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課題

本発明は、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)から単離可能な単離ポリペプチドの提供に関する。本発明はまた、1又は複数のポリペプチドを含む組成物、及びポリペプチドを作製及び使用するための方法の提供に関する。

解決手段

列番号397のアミノ酸配列と少なくとも92%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる組成物であって、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が配列番号399のアミノ酸1〜26と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする、組成物。

概要

背景

グラム陽性菌は、ヒト及び動物のいずれにおいても種々の疾患を生じる生物の非常に多様な群である。ヒト及び/又は動物の健康における重大性が認識されている病原体の中には、コリネバクテリアセエ科(Corynebacteriaceae)、エンテロコッカス科(Enterococcacae)、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)、マイコバクテリア科(Mycobacteriaceae)、ノカルジア科(Nocardiaceae)、及びペプトコッカス科(Peptococcaceae)に属する細菌が含まれ、アクチノミセス菌属(Actinomyces spp.)、ビフィズス菌属(Bifidobacterium spp.)、コリネバクテリウム菌属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス菌属(Erysipelothrix spp.)、ユーバクテリウム菌属(Eubacterium spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、ラクトバチルス菌属(Lactobacillus spp.)、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、モビルンカス菌属(Mobiluncus spp.)、マイコバクテリア菌属(Mycobacteria spp.)、ペプトストレプトコッカス菌属(Peptostreptococcus spp.)、プロピオニバクテリウム菌属(Propionibacterium spp.)、及びブドウ球菌属(Staphylococcus spp)等の細菌が含まれる。これらの病原体は、多くの異なる動物種において多くの臨床症状を生じる。このような感染症のための治療は、歴史的にはグラム陽性生物の共通構造及び機能を攻撃する抗生物質であった。しかしながら、多くのより広範に存在するグラム陽性生物は、抗生物質の一部のクラスに対する耐性発達させて、感染症の治療が困難である。ヒト及び食物生産動物のいずれにおける細菌疾患の治療での抗生物質の広範囲に及ぶ使用は、グラム陽性生物の多くの種の抗生物質耐性株の増殖の主たる要因である可能性が高い。従って、動物及びヒトにおけるグラム陽性生物による感染を予防又は排除する別の治療を発見することが非常に必要である。

農業動物におけるブドウ球菌感染症
産業において、多数の重大な疾患がグラム陽性生物によって生じる。グラム陽性菌感染症によって生じる臨床症状の例は、乳腺炎敗血症肺炎骨髄炎髄膜脳炎リンパ管炎皮膚炎生殖器感染症、子宮炎周産期疾患下垂体膿瘍関節炎滑液包炎精巣炎、膀胱炎及び腎盂腎炎リンパ節炎結核潰瘍性リンパ管炎、丹毒蹄葉炎、チザー病、破傷風ボツリヌス症、腸炎悪性水腫ブラクシー病(braxy)、桿菌性ヘモグロビン尿症、腸毒血症が含まれる。ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)は、特に農業動物の多くの異なる種に感染することができ、膨大な経済的損失を生じ得る。例えば、米国酪農業において、乳腺炎、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)によって度々生じる疾患に起因して、毎年乳牛1頭当たり約$185を損出すると見積もられている。米国では9.500万頭の乳牛が飼育されているので、乳腺炎の年間コストは約$18億である。これは、農家牛乳販売の総売上げの約10%であり、この損失の約3分の2は、準臨床的に(無症状に)感染した乳牛における牛乳の生産の減少に起因する。他の損失は、異常乳廃棄及び抗生物質で治療された乳牛由来の乳の保留発症した乳牛の早期差し替えコスト、選別された乳牛の売却価額の低下、薬及び獣医サービスのコスト及び人件費の増加に起因する。ウシ酪農業内のこの蔓延に加えて、グラム陽性球菌によって生じる乳腺炎はまた、ヤギ及びヒツジの間で共通する。黄色ブドウ球菌(S. aureus)によって生じるさらなる動物疾患には、ウマにおけるボトリオミセス症家禽における化膿性滑膜炎及び骨髄炎、ウサギにおけるスナッフルブタにおける流産、及び子ヒツジにおけるダニ膿血が含まれる。ブドウ球菌の他の種は、イヌ及びブタの主たる皮膚病原体である{イヌ:(ストレプトコッカス・インターディウス(S. intermedius)}{ブタ:スタフィロコッカス・ヒカス(S. hycius)}。家禽種において、ブドウ球菌病原体は心膜炎及び敗血症を生じる。

ヒトにおけるブドウ球菌感染症
ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)はまた、多種多様な感染症を生じるヒト病原体である。ヒト粘膜及び皮膚の共通の生着菌である、種黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)は、様々なヒト感染症を生じうる日和見病原体である。例えば、黄色ブドウ球菌(S. aureus)は、膿痂疹、せつ腫症、蜂窩織炎、及び熱傷様皮膚症候群、並びに潜在的に致命的な手術後の創傷感染症を含む一部の皮膚感染症の原因病原体である。加えて、病院内(hospital settings)での易感染性個人の黄色ブドウ球菌(S. aureus)への曝露は、結果、器官感染症、例えば肺炎、尿路感染症、骨髄炎、関節炎、菌血、及び心内膜炎を生じている。黄色ブドウ球菌(S. aureus)はまた、中毒症、最も顕著な毒素性ショック症候群及び食中毒の原因病原体である。ブドウ球菌エンテロトキシンBによって生じる食中毒は、食物由来疾病、特にサルモネラ症カンピロバクター症及びリステリア症の最も一般的な原因である。ブドウ球菌の他の種はまた、ヒト疾患を生じ;表皮ブドウ球菌(S. epidermidis)、スタフィロコッカス・ヘモリティカス(S. haemolyticus)及びスタフィロコッカス・ホミニス(S. hominis)は通常埋め込み医療機器に感染し、並びに腐生ブドウ球菌(S. saprophyticus)は、女性における尿路感染症と関連がある。

ブドウ球菌の病原性機構
ブドウ球菌は、種々の宿主組織に感染し、宿主環境に関連する制限的な資源及び活発防御の中で生存するためにデザインされた数種類のタイプの分泌タンパク質細胞表面発現病原性因子の産生及び代謝系を介して、免疫系を回避する。コロニー形成は、感染の確立における必須の第一段階であり;莢膜リポテイコ酸、及びテイコ酸を含む多数の因子は、コロニー形成に寄与する共通の構成成分である。加えて、表面タンパク質、例えばブドウ球菌フィブロネクチン結合タンパク質及び骨シアロタンパク質結合タンパク質は、特異的に宿主組織構成成分に結合する。毒素は、通常ブドウ球菌病原体間で産生され、非常にダメージを与え;食中毒、毒素性ショック症候群及び剥離性皮膚状態を含む一部のヒト疾患は、細胞外分泌毒素タンパク質の直接的な結果である。単一の単離株は、20〜30種の異なる分泌毒素に関する遺伝子をコードする。分泌タンパク質生成物の一部は、抗原提示細胞MHCクラスII分子、同時に、T細胞T細胞受容体に非特異的に結合することができるスーパー抗原である。結合は、T細胞シグナル伝達を誘発し、高レベル炎症誘発性因子の放出につながり、最終的に極度免疫応答に起因する宿主のダメージを誘発する。表面上に発現される病原性因子の他のクラスは、宿主免疫系から細菌を隠す。例えば、黄色ブドウ球菌(S. aureus)細胞表面発現タンパク質Aは、宿主抗体のFc構成成分の結合によってオプソニン作用及び食作用を抑制する。多数のプロテアーゼ溶血素アルファ,ベータ,ガンマ及びデルタ)、ヌクレアーゼリパーゼヒアルロニダーゼ、及びコラゲナーゼもまた、細菌を周囲細胞からの栄養分の抽出及び宿主防御からの保護において補助する。

ブドウ球菌間の抗生物質耐性
CDCの推定によれば、米国において毎年ほぼ200万人が院内感染症罹患し、毎年90,000人が死亡している。これらの致命的な感染症のうち、70%は抗生物質耐性細菌によって生じる。微生物種間の抗生物質耐性の増加は、皮膚及び粘膜生着菌、例えば黄色ブドウ球菌(S. aureus)において特に明白である。例えば、病院内から単離される大多数の黄色ブドウ球菌(S. aureus)はペニシリンに耐性を示し、50%はまた半合成ペニシリン、例えばメチシリンナフシリン、及びオキサシリンに耐性を示す。MRSA(メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(S. aureus))と呼ばれるこれらの単離株は、1970代に初めて観察され、今日病院内において深く根付いてしまっている。近年、感染した個人は病院又は医療従事者への以前の曝露がないコミュニティーにおけるMRSA感染症のケースが存在する。この驚くべき傾向は、MRSAを治療するために使用されるグリコペプチドであるバンコマイシンへの感受性がより低いMRSA単離株の単離によって増強される。バンコマイシン耐性のCDCの定義によれば、本当にバンコマイシンに耐性を示すことが示されている株はほとんどないが、一部のMRSA株は、バンコマイシンに対する感受性が低下した亜集団、又はVISA(バンコマイシン低感受性黄色ブドウ球菌(S. aureus))から構成されると特徴付けられる。バンコマイシン耐性及びバンコマイシン低感受性株の単離は、相対的に新たに発展したものなので、病院及び/又はコミュニティー内におけるこれらの蔓延に関するデータがほとんどない。時折、バンコマイシンに対する完全な耐性を有し且つ恐らくエンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)から得られる耐性プラスミド運搬するVRSA(バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌(S. aureus))もまた、ヒトから回収されている。

ブドウ球菌感染症の予防及び治療のためのストラテジー
複数の抗生物質に耐性を示す多数のグラム陽性病原体の出現によって、疾患から保護するための予防ワクチンの開発を目的とする研究努力が活発化されてきた。ワクチンは、免疫系からの長期記憶応答を誘発するために患者投与されるようデザインされ、これにより将来病原体に遭遇した場合に、免疫系はより迅速且つ効率的に病原体を除去することができる。今日まで、グラム陽性病原体と関連がある多数の重度のヒト疾患、特にブドウ球菌感染症と関連がある疾患に対する広範の予防ワクチンは、利用できていない。ブドウ球菌感染症からの予防のためのワクチン開発のアプローチは、接着マトリックス分子MSCRAMMS(Nilsson et al. 1998. J Clin Invest 101 :2640-9; Menzies et al. 2002. J Infect Dis 185:937-43; Fattom et al. 2004. Vaccine 22:880-7)]、表面ポリサッカライド(McKenney et al. 2000; McKenney et al. 1999. Science 284:1523-7; Maira-Litran et al. 2002. Infect Immun 70:4433-40; Maira-Litran et al. 2004. Vaccine 22:872-9; Maira-Litran et al. 2005. Infect Immun 73 : 6752-62)及び変異細胞外タンパク質(exoprotein)(Lowell et al. 1996. Infect Immun 64 :4686-93 ; Stiles et al. 2001. Infect Immun 69:2031-6; Gampfer et al. 2002. Vaccine 20:3675-84)を、サブユニットワクチン組成物、並びに1種の生弱毒性株(Reinoso et al. 2002. Can J Vet Res 66:285-8)及び一部のDNAワクチンアプローチ(Ohwada et al. 1999. J Antimicrob Chemother44:767-74;Brouillette et al. 2002. Vaccine 20:2348-57; Senna et al. 2003. Vaccine 21:2661-6)における抗原として認識している微生物表面の構成成分の使用を報告するものを含む。多くこれらの組成物はある程度の防御を示すにもかかわらず、様々なスタフィロコッカス・ヒカス株に対する交差防御をほとんど達成しておらず、さらに易感染性患者院内感染に関してリスクの高い集団において実質的に免疫応答を誘発することができていない。

最も重度のブドウ球菌疾患は、抗原提示とは無関係に非特異的にT細胞を刺激する上述のスーパー抗原発熱性外毒素(SPE)によって媒介されるものである。このような疾患は、毒素性ショック症候群、剥離性皮膚疾患、及び場合により川崎症候群を含む。これらのSPE媒介される疾患に関して、活発な感染中に免疫系を追加免疫する免疫療法剤は、典型的には感染の前に投与されるワクチンよりたびたびより効果的である。SPEへの免疫応答が強力なため、治療における第一の目的として毒素活性の迅速な低下を必要とする。今日まで、黄色ブドウ球菌(S. aureus)媒介疾患における毒素中和は、数千人のヒトドナー由来の静脈ヒト免疫グロブリン(IVIG)、精製され、濃縮されたヒト抗体製剤の投与によって最も効果的に達成されている(Takei et al. 1993. J Clin Invest 91:602-7; Stohl and Elliot. 1996. Clin Immunol Immunopathol 79:122-33)。約30%の健康なヒト成人においてコロニーを形成する、黄色ブドウ球菌(S. aureus)の広範囲に及ぶ分布は、集団の大部分に対する高曝露率と一致し、よって、IVIGにおける抗ブドウ球菌抗毒素抗体のレベルは毒素を中和するのにたびたび十分であり、細菌負荷が抗生物質で低下するまで免疫応答を安定化する(Schlievert, 2001. J Allergy Clin Immunol 108(4 Suppl):S 107-110)。複数の製造者からのrVIG製剤は、ヒト抹消血単核細胞での増殖アッセイにおいて毒素を中和し、インビトロ(in vitro)で毒素誘発ヒトT細胞由来B細胞分化を抑制し(Stohl and Elliot. 1996. Clin Immunol Immunopathol 79:122-33; Stohl and Elliott. 1995. J Immunol 155:1838-50; Stohl et al. 1994. J Immunol 153:117-27)、さらにブドウ球菌エンテロトキシンBで刺激されたPBMCにおけるIL−4及びIL−2分泌を減少することが示されている(Takei et al. 1993. J Clin Invest 91:602-7; Darenberg et al. 2004. Clin Infect Dis 38:836-42)。証明済みのSPEを中和する能力でのIVIG治療は、川崎症候群に対して今日推奨される治療であり、ブドウ球菌毒素ショック症候群のための治療方法として支持される(Schlievert 2001. J Allergy Clin Immunol 108(4 Suppl):S107-110)。外科手術中の免疫防御創傷洗浄としてのIVIGの使用はまた、マウス調査されてきた(Poelstra et al. 2000. Tissue Eng 6(4):401-411)。標準的なIVIGはブドウ球菌SPE媒介疾患の進行を制限するのに有用であるが、数千の任意抽出されたヒトドナーから産生されたヒトIVIG製剤の安全性、有効性及び安定性は、議論の余地が残されたままである(Baker et al. 1992. N Engl J Med 327:213-9; Miller et al. 2001. J Allergy Clin Immunol 108:S91-4; Sacher, 2001. J Allergy Clin Immunol 108:S139-46; Darenberg et al. 2004. Clin Infect Dis 38:836-42)。さらに、ブドウ球菌感染症の予防におけるIVIGの利点は不確かである(Baker et al. 1992. N Engl J Med 327:213-9; Hill, H. R. 2000. J Pediatr 137:595-7; Darenberg et al. 2004. Clin Infect Dis 38:836-42)。一定のリスクがある集団においてブドウ球菌感染症を治療することにおいてIVIGの有効性を増加するために、血漿由来の、ドナー選択された、ブドウ球菌MSCRAMMS凝集因子A(CIfA)及びフィブリノゲン結合タンパク質G(SdrG)に対する抗体の高抗体価ポリクローナル抗ブドウ球菌ヒトIgGを作製し試験したところ、出生時体重が非常に低い乳児においてブドウ球菌敗血症を予防することに成功した(Vernachio et al. 2003. Antimicrob Agents Chemother47:3400-6; Bloom et al. 2005. Pediatr Infect Dis J 24:858-866; Capparelli et al. 2005. Antimicrob Agents Chemother 49:4121-7)。黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSCRAMM凝集因子Aに対して特異的なヒト化モノクローナル抗体もまた、開発されている。抗体を、ヒトフィブロネクチンに結合している黄色ブドウ球菌(S. aureus)を抑制する態様でCIfAを結合するその能力のために数千のマウス抗ClfA抗体のプールから選択し、続いて相同ヒト生殖系列サブグループ抗体を模倣するよう、特異的な標的残基を変異することによってヒト化した(Hall et al. 2003. Infect Immun 71:6864-70; Domanski et al. 2005. Infect Immun 73:5229-32)。特異的抗体は、動物試験においてもまた予防的防御効果が証明されているが、重度の生命を危うくする黄色ブドウ球菌(S. aureus)感染症の治療のために抗生物質との併用使用に対してデザインされている。

