の位置410に対応する位置におけるリジンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置421に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:9の位置423に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからセリン;配列ID番号:9の位置434に対応する位置におけるシステインからチロシン;配列ID番号:9の位置447に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン;配列ID番号:9の位置448に対応する位置におけるセリンからアラニン、配列ID番号:9の位置449に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸、配列ID番号:9の位置451に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン、配列ID番号:9の位置454に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン;配列ID番号:9の位置465に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置470に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ID番号:9の位置500に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択される1つもしくはそれ以上の変異、2つもしくはそれ以上の変異、または3つもしくはそれ以上の変異を含む。

0014

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、特定の実施形態において、変異したPPXタンパク質は、複数の変異の組合せ、例えば表4aおよび4bから選択される変異の組合せを含み得る。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の変異の組合せを含む;例えば、表4aおよび4bから選択される変異の組合せを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、3つまたはそれ以上の変異の組合せを含む;例えば、表4aおよび4bから選択される組合せを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子中の変異の組合せは、配列ID番号:1のY426に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のN85、R144、F145、A180、A220、L226、およびS244から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子中の変異の組合せは、配列ID番号:1のL393に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のR144、F145、A220、S224およびS244から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のL403に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のF145、A220およびL226から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のR144に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のG52、N85、A220、S244、L226、M228、K272、S332、L393、L424、Y426、およびI525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のN85、ならびに配列ID番号:1のR144、F145, A180、A220、L226、M228、およびQ272から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のL424に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のR144、F145、A220、L226、およびL393から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のI525に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1の位置N85、F144、F145、A180、L226、およびS244に対応するアミノ酸位置に変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のR144に対応する位置における変異、および配列ID番号:1の位置A220に対応する位置における変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質 (例えば、該PPXタンパク質はバレイショのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置52に対応する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されている;配列ID番号:1の位置272に対応する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されている;配列ID番号:1の位置359に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されている; 配列ID番号:1の位置525に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されている。このような実施形態では、変異したPPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の組合せ;例えば、表4aおよび表4bから選択される組合せを含む。このような実施形態では、変異したPPXタンパク質は、3つまたはそれ以上の変異の組合せ;例えば、表4aおよび表4bから選択される組合せを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子における変異の組合せは、配列ID番号:1のY426に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のN85、R144、F145、A180、A220、L226、およびS244から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子における変異の組合せは、配列ID番号:1のL393に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のR144、F145、A220、S244およびS224から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のL403に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のF145、A220およびL226から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のR144に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のN52、N85、A220、S244、L226、M228、K272、S332、L393、L424、Y426およびS525から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のN85に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のR144、F145、A180、A220、L226、M228および K272から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:1のL424に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1のR144、F145、A220、L226およびL393から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは配列ID番号:1のS525に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:1の位置N85、F144、F145、A180、L226およびS244に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ID番号:9の98に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:9の74、93、97、98、119、121、 124、139、150、151、164、188、214、229、230、271、274、292、307、324、396、410、423、434、447、448、451、465、470および500から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異の組合せは、配列ID番号:9の98に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:9の271、274、292、307、324、330、396、404、406、410、423、434、447、448、454、465、470および500から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。 特定の実施形態において、 変異の組合せは、配列ID番号:9の98に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:9の307および423から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異の組合せは、 配列ID番号:9の98に対応する位置における変異、ならびに配列ID番号:9の124、188、214および229から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。

0015

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せてPPXタンパク質はArabidopsis thalian PPXタンパク質(例えば、該PPXタンパク質はバレイショのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は、配列ID番号:9に対して1つまたは複数の対応するPPXアミノ酸を有し得る。本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子における1つまたは複数の変異は、配列ID番号:9の位置58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、 150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される1つまたは複数の位置に対応するアミノ酸位置に1つまたは複数の変異を含み得る、変異したPPXタンパク質から成る群から選択される1つもしくはそれ以上の変異、2つもしくはそれ以上の変異、3つもしくはそれ以上の変異を有する変異したPPXタンパク質をコードし得る。

0016

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、植物細胞は、変異したPPX遺伝子を有し得る。特定の実施形態において、変異したPPX遺伝子は、変異したPPXタンパク質をコードする。特定の実施形態において、植物細胞は、除草剤耐性植物の一部であり得る。本方法は、植物細胞に、遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を導入することを含み得る;例えば、PPX遺伝子における標的化した変異と組み合わせてGRONを使用するなどである。特定の実施形態において、本方法により産生される植物細胞は、変異したPPXタンパク質を発現可能なPPX遺伝子を含み得る。本方法は、(1)変異したPPX遺伝子および/または(2)対応する野生型植物細胞と比較して正常な成長および/または触媒活性を含む植物細胞または植物細胞を含んでいる植物を同定することをさらに含み得る。本明細書中に記述したような植物細胞を有する除草剤耐性植物は、PPXを阻害する除草剤の存在下で同定し得る。いくつかの実施形態では、該植物細胞は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物細胞はトランスジェニックである。本明細書中に記述されるような植物細胞を含む植物は、非トランスジェニックまたはトランスジェニックな除草剤耐性植物であり得る;例えば、該植物および/または植物細胞は、少なくとも1つの除草剤に対する抵抗性の獲得に通じる変異したPPX遺伝子を有し得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記述するような植物細胞を有する植物は、無性生殖により産生し得る;例えば、1つまたは複数の植物細胞から、または1つもしくは複数の植物細胞から成る植物組織から産生し得る;例えば、塊茎から産生し得る。他の実施形態では、本明細書に記述されているような植物細胞を有する植物を有性生殖により産生し得る。

0017

もう1つの態様において、除草剤耐性植物を産生するための方法が提供される。本方法は、植物細胞に遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を導入することを含み得る;例えば、PPX遺伝子における標的化した変異で設計したGRONを使用するなどである。変異したPPX遺伝子は、変異したPPXタンパク質を発現し得る。本方法は、対応する野生型植物細胞と比較して、正常な成長および/または触媒活性を有する植物を同定することをさらに含み得る。該植物は、PPXを阻害する除草剤の存在下で同定し得る。いくつかの実施形態では、該植物は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物は非トランスジェニックな除草剤耐性植物である;例えば、該植物は、少なくとも1つの除草剤に対する抵抗性の獲得に通じる変異したPPX遺伝子を含み得る。

0018

もう1つの態様において、変異したPPX遺伝子を含む種子が提供される。いくつかの実施形態では、該種子は、変異したPPX遺伝子を有する。いくつかの実施形態では、変異したPPXは、変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、除草剤、例えば、PPXを阻害する除草剤に対して抵抗性を有し得る。いくつかの実施形態では、該種子から生育される植物は、少なくとも1つの除草剤、例えば、PPXを阻害する除草剤に対して抵抗性を有する。

0019

もう1つの態様において、植物の除草剤抵抗性を以下により増加するための方法が提供される:(a)第1の植物を第の植物と交雑させるが、ここで第1の植物は、変異したPPX遺伝子を含み、その遺伝子は、変異したPPXタンパク質をコードしているものとする ;(b)除草剤抵抗性の増加、例えば、PPXを阻害する除草剤に対する抵抗性を増加する目的で、交雑から生じる固体群をスクリーニングする、(c)除草剤抵抗性が増加する、交雑から生じたメンバーを選択する;および/または(d)交雑から生じた種子を産生する。いくつかの実施形態では、交配種子が本明細書中に記述される方法のいずれかによって産生される。いくつかの実施形態では、植物は、本明細書中に記述される方法のいずれかによって産生される種子から生育される。いくつかの実施形態では、該植物または種子は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物および/または種子はトランスジェニックである。

0020

もう1つの態様において、雑草および植物を含むに少なくとも1つの除草剤を有効量適用することにより、植物を含む畑で雑草を抑制する方法が提供される。本方法のいくつかの実施形態では、少なくとも1つの除草剤は、PPXを阻害する除草剤である。本方法のいくつかの実施形態では、畑の植物の1つまたは複数は、変異したPPX遺伝子、例えば、本明細書中で記述されたような変異したPPX遺伝子を含む。本方法のいくつかの実施形態では、畑での植物の1つまたは複数は、本明細書中で記述したような変異したPPX遺伝子を有する非トランスジェニック植物またはトランスジェニック植物を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、畑の植物の1つまたは複数は除草剤耐性であり、例えば、PPXを阻害する除草剤に対して抵抗性を有する。

0021

もう1つの態様において、PPXタンパク質またはその一部をコードする単離された核酸が提供される。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、本明細書中で記述されるようなPPX遺伝子変異を1つまたは複数含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、本明細書で開示されるように、変異したPPXタンパク質をコードする。特定の実施形態において、単離された核酸は、除草剤耐性;例えば、PPXを阻害する除草剤に対する抵抗性のあるPPXタンパク質をコードする。

0022

もう1つの態様において、変異したPPX遺伝子の単離された核酸を含む発現ベクターが提供される。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、PPXタンパク質をコードする単離された核酸を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、表1、表2、表3a、表3b、表4a、表4b、表8a〜8f、表9a〜9dおよび表10に示す変異から選択される変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、単離された核酸は、2つまたはそれ以上の変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、2つまたはそれ以上の変異が表1、表2、表3a、表3b、表4a、表4b、表8a〜8f、表9a〜9dおよび表10から選択される。特定の実施形態においては、単離された核酸は、除草剤耐性、例えば、PPXを阻害する除草剤に対して抵抗性のあるPPXタンパク質をコードする。

0023

本明細書中で使用される場合、「除草剤」という用語は植物を枯らすことができるか、または植物の成長および/または成長力を停止もしくは低下させることのができる任意の薬品または物質を指す。いくつかの実施形態では、除草剤抵抗性は、改質されていない野生型植物は通常枯れるか、激しく傷つくはずの濃度の除草剤で処理された後も、生存し、繁殖するための植物の遺伝的な能力である。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、除草剤はPPXを阻害する除草剤である。いくつかの実施形態では、PPXを阻害する除草剤は、表5に掲載されている化学ファミリーの群から選択される化学物ファミリーからの除草剤である。いくつかの実施形態では、PPXを阻害する除草剤は、N−フェニルフタルイミドトリアゾリノンおよびピリミジンジオンから成る化学物ファミリーの群から選択される化学物ファミリーからの除草剤である。いくつかの実施形態では、PPXを阻害する除草剤は表5に掲載されている除草剤の群から選択される。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤は、フルミオキサジン(flumioxazin)、スルフェントラゾンおよびサフルフェナシルから成る除草剤の群から選択される。他の実施形態では、PPXを阻害する除草剤は、フルミオキサジン除草剤である。他の実施形態では、PPXを阻害する除草剤はスルフェントラゾン除草剤である。他の実施形態では、PPXを阻害する除草剤は、サフルフェナシル除草剤である。

0024

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、植物または植物細胞は、バレイショ、ヒマワリテンサイトウモロコシワタダイズコムギライムギエンバク、イネ、キャノーラ果実野菜タバコオオムギモロコシトマトマンゴモモリンゴナシイチゴバナナメロンニンジンレタスタマネギ、ダイズspp、サトウキビエンドウマメフィールドビーン(field bean)、ポプラブドウカンキツアルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナキュウリアサガオホウセンカトウガラシナスマリーゴールド、スイレンキャベツヒナギクカーネーションペチュニアチューリップアイリスユリ、およびすでに具体的に言及されていない場合は堅果を生じる植物から成る群から選択される植物の作物由来する。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、表6から選択される種に属す。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、Arabidopsis、haliana、Solanum tuberosum、Solanum phureja、 Oryza sativa、Amaranthus tuberculatus、Zea mays、Brassica napusおよびGlycine maxから成る群から選択される種に属す。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、Russet Burbankバレイショ品種である。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はRusset Burbank PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はArabidopsis thalian PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はSolanum tuberosum PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はSolanum phurej PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はZea mays PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はOryza sativ PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はAmaranthus tuberculatus PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はSorghum bicolor PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はRicinus communis PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、Brassica napus PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子はGlycine max PPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子At4G01690は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子AT5g14220は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質をコードする。

