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技術 Rスポンジン転位およびその使用方法

出願人 ジェネンテック,インコーポレイテッド
発明者 モドルーサン,ゾラドゥソヴァージュ,フレデリックジェー.ダリンク,ステファンセシャギリ,ソマセカースタビスキ,エリックウィリアム
出願日 2013年2月11日 (8年4ヶ月経過) 出願番号 2014-556773
公開日 2015年5月14日 (6年1ヶ月経過) 公開番号 2015-513529
状態 特許登録済
技術分野 ペプチド又は蛋白質 化合物または医薬の治療活性 抗原、抗体含有医薬:生体内診断剤 蛋白脂質酵素含有:その他の医薬 酵素、微生物を含む測定、試験 突然変異または遺伝子工学 生物学的材料の調査,分析 他の有機化合物及び無機化合物含有医薬
主要キーワード 閾値線 光伝達経路 慎重さ 再アライメント 擦過法 クラスター中心 計算パイプライン 基準組織
関連する未来課題
重要な関連分野

この項目の情報は公開日時点(2015年5月14日)のものです。
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図面 (20)

課題・解決手段

癌などの病態治療に関連する療法が提供される。

概要

背景

米国では、100,000件を超える新たな症例が毎年報告されている結腸直腸癌CRC)は、4番目蔓延している癌であり、1年につき50,000を超える死亡の原因となっている(Siegel,R.ら、CA:A Cancer Journal for Clinicians 61:212〜236(2011))。CRCのおよそ15%が、DNAミスマッチペア(MMR)システム欠損から生じるマイクロサテライト不安定性MSI)を示している(Fearon,E.R.、Annu.Rev.Pathol.6:479〜507(2011))。マイクロサテライト安定な(MSS)CRCのその他の約85%は、染色体不安定性CIN)の結果である(Fearon,E.R.、Annu.Rev.Pathol.6:479〜507(2011))。ゲノム研究により、CRC進行中のAPC、KRAS、およびTP53のような遺伝子における変異の獲得が同定されてきた(Fearon,E.R.、Annu.Rev.Pathol.6:479〜507(2011))。少数試料中の結腸癌タンパク質コードエクソンおよび全ゲノムの塩基配列決定により、おそらく腫瘍形成の一因となるいくつかの追加の変異および染色体構造バリアントが同定された(Wood,L.D.ら、Science 318:1108〜1113(2007);Timmermann,B.ら、PloS One 5:e15661(2010))。しかし、結腸癌のマウスモデルにおける最近の挿入変異スクリーニングによれば、CRC発生における追加の遺伝子および経路関与示唆された(Starr,T.K.ら、Science 323:1747〜1750(2009);March,H.N.ら、Nat.Genet.43:1202〜1209(2011))。

癌、特にヒト結腸癌の病変形成をさらによく理解し、また新たな治療標的を同定する必要性が依然として存在する。

概要

癌などの病態治療に関連する療法が提供される。

目的

本発明は、Rスポンジン転位アンタゴニストを含む経路アンタゴニストおよびその使用方法を提供する

効果

実績

技術文献被引用数
0件
牽制数
0件

この技術が所属する分野

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請求項1

個体において癌を治療する方法において、個体に有効量のwnt経路アンタゴニスト投与することを含み、治療がRスポンジン転位を含む癌を有する個体に基づいている、方法。

請求項2

Rスポンジン転位を含む癌細胞を治療する方法であって、有効量のwnt経路アンタゴニストを提供することを含む、方法。

請求項3

個体がRスポンジン転位を含む癌を有することが分かっているという条件で、個体において癌を治療する方法であって、個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することを含む、方法。

請求項4

個体において癌を治療するための方法において、個体から得られる試料がRスポンジン転位を含むことを判定し、wnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を個体に投与し、それにより癌を治療することを含む、方法。

請求項5

癌を治療する方法において、(a)Rスポンジン転位を含む癌を有する個体を選択し、(b)こうして選択された個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与し、それにより癌を治療することを含む、方法。

請求項6

wnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いまたは低い癌に罹った個体を同定する方法であって、個体から得られる試料におけるRスポンジン転位の存在または非存在を判定することを含み、試料におけるRスポンジン転位の存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いことを示し、またはRスポンジン転位の非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が低いことを示す、方法。

請求項7

癌に罹っている個体が、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療を用いた治療に効果的に応答する可能性が高いかまたは低いかを予測するための方法であって、Rスポンジン転位を判定することを含み、それによりRスポンジン転位の存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、Rスポンジン転位の非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す、方法。

請求項8

wnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する癌に罹った個体の応答または応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られる試料においてRスポンジン転位の存在または非存在を検出することを含み、Rスポンジン転位の存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する個体の応答を予測し、Rスポンジン転位の非存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する個体の応答の欠如を予測する、方法。

請求項9

個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することをさらに含む、請求項6から8のいずれか一項に記載の方法。

請求項10

癌細胞の増殖を阻害する方法において、癌細胞を有効量のRスポンジン転位アンタゴニストに接触させることを含む、方法。

請求項11

個体において癌を治療する方法において、個体に有効量のRスポンジン転位アンタゴニストを投与することを含む、方法。

請求項12

癌または癌細胞がRスポンジン転位を含む、請求項10または11に記載の方法。

請求項13

Rスポンジン転位がRSPO1転位、RSPO2転位、RSPO3転位および/またはRSPO4転位である、請求項1から9および12のいずれか一項に記載の方法。

請求項14

Rスポンジン転位がRSPO2転位である、請求項13に記載の方法。

請求項15

RSPO2転位がEIF3EおよびRSPO2を含む、請求項14に記載の方法。

請求項16

RSPO2転位がEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン2を含む、請求項14に記載の方法。

請求項17

RSPO2転位がEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン3を含む、請求項14に記載の方法。

請求項18

RSPO2転位が配列番号71を含む、請求項14に記載の方法。

請求項19

Rスポンジン転位がRSPO3転位である、請求項13に記載の方法。

請求項20

RSPO3転位がPTPRKおよびRSPO3を含む、請求項19に記載の方法。

請求項21

RSPO3転位がPTPRKエクソン1およびRSPO3エクソン2を含む、請求項19に記載の方法。

請求項22

RSPO3転位がPTPRKエクソン7およびRSPO3エクソン2を含む、請求項19に記載の方法。

請求項23

RSPO3転位が配列番号72および/または配列番号73を含む、請求項19に記載の方法。

請求項24

Rスポンジン転位が、染色体ベル(例えば、FISH)、DNAレベル、RNAレベル(例えば、RSPO1転位融合転写物)、および/またはタンパク質レベル(例えば、RSPO1転位融合ポリペプチド)で検出される、請求項1から9および12から23のいずれか一項に記載の方法。

請求項25

癌または癌細胞が結腸直腸癌である、請求項1から24のいずれか一項に記載の方法。

請求項26

癌または癌細胞が結腸癌または直腸癌である、請求項25に記載の方法。

請求項27

wnt経路アンタゴニストが、抗体、結合ポリペプチド、小分子、またはポリヌクレオチドである、請求項1から9および13から26のいずれか一項に記載の方法。

請求項28

wnt経路アンタゴニストがRスポンジンアンタゴニストである、請求項1から9および13から27のいずれか一項に記載の方法。

請求項29

wnt経路アンタゴニストが、Rスポンジンに結合する単離されたモノクローナル抗体である、請求項28に記載の方法。

請求項30

RスポンジンがRSPO2および/またはRSPO3である、請求項29に記載の方法。

請求項31

RスポンジンアンタゴニストがRスポンジン転位アンタゴニストである、請求項28から30のいずれか一項に記載の方法。

請求項32

抗体、結合ポリペプチド、小分子、またはポリヌクレオチドである、単離されたRスポンジン転位アンタゴニスト。

請求項33

Rスポンジン転位アンタゴニストが、RSPO1転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチド、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチド、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチドならびに/またはRSPO4転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチドに結合する、請求項31に記載の方法または請求項32に記載のアンタゴニスト。

請求項34

Rスポンジン転位アンタゴニストが、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドに結合する、請求項33に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項35

RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがEIF3EおよびRSPO2を含む、請求項34に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項36

RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン2を含む、請求項34に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項37

RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン3を含む、請求項34に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項38

RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドが配列番号71を含む、請求項34に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項39

Rスポンジン転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがRSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドである、請求項33に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項40

RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがPTPRKおよびRSPO3を含む、請求項39に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項41

RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがPTPRKエクソン1およびRSPO3エクソン2を含む、請求項39に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項42

RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドがPTPRKエクソン7およびRSPO3エクソン2を含む、請求項39に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項43

RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドが配列番号72および/または配列番号73を含む、請求項39に記載の方法またはアンタゴニスト。

請求項44

追加の治療薬を投与することをさらに含む、請求項1から41のいずれか一項に記載の方法。

技術分野

0001

関連出願の相互参照
本出願は2012年2月11日提出の米国特許出願第61/597,746号および2012年7月23日提出の米国特許出願第61/674,763号の35U.S.C.§119の下での利益を主張するものであり、その全内容は出典明示により本明細書に援用される。

0002

配列表
本出願はEFS−Webによって提出される配列表を含んでおり、これにより配列表はその全体が出典明示により援用される。前記ASCIIコピーは2013年1月31日に作成され、P4853R1WO_PCTSequenceListing.txtと命名されており、サイズは58,980バイトである。

0003

癌などの病態治療に関連する療法が提供される。

背景技術

0004

米国では、100,000件を超える新たな症例が毎年報告されている結腸直腸癌CRC)は、4番目蔓延している癌であり、1年につき50,000を超える死亡の原因となっている(Siegel,R.ら、CA:A Cancer Journal for Clinicians 61:212〜236(2011))。CRCのおよそ15%が、DNAミスマッチペア(MMR)システム欠損から生じるマイクロサテライト不安定性MSI)を示している(Fearon,E.R.、Annu.Rev.Pathol.6:479〜507(2011))。マイクロサテライト安定な(MSS)CRCのその他の約85%は、染色体不安定性CIN)の結果である(Fearon,E.R.、Annu.Rev.Pathol.6:479〜507(2011))。ゲノム研究により、CRC進行中のAPC、KRAS、およびTP53のような遺伝子における変異の獲得が同定されてきた(Fearon,E.R.、Annu.Rev.Pathol.6:479〜507(2011))。少数試料中の結腸癌タンパク質コードエクソンおよび全ゲノムの塩基配列決定により、おそらく腫瘍形成の一因となるいくつかの追加の変異および染色体構造バリアントが同定された(Wood,L.D.ら、Science 318:1108〜1113(2007);Timmermann,B.ら、PloS One 5:e15661(2010))。しかし、結腸癌のマウスモデルにおける最近の挿入変異スクリーニングによれば、CRC発生における追加の遺伝子および経路関与示唆された(Starr,T.K.ら、Science 323:1747〜1750(2009);March,H.N.ら、Nat.Genet.43:1202〜1209(2011))。

0005

癌、特にヒト結腸癌の病変形成をさらによく理解し、また新たな治療標的を同定する必要性が依然として存在する。

0006

本発明は、Rスポンジン転位アンタゴニストを含む経路アンタゴニストおよびその使用方法を提供する。

0007

本明細書では、癌細胞細胞増殖阻害する方法であって、癌細胞を有効量のRスポンジン転位アンタゴニストに接触させる方法が提供される。本明細書では、個体において癌の治療をする方法であって、個体に有効量のRスポンジン転位アンタゴニストを投与することを含む方法がさらに提供される。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、癌または癌細胞はRスポンジン転位を含む。

0008

本明細書では、個体において癌を治療する方法において、個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することを含み、治療がRスポンジン転位を含む癌を有する個体に基づいている方法が提供される。本明細書では、Rスポンジン転位を含む癌細胞を治療する方法であって、有効量のwnt経路アンタゴニストを提供することを含む方法が提供される。本明細書では、個体がRスポンジン転位を含む癌を有することが分かっているという条件で、個体において癌を治療する方法において、治療が個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することを含む方法も提供される。

0009

さらに、本明細書では、個体において癌を治療するための方法であって、個体から得られる試料がRスポンジン転位を含むことを判定し、wnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を個体に投与し、それにより癌を治療することを含む方法が提供される。

0010

本明細書では、癌を治療する方法において、(a)Rスポンジン転位を含む癌を有する個体を選択し、(b)こうして選択された個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与し、それにより癌を治療することを含む方法が提供される。

0011

本明細書では、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いまたは低い癌に罹った個体を同定する方法であって、個体から得られる試料におけるRスポンジン転位の存在または非存在を判定することを含み、試料におけるRスポンジン転位の存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いことを示し、またはRスポンジン転位の非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が低いことを示す方法も提供される。いくつかの実施態様では、方法はwnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を投与することをさらに含む。

0012

本明細書では、癌に罹っている個体が、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療を用いた治療に効果的に応答する可能性が高いかまたは低いかを予測するための方法であって、Rスポンジン転位を判定することを含み、それによりRスポンジン転位の存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、Rスポンジン転位の非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す方法が提供される。いくつかの実施態様では、方法はwnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を投与することをさらに含む。

0013

本明細書では、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する癌に罹った個体の応答または応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られる試料においてRスポンジン転位の存在または非存在を検出することを含み、Rスポンジン転位の存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する個体の応答を予測し、Rスポンジン転位の非存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する個体の応答の欠如を予測する方法がさらに提供される。いくつかの実施態様では、方法はwnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を投与することをさらに含む。

0014

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、Rスポンジン転位はRSPO1転位、RSPO2転位、RSPO3転位および/またはRSPO4転位である。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位はRSPO2転位である。いくつかの実施態様では、RSPO2転位はEIF3EおよびRSPO2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位はEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位はEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位は配列番号71を含む。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位はRSPO3転位である。いくつかの実施態様では、RSPO3転位はPTPRKおよびRSPO3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位はPTPRKエクソン1およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位はPTPRKエクソン7およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位は配列番号72および/または配列番号73を含む。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、Rスポンジン転位は染色体ベル(例えば、FISH)、DNAレベル、RNAレベル(例えば、RSPO1転位融合転写物)、および/またはタンパク質レベル(例えば、RSPO1転位融合ポリペプチド)で検出される。

0015

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、癌は結腸直腸癌である。いくつかの実施態様では、癌は結腸癌または直腸癌である。
1)方法のいずれかのいくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストは抗体、結合ポリペプチド、小分子、またはポリヌクレオチドである。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニストである。いくつかの実施態様では、RスポンジンアンタゴニストはRSPO1アンタゴニスト、RSPO2アンタゴニスト、RSPO3アンタゴニストおよび/またはRSPO4アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストは、Rスポンジンに結合する単離されたモノクローナル抗体である。いくつかの実施態様では、RスポンジンはRSPO2および/またはRSPO3である。いくつかの実施態様では、RスポンジンアンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位アンタゴニストは、RSPO1転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチド、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチド、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチドならびに/またはRSPO4転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチドに結合する。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位アンタゴニストは、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドに結合する。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはEIF3EおよびRSPO2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドが配列番号71を含む。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはRSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドである。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはPTPRKおよびRSPO3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはPTPRKエクソン1およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはPTPRKエクソン7およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドは配列番号72および/または配列番号73を含む。いくつかの実施態様では、方法は追加の治療薬をさらに含む。