概要

本発明は、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)から単離可能な単離ポリペプチドの提供に関する。本発明はまた、1又は複数のポリペプチドを含む組成物、及びポリペプチドを作製及び使用するための方法の提供に関する。配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも92%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる組成物であって、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が配列番号399のアミノ酸1〜26と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする、組成物。なし

目的

ブドウ球菌感染症の予防及び治療のためのストラテジー
複数の抗生物質に耐性を示す多数のグラム陽性病原体の出現によって、疾患から保護するための予防ワクチンの開発を目的とする

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請求項1

列番号397のアミノ酸配列と少なくとも92%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる組成物であって、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が配列番号399のアミノ酸1〜26と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする組成物。

請求項2

配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも98%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる組成物であって、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が配列番号415のアミノ酸1〜5と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする組成物。

請求項3

ATCC19636又はATCC25904から選択された黄色ブドウ球菌(S. aureus)での攻撃から動物を保護する、請求項1又は2に記載の組成物。

請求項4

医薬として許容される担体をさらに含んでなる、請求項1又は2に記載の組成物。

請求項5

前記ポリペプチドが、配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項1に記載の組成物。

請求項6

前記ポリペプチドが、配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも92%の配列同一性有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項1に記載の組成物。

請求項7

前記ポリペプチドが、配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項6に記載の組成物。

請求項8

前記ポリペプチドが、配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項2に記載の組成物。

請求項9

前記ポリペプチドが、配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項2に記載の組成物。

請求項10

少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなる請求項1又は2に記載の組成物であって、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能である組成物。

請求項11

前記第二のポリペプチドが:配列番号353、配列番号354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配列番号363、配列番号364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、配列番号374、配列番号375、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、配列番号385、配列番号386、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号392、配列番号393、配列番号394、配列番号395、配列番号396、配列番号419、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号424、配列番号425、配列番号426、配列番号427、配列番号428、又は配列番号429のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項10に記載の組成物。

請求項12

少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなる請求項1に記載の組成物であって、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり、該第二のポリペプチドが:配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる組成物。

請求項13

前記第二のポリペプチドが:配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項12に記載の組成物。

請求項14

少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなる請求項2に記載の組成物であって、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり、該第二のポリペプチドが:配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる組成物。

請求項15

前記第二のポリペプチドが:配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項14に記載の組成物。

請求項16

鉄キレート剤非含有の培地において成長させた場合に、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能であり、且つ150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDaの分子量を有する単離ポリペプチド;又はこのような単離ポリペプチドの組合せをさらに含んでなる、請求項1又は2に記載の組成物。

請求項17

対象における感染症治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクがある対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項18

対象における症状を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項19

対象における感染症を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクがある対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項20

対象における感染症を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクがある対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項21

対象における症状を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項22

対象における感染症を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクがある対象へ組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項23

前記組成物が、少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなり、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能である、請求項17〜22のいずれか1項に記載の方法。

請求項24

前記第二のポリペプチドが、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル上における電気泳動によって決定される場合、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有する、請求項23に記載の方法。

請求項25

前記組成物が:配列番号353、配列番号354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配列番号363、配列番号364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、配列番号374、配列番号375、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、配列番号385、配列番号386、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号392、配列番号393、配列番号394、配列番号395、配列番号396、配列番号419、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号424、配列番号425、配列番号426、配列番号427、配列番号428、又は配列番号429のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなる、請求項17〜22のいずれか1項に記載の方法。

請求項26

前記組成物が、少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなり、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり、該第二のポリペプチドが:配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項17〜19のいずれか1項に記載の方法。

請求項27

前記第二のポリペプチドが:配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項26に記載の方法。

請求項28

前記組成物が、少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでなり、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり、該第二のポリペプチドが:配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項20〜22のいずれか1項に記載の方法。

請求項29

前記第二のポリペプチドが:配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項29に記載の方法。

請求項30

前記組成物が:鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能であり、且つドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル上における電気泳動によって決定される場合、150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDaの分子量を有する単離ポリペプチド;又はこのような単離ポリペプチドの組合せをさらに含んでなる、請求項17〜22のいずれか1項に記載の方法。

請求項31

前記対象が哺乳類である、請求項17〜22のいずれか1項に記載の方法。

請求項32

前記哺乳類がヒトである、請求項31に記載の方法。

請求項33

前記ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)が黄色ブドウ球菌(S. aureus)である、請求項17〜22のいずれか1項に記載の方法。

請求項34

対象における感染症を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクがある対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含んでなる方法。

請求項35

対象における症状を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号397から選択されたアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含んでなる方法。

請求項36

対象におけるコロニー形成を減少するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によってコロニー形成された対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項37

対象において感染症を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクがある対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含んでなる方法。

請求項38

対象における症状を治療するための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含んでなる方法。

請求項39

対象におけるコロニー形成を減少するのための方法であって:ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によってコロニー形成された対象に組成物の有効量を投与する段階を含んでなり、ここで該組成物が:配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含んでなる方法。

請求項40

前記組成物が、少なくとも1つの第二のポリペプチドに特異的に結合する抗体をさらに含んでなり、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能である、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項41

前記第二のポリペプチドが、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル上における電気泳動によって決定される場合、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有する、請求項40に記載の方法。

請求項42

前記第二のポリペプチドが:配列番号353、配列番号354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配列番号363、配列番号364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、配列番号374、配列番号375、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、配列番号385、配列番号386、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号392、配列番号393、配列番号394、配列番号395、配列番号396、配列番号419、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号424、配列番号425、配列番号426、配列番号427、配列番号428、又は配列番号429のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項40に記載の方法。

請求項43

前記組成物が少なくとも1つの第二のポリペプチドに特異的に結合する抗体をさらに含んでなり、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり、そして該第二のポリペプチドが、配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項34〜36のいずれか1項に記載の方法。

請求項44

前記第二のポリペプチドが:配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項43に記載の方法。

請求項45

前記組成物が、少なくとも1つの第二のポリペプチドに特異的に結合する抗体をさらに含んでなり、ここで該第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり:該第二のポリペプチドが配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項37〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項46

前記第二のポリペプチドが:配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つのアミノ酸配列と少なくとも85%の類似性を有するアミノ酸配列を含んでなる、請求項45に記載の方法。

請求項47

前記組成物が:鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能であり、且つドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル上における電気泳動によって決定される場合、150kDa、292kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDaの分子量を有するポリペプチド;又はこのような単離ポリペプチドの組合せに特異的に結合する抗体をさらに含んでなる、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項48

前記対象が哺乳類である、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項49

前記哺乳類がヒトである、請求項48に記載の方法。

請求項50

前記ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)が黄色ブドウ球菌(S. aureus)である、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項51

前記抗体がポリクローナル抗体である、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項52

前記抗体がポリクローナル抗体である、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項53

前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項34〜39のいずれか1項に記載の方法。

請求項54

ポリペプチドに特異的に結合する抗体を検出するためのキットであって、別々の容器中に:配列番号408又は配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチド;及び、ポリペプチドに特異的に結合する抗体を検出する試薬、を含んでなるキット。

請求項55

前記88kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される88kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似であるマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり;55kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される55kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり;38kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される38kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり;37kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される37kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり;36kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される36kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり;35kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される35kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能であり;33kDaの分子量を有する単離ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される33kDaのポリペプチドマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリントを有し、ここで該ポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地中で成長させた場合に、単離不可能である、請求項24又は41に記載の方法。

請求項56

配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも92%の配列類似性を有する単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含んでなる組成物であって、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が配列番号399のアミノ酸1〜26と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする組成物。

請求項57

配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも98%の配列類似性を有する単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含んでなる組成物であって、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が配列番号415のアミノ酸1〜5と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする組成物。

技術分野

0001

関連出願の相互参照
本出願は、2009年3月23日に出願された米国仮出願第61/210,772号の優先権を主張する。

背景技術

0002

グラム陽性菌は、ヒト及び動物のいずれにおいても種々の疾患を生じる生物の非常に多様な群である。ヒト及び/又は動物の健康における重大性が認識されている病原体の中には、コリネバクテリアセエ科(Corynebacteriaceae)、エンテロコッカス科(Enterococcacae)、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)、マイコバクテリア科(Mycobacteriaceae)、ノカルジア科(Nocardiaceae)、及びペプトコッカス科(Peptococcaceae)に属する細菌が含まれ、アクチノミセス菌属(Actinomyces spp.)、ビフィズス菌属(Bifidobacterium spp.)、コリネバクテリウム菌属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス菌属(Erysipelothrix spp.)、ユーバクテリウム菌属(Eubacterium spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、ラクトバチルス菌属(Lactobacillus spp.)、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、モビルンカス菌属(Mobiluncus spp.)、マイコバクテリア菌属(Mycobacteria spp.)、ペプトストレプトコッカス菌属(Peptostreptococcus spp.)、プロピオニバクテリウム菌属(Propionibacterium spp.)、及びブドウ球菌属(Staphylococcus spp)等の細菌が含まれる。これらの病原体は、多くの異なる動物種において多くの臨床症状を生じる。このような感染症のための治療は、歴史的にはグラム陽性生物の共通構造及び機能を攻撃する抗生物質であった。しかしながら、多くのより広範に存在するグラム陽性生物は、抗生物質の一部のクラスに対する耐性発達させて、感染症の治療が困難である。ヒト及び食物生産動物のいずれにおける細菌疾患の治療での抗生物質の広範囲に及ぶ使用は、グラム陽性生物の多くの種の抗生物質耐性株の増殖の主たる要因である可能性が高い。従って、動物及びヒトにおけるグラム陽性生物による感染を予防又は排除する別の治療を発見することが非常に必要である。

0003

農業動物におけるブドウ球菌感染症
産業において、多数の重大な疾患がグラム陽性生物によって生じる。グラム陽性菌感染症によって生じる臨床症状の例は、乳腺炎敗血症肺炎骨髄炎髄膜脳炎リンパ管炎皮膚炎生殖器感染症、子宮炎周産期疾患下垂体膿瘍関節炎滑液包炎精巣炎、膀胱炎及び腎盂腎炎リンパ節炎結核潰瘍性リンパ管炎、丹毒蹄葉炎、チザー病、破傷風ボツリヌス症、腸炎悪性水腫ブラクシー病(braxy)、桿菌性ヘモグロビン尿症、腸毒血症が含まれる。ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)は、特に農業動物の多くの異なる種に感染することができ、膨大な経済的損失を生じ得る。例えば、米国酪農業において、乳腺炎、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)によって度々生じる疾患に起因して、毎年乳牛1頭当たり約$185を損出すると見積もられている。米国では9.500万頭の乳牛が飼育されているので、乳腺炎の年間コストは約$18億である。これは、農家牛乳販売の総売上げの約10%であり、この損失の約3分の2は、準臨床的に(無症状に)感染した乳牛における牛乳の生産の減少に起因する。他の損失は、異常乳廃棄及び抗生物質で治療された乳牛由来の乳の保留発症した乳牛の早期差し替えコスト、選別された乳牛の売却価額の低下、薬及び獣医サービスのコスト及び人件費の増加に起因する。ウシ酪農業内のこの蔓延に加えて、グラム陽性球菌によって生じる乳腺炎はまた、ヤギ及びヒツジの間で共通する。黄色ブドウ球菌(S. aureus)によって生じるさらなる動物疾患には、ウマにおけるボトリオミセス症家禽における化膿性滑膜炎及び骨髄炎、ウサギにおけるスナッフルブタにおける流産、及び子ヒツジにおけるダニ膿血が含まれる。ブドウ球菌の他の種は、イヌ及びブタの主たる皮膚病原体である{イヌ:(ストレプトコッカス・インターディウス(S. intermedius)}{ブタ:スタフィロコッカス・ヒカス(S. hycius)}。家禽種において、ブドウ球菌病原体は心膜炎及び敗血症を生じる。

0004

ヒトにおけるブドウ球菌感染症
ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)はまた、多種多様な感染症を生じるヒト病原体である。ヒト粘膜及び皮膚の共通の生着菌である、種黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)は、様々なヒト感染症を生じうる日和見病原体である。例えば、黄色ブドウ球菌(S. aureus)は、膿痂疹、せつ腫症、蜂窩織炎、及び熱傷様皮膚症候群、並びに潜在的に致命的な手術後の創傷感染症を含む一部の皮膚感染症の原因病原体である。加えて、病院内(hospital settings)での易感染性個人の黄色ブドウ球菌(S. aureus)への曝露は、結果、器官感染症、例えば肺炎、尿路感染症、骨髄炎、関節炎、菌血、及び心内膜炎を生じている。黄色ブドウ球菌(S. aureus)はまた、中毒症、最も顕著な毒素性ショック症候群及び食中毒の原因病原体である。ブドウ球菌エンテロトキシンBによって生じる食中毒は、食物由来疾病、特にサルモネラ症カンピロバクター症及びリステリア症の最も一般的な原因である。ブドウ球菌の他の種はまた、ヒト疾患を生じ;表皮ブドウ球菌(S. epidermidis)、スタフィロコッカス・ヘモリティカス(S. haemolyticus)及びスタフィロコッカス・ホミニス(S. hominis)は通常埋め込み医療機器に感染し、並びに腐生ブドウ球菌(S. saprophyticus)は、女性における尿路感染症と関連がある。

0005

ブドウ球菌の病原性機構
ブドウ球菌は、種々の宿主組織に感染し、宿主環境に関連する制限的な資源及び活発防御の中で生存するためにデザインされた数種類のタイプの分泌タンパク質細胞表面発現病原性因子の産生及び代謝系を介して、免疫系を回避する。コロニー形成は、感染の確立における必須の第一段階であり;莢膜リポテイコ酸、及びテイコ酸を含む多数の因子は、コロニー形成に寄与する共通の構成成分である。加えて、表面タンパク質、例えばブドウ球菌フィブロネクチン結合タンパク質及び骨シアロタンパク質結合タンパク質は、特異的に宿主組織構成成分に結合する。毒素は、通常ブドウ球菌病原体間で産生され、非常にダメージを与え;食中毒、毒素性ショック症候群及び剥離性皮膚状態を含む一部のヒト疾患は、細胞外分泌毒素タンパク質の直接的な結果である。単一の単離株は、20〜30種の異なる分泌毒素に関する遺伝子をコードする。分泌タンパク質生成物の一部は、抗原提示細胞MHCクラスII分子、同時に、T細胞T細胞受容体に非特異的に結合することができるスーパー抗原である。結合は、T細胞シグナル伝達を誘発し、高レベル炎症誘発性因子の放出につながり、最終的に極度免疫応答に起因する宿主のダメージを誘発する。表面上に発現される病原性因子の他のクラスは、宿主免疫系から細菌を隠す。例えば、黄色ブドウ球菌(S. aureus)細胞表面発現タンパク質Aは、宿主抗体のFc構成成分の結合によってオプソニン作用及び食作用を抑制する。多数のプロテアーゼ溶血素アルファ,ベータ,ガンマ及びデルタ)、ヌクレアーゼリパーゼヒアルロニダーゼ、及びコラゲナーゼもまた、細菌を周囲細胞からの栄養分の抽出及び宿主防御からの保護において補助する。

0006

ブドウ球菌間の抗生物質耐性
CDCの推定によれば、米国において毎年ほぼ200万人が院内感染症罹患し、毎年90,000人が死亡している。これらの致命的な感染症のうち、70%は抗生物質耐性細菌によって生じる。微生物種間の抗生物質耐性の増加は、皮膚及び粘膜生着菌、例えば黄色ブドウ球菌(S. aureus)において特に明白である。例えば、病院内から単離される大多数の黄色ブドウ球菌(S. aureus)はペニシリンに耐性を示し、50%はまた半合成ペニシリン、例えばメチシリンナフシリン、及びオキサシリンに耐性を示す。MRSA(メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(S. aureus))と呼ばれるこれらの単離株は、1970代に初めて観察され、今日病院内において深く根付いてしまっている。近年、感染した個人は病院又は医療従事者への以前の曝露がないコミュニティーにおけるMRSA感染症のケースが存在する。この驚くべき傾向は、MRSAを治療するために使用されるグリコペプチドであるバンコマイシンへの感受性がより低いMRSA単離株の単離によって増強される。バンコマイシン耐性のCDCの定義によれば、本当にバンコマイシンに耐性を示すことが示されている株はほとんどないが、一部のMRSA株は、バンコマイシンに対する感受性が低下した亜集団、又はVISA(バンコマイシン低感受性黄色ブドウ球菌(S. aureus))から構成されると特徴付けられる。バンコマイシン耐性及びバンコマイシン低感受性株の単離は、相対的に新たに発展したものなので、病院及び/又はコミュニティー内におけるこれらの蔓延に関するデータがほとんどない。時折、バンコマイシンに対する完全な耐性を有し且つ恐らくエンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)から得られる耐性プラスミド運搬するVRSA(バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌(S. aureus))もまた、ヒトから回収されている。