0025

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物は、1つまたは複数の変異したPPX遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、1つまたは複数のミトコンドリアのPPXタンパク質をコードする1つまたは複数の変異したPPX遺伝子を必要とする。他の実施形態では、本方法および組成物は、1つまたは複数のプラスチドのPPXタンパク質をコードする1つまたは複数の変異したPPX遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、1つまたは複数のプラスチドのPPXタンパク質およびミトコンドリアのPPXタンパク質をコードする1つまたは複数の変異したPPX遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したPPX遺伝子StmPPX1を含む。いくつかの実施形態では, 本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したPPX遺伝子StmPPX2を含む。いくつかの実施形態では、植物はプラスチドの変異したPPX遺伝子StcPPX1を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したPPX遺伝子の対立遺伝子StcPPX2.1を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したPPX遺伝子の対立遺伝子StcPPX2.2を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、プラスチドの変異したPPX遺伝子の対立遺伝子StcPPX1を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物はプラスチドの変異したPPX遺伝子の対立遺伝子 StcPPX1.1を含む。

0026

本明細書中で使用される場合、「遺伝子」という用語は、RNAの生成に必要な制御配列およびコーディング配列を含むDNA配列を指し、これは、非コーディング機能(例えば、リボソームまたはトランスファーRNA)を有することも、またはポリペプチドまたはポリペプチド前駆体をコードすることもある。RNAまたはポリペプチドは、全長コーディング配列によってコードされるか、または所望の活性または機能が維持される限り、コーディング配列の任意の一部によってコードされていてもよい。

0027

本明細書中で使用される場合、「コーディング配列」という用語は、転写されるか、および/または翻訳されて、mRNAおよび/またはポリペプチドまたはそのフラグメントを生成することができる核酸もしくはその相補体、またはその一部の配列を指す。コーディング配列は、ゲノムDNAまたは未成熟一次RNA転写物中のエクソンを含み、これはその細胞の生化学機構により一緒に連結されて、成熟mRNAを与える。アンチセンス鎖はこのような核酸の相補体であり、コーディング配列はここから推定することができる。

0028

本明細書中で使用される場合、「非コーディング配列」という用語は、インビボでアミノ酸に転写されない核酸もしくはその相補体の配列またはその一部、または、tRNAがアミノ酸を配置するよう相互作用しないかまたはも配置しようとしない配列を指す。非コーディング配列は、ゲノムDNAまたは未成熟一次RNA転写物中のイントロン配列およびプロモーター、エンハンサーサイレンサーなどの遺伝子付随配列の両方を含む。

0029

核酸塩基塩基であり、特定の好ましい実施形態においては、プリン、ピリミジン、またはこれらの誘導体もしくは類似体である。ヌクレオシドペントースフラノシル成分を含有する酸塩基、例えば、任意に置換されたリボシドまたは2’−デオキシリボシドである。該成分は、該成分を有していないヌクレオシドと比較して、DNA結合の増加および/またはヌクレアーゼ分解の低下を引き起こす任意の基とすることができる。ヌクレオシドは、リンを含有してもしなくてもよいいくつかの連結成分の1つによって連結されることができる。未置換のホスホジエステル結合により連結されているヌクレオシドは、ヌクレオチドと呼ばれる。

0030

オリゴ核酸塩基は、核酸塩基を含むポリマーであり、好ましくは、その少なくとも一部は、ワトソンクリック塩基対形成により、相補的配列を有するDNAに、ハイブリダイズすることができる。オリゴ核酸塩基鎖は、単一の5’および3’末端を有することができ、これはポリマー中の最終の核酸塩基である。特定のオリゴ核酸塩基鎖は、すべてのタイプの核酸塩基を含むことができる。オリゴ核酸塩基化合物は、相補的であって、ワトソン−クリック塩基対形成によってハイブリダイズされ得る1つまたは複数のオリゴ核酸塩基鎖を含む化合物である。リボ型の核酸塩基は、ペントースフラノシル含有核酸塩基であり、2’炭素ヒドロキシルアルキルオキシまたはハロゲンと置換されたメチレンである。デオキシリボ型の核酸塩基は、リボ型の核酸塩基以外の核酸塩基であり、これには、ペントースフラノシル成分を含まないすべての核酸塩基が含まれる。

0031

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、オリゴ核酸塩基鎖には、オリゴ核酸塩基鎖およびオリゴ核酸塩基のセグメントまたは領域の両方が含まれて得る。オリゴ核酸塩基鎖は5’末端および3’末端を有することができ、オリゴ核酸塩基鎖(strand)が鎖(chain)と同一の広がりを持つとき、オリゴ核酸塩基鎖の5’末端および3’末端は鎖の5’末端および3’末端でもある。

0032

本明細書中で使用される場合、「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」または「GRON」という用語は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド、非ヌクレオチド含有分子一本鎖オリゴデオキシヌクレオチドおよびその他の遺伝子修復分子を含む、オリゴ核酸塩基を指す。

0033

本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック」という用語は、そのゲノムに挿入された別の生命体起源とするDNAを有する生命体または細胞を指す。例えば、いくつかの実施形態では、トランスジェニック生命体または細胞には、異種プロモーターおよび/またはコーディング領域を含む挿入されたDNAが含まれる。

0034

本明細書中で使用される場合、「非トランスジェニック」という用語は、そのゲノムに挿入された別の生物由来のDNAを有さない生物または細胞を指す。ただし、非トランスジェニック植物または細胞は、1つまたは複数の人為的に導入された標的化変異を有し得る。

0035

本明細書中で使用される場合、「単離された」という用語は、核酸(例えば、RNA、DNAまたは混合ポリマーなどのオリゴヌクレオチド)を指すとき、それが天然に生じるゲノムの実質的な部分から分離されているか、および/または、そのような核酸に天然で付随する他の細胞成分から実質的に分離されている核酸を指す。例えば、合成により製造された(例えば、連続的な塩基縮合により)核酸は、単離されたものと見なされる。同様に、組換え的に発現された、クローニングされた、プライマー伸張反応(例えば、PCR)により生成された、または他の方法によりゲノムから切り出された核酸も、また、単離されたものと見なされる。

0036

本明細書中で使用される場合、「アミノ酸配列」という用語は、ポリペプチドまたはタンパク質の配列を指す。「AAwt###AAmut」という表記法は、ポリペプチド中の位置###において、野生型アミノ酸AAwtが変異型AAmutで置換されることになる変異を表すのに用いられる。

0037

本明細書中で使用される場合、「相補体」という用語は、標準的なワトソン−クリック塩基対形成規則に従う、核酸の相補的配列を指す。相補的配列は、DNA配列に対して相補的なRNA配列またはその相補配列であってよく、cDNAであってもよい。

0038

本明細書中で使用される場合、「実質的に相補的な」という用語は、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする2つの配列を意味する。当業者は実質的に相補的な配列はその全長にわたってハイブリダイズする必要はないことを理解するであろう。

0039

本明細書中で使用される場合、「コドン」という用語は、タンパク質合成中に、ポリペプチド鎖への特定のアミノ酸の挿入を決定する遺伝的コードまたはタンパク質合成停止のシグナルを構成する、3つの隣接するヌクレオチド(RNAとDNAのいずれか)の配列を表す。「コドン」という用語は、また、元のDNAが転写されたメッセンジャーRNA中の3つのヌクレオチドの対応する(そして相補的な)配列を指す場合にも使われる。

0040

本明細書中で使用される場合、「相同性」という用語は、タンパク質およびDNAの間での配列類似性を指す。「相同性」または「相同」という用語は、同一性の程度を指す。部分的な相同性である場合も、完全な相同性である場合もある。部分的に相同な配列とは、別の配列と比較したときに、100%より低い配列同一性を有する配列である。

0041

本明細書中で使用される場合、数量的な「約」という用語は、プラスまたはマイナス10%を指す。例えば、「約3%」は、2.7〜3.3%を包含し、「約10%」は、9〜11%を包含する。さらに、本明細書中で「約」が数量的な言葉と組み合わせて用いられる場合、その値にプラスまたはマイナス10%に加えて、その数量的な言葉の正確な値も企図および記述される。例えば、「約3%」という用語は、正確に3%も、明示的に企図され、記述され、包含される。

図面の簡単な説明

0042

Arabidopsis thaliana葉緑体(プラスチド)のPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:1)。
Arabidopsis thalianac葉緑体(プラスチド)PXcDNAの核酸配列である(配列ID番号2)。
Arabidopsis thalianaミトコンドリアのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:3)。
Arabidopsis thalianaミトコンドリアのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:4)。
Amaranthus tuberculatusミトコンドリアのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:5)。
Amaranthus tuberculatusミトコンドリアのPPX cDNAのアミノ酸配列である(配列ID番号:6)。
Solanum tuberosumプラスチドのPPXタンパク質StcPPXのアミノ酸配列である(配列ID番号:7)。
Solanum tuberosumプラスチドのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:8)。
Solanum tuberosumミトコンドリアのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:9)。
Solanum tuberosumミトコンドリアのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:10)。
Zea maysプラスチドのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:11)。
Zea maysプラスチドの PPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:12)。
Zea maysミトコンドリアのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:13)。
Zea maysミトコンドリアのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:14)。
Oryza sativaプラスチドのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:15)。
Oryza sativaプラスチドのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:16)。
Oryza sativaミトコンドリアのPPXタンパク質cDNAのアミノ酸配列である(配列ID番号:17)。
Oryza sativaミトコンドリアのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:18)。
Sorghum bicolorプラスチドのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:19)。
Sorghum bicolorプラスチドのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:20)。
Sorghum bicolorミトコンドリアのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:21)。
Sorghum bicolorミトコンドリアのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号:22)。
Ricinus communisプラスチドのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:23)。
Ricinus communisプラスチドのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号24)。
Ricinus communisミトコンドリアのPPXタンパク質のアミノ酸配列である(配列ID番号:25)。
Ricinus communisミトコンドリアのPPX cDNAの核酸配列である(配列ID番号26)。
Solanum TuberosumミトコンドリアのPPXタンパク質StmPPX1のアミノ酸配列である(配列ID番号:27)。
Solanum TuberosumミトコンドリアのPPX cDNA StmPPX1の核酸配列である(配列ID番号28)。
Solanum TuberosumミトコンドリアのPPXタンパク質StmPPX2.1のアミノ酸配列である(配列ID番号:29)。
Solanum TuberosumミトコンドリアのPPX cDNA StmPPX2.1の核酸配列である(配列ID番号:30)。
Solanum TuberosumミトコンドリアのPPXタンパク質StmPPX2.2のアミノ酸配列である(配列ID番号:31)。
Solanum TuberosumミトコンドリアのPPX cDNAStmPPX2.2の核酸配列である(配列ID番号:32)。
Brassica napusプラスチドのPPXタンパク質BncPPX1のアミノ酸配列である(配列ID番号:33)。
Brassica napus PPX cDNA BncPPX1の核酸配列である(配列ID番号:34)。
Brassica napusプラスチドのPPXタンパク質BncPPX2のアミノ酸配列である(配列ID番号:35)。
Brassica napus PPX cDNA BncPPX2の核酸配列である(配列ID番号:36)。
Brassica napusプラスチドのPPXタンパク質BncPPX3の部分アミノ酸配列である(配列ID番号:37)。
Brassica napus PPX cDNA BncPPX3の部分核酸配列である(配列ID番号:38)。
Glycine maxプラスチドのPPXタンパク質GmcPPX1−1のアミノ酸配列である(配列ID番号:39)。
Glycine maxプラスチドのPPXタンパク質GmcPPX1−2のアミノ酸配列である(配列ID番号:40)。
Glycine maxプラスチドのPPXタンパク質GmcPPX1の核酸配列である(配列ID番号:41)。
Glycine maxプラスチドのPPXタンパク質GmcPPX2のアミノ酸配列である(配列ID番号:42)。
Glycine maxプラスチドのPPXタンパク質GmcPPX2の核酸配列である(配列ID番号:43)。
Glycine maxミトコンドリアのPPXタンパク質GmcPPXのアミノ酸配列である(配列ID番号:44)。
Glycine maxミトコンドリアのPPXタンパク質GmcPPXの核酸配列である(配列ID番号:45)。
様々な植物種のPPXタンパク質のアラインメントである。
様々な種の植物PPXアミノ酸配列における相同のアミノ酸位置の表である。
様々な種の植物のPPXアミノ酸配列における相同のアミノ酸位置の表である。