0016

本明細書では、Rスポンジン転位アンタゴニストが抗体、結合ペプチド、小分子、またはポリヌクレオチドである、単離されたRスポンジン転位アンタゴニストが提供される。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位アンタゴニストは、RSPO1転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチド、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチド、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチドならびに/またはRSPO4転位融合ポリペプチドおよび/もしくはポリヌクレオチドに結合する。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位アンタゴニストは、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドに結合する。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはEIF3EおよびRSPO2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドは配列番号71を含む。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはRSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドである。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはPTPRKおよびRSPO3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはPTPRKエクソン1およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドはPTPRKエクソン7およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位融合ポリペプチドおよび/またはポリヌクレオチドは配列番号72および/または配列番号73を含む。

図面の簡単な説明

0017

MRPL33の別の新規な5’エクソンの腫瘍特異的な活性化が、MRPL33のN末端を変化させ、タンパク質を長くする。
ヒゲ図は、MRPL33に対してアライメントした各試料のリード総数により正規化した、上流エクソンのリードのカウントを示す。
SCSゲノムブラウザおよび上流エクソンに対するESマッピングによるH3K27Acのマーク付けを示す、別の上流MRPL33プロモーター領域の証拠をさらに示す。MRLP33のアミノ酸配列MFLSAVFFAKSKSNETKSPLRGKENTLPLNGGLKMTLIYKEKTEGG DTDSEIL(配列番号9);MRLP33の代替プロモーターのアミノ酸配列MMAHDFFLTYKWRAPKSKSLDQLSPNFLLRGRS ETKSPLRGKEKNTLPLNGGLKMTLIYKEKTEGGDTDSEIL(配列番号10)。
Rスポンジンの再発転位。結腸癌におけるRスポンジン遺伝子融合の型および頻度リスト
ゲノムにおけるEIF3E−RSPO2融合の位置、配向およびエクソン−イントロン構造を表す挿絵。RNA−seqデータを使用して同定されたEIF3E(e1)−RSPO2(e2)融合のリードの証拠を示す。
アガロースゲルにおいて分離した、EIF3E−RSPO2体細胞融合を確認する、独立したRTPCR由来産物。RT−PCR産物をSanger法によりシーケンシングし、融合ジャンクションを確認し、関連する代表的クロマトグラム提示する。
得られたEIF3E−RSPO2融合タンパク質の概略図。
Rスポンジン融合を担持する腫瘍は、対応するRSPO遺伝子の発現の上昇を示すことを、ヒートマップで示す。図2は、それぞれ、配列番号85〜92および71を、出現の順に開示している。
PTPRK−RSPO3遺伝子融合の再発。ゲノムにおけるPTPRK−RSPO3遺伝子融合の位置、配向およびエクソン−イントロン構造を表す挿絵。RNA−seqデータを使用して同定されたPTPRK(e1)−RSPO3(e2)融合のリードの証拠を示す。
アガロースゲルにおいて分離した、PTPRK−RSPO3体細胞融合を確認する、独立したRT−PCR由来産物。RT−PCR産物をSanger法によりシーケンシングし、融合ジャンクションを確認し、関連する代表的クロマトグラムを提示する。
PTPRK、RSPO3および得られたPTPRK−RSPO3融合タンパク質の概略図。図3は、それぞれ、配列番号93〜99および72を、出現の順に開示している。
PTPRK(e7)−RSPO3(e2)の融合。
この融合のRT−PCRによる検証を示すゲル
天然および融合タンパク質の概略図。図4は、それぞれ、配列番号100〜104および73を、出現の順に開示している。
RSPO融合産物が、Wntシグナル伝達を活性化する。(A)融合タンパク質をコードする発現構築物トランスフェクトした293T細胞由来培地において、ウエスタンブロットにより検出された分泌RSPO融合タンパク質。期待された産物は、RSPO1−387である。
ルシフェラーゼレポーターアッセイを使用して測定した場合、RSPO融合タンパク質は、Wntシグナル伝達を活性化し、増強する。示されたデータは、融合構築物をトランスフェクトした細胞由来の馴化培地からのものである。少なくとも3回の実験から代表的データを示す。
ルシフェラーゼレポーターアッセイを使用して測定した場合、RSPO融合タンパク質は、Wntシグナル伝達を活性化し、増強する。示されたデータは、細胞レポーター構築物一緒に直接トランスフェクトしたものからのものである。少なくとも3回の実験から代表的データを示す。
Rスポンジン媒介性Wntシグナル伝達経路活性化を提示する挿絵。
Wntシグナル伝達経路遺伝子の選択されたセットにわたったRSPO融合および体細胞変異を表すプロット
KRAS変異はRSPO遺伝子融合とオーバーラップする。
結腸癌におけるRAS/RTK経路の変化。
全ゲノムEIF3E−RSPO2の座標略図および配列。図7は、それぞれ、配列番号105〜108を、出現の順に開示している。
全ゲノムEIF3E−RSPO2の座標略図および配列。図8は、それぞれ、配列番号109〜111を、出現の順に開示している。
全ゲノムPTPRK−RSPO3の座標略図および配列。図9は、それぞれ、配列番号112〜116を、出現の順に開示している。
全ゲノムPTPRK−RSPO3の座標略図および配列。図10は、それぞれ、配列番号112および117〜120を、出現の順に開示している。

0018

I.定義
用語「Rスポンジン」および「RSPO」とは本明細書では、別段の指示がない限り、霊長類(例えば、ヒト)および齧歯類(例えば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む任意の脊椎動物供給源由来の天然Rスポンジンのことである。前記用語は、「完全長」非処理Rスポンジンおよび細胞におけるプロセシングから生じる任意の形態のRスポンジンを包含する。前記用語は、Rスポンジンの天然に存在するバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。Rスポンジンは4種のタンパク質、Rスポンジン1(RSPO1)、Rスポンジン2(RSPO2)、Rスポンジン3(RSPO3)、およびRスポンジン4(RSPO4)のファミリーである。いくつかの実施態様では、RスポンジンはRSPO1である。例となるヒトRSPO1核酸配列の配列は配列番号1であり、または例となるヒトRSPO1は配列番号2のアミノ酸配列である。いくつかの実施態様では、RスポンジンはRSPO2である。例となるヒトRSPO2核酸配列の配列は配列番号3であり、または例となるヒトRSPO2は配列番号4のアミノ酸配列である。いくつかの実施態様では、RスポンジンはRSPO3である。例となるヒトRSPO3核酸配列の配列は配列番号5であり、または例となるヒトRSPO3は配列番号6のアミノ酸配列である。いくつかの実施態様では、RスポンジンはRSPO4である。例となるヒトRSPO4核酸配列の配列は配列番号7であり、または例となるヒトRSPO4は配列番号8のアミノ酸配列である。

0019

「Rスポンジンバリアント」、「RSPOバリアント」、またはその変種は、本明細書で開示されるRスポンジンのいずれかと少なくとも約80%のアミノ酸配列同一性を有すると本明細書で定義される一般に活性RスポンジンポリペプチドであるまたはこれをコードするRスポンジンポリペプチドまたはポリヌクレオチドを意味する。そのようなRスポンジンバリアントには、例えば、1つまたは複数の核酸またはアミノ酸残基が付加されているまたは欠失しているRスポンジンが含まれる。通常、Rスポンジンバリアントは、本明細書で開示されるRスポンジンに対して少なくとも約80%の配列同一性、または少なくとも約81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有することになる。通常、Rスポンジンバリアントは少なくとも約10残基長である、または少なくとも約20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600長、もしくはそれよりも長い。場合により、Rスポンジンバリアントは、Rスポンジンと比べた場合、1つ以下の保存的アミノ酸置換、あるいはRスポンジンと比べた場合、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つまたは10以下の保存的アミノ酸置換を有する配列を有するまたはコードすることになる。

0020

用語「Rスポンジン転位」および「RSPO転位」とは本明細書では、例えば、Rスポンジン、バリアント、もしくはその断片または第二の遺伝子、バリアント、もしくはその断片を含む切れた染色体の一部が異なる染色体位置、例えば、Rスポンジン天然位置とは異なる染色体位置または第二の遺伝子の天然位置とは異なるRスポンジン天然位置中および/もしくはその周囲の染色体位置に再結合するRスポンジンのことである。Rスポンジン転位は、RSPO1転位、RSPO2転位、RSPO3転位、および/またはRSPO4転位であってもよい。

0021

用語「Rスポンジン転位融合ポリヌクレオチド」および「RSPO転位融合ポリヌクレオチド」とは本明細書では、Rスポンジン転位遺伝子産物または融合ポリヌクレオチドの核酸配列のことである。Rスポンジン転位融合ポリヌクレオチドは、RSPO1転位融合ポリヌクレオチド、RSPO2転位融合ポリヌクレオチド、RSPO3転位融合ポリヌクレオチド、および/またはRSPO4転位融合ポリヌクレオチドであってもよい。用語「Rスポンジン転位融合ポリペプチド」および「RSPO転位融合ポリペプチド」とは本明細書では、Rスポンジン転位遺伝子産物または融合ポリヌクレオチドのアミノ酸配列のことである。Rスポンジン転位融合ポリペプチドは、RSPO1転位融合ポリペプチド、RSPO2転位融合ポリペプチド、RSPO3転位融合ポリペプチド、および/またはRSPO4転位融合ポリペプチドであってもよい。

0022

本明細書で定義される用語「Rスポンジン転位アンタゴニスト」は、Rスポンジン転位融合ポリペプチドにより媒介される生物活性を部分的にもしくは完全に遮断する、阻害する、または中和する任意の分子である。いくつかの実施態様では、そのようなアンタゴニストはRスポンジン転位融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは抗Rスポンジン転位抗体である。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。Rスポンジン転位アンタゴニストは、RSPO1転位アンタゴニスト、RSPO2転位アンタゴニスト、RSPO3転位アンタゴニスト、および/またはRSPO4転位アンタゴニストであってもよい。

0023

本明細書で定義される用語「wnt経路アンタゴニスト」は、wnt経路(例えば、wnt経路ポリペプチド)により媒介される生物活性を部分的にもしくは完全に遮断する、阻害する、または中和する任意の分子である。いくつかの実施態様では、そのようなアンタゴニストはwnt経路ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは抗体アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。

0024

「ポリヌクレオチド」、または「核酸」とは、本明細書では互換的に使用されるように、任意の長さのヌクレオチドポリマーのことであり、DNAおよびRNAが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドリボヌクレオチド修飾ヌクレオチドもしくは塩基、および/またはその類似体、またはDNAもしくはRNAポリメラーゼにより、または合成反応によりポリマーに組み込むことができる任意の基質であることが可能である。ポリヌクレオチドは、メチル化されたヌクレオチドなどの修飾ヌクレオチドおよびその類似体を含んでいてもよい。ヌクレオチドの配列に非ヌクレオチド成分が割り込んでいてもよい。ポリヌクレオチドは、合成後に標識へのコンジュゲーションなど(1つまたは複数の)改変を含んでもよい。他の種類の改変には、例えば、「キャップ」、天然に存在するヌクレオチドの1つまたは複数の類似物での置換、例えば、無電荷連鎖(例えば、メチルホスホン酸ホスホトリエステルアミド亜リン酸エステルカルバミン酸、等)および電荷連鎖(例えば、ホスホロチオエートジチオリン酸、等)を有する修飾、例えば、タンパク質(例えば、ヌクレアーゼ毒素、抗体、シグナルペプチド、ply−L−リシン、等)などのペンダント部分を含有する修飾、介入物(例えば、アクリジンソラレン、等)を有する修飾、キレーター(例えば、金属、放射性金属ホウ素、酸化金属、等)を含有する修飾、アルキル化剤を含有する修飾、改変された連鎖(例えば、アルファアノマー核酸、等)を有する修飾などのヌクレオチド間修飾、ならびに非改変型の(1つまたは複数の)ポリヌクレオチドが含まれる。さらに、糖中に通常存在するヒドロキシル基のいずれでも、例えば、ホスホン酸エステル基リン酸基で置換される、標準保護基により保護される、または活性化されて追加のヌクレオチドへの追加の連鎖を調製してもよいし、または固体もしくは半固体支持体コンジュゲートされていてもよい。5’および3’末端OHはリン酸化するまたはアミンもしくは1から20炭素原子有機キャッピング基部分で置換することができる。他のヒドロキシルも標準保護基に誘導体化しうる。ポリヌクレオチドは、例えば、2’−O−メチル−、2’−O−アリル、2’−フルオロ−または2’−アジドリボース炭素環式糖類似物、α−アノマー糖、アラビノーズ、キシロース、またはリキソースなどのエピメリック糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース非環式類似体、およびメチルリボシドなどの脱塩ヌクレオシド類似体を含む、当技術分野で一般に知られているリボースまたはデオキシリボース糖の類似形態も含有することができる。1つまたは複数のホスホジエステル連鎖は代わりの連結基で置換してもよい。これらの代わりの連結基には、リン酸がP(O)S(「チオエート」)、P(S)S(「ジチオエート」)、(O)NR2(「アミダート」)、P(O)R、P(O)OR’、COまたはCH2(「ギ酸アセタール」)で置換されており、それぞれのRまたはR’は独立してHであるまたは場合によりエーテル(−O−)連鎖、アリールアルケニルシクロアルキルシクロアルケニルもしくはアラルジルを含有する置換されたもしくは非置換アルキル(1〜20C)である実施態様が含まれるが、これらに限定されない。ポリヌクレオチド内のすべての連鎖が同一である必要はない。先行する説明は、RNAおよびDNAを含む、本明細書で言及されるすべてのポリヌクレオチドに当てはまる

0025

本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、一般に約200ヌクレオチド長未満であるが、必ずしもそうではない、一般的に一本鎖合成ポリヌクレオチドのことである。用語「オリゴヌクレオチド」と「ポリヌクレオチド」は相互排他的ではない。ポリヌクレオチドについての上記説明は、オリゴヌクレオチドに対して等しく、完全に適用可能である。

0026

用語「プライマー」とは、核酸にハイブリダイズし、一般に遊離の3’−OH基を与えることにより続いて相補的核酸重合化することができる一本鎖ポリヌクレオチドのことである。

0027

用語「小分子」とは、分子量が約2000ダルトンまたはそれよりも少ない、好ましくは約500ダルトンまたはそれよりも少ない任意の分子のことである。

0028

用語「宿主細胞」、「宿主細胞系」、および「宿主細胞培養」は互換的に使用されており、そのような細胞の子孫を含む、外来性核酸が導入されている細胞のことである。宿主細胞には、原発性形質転換細胞および継代の数とは無関係にそれに由来する子孫を含む「形質転換体」および「形質転換細胞」が含まれる。子孫は核酸含有量親細胞と完全に同一というわけではないことがあるが、変異を含有することがある。最初の形質転換細胞においてスクリーニングしてまたは選択して求めた機能または生物活性と同じ機能または生物活性を有する変異体子孫は本明細書に含まれる。

0029

用語「ベクター」とは、本明細書で使用されるように、それが連結されている別の核酸を増殖させることができる核酸のことである。前記用語には、自己複製核酸構造体としてのベクターならびにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれているベクターが含まれる。ある種のベクターは、それが作動可能に連結した核酸の発現を指示することができる。そのようなベクターは本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。

0030

「単離された」抗体は、その天然環境の成分から分離されている抗体である。いくつかの実施態様では、抗体は、例えば、電気泳動(例えば、SDS−PAGE、等電点電気泳動IEF)、キャピラリー電気泳動)またはクロマトグラフィー(例えば、イオン交換または逆相HPLC)により決定される場合、95%よりも多いまたは99%純度まで精製される。抗体純度の評価のための方法についての概説は、例えば、Flatmanら、J.Chromatogr.B 848:79〜87(2007)を参照されたい。