0007

ブドウ球菌感染症の予防及び治療のためのストラテジー
複数の抗生物質に耐性を示す多数のグラム陽性病原体の出現によって、疾患から保護するための予防ワクチンの開発を目的とする研究努力が活発化されてきた。ワクチンは、免疫系からの長期記憶応答を誘発するために患者投与されるようデザインされ、これにより将来病原体に遭遇した場合に、免疫系はより迅速且つ効率的に病原体を除去することができる。今日まで、グラム陽性病原体と関連がある多数の重度のヒト疾患、特にブドウ球菌感染症と関連がある疾患に対する広範の予防ワクチンは、利用できていない。ブドウ球菌感染症からの予防のためのワクチン開発のアプローチは、接着マトリックス分子MSCRAMMS(Nilsson et al. 1998. J Clin Invest 101 :2640-9; Menzies et al. 2002. J Infect Dis 185:937-43; Fattom et al. 2004. Vaccine 22:880-7)]、表面ポリサッカライド(McKenney et al. 2000; McKenney et al. 1999. Science 284:1523-7; Maira-Litran et al. 2002. Infect Immun 70:4433-40; Maira-Litran et al. 2004. Vaccine 22:872-9; Maira-Litran et al. 2005. Infect Immun 73 : 6752-62)及び変異細胞外タンパク質(exoprotein)(Lowell et al. 1996. Infect Immun 64 :4686-93 ; Stiles et al. 2001. Infect Immun 69:2031-6; Gampfer et al. 2002. Vaccine 20:3675-84)を、サブユニットワクチン組成物、並びに1種の生弱毒性株(Reinoso et al. 2002. Can J Vet Res 66:285-8)及び一部のDNAワクチンアプローチ(Ohwada et al. 1999. J Antimicrob Chemother44:767-74;Brouillette et al. 2002. Vaccine 20:2348-57; Senna et al. 2003. Vaccine 21:2661-6)における抗原として認識している微生物表面の構成成分の使用を報告するものを含む。多くこれらの組成物はある程度の防御を示すにもかかわらず、様々なスタフィロコッカス・ヒカス株に対する交差防御をほとんど達成しておらず、さらに易感染性患者院内感染に関してリスクの高い集団において実質的に免疫応答を誘発することができていない。

0008

最も重度のブドウ球菌疾患は、抗原提示とは無関係に非特異的にT細胞を刺激する上述のスーパー抗原発熱性外毒素(SPE)によって媒介されるものである。このような疾患は、毒素性ショック症候群、剥離性皮膚疾患、及び場合により川崎症候群を含む。これらのSPE媒介される疾患に関して、活発な感染中に免疫系を追加免疫する免疫療法剤は、典型的には感染の前に投与されるワクチンよりたびたびより効果的である。SPEへの免疫応答が強力なため、治療における第一の目的として毒素活性の迅速な低下を必要とする。今日まで、黄色ブドウ球菌(S. aureus)媒介疾患における毒素中和は、数千人のヒトドナー由来の静脈ヒト免疫グロブリン(IVIG)、精製され、濃縮されたヒト抗体製剤の投与によって最も効果的に達成されている(Takei et al. 1993. J Clin Invest 91:602-7; Stohl and Elliot. 1996. Clin Immunol Immunopathol 79:122-33)。約30%の健康なヒト成人においてコロニーを形成する、黄色ブドウ球菌(S. aureus)の広範囲に及ぶ分布は、集団の大部分に対する高曝露率と一致し、よって、IVIGにおける抗ブドウ球菌抗毒素抗体のレベルは毒素を中和するのにたびたび十分であり、細菌負荷が抗生物質で低下するまで免疫応答を安定化する(Schlievert, 2001. J Allergy Clin Immunol 108(4 Suppl):S 107-110)。複数の製造者からのrVIG製剤は、ヒト抹消血単核細胞での増殖アッセイにおいて毒素を中和し、インビトロ(in vitro)で毒素誘発ヒトT細胞由来B細胞分化を抑制し(Stohl and Elliot. 1996. Clin Immunol Immunopathol 79:122-33; Stohl and Elliott. 1995. J Immunol 155:1838-50; Stohl et al. 1994. J Immunol 153:117-27)、さらにブドウ球菌エンテロトキシンBで刺激されたPBMCにおけるIL−4及びIL−2分泌を減少することが示されている(Takei et al. 1993. J Clin Invest 91:602-7; Darenberg et al. 2004. Clin Infect Dis 38:836-42)。証明済みのSPEを中和する能力でのIVIG治療は、川崎症候群に対して今日推奨される治療であり、ブドウ球菌毒素ショック症候群のための治療方法として支持される(Schlievert 2001. J Allergy Clin Immunol 108(4 Suppl):S107-110)。外科手術中の免疫防御創傷洗浄としてのIVIGの使用はまた、マウス調査されてきた(Poelstra et al. 2000. Tissue Eng 6(4):401-411)。標準的なIVIGはブドウ球菌SPE媒介疾患の進行を制限するのに有用であるが、数千の任意抽出されたヒトドナーから産生されたヒトIVIG製剤の安全性、有効性及び安定性は、議論の余地が残されたままである(Baker et al. 1992. N Engl J Med 327:213-9; Miller et al. 2001. J Allergy Clin Immunol 108:S91-4; Sacher, 2001. J Allergy Clin Immunol 108:S139-46; Darenberg et al. 2004. Clin Infect Dis 38:836-42)。さらに、ブドウ球菌感染症の予防におけるIVIGの利点は不確かである(Baker et al. 1992. N Engl J Med 327:213-9; Hill, H. R. 2000. J Pediatr 137:595-7; Darenberg et al. 2004. Clin Infect Dis 38:836-42)。一定のリスクがある集団においてブドウ球菌感染症を治療することにおいてIVIGの有効性を増加するために、血漿由来の、ドナー選択された、ブドウ球菌MSCRAMMS凝集因子A(CIfA)及びフィブリノゲン結合タンパク質G(SdrG)に対する抗体の高抗体価ポリクローナル抗ブドウ球菌ヒトIgGを作製し試験したところ、出生時体重が非常に低い乳児においてブドウ球菌敗血症を予防することに成功した(Vernachio et al. 2003. Antimicrob Agents Chemother47:3400-6; Bloom et al. 2005. Pediatr Infect Dis J 24:858-866; Capparelli et al. 2005. Antimicrob Agents Chemother 49:4121-7)。黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSCRAMM凝集因子Aに対して特異的なヒト化モノクローナル抗体もまた、開発されている。抗体を、ヒトフィブロネクチンに結合している黄色ブドウ球菌(S. aureus)を抑制する態様でCIfAを結合するその能力のために数千のマウス抗ClfA抗体のプールから選択し、続いて相同ヒト生殖系列サブグループ抗体を模倣するよう、特異的な標的残基を変異することによってヒト化した(Hall et al. 2003. Infect Immun 71:6864-70; Domanski et al. 2005. Infect Immun 73:5229-32)。特異的抗体は、動物試験においてもまた予防的防御効果が証明されているが、重度の生命を危うくする黄色ブドウ球菌(S. aureus)感染症の治療のために抗生物質との併用使用に対してデザインされている。

課題を解決するための手段

0009

一態様において、本発明は、2又はそれ以上の単離ポリペプチドを含む組成物を提供する。組成物中の単離ポリペプチドは、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル上における電気泳動によって測定される場合、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有する。例えば、組成物は88kDa及び55kDaの単離タンパク質を含んでよい。一部の態様において、組成物は88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、及び33kDaの分子量を有する単離ポリペプチドを含んでよい。ポリペプチドは、鉄キレート剤を含む培地中でインキュベートさせた場合は黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地で培養させた場合は単離不可能である。組成物は、動物、例えばマウス、乳牛又はヒトを、黄色ブドウ球菌(S. aureus)株、例えばATCC株19636での攻撃(challenge)から防御する。組成物は、医薬として許容される担体をさらに含んでよく、150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、又は40kDaの分子量を有し、鉄キレート剤非含有の培地で成長させた場合に黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能な1又は複数の単離ポリペプチドをさらに含んでよい。一部の態様において、組成物のポリペプチドは、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC株19636から単離されてよい。

0010

一部の実施形態において、組成物の各ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現された同一分子量ポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似性を有するマスフィンガープリントを有し、ここでポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であり、そして鉄キレート剤非含有の培地で成長させた場合に単離不可能である。例えば、分子量88kDaの単離ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される88kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似であるマスフィンガープリントを有し、分子量55kDaの単離ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)ATCC株19636によって発現される55kDaのポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似であるマスフィンガープリントを有する。

0011

他の態様において、本発明は、配列番号408と配列番号397から選択されたアミノ酸配列と、少なくとも80%の配列類似性を有する単離ポリペプチドを含む組成物を提供する。組成物は、少なくとも1つの第二のポリペプチドをさらに含んでよく、ここで第二のポリペプチドは、鉄キレート剤を含んでなる培地においてインキュベートさせた場合に、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能であるが、鉄キレート剤非含有培地において成長させた場合には単離不可能である。一部の場合において、第二のポリペプチドは、配列番号353、配列番号364、配列番号375、配列番号386、及び配列番号419から選択されたアミノ酸配列と少なくとも80%の類似性を有するアミノ酸配列を含むことができる。他の場合において、第二のポリペプチドは、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル上での電気泳動によって測定される場合、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有してよい。組成物は、鉄キレート剤非含有培地で成長させた場合に黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能であり、且つ150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDaの分子量を有する1又は複数の単離ポリペプチドをさらに含んでよい。

0012

本発明はまた、組成物を使用するための方法を供する。一態様において、方法は、対象の感染症における治療用であり、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している又は罹患するリスクのある対象に本発明の組成物の有効量を投与することを含む。他の態様において、方法は、対象における症状の治療用であり、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患している対象に本発明の組成物の有効量を投与することを含む。対象は、哺乳類、例えば、ヒト、ウマ、又は乳牛であってよい。ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)であってよい。

0013

本発明は、さらに本発明のポリペプチドに特異的に結合する抗体、例えばポリクローナル抗体を使用するための方法を供する。一態様において、方法は、対象における感染症の治療用であり、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患する又は罹患するリスクのある対象に組成物の有効量を投与することを含み、ここで、組成物は少なくとも1つ、場合によって1つ以上の、本発明の単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む。他の態様において、方法は、対象において症状を治療するためのものであり、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生じる感染症に罹患する対象に組成物の有効量を投与することを含み、ここで組成物は、少なくとも1つ、場合によって1つ以上の、本発明の単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む。対象は、哺乳類、例えばヒト、ウマ、又は乳牛であってよい。ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)であってよい。

0014

本発明によって供される方法はまた、対象においてコロニー形成を減少するためのものである。一態様において、方法は、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によってコロニー形成された対象に本発明の組成物の有効量を投与することを含む。他の態様において、方法は、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によってコロニー形成された対象に組成物の有効量を投与することを含み、ここで組成物は少なくとも1つ、場合によって1つ以上の本発明の単離ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む。

0015

本発明は、ポリペプチドに特異的に結合する抗体を検出するためのキットを供する。キットは、別々の容器内の、本発明の単離ポリペプチド、及びポリペプチドに特異的に結合する抗体を検出する試薬を含む。

図面の簡単な説明

0016

図1は、鉄含有及び非含有で成長させた異種に由来する異種株の黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)のタンパク質の電気泳動プロファイルを示す(それぞれ、Fe及びDPで標識されたレーン)。
図2は、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)の相同種(homologous)及び異種攻撃後の、ワクチン接種された及びワクチン接種されていないマウス間の死亡率の違いを示す。
図3は、ワクチン接種及び黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636での相同種攻撃後の生存率を示しているカプラン・マイヤー生存曲線である。
図4は、ワクチン接種及び黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636での異種攻撃後の生存率を示しているカプラン・マイヤー生存曲線である。
図5は、受動免疫及び黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636での相同種攻撃後の生存率を示しているカプラン・マイヤー生存曲線である。
図6は、受動免疫及び黄色ブドウ球菌(S. aureus)株1477での異種攻撃後の生存率を示しているカプラン・マイヤー生存曲線である。
図7は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号353)を表す。
図8は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号354)を表す。
図9は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号355)を表す。
図10は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号356)を表す。
図11は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号357)を表す。
図12は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号358)を表す。
図13は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号359)を表す。
図14は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号360)を表す。
図15は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号361)を表す。
図16は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号362)を表す。
図17は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号363)を表す。
図18は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号364)を表す。
図19は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号365)を表す。
図20は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号366)を表す。
図21は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号367)を表す。
図22は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号368)を表す。
図23は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号369)を表す。
図24は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号370)を表す。
図25は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号371)を表す。
図26は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号372)を表す。
図27は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号373)を表す。
図28は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号374)を表す。
図29は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号375)を表す。
図30は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号376)を表す。
図31は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号377)を表す。
図32は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号378)を表す。
図33は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号379)を表す。
図34は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号380)を表す。
図35は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号381)を表す。
図36は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号382)を表す。
図37は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号383)を表す。
図38は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号384)を表す。
図39は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号385)を表す。
図40は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号386)を表す。
図41は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号387)を表す。
図42は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号388)を表す。
図43は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号389)を表す。
図44は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号390)を表す。
図45は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号391)を表す。
図46は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号392)を表す。
図47は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号393)を表す。
図48は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号394)を表す。
図49は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号395)を表す。
図50は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号396)を表す。
図51は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号397)を表す。
図52は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号398)を表す。
図53は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号399)を表す。
図54は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号400)を表す。
図55は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号401)を表す。
図56は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号402)を表す。
図57は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号403)を表す。
図58は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号404)を表す。
図59は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号405)を表す。
図60は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号406)を表す。
図61は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号407)を表す。
図62は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号408)を表す。
図63は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号409)を表す。
図64は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号410)を表す。
図65は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(SEQBD NO:411)を表す。
図66は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号412)を表す。
図67は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号413)を表す。
図68は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号414)を表す。
図69は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号415)を表す。
図70は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号416)を表す。
図71は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号417)を表す。
図72は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号418)を表す。
図73は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号419)を表す。
図74は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号420)を表す。
図75は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号421)を表す。
図76は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号422)を表す。
図77は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号423)を表す。
図78は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号424)を表す。
図79は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号425)を表す。
図80は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号426)を表す。
図81は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号427)を表す。
図82は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号428)を表す。
図83は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号429)を表す。
図84は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号430)を表す。
図85は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号431)を表す。
図86は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号432)を表す。
図87は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号433)を表す。
図88は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号434)を表す。
図89は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号435)を表す。
図90は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号436)を表す。
図91は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号437)を表す。
図92は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号438)を表す。
図93は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号439)を表す。
図94は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号440)を表す。
図95は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号441)を表す。
図96は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号442)を表す。
図97は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号443)を表す。
図98は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号444)を表す。
図99は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号445)を表す。
図100は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号446)を表す。
図101は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号447)を表す。
図102は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号448)を表す。
図103は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号449)を表す。
図104は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号450)を表す。
図105は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号451)を表す。
図106は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号452)を表す。
図107は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号453)を表す。
図108は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号454)を表す。
図109は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号455)を表す。
図110は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号456)を表す。
図111は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号457)を表す。
図112は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号458)を表す。
図113は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号459)を表す。
図114は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号460)を表す。
図115は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号461)を表す。
図116は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号462)を表す。
図117は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号463)を表す。
図118は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号464)を表す。
図119は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号465)を表す。
図120は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号466)を表す。
図121は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号467)を表す。
図122は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号468)を表す。
図123は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号469)を表す。
図124は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号470)を表す。
図125は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号471)を表す。
図126は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号472)を表す。
図127は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号473)を表す。
図128は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号474)を表す。
図129は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号475)を表す。
図130は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号476)を表す。
図131は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号477)を表す。
図132は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号478)を表す。
図133は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号479)を表す。
図134は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号480)を表す。
図135は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号481)を表す。
図136は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号482)を表す。
図137は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号483)を表す。
図138は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号484)を表す。
図139は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC19636から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号485)を表す。
図140は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号486)を表す。
図141は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号487)を表す。
図142は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号488)を表す。
図143は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号489)を表す。
図144は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号490)を表す。
図145は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号491)を表す。
図146は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号492)を表す。
図147は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号493)を表す。
図148は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号494)を表す。
図149は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号495)を表す。
図150は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCCl9636から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号496)を表す。
図151は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号497)を表す。
図152は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号498)を表す。
図153は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号499)を表す。
図154は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号500)を表す。
図155は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号501)を表す。
図156は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号502)を表す。
図157は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号503)を表す。
図158は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号504)を表す。
図159は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号505)を表す。
図160は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号506)を表す。
図161は、受動免疫及び黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC25904での相同種攻撃後の生存率を示しているカプラン・マイヤー生存曲線を表す。Aは、rMntCのワクチン接種後の静脈内攻撃;Bは、2×SBR抽出物のワクチン接種、2×rSIRP7のワクチン接種、又は3×rSIRP7のワクチン接種後の腹腔内攻撃;Cは、rSIRP7のワクチン接種後の静脈内攻撃を表す。
図162は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RP122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号543)を表す。
図163は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号544)を表す。
図164は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号545)を表す。
図165は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号546)を表す。
図166は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号547)を表す。
図167は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号548)を表す。
図168は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号549)を表す。
図169は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号550)を表す。
図170は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号551)を表す。
図171は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号552)を表す。
図172は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号553)を表す。
図173は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号554)を表す。
図174は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号555)を表す。
図175は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号556)を表す。
図176は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号557)を表す。
図177は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号558)を表す。
図178は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号559)を表す。
図179は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号560)を表す。
図180は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号561)を表す。
図181は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号562)を表す。
図182は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号563)を表す。
図183は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号564)を表す。
図184は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号565)を表す。
図185は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号566)を表す。
図186は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号567)を表す。
図187は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号568)を表す。
図188は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号569)を表す。
図189は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号570)を表す。
図190は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号571)を表す。
図191は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号572)を表す。
図192は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号573)を表す。
図193は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号574)を表す。
図194は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号575)を表す。
図195は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号576)を表す。
図196は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号577)を表す。
図197は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号578)を表す。
図198は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号579)を表す。
図199は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLから得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号580)を表す。
図200は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号581)を表す。
図201は、黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476から得られる金属制御ポリペプチドをコードしている核酸配列(配列番号582)を表す。
図202は、組換えで生成された金属制御ポリペプチドへのマウス回復期血清の結合を示しているウエスタンブロットを表す。
図203は、組換えで生成された金属制御ポリペプチドへの健康なヒト由来血清の結合を示しているウエスタンブロットを表す。
図204は、組換えで生成された金属制御ポリペプチドへの回復期ヒト由来の血清の結合を示しているウエスタンブロットを表す。
図205は、金属制御ポリペプチドの黄色ブドウ球菌(S. aureus)DU5875表面発現を示しているフローサイトメトリーデータである。
図206は、rSIRP7のワクチン接種及びSIRP抽出物又はrSIRP7での再刺激後のサイトカイン誘導を示す。