実施例

0043

Rapid Trait Development System(RTDS(登録商標))
本明細書中で開示される組成物および方法の様々な態様および実施形態のいずれにおいても、遺伝子およびタンパク質における変異は、例えば、Cibus社によって開発されたRapid Trait Development System(RTDS(登録商標))技術を用いて、作成され得る。本明細書中で開示されるいずれかの変異を含む植物は、組み合わせてまたは単独で、新規な除草剤耐性製品基礎を形成することができる。また、PPX遺伝子の変異についてホモ接合性またはヘテロ接合性のいずれかである変異した植物から生成される種子も提供される。本明細書に開示される変異は、他の既知の任意の変異との、または将来発見される変異との組み合わせであってもよい。

0044

本明細書中で使用される場合、「ヘテロ接合性」という用語は、相同な染色体セグメント中の1つまたは複数の遺伝子座において異なる対立遺伝子を有することを指す。本明細書中で使用される場合、「ヘテロ接合性」はまた、1つまたは複数のの遺伝子座において異なる対立遺伝子が検出され得るサンプル、細胞、細胞集団または生物も指すことがある。ヘテロ接合性のサンプルは、当該技術分野において知られる方法、例えば、核酸配列決定によって判定してもよい。例えば、配列決定電気泳動像が単一の遺伝子座に2つのピークを示し、両方のピークがおおよそ同じサイズであれば、そのサンプルはヘテロ接合性であると特徴づけることができる。あるいは、一方のピークが他方のピークより小さいが、大きい方のピークのサイズの少なくとも約25%のサイズであれば、そのサンプルはヘテロ接合性であると特徴づけることができる。一部の実施形態においては、小さい方のピークは大きい方のピークの少なくとも約15%である。他の実施形態においては、小さい方のピークは、大きい方のピークの少なくとも約10%である。他の実施形態においては、小さい方のピークは、大きい方のピークの少なくとも約5%である。他の実施形態においては、小さい方のピークの最少量が検出される。

0045

半接合」という用語は、第2の対立遺伝子が欠失しているため、細胞または生物の遺伝子型に1回だけ存在している遺伝子または遺伝子セグメントを指す。本明細書中で使用される場合、「半接合」はまた、1つまたは複数の遺伝子座において対立遺伝子が遺伝子型で1回のみ検出され得るサンプル、細胞、細胞集団または生物を指すこともある。

0046

いくつかの実施形態では、RTDS は、細胞自身の遺伝子修復系を利用して、遺伝子配列インサイチューで特異的に改変し、外来DNAおよび/または遺伝子発現制御配列を挿入せずに、標的とする遺伝子を変化させることに基づく。この方法は、ゲノムの残部を変化させずに残し、遺伝子配列に精密な変化を起こすことができる。従来のトランスジェニックGMOとは対照的に、外来性遺伝的物質インテグレーションはなく、外来性の遺伝的物質は植物中に残らない。多くの実施形態において、RTDSにより導入される遺伝的配列の変化はランダムに挿入されるものではない。影響を受ける遺伝子は、その天然の位置に留まるため、ランダムな、制御されない、または有害な発現パターンは生じない。

0047

この変化を引き起こすRTDSは、標的とする遺伝子の位置でハイブリダイズして、ミスマッチした塩基対単数または複数)を生成するよう設計された、DNAおよび修飾RNA塩基の両方、ならびに他の化学成分から構成されることができる、(例えば、遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)を使って)化学的に合成されたオリゴヌクレオチドである。このミスマッチした塩基対は、細胞自身の天然の遺伝子修復系をその部位に引きつけるシグナルとして作用し、遺伝子中の指定されたヌクレオチド(単数または複数)を修正(置換、挿入または欠失)する。修正プロセスが完了すると、RTDS分子は分解され、今回改変されたまたは修復された遺伝子は、その遺伝子の通常の内因性制御機構の下で発現される。

0048

遺伝子修復オリゴ核酸塩基(「GRON」)
本明細書中で開示される方法および組成物は、例えば、以下で詳述されるコンフォメーションおよび化学を有する「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」を用いて、実施または製造することができる。本明細書において企図される「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」は、公開された化学文献および特許文献において、例えば、「組換え誘導性(recombinagenic)オリゴ核酸塩基」;「RNA/DNAキメラオリゴヌクレオチド」;「キメラオリゴヌクレオチド」;「混合デュープレックスオリゴヌクレオチド」(MDONs);「RNA DNAオリゴヌクレオチド(RDOs)」;「遺伝子標的化オリゴヌクレオチド」;「ジェノプラスト」;「一本鎖修飾オリゴヌクレオチド」;「一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド変異用ベクター」(SSOMVs);「デュープレックス変異用ベクター」;および「ヘテロデュープレックス変異用ベクター」などの、他の名称を用いて記載されている。

0049

参照により、本明細書に組み込まれる、Kmiecの米国特許第5,565,350号(Kmiec I)およびKmiecの米国特許第5,731,181号(Kmiec II)に記載されるコンフォメーションおよび化学を有するオリゴ核酸塩基は、本開示の「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」として用いるのに適している。Kmiec Iおよび/またはKmiec IIの遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、2つの相補的鎖を含み、その一方は他方の鎖のDNA型のヌクレオチドと塩基対形成される、少なくとも1つのRNA型のヌクレオチドのセグメント(「RNAセグメント」)を含む。

0050

Kmiec IIは、ヌクレオチドの代わりに、プリンおよびピリミジン塩基含有非ヌクレオチドを用いてもよいことを開示している。本開示に用いることができる追加的な遺伝子修復分子は、米国特許第5,756,325号;第5,871,984号;第5,760,012号;第5,888,983号;第5,795,972号;第5,780,296号;第5,945,339号;第6,004,804号;および第6,010,907号、および国際出願PCT/US00/23457号;および国際公開WO第98/49350号;WO第99/07865号;WO第99/58723号;WO第99/58702号;およびWO第99/40789号に記載されており、それぞれはその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

0051

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド(MDON)であり、ここで、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドのRNA型のヌクレオチドは、2’−ヒドロキシルをフルオロクロロまたはブロモ官能基で置換することにより、または2’−O上に置換基を配置することにより、RNaseに耐性とされる。適切な置換基としては、Kmiec IIにより教示される置換基が挙げられる。代替の置換基としては、以下に限定されないが、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第5,334,711号(Sproat)により教示される置換基および特許公開EP第629,387号およびEP第679657号(併せてMartin出願と称される)により教示される置換基が挙げられる。本明細書中で使用される場合、リボヌクレオチドの2’−フルオロ、クロロもしくはブロモ誘導体、またはMartin出願またはSproatに記載される置換基で置換された2’−OHを有するリボヌクレオチドは、「2’−置換リボヌクレオチド」と称される。本明細書中で使用される場合、「RNA型のヌクレオチド」という用語は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの他のヌクレオチドに未置換ホスホジエステル結合またはKmiec IまたはKmiec IIに教示されるいずれかの非天然型結合により連結されている、2’−ヒドロキシルまたは2’−置換ヌクレオチドを意味する。本明細書中で使用される場合、「デオキシリボ型のヌクレオチド」という用語は、2’−Hを有するヌクレオチドを意味し、これは未置換ホスホジエステル結合またはKmiec IまたはKmiec IIに教示されるいずれかの非天然型結合により、遺伝子修復オリゴ核酸塩基の他のヌクレオチドと連結されることができる。

0052

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、もっぱら未置換ホスホジエステル結合により連結されている混合デュープレックスオリゴヌクレオチド(MDON)とすることができる。代替の実施形態においては、結合は、置換されたホスホジエステル、ホスホジエステル誘導体およびKmiec IIに教示されるような非リン系結合によるものである。さらなる別の実施形態においては、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド中のそれぞれのRNA型のヌクレオチドは2’−置換ヌクレオチドである。2’−置換リボヌクレオチドの特に好ましい実施形態は、以下に限定されないが、2’−フルオロ、2’−メトキシ、2’−プロピルオキシ、2’−アリルオキシ、2’−ヒドロキシルエチルオキシ、2’−メトキシエチルオキシ、2’−フルオロプロピルオキシおよび2’−トリフルオロプロピルオキシ置換リボヌクレオチドである。2’−置換リボヌクレオチドのより好ましい態様は、2’−フルオロ、2’−メトキシ、2’−メトキシエチルオキシ、および2’−アリルオキシ置換ヌクレオチドである。別の実施形態においては、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドは、未置換ホスホジエステル結合により連結されている。

0053

1つの型の2’−置換RNA型のヌクレオチドのみを有する混合デュープレックスオリゴヌクレオチド(MDON)はより便利に合成することができるが、本発明の方法は、2またはそれ以上の型のRNA型のヌクレオチドを有する混合デュープレックスオリゴヌクレオチドを用いても実践することができる。RNAセグメントの機能は、2つのRNA型のトリヌクレオチドの間にデオキシヌクレオチドが導入されることにより引き起こされる中断によっては影響され得ないい。したがって、RNAセグメントという用語は、「中断されたRNAセグメント」などの用語を包含する。中断されていないRNAセグメントは、連続的RNAセグメントと称される。代替の実施形態においては、RNAセグメントは、RNase耐性および未置換2’−OHヌクレオチドを交互に含むことができる。混合デュープレックスオリゴヌクレオチドは、好ましくは100ヌクレオチド未満、より好ましくは85ヌクレオチド未満であるが、50より多いヌクレオチドを有する。第1および第2の鎖はワトソン−クリック塩基対を形成する。1つの実施形態においては、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの鎖は、リンカー、例えば、一本鎖ヘキサ、ペ ンタまたはテトラヌクレオチドにより共有結合されており、このため第1の鎖および第2の鎖は、単一の3’末端および単一の5’末端を有する単一のオリゴヌクレオチド鎖のセグメントである。3’および5’末端は、「ヘアピンキャップ」を付加することにより保護することができ、このことにより、3’および5’末端ヌクレオチドは隣接するヌクレオチドとワトソン−クリック対を形成する。さらに、第2のヘアピンキャップを3’および5’末端から離れた位置の第1の鎖と第2の鎖との間の接合部に配置することができ、これにより第1の鎖と第2の鎖との間のワトソン−クリック対が安定化される。