0031

「単離された」核酸とは、その天然環境の成分から分離されている核酸分子のことである。単離された核酸には、通常その核酸分子を含有する細胞に含有される核酸分子が含まれるが、前記核酸分子は染色体外にまたはその天然の染色体上の位置とは異なる染色体上の位置に存在する。

0032

用語「抗体」は本明細書では、その最も広い意味で使用され、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体多重特異的抗体(例えば、二重特異的抗体)、および所望の抗原結合活性を示す限りで抗体断片を含むがこれらに限定されない種々の抗体構造体を包含する。

0033

「抗体断片」とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子のことである。抗体断片の例には、Fv、Fab、Fab’、Fab’−SH、F(ab’)2;ダイアボディ線形抗体、一本鎖抗体分子(例えば、scFv);および抗体断片から形成される多重特異的抗体が含まれるが、これらに限定されない。

0034

基準抗体と「同じエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて基準抗体のその抗原への結合を50%以上ブロックする抗体のことであり、逆に基準抗体は競合アッセイにおいて抗体のその抗原への結合を50%以上ブロックする。例となる競合アッセイは本明細書に提供されている。

0035

用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、および「全抗体」は本明細書では互換的に使用されて、天然の抗体構造に実質的に類似する構造を有するまたは本明細書で定義されるFc領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。

0036

本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、例えば、天然に存在する変異を含有するまたはモノクローナル抗体調製物の産生中に生じる可能なバリアント抗体(そのようなバリアントは一般に少量存在する)を除いて、実質的に均一な抗体の集団(すなわち、その集団を構成する個々の抗体が同一であるおよび/または同じエピトープに結合する)から得られる抗体のことである。典型的には異なる決定基(エピトープ)に対して向けられている異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物のそれぞれのモノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基に対して向けられている。したがって、修飾語モノクローナル」は、抗体の実質的に均一な集団から得られる抗体の特長を指しており、いかなる特定の方法による抗体の産生も必要とすると解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組換えDNA法、ファージディスプレイ法、およびヒト免疫グロブリン遺伝子座のすべてまたは一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法を含むがこれらに限定されない種々の技法により作製しうる(モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法および他の例となる方法は本明細書に記載されている)。

0037

「天然抗体」とは、様々な構造を有する天然に存在する免疫グロブリン分子のことである。例えば、天然IgG抗体は約150,000ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質であり、ジスルフィド結合している2本の同一の軽鎖と2本の同一の重鎖で構成されている。N末端からC末端に向かって、それぞれの重鎖は可変ドメインまたは重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域(VH)を有し、3つの定常ドメイン(CH1、CH2およびCH3)が続く。同様に、N末端からC末端に向かって、それぞれの軽鎖は可変軽ドメインまたは軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域(VL)を有し、定常軽(CL)ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパκ)およびラムダ(λ)と呼ばれる2つの種類のうちの1つに割り当てられることもある。

0038

用語「キメラ」抗体とは、重鎖および/または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来しており、重鎖および/または軽鎖の残りの部分が異なる供給源または種に由来する抗体のことである。

0039

ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞により産生されるまたはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト供給源由来の抗体のアミノ酸配列に一致するアミノ酸配列を有する抗体である。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。

0040

ヒト化」抗体とは、非ヒトHVR由来のアミノ酸残基およびヒトFR由来のアミノ酸残基を含むキメラ抗体のことである。ある特定の実施態様では、ヒト化抗体は、HVR(例えば、CDR)のすべてまたは実質的にすべてが非ヒト抗体のHVRに一致しており、FRのすべてまたは実質的にすべてがヒト抗体のFRに一致している少なくとも1つ、典型的には2つの可変ドメインの実質的にすべてを含むことになる。ヒト化抗体は、場合により、ヒト抗体由来抗体定常領域の少なくとも一部を含むことがある。「ヒト化型の」抗体、例えば、非ヒト抗体とはヒト化を受けた抗体のことである。

0041

抗体の「クラス」とは、定常領域またはその重鎖により所有される定常領域の種類のことである。抗体には5つの主要クラスIgAIgDIgEIgG、およびIgMがあり、これらの抗体のいくつかはさらにサブクラスアイソタイプ)、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2に分けられる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、およびμと呼ばれる。

0042

エフェクター機能」とは、抗体のFc領域に起因し、抗体アイソタイプにより異なる生物活性のことである。抗体エフェクター機能の例には、C1q結合と補体依存性細胞傷害(CDC)、Fc受容体結合、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)、食作用細胞表面受容体(例えば、B細胞受容体)の下方調節、およびB細胞活性化が含まれる。

0043

本明細書の用語「Fc領域」は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のC末端領域を定義するのに使用される。用語は天然配列Fc領域およびバリアントFc領域を含む。一実施態様では、ヒトIgG重鎖Fc領域は、Cys226から、またはPro230から重鎖のカルボキシル末端まで伸びている。しかし、Fc領域のC末端リジン(Lys447)は存在していることもあれば存在しないこともある。本明細書において別段に明記されなければ、Fc領域または定常領域中のアミノ酸残基の番号付けは、EUインデックスとも呼ばれるEU付番方式に従っており、Kabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest、第5版 Public Health Service、National Institutes of Health、Bethesda、MD、1991に記載されている。

0044

フレームワーク」または「FR」とは、超可変領域(HVR)残基以外の可変ドメイン残基のことである。可変ドメインのFRは一般に4つのFRドメイン、FR1、FR2、FR3、およびFR4からなる。したがって、HVRとFR配列は一般に以下の配列、VH(またはVL):FR1−H1(L1)−FR2−H2(L2)−FR3−H3(L3)−FR4で現れる。

0045

「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンVLまたはVHフレームワーク配列セレクションにおいて最も一般的に存在するアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンVLまたはVH配列のセレクションは可変ドメイン配列サブグループに由来する。一般に、配列のサブグループは、Kabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest、第5版、NIH Publication 91〜3242、Bethesda MD(1991)、1〜3巻におけるのと同じサブグループである。一実施態様では、VLでは、サブグループはKabatら、上記参照におけるのと同じサブグループカッパIである。一実施態様では、VHでは、サブグループはKabatら、上記参照におけるのと同じサブグループIIIである。

0046

本明細書での目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、下で定義されるように、ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワーク由来の軽鎖可変ドメイン(VL)フレームワークまたは重鎖可変ドメイン(VH)フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワーク「由来の」アクセプターヒトフレームワークは、それと同じアミノ酸配列を含むことがあり、またはアミノ酸配列変化を含有することもある。いくつかの実施態様では、アミノ酸変化の数は10以下、9以下、8以下、7以下、6以下、5以下、4以下、3以下、または2以下である。いくつかの実施態様では、VLアクセプターヒトフレームワークは、VLヒト免疫グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。

0047

用語「可変領域」または「可変ドメイン」とは、抗体重鎖または軽鎖のうち抗体を抗原に結合させることに関与しているドメインのことである。天然抗体の重鎖と軽鎖の可変ドメイン(それぞれVHとVL)は一般に類似する構造を有しており、それぞれのドメインは4つの保存されたフレームワーク領域(FR)と3つの超可変領域(HVR)を含む(例えば、Kindtら、Kuby Immunology、第6版、W.H.FreemanおよびCo.、91ページ(2007)を参照)。単一のVHまたはVLドメインで抗原結合特異性を与えるのに十分でありうる。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、抗原に結合する抗体由来のVHまたはVLドメインを使用して単離し、それぞれ相補的VLまたはVHのライブラリーをスクリーニングすることができる。例えば、Portolanoら、J.Immunol.150:880〜887(1993);Clarksonら、Nature 352:624〜628(1991)を参照されたい。

0048

本明細書で使用される用語「超可変領域」または「HVR」とは、抗体可変ドメインのうち配列が超可変であるおよび/または構造的に明確なループ(「超可変ループ」)を形成する領域のそれぞれのことである。一般には、天然の4つの鎖抗体は6つのHVR、すなわちVH(H1、H2、H3)に3つ、VL(L1、L2、L3)に3つを含む。HVRは一般に、超可変ループ由来のおよび/または「相補性決定領域」(CDR)由来のアミノ酸残基を含み、後者は最も高度な配列可変性であるかつ/または抗原認識に関与している。例となる超可変ループはアミノ酸残基26〜32(L1)、50〜52(L2)、91〜96(L3)、26〜32(H1)、53〜55(H2)、および96〜101(H3)に存在する(Chothia and Lesk、J.Mol.Biol.196:901〜917(1987))。例となるCDR(CDR−L1、CDR−L2、CDR−L3、CDR−H1、CDR−H2、およびCDR−H3)は、アミノ酸残基L1の24〜34、L2の50〜56、L3の89〜97、H1の31〜35B、H2の50〜65、およびH3の95〜102に存在する(Kabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest、第5版 Public Health Service、National Institutes of Health、Bethesda、MD(1991)。VHにおけるCDR1という例外はあるが、CDRは一般に、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。CDRは、抗原に接触する残基である「特異性決定残基」または「SDR」も含む。SDRは、CDRのうちの短縮型CDR、またはa−CDRと呼ばれる領域内に含有される。例となるa−CDR(a−CDR−L1、a−CDR−L2、a−CDR−L3、a−CDR−H1、a−CDR−H2、およびa−CDR−H3)は、アミノ酸残基L1の31〜34、L2の50〜55、L3の89〜96、H1の31〜35B、H2の50〜58、およびH3の95〜102に存在する(Almagro and Fransson、Front.Biosci.13:1619〜1633(2008)参照)。別段に示されなければ、可変ドメインにおけるHVR残基および他の残基(例えば、FR残基)は、本明細書ではKabatら、上記参照に従って付番されている。

0049

「親和性」とは、分子(例えば、抗体)の単一結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原)の間の非共有結合的相互作用の総和の強度のことである。他の方法で指示されていなければ、本明細書で使用されるように、「結合親和性」とは、結合対(例えば、抗体と抗原)のメンバー間の1対1の相互作用を反映する内因性結合親和性のことである。分子XのそのパートナーYに対する親和性は一般には解離定数(Kd)により表すことができる。親和性は、本明細書に記載される方法を含む、当技術分野で公知の一般的方法により測定することができる。結合親和性を測定するための特定の説明的で例となる実施態様は以下に記載されている。

0050

「親和性成熟」抗体とは、変更により抗原に対する抗体の親和性が改善されるような変更がない親抗体と比べて、1つまたは複数の高頻度可変性領域(HVR)に1つまたは複数の変更がある抗体のことである。

0051

用語「抗Rスポンジン転位抗体」および「Rスポンジン転位融合ポリペプチドに結合する抗体」とは、抗体がRスポンジン転位を標的にする際に診断薬および/または治療薬として有用であるように、十分な親和性でRスポンジン転位融合ポリペプチドに結合することができる抗体のことである。一実施態様では、抗Rスポンジン転位抗体が無関係な非Rスポンジン転位融合ポリペプチド、および/または非転位Rスポンジンポリペプチドに結合する程度は、例えば、放射免疫アッセイRIA)により測定された場合、抗体のRスポンジン転位融合ポリペプチドへの結合の約10%未満である。ある種の実施態様では、Rスポンジン転位融合ポリペプチドに結合する抗体は、1≦μM、≦100nM、≦10nM、≦1nM、≦0.1nM、≦0.01nM、または≦0.001nM(例えば、10−8M以下、例えば、10−8Mから10−13M、例えば、10−9Mから10−13M)の解離定数(Kd)を有する。ある種の実施態様では、抗Rスポンジン転位抗体は、Rスポンジン転位の中で独特であるRスポンジン転位のエピトープに結合する。

0052

ブロッキング」抗体または「アンタゴニスト」抗体は、それが結合する抗原の生物活性を阻害するまたは減少させる抗体である。好ましいブロッキング抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物活性を実質的にまたは完全に阻害する。

0053

「ネイキッド抗体」とは、異種部分(例えば、細胞傷害性部分)または放射標識にコンジュゲートしない抗体のことである。ネイキッド抗体は、薬学的製剤中に存在していてもよい。

0054

免疫コンジュゲート」は、細胞傷害性薬剤を含むがこれに限定されない1つまたは複数の異種分子にコンジュゲートされた抗体である。

0055

基準ポリペプチド配列に関する「パーセント(%)アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、必要な場合はギャップを導入して最大パーセント配列同一性を達成した後、いかなる保存的置換も配列同一性の一部と見なすことなく、基準ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一の候補配列中のアミノ酸残基のパーセントと定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するためのアライメントは、当分野の技術の範囲内である種々の方法で、例えば、BLAST、BLAST−2、ALIGNまたはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公表されているコンピュータソフトウェアを使用して実現することができる。当業者であれば、比較されている配列の全長にわたって最大アライメントを実現するのに必要な任意のアルゴリズムを含む、配列を整列させるのに適切なパラメータを決定することができる。しかし、本明細書での目的のために、%アミノ酸配列同一性値は配列比較コンピュータプログラムALIGN−2を使用して生み出される。ALIGN−2配列比較コンピュータプログラムはGenentech,Inc.により生み出され、ソースコードは米国著作権局、Washington D.C.20559にユーザードキュメンテーションと一緒に提出され、そこに米国著作権登録番号TXU510087で登録されている。ALIGN−2プログラムはGenentech,Inc.、South San Francisco、Californiaから公表されており、またはソースコードからコンパイルしてもよい。ALIGN−2プログラムは、デジタルUNIX V4.0Dを含む、UNIXオペレーティングシステム上で使用するためにコンパイルすべきである。すべての配列比較パラメータはALIGN−2プログラムにより設定されており変動しない。

0056

ALIGN−2がアミノ酸配列比較に用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Bにとっての、これとの、またはこれに対する所与のアミノ酸配列Aの%アミノ酸配列同一性(代わりに、所与のアミノ酸配列Bにとって、これと、またはこれに対してある%のアミノ酸配列同一性を有するまたは含む所与のアミノ酸配列Aと言い表すことができる)は以下の通りに計算され、
100掛け分数X/Y
XはAとBのそのプログラムアライメントにおいて配列アライメントプログラムALIGN−2により同一マッチとしてスコア化されたアミノ酸残基の数であり、YはBにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Aの長さがアミノ酸配列Bの長さと等しくない場合、Bに対するAの%アミノ酸配列同一性はAに対するBの%アミノ酸配列同一性と等しくならないことは認識されるであろう。他の方法で特に記述されていなければ、本明細書で使用されるすべての%アミノ酸配列同一性値は、ALIGN−2コンピュータプログラムを使用するすぐ前のパラグラフに記載されている通りに得られる。

0057

用語「検出」は直接的検出と間接的検出を含む、いかなる検出手段でも含む。

0058

本明細書で使用される用語「バイオマーカー」とは、試料中で検出することができる、例えば、予測的診断的および/または予後的指標物質のことである。バイオマーカーは、ある種の分子的、病態的組織学的、および/または臨床的特長に特徴のある疾患または障害(例えば、癌)の特定のサブタイプ指標物質としての働きをすることができる。いくつかの実施態様では、バイオマーカーは遺伝子である。いくつかの実施態様では、バイオマーカーは遺伝子のバリアント(例えば、変異および/または多型)である。いくつかの実施態様では、バイオマーカーは転位である。バイオマーカーには、ポリヌクレオチド(例えば、DNAおよび/またはRNA)、ポリペプチド、ポリペプチドとポリヌクレオチド修飾(例えば、翻訳後修飾)、炭水化物、および/または糖脂質ベース分子マーカーが含まれるが、これらに限定されない。