0017

本発明の好適な実施形態の詳細な説明
本発明は、ポリペプチド及びポリペプチドを含む組成物を供する。本明細書で用いられる、「ポリペプチド」は、ペプチド結合によって結合されたアミノ酸ポリマーを意味する。従って、例えば、用語、ペプチドオリゴペプチド、タンパク質、及び酵素は、ポリペプチドの定義内に含まれる。当該用語はまた、ポリペプチドの発現後の修飾、例えばグリコシル化アセチル化リン酸化等を含む。用語ポリペプチドは、特異的な長さのアミノ酸のポリマーを含まない。ポリペプチドは、自然のソースから直接的に単離可能、又は組換え、酵素、又は化学技術を用いて調製することが可能である。自然由来のポリペプチドの場合、このようなポリペプチドは典型的には単離により得られる。

0018

「単離」ポリペプチドは、その自然環境から取り出されるものである。例えば、単離ポリペプチドは、細胞質又は細胞膜から取り出されたポリペプチドであり、その自然環境におけるポリペプチド、核酸、及び他の細胞物質の大半がもはや存在しないものが挙げられる。

0019

特定のソース由来の「単離可能な」ものとして特徴付けられるポリペプチドは、適当な条件下で、特定のソースによって生成されるポリペプチドであるが、例えば、当業者に周知の組換え、化学、又は酵素技術を使用して代わりのソースから得られて良い。従って、ポリペプチドを特定のソース由来の「単離可能な」ものとし特徴付けることは、ポリペプチドが得られるに違いない何か特定のソース、又はポリペプチドが得られるに違いない何か特定の条件又は工程を意味するものではない。

0020

「精製された」ポリペプチドは、それらが自然に結合する他の構成成分を、少なくとも60%、好適には少なくとも75%、及び最も好適には少なくとも90%含まない。例えば、化学又は組換え手段を介して、ポリペプチドが自然に生じる生物の外側で生成されるポリペプチドは、決して自然環境に存在しないので、定義上単離及び精製されたとみなす

0021

本明細書で用いられる場合、「ポリペプチド断片」は、ポリペプチドのプロテアーゼでの分解に由来するポリペプチドの一部を意味する。

0022

他に特に定めない限り、「a」、「an」、「the」及び「少なくとも1つ」は、互換的に使用し、1又は2以上を意味する。用語「を含んでなる」及びこの変化形は、明細書の記載及び請求項において見られる場合、限定的な意味を有しない。本発明のポリペプチドは、分子量、マスフィンガープリント、アミノ酸配列、ポリペプチドをコードする核酸、免疫学的活性、又は2又はそれ以上のこれらの特徴の任意の組合せによって特徴付けられてよい。典型的にキロダルトン(kDa)で表されるポリペプチドの分子量は、例えば、ゲル濾過ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)を含むゲル電気泳動キャピラリー電気泳動質量分析、(HPLCを含む)液体クロマトグラフィーを含む通常の方法を使用し、且つ観察又は予想されたアミノ酸配列から分子量を算出して決定することができる。他に示さない限り、分子量は、還元及び変性条件下で、約4%の濃縮用ゲルを有するSDSポリアクリルアミドゲル及び約10%の分解ゲルを使用してポリペプチドを分解することによって決定される分子量を意味する。本明細書で用いられる場合、「マスフィンガープリント」は、プロテアーゼでの分解後にポリペプチドから得られるポリペプチド断片の集団を意味する。典型的には、分解に由来するポリペプチド断片は、質量分析方法を使用して分析される。各ポリペプチド断片は、質量、又は「m/z比」又は「m/z値」と呼ばれる質量(m)対電荷(z)比によって特徴付けられる。ポリペプチドのマスフィンガープリントを生じるための方法は、慣習的なものである。このような方法の例は、実施例13に開示する。

0023

本発明のポリペプチドは、金属制御ポリペプチドであってよい。本明細書で用いられる場合、「金属制御ポリペプチド」は、高金属条件における同じ微生物の成長に比べて、低金属条件において微生物を成長させる場合に、より高レベルで微生物によって発現されるポリペプチドである。低金属及び高金属条件を明細書中に記載する。例えば、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)によって生成される金属制御ポリペプチドの1つのクラスは、高金属条件における微生物の成長中に検出可能なレベルで発現されないが、低金属条件における成長中に検出可能なレベルで発現される。

0024

低鉄条件における成長後に黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能な金属制御ポリペプチドの例は、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、及び33kDaの分子量を有する。低亜鉛又は低銅条件における成長後に黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能な金属制御ポリペプチドの例は、115kDa、88kDa、80kDa、71kDa、69kDa、35kDa、30kDa、29kDa、及び27kDaの分子量を有する。

0025

さらなる金属制御ポリペプチドの例は、明細書中で記載されるポリペプチドの組換えで生成されたバージョンを含む。組換えで生成されたポリペプチドは、mRNA転写物から翻訳可能なアミノ酸配列全体を含んでよい。あるいは、組換えで生成された金属制御ポリペプチドは、翻訳可能なアミノ酸配列全体の断片又は一部を含んでよい。例えば、組換えで生成された金属制御ポリペプチドは、ポリペプチドのいずれかの末端における切断可能な配列、例えば、ポリペプチドのアミノ末端における切断可能なシグナル配列欠如してよい。

0026

したがって、金属制御ポリペプチドは、例えば、配列番号353、配列番号364、配列番号375、配列番号386、配列番号397、配列番号408、及び配列番号419に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドとし得る。

0027

本発明はまた、金属制御されていないポリペプチドを含む。このようなポリペプチドは、金属イオン、例えば、塩化第二鉄の存在下で発現され、また低鉄条件において成長させた場合にもまた発現される。黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離可能なこのようなポリペプチドの例は、150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、及び40kDaの分子量を有する。

0028

ポリペプチドが金属制御ポリペプチドであるかは、例えば、ゲル濾過、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)を含むゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、質量分析、及びHPLCを含む液体クロマトグラフィーを含むポリペプチドの存在を比較することに有用な方法によって決定することができる。微生物の別々の培養物を高金属条件及び低金属条件下で成長させ、明細書中で記載されるように本発明のポリペプチドを単離し、各培養物に存在するポリペプチドを分解し比較する。典型的には、各培養物由来の等量のポリペプチドを使用する。好適には、約4%の濃縮用ゲル及び約10%の分解ゲルを有するSDSポリアクリルアミドゲルを使用して、還元及び変性条件下でポリペプチドを分解する。例えば、各培養物由来の総ポリペプチド30マイクログラム(μg)を使用しゲルのウェルにロードしてよい。ゲルを流しポリペプチドをクーマシーブリリアントブルーで染色した後、2つのレーンを比較することができる。ポリペプチドが検出可能なレベルで発現されているかを決定する場合、培養物由来の総ポリペプチドの30μgをSDS−PAGEゲル上で分解し、当技術分野で周知の方法を使用してクーマシーブリリアントブルーで染色する。目視可能なポリペプチドは、検出可能なレベルで発現されているとみなし、一方目視できないポリペプチドは、検出可能なレベルで発現されていないとみなす。

0029

あるいは、ポリペプチドが金属制御されているかは、マイクロアレイに基づく遺伝子発現分析を使用して決定することができる。微生物の別々の培養物を高金属条件及び低金属条件下で成長させ、RNAを各培養物の細胞から抽出し、低金属条件において成長させた細胞中のRNA発現に対する、高金属条件において成長させた細胞中のRNA発現の差異を検出し且つ比較する。例えば、確立されたプロトコールを使用して、8〜10μgの細菌RNAから標識cDNAを調製することができる。標識cDNAは、黄色ブドウ球菌(S. aureus)ゲノムのマイクロアレイに適用することができる。このようなマイクロアレイは、商業的に利用可能でありこのようなアレイを使用した遺伝子発現は通常行われるものである。

0030

本発明のポリペプチドは、免疫学的活性を有してよい。「免疫学的活性」は、動物において免疫応答を誘発するポリペプチドの能力を意味する。ポリペプチドへの免疫応答は、動物におけるポリペプチドへの細胞及び/又は抗体媒介による免疫応答の発達である。通常、免疫応答は、1又は複数の次の効果:エピトープ又はポリペプチドのエピトープに対する抗体、B細胞、ヘルパーT細胞サプレッサーT細胞、及び/又は細胞傷害性T細胞の産生を含むが、これに限定されない。「エピトープ」は、特異的なB細胞及び/又はT細胞が応答し、これにより抗体が生成される抗原上の部位を意味する。免疫学的活性は、防御的であってよい。「防御的免疫学的活性」は、動物において、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、例えば黄色ブドウ球菌(S. aureus)による感染症を予防又は抑制する免疫応答を誘発するポリペプチドの能力を意味する。ポリペプチドが防御的免疫学的活性を有するかは、当技術分野で周知の方法、例えば、実施例5、9、又は12に記載の方法によって決定することができる。例えば、本発明のポリペプチド又は本発明のポリペプチドの組合せは、げっ歯類、例えばマウスをブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)での攻撃から防御する。本発明のポリペプチドは、血清活動活性(Seroactive activity)を有してよい。「血清活動活性」は、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、例えば、黄色ブドウ球菌(S. aureus)に感染した動物由来の回復期血清に存在する抗体と反応する候補ポリペプチドの能力を意味する。一部の態様において、回復期血清は、ATCC単離株19636、株SAAVl、株2176、又は株1477に感染した動物に由来してよい。本発明のポリペプチドは、免疫調節性活性を有してよい。「免疫調節性活性」は、特定の抗原に対する免疫応答を増強する非特異的な方法で作用するポリペプチドの能力を意味する。ポリペプチドが免疫調節性活性を有するかを決定するための方法は、当技術分野で周知である。

0031

本発明のポリペプチドは、参照微生物によって発現されるポリペプチド、例えば、参照ポリペプチドの特徴を有してよい。特徴は、例えば、分子量、マスフィンガープリント、アミノ酸配列、又はこれらの任意の組合せを含んでよい。参照微生物は、グラム陽性、好適にはミクロコッカス科(Micrococcaceae)のメンバー、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)としてよい。好適な株の例を表1に詳述する。

0032

0033

参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636の場合、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有し、そして参照微生物によって発現され且つ88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有する金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリントをそれぞれ有すると、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなすことができる。好適には、このようなポリペプチドは、金属制御される。例えば、候補ポリペプチドが、88kDaの分子量を有し、且つ参照株の黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636によって生成される88kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリントを有する場合、本発明のポリペプチドであるとしてよい。

0034

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636である場合、以下に詳述するように、配列番号353、配列番号364、配列番号375、配列番号386、配列番号397、配列番号408、又は配列番号419のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドであるとみなしてよい。

0035

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)RF122である場合、アミノ酸配列を有し、以下に詳述する通り、配列番号354、配列番号365、配列番号376、配列番号387、配列番号398、配列番号409、又は配列番号420のアミノ酸配列と構造上同様であるなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0036

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)Mu50である場合、以下に詳述する通り、配列番号355、配列番号366、配列番号377、配列番号388、配列番号399、配列番号410、又は配列番号421のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0037

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)MRSA252である場合、以下に詳述する通り、配列番号356、配列番号367、配列番号378、配列番号389、配列番号400、配列番号411、又は配列番号422のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0038

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)MW2である場合、以下に詳述する通り、配列番号357、配列番号368、配列番号379、配列番号390、配列番号401、配列番号412、又は配列番号423のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0039

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)Newmanである場合、以下に詳述する通り、配列番号358、配列番号369、配列番号380、配列番号391、配列番号402、配列番号413、又は配列番号424のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0040

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)JH9である場合、以下に詳述する通り、配列番号359、配列番号370、配列番号381、配列番号392、配列番号403、配列番号414、又は配列番号425のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0041

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)USA300である場合、以下に詳述する通り、配列番号360、配列番号371、配列番号382、配列番号393、配列番号404、配列番号415、又は配列番号426のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0042

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)COLである場合、以下に詳述する通り、配列番号361、配列番号372、配列番号383、配列番号394、配列番号405、配列番号416、又は配列番号427のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0043

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)NCTC8325である場合、以下に詳述する通り、配列番号362、配列番号373、配列番号384、配列番号395、配列番号406、配列番号417、又は配列番号428のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0044

あるいは、参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)MSSA476である場合、以下に詳述する通り、配列番号363、配列番号374、配列番号385、配列番号396、配列番号407、配列番号418、又は配列番号429のアミノ酸配列と構造上同様であるアミノ酸配列を有するなら、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなしてよい。

0045

参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)単離株SAAVlの場合、候補ポリペプチドが、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有し、そして参照微生物によって発現され且つ88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有するポリペプチドのマスフィンガープリントとそれぞれ同様のマスフィンガープリントを有すると、候補ポリペプチドは本発明のポリペプチドとみなすことができる。好適には、このようなポリペプチドは、金属制御される。例えば、候補ポリペプチドが、分子量88kDaを有し、且つ参照株の黄色ブドウ球菌(S. aureus)単離株SAAVlによって生成される88kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリント有する場合、本発明のポリペプチドとすることができる。