0054

第1の鎖および第2の鎖は、標的遺伝子の2つのフラグメントと相同な2つの領域を含み、すなわち、標的遺伝子と同じ配列を有する。相同領域は、RNAセグメントのヌクレオチドを含み、連結DNAセグメントの1つまたは複数のDNA型のヌクレオチドを含んでいてもよく、また、介在DNAセグメント中には存在しないDNA型のヌクレオチドを含んでいてもよい。相同性の2つの領域は、「非相同領域」と称される、標的遺伝子の配列とは異なる配列を有する領域により分離されており、かつそれぞれは隣接している。非相同領域は、1個、2個または3個のミスマッチしたヌクレオチドを含むことができる。ミスマッチしたヌクレオチドは、連続的であってもよく、あるいは標的遺伝子と相同な1個または2個のヌクレオチドにより分離されていてもよい。あるいは、非相同領域はまた、1個、2個、3個または5個またはそれより少ないヌクレオチドの挿入を含むことができる。あるいは、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの配列は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドからの1個、2個、3個または5個またはそれより少ないヌクレオチドの欠失によってのみ、標的遺伝子の配列と異なっていてもよい。 この場合、非相同領域の長さおよび位置は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドのヌクレオチドが非相同領域中になくても、欠失の長さであるとみなされる。置換(単数または複数)が意図される場合、2つの相同領域に相補的な標的遺伝子のフラグメント間の距離は、非相同領域の長さと同一である。非相同領域が挿入を含む場合、このことにより相同領域は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド中で、その相補的相同フラグメントが遺伝子中で離れているよりさらに離れており、非相同領域が欠失をコードする場合にはその逆があてはまる

0055

混合デュープレックスオリゴヌクレオチドのRNAセグメントは、それぞれ相同領域、すなわち、標的遺伝子のフラグメントと配列が同一である領域の一部である。これらのセグメントは、一緒になって、好ましくは、少なくとも13個のRNA型のヌクレオチドを含み、好ましくは16個から25個のRNA型のヌクレオチドを含み、またはさらにより好ましくは18個から22個のRNA型のヌクレオチドを含み、または最も好ましくは20個のヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、相同性領域のRNAセグメントは、介在DNAセグメントにより分離されかつ隣接しており、すなわち「接続」されている。1つの実施形態においては、非相同領域の各ヌクレオチドは介在DNAセグメントのヌクレオチドである。混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの非相同領域を含む介在DNAセグメントは「変異誘発セグメント」と称される。

0056

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基(GRON)は一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド変異誘発ベクター(SSOMV)であり、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際特許出願PCT/US00/23457号、米国特許第6,271,360号、第6,479,292号および第7,060,500号により開示されている。SSOMVの配列は、米国特許第5,756,325号;第5,871,984号;第5,760,012号;第5,888,983号;第5,795,972号;第5,780,296号;第5,945,339号;第6,004,804号;および第6,010,907号および国際公開WO第98/49350号;WO第99/07865号;WO第99/58723号;WO第99/58702号;およびWO第99/40789号に記載される変異誘発ベクターと同じ原理に基づく。SSOMVの配列は、変異誘発領域と称される、所望の遺伝的変更を含む領域により隔てられている、標的配列と相同な2つの領域を含む。変異誘発領域は、標的配列中で相同領域を隔てている配列と同じ長さであるが、異なる配列を有する配列を有することができる。そのような変異誘発領域は、置換を引き起こすことができる。あるいは、SSOMV中の相同領域は、互いに連続していてもよいが、標的遺伝子中の同じ配列を有する領域は、1個、2個またはそれ以上のヌクレオチドにより隔てられている。そのようなSSOMVは、SSOMVに存在しないヌクレオチドの標的遺伝子からの欠失を引き起こす。最後に、標的遺伝子の相同領域と同一の配列は、標的遺伝子中で隣接していてもよいが、SSOMVの配列中では、1個、2個またはそれ以上のヌクレオチドにより隔てられている。そのようなSSOMVは、標的遺伝子の配列中に挿入を引き起こす。

0057

SSOMVのヌクレオチドは、3’末端および/または5’末端ヌクレオチド間結合を除き未修飾ホスホジエステル結合により連結されているデオキシリボヌクレオチドであるか、あるいは、2つの3’末端および/または5’末端ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートまたはホスホルアミダイトであってもよい。本明細書中で使用される場合,ヌクレオチド間結合はSSOMVのヌクレオチドの間の連結であり、3’末端ヌクレオチドまたは5’末端ヌクレオチドとブロッキング置換基との間の連結を含まない。特定の実施形態においては、SSOMVの長さは21から55デオキシヌクレオチドであり、したがって、相同性領域の長さは合計して少なくとも20デオキシヌクレオチドであり、少なくとも2つの相同性領域はそれぞれ少なくとも8デオキシヌクレオチドの長さを有するべきである。

0058

SSOMVは、標的遺伝子のコーディング鎖または非コーディング鎖のいずれかに相補的であるように設計することができる。所望の変異が単一塩基の置換である場合、変異誘発ヌクレオチドおよび標的ヌクレオチドの両方がピリミジンであることが好ましい。所望の機能上の結果を達成することと一致する範囲で、相補鎖中の変異誘発ヌクレオチドおよび標的ヌクレオチドの両方がピリミジンであることが好ましい。特に好ましいものは、トランスバージョン変異をコードする、すなわち、CまたはT変異誘発ヌクレオチドがそれぞれ相補鎖中のCまたはTヌクレオチドとミスマッチするSSOMVである。

0059

オリゴデオキシヌクレオチドに加え、SSOMVは、5’末端炭素にリンカーを介して結合された5’ブロッキング置換基を含むことができる。リンカーの化学はその長さを除き重要ではなく、長さは、好ましくは少なくとも6原子の長さであるべきであり、リンカーは柔軟性を有するものであるべきである。種々の非毒性置換基、例えば、ビオチンコレステロールまたは他のステロイドまたは非インターカレート性のカチオン性蛍光染料を用いることができる。SSOMVを製造するのに特に好ましい試薬は、バージニア州SterlingのGlen Research社(現在はGE Healthcare)からCy3(商標)およびCy5(商標)として市販されている試薬であり、オリゴヌクレオチド中に取り込まれると、それぞれ 3,3,3’,3’−テトラメチルN,N’−イソプロピル置換インドモノカルボシアニンおよびインドジカルボシアニン染料を生ずる、ブロックされたホスホルアミダイトである。Cy3が特に好ましい。インドカルボシアニンがN−オキシアルキル置換されている場合、これはオリゴデオキシヌクレオチドの5’末端に5’末端リン酸を有するホスホジエステルとして便利に連結することができる。染料とオリゴデオキシヌクレオチドとの間の染料リンカーの化学は重要ではなく、合成の便宜により選択される。市販のCy3ホスホルアミダイトを指示どおりに用いる場合、得られる5’修飾は、ブロッキング置換基およびリンカーが一緒になって、N−ヒドロキシプロピル、N’−ホスファチジルプロピル3,3,3’,3’−テトラメチルインドモノカルボシアニンから構成される。

0060

好ましい態様においては、インドカルボシアニン染料はインドール環の3および3’位においてテトラ置換されている。理論に制約されるものではないが、これらの置換のため、染料はインターカレート染料ではない。これらの位置における置換基の識別は重要ではない。SSOMVはさらに3’ブロッキング置換基を有することができる。ここでも、3’ブロッキング置換基の化学は重要ではない。

0061

本明細書に記載される変異はまた、突然変異生成(ランダム、体細胞的(somatic)または定方向)、または他のDNA編集または組換え手法、例えば、以下に限定されないが、ジンクフィンガーヌクレアーゼによる部位特異的相同組換えを用いる遺伝子標的化によっても得ることができる。

0062

植物細胞への遺伝子修復オリゴ核酸塩基の送達
植物細胞の形質転換する目的に用いられる任意の既知の方法を用いて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基を送達することができる。例示的な方法について以下に説明する。

0063

マイクロキャリアおよびマイクロファイバー
セルロース細胞壁を有する植物細胞中に大きなフラグメントのDNAを発射貫入により導入するための金属マイクロキャリア(微小球)の使用は、当業者によく知られている(以下、バイオリスティック送達と称する)。米国特許第4,945,050号;第5,100,792号および第5,204,253号は、マイクロキャリアおよびこれらを発射させるためのデバイスを選択する一般的手法を記載している。

0064

本明細書で開示される方法においてマイクロキャリアを用いるための具体的な条件は、国際公開WO第99/07865号に記載されている。例示的手法においては、氷冷したマイクロキャリア(60mg/mL)、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド(60mg/mL)、2.5MのCaCl2および0.1Mのスペルミジンをこの順番で加え、混合物を例えば10分間ボルテックスすることにより穏やかに撹拌し、次に室温で10分間放置し、その後、マイクロキャリアを5倍容量エタノール希釈し、遠心分離し、100%エタノールに再懸濁する。良好な結果は、接着溶液中の濃度が8−10μg/μLのマイクロキャリア、14−17μg/mLの混合デュープレックスオリゴヌクレオチド、1.1−1.4MのCaCl2および18−22mMスペルミジンの場合に得ることができる。最適な結果は、8μg/μLのマイクロキャリア、16.5μg/mLの混合デュープレックスオリゴヌクレオチド、1.3MのCaCl2および21mMのスペルミジンの場合に認められた。

0065

遺伝子修復オリゴ核酸塩基はまた、本発明の実施にあたり、細胞壁および細胞膜侵入するためにマイクロファイバーを用いて植物細胞中に導入することができる。Coffeeらの米国特許第5,302,523号は、30x0.5μmおよび10x0.3μmのシリコンカーバイド繊維を用いて、トウモロコシ(Black Mexican Sweet)の懸濁培養物の形質転換を容易にすることを記載している。マイクロファイバーを用いる植物細胞の形質転換用にDNAを導入するために用いることができる任意の機械的手法を用いて、トランス変異用に遺伝子修復オリゴ核酸塩基を送達することができる。

0066

遺伝子修復オリゴ核酸塩基のマイクロファイバーによる送達の例示的手法は次のとおりである:滅菌したマイクロファイバー(2μg)を約10μgの混合デュープレックスオリゴヌクレオチドを含む150μLの植物培養液に懸濁させる。懸濁した培養物沈殿させ、集めた細胞と滅菌ファイバー/ヌクレオチド懸濁液とを等量で10分間ボルテックスし、プレート播種する。選択培地は、特定の特性に適するように、ただちに適用するか、または約120時間まで遅ら せて適用する。

0067

プロトプラストエレクトロポレーション
代替の実施形態においては、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、植物の一部に由来するプロトプラストのエレクトロポレーションにより植物細胞に送達することができる。プロトプラストは、当業者によく知られる手法にしたがって、植物の一部、特に葉を酵素で処理することにより形成される。例えば、Galloisら、1996、Methodsin Molecular Biology 55:89−107、Humana Press、Totowa、N.J.;Kipp etら、1999年、 Methods in Molecular Biology 133:213−221、Humana Press、Totowa、N.Jを参照されたい。プロトプラストは、エレクトロポレーション前に成長培地で培養する必要はない。エレクトロポレーションの条件の一例は、総容量0.3mL中に3x105個のプロトプラストであり、遺伝子修復オリゴ核酸塩基の濃度は0.6−4μg/mLである。

0068

プロトプラストPEG媒介性DNA取り込み
代替の実施形態においては、当業者によく知られる手法にしたがって、膜改変剤であるポリエチレングリコールの存在下で、核酸を植物プロトプラストに取り込ませる (例えば、Gharti−Chhetriら、1992;Dattaら、1992を参照されたい)。