0059

個体にとっての臨床的利益の増加と関連するバイオマーカーの「存在」、「量」、または「レベル」は、生体試料における検出可能なレベルである。これらは当業者に公知であり本明細書でも開示されている方法により測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベルまたは量を使用して、治療に対する応答を判定することができる。

0060

用語「発現のレベル」と「発現レベル」は一般に互換的に使用され、一般には生体試料中のバイオマーカーの量のことである。「発現」とは一般には、(例えば、遺伝子にコードされたおよび/またはエピジェネティックな)情報が細胞内に存在し作用する構造物に変換されるプロセスのことである。したがって、本明細書で使用されるように、「発現」とはポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、またはポリヌクレオチドおよび/もしくはポリペプチド修飾(例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾)さえも指すことがある。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド、またはポリヌクレオチドおよび/もしくはポリペプチド修飾(例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾)の断片も、選択的スプライシングにより生成された転写物または分解した転写物由来であれ、例えば、タンパク質分解によりポリペプチドの翻訳後プロセシング由来であれ、発現されたと見なすことにする。「発現された遺伝子」には、mRNAとしてポリヌクレオチドに転写され、その後ポリペプチドに翻訳される遺伝子、およびRNAに転写されるがポリペプチドには翻訳されない(例えば、トランスファーRNAおよびリボソームRNA)遺伝子も含まれる。

0061

「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」、または「上昇したレベル」とは、疾患または障害(例えば、癌)に罹っていない個体(単数または複数)などの対照、または内部対照(例えば、ハウスキーピングバイオマーカー)と比べて個体におけるバイオマーカーの増加した発現または増加したレベルのことである。

0062

「低下した発現」、「低下した発現レベル」、または「低下したレベル」とは、疾患または障害(例えば、癌)に罹っていない個体(単数または複数)などの対照、または内部対照(例えば、ハウスキーピングバイオマーカー)と比べて個体におけるバイオマーカーの減少した発現または減少したレベルのことである。

0063

用語「ハウスキーピングバイオマーカー」とは、典型的にはあらゆる細胞型に類似して存在するバイオマーカーまたはバイオマーカーの群(例えば、ポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチド)のことである。いくつかの実施態様では、ハウスキーピングバイオマーカーは「ハウスキーピング遺伝子」である。「ハウスキーピング遺伝子」とは本明細書では、その活性が細胞機能の維持に不可欠なタンパク質をコードし、典型的にはあらゆる細胞型に類似して存在する遺伝子または遺伝子の群のことである。

0064

本明細書で使用される「増幅」とは一般に、所望の配列の複数のコピーを産生するプロセスのことである。「複数のコピー」は少なくとも2つのコピーを意味する。「コピー」は鋳型配列に対して必ずしも完全な配列相補性または同一性を意味するわけではない。例えば、コピーには、デオキシイノシンなどの類似物、意図的配列変化(例えば、鋳型にハイブリダイズすることが可能であるが相補的ではない配列を含むプライマーを通じて導入される配列変化)、および/または増幅中に生じる配列エラーが含まれうる。

0065

用語「多重PCR」とは、1回の反応で2つ以上のDNA配列を増幅する目的で1つよりも多いプライマーセットを使用して単一供給源(例えば、個体)から得られる核酸で実行される単一PCRのことである。

0066

ハイブリダイゼーション反応の「厳密性」は当業者であれば容易に決定可能であり、一般にプローブ長、洗浄温度、および塩濃度に依拠する経験的計算である。一般に、プローブが長くなるほど適切なアニーリングには高い温度が必要であり、プローブが短いほど必要な温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは一般に、相補鎖がその融解温度よりも低い環境中に存在する場合に変性DNAが再アニールする能力に依拠している。プローブとハイブリダイズすることが可能な配列の間の所望の相同性の程度が高いほど、使用することができる相対的温度も高くなる。その結果、相対的温度が高いほど反応条件はさらに厳密になる傾向にあり、温度が低いほど厳密性も低くなることになる。ハイブリダイゼーション反応の厳密性についての追加の詳細および説明は、Ausubelら、Current Protocols in Molecular Biology、Wiley Interscience Publishers、(1995)を参照されたい。

0067

本明細書で定義される「厳密な条件」または「高厳密性条件」は、(1)洗浄低イオン強度および高温度、例えば、50℃で0.015M塩化ナトリウム/0.0015Mクエン酸ナトリウム/0.1%ドデシル硫酸ナトリウムを用いる、(2)ハイブリダイゼーション中は、ホルムアミド、例えば、0.1%牛血清アルブミン/0.1%フィコール/0.1%ポリビニルピロリドン/750mM塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウムのpH6.5の50mMリン酸ナトリウムバッファーを有する50%(v/v)ホルムアミドなどの変性剤を42℃で用いる条件により、または(3)50%ホルムアミド、5×SSC(0.75M NaCl、0.075Mクエン酸ナトリウム)、50mMリン酸ナトリウム(pH6.8)、0.1%ピロリン酸ナトリウム、5×デンハート液超音波処理されたサケ精子DNA(50μg/ml)、0.1%SDS、および10%デキストラン硫酸を42℃で用いる溶液中での一晩ハイブリダイゼーション、0.2×SSC(塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム)中42℃で10分間洗浄、続いてEDTAを含有する0.1×SSCからなる55℃での10分間の抗厳密性洗浄により確認することができる。

0068

「中程度厳密条件」は、Sambrookら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、New York:Cold Spring Harbor Press、1989により記載されている通りに確認することができ、上記の条件よりも厳密性の低い洗浄液ハイブリダイゼーション条件(例えば、温度、イオン強度および%SDS)の使用が含まれる。中程度厳密条件の例は、20%ホルムアミド、5×SSC(150mM NaCl、15mMクエン酸三ナトリウム)、50mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハート液、10%デキストラン硫酸、および20mg/ml変性剪断サケ精子DNAを含む溶液中での37℃、一晩の培養、続いて約37〜50℃、1×SSCでのフィルターの洗浄である。当業者であれば、プローブ長および同類のものなどの要因を収容するように温度、イオン強度、等を必要に応じて調整する方法を認識している。

0069

用語「診断」は本明細書では、分子状態または病理学的状態、疾患または状態(例えば、癌)の同定または分類を指すのに使用される。例えば、「診断」は特定種類の癌の同定を指すことがある。「診断」は、例えば、組織病理学的基準による、または分子特長(例えば、バイオマーカー(例えば、特定の遺伝子または前記遺伝子によりコードされるタンパク質)のうちの1つまたは組合せの発現に特徴のあるサブタイプ)による癌の特定のサブタイプの分類を指すこともある。

0070

用語「診断を支援する」は本明細書では、疾患または障害(例えば、癌)の特定種類の症状または状態の存在、または性質に関して臨床的決定を下すのを支援する方法を指すのに使用される。例えば、疾患または状態(例えば、癌)の診断を支援する方法は、個体由来の生体試料におけるある種のバイオマーカーを検出することを含むことができる。

0071

用語「試料」は、本明細書で使用されるように、例えば、物理的、生化学的、化学的および/または生理学的特徴に基づいて特徴付けられるかつ/または同定されることになる細胞実体および/または他の分子実体を含有する対象および/または対象の個体から得られるまたはこれに由来する組成物のことである。例えば、語句「疾患試料」およびその変種とは、特徴付けられることになる細胞実体および/または分子実体を含有することが予測されるまたは分かっている関心の対象から得られる任意の試料のことである。試料には、一次細胞もしくは培養細胞または細胞系統、細胞上澄み、細胞可溶化物血小板血清血漿硝子体液リンパ液滑液卵胞液精液羊水、乳、全血血液由来細胞、尿、脳脊髄液唾液発汗粘液、腫瘍可溶化物、および組織培養培地均質化された組織などの組織抽出物腫瘍組織細胞抽出物、ならびにその組合せが含まれるがこれらに限定されない。

0072

組織試料」または「細胞試料」とは、対象または個体の組織から得られる類似の細胞の収集物を意味する。組織または細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結したかつ/もしくは保存された器官由来固形組織、組織試料、生検ならびに/または吸引液;血液または血漿などの任意の血液成分;脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液;対象の妊娠または発生における任意の時間に由来する細胞でもよい。組織試料は一次細胞もしくは培養細胞または細胞系統でもよい。場合により、組織または細胞試料は疾患組織器官から得られる。組織試料は、保存剤抗凝血剤、バッファー、固定液栄養剤抗生物質または同類のものなどの、天然の組織と天然に混ざり合ってはいない化合物を含有していてもよい。

0073

基準試料」、「基準細胞」、「基準組織」、「対照試料」、「対照細胞」、または「対照組織」とは、本明細書で使用されるように、比較目的で使用される試料、細胞、組織、標準、またはレベルのことである。一実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、同じ対象または個体の身体(例えば、組織または細胞)の健康なおよび/または非疾患部分から得られる。例えば、疾患細胞または組織に隣接する健康なおよび/または非疾患細胞または組織(例えば、腫瘍に隣接する細胞または組織)である。別の実施態様では、基準試料は同じ対象または個体の身体の非治療組織および/または細胞から得られる。さらに別の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は対象でも個体でもない個体の身体(例えば、組織または細胞)の健康なおよび/または非疾患部分から得られる。さらに別の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は対象でも個体でもない個体の身体の非治療組織および/または細胞から得られる。

0074

本明細書での目的のために、組織試料の「切片」とは、組織試料の単一部分または片、例えば、組織試料から切断される組織または細胞の薄切片を意味する。組織試料の同じ切片は形態的レベルでも分子レベルでも分析される、またはポリペプチドとポリヌクレオチドの両方に関して分析されると理解されているという条件で、組織試料の複数の切片が採取され分析にかけられてもよいと理解されている。

0075

相関させる(correlateまたはcorrelating)」とは、いかなる方法であれ、第一の分析またはプロトコール成績および/または結果を第二の分析またはプロトコールの成績および/または結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコールを実行するのに第一の分析またはプロトコールの結果を使用してもよいし、第二の分析またはプロトコールを実施すべきかどうかを決定するために第一の分析またはプロトコールの結果を使用してもよい。ポリヌクレオチド分析またはプロトコールの実施態様に関して、特定の治療計画を実施すべきかどうかを決定するのにポリヌクレオチド発現分析またはプロトコールの結果を使用してもよい。

0076

「個体の応答」または「応答」は、(1)減速および完全停止を含む疾患進行(例えば、癌進行)のある程度の阻害、(2)腫瘍サイズの減少、(3)隣接する末梢器官および/もしくは組織への癌細胞浸潤の阻害(例えば、減少、減速または完全停止)、(4)転移の阻害(例えば、減少、減速または完全停止)、(5)疾患もしくは障害(例えば、癌)に関連する1つまたは複数の症状のある程度の軽減、(6)無増悪生存期間の長さの増加、ならびに/または(9)治療に続く所与の時点での死亡率の減少を含むが、これらに限定されない、個体に対する利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価することができる。

0077

語句「実質的に類似する」は、本明細書で使用されるように、当業者であれば2つの値の差を、前記値(例えば、Kd値)により測定される生物学的特徴という文脈内で統計的に有意ではないと見なすほど2つの数値(一般には、1つは分子に関連しもう1つは基準/コンパレーター分子に関連する)間の十分高度な類似性のことである。前記2つの値の差は、基準/コンパレーター値の関数として、例えば、約20%未満、約10%未満、および/または約5%未満であってもよい。語句「実質的に正常な」とは、基準(例えば、正常な基準)に実質的に類似していることである。

0078

語句「実質的に異なる」とは、当業者であれば2つの値の差を、前記値(例えば、Kd値)により測定される生物学的特徴という文脈内で統計的に有意であると見なすほど2つの数値(一般には、1つは分子に関連しもう1つは基準/コンパレーター分子に関連する)間の十分に高度な差のことである。前記2つの値の差は、基準/コンパレーター分子の値の関数として、例えば、約10%よりも大きい、約20%よりも大きい、約30%よりも大きい、約40%よりも大きい、および/または約50%よりも大きくてもよい。

0079

本明細書で使用される場合の単語「標識」とは、検出可能な化合物または組成物のことである。標識は典型的には、ポリヌクレオチドプローブまたは抗体などの試薬に直接的にまたは間接的にコンジュゲートされるまたは融合され、前記標識がコンジュゲートされているまたは融合されている試薬の検出を促進する。標識はそれ自体が検出可能であってもよい(例えば、放射性同位体標識または蛍光標識)し、または酵素標識の場合は、基質化合物または組成物の化学的変化触媒して、検出可能な産物を生じてもよい。

0080

「有効量」の薬剤とは、必要な用量で必要な期間、所望の治療結果または予防結果を達成するのに有効な量のことである。

0081

本発明の「治療的有効量」の物質/分子、アゴニストまたはアンタゴニストは、個体の疾患状態年齢性別、および体重、ならびに個体において所望の応答を誘発する物質/分子、アゴニストまたはアンタゴニストの能力に応じて変化しうる。治療的有効量は、物質/分子、アゴニストまたはアンタゴニストの毒作用または有害作用よりも治療的に有益な効果のほうが上回る量でもある。「予防的有効量」とは、必要な用量で必要な期間、所望の予防結果を達成するのに有効な量のことである。典型的にはしかし必ずしもではないが、予防用量は疾患に先立ってまたはその初期段階で対象において使用されるために、予防的有効量は治療的有効量よりも少ないことになる。

0082

用語「薬学的製剤」とは、そこに含有される活性成分の生物活性が効果的であることを可能にするような形態であり、前記製剤が投与されると考えられる対象にとって容認できないほど有毒である追加の成分を含有しない調製物のことである。

0083

薬学的に許容される担体」とは、活性成分以外の薬学的製剤中の、対象にとって無毒の成分のことである。薬学的に許容される担体には、バッファー、賦形剤安定化剤、または保存剤が含まれるが、これらに限定されない。

0084

本明細書で使用されるように、「治療」(および、「治療する(treat)」または「治療すること(treating)」などのその文法的変形)とは、治療を受けている個体の自然経過を変える試みにおける臨床的介入のことであり、予防のためにまたは臨床病理の経過中に実施することができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生または再発を予防すること、症状の軽減、疾患のいかなる直接的または間接的病理学的結果も減少すること、転移を予防すること、疾患進行の速度を減少すること、疾患状態の寛解または緩和、および寛解または予後改善が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様では、本発明の抗体を使用して疾患の発症を遅らせるまたは疾患の進行を遅くする。

0085

用語「癌」および「癌性の」は、典型的には調節されない細胞成長/増殖を特徴とする哺乳動物における生理的状態を指すまたは記述する。癌の例には、癌腫リンパ腫(例えば、ホジキンおよび非ホジキンリンパ腫)、芽細胞腫肉腫、および白血病が含まれるが、これらに限定されない。そのような癌のさらに特定の例には、扁平上皮癌小細胞肺癌非小細胞肺癌腺癌、肺の扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞癌胃腸癌、膵臓癌神経膠腫子宮頸癌卵巣癌肝癌膀胱癌肝細胞腫乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌唾液腺癌、腎癌、肝癌、前立腺癌外陰癌、甲状腺癌、肝癌、白血病および他のリンパ増殖性障害、ならびに様々な種類の頭頸部癌が含まれる。