0046

参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)株2176の場合、88kDa、80kDa、65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、35kDa、33kDa、又は32kDaの分子量を有し、そして参照微生物によって発現され且つ88kDa、80kDa、65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、35kDa、33kDa、又は32kDaの分子量を有するポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリントをそれぞれ有すると、候補ポリペプチドを本発明のポリペプチドとみなしてよい。好適には、このようなポリペプチドは金属制御される。例えば、候補ポリペプチドが、分子量88kDaを有し、且つ参照株の黄色ブドウ球菌(S. aureus)単離株2176によって生成される88kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリントを有する場合、本発明のポリペプチドであるとしてよい。

0047

参照微生物が黄色ブドウ球菌(S. aureus)株1477の場合、88kDa、80kDa、65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、35kDa、33kDa、又は32kDaの分子量を有し、そして参照微生物によって発現され且つ88kDa、80kDa、65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、35kDa、33kDa、又は32kDaの分子量を有するポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリントをそれぞれ有すると、候補ポリペプチドを本発明のポリペプチドとみなしてよい。好適には、このようなポリペプチドは金属制御される。例えば、候補ポリペプチドが、分子量88kDaを有し、且つ参照株の黄色ブドウ球菌(S. aureus)単離株1477によって生成される88kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと同様のマスフィンガープリントを有する場合、本発明のポリペプチドであるとしてよい。

0048

本明細書で用いられる場合、ポリペプチドのアミノ酸配列が、参照ポリペプチドと比較して一定量の配列類似性及び/又は配列同一性を有する場合、ポリペプチドは、参照ポリペプチドと「構造上同様である」としてよい。ポリペプチドが、参照ポリペプチドの匹敵するマスフィンガープリントと比較して一定量の同一性を有しているマスフィンガープリントを示す場合、ポリペプチドはまた、参照ポリペプチドと「構造上同様である」としてよい。したがって、参照ポリペプチドと比較して、十分なレベルのアミノ酸配列同一性、アミノ酸配列類似性、マスフィンガープリント類似性、又はこれらの任意の組合せを有する場合、ポリペプチドは、参照ポリペプチドと「構造上同様である」としてよい。

0049

ポリペプチド配列類似性及びポリペプチド配列同一性
2つのポリペプチドの構造上類似性は、2つのポリペプチド(例えば、明細書中に記載される候補ポリペプチド及び任意の適当な参照ポリペプチド)の残基を、これらの配列の長さに沿って同一のアミノ酸の数が最大になるように整列させることによって決定することができ;各配列におけるアミノ酸は適切な順序を維持しなければならないが、どちらか一方又は両方の配列におけるギャップは、同一のアミノ酸の数を最大になるようにするための整列化において容認される。参照ポリペプチドは、明細書中で記載されるポリペプチド又は適当なものとして既知の任意の金属制御ポリペプチドとしてよい。候補ポリペプチドは、参照ポリペプチドと比較されているポリペプチドである。候補ポリペプチドは、例えば微生物から単離することができる、又は組換え技術を使用して生成する、或いは化学的又は酵素的に合成することができる。

0050

明細書中で他に記載して変更しない限り、GCパッケージ(version 10.2, Madison WI)を使ったBESTFITアルゴリズムを使用してアミノ酸配列の対比較分析を実施することができる。あるいは、ポリペプチドは、Tatiana等によって記載され(FEMS Microbiol Lett, 174, 247-250 (1999))、且つ全米バイオテクノロジー情報センター(NCBI)のウェブサイト上で利用可能な、BLASTサーチアルゴリズムのBlastp programを使用して比較してよい。全BLAST2サーチパラメータのためのデフォルト値を使用してよく、マトリックス=BLOSUM62;open gap penalty=11,extension gap penalty=1,gap x_低下off=50,expect=10,wordsize=3、及びfilter onを含む。

0051

2つのアミノ酸配列の比較において、構造上類似性は、「同一性」%又は「類似性」%によって示されてよい。「同一性」は、同一のアミノ酸の存在を意味する。「類似性」は、同一のアミノ酸だけでなく保存的置換の存在を意味する。本発明のポリペプチドにおけるアミノ酸の保存的置換は、アミノ酸が属するクラスの他のメンバーから選択されてよい。例えば、特に生物学的活性と直接的に関連がないタンパク質の領域において、タンパク質の活性の変化なしに、特定のサイズ又は特徴(例えば、電荷,疎水性及び親水性)を有するアミノ酸の分類に属するアミノ酸を他のアミノ酸に置換することができることは、タンパク質生化学の技術分野で周知である。例えば、非極性(疎水性)アミノ酸は、アラニンロイシンイソロイシンバリンプロリンフェニルアラニントリプトファン、及びチロシンを含む。極性中性アミノ酸は、グリシンセリンスレオニンシステイン、チロシン、アスパラギン及びグルタミンを含む。プラス帯電した(塩基性)アミノ酸は、アルギニンリジン及びヒスチジンを含む。負に帯電した(酸性)アミノ酸は、アスパラギン酸及びグルタミン酸を含む。保存的置換は、例えば、正電荷を維持するためのLysのArgへの置換及び逆の置換;負電荷を維持するためのGluのAspへの置換及び逆の置換;遊離−OHを維持するためのSerのThrへの置換;及び遊離−NH2を維持するためのGlnのAsnへの置換を含む。同様に、ポリペプチドの機能活性、例えば、免疫学的活性を排除しない1又は複数の近接又は非近接アミノ酸の欠失又は付加を含むポリペプチドの生物学的に活性のある類似体もまた意図する。

0052

したがって、本明細書で用いられる場合、本発明のポリペプチドへの言及及び/又は1又は複数の配列番号のアミノ酸配列への言及は、参照アミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%のアミノ酸配列類似性を有するポリペプチドを含んでよい。

0053

あるいは、本明細書で用いられる場合、本発明のポリペプチドへの言及及び/又は1又は複数の配列番号のアミノ酸配列への言及は、参照アミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドを含んでよい。

0054

従って、本発明のポリペプチドは、例えば、ポリペプチドが元々単離及び/又は同定された微生物種又は株以外の微生物種又は株から生物学的及び/又は組換えで生じる相同種ポリペプチドを含む一定の変異体を含んでよい。

0055

例えば、本発明のポリペプチドは、ギ酸アセチルトランスフェラーゼ(PflB)として通常周知のポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの一形態は、配列番号353に示される。変異実施形態は、配列番号354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、及び配列番号363に示される。

0056

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、通常オリゴペプチドパーミアーゼ、ペプチド結合タンパク質(oligopeptide permease, peptide-binding protein)(Opp1A)として周知のポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの一実施形態は、配列番号364に示される。変異実施形態は、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、及び配列番号374に示される。

0057

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、通常シデロホア化合物ABCトランスポーター結合タンパク質(SirA)として周知のポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの一実施形態は、配列番号375に示される。変異実施形態は、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、及び配列番号385に示される。

0058

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、明細書中で場合によりSYN2と呼ぶポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの一実施形態は、配列番号386に示される。変異実施形態は、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号392、配列番号393、配列番号394、配列番号395、及び配列番号396に示される。

0059

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、通常三価鉄ヒドロキサメート結合リポタンパク質(FhuD)として周知のポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの一実施形態は、配列番号397に示される。変異実施形態は、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、及び配列番号407に示される。

0060

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、明細書中で時々SYN1と呼ぶポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの一実施形態は、配列番号408に示される。変異実施形態は、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、及び配列番号418に示される。

0061

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドとして周知のマンガン輸送システム膜タンパク質(manganese transport system membrane protein)(MntC)を含むことができる。このポリペプチドの一実施形態は、配列番号419に示される。変異実施形態は、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号424、配列番号425、配列番号426、配列番号427、配列番号428、及び配列番号429に示される。

0062

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、通常フェリクロームABCトランスポーターリポタンパク質(SstD)として周知のポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの実施形態は、配列番号543、配列番号544、配列番号545、配列番号546、配列番号547、配列番号548、配列番号549、配列番号550、配列番号551、及び配列番号552に示される。

0063

他の実施例として、本発明のポリペプチドは、通常鉄化合物ABCトランスポーター(FhuD2)として周知のポリペプチドを含んでよい。このポリペプチドの実施形態は、配列番号553、配列番号554、配列番号555、配列番号556、配列番号557、配列番号558、配列番号559、配列番号560、配列番号561、及び配列番号562に示される。

0064

本発明のポリペプチドはまた、1又は複数のさらなる配列を供する、例えば、抗体のカラム上でのトラップ又は使用による精製を促進する付加C末端及び/又はN末端アミノ酸のコード配列を付加するようにデザインされてよい。このようなタグは、例えば、ポリペプチドのニッケルカラム上での精製を可能にするヒスチジンリッチなタグを含む。このような遺伝子修飾技術及び適当な付加配列は、分子生物学分野において周知である。

0065

本発明のポリペプチドはまた、C末端及び/又はN末端における一部のアミノ酸が欠失されるようにデザインされてよい。例えば、配列番号364のアミノ酸配列と配列番号365のアミノ酸配列との間の1つの差異が、配列番号364の参照ポリペプチドのアミノ酸配列に存在しない、配列番号365が有するN末端29のアミノ酸付加である。同様の好例のN末端付加、典型的には約20個のアミノ酸〜約35個のアミノ酸付加は、例えば、参照ペプチド配列番号353、配列番号364、配列番号375、配列番号386、配列番号397、配列番号408、又は配列番号419のアミノ酸配列を、各参照ポリペプチドの一定の変異実施形態と比較した場合に明らかである。N末端又はC末端における他のアミノ酸付加及び/又は欠失が可能である。本発明のポリペプチドの「修飾」は、1又は複数の構成アミノ酸において化学的に又は酵素的に誘導体化されるポリペプチド(又はこの類似体、例えば、この断片)を含む。このような修飾は、例えば、側鎖修飾、骨格修飾、及びN及びC末端修飾、例えば、アセチル化、水酸化メチル化アミド化、及び炭水化物又は脂質部分の付着、補助因子等、並びにこれらの組合せを含んでよい。本発明の修飾ポリペプチドは、生物学的活性、例えば、無修飾ポリペプチドの免疫学的活性を保持する、又は低下又は増加した生物学的活性を示してよい。

0066

(生物学的に活性のある類似体及びこの修飾を含む)本発明のポリペプチドは、天然由来の(自然に生じる)、組換え、及び化学的又は酵素的に合成されたポリペプチドを含む。例えば、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドを自然のソースから単離することによって、又は周知な方法による組換えで調製されてよく、例えば細菌又は他の宿主細胞における融合タンパク質としての製剤を含む。

0067

参照微生物によって発現されるポリペプチドは、低金属条件下における参照微生物の成長及び明細書中に開示される工程によるポリペプチドの続く単離によって得られてよい。あるいは、参照微生物によって発現されるポリペプチドは、低金属条件において微生物を成長させる場合に高レベルで発現される遺伝子、すなわち、金属制御遺伝子を同定することによって得られてよい。金属制御遺伝子は、クローン化され且つ発現されてよく、発現金属制御ポリペプチドは、明細書中に記載の工程によって特定されてよい。候補ポリペプチドは、微生物から単離可能であるか又は微生物、好適にはグラム陽性微生物、より好適には、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)のメンバー、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から特定される。ポリペプチドが単離及び/又は特定可能である他のグラム陽性微生物は、コリネバクテリウム菌属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)及びミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)を含む。候補ポリペプチドはまた、酵素又は化学的技術を使用して生成されてよい。

0068

マスフィンガープリント類似性
候補ポリペプチドは、参照微生物によって発現され、且つ分子量によって上記で言及されるポリペプチドの1つと同様の候補ポリペプチドがマスフィンガープリントを有するかを決定するために、質量分光分析によって評価されてよい。典型的には、候補ポリペプチドは、例えばゲル電気泳動によって候補ポリペプチドを分解すること及び候補ポリペプチドを含むゲル部分切り取ることによって単離されてよい。異なる特徴に基づいてポリペプチドを分離する任意のゲル電気泳動方法を使用することができ、例えば、疎水性、pI、又はサイズに基づく1次元又は2次元ゲル電気泳動、及び液体クロマトグラフィー分離を含む。候補ポリペプチドは、例えば、プロテアーゼでの分解によって断片化することができる。好適には、リジン又はアルギニンに続くアミノ酸がプロリンである場合を除いて、プロテアーゼは、アミノ酸リジン及びアミノ酸アルギニンのカルボキシ末端側上でペプチド結合を切断することができる。このようなプロテアーゼの例は、トリプシンである。ポリペプチドのトリプシンでの分解のための方法は、通常且つ当技術分野で周知の方法である。このような方法の例は、実施例13において開示される。

0069

ポリペプチドの質量分光分析のための方法は、通常且つ当技術分野で周知の方法であり、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行間質量分析(MALDI-TOF MS)を含むが、これに限定されない。典型的には、候補ポリペプチドから得られるポリペプチド断片を含む混合物は、レーザーエネルギー試料へ変換しイオン化、好適にはモノアイトピック性、ポリペプチド断片を生成する働きをするマトリックスと混合する。使用することができるマトリックスの例は、例えば、シナピン酸又はシアノ−4−ヒドロキシケイ皮酸を含む。MALDI−TOF MSによるポリペプチドの分析のための方法の例は、実施例13に記載される。イオン化ポリペプチド断片は、これらのm/z比に従って分離され、検出され強度に対するm/z比のスペクトルが得られる。スペクトルは、候補ポリペプチドに由来するポリペプチド断片を表すm/z値を含む。任意の所定のポリペプチドに関して、トリプシン分解に由来する各ポリペプチド断片の量は等モルであるべきである。しかしながら、トリプシン分解は常に100%効率でなく、例えば、一部の部位がより効率的に切断されることが知られている。したがって、m/z値を決定するためにMALDI−TOF MSを使用する場合、各m/z値の強度は典型的には同一でない。一般的に、スペクトルは、大抵のx軸(すなわち、m/z比の値を有する軸)に渡って存在するバックグラウンドレベルノイズを有する。このノイズのバックグラウンドレベルは実施条件及び使用される機械によって変化し、スペクトルの目視検査によって容易に特定される。

0070

m/z値において、強度がノイズのバックグラウンドレベルの少なくとも2倍、少なくとも3倍、又は少なくとも4倍である場合、通常そのm/z値はポリペプチド断片を表すとみなされる。スペクトルは通常、人為産物、例えば、不完全な分解、過剰分解、混合物に存在する他のポリペプチド、又はポリペプチドの分解に使用されるプロテアーゼに由来する他のm/z値を含み、例えばプロテアーゼの自己分解に由来するm/z値が含まれる。プロテアーゼでポリペプチドを分解するこの方法は、ポリペプチドを正確に特徴付け、且つ他のポリペプチドから識別するために使用できる重要な特異性のマスフィンガープリントをもたらす方法として技術分野で認められる。

0071

本発明のこの態様において、候補ポリペプチドを質量分析によって分析する場合、好適には候補ポリペプチド及び参照微生物由来のポリペプチドの双方を調製且つ分析し、これにより試料の処理及び実施条件における差異に由来する任意の潜在的な人為産物を減少する。好適には、2つのポリペプチドを調製し分析するために使用される全試薬は同一である。例えば、参照微生物由来のポリペプチド及び候補ポリペプチドは、実質的に同一の条件下で単離され、実質的に同一の条件下で断片化され、実質的に同一の条件下で同一の機械上でMALDI−TOF MSによって分析される。候補ポリペプチドが、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%を有しているマスフィンガープリントを示す、又は参照微生物ポリペプチドのスペクトル中に存在する実質的に全m/z値及び上記のノイズバックグラウンドレベルが候補ポリペプチドのスペクトル中にもまた存在する場合、参照ポリペプチドと「構造上同様である」とみなしてよい。(例えば、United States Patent Application Publication No. 2006/0233824 Alを参照されたい)。