0069

マイクロインジェクション
代替の実施形態においては、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、マイクロキャピラリーを用いて植物細胞またはプロトプラストに注入することにより送達することができる(例えば、Mikiら、1989年;Schnorfら、1991年を参照)。

0070

トランスジェニック
本明細書中に開示される組成物および方法の様々な態様および実施形態のいずれかにおいて、遺伝子およびタンパク質における変異は、例えばトランスジェニック技術を使って生成され得る。いくつかの実施形態では、該組成物および方法は、本明細書中に開示されたPPXヌクレオチドに操作可能な形で連結されたプロモーターを含む、形質転換された核酸構築体を有する植物または植物細胞を含む。本明細書中に開示された方法は、本明細書中に開示されたPPX核酸構築体を少なくとも1つの植物細胞に導入し、そこから形質転換された植物を再生することも含み得る。該核酸構築体は、本明細書中に開示されているような除草剤耐性PPXタンパク質をコードする少なくとも1つのヌクレオチド、特に図2図4図6図8図10および図12に規定されたヌクレオチド配列およびフラグメントならびにそれらの異型を含む。該方法は、さらに、植物細胞において遺伝子発現推進することが可能なプロモーターの使用も伴う。1つの実施形態において、このようなプロモーターは、構成的プロモーターまたは組織優先プロモーターである。これらの方法で生成される植物は、形質転換されていない植物と比較すると、増加したPPX活性および/または特に除草剤耐性PPX活性を有し得る。したがって、これらの方法は、特にPPXを阻害する除草剤の存在下で、PPX酵素の活性を高める、少なくとも1つの除草剤に対する植物の抵抗性を強化または増加する上で有用である。

0071

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、除草剤耐性植物を生成するための方法は、植物細胞における発現を促進するプロモーターに作動可能に連結されたヌクレオチド配列を含む核酸構築体を用いて、植物細胞を形質転換し、さらに前記形質転換した植物細胞から形質転換した植物を再生することも含み得る。ヌクレオチド配列は、本明細書中で開示された除草剤耐性PPX、特に図2図4図6図8図10および図12に規定されたヌクレオチド配列およびフラグメントならびにこれらの異型をコードするヌクレオチド配列から選択される。この方法により生成された除草剤耐性植物は、形質転換されていない植物と比較すると、少なくとも1つの除草剤、特に、例えばPPXを阻害する除草剤など、PPX酵素の活性に干渉する除草剤に対して、強化された抵抗性を含む。

0072

開示された核酸分子は、植物、例えばSolanum tuberosum などの作物植物の形質転換する目的で核酸構築体中で用いることができる。1つの実施形態において、本開示の核酸分子を含むこのような核酸構築体は、PPX阻害型除草剤など、PPX活性を阻害することが知られている除草剤などの除草剤に対する抵抗性を作り出す目的で、トランスジェニック植物の生成に利用することができる。核酸構築体は、発現カセット、発現ベクター、形質転換ベクタープラスミドなどの中で用いることができる。このような構築体による形質転換に続いて得られるトランスジェニック植物は、PPX阻害型除草剤、例えば、フルミオキサジン除草剤およびスルフェントラゾン除草剤などに対して増加された抵抗性を示す。

0073

構築体
本明細書中で開示される核酸分子(例えば、変異したPPX遺伝子)は、組換え核酸構築体の生成に使用することができる。1つの実施形態では、本開示の核酸分子は、関心対象の植物における発現のために、核酸構築体、例えば、発現カセットの調製に使用することができる。

0074

発現カセットは、本明細書中で開示されるPPX核酸配列に操作可能な形で連結される調節配列を含んでもよい。該カセットは、さらに、生物に同時形質転換される少なくとも1つの追加の遺伝子を含んでもよい。あるいは、遺伝子(単数または複数)は複数の発現カセットで提供することもできる。

0075

核酸構築体は、調節領域の転写調節の下に置かれるPPX核酸配列の挿入のために、複数の制限酵素認識部位を使って提供されてもよい。核酸構築体はさらに、選択可能なマーカー遺伝子をコードする核酸分子を含んでもよい。

0076

任意のプロモーターを、核酸構築体の生成に使用することができる。プロモーターは、植物宿主および/または本明細書中で開示されるPPX核酸配列に対して、本来のものまたは類似性のものまたは外来性のものもしくは異種性のものであってもよい。さらに、プロモーターは、自然の配列であっても、あるいは合成配列であってもよい。プロモーターが植物宿主に対して「外来性の」または「異種性の」ものである場合、プロモーターは、プロモーターが導入される本来の植物中に見つけられないことが意図される。プロモーター が、本明細書中で開示されるPPX核酸配列に対して「外来性の」または「異種性の」ものである場合、プロモーターは、本明細書中で開示された、作動可能に連結されたPPX核酸配列に対して本来のまたは天然に発生するプロモーターではないことが意図される。本明細書中で使用されるように、キメラ遺伝子は、コーディング配列に対して異種性の転写開始領域に作動可能に連結されたコーディング配列を含む。

0077

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、 本明細書中で開示されるPPX核酸配列は、異種性のプロモーターを使用して発現されることもあるが、本来のプロモーター配列を構築体の調製に使用することもできる。このような構築体は、植物または植物細胞におけるPPXタンパク質の発現レベルを変更することになる。したがって植物または植物細胞の表現型は改変される。

0078

PPXコーディング配列の発現を制御するための構築体の調製には、例えば、植物中での発現のための構成的プロモーター、組織優先プロモーター、誘導プロモーターまたはその他のプロモーターを可能にするプロモーターなど、任意のプロモーターを使用することができる。構成的プロモーターは、例えば、Rsyn7プロモーターのコアプロモーターならびに国際公開第99/43838号および米国特許第6,072,050号に開示される他の構成的なプロモーター、コアCaMV 35Sプロモーター(Odellら(1985年)Nature 313:810−812ページ);イネアクチン(McElroyら(1990年)Plant Cell 2:163−171ページ)、ユビキチン(Christensenら(1989年)Plant Mol. Biol. 12:619−632ページおよびChristensenら(1992年)Plant Mol. Biol. 18:675−689ページ);pEMU(Lastら(1991年)Theor. Appl. Genet. 81:581−588ページ);MAS(Veltenら(1984年)EMBO J. 3:2723−2730ページ);ALSプロモーター(米国特許第5,659,026号)、ならびにその他同種のものを含む。他の構成的プロモーターは、例えば、米国特許第5,608,149号;第5,608,144号;第5,604,121号;第5,569,597号;第5,466,785 号;第5,399,680号;第5,268,463号;第5,608,142号、および第6,177,611号を含む。

0079

組織優先プロモーターは、特定の植物組織内でのPPX発現を指向するために利用することができる。このような組織優先プロモーターは、葉優先プロモーター、根優先プロモーター、種子優先プロモーター、および優先プロモーターを含むが、これらに限定されない。組織優先プロモーターは、Yamamotoら(1997年)Plant J. 12(2):255−265ページ;Kawamataら(1997年) Plant Cell Physiol. 38(7):792−803ページ;Hansenら(1997年)Mol. Gen Genet. 254(3):337−343ページ;Russellら(1997年)Transgenic Res. 6(2):157−168ページ;Rinehartら(1996年)Plant Physiol. 112(3):1331−1341ページ;Van Campら(1996年)Plant Physiol. 112(2):525−535ページ;Canevasciniら(1996年)Plant Physiol. 112(2):513−524ページ;Yamamotoら(1994年)Plant Cell Physiol. 35(5):773−778ページ;Lam(1994年)Results Probl. Cell Differ 20:181−196ページ;Orozcoら(1993年)Plant Mol Biol. 23(6):1129−1138ページ;Matsuokaら(1993年)Proc Natl. Acad. Sci. USA 90(20):9586−9590ページ;およびGuevara−Garciaら(1993年)Plant J. 4(3):495−505ページを含む。

0080

核酸構築体は、転写終結領域を含んでもよい。転写終結領域を使用する場合、核酸構築体の調製には、任意の転写終結領域を使用してよい。例えば、終結領域は転写開始領域と同じ天然型、作動可能に連結された関心対象のPPX配列と同じ天然型、植物宿主と同じ天然型、または他の起源に由来するものでもよい(すなわち、プロモーター、当該PPX核酸分子、植物宿主もしくはこれらの任意の組み合わせに対して外来もしくは異種)。本開示の構築体で使用することの可能な終結領域の例として、オクトピン合成酵素およびノパリン合成酵素終結領域などの、A. tumefaciensのTiプラスミドから得られるものが挙げられる(Guerineauら(1991年)Mol. Gen. Genet. 262:141−144;Proudfoot(1991年)Cell 64:671−674;Sanfaconら(1991年)Genes Dev. 5:141−149;Mogenら(1990年)Plant Cell 2:1261−1272;Munroeら(1990年)Gene 91:151−158;Ballasら(1989)Nucleic AcidsRes. 17:7891−7903;およびJoshiら(1987年)Nucleic Acid Res. 15:9627−9639も参照されたい)。

0081

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、核酸は形質転換した植物中で発現を増強するために最適化することができる。すなわち、変異PPXタンパク質をコードする核酸は、発現の向上のために植物優先コドンを使って合成することができる。例えば、宿主優先コドンの用途の検討については、CampbellおよびGowri(1990年)Plant Physiol.92:1−11を参照されたい。植物優先遺伝子の合成には、当技術分野利用可能な方法が存在する。例えば、米国特許第5,380,831号および第5,436,391号およびMurrayら(1989年) Nucleic AcidsRes. 17:477−498を参照されたい。

0082

加えて、その他の配列改変を、本明細書中で開示される核酸配列に加えることができる。例えば、追加的な配列改変は細胞宿主における遺伝子発現を高めることが知られている。これには、擬似ポリアデニル化シグナル、エクソン/イントロンスプライス部位シグナル、トランスポゾンリピート、ならびに遺伝子発現に有害となる可能性のある、十分特性の明らかな他の配列をコードする配列の除去が含まれる。配列のG−G含量を、宿主細胞で発現される既知遺伝子と比較して計算された、標的細胞性宿主に対する平均的なレベルに調整することもできる。さらに、配列は予測されるmRNAのヘアピン二次構造を避けるように改変することも可能である。

0083

他の核酸配列も、例えば、PPXのコーディング配列の発現を増強する目的で、本開示の構築体の調製に使用することができる。このような核酸配列には、トウモロコシのイントロンAdhI、イントロン1遺伝子(Callisら(1987年)Genes and Development 1:1183−1200)、ならびにタバコモザイクウイルス(TMV)、トウモロコシクロロティックモットルウイルスおよびアルファルファモザイクウイルス(Gallieら(1987年)Nucleic Acid Res. 15:8693−8711ならびにSkuzeskiら(1990年)Plant Mol. Biol.15:65−79、1990)由来のリーダー配列(W配列)が含まれる。トウモロコシのshrunken−1遺伝子座由来の第1のイントロンは、キメラ遺伝子構築体において遺伝子の発現を増加させることが明らかになった。米国特許第5,424,412号および第5,593,874号は、遺伝子発現構築体における特定のイントロンの使用を開示し、Gallieら((1994年)Plant Physiol. 106:929−939)は、遺伝子発現を組織特異的に制御するために、イントロンが有用であることも明らかにした。PPX遺伝子発現をさらに高め、または最適化するために、本明細書中に開示される植物発現ベクターはまた、マトリクス結合領域(MAR)を含むDNA配列を含有することができる。このように改変された発現系で形質転換された植物細胞は、その後、本開示のヌクレオチド配列の、過剰発現もしくは構成的発現を示す可能性がある。