0086

用語「抗癌療法」とは、癌を治療するのに有用な療法のことである。抗癌治療剤には、例えば、化学療法剤増殖阻害剤、細胞傷害性薬剤、放射線療法に使用される薬剤、抗血管形成剤アポトーシス剤、抗チューブリン剤、および癌を治療するための他の薬剤、抗CD20抗体、血小板由来増殖因子阻害剤(例えば、Gleevec(商標)(イマチニブメチル酸塩))、COX−2阻害剤(例えば、セレコキシブ)、インターフェロンサイトカイン、以下の標的、PDGFRベータ、BlyS、APRIL、(1つまたは複数の)BCMA受容体、TRAIL/Apo2のうちの1つまたは複数に結合するアンタゴニスト(例えば、中和抗体)、ならびに他の生体活性剤および有機化学剤、等が含まれるが、これらに限定されない。それらの組合せも本発明に含まれる。

0087

本明細書で使用される用語「細胞傷害剤」とは、細胞機能を阻害するもしくは妨害するかつ/または細胞死もしくは破壊を引き起こす物質のことである。細胞傷害剤には、放射性同位元素(例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212およびLuの放射性同位元素);化学療法剤もしくは薬物(例えば、メトトレキセートアドリアマイシンビンカアルカロイドビンクリスチンビンブラスチンエトポシド)、ドキソルビシンメルファランマイトマイシンCクロラムブシルダウノルビシンもしくは他の挿入剤);増殖阻害剤;核酸分解酵素などの酵素およびその断片;抗生物質;細菌、真菌、植物もしくは動物起源の小分子毒素もしくは酵素的に活性な毒素などの毒素、その断片および/もしくはバリアントも含む;ならびに下に開示される様々な抗腫瘍もしくは抗癌剤が含まれるがこれらに限定されない。

0088

「化学療法剤」とは、癌の治療に有用な化学化合物のことである。化学療法剤の例には、チオテパおよびシクロホスファミド(CYTOXAN(登録商標))などのアルキル化剤;ブスルファンインプロスルファンおよびピポスルファンなどのアルキルスルホン酸塩ベンゾドーパ(benzodopa)、カルボコン、メツレドーパ(meturedopa)、およびウレドーパ(uredopa)などのアジリジンアルトレタミントリエチレンメラミントリエチレンホスホルアミドトリエチレンチオホスホルアミド(triethylenethiophosphoramide)、トリメチロメラミンを含むエチレンイミンおよびメチラメラミン(methylamelamines);アセトゲニン(特に、ブラシンおよびブラタシノン(bullatacinone));デルタ−9−テトラヒドロカンナビノールドロナビノール、MARINOL(登録商標));ベータ−ラパコンラパコールコルヒチンベツリン酸カンプトテシン(合成類似物トポテカン(HYCAMTIN(登録商標))、CPT−11(イリノテカン、CAMPTOSAR(登録商標))、アセチルカンプトテシン、スコポレチン、および9−アミノカンプトテシンを含む);ブリオスタチンカリスタチン(callystatin);CC−1065(そのアドレシン、カルゼルシンおよびビゼレシン合成類似物を含む);ポドフィロトキシンポドフィリン酸(podophyllinic acid);テニポシド;クリプトフィシン(特に、クリプトフィシン1およびクリプトフィシン8);ドラスタチン;デュオカルマイシン(合成類似物KW−2189およびCB1−TM1を含む);エリュテロビンパンクラチスタチン(pancratistatin);サルコジクチイン(sarcodictyin);スポンギスタチン(spongistatin);クロラムブシル、クロルファジンクロホスファミド(chlorophosphamide)、エストラムスチンイホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビシン(novembichin);フェネステリン(phenesterine)、プレドニマスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタードカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチンニムスチン、およびラニムスチンなどのニトロソウレアエンジイン抗生物質などの抗生物質(例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマ1IおよびカリケアマイシンオメガI1(例えば、Nicolaouら、Angew.Chem Intl.Ed.Engl.、33:183〜186(1994)参照);CDP323、経口アルファ−4インテグリン阻害剤;ダイネミシン(dynemicin)Aを含むダイネミシン;エスペラミシン;ならびにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連色素タンパク質エネジイン抗生物質クロモフォア、アクラシノマイシン(aclacinomysins)、アクチノマイシン、オースラマイシン(authramycin)、アザセリンブレオマイシンカクチノマイシンカラビシン(carabicin)、カルミノマイシン、カルジノフィリンクロモマイシンダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(detorubicin)、6−ジアゾ−5−オキソ−L−ノルロイシン、ドキソルビシン(ADRIAMYCIN(登録商標)、モルフォリノ−ドキソルビシン、シアノモルフォリノ−ドキソルビシン、2−ピロリノ(pyrrolino)−ドキソルビシン、ドキソルビシンHClリポソームインジェクションDOXIL(登録商標))、リポソーマルドキソルビシン(liposomal doxorubicin)TLCD−99(MYOCET(登録商標))、ペグ化リポソーマルドキソルビシン(CAELYX(登録商標))、およびデオキシドキソルビシンを含む)、エピルビシン、エソルビシン(esorubicin)、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンCなどのマイトマイシンミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシンポルフィロマイシンピューロマイシンケラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン、ストレプトニグリンストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン;メトトレキセート、ゲムシタビン(GEMZAR(登録商標))、テガフール(UFTORAL(登録商標))、カペシタビン(XELODA(登録商標))、エポチロン、および5−フルオロウラシル(5−FU)などの抗代謝剤デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリントリメトレキセートなどの葉酸類似物;フルダラビン、6−メルカプトプリンチアプリンチオグアニンなどのプリン類似物;アンシタビンアザシチジン6−アザウリジンカルモフールシタラビンジデオキシウリジンドキシフルリジンエノシタビンフロクスウリジンなどのピリミジン類似物;カルステロンプロピオン酸ドロモスタノロンエピチオスタノールメピチオスタンテストラクトンなどのアンドロゲンアミノグルテチミドミトタントリロスタンなどの抗アドレナル(anti−adrenals);フォリン酸などの葉酸補液アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド(aldophosphamide glycoside);アミノレブリン酸エニルウラシルアムサクリンベストラブシル(bestrabucil);ビスアントレン;エダトレキセート;デフォファミン(defofamine);デメコルシン;ジアジオンエルフロルニチン(elfornithine);酢酸リプチニウム:エポチロン;エトグルシド;硝酸ガリウムヒドロキシ尿素レンチナン;ロニダイニン(lonidainine);マイタンシンおよびアンサマイトシンなどのメイタンシノイドミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダンモール(mopidanmol);ニトラエリン(nitraerine);ペントスタチン;フェナメット(phenamet);ピラルビシン;ロソキサントロン;2−エチルヒドラジドプロカルバジンPSK(登録商標)ポリサッカライド複合体(JHS天然物、Eugene、OR);ラゾキサン;リゾキシンシゾフィランスピロゲルマニウムテヌアゾン酸トリアコン;2,2’,2’−トリクロロトリエチルアミントリコテセン(特に、T−2毒素ベラクリン(verracurin)A、ロリジンAおよびアングイジン);ウレタンビンデシン(ELDISINE(登録商標)、FILDESIN(登録商標));ダカルバジンマンノムスチンミトブロニトール;ミトラクトールピポブロマン;ガシトシン(gacytosine);アラビノシド(「Ara−C」);チオテパ;タキソイド、例えば、パクリタキセル(TAXOL(登録商標))、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤(ABRAXANE(商標))、およびドセタキセル(TAXOTERE(登録商標));クロランブシル(chloranbucil);6−チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキセート;シスプラチンオキサリプラチン(例えば、ELOXATIN(登録商標))、およびカルボプラチンなどの白金薬剤;ビンブラスチン(VELBAN(登録商標))、ビンクリスチン(ONCOVIN(登録商標))、ビンデシン(ELDISINE(登録商標)、FILDESIN(登録商標))、およびビノレルビン(NAVELBINE(登録商標))を含む、チューブリン重合微小管を形成するのを妨げるビンカ;エトポシド(VP−16);イホスファミド;ミトキサントロン;ロイコボリン;ノバントロン(novantrone);エダトレキセート;ダウノマイシンアミノプテリンイバンドロン酸トポイソメラーゼ阻害剤RES 2000;ジフルオロメチルオルニチンDMFO);ベキサロテン(TARGRETIN(登録商標))を含む、レチノイン酸などのレチノイドクロドロン酸(例えば、BONEFOS(登録商標)またはOSTAC(登録商標))、エチドロン酸(DIDROCAL(登録商標))、NE−58095、ゾレドロン酸ゾレドロネート(ZOMETA(登録商標))、アレンドロン酸(FOSAMAX(登録商標))、パミドロン酸(AREDIA(登録商標))、チルドロン酸(SKELID(登録商標))、またはリセドロン酸(ACTONEL(登録商標))などのビスホスホネートトロキサシタビン(1,3−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似物);アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、例えば、PKC−アルファ、Raf、H−Ras、および上皮増殖因子受容体(EGF−R)などの、異常な細胞増殖に関係するシグナル伝達経路における遺伝子発現を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド;THEATOPE(登録商標)ワクチンおよび遺伝子療法ワクチン、例えば、ALLOVECTIN(登録商標)ワクチン、LEUVECTIN(登録商標)ワクチン、およびVAXID(登録商標)ワクチンなどのワクチン;トポイソメラーゼ1阻害剤(例えば、LURTOTECAN(登録商標));rmRH(例えば、ABARELIX(登録商標));BAY439006(ソラフェニブ;Bayer);SU−11248(スニチニブ、SUTENT(登録商標)、Pfizer);ペリフォシン、COX−2阻害剤(例えば、セレコキシブまたはエトリコキシブ)、プロテオソーム阻害剤(例えば、PS341);ボルテゾミブ(VELCADE(登録商標));CCI−779;ティピファニブ(R11577);オラフニブ、ABT510;オブメルセンナトリウムなどのBcl−2阻害剤(GENASENSE(登録商標));ピクサントロン;EGFR阻害剤(下の定義参照);チロシンキナーゼ阻害剤(下の定義参照);ラパマイシンなどのセリンスレオニンキナーゼ阻害剤(シロリムス、RAPAMUNE(登録商標));ロナファーニブなどのファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(SCH 6636、SARASAR(商標));ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体;ならびに、CHOP(シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾロン併用療法を表す略字);ならびにFOLFOX(オキサリプラチン(ELOXATIN(商標))を5−FUおよびロイコボリンと併用した治療レジメンを表す略字)などの上記のうちの2つ以上の薬剤の組合せが含まれる。

0089

本明細書に定義される化学療法剤には、癌の増殖を促進することができるホルモンの効果を調節する、減少する、ブロックするまたは阻害するように作用する「抗ホルモン剤」または「内分泌療法」が含まれる。化学療法剤は、タモキシフェン(NOLVADEX(登録商標))、4−ヒドロキシタモキシフェントレミフェンFARESTON(登録商標))、イドキシフェンドロロキシフェン(droloxifene)、ラロキシフェンEVISTA(登録商標))、トリオキシフェン(trioxifene)、ケイキシフェン(keoxifene)、およびSERM3などの選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)を含む、混合アゴニスト/アンタゴニストプロファイルを有する抗エストロゲンフルベストラント(FASLODEX(登録商標))、およびEM800(そのような薬剤はエストロゲン受容体(ER)二量体化をブロックし、DNA結合を阻害し、ERターンオバーを増加させ、および/またはERレベルを抑制しうる)などのアゴニスト特性のない純粋な抗エストロゲン;ホルメスタンおよびエキセメスタン(AROMASIN(登録商標))などのステロイドアロマターゼ阻害剤、ならびにアナストロゾール(anastrazole)(ARIMIDEX(登録商標))、レトロゾール(FEMARA(登録商標))およびアミノグルテチミドなどの非ステロイドアロマターゼ阻害剤を含むアロマターゼ阻害剤、ならびに他のアロマターゼ阻害剤にはボロゾール(RIVSOR(登録商標))、酢酸メゲストロール(MEGASE(登録商標))、ファドロゾール、および4(5)−イミダゾールが含まれる;リュープロリド(LUPRON(登録商標)およびELIGARD(登録商標))、ゴセレリンブセレリン、およびトリテレリンを含む、黄体ホルモン放出ホルモンアゴニスト;酢酸メゲストロールおよび酢酸メドロキシプロゲステロンなどのプロゲスチンジエチルスチルベストロールおよびプレマリンなどのエストロゲン、ならびにフルオキシメステロンオールトランスチオニン酸(all transretionic acid)およびフェンレチニドなどのアンドロゲン/レチノイドを含む、性ステロイド;オナプリストン(onapristone);抗プロゲステロン(anti−progesterones);エストロゲン受容体下方調節因子(ERD);フルタミドニルタミドおよびビカルタミドなどの抗アンドロゲン;ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体;ならびに上記のうちの2つ以上の組合せを含むが、これらに限定されず、ホルモンそれ自体でもよい。

0090

本出願において使用される用語「プロドラッグ」とは、親ドラッグと比べて腫瘍細胞に対して細胞傷害性が少なく、酵素的に活性化されるまたはより活性な親形態に転換することができる薬学的に活性な物質の前駆体または誘導体形態のことである。例えば、Wilman、「Prodrugs in Cancer Chemotherapy」Biochemical Society Transactions、14、375〜382ページ、615th Meeting Belfast (1986)およびStellaら、「Prodrugs:A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery」、Directed Drug Delivery、Borchardtら、(編)、247〜267ページ、Humana Press(1985)を参照されたい。本発明のプロドラッグには、より活性な無細胞傷害性ドラッグに転換することができるリン酸含有プロドラッグ、チオリン酸含有プロドラッグ、硫酸含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、D−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、βラクタム含有プロドラッグ、場合により置換フェノキシアセトアミド含有プロドラッグまたは場合により置換フェニルアセトアミド含有プロドラッグ、5−フルオロシトシンおよび他の5−フルオロウリジンプロドラッグが含まれるが、これらに限定されない。本発明において使用するためにプロドラッグ形態に誘導化することができる細胞傷害性薬物の例には、上記の化学療法剤が含まれるがこれらに限定されない。

0091

本明細書で使用される場合の「増殖阻害薬剤」とは、細胞(例えば、その増殖がインビトロまたはインビボのどちらかでwnt経路遺伝子および/またはRスポンジン転位発現に依拠している細胞)の増殖を阻害する化合物または組成物のことである。増殖阻害薬剤の例には、G1停止およびM期停止を誘導する薬剤などの細胞周期進行をブロックする(S期以外の場所で)薬剤が含まれる。古典的M期ブロッカーには、ビンカ(ビンクリスチンおよびビンブラスチン)、タキサン、ならびにドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、およびブレオマイシンなどのトポイソメラーゼII阻害剤が含まれる。G1を停止させる薬剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、5−フルオロウラシル、およびアラビノフラノシル−CなどのDNAアルキル化剤はS期停止にも波及する。追加の情報は、The Molecular Basis of Cancer、MendelsohnおよびIsrael、編、Chapter 1、entitled「Cell cycle regulation、oncogenes、and antineoplastic drugs」by Murakamiら、(WB Saunders:Philadelphia、1995)、特に13ページに見ることができる。タキサン(パクリタキセルおよびドセタキセル)は、両方ともイチイに由来する抗癌薬である。ドセタキセル(TAXOTERE(登録商標)、Rhone−Poulenc Rorer)は、ヨーロッパイチイに由来するが、パクリタキセル(TAXOL(登録商標)、Bristol−Myers Squibb)の半合成類似物である。パクリタキセルおよびドセタキセルはチューブリン二量体からの微小管の構築を促進し、細胞において有糸分裂を阻害する脱重合を妨げることにより微小管を安定化する。