0072

他の態様において、ポリペプチドが、表2、3、4、又は5に記載される参照ポリペプチドの分子量を有し、表2、3、4、又は5に記載される参照ポリペプチドのポリペプチド断片の少なくとも特定の割合を含む亜集団を含むマスフィンガープリントを有する場合、本発明のポリペプチドとみなしてよい。例えば、本発明のポリペプチドは、88kDaのポリペプチド、及びHVDVR(配列番号1)、YSYER(配列番号2)、IIGDRR(配列番号3)、IFTDYRK(配列番号4)、ELKELGQK(配列番号5)、YAQVKPIR(配列番号6)、QMQFFGAR(配列番号7)、SMQPFGGIR(配列番号8)、VSGYAVNFIK(配列番号9)、NHATAWQGFK(配列番号10)、LWEQVMQLSK(配列番号11)、SLGKEPEDQNR(配列番号12)、DGISNTFSIVPK(配列番号13)、AGVITGLPDAYGR(配列番号14)、TSTFLDIYAER(配列番号15)、SMQPFGGIRMAK(配列番号16)、THNQGVFDAYSR(配列番号17)、KAGVITGLPDAYGR(配列番号18)、TLLYAINGGKDEK(配列番号19)、IEMALHDTEIVR(配列番号20)、AGEPFAPGANPMHGR(配列番号21)、VALYGVDFMEEK(配列番号22)、KTHNQGVFDAYSR(配列番号23)、YGFDLSRPAENFK(配列番号24)、TSSIQYENDDIMR(配列番号25)、KAGEPFAPGANPMHGR(配列番号26)、RVALYGVDFLMEEK(配列番号27)、LWEQVMQLSKEER(配列番号28)、MLETNKNHATAWQGFK(配列番号29)、MHDFNTMSTEMSEDVIR(配列番号30)、YGNNDDRVDDIAVDLVER(配列番号31)、ETLIDAMEHPEEYPQLTIR(配列番号32)、YAQVKPIRNEEGLVVDFEIEGDFPK(配列番号33)の質量を有するポリペプチド断片の特定の割合を含むマスフィンガープリントを含む。候補ポリペプチドのマスフィンガープリントは、質量分析方法、例えばMALDI−TOF MSによって決定することができる。候補ポリペプチドのマスフィンガープリントは、通常さらなるポリペプチド断片を有し、従って、表2、3、4、又は5においてポリペプチドに関して収載されるもの以外のさらなるm/z値を有することができる。候補ポリペプチドを表2、3、4、又は5中のポリペプチドと比較する場合、候補ポリペプチドは、微生物、好適にはグラム陽性微生物、より好適には、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)のメンバー、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)から単離可能である。他のグラム陽性微生物は、コリネバクテリウム属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、リステリア属(Listeria spp.)、、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、及びマイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)を含む。

0073

候補ポリペプチドは、明細書中に記載される工程によって低金属条件下での微生物の成長、続いてポリペプチドの単離によって得られる。あるいは、候補ポリペプチドは、候補ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの組換え発現によって得ることができる。試料処理、例えば酸化、及びカルバミドメチル誘導体の形成中にアミノ酸の修飾は偶発的に導入され得ることは当技術分野で周知である。さらに、これらのタイプの修飾は、ポリペプチド断片のm/z値を変更する。例えば、ポリペプチド断片が酸化されたメチオニンを含む場合、m/z値は酸化メチオニンを含まない同一断片と比較して、16増加するであろう。従って、注釈「酸化(M)」を有する表2、3、4、又は5のこれらのポリペプチド断片は、酸化メチオニンを含まない同一断片と比較して、16増加したm/z値を有する。表2、3、4、又は5のポリペプチド断片は、試料処理中に修飾され得ることが分かる。

0074

ポリヌクレオチド配列類似性及びポリヌクレオチド配列同一性
本発明のポリペプチドはまた、ポリペプチドをコードする用語ポリヌクレオチドで特定されてよい。したがって、本発明は、本発明のポリペプチドをコードする、又はスタンダードハイブリダイゼーション条件下で、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、及びこのようなポリヌクレオチド配列の補体ハイブリッド形成するポリヌクレオチドを含む。

0075

本明細書で用いられる場合、本発明のポリヌクレオチドへの言及及び/又は1又は複数の配列番号の核酸配列への言及は、特定の参照ポリヌクレオチド配列と少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含むことができる。

0076

表2.黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636から得られたポリペプチドの特徴

0077

0078

1.SDS−PAGEによって決定される分子量
2.ポリペプチド断片のm/z値は、m/z値から1を減算することによって質量に換算できる。各質量は、プラス又はマイナス300ppm、或いはプラス又はマイナス1Daの範囲を含む。

0079

表3.黄色ブドウ球菌(S. aureus)単離株SAAVlから得られたポリペプチドの特徴

0080

0081

1.SDS−PAGEによって決定される分子量
2.ポリペプチド断片のm/z値は、m/z値から1を減算することによって質量に換算できる。各質量は、プラス又はマイナス300ppm、或いはプラス又はマイナス1Daの範囲を含む。

0082

表4.黄色ブドウ球菌(S. aureus)単離株2176から得られたポリペプチドの特徴

0083

0084

1.SDS−PAGEによって決定される分子量
2.ポリペプチド断片のm/z値は、m/z値から1を減算することによって質量に換算できる。各質量は、プラス又はマイナス400ppm、或いはプラス又はマイナス1Daの範囲を含む。

0085

表5.黄色ブドウ球菌(S. aureus)ウシ単離株1477から得られたポリペプチドの特徴

0086

0087

1.SDS−PAGEによって決定される分子量
2.ポリペプチド断片のm/z値は、m/z値から1を減算することによって質量に換算できる。各質量は、プラス又はマイナス430ppm、或いはプラス又はマイナス1Daの範囲を含む。

0088

本明細書において、「配列同一性」は、2つのポリヌクレオチド配列間の同一性を意味する。配列同一性は、同一のヌクレオチドの数が最大になるようにこれらの配列の長さに沿って2つのポリヌクレオチドの塩基を整列させること(例えば、候補配列ヌクレオチド配列と、例えば、配列番号474又は配列番号485のヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列とを整列させること)によって一般的に決定され;各配列中のヌクレオチドは適切な順序を維持しなければならないが、どちらか一方又は両方の配列中のギャップは、共有ヌクレオチドの数を最大になるようにするために、配列比較において容認される。候補配列は、周知の配列、例えば、配列番号474又は配列番号485のヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列と比較される配列である。例えば、2つのポリヌクレオチド配列は、Tatiana等の、FEMS Microbiol Lett.、1999;174:247〜250に記載され、ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/のワールドワイドウェブ上で利用可能であるBLAST2サーチアルゴリズムのBlastn programを使用して比較することができる。全BLAST 2サーチパラメータのためのデフォルト値を使用してよく、rewardフォーマットch=1,penalty for mismatch=−2,open gap penalty=5,extension gap penalty=2,gap x_dropoff=50,expect=10,wordsize=11,及びfilter onが含まれる。
例えば、本発明のポリヌクレオチドは、通常ギ酸アセチルトランスフェラーゼ(PflB)として周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号430に示される。変異実施形態は、配列番号431、配列番号432、配列番号433、配列番号434、配列番号435、配列番号436、配列番号437、配列番号438、配列番号439、及び配列番号440に示される。

0089

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、オリゴペプチドパーミアーゼ、ペプチド結合タンパク質(Opp1A)として周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号441に示される。変異実施形態は、配列番号442、配列番号443、配列番号444、配列番号445、配列番号446、配列番号447、配列番号448、配列番号449、配列番号450、及び配列番号451に示される。

0090

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、シデロホア化合物ABCトランスポーター結合タンパク質(SirA)として周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含んでよい。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号452に示される。変異実施形態は、配列番号453、配列番号454、配列番号455、配列番号456、配列番号457、配列番号458、配列番号459、配列番号460、配列番号461、及び配列番号462に示される。

0091

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、明細書中でSYN2と呼ぶポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含んでよい。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号463に示される。変異実施形態は、配列番号464、配列番号465、配列番号466、配列番号467、配列番号468、配列番号469、配列番号470、配列番号471、配列番号472、及び配列番号473に示される。

0092

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、FhuDとして周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号474に示される。変異実施形態は、配列番号475、配列番号476、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号480、配列番号481、配列番号482、配列番号483、及び配列番号484に示される。

0093

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、明細書中でSYN1と呼ぶポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号485に示される。変異実施形態は、配列番号486、配列番号487、配列番号488、配列番号489、配列番号490、配列番号491、配列番号492、配列番号493、配列番号494、及び配列番号495に示される。

0094

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、MntCとして周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの一実施形態は、配列番号496に示される。変異実施形態は、配列番号497、配列番号498、配列番号499、配列番号500、配列番号501、配列番号502、配列番号503、配列番号504、配列番号505、及び配列番号506に示される。

0095

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、フェリクロームABCトランスポーターリポタンパク質(SstD)として周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの実施形態は、配列番号563、配列番号564、配列番号565、配列番号566、配列番号567、配列番号568、配列番号569、配列番号570、配列番号571、及び配列番号572に示される。

0096

他の実施例として、本発明のポリヌクレオチドは、鉄化合物ABCトランスポーター(FhuD2)として周知のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。このようなポリヌクレオチドの実施形態は、配列番号573、配列番号574、配列番号575、配列番号576、配列番号577、配列番号578、配列番号579、配列番号580、配列番号581、及び配列番号582に示される。

0097

本発明はまた、微生物の全細胞製剤も供し、この中で微生物は1又は複数の本発明のポリペプチドを発現する。全細胞製剤中に存在する細胞は、好適には不活性化され、従って細胞は複製することができないが、微生物によって発現される本発明のポリペプチドの免疫学的活性は維持される。典型的には、薬剤、例えばグルタルアルデヒドホルマリン、又はホルムアルデヒドへの曝露によって細胞を死滅させる。

0098

組成物
本発明の組成物は、明細書中で記載される少なくとも1つの単離ポリペプチド、又は1以上の(例えば、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4個の)多数のポリペプチドを含んでよい。例えば、組成物は、配列番号408のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド及び/又は配列番号397のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドを含むことができる。配列類似性及び/又は同一性の特定のレベル(例えば、少なくとも80%の配列類似性, 少なくとも90%の配列同一性等)を明細書中に明確に示さない限り、特定の配列番号のアミノ酸配列への言及は、「ポリペプチド配列類似性及びポリペプチド配列同一性」との見出しのセクションにおいて記載される配列類似性のレベル及び/又は配列同一性のレベルを有する変異体を含む。

0099

一部の実施形態において、組成物は、1又は複数のさらなる単離ポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、さらなる単離ポリペプチド又はポリペプチドは、1又は複数の金属制御ポリペプチドを含んでよい。したがって、組成物は、配列番号353〜配列番号429の1又は複数の配列及び/又は配列番号543〜配列番号562の1又は複数の配列に表されるアミノ酸配列を含む少なくとも1つの単離金属制御ポリペプチドを含むことができる。加えて又は代わりに、組成物は、88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa、又は33kDaの分子量を有する少なくとも1つの単離金属制御ポリペプチドを含むことができる。加えて又は代わりに、組成物は、配列番号430〜配列番号506の1又は複数の配列及び/又は配列番号563〜配列番号582の1又は複数の配列に表されるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされたアミノ酸配列を含む少なくとも1つの金属制御単離ポリペプチドを含むことができる。

0100

一実施形態において、組成物は、配列番号397に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、若しくは配列番号407に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0101

他の実施形態において、組成物は、配列番号408に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、若しくは配列番号418に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0102

他の実施形態において、組成物は、配列番号419に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号424、配列番号425、配列番号426、配列番号427、配列番号428、若しくは配列番号429に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0103

他の実施形態において、組成物は、配列番号375に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、若しくは配列番号385に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0104

他の実施形態において、組成物は、配列番号386に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号392、配列番号393、配列番号394、配列番号395、若しくは配列番号396に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0105

他の実施形態において、組成物は、配列番号364に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、若しくは配列番号374に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0106

他の実施形態において、組成物は、配列番号353に表されるアミノ酸配列(又はこの変異体、例えば、配列番号354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、若しくは配列番号363に表される任意の1つのアミノ酸配列)を含むポリペプチドを含む。

0107

他の実施形態において、組成物は、配列番号543、配列番号544、配列番号545、配列番号546、配列番号547、配列番号548、配列番号549、配列番号550、配列番号551、又は配列番号552に表される任意の1つのアミノ酸配列のアミノ酸配列、又はこの変異体を含むポリペプチドを含む。

0108

他の実施形態において、組成物は、配列番号553、配列番号554、配列番号555、配列番号556、配列番号557、配列番号558、配列番号559、配列番号560、配列番号561、又は配列番号562に表される任意の1つのアミノ酸配列のアミノ酸配列、又はこの変異体を含むポリペプチドを含む。

0109

一部の実施形態において、組成物は、SYN1ポリペプチド、MntCポリペプチド、FhuDポリペプチド、SYN2ポリペプチド、SirAポリペプチド、Opp1Aポリペプチド、及びPflbポリペプチドから選択された2又はそれ以上のポリペプチドの組合せを含むことができる。

0110

したがって、組成物は、SYN1ポリペプチド、MntCポリペプチド、FhuDポリペプチド、SYN2ポリペプチド、SirAポリペプチド、Opp1Aポリペプチド、及びPflbポリペプチドの少なくとも1つ、又は少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つの、少なくとも5つ、少なくとも6つ、若しくは7つ全てを含む任意の組合せを含むことができる。ポリペプチドの組合せを含む好例の組成物は、表6において確認される。

0111

0112

*pペプチド=ポリペプチド
「X」は、特定の組成物に含まれるポリペプチドを特定する。

0113

本明細書を通して、SYN1ポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、配列番号417、又は配列番号418のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号485、配列番号486、配列番号487、配列番号488、配列番号489、配列番号490、配列番号491、配列番号492、配列番号493、配列番号494、配列番号495のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされること、及び/又は約33.1kDaの算出分子量によって特徴付けられる。

0114

本明細書を通して、MntCポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:SDS−PAGEによって決定される場合、33kDaの分子量を有していること、参照株黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636によって生成される33kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリント、配列番号419、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号424、配列番号425、配列番号426、配列番号427、配列番号428、又は配列番号429のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号496、配列番号497、配列番号498、配列番号499、配列番号500、配列番号501、配列番号502、配列番号503、配列番号504、配列番号505、又は配列番号506のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってをコードされること、及び/又は約34.6kDaの算出分子量によって特徴付けられてよい。

0115

本明細書を通して、FhuDポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、配列番号401、配列番号402、配列番号403、配列番号404、配列番号405、配列番号406、又は配列番号407のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号474、配列番号475、配列番号476、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号480、配列番号481、配列番号482、配列番号483又は配列番号484のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされること、及び/又は約35.4kDaの算出分子量によって特徴付けられてよい。

0116

本明細書を通して、SYN2ポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:SDS−PAGEによって決定される分子量36kDa、参照株黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636によって生成される36kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリント、配列番号386、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号392、配列番号393、配列番号394、配列番号395、又は配列番号396のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号463、配列番号464、配列番号465、配列番号466、配列番号467、配列番号468、配列番号469、配列番号470、配列番号471、配列番号472、又は配列番号473のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされること、及び/又は約36.5kDaの算出分子量を有することによって特徴付けられてよい。

0117

本明細書を通して、SirAポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:SDS−PAGEによって決定される分子量37kDa、参照株黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636によって生成される37kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリント、配列番号375、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、又は配列番号385のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号452、配列番号453、配列番号454、配列番号455、配列番号456、配列番号457、配列番号458、配列番号459、配列番号460、配列番号461、又は配列番号462のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされること、及び/又は約36.6kDaの算出分子量を有することによって特徴付けられてよい。

0118

本明細書を通して、Opp1Aポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:SDS−PAGEによって決定される分子量55kDa、参照株黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636によって生成される55kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリント、配列番号364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、又は配列番号374のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号441、配列番号442、配列番号443、配列番号444、配列番号445、配列番号446、配列番号447、配列番号448、配列番号449、配列番号450、又は列番号451のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされること、及び/又は約59.9kDaの算出分子量によって特徴付けられる。

0119

本明細書を通して、PflBポリペプチドは、1又は複数の以下の特徴:SDS−PAGEによって決定される分子量88kDa、参照株黄色ブドウ球菌(S. aureus)ATCC単離株19636によって生成される88kDaの金属制御ポリペプチドのマスフィンガープリントと少なくとも80%類似のマスフィンガープリント、配列番号353、配列番号354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、又は配列番号363のいずれか1つに表されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号430、配列番号431、配列番号432、配列番号433、配列番号434、配列番号435、配列番号436、配列番号437、配列番号438、配列番号439、又は配列番号440のいずれか1つに表される核酸配列を含むポリヌクレオチドによってコードされること、及び/又は約84.7kDaの算出分子量によって特徴付けられる。