0084

本明細書中に開示される発現構築体は、葉緑体にPPX配列の発現を誘導可能な核酸配列も含むことができる。このような核酸配列には、植物細胞葉緑体に対して、関心対象の遺伝子産物を誘導するための葉緑体輸送ペプチドをコードする葉緑体標的配列も含まれる。そのような輸送ペプチドは当該技術分野において公知である。葉緑体標的配列に関し、「作動可能に結合」とは、輸送ペプチドをコードする核酸配列(すなわち、葉緑体標的配列)が本明細書中で開示されるPPX核酸分子に結合し、この2つの配列が連続的で、同じリーディングフレーム内にあるようになることである。例えば、Von Heijneら(1991年)Plant Mol. Biol. Rep. 9:104−126;Clarkら (1989年)J. Biol. Chem. 264:17544−17550;Della−Cioppaら(1987年)Plant Physiol. 84:965−968;Romerら(1993年)Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414−1421;およびShahら(1986年)Science 233:478−481を参照されたい。本明細書中で開示されるPPXタンパク質は、天然葉緑体輸送ペプチドを含むが、成熟PPXタンパク質をコードするヌクレオチド配列の5’末端に葉緑体標的配列を作動可能に結合することにより、当該技術分野において公知の任意の葉緑体輸送ペプチドが、成熟 PPXタンパク質のアミノ酸配列に融合され得る。

0085

葉緑体標的配列は当該技術分野において公知であり、リブロース−15−二リン酸カルボキシラーゼ(Rubisco)の葉緑体小サブユニット(de Castro Silva Filhoら(1996年)Plant Mol. Biol. 30:769−780;Schnellら(1991年)J. Biol. Chem. 266(5):3335−3342);5−(エノールピルビルシキミ酸−3−リン酸合成酵素(EPSPS) (Archer ら(1990年)J. Bioenerg. Biomemb. 22(6):789−810);トリプトファン合成酵素(Zhaoら(1995年)J. Biol. Chem. 270(11):6081−6087);プラストシアニン(Lawrenceら(1997年)J. Biol. Chem. 272(33 ):20357−20363);コリスミ酸合成酵素(Schmidtら(1993年)J. Biol. Chem. 268(36):27447−27457);および集光性クロロフィルa/b結合タンパク質LHBP)(Lamppaら(1988年)J. Biol. Chem. 263:14996−14999)を含む。Von Heijneら(1991年)Plant Mol. Biol. Rep. 9:104−126;Clarkら (1989年)J. Biol. Chem. 264:17544−17550;Della−Cioppaら(1987年)Plant Physiol. 84:965−968;Romerら(1993年)Biochem. Biophys. Res. Commun.196:1414−1421; およびShahら(1986年)Science 233:478−481も参照されたい。

0086

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、核酸構築体は、植物細胞葉緑体からの変異PPXコーディング配列の発現を誘導するように調製することができる。葉緑体の形質転換のための方法も当該技術分野において公知である。例えば、Svabら(1990年)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8526−8530;SvabおよびMaliga(1993年)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:913−917;SvabおよびMaliga(1993年)EMBO J. 12:601−606を参照されたい。該方法は、選択マーカーを含むDNAのパーティクルガンによる送達および相同組換えによる色素体ゲノムへのDNAの標的化に依存する。加えて、核にコードされ、色素体方向づけられるRNAポリメラーゼの組織優先の発現による、 色素体に運ばれるサイレントトランス遺伝子トランス活性化により、色素体の形質転換を行うことができる。そのようなシステムは、McBrideら (1994年)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:7301−7305にて報告されている。

0087

葉緑体を標的とする関心対象の核酸は、植物核とこの細胞小器官との間でのコドン使用の相違を考慮し、葉緑体における発現のために最適化されてもよい。このように、関心対象の核酸は葉緑体優先コドンを用いて合成されてもよい。例えば、本明細書に参照により組み込まれる、米国特許第5,380,831号を参照されたい。

0088

核酸構築体は、植物細胞の形質転換および変異PPXコーディング配列を含むトランスジェニック植物の再生のために使用することができる。多くの植物形質転換ベクターおよび植物を形質転換する方法を利用できる。例えば、米国特許第6,753,458号、An,G.ら(1986年)Plant Pysiol., 81:301−305;Fry,J.ら(1987年)Plant Cell Rep. 6:321−325;Block, M.(1988年)Theor. Appl Genet. 76:767−774;Hincheeら(1990年)Stadler. Genet. Symp. 203212.203−212;Cousinsら(1991年)Aust. J. Plant Physiol. 18:481−494;Chee, P. P.およびSlightom, J. L.(1992年)Gene 118:255−260;Christouら(1992年)Trends. Biotechnol. 10:239−246;D’Halluinら (1992年)Bio/Technol. 10:309−314;Dhirら(1992年)Plant Physiol. 99:81−88;Casasら(1993年)Proc. Nat. Acad Sci. USA 90:11212−11216;Christou, P.(1993年)In Vitro Cell. Dev. Biol.−Plant;29P:119−124;Daviesら(1993年)Plant Cell Rep.12:180−183;Dong, J. A.およびMcHughen, A.(1993年)Plant Sci. 91:139−148;Franklin, C. I.およびTrieu, T.N.(1993年)Plant. Physiol. 102:167;Golovkinら(1993年)Plant Sci.90:41−52;Guo Chin Sci. Bull. 38:2072−2078;Asanoら(1994年)Plant Cell Rep. 13;Ayeres N. M.およびPark, W.D.(1994年)Crit. Rev. Plant. Sci.13:219−239;Barceloら (1994年)Plant. J. 5:583−592;Beckerら(1994年)Plant. J. 5:299−307;Borkowskaら (1994年)Acta. Physiol Plant. 16:225−230;Christou, P.(1994年)Agro. Food. Ind. Hi Tech.5:17−27;Eapenら(1994年)Plant Cell Rep.13:582−586;Hartmanら(1994年)Bio−Technology 12:919923;Ritalaら(1994年)Plant. Mol. Biol.24:317−325;ならびにWan, Y. C.および Lemaux,P.G.(1994年)Plant Physiol. 104:3748を参照されたい。構築体は相同組換えを使って植物細胞に形質転換することもできる。

0089

本明細書中で開示されるPPX核酸配列を含むか維持された構築体は、細菌、酵母などのトランスジェニック宿主細胞を産生するため、および植物細胞を形質転換し、場合によっては、トランスジェニック植物を再生するために、様々な方法で使用することができる。例えば、本明細書中に開示されるPPX変異タンパク質を含むトランスジェニック作物植物を産生する方法は、 植物における核酸の発現が、野生型植物または既知のPPX変異植物と比較して、除草剤耐性につながる場合、(a)変異PPXタンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターを植物細胞に導入すること、および(b)植物細胞から、除草剤耐性のトランスジェニック植物を生成することを含む。

0090

PPX変異
組成物および方法は、少なくとも部分的には、PPX遺伝子における変異、例えば、PPX阻害ファミリーの除草剤に属す除草剤に対するて抵抗性または耐性を植物に与える変異に関し得る。該組成物および方法は、また、特定の実施形態において、PPXタンパク質をコードする遺伝子において、染色体またはエピソー無配列に所望の変異を生じさせるための遺伝子修復オリゴ核酸塩基の使用に関する。変異したタンパク質は、いくつかの実施形態では、野生型タンパク質の触媒活性を実質的に維持することができ、PPX阻害ファミリーの除草剤に対して、植物の抵抗性または耐性の増加につながり、いくつかの実施形態では、除草剤の有無に関わらず、野生型の植物と比較して、植物、その器官、組織または細胞の実質的に正常な成長または発達を可能にする。該組成物および方法は、また、PPX遺伝子に変異が生じた非トランスジェニックまたはトランスジェニック植物細胞、そこから再生された非トランスジェニック植物またはトランスジェニック植物、ならびに再生された非トランスジェニック植物またはトランスジェニック植物を、例えば、異なるPPX遺伝子に変異を有する植物に対して使った交差から生じる植物に関する。これらの変異は作物植物、藻、細菌、菌類を含めた植物および哺乳類系で、これらの阻害剤に対する耐性を目的として適用することもできる。

0091

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質の少なくとも1つの変異は、配列ID番号:1の52、85、105、111、 130、139、143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、 316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508、および525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在することができる。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の58、 64、 74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および50から成る群から選択される位置に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置52に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:1の位置111に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置130に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置139に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置143に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置147に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置165に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置185に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置192に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置193に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置199に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置206に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置219に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置228に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置229に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置230に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置256に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置270に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置271に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置272に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置305に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置311に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置316に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置318に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置332に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の357に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置359に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置360に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置366に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置393に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置403に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置424に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置426に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置438に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置440に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置444に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置455に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置457に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置470に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置478に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置483に対応する位置にある位置フェルニルアラニンからグリシンに対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置484に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置485に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置487に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置490に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置503に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置508に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置525に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置58に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置64に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置74に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置84に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置93に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置97に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置101に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置119に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置121に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置124に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置139に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置150に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置151に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置157に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置164に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置170に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置177に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置187に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置188に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置195に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置214に対応するアミノ酸位置に変異を
含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置215に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置229に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置230に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置271に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置274に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置278に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置283に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置292に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置296に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置307に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置324に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置330に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置396に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置404に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置406に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置410に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置421に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置423に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置434に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置447に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置448に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置449に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置451に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置454に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置465に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置470に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置500に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の変異を含み、少なくともそのうちの1つの変異は、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、 316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の変異を含み、少なくともそのうちの1つの変異は配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、3つまたはそれ以上の変異を含み、そのうちの少なくとも1つの変異は、配列ID番号:1の52、85、105、111、130、139、 143、144、145、147、165、167、170、180、185、192、193、199、206、212、219、220、221、226、228、229、230、237、244、256、257、270、271、272、305、311、 316、318、332、343、354、357、359、360、366、393、403、424、426、430、438、440、444、455、457、470、478、483、484、485、487、490、503、508および525から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、3つまたはそれ以上の変異を含み、少なくともそのうちの1つの変異は、配列ID番号:9の58、64、74、84、93、97、98、101、119、121、124、139、150、151、157、164、170、177、187、188、195、214、215、229、230、271、274、278、283、292、296、307、324、330、396、404、406、410、421、423、434、447、448、449、451、454、465、470および500から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に存在する。