0092

「放射線療法」は、正常に機能する細胞の能力を制限するまたは細胞を完全に破壊するように細胞に対する十分な損傷を誘導する有向ガンマ線またはベータ線を使用することを意味する。治療の投与用量および持続時間を決定する当技術分野で公知の方法が数多く存在することが認識される。典型的な治療は1回投与として与えられ、典型的な投与用量は1日当たり10から200単位(グレイ)に及ぶ。

0093

「個体」または「対象」は哺乳動物である。哺乳動物には、家畜(例えば、ウシヒツジネコイヌ、およびウマ)、霊長類(例えば、ヒトおよびサルなどの非ヒト霊長類)、ウサギ、および齧歯類(例えば、マウスおよびラット)が含まれる。ある特定の実施態様では、個体または対象はヒトである。

0094

用語「同時に」とは、投与の少なくとも一部が時間的に重なっている2つ以上の治療薬の投与を指すのに本明細書では使用される。したがって、同時投与には、1つまたは複数の他の薬剤の投与を中断した後に1つまたは複数の薬剤の投与が続く投与計画が含まれる。

0095

「減少させる」または「阻害する」は、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、またはそれよりも多い全体的減少を引き起こす能力を意味する。減少させるまたは阻害するは、治療されている障害の症状、転移の存在もしくは大きさ、または原発性腫瘍の大きさに言及することができる。

0096

用語「添付文書」は、適応症、用法、投与量、投与、併用療法、禁忌症および/またはそのような治療製品に関する警告についての情報を含む、治療製品のコマーシャルパッケージに通例含まれる使用説明書に言及するのに使用される。

0097

製造品」は、少なくとも1つの試薬、例えば、疾患もしくは障害(例えば、癌)の治療のための薬物、または本明細書に記載されるバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品(例えば、パッケージまたは容器)またはキットである。ある種の実施態様では、製造品またはキットは、本明細書に記載される方法を実施するためのユニットとして販売促進され、流通され、または販売される。

0098

「標的オーディエンス」は、特に特定の使用、治療、または効能のために市場に出すまたは宣伝することにより、特定の薬物が販売促進されているまたは販売促進されることが意図されている対象となる人の集団または施設であり、例えば、個体、全住民新聞医学文献、および雑誌読者テレビまたはインターネット視聴者ラジオまたはインターネットの聴取者医者製薬会社、等である。

0099

当業者により理解されているように、本明細書の値またはパラメータの「約」への言及は、その値またはパラメータ自体に向けられている実施態様を含む(および記載する)。例えば、「約X」に言及する記述は「X」の記述を含む。

0100

本明細書に記載される本発明の態様および実施態様には、態様および実施態様「からなる」および/または「基本的にからなる」が含まれることは理解されている。本明細書で使用されるように、単数形「1つ(a)」、「1つ(an)」および「その(the)」には他の方法で指示されていなければ複数の参照が含まれる。

0101

II.方法および使用
本明細書ではwnt経路アンタゴニストを利用する方法が提供される。特に、本明細書ではRスポンジン転位アンタゴニストを利用する方法が提供される。例えば、本明細書では癌細胞の細胞増殖を阻害する方法であって、癌細胞を有効量のRスポンジン転位アンタゴニストに接触させることを含む方法が提供される。本明細書では個体において癌を治療する方法において、個体に有効量のRスポンジン転位アンタゴニストを投与することを含む方法も提供される。いくつかの実施態様では、癌または癌細胞はRスポンジン転位を含む。

0102

本明細書では個体において癌の治療をする方法であって、個体に有効量の抗癌療法を投与することを含み、治療が1つまたは複数のバイオマーカーを含む癌を有する個体に基づいている方法も提供される。いくつかの実施態様では、抗癌療法はwnt経路アンタゴニストを含む。例えば、個体において癌の治療をする方法であって、個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することを含み、治療がRスポンジン転位を含む癌を有する個体に基づいている方法が提供される。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0103

個体が1つまたは複数のバイオマーカーを含む癌を有することが分かっているという条件で、個体において癌の治療をする方法であって、治療が個体に有効量の抗癌療法を投与することを含む方法がさらに提供される。いくつかの実施態様では、抗癌療法はwnt経路アンタゴニストを含む。例えば、本明細書では、個体がRスポンジン転位を含む癌を有することが分かっているという条件で、個体において癌の治療をする方法であって、治療が個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することを含む方法が提供される。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0104

本明細書では、1つまたは複数のバイオマーカーを含む癌細胞を治療する方法であって、有効量のwnt経路アンタゴニストを提供することを含む方法が提供される。例えば、本明細書では、Rスポンジン転位を含む癌細胞を治療する方法であって、有効量のwnt経路アンタゴニストを提供することを含む方法が提供される。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0105

本明細書では、個体において癌を治療するための方法であって、個体から得られる試料が1つまたは複数のバイオマーカーを含むことを判定し、wnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を個体に投与し、それによって癌を治療することを含む方法が提供される。例えば、本明細書では、個体において癌を治療するための方法であって、個体から得られる試料がRスポンジン転位を含むことを判定し、wnt経路アンタゴニストを含む有効量の抗癌療法を個体に投与し、それによって癌を治療することを含む方法が提供される。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0106

本明細書では、癌を治療する方法において、(a)1つまたは複数のバイオマーカーを含む癌を有する個体を選択し、(b)こうして選択された個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与し、それにより癌を治療することを含む方法も提供される。例えば、本明細書では、癌を治療する方法において、(a)Rスポンジン転位を含む癌を有する個体を選択し、(b)こうして選択された個体に有効量のwnt経路アンタゴニストを投与し、それにより癌を治療することを含む方法も提供される。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0107

本明細書では、抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いまたは低い癌に罹った個体を同定する方法であって、個体から得られる試料における1つまたは複数のバイオマーカーの存在または非存在を判定することを含み、試料における1つまたは複数のバイオマーカーの存在が、個体が抗癌療法を用いた治療が有益である利益を示す可能性が高いことを示し、または1つまたは複数のバイオマーカーの非存在が、個体が抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が低いことを示す方法がさらに提供される。いくつかの実施態様では、抗癌療法はwnt経路アンタゴニストを含む。例えば、本明細書では、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いまたは低い癌に罹った個体を同定する方法であって、個体から得られる試料におけるRスポンジン転位の存在または非存在を判定することを含み、試料におけるRスポンジン転位の存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が高いことを示し、またはRスポンジン転位の非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療が有益である可能性が低いことを示す方法が提供される。いくつかの実施態様では、方法は、有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0108

本明細書では、癌に罹っている個体が、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療に効果的に応答する可能性が高いかまたは低いかを予測するための方法であって、1つまたは複数のバイオマーカーを判定することを含み、それにより1つまたは複数のバイオマーカーの存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、1つまたは複数のバイオマーカーの非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す方法が提供される。例えば、本明細書では、癌に罹っている個体が、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法を用いた治療に効果的に応答する可能性が高いかまたは低いかを予測するための方法であって、Rスポンジン転位を判定することを含み、それによりRスポンジン転位の存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、Rスポンジン転位の非存在が、個体がwnt経路アンタゴニストを用いた治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す方法が提供される。いくつかの実施態様では、方法は有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0109

本明細書では、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する癌に罹った個体の応答または応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られる試料において1つまたは複数のバイオマーカーの存在または非存在を検出することを含み、1つまたは複数のバイオマーカーの存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する個体の応答を予測し、1つまたは複数のバイオマーカーの非存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌治療に対する個体の応答の欠如を予測する方法が提供される。例えば、本明細書では、wnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法に対する癌に罹った個体の応答または応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られる試料においてRスポンジン転位の存在または非存在を検出することを含み、Rスポンジン転位の存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法に対する個体の応答を予測し、Rスポンジン転位の非存在がwnt経路アンタゴニストを含む抗癌療法に対する個体の応答の欠如を予測する方法が提供される。いくつかの実施態様では、方法は有効量のwnt経路アンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位アンタゴニストはRスポンジン(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)に結合する単離された抗体である。

0110

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは表2に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は表2に収載される1つまたは複数の遺伝子の変種(例えば、多型または変異)の存在を含む(例えば、表2における変種(例えば、多型または変異))。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは表3に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は表3に収載される1つまたは複数の遺伝子の変種(例えば、多型または変異)の存在を含む(例えば、表3における変種(例えば、多型または変異))。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは表4に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は表4に収載される1つまたは複数の遺伝子の変種(例えば、多型または変異)の存在を含む(例えば、表4における変種(例えば、多型または変異))。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは表5に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は表5に収載される1つまたは複数の遺伝子の変種(例えば、多型または変異)の存在を含む(例えば、表5における変種(例えば、多型または変異))。いくつかの実施態様では、変種(例えば、多型または変異)は体細胞変種(例えば、多型または変異)である。

0111

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、KRAS、TP53、APC、PIK3CA、SMAD4、FBXW7、CSMD1、NRXN1、DNAH5、MRVI1、TRPS1、DMDKIF2B、ATM、FAM5C、EVC2、OR2W3、SIN3A、SMARCA5、NCOR1、JARID2、TCF12、TCF7L2、PHF2、SOS2、RASGRF2、ARHGAP10、ARHGEF33、Rab40c、TET2、TET3、EP400、MLL、TMPRSS11A、ERBB3、EPHB4、EFNB3、EPHA1、TYRO3、TIE1、FLT、RIOK3、PRKCB、MUSK、MAP2K7、MAP4K5、PTPRN2、GPR4、GPR98、TOPORS、およびSCN10Aからなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、CSMD1、NRXN1、DNAH5、MRVI1、TRPS1、DMD、KIF2B、ATM、FAM5C、EVC2、OR2W3、TMPRSS11A、およびSCN10Aからなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、RAB40C、TCF12、C20orf132、GRIN3A、および/またはSOS2を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、ETV4、GRIND2D、FOXQ1、および/またはCLDN1を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはMRPL33を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは1つまたは複数の転写調節因子(例えば、TCF12、TCF7L2および/またはPHF2)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、1つまたは複数のRas/Rho関連調節因子(例えば、SOS1(例えば、R547W、T614M R854*、G1129V)、SOS2(例えば、R225*、R854C、およびQ1296H)、RASGRF2、ARHGAP10、ARHGEF33および/またはRab40c(例えば、G251S))を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは1つまたは複数のクロマチン修飾酵素(例えば、TET1、TET2、TET3、EP400および/またはMLL)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のクロマチン修飾酵素はTET1および/またはTET3である。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のクロマチン修飾酵素は、TET1(例えば、R81H、E417A、K540T、K792T、S879L、S1012*、Q1322*、C1482Y、A1896V、およびA2129V)、TET2(例えば、K108T、T118I、S289L、F373L、K1056N、Y1169*、A1497V、およびV1857M)、および/またはTET3(例えば、T165M、A874T、M977V、G1398R、およびR1576Q/W)である。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、1つまたは複数の受容体チロシンキナーゼ(例えば、ERBB3、EPHB4、EFNB3、EPHA1、TYRO3、TIE1およびFLT4)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは1つまたは複数のキナーゼ(例えば、RIOK3、PRKCB、MUSK、MAP2K7およびMAP4K5)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、1つまたは複数のタンパク質ホスファターゼ(例えば、PTPRN2)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、1つまたは複数のGPRC(例えば、GPR4および/またはGPR98)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、1つまたは複数のE3−リガーゼ(例えば、TOPORS)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表2、3、4、および/または5に収載される1つまたは複数のバイオマーカーの変種(例えば、多型または変異)の存在を含む(例えば、表2、3、4、および/または5における変種(例えば、多型または変異))。いくつかの実施態様では、変種(例えば、多型または変異)は体細胞変種(例えば、多型または変異)を含む。

0112

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、1つまたは複数のRSPO(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、1つまたは複数のRSPO(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)の(例えば、基準と比べて)上昇した発現レベルの存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはRSPO1を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはRSPO2を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはRSPO3を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはRSPO4を含む。

0113

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、表6に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表6に収載される1つまたは複数の遺伝子の(例えば、基準と比べて)上昇した発現レベルの存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはFOXA1、CLND1、および/またはIGF2を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、FOXA1、CLND1、および/またはIGF2の(例えば、基準と比べて)上昇した発現レベルの存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、カルシウムシグナル伝達cAMP媒介シグナル伝達グルタミン酸受容体シグナル伝達筋萎縮性側索硬化症シグナル伝達、窒素代謝軸索誘導シグナル伝達、乾癬におけるIL−17Aの役割セロトニン受容体シグナル伝達、慢性閉塞性肺疾患における気道病変タンパク質キナーゼAシグナル伝達、膀胱癌シグナル伝達、HIF1αシグナル伝達、心臓βアドレナリンシグナル伝達、シナプス長期増強アテローム動脈硬化症シグナル伝達、サーカディアンリズムシグナル伝達、神経におけるCREBシグナル伝達、Gタンパク質共役型受容体シグナル伝達、白血球管外遊出シグナル伝達、補体系エイコサノイドシグナル伝達、チロシン代謝、システイン代謝、シナプス長期抑制関節炎におけるIL−17Aの役割、シルデナフィルバイアグラ)の細胞効果脊髄後角ニューロンにおける神経障害性疼痛シグナル伝達、DアルギニンとDオルニチン代謝、アレルギー性炎症気道疾患におけるIL−17Fの役割、甲状腺癌シグナル伝達、肝線維症肝星細胞活性化、ドーパミン受容体シグナル伝達、哺乳動物胚幹細胞多能性におけるNANOGの役割、コンドロイチン硫酸生合成エンドセリンー1シグナル伝達、ケラタン硫酸生合成、光伝達経路、Wnt/βカテニンシグナル伝達、ケモカインシグナル伝達、アラニンアスパラギン酸代謝、スフィンゴ糖脂質生合成−ネオラクトシリーズ(Neolactoseries)、肝酸生合成、マクロファージの役割、関節リウマチにおける線維芽細胞内皮細胞、αアドレナリンシグナル伝達、タウリンヒポタウリン代謝、RXR機能LPS/IL−1媒介阻害、結腸直腸癌転移シグナル伝達、好酸球におけるCCR3シグナル伝達、および/またはO−グリカン生合成を含むがこれらに限定されない差次的に発現されるシグナル伝達経路を含む。

0114

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、表7に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表7に収載される1つまたは複数の遺伝子の(例えば、基準と比べて)上昇した遺伝子コピー数の存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはIGF2、KRAS、および/またはMYCを含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、IGF2、KRAS、および/またはMYCの(例えば、基準と比べて)上昇した遺伝子コピー数の存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表7に収載される1つまたは複数の遺伝子の(例えば、基準と比べて)低下した遺伝子コピー数の存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはFHIT、APC、および/またはSMAD4を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、FHIT、APC、および/またはSMAD4の(例えば、基準と比べて)低下した遺伝子コピー数の存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、染色体20qの(例えば、基準と比べて)上昇したコピー数の存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、染色体18qの(例えば、基準と比べて)低下したコピー数の存在により示される。

0115

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、表9に収載される1つまたは複数の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、1つもしくは複数のバイオマーカーの存在は、表9に収載される1つもしくは複数の遺伝子の変種(例えば、多型または変異)(例えば、表9における変種(例えば、多型または変異))および/または表9に収載される1つもしくは複数の遺伝子の(例えば、基準と比べた)選択的スプライシングの存在により示される。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはTP53、NOTCH2、MRPL33、および/またはEIF5Bを含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーはMRPL33である。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、TP53、NOTCH2、MRPL33、および/もしくはEIF5Bの変種(例えば、多型または変異)(例えば、表9における変種(例えば、多型または変異))ならびに/またはTP53、NOTCH2、MRPL33、および/もしくはEIF5Bの(例えば、基準と比べた)選択的スプライシングの存在により示される。