0120

他の特定の実施形態において、組成物は、ポリペプチド、例えば、直前に記載の通り特徴付けられる各ポリペプチドMntCポリペプチド、FhuDポリペプチド、SirAポリペプチド、及びSYN2ポリペプチドの組合せ(表6の組成物77)を含むことができる。

0121

一部の実施形態において、組成物は、組換えで生成される1又は複数のポリペプチドを含むことができる。例えば、組換えで生成されたPflbポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたPflbポリペプチド、例えば、配列番号353に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。これらの組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せを含むことができる。

0122

他の例として、組換えで生成されたOpp1Aポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたOpp1Aポリペプチド、例えば、配列番号364に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。このような組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せをさらに含むことができる。

0123

他の実施例として、組換えで生成されたSirAポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたSirAポリペプチド、例えば、配列番号375に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。このような組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せをさらに含むことができる。

0124

他の実施例として、組換えで生成されたSYN2ポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたSYN2ポリペプチド、例えば配列番号386に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。このような組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せをさらに含むことができる。

0125

他の実施例として、組換えで生成されたFhuDポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたFhuDポリペプチド、例えば、配列番号397に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。このような組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せをさらに含むことができる。

0126

他の実施例として、組換えで生成されたSYN1ポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたSYN1ポリペプチド、例えば、配列番号408に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。このような組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せをさらに含むことができる。

0127

他の実施例として、組換えで生成されたMntCポリペプチドは、組換えで生成されることに加えて、上記の通り特徴付けられてよいが、組成物は、組換えで生成されたMntCポリペプチド、例えば、配列番号419に表されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むことができる。このような組成物は、1又は複数の組換えで生成されたポリペプチド、黄色ブドウ球菌(S. aureus)から単離された1又は複数のポリペプチド、あるいはこれらの任意の組合せ、をさらに含むことができる。

0128

一実施形態において、組換えで生成されたポリペプチドは、当該ポリペプチドの天然バージョンの免疫学的に活性な断片を意味することができる。免疫学的に活性な断片は、免疫学的に活性な断片のコア(例えば、配列番号353、配列番号364、配列番号375、配列番号386、配列番号397、配列番号408、又は配列番号419のアミノ酸配列)のアミノ末端及び/又はカルボキシ末端へのアミノ酸付加を含んでよい。一定の実施形態において、免疫学的に活性な断片のコアのアミノ末端への任意の付加は、ポリペプチドのより長いバージョン、例えば、野生型又は他の天然形態と比較して、1又は複数のアミノ酸付加、欠失、置換(まとめると,「修飾」)、又は修飾の任意の組合せを含むことができる。したがって、例えば、免疫学的に活性な断片が配列番号397を含む実施形態において、配列番号397のアミノ末端への付加は、例えば、配列番号399のアミノ酸1〜26と比較して、アミノ末端付加において少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、又は少なくとも26個の修飾を含むことができる。他の実施例として、免疫学的に活性な断片が配列番号408を含む実施形態において、配列番号408のアミノ末端への付加は、例えば、配列番号415のアミノ酸1〜26と比較して、アミノ末端付加において、少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、又は少なくとも5個の修飾を含むことができる。

0129

参照ポリペプチド及び異なる長さの候補ポリペプチド(例えば、参照ポリペプチドの免疫学的に活性な断片)のアミノ酸配列類似性及び/又はアミノ酸配列同一性を比較する場合、長い方のポリペプチド中のミスマッチとして寄与しているより長い長さの各アミノ酸残基カウントしながら、類似性及び/又は同一性を長い方のポリペプチドの全長に渡って算出する。

0130

従って、一部の実施形態において、本発明の単離ポリペプチドは、配列番号397のアミノ酸配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の配列類似性及び/又は同一性を有するポリペプチドを含むことができ、但し、当該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が、配列番号399のアミノ酸1〜26と比較して少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする。

0131

他の実施形態において、本発明の単離ポリペプチドは、配列番号408のアミノ酸配列と少なくとも98%又は少なくとも99%の配列類似性及び/又は同一性を有するポリペプチドを含むことができ、但し、該単離ポリペプチドがアミノ末端において1又は複数のさらなるアミノ酸を含む場合には、該1又は複数のさらなるアミノ酸が、配列番号415のアミノ酸1〜5と比較して少なくとも1つのアミノ酸の欠失又は少なくとも1つのアミノ酸の置換を含むことを条件とする。

0132

「ポリペプチド配列類似性及びポリペプチド配列同一性」との見出しのセクションにおいて記載するように、特定の配列番号のアミノ酸配列への言及によって特定されるポリペプチドは、参照アミノ酸配列(例えば、特定の配列番号において提供されるアミノ酸配列)と少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%のアミノ酸配列類似性を有するポリペプチド、及び/又は参照アミノ酸配列(例えば、特定の配列番号において提供されるアミノ酸配列)と少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドを含むことができる。

0133

組換えで生成されたポリペプチドは、ベクターが適当な宿主細胞中に導入される場合にポリペプチドの発現が可能なベクターから発現されてよい。宿主細胞は、本発明の1又は複数の組換えで生成されたポリペプチドを生成するために構築されてよく、従って、本発明のポリペプチドをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチドを含む1又は複数のベクターを含むことができる。したがって、各ベクターは、本発明の1又は複数のポリヌクレオチド、すなわち、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むことができる。

0134

一定の組成物、例えば、組換えで生成されたポリペプチドを含む組成物は、最大数のポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、ポリペプチドの最大数は、ポリペプチドの最大総数を意味することができる。一定の組成物は、例えば、50以下のポリペプチド、例えば、40以下のポリペプチド、30以下のポリペプチド、25以下のポリペプチド、20以下のポリペプチド、15以下のポリペプチド、10以下のポリペプチド、8以下のポリペプチド、7以下のポリペプチド、6以下のポリペプチド、5以下のポリペプチド、4以下のポリペプチド、3以下のポリペプチド、2以下のポリペプチド、1以下のポリペプチドを含むことができる。他の実施形態において、組換えで生成されたポリペプチドの最大数は、同様の方法で特定されてよい。さらに他の実施形態において、非組換え生成のポリペプチドの最大数は同様の方法で特定されてよい。

0135

組成物は、1つの微生物から単離可能なポリペプチドを含むことができるか、又は2又はそれ以上の微生物の組合せから単離可能である。例えば、組成物は、2又はそれ以上のブドウ球菌属(Staphylococcus spp)、あるいはブドウ球菌属(Staphylococcus spp)及びブドウ球菌属のメンバーではない異種微生物から単離可能なポリペプチドを含むことができる。本発明は、全細胞が本発明の1又は複数のポリペプチドを発現する、全細胞製剤を含んでなる組成物もまた供する。例えば、全細胞は、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp)であってよい。一態様において、組成物は2、3、4、5、又は6つの株由来の全製剤を含むことができる。

0136

任意には、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドの免疫学的特性を改良するために担体ポリペプチド共有結合又は結合されてよい。有用な担体ポリペプチドは、当技術分野で周知である。本発明のポリペプチドの化学的結合は、周知且つ通常の方法を使用して行われてよい。例えば、様々なホモ二機能性(homobifunctional)及び/又はヘテロ二機能性(heterobifunctional)架橋剤試薬、例えばビススルホサクシニミジル)スベリン酸塩、ビス(ジアゾベンジジン)、アジイミド酸ジメチル、ピメリミド酸ジメチル、スベルイミド酸ジメチル、スベリン酸塩ジサクシニミジル、グルタルアルデヒド、m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミド、スルホ−m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミド、スルホサクシニミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、スルホサクシニミジル4−(p−マレイミド−フェニルブチレート及び(l−エチル−3−(ジメチル−アミノプロピルカルボジイミドを使用することができる(例えば、Harlow and Lane, Antibodies, A Laboratory Manual, generally and Chapter 5, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, NY (1988)を参照されたい)。

0137

本発明の組成物は、任意には、医薬として許容される担体をさらに含む。「医薬として許容される」は、組成物の他の成分と適合し、且つこれらのレシピエントに有害でない、希釈剤、担体、賦形剤、塩等を意味する。典型的には、組成物は、組成物が明細書中で記載されるように使用される場合、医薬として許容される担体を含む。本発明の組成物は、抗原への免疫応答を刺激するために適当なルートを含む投与の選択されたルートに適合された種々の形態で医薬製剤中に製剤されてよい。したがって、本発明の組成物は、例えば、経口;皮内、経皮及び皮下を含む非経口筋肉内、静脈内、腹腔内、等、並びに局所的に、例えば鼻腔内、肺内乳房内内、子宮内、皮内、経皮及び経直腸等を含む周知のルートを介して投与することができる。組成物は、動物体中に粘膜免疫、例えば分泌型IgA抗体の産生を刺激するために、例えば(例えば、スプレー又はエアロゾルを介した)又は呼吸粘膜への投与によって、粘膜表面に投与することができることが予測される。

0138

本発明の組成物はまた、持続又は遅延放出性インプラントを介して投与することができる。本発明の使用に適当なインプラントは、周知であり、例えば、Emery及びStraub(WO 01/37810(2001))、並びにEmery等(WO 96/01620(1996))において開示されるものを含む。インプラントは、エアロゾル又はスプレーによって投与される十分小さなサイズで生成することができる。インプラントはまた、ナノ粒子及び微粒子を含むことができる。

0139

本発明の組成物は、明細書中で記載されるように一定の疾患を治療するために十分な量で投与する。本発明の組成物中に存在するポリペプチド又は全細胞の量は変化してよい。例えば、ポリペプチドの用量は、0.01マイクログラム(μg)〜300mg、典型的には0.1mg〜10mgとすることができる。組成物が全細胞製剤である場合、細胞は、例えば、102細菌/ml、103細菌/ml、104細菌/ml、105細菌/ml、106細菌/ml、107細菌/ml、108細菌/ml、又は109細菌/mlの濃度で存在し得る。(例えば、皮下,筋肉内等に)注射可能な組成物に関して、ポリペプチドは、投与される組成物の総量が0.5ml〜5.0ml、典型的には1.0〜2.0mlとなる量で組成物中に存在してよい。組成物が全細胞製剤である場合、細胞は好適には、投与される組成物の総量が0.5ml〜5.0ml、典型的には1.0〜2.0mlの量で組成物中に存在する。投与される量は、様々な因子に従って変化し、当該因子は、選択される特定のポリペプチド、動物の体重、健康状態及び年齢、ならびに投与ルートを含むがこれに限定されない。したがって、所定の単位用量形態中に含まれるポリペプチド絶対重量は、広範に変化し、因子、例えば動物の種、年齢、体重、及び健康状態、並びに投与方法によって決定されてよい。このような因子は、当業者によって決定されてよい。本発明に適当な用量の他の例は、Emery等(U.S. Patent 6,027,736)において開示される。

0140

製剤は、利便性のため単位用量形態で提示されてよく、医薬技術分野で周知の方法によって調製されてよい。医薬として許容される担体を有する組成物の調製の方法は、1又は複数の副成分を構成する担体と活性化合物(例えば、本発明のポリペプチド又は全細胞)を結合させる段階を含む。一般的に、製剤は、均一且つ本質的に活性な化合物を液体担体、細かく分割された固体担体、または両方と結合させ、そして、必要ならば、生成物を所望の製剤に成形することによって調製される。

0141

医薬として許容される担体を含む組成物はまた、アジュバントを含むことができる。「アジュバント」は、特定の抗原への免疫応答を増強するための非特異的な方法で機能し得る剤を意味し、したがって、アジュバントは潜在的に任意の所定の免疫化組成物において必要な抗原の量、及び/又は目的の抗原に対して適切な免疫応答を生じるために必要な注射の頻度を減少する。アジュバントは、例えば、IL−1、IL−2、乳化剤ムラミルジペプチドジオタデシルアンモニウムブロミドDDA)、アブリジン、水酸化アルミニウム、油、サポニン、アルファ−トコフェロール、ポリサッカライド、(例えば,商標名EMULSIGENでMVP Laboratories, Ralston, Nebraskaから利用可能なものを含む)乳化パラフィン、ISA−70、RIBI及び当技術分野で周知の他の物質を含んでよい。本発明のポリペプチドが免疫調節性活性を有し、このようなポリペプチドが、直接的にT及び/又はB細胞活性として機能する、又は様々なサイトカインの合成を増強する特異的な細胞型に機能する、あるいは細胞内のシグナル伝達経路を活性化するアジュバントとして使用されることが期待される。これらのポリペプチドは、現存する組成物の防御指標を増加する免疫応答を増強することが期待される。

0142

他の実施形態において、医薬として許容される担体を含む本発明の組成物は、生物学的応答変更因子、例えば、免疫細胞に作用するIL−2、IL−4及び/又はIL−6、TNF、IFN−アルファ、IFN−ガンマ、及び他のサイトカインを含むことができる。免疫化組成物はまた、他の構成成分、当技術分野で周知の、例えば抗生物質、防腐剤抗酸化剤、又はキレート剤を含むことができる。

0143

作製方法
本発明はまた、明細書中で記載されるポリペプチドを得るための方法を供する。本発明のポリペプチド及び全細胞は、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には黄色ブドウ球菌属(Staphylococcus aureus)のメンバーから単離可能であってよい。

0144

ポリペプチドを単離することができる他のグラム陽性微生物は、コリネバクテリウム属(Corynebacterium spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)を含む。本発明のポリペプチドを得ること及び全細胞製剤を作製するのに有用な微生物は、保管所、例えば米国培養細胞系統保存機関(American Type Culure Collection(ATCC))から購入できる。加えて、例えば微生物は、当技術分野で通常かつ周知の技術によって容易に得られる。微生物は、フィールド分離株(field isolate)としての感染した動物に由来し、本発明のポリペプチド及び/又は全細胞製剤を得るために使用する、又は、例えば、冷凍貯蔵所において、−20℃〜−95℃、又は−40℃〜−50℃で、20%グリセロールを含有する細菌学的培地、及び他の同様の培地中で後の使用のために貯蔵してよい。

0145

本発明のポリペプチドが微生物から得ることができる場合、微生物は低金属条件下でインキュベートすることができる。本明細書で用いられる場合、用語「低金属条件」は、環境、典型的には、検出可能なレベルで微生物に金属制御ポリペプチドを発現させる量の遊離金属を含有する、細菌学的培地を意味する。本明細書で用いられる場合、用語「高金属条件」は、微生物に明細書中で記載される1又は複数の金属制御ポリペプチドを検出可能なレベルで発現させない、又は低金属条件下の金属制御ポリペプチドの発現と比較して低下したレベルでこのようなポリペプチドを発現させる量の遊離金属を含有する環境を意味する。場合によって、「高金属条件」は、金属リッチな自然環境及び/又は金属キレート剤非含有の金属リッチな培地における培養物を含むことができる。対照的に、場合によって、「低金属条件」は、以下により詳細に記載される金属キレート剤を含む培地中の培養物を含むことができる。金属は、周期表の第1〜17族(IUPAC表記法; CAS表記法でそれぞれ、第I-A, II-A, III-B, IV-B, V-B, VI-B, VII-B, VIII, I-B, II-B, III-A, IV-A, V-A, VI-A, 及びVII-A族とも呼ばれる)に存在するものである。

0146

好適には、金属は第2〜12族、より好適には、第3〜12族のものである。さらにより好適には、金属は、鉄、亜鉛、銅、マグネシウム、ニッケル、コバルト、マンガン、モリブデン、又はセレン、最も好適には、鉄である。