0092

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質の少なくとも1つの変異は、配列ID番号:1のG52、N85、N105、E111、G130、D139、P143、R144、F145、L147、F165、L167、I170、A180、P185、E192、S193、R199、V206、E212、Y219、A220、G221、L226、M228、K229、A230、K237、S244、R256、R257、K270、P271、Q272、S305、E311、T316、 T318、S332、S343、A354、L357、K359、L360、A366、L393、L403、L424、Y426、S430、K438、E440、V444、L455、K457、V470、F478、F483、D484、I485、D487、K490、L503、V508およびI525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在することができる。本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質の少なくとも1つの変異は、配列ID番号:9のD58、E64、G74、G84、L93、K97、K98、A101、S119、F121、T124、N139、E150、S151、Q157、V164、D170、C177、H187、L188、X195、P214、I215、K229、K230、C271、D274、F283、A292、S296、C307、N324、D330、S396、A404、R406、K410、L421、A423、C434、D447、S448、V449、D451、D454、Y465、K470およびT500から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在することができる。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置G52に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のN85に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のE111に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のG130に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のD139に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のP143に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のR144に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置F145に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のL147に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置F165に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L167に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:1の位置I170に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のA180に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置P185に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置E192に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S193に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置R199に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のV206に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置E212に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のY219に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のA220に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置G221に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のL226に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置M228に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K229に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置A230に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K237に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S244に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置R256に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置R257に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K270に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置P271に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置Q272に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S305に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置E311に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置T316に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置T318に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S332に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S343に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置A354に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L357に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K359に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のL360に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置A366に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L393に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L403に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L424に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置Y426に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S430に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K438に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置E440に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置V444 に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L455に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K457に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置V470に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置F478に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置F483に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置D484に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置I485に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置D487に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K490に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L503に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置V508に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置I525に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置D58に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置E64に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置G74に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置G84に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置L93に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置K97に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置K98に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:9の位置A101に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置S119に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置F121に対応するアミノ酸位置に変異を
含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置T124に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置N139に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置E150に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置S151に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置Q157に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置V164に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置D170に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置C177に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置H187に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置L188に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置N195に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置P214に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置I215に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置K229に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置K230に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置C271に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9のD274に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置F283に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置A292に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置S296に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置C307に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置N324に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置D330に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置S396に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置A404に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置R406に対応するアミノ酸位置に変異を含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置K410に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置L421に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置A423に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置C434に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置D447に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置S448に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置V449に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:9の位置D451に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置D454に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:9の位置Y465に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置K470に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置T500に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では, PPXタンパク質は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質 (例えば、PPXタンパク質はバレイショのプラスチドのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置52に対応する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されていること;配列ID番号:1の位置272に対応する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されていること;配列ID番号:1の位置359に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること;および/または配列ID番号:1の位置525に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていることがあり得る。そのような実施形態においては、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置N52に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置N85に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置R144に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置F145に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置A180に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置P185に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置A220に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L226に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置M228に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S244に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置K272に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S305に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S332に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L357に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置S359に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は配列ID番号:1の位置L393に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L403に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置L424に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置Y426に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置F478に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1にの位置S525対応するアミノ酸位置の位置に変異を含む。

0093

いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の変異を含み、そのうちの少なくとも1つの変異は、配列ID番号:1のG52、N85、R144、F145、A180、P185、A220、L226、M228、S244、Q272、S305、S332、L357、K359、 L393、 L403、 L424、Y426、 F478およびI525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質(例えば、PPXタンパク質はバレイショのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の1つまたは複数を有する:(1)配列ID番号:1の位置52に対応する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されていること;(2)配列ID番号:1の位置272に対応する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されていること;(3)配列ID番号:1の位置359に対応する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること;および/または(4)配列ID番号:1の位置525に相当する位置にSを有し、そのがS以外のアミノ酸で置換されていること。このような実施形態においては、変異したPPXタンパク質は、2つまたはそれ以上の変異を有し、そのうちの少なくとも1つの変異は、配列ID番号:1のN52、N85、R144、F145、A180、P185、A220、L226、M228、 S244、 K272、S305、 S332、 L357、S359、 L393、 L403、 L424、Y426、F478およびS525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1のG52、N85、R144、F145、A180、P185、A220、L226、M228、S244、Q272、S305、S332、L357、K359、L393、403、L424、Y426、F478およびI525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、PPXタンパク質は、Arabidopsis thalian PPXタンパク質(例えば、PPXタンパク質はバレイショのPPXタンパク質であり得る)のパラログであり、該PPXタンパク質は3つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の1つまたは複数を有する:(1)配列ID番号:1の位置52に相当する位置にNを有し、そのNがN以外のアミノ酸で置換されていること;(2)配列ID番号:1の位置272に相当する位置にKを有し、そのKがK以外のアミノ酸で置換されていること;(3)配列ID番号:1の位置359に相当する位置にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること; および/または(4)配列ID番号:1の位置525にSを有し、そのSがS以外のアミノ酸で置換されていること。このような実施形態においては、変異したPPXタンパク質は、3つまたはそれ以上の変異を有し、そのうちの少なくとも1つの変異は、配列ID番号:1のN52、N85、R144、F145、A180、P185、A220、L226、M228、S244、K272、S305、S332、L357、S359、L393、L403、L424、Y426、 F478およびS525から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。

0094

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質は、票に示された変異から選択される1つまたは複数の変異を含むことができる。

0095

0096

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子における1つまたは複数の変異は、配列ID番号:1の52の位置に対応する位置におけるグリシンからリジン、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸、配列ID番号:1の位置111に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン、配列ID番号:1の位置130に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン、配列ID番号:1の位置139に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン、配列ID番号:1の位置143に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン、配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン、配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン、配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシン、配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸、配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ID番号:1の位置193に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:1の位置199に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ID番号:1の位置206に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置219に対応する位置におけるチロシンからセリン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからシステイン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからロイシン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ID番号:1の226の位置に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン、配列ID番号:1の位置229に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ID番号:1の位置230に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリン、配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置270に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置271に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるグルタミンからフェルニルアラニン、配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:1の位置311に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン、配列ID番号:1の位置316に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ID番号:1の位置318に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからアルギニン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるリジンからトレオニン、配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからリジン、配列ID番号:1の位置360に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸、配列ID番号:1の位置366に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン、配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン、配列ID番号:1の位置438に対応する位置におけるリジンからセリン、配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置455に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の位置457に対応する位置におけるリジンからバリン、配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリン、配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからチロシン、配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン、配列ID番号:1の位置483に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン、配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン、配列ID番号:1の位置485に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸、配列ID番号:1の位置490に対応する位置におけるリジンからアスパラギン、配列ID番号:1の位置503に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置508に対応する位置におけるバリンからトレオニン、および配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンから成る群から選択される1つもしくはそれ以上の変異、2つもしくはそれ以上の変異、または3つもしくはそれ以上の変異を有する変異したPPXタンパク質をコードする。

0097

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の52の位置に対応する位置にグリシンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードすることができる。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置111に対応する位置にグルタミン酸からバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置130に対応する位置にグリシンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置139に対応する位置にアスパラギン酸からヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置143に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は 、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置147に対応する位置におけるロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置165に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置192に対応する位置におけるグルタミン酸からリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置193に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置199に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置206に対応する位置にバリンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置219に対応する位置にチロシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の226の位置に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置228に対応する位置にメチオニンからロイシン を含む変異したPPXタンパク質をコードする。くつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置230に対応する位置にアラニンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置256に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置256に対応する位置におけるアルギニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置270に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置270に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置271に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置272に対応する位置にグルタミンからフェルニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置305に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置311に対応する位置にグルタミン酸からアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置316に対応する位置にトレオニンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置318に対応する位置にトレオニンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置332に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置332に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置357に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置359に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置359に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置360に対応する位置にロイシンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置360に対応する位置にロイシンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置366に対応する位置にアラニンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンから
ロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置438に対応する位置にリジンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置440に対応する位置におけるグルタミン酸からリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置444に対応する位置におけるバリンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置455に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置457に対応する位置にリジンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置470に対応する位置におけるバリンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置470に対応する位置にバリンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置478に対応する位置にフェニルアラニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置483に対応する位置にフェニルアラニンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置484に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置485に対応する位置にイソロイシンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置490に対応する位置にリジンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置503に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置508に対応する位置にバリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。

0098

* 「AA mtn」はアミノ酸の変異を指す;「NA mtn」は核酸の変異を指す。

0099

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置52に対応する位置にグリシンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGGG →AAAを含むことができる。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→GAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGG →TGCまたはTGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGG→CACまたはCAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTT→CTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTT→TAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCA→ACA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCG→CACまたはCAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCG→CGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCG→CGG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCT→TGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCT→ATT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCT→CTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCT→ ACT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCT →GTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGTG→ATG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置228に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするATG→CTG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGC→GGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGC→ACC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置272に対応する位置にグルタミンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCAG →TTCまたはTTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置305に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTCA→ TTA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置332に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするTCT→TGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置357に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCTC→ATC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置359に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAA→ AGA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置359に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAA → ACT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG → ATG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG → TCG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG → GTG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTA→ CGA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTA→TCA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG → TCG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→TGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC → TTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC → CAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→ATC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC → TTAまたはCTC 核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→CGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC → ACC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC → GTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTT→TCT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするATT→ ACT核酸変異を含む。

0100

* 「AA mtn」はアミノ酸の変異を指す;「NA mtn」は核酸の変異を指す。

0101

いくつかの実施形態では、 本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子における1つまたは複数の変異は、配列ID番号:1の52の位置に対応する位置におけるアスパラギンからリジン、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステイン、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン、配列ID番号:1の位置145に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン、配列ID番号:1の位置180に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置185に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからシステイン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからロイシン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ID番号:1の位置220に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ID番号:1の位置226に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシン、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシン、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:1の位置272に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置305に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ID番号:1の位置332に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ID番号:1の位置357に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるセリンからアルギニン、配列ID番号:1の位置359に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置393に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからアルギニン、配列ID番号:1の位置403に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置424に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからシステイン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからロイシン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからアルギニン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからトレオニン、配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからバリン、配列ID番号:1の位置478に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンから成る群から選択される1つもしくはそれ以上の変異、2つもしくはそれ以上の変異、または3つもしくはそれ以上の変異を有する変異したPPXタンパク質をコードすることができる。

0102

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の52の位置に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードすることができる。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置185に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置228に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置272に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置305に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置332に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置357に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置359に対応する位置にセリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置359に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は。配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置478に対応する位置にフェニルアラニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。

0103

いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置52に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→AAA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含むAAT→GAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするCGC→TGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCGC→CAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTT→CTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTT→TAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→ACC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置185に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCT→CAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置185に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCT→CGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置220に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→TGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置220に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→ATC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置220に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→CTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→ACC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置220に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→GTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG→ATG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置226に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするATG→CTG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置244に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質:7をコードするAGC→GGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGC→ACC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置272に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAA→AAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置305に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTCT→CTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置332に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGT→TGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置357に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCTT→ATT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置359に対応する位置にセリンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGT→AGA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置359に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGT→ACT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置393に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG→ATG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置393に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG→TCG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG→GTG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCTA→CGA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置403に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCTA→TCA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTG→TCG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→TGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→AAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→CAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→ATC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→TTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→CGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→ACC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置426に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAC→GTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置428に対応する位置にフェニルアラニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTTT→TCT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTCT→ACT核酸変異を含む。

0104

* 「AA mtn」はアミノ酸の変異を指す;「NA mtn」は核酸の変異を指す。

0105

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置58に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードすることができる。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置64に対応する位置にグルタミン酸からバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置74に対応する位置にグリシンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置84に対応する位置にグリシンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置93に対応する位置にロイシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置97に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置101に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置119に対応する位置にセリンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置121に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置139に対応する位置にアスパラギンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置150に対応する位置にグルタミン酸からアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置150に対応する位置にグルタミン酸からリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置151に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置157に対応する位置にグルタミンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置164に対応する位置にバリンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置164に対応する位置にバリンからアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置170に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置177に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置187に対応する位置にヒスチジンからグルタミンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置195に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置215に対応する位置にイソロイシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置215に対応する位置にイソロイシンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。 いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置230に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置271に対応する位置にシステインからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置274に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置278に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置283に対応する位置にフェニルアラニンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置292に対応する位置にアラニンからグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置296に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置324に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置324に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置330に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置396に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置404に対応する位置にアラニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置406に対応する位置にアルギニンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置410に対応する位置にリジンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置421に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置434に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置434に対応する位置にシステインからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置447に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置448に対応する位置にセリンからアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置449に対応する位置にバリンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置451に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置454に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置465に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置470に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置500に対応する位置にトレオニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードする。