0116

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーは、表10に収載される1つまたは複数の遺伝子の転位(例えば、再配列および/または融合)を含む。いくつかの実施態様では、1つもしくは複数のバイオマーカーの存在は、表10に収載される1つまたは複数の遺伝子の転位(例えば、再配列および/または融合)の存在を含む(例えば、表10における転位(例えば、再配列および/または融合))。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)はPVT1転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、PVT1転位(例えば、再配列および/または融合)はPVT1およびMYCを含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)はPVT1およびIncDNAを含む。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)はRスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)はRSPO1転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)はRSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)はEIF3EおよびRSPO2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)はEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)はEIF3Eエクソン1およびRSPO2エクソン3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)は配列番号71を含む。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)は、配列番号12、41、および/または42を含むプライマーにより検出可能である。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)はEIF3Eプロモーターにより推進される。いくつかの実施態様では、RSPO2転位(例えば、再配列および/または融合)はRSPO2プロモーターにより推進される。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)はRSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)はPTPRKおよびRSPO3を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)はPTPRKエクソン1およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)はPTPRKエクソン7およびRSPO3エクソン2を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)は配列番号72および/または配列番号73を含む。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)は配列番号13、14、43、および/または44を含むプライマーにより検出可能である。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)はPTPRKプロモーターにより推進される。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)はRSPO3プロモーターにより推進される。いくつかの実施態様では、RSPO3転位(例えば、再配列および/または融合)はPTPRK分泌シグナル配列を含む(かつ/またはRSPO3分泌シグナル配列を含まない)。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)はRSPO4転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)は、(例えば、Rスポンジン転位のない基準と比べて)Rスポンジンの上昇した発現レベルをもたらす。いくつかの実施態様では、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)は、(例えば、Rスポンジン転位のない基準と比べて)Rスポンジンの上昇した活性および/または活性化をもたらす。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表10における転位(例えば、再配列および/または融合)ならびにKRASおよび/またはBRAFなどのRスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)を含む。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表10における転位(例えば、再配列および/または融合)、ならびに変種(例えば、多型または変異)KRASおよび/またはBRAFなどの、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)の存在である。いくつかの実施態様では、1つまたは複数のバイオマーカーの存在は、表10における転位(例えば、再配列および/または融合)などの、Rスポンジン転位(例えば、再配列および/または融合)の存在であり、1つまたは複数のバイオマーカーの非存在は、変種(例えば、多型または変異)CTNNB1および/またはAPCの非存在である。

0117

転位(例えば、再配列および/または融合)のいずれかのいくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)は体細胞転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)は染色体内転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)は染色体間転位(例えば、再配列および/または融合)である。いくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)は浸潤である。いくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)は欠失である。いくつかの実施態様では、転位(例えば、再配列および/または融合)は、機能的転位融合ポリヌクレオチド(例えば、機能的Rスポンジン転位融合ポリヌクレオチド)および/または機能的転位融合ポリペプチド(例えば、機能的Rスポンジン転位融合ポリペプチド)である。いくつかの実施態様では、機能的転位融合ポリペプチド(例えば、機能的Rスポンジン転位融合ポリペプチド)は、転位した遺伝子のうちの1つにより調節されることが分かっている経路(例えば、wntシグナル伝達経路)を活性化する。いくつかの実施態様では、経路はカノニカルwntシグナル伝達経路である。いくつかの実施態様では、経路は非カノニカルwntシグナル伝達経路である。いくつかの実施態様では、経路活性化を決定する方法は当技術分野では公知であり、本明細書に記載されるルシフェラーゼレポーターアッセイが含まれる。

0118

癌および癌細胞の例には、細胞腫、リンパ腫、芽細胞腫(髄芽腫および網膜芽細胞腫を含む)、肉腫(脂肪肉腫および滑膜細胞肉腫を含む)、神経内分泌腫瘍(カルチノイド腫瘍ガストリン産生腫瘍、および膵島細胞癌を含む)、中皮腫シュワン腫(聴神経腫瘍を含む)、髄膜腫、腺癌、黒色腫、および白血病またはリンパ系腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。そのような癌のさらに詳細な例には、扁平上皮癌(例えば、上皮扁平上皮癌)、小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、肺の腺癌および肺の扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃腸癌を含む胃癌、膵臓癌、神経膠芽腫子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞腫、乳癌(転移性乳癌を含む)、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝臓癌、肛門癌、陰茎癌、精巣癌、食道癌胆管の腫瘍、ならびに頭頸部癌が含まれる。いくつかの実施態様では、癌は結腸直腸癌である。いくつかの実施態様では、癌は結腸癌である。いくつかの実施態様では、癌は直腸癌である。

0119

バイオマーカー(例えば、Rスポンジン転位)の存在および/または発現レベル/量は、DNA、mRNA、cDNA、タンパク質、タンパク質断片および/または遺伝子コピー数を含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の適切な判断基準に基づいて定性的におよび/または定量的に決定することができる。ある種の実施態様では、第一の試料中のバイオマーカーの存在および/または発現レベル/量は、第二の試料中の存在/非存在および/または発現レベル/量と比べて増加している。ある種の実施態様では、第一の試料中のバイオマーカーの存在/非存在および/または発現レベル/量は、第二の試料中の存在および/または発現レベル/量と比べて減少している。ある種の実施態様では、第二の試料は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織である。遺伝子の存在/非存在および/または発現レベル/量を決定するための追加の開示は本明細書に記載されている。

0120

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、上昇した発現とは、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織と比べた場合、本明細書に記載される方法などの公知の標準技術法により検出されるバイオマーカー(例えば、タンパク質または核酸(例えば、遺伝子またはmRNA))のレベルにおける約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれよりも多いのいずれかである全増加のことである。ある種の実施態様では、上昇した発現とは、試料中のバイオマーカーの発現レベル/量の増加のことであり、増加は基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織中のそれぞれのバイオマーカーの発現レベル/量の少なくとも約1.5×、1.75×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、25×、50×、75×、または100×のうちのいずれかである。いくつかの実施態様では、上昇した発現とは、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、対照組織、または内部標準(例えば、ハウスキーピング遺伝子)と比べた場合、約1.5倍、約1.75倍、約2倍、約2.25倍、約2.5倍、約2.75倍、約3.0倍、または約3.25倍よりも多い全増加のことである。

0121

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、低下した発現とは、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織と比べた場合、本明細書に記載される方法などの公知の標準技術法により検出されるバイオマーカー(例えば、タンパク質または核酸(例えば、遺伝子またはmRNA))のレベルにおける約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれよりも多いのいずれかである全低下のことである。ある種の実施態様では、低下した発現とは、試料中のバイオマーカーの発現レベル/量の減少のことであり、減少は基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織中のそれぞれのバイオマーカーの発現レベル/量の少なくとも約0.9×、0.8×、0.7×、0.6×、0.5×、0.4×、0.3×、0.2×、0.1×、0.05×、または0.01×のうちのいずれかである。

0122

試料中の様々なバイオマーカーの存在および/または発現レベル/量は、免疫組織化学的(「IHC」)、ウエスタンブロット分析、免疫沈降法、分子結合アッセイ、ELISA、ELIFA、蛍光標識細胞分取(「FACS」)、MassARRAY、プロテオミクス、定量的血液ベースのアッセイ(例えば、血清ELISAとして)、生化学的酵素活性アッセイ、in situハイブリダイゼーション、サザン分析ノーザン分析、全ゲノム塩基配列決定、定量的リアルタイムPCR(「qRT−PCR」)を含むポリメラーゼ連鎖反応(「PCR」)ならびに、例えば、分岐DNA、SISBA、TMAおよび同類のものなどの他の増幅型検出法、RNA−Seq、FISH、マイクロアレイ分析、遺伝子発現プロファイリング、ならびに/または遺伝子発現のシリアル分析(「SAGE」)、ならびにタンパク質、遺伝子、および/もしくは組織アレイ分析により実施することができる多種多様なアッセイのうちのいずれか1つを含むがこれらに限定されない多くの方法により分析することができ、その多くが当技術分野では公知であり、当業者には理解されている。遺伝子および遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコールは、例えば、Ausubelら編、1995、Current Protocols In Molecular Biology、Units 2(Northern Blotting)、4(Southern Blotting)、15(Immunoblotting)and 18(PCR Analysis)に見られる。Rules Based Medicine or Meso Scale Discovery(「MSD」)から利用可能なアッセイなどの多重免疫アッセイも使用しうる。

0123

いくつかの実施態様では、バイオマーカーの存在および/または発現レベル/量は、(a)遺伝子発現プロファイリング、PCR(例えば、rtPCR)、RNA−seq、マイクロアレイ分析、SAGE、MassARRAY法、または試料(例えば、対象癌試料)上でのFISHを実施し、(b)試料中のバイオマーカーの存在および/または発現レベル/量を決定することを含む方法を使用して、決定される。いくつかの実施態様では、マイクロアレイ法は、厳密な条件下で上記の遺伝子をコードする核酸分子にハイブリダイズすることができる1つまたは複数の核酸分子を有するまたは上記の遺伝子にコードされるタンパク質のうちの1つまたは複数に結合することができる1つまたは複数のポリペプチド(例えば、ペプチドまたは抗体)を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様では、PCR法はqRT−PCRである。一実施態様では、PCR法は多重PCRである。いくつかの実施態様では、遺伝子発現はマイクロアレイにより測定される。いくつかの実施態様では、遺伝子発現はqRT−PCRにより測定される。いくつかの実施態様では、発現は多重PCRにより測定される。

0124

細胞中のmRNAを評価するための方法は周知であり、例えば、相補的DNAプローブを使用するハイブリダイゼーションアッセイ(例えば、1つまたは複数の遺伝子に特異的な標識リボプローブを使用するin situハイブリダイゼーション、ノーザンブロットおよび関連技法)および様々な核酸増幅アッセイ(例えば、遺伝子の1つまたは複数に特異的な相補的プライマーを使用するRT−PCR、ならびに、例えば、分岐DNA、SISBA、TMAおよび同類のものなどの他の増幅型検出法)が含まれる。

0125

哺乳動物由来の試料は、ノーザンドットブロットまたはPCR分析を使用してmRNAについて都合よくアッセイすることができる。さらに、そのような方法は、生体試料中の標的mRNAのレベルを決定することが可能になる1つまたは複数のステップを含むことができる(例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照mRNA配列のレベルを同時に試験することにより)。場合により、増幅された標的cDNAの配列を決定することができる。

0126

本発明の随意の方法には、マイクロアレイ技術により組織または細胞試料中の標的mRNAなどのmRNAを試験するまたは検出するプロトコールが含まれる。核酸マイクロアレイを使用して、試験および対照組織試料由来の試験および対照mRNA試料は逆転写され標識されて、cDNAプローブを生成する。次に、プローブは、固体支持体上に固定された核酸のアレイにハイブリダイズされる。アレイは、アレイのそれぞれのメンバーの配列と位置が分かるように配置される。例えば、その発現が抗血管新生療法の増大したまたは減少した臨床的有用性と相関している遺伝子のセレクションを固体支持体上に整列させてもよい。標識プローブが特定のアレイメンバーとハイブリダイズすれば、プローブが由来する試料はその遺伝子を発現していることが示される。

0127

いくつかの実施態様によれば、存在および/または発現レベル/量は、前述の遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することにより測定される。ある種の実施態様では、方法は、バイオマーカーの結合に許容的である条件下で本明細書に記載されるバイオマーカーに対する抗体(例えば、抗Rスポンジン転位抗体)に生体試料を接触させ、抗体とバイオマーカーの間で複合体が形成されるかどうかを検出することを含む。そのような方法はインビトロ法でもインビボ法であってもよい。一実施態様では、抗体を使用して、wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニスト、例えば、個体を選択するためのバイオマーカーを用いる療法に適格な対象を選択する。

0128

ある種の実施態様では、試料中のバイオマーカータンパク質の存在および/または発現レベル/量はIHCと染色プロトコールを使用して試験される。組織切片のIHC染色は、試料中のタンパク質の存在を決定するまたは検出する信頼性の高い方法であることが明らかにされている。一態様では、バイオマーカーの発現レベルは、(a)抗体を用いて試料(例えば、対象癌試料)のIHC分析を実施し、(b)試料中のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含む方法を使用して決定される。いくつかの実施態様では、IHC染色強度は、基準値と比べて決定される。

0129

IHCは、形態染色および/または蛍光in situハイブリダイゼーションなどの追加の技法と組み合わせて実施してもよい。IHCの2つの一般的方法、直接的アッセイと間接的アッセイが利用可能である。第一のアッセイに従えば、標的抗原への抗体の結合は直接的に決定される。この直接的アッセイは、さらなる抗体相互作用なしで可視化することができる蛍光タグまたは酵素標識一次抗体などの標識試薬を使用する。典型的な間接的アッセイでは、非コンジュゲート一次抗体は抗原に結合し、次に標識二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートされる場合、発色性または蛍光発生基質が添加されて抗原を可視化する。いくつかの二次抗体は一次抗体上の異なるエピトープと反応することがあるために、シグナル増幅が起こる。

0130

IHCのために使用される一次および/または二次抗体は検出可能な部分で標識されることになる。一般的には以下の範疇、(a)35S、14C、125I、3H、および131Iなどの放射性同位元素、(b)コロイド状金粒子、(c)希土キレートユーロピウムキレート)、テキサスレッドローダミンフルオレセインダンシル、リサミンウンベリフェロンフィコクリテリン(phycocrytherin)、フィコシアニン、またはSPECTRUMORANGE7およびSPECTRUM GREEN7などの市販されているフルオロフォアならびに/または上記のうちのいずれか1つもしくは複数の誘導体を含むがこれらに限定されない蛍光標識、(d)様々な酵素−基質標識が利用可能であり、米国特許第4,275,149号はこれらのうちのいくつかの概説を提供している、に分類することができる多数の標識が利用可能である。酵素標識の例には、ルシフェラーゼ(例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ;米国特許第4,737,456号)、ルシフェリン、2,3−ジヒドロフタラジンジオンリンゴ酸デヒドロゲナーゼウレアーゼ西ワサビペルオキシダーゼ(HRPO)などのペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼβガラクトシダーゼグルコアミラーゼリゾチームサッカライドオキシダーゼ(例えば、グルコースオキシダーゼガラクトースオキシダーゼ、およびグルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ)、複素環オキシダーゼ(例えば、ウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼ)、ラクトペルオキシダーゼミクロペルオキシダーゼ、ならびに同類のものが含まれる。

0131

酵素−基質組合せの例には、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRPO)と基質としての過酸化水素、アルカリホスファターゼ(AP)と発色基質としてのパラニトロフェニルリン酸、およびβ−D−ガラクトシダーゼ(β−D−Gal)と発色基質(例えば、p−ニトロフェニル−β−D−ガラクトシダーゼ)または蛍光発生基質(例えば、4−メチルウンベリフリル−β−D−ガラクトシダーゼ)が含まれる。これらの概評は、米国特許第4,275,149号および米国特許第4,318,980号を参照されたい。