0106

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、 変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置58に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGAT→AAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置64に対応する位置にグルタミン酸からバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGAA→GTA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置74に対応する位置にグリシンからシステインを含む変異したPPXタンパク質をコードするGGT→TGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置84に対応する位置にグリシンからアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGGA→GAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置93に対応する位置にロイシンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCGC→TGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCGC →CAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCGC →CTC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置139に対応する位置にアスパラギンからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→TAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置150に対応する位置にグルタミン酸からアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするGAA→GAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置150に対応する位置にグルタミン酸からリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGAA→AAA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置151に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGT →ACT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置157に対応する位置にグルタミンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCAG→CTG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置164に対応する位置にバリンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGTT→TTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置170に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするGAT→GAA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置187に対応する位置にヒスチジンからグルタミンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCAC→CAG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCTT→ TTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置195に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→AAA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCT→CAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするCCT→TCT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするAAG→GAG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAG→CAG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置230に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAG→ AGG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置283に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGAC→GGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置296に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTCA→TTA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTGT→AGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置324に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→GAT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置324に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→AAA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置330に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするGAT→GAA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置404に対応する位置にアラニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGCC→ TCC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置406に対応する位置にアルギニンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAGG →AAG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置410に対応する位置にリジンからイソロイシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAA→ATA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするXXX GCT→GTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置434に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTGC→AGC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置434に対応する位置にシステインからチロシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTGC→TAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置448に対応する位置にセリンからアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTCA→GCA核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置451に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGAT→GGT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置454に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGAC→AAC核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置465に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするTAT→TTT核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置470に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したPPXタンパク質をコードするAAG→ACG核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:9の位置500に対応する位置にトレオニンからセリンを含む変異したPPXタンパク質をコードするACC→AGC核酸変異を含む。

0107

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の52の位置に対応する位置にグリシンからリジンを含む変異したPPXタンパク質をコードするGGG→AAAを含むことができる。いくつかの実施形態では、変異したPPX遺伝子は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したPPXタンパク質をコードするAAT→GATの核酸変異を含む。

0108

いくつかの実施形態では, 本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPX遺伝子は、変異の組合せ、例えば、PPX遺伝子における2つもしくはそれ以上、3つもしくはそれ以上、4つもしくはそれ以上、5つもしくはそれ以上、または6つもしくはそれ以上の変異を含み得る。特定の実施形態において、変異の組合せは、表4aおよび表4bに示されている変異の組合せから選択される。

0109

0110

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:1の位置332に対応する位置にセリンからシステインを含む。他の実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置272に対応する位置にグルタミンからフェルニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の52の位置に対応する位置にグリシンからリジン、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置228に対応する位置におけるメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の272の位置に対応する位置にグルタミンからフェルニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置228に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の85の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID
番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。

0111

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:1の位置332に対応する位置にセリンからシステインを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:7の位置272に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置52に対応する位置にアスパラギンからリジン、配列ID番号:7の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:7の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置228に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置272に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置228に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、 配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置におけるアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置におけるチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番
号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置220に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:1の位置424に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:1の位置403に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置393に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置144に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:1の位置426に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:1の位置244に対応する位置におけるセリンからグリシンおよび配列ID番号:1の位置525に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置244に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置180に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置145に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置85に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:7の位置226に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ID番号:7の位置525に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。

0112

0113

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置74に対応する位置にグリシンからシステインおよび配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置93に対応する位置にロイシンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置164に対応する位置にバリンからアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシンおよび配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。 いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置119に対応する位置にセリンからアスパラギンおよび配列ID番号:9の位置139に対応する位置にアスパラギンからチロシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置121に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ID番号:9の位置150に対応する位置にグルタミン酸からアスパラギン酸を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置151に対応する位置にセリンからトレオニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミン酸および配列ID番号:9の位置230に対応する位置にリジンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置157に対応する位置にグルタミンからロイシンおよび配列ID番号:9の位置187に対応する位置にヒスチジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置271に対応する位置にシステインからアルギニンおよび配列ID番号:9の位置274に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置396に対応する位置にセリンからロイシンおよび配列ID番号:9の位置410に対応する位置にリジンからイソロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置434に対応する位置にシステインからセリンおよび配列ID番号:9の位置500に対応する位置にトレオニンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置447に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンおよび 配列ID番号:9の位置292に対応する位置にアラニンからグリシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置448に対応する位置にセリンからアラニンおよび配列ID番号:9の位置324に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置465に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンおよび配列ID番号:9の位置470に対応する位置にリジンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、および配列ID番号:9の位置243に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置243に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置243に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置243に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、および配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、および配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含
む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシンおよび配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置423に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置188に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置214に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したPPXタンパク質は、配列ID番号:9の位置98に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ID番号:9の位置124に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ID番号:9の位置229に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ID番号:9の位置307に対応する位置にシステインからセリンを含む。

0114

パラログ
PPX遺伝子における主題の変異は、一般に、Solanum tuberosumプラスチドのPPX遺伝子およびタンパク質(例えば、それぞれ図8および7を参照されたい)を使って、本明細書では記述され、アミノ酸の位置はArabidopsis thaliana(配列ID番号:1)での位置を参照する。該組成物および方法は、変異した他の種(パラログ)のPPX遺伝子およびタンパク質も包含する。ただし、他の種のPPX遺伝子では変化があるため、1つの種において変更の対象となるアミノ酸残基の数は、別の種では異なる可能性がある。しかし類似の位置は、配列相同性により当業者によって、容易に同定される。例えば、表6は様々な植物のPPXコーディング配列パラログにおける相同アミノ酸位置を要約し、図33は、様々な植物に由来するPPXパラログのアミノ酸配列アラインメントを示している。したがって、これらおよびその他のパラログにおける相同位置は、同定して変異させることが可能である。

0115

除草剤
本明細書中で提供される組成物および方法は、PPX阻害型除草剤に対する抵抗性を与えるPPX遺伝子およびPPXタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤は、ジフェニルエーテル系、フェニルピラゾール系、N−フェニルフタルイミド系、チアジアゾール系、オキサジアゾール系、リアゾリノン系、オキサゾリジンジオン系、ピリミジンジオン系の化学ファミリーを含む。代表的なPPX阻害型除草剤の活性成分およびそれらのそれぞれの化学ファミリーについては表5に要約されている。

0116

0117

いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はアシフルオルフェン−Naである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はビフェノックスである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はクロメトキシフェンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はフルオログリコフェンエチルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はホメサフェンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はハロサフェンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はラクトフェンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はオキシフルオルフェンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はフルアレートである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はピラフルフェンエチルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はシニドンエチルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はフルミオキサジンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はフルミクロラックペンチルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はフルチアセットメチルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はチジアジミンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はオキサジアゾンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はオキサアルギルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はアザフェニジンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はカルフェントラゾンエチルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はスルフェントラゾンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はペントキサゾンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はベンズフェンジゾンである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はブタフェナシルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はサフルフェナシルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はピラゾギルである。いくつかの実施形態では、PPX阻害型除草剤はプロフルアゾールである。

0118

例えば本明細書中で開示されているものなど、PPX遺伝子において1つまたは複数の変異を有するトランスジェニック植物もしくは非トランスジェニック植物または植物細胞も提供される。特定の実施形態において、PPX遺伝子において1つまたは複数の変異を有する植物または植物細胞は、PPX阻害型除草剤のメンバーに対する抵抗性または耐性を増加した。特定の実施形態において、PPX遺伝子において1つまたは複数の変異を有する植物または植物細胞は、対応する野生型植物または細胞に比較して、植物、その器官、組織または細胞の実質的に正常な成長または発育を示し得る。特定の態様および実施形態では、例えば、本明細書中に開示したようなPPX遺伝子に変異を有し、特定の実施形態において、PPX阻害型除草剤の化学ファミリーの1つまたは複数のメンバーに対して増加した抵抗性または耐性を有し、対応する野生型植物または細胞に比較して、植物、その器官、組織または細胞の実質的に正常な成長または発育を示し得るトランスジェニック植物または非トランスジェニック植物が提供される。すなわち、例えば、フルミオキサジン、スルフェントラゾンまたはサフルフェナシルなどの、1つまたは複数の存在下において、変異したPPXタンパク質は、野生型PPXタンパク質と比較して実質的に同一の触媒活性を有する。

0119

変異したPPX遺伝子、例えば、本明細書中に記載された1つまたは複数の変異を有する植物を産生するための方法がさらに提供される;好ましくは、該植物は、関係する除草剤の存在の有無に関わらず、野生型タンパク質の触媒活性を実質的に維持する。特定の実施形態において、該方法は、PPX遺伝子に1つまたは複数の標的化した変異(例えば、本明細書中で開示した変異など)を有する遺伝子修復オリゴヌクレオチドを植物細胞に導入すること、および変異したPPX遺伝子を有する細胞、種子または植物を同定することを含む。

0120

植物の種
本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および/または組成物のいずれかと併せて、本明細書中で開示される植物は、双子葉植物単子葉植物または裸子植物の任意の種に属すものとすることができ、木もしくは潅木として生長する任意の木本植物種、任意の草本類、または食用果実、種子もしくは野菜を産生する任意の種、または色彩または芳香のある花をつける任意の種を含む。例えば、植物または植物細胞は、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズspp、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン(field bean)、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、およびすでに具体的に言及されていない場合は堅果を生じる植物から成る群から選択され得る。該植物または植物細胞は、表6から選択される種にも属し得る。該植物または植物細胞は、Arabidopsis thaliana、 Solanum tuberosum、 Solanum phureja、 Oryza sativa、 Amaranthus tuberculatus、 Sorghum bicolor、Ricinus communisおよびZea maysから成る群から選択される種にも属し得る。

0121

DQ386118において、G210が欠失すると、PPX阻害剤に対する耐性に通じる。
Pはプラスチド、Mはミトコンドリア、Bは両方を指す。

0122

遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、以下に限定されないが、マイクロキャリア(遺伝子銃送達)、マイクロファイバ、ポリエチレングリコール(PEG)媒介性取り込み、エレクトロポレーション、およびマイクロインジェクションを含む、当業で一般に用いられている任意の方法を使って、植物細胞に導入することが可能である。

0123

種子を産生する植物(以降では「稔性植物」と呼ぶ)を得るために、本明細書で開示した方法に従って変異させた細胞の培養、ならびにそのような稔性植物からの種子および追加の植物の産生に関する方法および組成物も提供される。

0124

畑における雑草を選択的に抑制する方法も提供され、該畑は、開示されたPPX遺伝子の改変を有する植物および雑草を含み、該方法は、植物が抵抗性を与えられた除草剤を畑に散布することを含む。

0125

関係する除草剤のメンバーに対する抵抗性または耐性を植物に与えるPPX遺伝子における変異も提供する。あるいは、変異したPPX遺伝子は野生型PPXに比較して、実質的に同一の酵素活性を有する。

0126

除草剤耐性植物の選択および除草剤の散布
植物および植物細胞は、当業で一般に知られている方法、例えば、除草剤の存在下で植物または植物細胞を栽培し、除草剤の非存在下での成長速度と比較して、成長速度を測定するなどを使って、除草剤に対する抵抗性または耐性を試験することができる。

0127

本明細書中で使用される場合、植物、植物器官、植物組織または植物細胞の実質的に正常な成長は、野生型PPXタンパク質を発現している、対応する植物、植物器官、植物組織または植物細胞における成長速度または細胞分裂の速度の少なくとも35%、少なくとも50%、少なくとも60%または少なくとも70%の植物、植物器官、植物組織または植物細胞における成長速度または細胞分裂の速度として定義される。

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