0132

このようにして調製された検体マウントされ、カバースリップを載せてもよい。次に、スライド評価は、例えば、顕微鏡を使用して決定され、当技術分野で常用される染色強度基準を用いてもよい。いくつかの実施態様では、約1+またはそれよりも高い染色パターンスコアは診断に用いるおよび/または予後に用いる。ある種の実施態様では、IHCアッセイにおける約2+またはそれよりも高い染色パターンスコアは診断に用いるおよび/または予後に用いる。他の実施態様では、約3またはそれよりも高い染色パターンスコアは診断に用いるおよび/または予後に用いる。一実施態様では、腫瘍または結腸腺腫由来の細胞および/または組織がIHCを使用して試験される場合、染色は一般に(試料中に存在することがある間質または周辺組織と対照的に)腫瘍細胞および/または組織において決定されるまたは評価されると理解されている。

0133

別の方法では、試料を、抗体−バイオマーカー複合体が形成されるのに十分な条件下で前記バイオマーカーに特異的な抗体(例えば、抗Rスポンジン転位抗体)に接触させ、次に前記複合体を検出することができる。バイオマーカーの存在は、血漿または血清を含む多種多様な組織および試料をアッセイするためのウエスタンブロッティングおよびELISA手順によりなどの多くの方法で検出しうる。そのようなアッセイフォーマットを使用する広範囲免疫アッセイ法が利用可能であり、例えば、米国特許第4,016,043号、米国特許第4,424,279号および米国特許第4,018,653号を参照されたい。これには、単一部位と二部位の両方のアッセイまたは非競合型の「サンドイッチ」アッセイ、および従来の競合結合アッセイが含まれる。これらのアッセイは、標的バイオマーカーへの標識抗体の直接的結合も含まれる。

0134

組織または細胞試料中の選択されたバイオマーカーの存在および/または発現レベル/量は、機能的または活性ベースのアッセイにより試験してもよい。例えば、バイオマーカーが酵素である場合、当技術分野で公知のアッセイを行って、組織または細胞試料中の所与の酵素活性の存在を決定するまたは検出してもよい。

0135

ある種の実施態様では、試料はアッセイされるバイオマーカーの量の違いと使用される試料の質のばらつきの両方、およびアッセイ実行のばらつきについて正規化される。そのような正規化は、ACTBなどの周知のハウスキーピング遺伝子を含むある種の正規化バイオマーカーの発現を検出し組み入れることにより実現することができる。代わりに、正規化は、アッセイされた遺伝子のすべてまたはその大きなサブセットの平均または中央値シグナルに基づかせることができる(グローバル正規化アプローチ)。遺伝子単位で、測定され正規化された量の対象腫瘍mRNAまたはタンパク質は基準セットに見られる量と比較される。対象あたりの試験された腫瘍あたりのmRNAまたはタンパク質ごとの正規化発現レベルは、基準セットにおいて測定された発現レベルの百分率として表すことができる。分析される特定の対象試料において測定される存在および/または発現レベル/量は、当技術分野で周知の方法により決定することができるこの範囲内のあるパーセンタイルに入ることになる。

0136

ある種の実施態様では、遺伝子の相対的発現レベルは以下のように決定される。
相対的発現遺伝子1試料1=2exp(Ctハウスキーピング遺伝子−Ct遺伝子1)、Ctは試料において決定される。
相対的発現遺伝子1基準RAN=2exp(Ctハウスキーピング遺伝子−Ct遺伝子1)、Ctは基準試料において決定される。
正規化相対的発現遺伝子1試料1=(相対的発現遺伝子1試料1/相対的発現遺伝子1基準RNA)×100
Ctは閾値サイクルである。Ctは、反応内で生成される蛍光が閾値線を横切るサイクル数である。

0137

すべての実験は、様々な組織供給源由来のRNAの網羅的混合物である基準RNAに正規化される(例えば、Clontech、Mountain View、CA製の基準RNA #636538)。同一の基準RNAはそれぞれのqRT−PCR実行に含まれ、異なる実験実行間の結果の比較が可能になる。

0138

一実施態様では、試料は臨床試料である。別の実施態様では、試料は診断アッセイにおいて使用される。いくつかの実施態様では、試料は原発または転移腫瘍から得られる。組織検体は腫瘍組織の代表的小片を得るのに使用されることが多い。代わりに、腫瘍細胞は、対象の腫瘍細胞を含有すると分かっているまたは考えられる組織または体液の形態で間接的に得ることができる。例えば、肺癌病巣の試料は、切除気管支鏡検査穿刺吸引気管支擦過法により、または痰、胸膜液もしくは血液から得ることができる。遺伝子または遺伝子産物は癌もしくは腫瘍組織からまたは尿、痰、血清もしくは血漿などの他の身体試料から検出することが可能である。癌試料中の標的遺伝子または遺伝子産物の検出のための上記の同じ技法は、他の身体試料に適用することができる。癌細胞は癌病巣から剥がれ落ちてそのような身体試料に現れることがある。そのような身体試料をスクリーニングすることにより、これらの癌について簡単な早期診断を達成することができる。さらに、療法の進行は、標的遺伝子または遺伝子産物についてそのような身体試料を検査することによりさらに容易にモニターすることができる。

0139

ある種の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、試験試料が得られるときとは異なる1つまたは複数の時点で得られる同じ対象または個体由来の単一試料または混合した複数の試料である。例えば、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、試験試料が得られるときより早期の時点で同じ対象または個体から得られる。そのような基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、基準試料が癌の初期診断中に得られるのであれば有用であることがあり、試験試料は後の癌が転移性になったときに得られる。

0140

ある種の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、対象でも個体でもない1つまたは複数の健康な個体由来の混合した複数の試料である。ある種の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、対象でも個体でもない疾患または障害(例えば、癌)に罹った1つまたは複数の健康な個体由来の混合した複数の試料である。ある種の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、対象でも個体でもない1つまたは複数の個体由来の正常組織からプールされたRNA試料またはプールされた血漿もしくは血清試料である。ある種の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、対象でも個体でもない疾患または障害(例えば、癌)に罹った1つまたは複数の個体由来の腫瘍組織からプールされたRNA試料またはプールされた血漿もしくは血清試料である。

0141

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニスト(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4アンタゴニスト)である。方法のいずれかのいくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストは、抗体、結合ポリペプチド、結合小分子、またはポリヌクレオチドである。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストは、抗体である。いくつかの実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施態様では、抗体はヒト、ヒト化、またはキメラ抗体である。いくつかの実施態様では、抗体は抗体断片であり、抗体断片は、wnt経路ポリペプチド、特にRスポンジンアンタゴニストおよび/またはRスポンジン転位融合ポリペプチドに結合する。

0142

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、上の実施態様のいずれかに従った個体はヒトであってよい。

0143

方法のいずれかのいくつかの実施態様では、方法は、そのような癌を有する個体に有効量のwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストを投与することを含む。そのような一実施態様では、下に記載されるように、方法は個人に有効量の少なくとも1つの追加の療法剤を投与することを含む。いくつかの実施態様では、個体はヒトであってよい。

0144

本明細書に記載されるwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストは、療法において単独でもまたは他の薬剤と組み合わせて使用することもできる。例えば、本明細書に記載されるwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストは、別のwnt経路アンタゴニストを含む少なくとも1つの追加の治療薬と同時投与してもよい。ある特定の実施態様では、追加の治療剤は化学療法剤である。

0145

上記のそのような併用療法は、併用投与(2つ以上の治療剤が同じまたは別々の製剤に含まれている)、および別々の投与を包含しており、後者の場合、wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストの投与は追加の治療剤および/またはアジュバンドの投与に先立って、同時におよび/または続いて行うことができる。wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニストは、放射線療法と組み合わせて使用することもできる。

0146

本明細書に記載されるwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジン転位アンタゴニスト(例えば、抗体、結合ポリペプチド、および/または小分子)(および任意の追加の治療薬)は、非経口肺内、および鼻腔内、ならびに局所治療が望ましい場合には病巣内投与を含むいかなる適切な手段によっても投与することができる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。投与は、いかなる適切な経路によっても、例えば、一部、投与が短期か長期かにより、静脈注射または皮下注射などの注射によっても可能である。様々な時点にわたる単回または複数回投与ボーラス投与、およびパルス注入を含むがこれらに限定されない様々な投与スケジュールが本明細書では想定されている。

0147

本明細書に記載のwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニスト(例えば、抗体、結合ポリペプチド、および/または小分子)は、良好な医療行為と一致する様式で処方されうる、服用されうる、および投与されうる。この文脈で考慮する要因には、治療されている特定の障害、治療されている特定の哺乳動物、個人の臨床状態、障害の原因、薬剤の送達部位投与方法、投与のスケジューリング、および医師に知られている他の要因が含まれる。wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストは、問題の障害を予防するまたは治療するのに現在使用されている1つまたは複数の薬剤と一緒に処方される必要はないが、場合によりそのように処方される。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストの量、障害または治療の種類、および上で考察された他の要因に依拠する。これらの薬剤は一般に、本明細書に記載されるのと同じ投与量で投与経路を用いて、または本明細書に記載される投与量の約1〜99%、または経験的に/臨床的に適切であると判定されているいかなる投与量でもおよびいかなる経路でも使用される。

0148

疾患の予防または治療では、本明細書に記載のwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストの適切な投与量(単独でまたは1つもしくは複数の他の追加の治療剤と組み合わせて使用される場合)は、治療される疾患の種類、疾患の重症度および経過、wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストが予防目的でまたは治療目的で投与されるのかどうか、前の療法、wnt経路アンタゴニストに対する対象の臨床歴および応答、ならびに主治医慎重さに依拠することになる。wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストは1回または一連の治療にわたって個人に適切に投与される。1つの典型的な一日投与量は、上記の要因に応じて、約1μg/kg〜100mg/kgまたはそれよりも多いに及んでいてもよい。数日またはそれよりも長い期間にわたる繰り返し投与では、状態に応じて、治療は一般に、疾患症状の所望の抑制が起こるまで持続されることになる。そのような用量は、断続的に、例えば、毎週または3週間ごとに(例えば、個人がwnt経路アンタゴニストの約2〜約20、または、例えば、6容量を受けるように)投与してもよい。もっと多い初回負荷量とそれに続くもっと低い1または複数回の用量を投与してもよい。例となる投与計画は投与することを含む。しかし、他の投与量計画が有用である場合もある。この療法の進行は、従来の技法およびアッセイにより容易にモニターされる。

0149

上記製剤または治療方法のいずれも、wnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストの代わりにまたはwnt経路アンタゴニスト、特にRスポンジンアンタゴニストに加えて本発明の免疫コンジュゲートを使用して実施しうることは理解される。

0150

III.治療組成物
本明細書に記載される方法において有用なwnt経路アンタゴニストが本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストは、抗体、結合ポリペプチド、結合小分子、および/またはポリヌクレオチドである。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはカノニカルwnt経路アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストは非カノニカルwnt経路アンタゴニストである。

0151

いくつかの実施態様では、wnt経路アンタゴニストはRスポンジンアンタゴニストである。いくつかの実施態様では、RスポンジンアンタゴニストはRスポンジン転位アンタゴニストである。いくつかの実施態様では、RスポンジンアンタゴニストはLPR6媒介wntシグナル伝達を阻害する。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストは、RスポンジンとLPR6の相互作用を阻害するおよび/または遮断する。いくつかの実施態様では、RスポンジンアンタゴニストLGR5媒介wntシグナル伝達を阻害する。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストは、RスポンジンとLGR5の相互作用を阻害するかつ/または遮断する。いくつかの実施態様では、RスポンジンアンタゴニストはKRM媒介wntシグナル伝達を阻害する。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストは、RスポンジンとKRMの相互作用を阻害するかつ/または遮断する。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストはシンデカン(例えば、シンデカン4)媒介wntシグナル伝達を阻害する。いくつかの実施態様では、Rスポンジンアンタゴニストは、Rスポンジンとシンデカン(例えば、シンデカン4)の相互作用を阻害するかつ/または遮断する。Rスポンジンアンタゴニストの例には、WO2008/046649、WO2008/020942、WO2007/013666、WO2005/040418、WO2009/005809、US8,088,374、US7,541,431、WO2011/076932、および/またはUS2009/0074782に記載されているアンタゴニストが含まれるがこれらに限定されない。前記特許文献は出典明示によりその全体を組み込まれる。

0152

wntシグナル伝達経路成分またはwnt経路ポリペプチドは、Wntタンパク質とFz受容体の間の相互作用から生じるシグナルを伝達する成分である。wntシグナル伝達経路は複雑であり、広範なフィードバック調節を伴う。wntシグナル伝達経路成分の例には、Wnt(例えば、WNT1、WNT2、WNT2B、WNT3、WNT3A、WNT4、WNT5A、WNT5B、WNT6、WNT7A、WNT7B、WNT8A、WNT8B、WNT9A、WNT9B、WNT10A、WNT10B、WNT11、WNT16)、フリルド(Frizzled)(例えば、Frz1−10)、RSPO(例えば、RSPO1、RSPO2、RSPO3、および/またはRSPO4)、LGR(例えば、LGR5)、WTX、WISP、(例えば、WISP1、WISP2、および/またはWISP3)、βTrCp、STRA6、膜結合タンパク質であるLRP(例えば、LRP5および/またはLRP6)、アキシン、およびディシブルド(Dishevelled)、細胞外Wnt相互作用タンパク質であるsFRP、WIF−1、LRP不活化タンパク質であるDkkおよびKrn、細胞質タンパク質βカテニン、βカテニン「分解複合体」のメンバーであるAPC、GSK3β、CKIαおよびPP2A、核輸送タンパク質であるAPC、ピゴパス(pygopus)およびbcl9/レグレス(legless)、ならびに、転写因子TCF/LEF、グルーチョ(Groucho)およびCBP/p300とBrg−1などの様々なヒストンアセチラーゼが含まれる。

0153

A.抗体
一態様では、wnt経路ポリペプチドに結合する単離された抗体が本明細書で提供される。上記実施態様のいずれにおいても、抗体はヒト化されている。本発明の追加の態様では、上記実施態様のいずれかに従った抗wnt経路抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体を含む、モノクローナル抗体である。一実施態様では、抗wnt経路抗体は、抗体断片、例えば、Fv、Fab、Fab’、scFv、ダイアボディ、またはF(ab’)2断片である。別の実施態様では、抗体は完全長抗体、例えば、インタクトなIgG1’’抗体または本明細書で定義される他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。

0154

抗体のいずれかのいくつかの実施態様では、抗wnt経路抗体は抗LRP6抗体である。抗LRP6抗体の例には、米国特許出願公開第2011/0256127号に記載される抗LRP6抗体が含まれるがこれに限定されない。前記特許文献は出典明示によりその全体を組み込まれる。いくつかの実施態様では、抗LRP6抗体は、第一のWntアイソフォームにより誘導されるシグナル伝達を阻害し、第二のWntアイソフォームにより誘導されるシグナル伝達を増強する。いくつかの実施態様では、第一のWntアイソフォームはWnt3およびWnt3aからなる群から選択され、第二のWntアイソフォームはWnt1、2、2b、4、6、7a、7b、8a、9a、9b、10a、および10bからなる群から選択される。いくつかの実施態様では、第一のWntアイソフォームはWnt1、2、2b、6、8a、9a、9b、および10bからなる群から選択され、第二のWntアイソフォームはWnt3およびWnt3aからなる群から選択される。

0155

抗体のいずれかのいくつかの実施態様では、抗wnt経路抗体は抗フリズルド抗体である。抗フリズルド抗体の例には、米国特許第7,947,277号に記載される抗フリズルド抗体が含まれるがこれに限定されない。前記特許文献は出典明示によりその全体を組み込まれる。

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