0147

低金属条件は、通常金属キレート化合物の細菌学的培地への添加、少量の金属を含有する細菌学的培地の使用、又はこれらの組合せの結果得られる。高金属条件は、キレート剤が培地中に存在しない、金属を培地に添加する、又はこれらの組合せの場合に、通常生じる。金属キレート剤の例は、自然及び合成化合物を含む。自然化合物の例は、植物フェノール化合物、例えばフラボノイドを含む。フラボノイドの例は、銅キレート剤カテキン及びナリンゲニン、及び鉄キレート剤ミリセチン及びケルセチンを含む。合成銅キレート剤の例は、例えば、テトラチオモリブデートを、そして合成亜鉛キレート剤の例は、例えば、N,N,N’,N’−テトラキス(2−ピリジルメチル)−エチレンジアミンの例を含む。合成鉄キレート剤の例は、(当技術分野でα,α’−ビピリジルとも言及される)2,2’−ジピリジル8−ヒドロキシキノリン、エチレンジアミン−ジ−O−ヒドロキシフェニル酢酸(EDDHA)、デスフェリオキサミンアミンメタンスルホン酸塩(デスフロール)、トランスフェリンラクトフェリンオボトランスフェリン、生物学的シデロホア、例えば、カテコラート及びヒドロキサメート、及びクエン酸塩を含む。一般的な二価カチオンキレート剤の例は、CHELE樹脂である。好適には、2,2’−ジピリジルが鉄キレート化のために使用される。典型的には、2,2’−ジピリジルは、少なくとも300μg/ml、少なくとも600μg/ml、又は少なくとも900μg/mlの濃度で培地に添加される。高レベルの2,2’−ジピリジルは、1200μg/ml、1500μg/ml、又は1800μg/mlとしてよい。

0148

黄色ブドウ球菌(S. aureus)ゲノムは、3つのFurホモログ:Fur、PerR、及びZurをコードする。Zur及びPerRタンパク質は、それぞれ主に亜鉛恒常性及び過酸化物ストレス遺伝子の制御に関与するように見えるが、Furタンパク質は、鉄制限に応答した一部の鉄シデロホア取り込みシステムを制御することが証明されている。Furタンパク質はまた、酸化ストレス耐性及び毒性に関与する。グラム陽性生物、好適には、fur遺伝子中に突然変異のある黄色ブドウ球菌(S. aureus)は、本発明の金属制御ポリペプチドの全てではないが多くに恒常的発現をもたらすことが期待される。グラム陽性、好適には黄色ブドウ球菌(S. aureus)におけるfur突然変異の生成は、例えば、グラム陽性菌における遺伝子ノックアウト突然変異を生じるのに有用なトランスポゾン、化学、又は部位方向性変異原性を含む通常の方法を使用して生じることができる。

0149

微生物をインキュベートするために使用される培地及び微生物をインキュベートするために使用される培地の量は、変化させることができる。明細書中で記載される1又は複数のポリペプチドを生成する能力に関して微生物が評価されている場合、適当な量で、例えば培地10ミリリットル〜1リットル中で微生物を成長させることができる。例えば、動物への投与における使用のためのポリペプチドを得るために微生物を成長させている場合、より多くの量のポリペプチドの単離を可能にするために微生物は発酵槽で成長させてよい。発酵槽において微生物を成長させるための方法は、当技術分野で通常且つ周知のものである。微生物の成長のために使用される条件は、好適には金属キレート剤、より好適には鉄キレート剤、例えば2,2’−ジピリジル、pH6.5〜7.5、好適には6.9〜7.1、及び温度37℃を含む。

0150

本発明の一部の態様において、微生物は、成長後回収されてよい。回収は、微生物をより小さな容積中で濃縮すること、及び成長培地と異なる培地中で懸濁することを含む。微生物を濃縮するための方法は、当技術分野で通常且つ周知のものであり、例えば、濾過又は遠心分離を含む。典型的には、濃縮された微生物を適当な緩衝液中で懸濁する。使用することができる緩衝液の例は、pH8.5のトリス塩基(7.3グラム/リットル)を含む。任意には、最終緩衝液はまた、タンパク質分解を最小化する。これは、最終緩衝液をpH8.0以上、好適には、少なくとも8.5とすること、及び/又は1又は複数のプロテアーゼ阻害剤(例えば、フェニルメタンスルホニルフッ化物)を含むことによって達成することができる。任意及び好適には、濃縮した微生物を破砕するまで−20℃又はそれ以下で凍結させる。

0151

微生物を全細胞製剤として使用できる場合、細胞を不活性化するための通常且つ周知の方法を使用して、回収した細胞を処理してよい。あるいは、本発明のポリペプチドを調製するために微生物を使用することができる場合、例えば、沸騰フレンチプレス超音波処理、(例えば、リゾチームでの分解による)ペプチドグリカンの分解、又はホモジナイズを含む技術分野で通常且つ周知の化学的、物理的、又は機械的方法を使用して微生物を破砕してよい。ホモジナイズに有用である適当な装置の例は、モデルC500−B AVESTHホモジナイザー(Avestin Inc, Ottawa Canada)である。本明細書で用いられる「破砕」は、細胞をばらばらにすることを意味する。微生物の破砕は、当技術分野で通常且つ周知の方法によって測定することができ、例えば、光学濃度の変更が含まれる。典型的には、1:100希釈を測定する場合、透過パーセントが20%に増加するまで、微生物を破砕に供する。物理的又は機械的方法を使用する場合、破砕中の温度は、タンパク質分解をさらに最小化するために、典型的には低く、好適には4℃で維持する。化学的方法を使用する場合、細胞破砕を最適化するために温度を上昇させてよい。化学、物理、及び機械的方法の組合せを、微生物の細胞壁可溶化するために使用してもよい。本明細書で用いられる用語「を可溶化する」は、細胞物質(例えば、ポリペプチド,核酸,炭水化物)を、微生物が破砕された緩衝液の水相中に溶解すること、及び不溶性細胞物質の凝集物の形成を意味する。理論によって限定されることを意図することなく、可溶化の条件によって、例えば、遠心分離によって容易に単離可能であるほど十分に大きい不溶性凝集物中への本発明のポリペプチドの凝集がもたらされると考えられる。

0152

1又は複数の本発明のポリペプチドを含む不溶性凝集物は、当技術分野で通常且つ周知の方法によって単離されてよい。好適には、不溶性凝集物は、遠心分離によって単離されてよい。典型的には、ポリペプチド、例えば膜ポリペプチドの遠心分離は、遠心力100,000×gによって達成することができる。このような遠心力の使用は超遠心機の使用が必要であり、工程中の試料の大容積へのスケールアップはたびたび困難であり、これらのタイプの遠心機経済的でない。明細書中で記載される方法は、大量の不溶性凝集物の産生を供することができ、連続流遠心機、例えば、遠心力46,000×g〜60,000×g、17psiにおいて流速250ml/分で使用することができるT−1Sharpies(Alfa Laval Separations, Warminster, PA)の使用が可能である。他の大規模遠心機、例えばチューブボウル型チャンバー型、及びディスク型の構造のものを使用することができる。このような遠心機は、通常使用され且つ当技術分野で周知であり、Pennwalt、Westfalia及びアルファ−Laval等の製造者から購入できる。

0153

最終的に回収されたタンパク質は、当技術分野で周知の方法、例えばダイアフィルトレーション沈殿疎水性クロマトグラフィーイオン交換クロマトグラフィー、又は親和性クロマトグラフィー、又は超濾過及び例えば、ダイアフィルトレーションによるアルコール中でのポリペプチドの洗浄を使用して、洗浄且つ/又は適当な緩衝液で透析する。単離後、ポリペプチドを緩衝液中で懸濁し、低温、例えば、−20℃又は以下で保存する。全細胞製剤を作製する本発明のこれらの態様において、微生物の成長後、薬剤、例えばグルタルアルデヒド、ホルマリン、又はホルムアルデヒドの培養物中の細胞を不活性化するのに十分な濃度での添加で微生物を死滅することができる。例えば、ホルマリンは、0.3%(体積/体積)の濃度で添加することができる。細胞を不活性化するのに十分な時間の後、例えば、ダイアフィルトレーション及び/又は遠心分離、並びに洗浄によって細胞を回収することができる。

0154

他の態様において、本発明の単離ポリペプチドは、組換えで調製されてよい。組換えで調製される場合、当該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、下記の実施例14のように特定され適当な発現宿主中にクローン化されてよい。組換え発現宿主は、適当な培地中に成長させ、破砕し、上記のようにポリペプチドは単離されてよい。

0155

使用方法
本発明の態様は、本発明の組成物の使用方法を目的とする。当該方法は、動物へ本発明の組成物の有効量を投与することを含む。動物は、例えば、鳥類(例えば、ニワトリ又は七面鳥等)、ウシ属(例えば、蓄牛等)、ヤギ属(例えば, 蓄山羊等)、ヒツジ属(例えば, 蓄等)、ブタ(例えば, 蓄等)、バイソン(例えば,野牛等)、ウマ科(例えば,ウマ等)、伴侶動物(例えば,イヌ又はネコ等)、シカ科ノメンバー(例えば,シカ,エルク,ムース,カリブー及びトナカイ等)、又はヒトであってよい。

0156

一部の態様において、方法は、二次免疫応答を増強又は刺激するための、組成物の動物へのさらなる投与(例えば、1又は複数の追加免疫投与)をさらに含んでよい。追加免疫は、組成物の最初の投与の後に、例えば、1〜8週間後に、好適には2〜4週間後に、投与することができる。続く追加免疫は、毎年1、2、3、4回又はそれ以上投与することができる。理論に限定されることを意図するものではないが、本発明の一部の態様において、動物は野外で、動物に投与された組成物のポリペプチド上に存在するエピトープと同一又は構造上関係するエピトープを有する組成物中に存在するポリペプチドを発現している微生物に曝露されるので、毎年の追加免疫は必要でないことが期待される。

0157

一態様において、本発明は、例えば動物において抗体の産生を誘発すること、又は組換え技術によって抗体を作製するための方法を目的とする。生成される抗体は、組成物中に存在する少なくとも1つのポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む。本発明のこの態様において、「有効量」は、動物において抗体の産生をもたらすことに効果的な量である。本発明の組成物中に存在するポリペプチドに特異的に結合する抗体を動物が生成したかを決定するための方法は、明細書中で記載されるように決定することができる。本発明は、本発明のポリペプチドに特異的に結合する抗体、及びこのような抗体を含む組成物をさらに含む。

0158

当該方法は、組成物のポリペプチドが単離された微生物以外の微生物によって発現されたポリペプチドに特異的に結合する抗体を産生するために使用してよい。本明細書で用いられる場合、ポリペプチド「に特異的に結合する」ことができる抗体は、抗体の合成を誘発した抗原のエピトープと相互作用する、又は構造上関連のあるエピトープと相互作用する抗体である。本発明の組成物中に存在する少なくとも一部のポリペプチドは、典型的には異種及び異なる属の微生物のポリペプチド中に保存されたエピトープを含む。従って、一微生物に由来する組成物を使用して生成された抗体は、他の微生物によって発現されたポリペプチドに結合し、グラム陽性生物に対する防御のスペクトルを拡大することが期待される。抗体が特異的に結合するグラム陽性微生物の例は、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus);ストレプトコッカス科(Streptococcaceae)のメンバー、好適には、化膿性ストレプトコッカス(Streptococcus pyogenes)、肺炎球菌(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・アガラチア(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・ウベリス(Streptococcus uberis)、ストレプトコッカス・ボビス(Streptococcus bovis)、腺疫菌(Streptococcus equi)、又は減乳ストレプトコッカス(Streptococcus dysgalactiae);及びバチルス属(Bacillus spp.)、クロストリジウム属(Clostridium spp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、リステリア属(Listeria spp.)、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、及びマイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)である。従って、本発明のポリペプチドの組成物を使用して生成された抗体は、ポリペプチドを得るオリジン、ソース及び/又は方法とは無関係な本発明のポリペプチドを同定し特徴付けるために使用してよい。

0159

本発明はまた、本発明のポリペプチド又は本発明のポリペプチド上に存在するエピトープに構造上関連するエピトープを有するポリペプチドを発現している微生物を標的とするためのこのような抗体の使用を目的とする。抗体は化合物と共有結合することができ、化合物は、例えば、毒素であり得る。同様に、このような化合物は、微生物を標的とするために細菌シデロホアと共有結合することができる。化学的結合又は本発明の抗体、又はこの部分(例えばFab断片)の結合は、周知且つ通常の方法を使用して行うことができる。

0160

一態様において、本発明は、グラム陽性微生物、好適にはミクロコッカス科(Micrococcaceae)のメンバー、好適には、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には黄色ブドウ球菌(S. aureus);ストレプトコッカス科(Streptococcaceae)のメンバー、好適には、化膿性ストレプトコッカス(Streptococcus pyogenes)、肺炎球菌(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・アガラクチア(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・ウベリス(Streptococcus uberis)、ストレプトコッカス・ボビス(Streptococcus bovis)、腺疫菌(Streptococcus equi)、又は減乳ストレプトコッカス(Streptococcus dysgalactiae);バチルス属(Bacillus spp.)、クロストリジウム属(Clostridium spp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、リステリア属(Listeria spp.)、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)によって生じる感染症を動物、例えばヒト等において治療することもまた目的とする。本明細書で用いられる場合、用語「感染症」は、臨床的に顕在化している又は顕在化していない、動物体中のグラム陽性微生物の存在を意味する。臨床的に顕在化していないブドウ球菌属のメンバーによる感染症に罹患する動物は度々、無症候性キャリアと呼ばれる。

0161

感染症の治療は予防的とすることができ、あるいは動物が微生物に感染した後に開始されるものとすることができる。予防的である、例えば、対象が微生物に感染する前に又は任意の感染症が無症状である間に開始される治療は、感染症の「リスクがある」対象の治療と明細書中で呼ぶ。本明細書で用いられる場合、用語「リスクがある」は、実際は記載したリスクを有するかもしれない動物を意味する。したがって、典型的には、微生物による感染症の「リスクがある」動物は、例え微生物による感染症の任意の検出可能な兆候を動物がまだ顕在化していなくても、また動物が無症状の量の微生物を保有するかにかかわらず、動物が微生物に感染していると特定される及び/又は微生物に曝され得る範囲に存在する動物である。従って、動物の微生物との最初の接触前、中、又は後に、組成物の投与を実施することができる。動物の最初の微生物との接触後に開始される治療は、微生物による感染症の症状の重症度及び/又は臨床徴候の減少、完全に微生物を除去すること、及び/又は組成物を投与していない動物と比較して感染症を経験する可能性を臨床的に明らかに減少することをもたらす。当該方法は、本発明の組成物の有効量をグラム陽性微生物によって生じる感染症を有する、又は有するリスクがある動物へ投与すること、及び感染症を生じている微生物の数が減少したかを決定することを含む。本発明のこの態様において、「有効量」は、組成物を投与していない動物と比較して、動物中の特定の微生物の数を減少する、又は動物が臨床的に明らかな感染症を経験する可能性を低下する効果的な量である。感染症が減少しているかを決定するための方法と同様に、グラム陽性微生物によって感染症が生じているかを決定するのための方法は、当技術分野で通常且つ周知である。

0162

他の態様において、本発明は、グラム陽性微生物、好適にはミクロコッカス科(Micrococcaceae)のメンバー、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には、黄色ブドウ球菌(S. aureus);ストレプトコッカス科(Streptococcaceae)のメンバー、好適には、化膿性ストレプトコッカス(Streptococcus pyogenes)、肺炎球菌(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・アガラクチア(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・ウベリス(Streptococcus uberis)、ストレプトコッカス・ボビス(Streptococcus bovis)、腺疫菌(Streptococcus equi)、又は減乳ストレプトコッカス(Streptococcus dysgalactiae);バチルス属(Bacillus spp.)、クロストリジウム属(Clostridium spp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス菌属(Enterococcus spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、リステリア属(Listeria spp.)、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)による感染症によって生じる、動物における一定の疾病の1又は複数の症状或いは臨床徴候を治療するのための方法を目的とする。当該方法は、本発明の組成物の有効量を、疾病を有する又は有するリスクがある、又は疾病の症状及び/又は臨床徴候を示している動物に投与すること、及び少なくとも疾病の一症状及び/又は臨床徴候が変化したか、好適には低減されたかを決定することことを含む。微生物感染症によって生じる疾病及び/又は臨床徴候の例は、例えば、乳腺炎、敗血症、肺炎、髄膜脳炎、リンパ管炎、皮膚炎、生殖器感染症、腺疫、子宮炎、周産期疾病、下垂体膿瘍、関節炎、滑液包炎、精巣炎、膀胱炎及び腎盂腎炎、リンパ節炎、結核、潰瘍性リンパ管炎、リステリア症、丹毒、蹄葉炎、炭疽病、チザー疾病、破傷風、ボツリヌス症、腸炎、悪性水腫、ブラクシー病(braxy)、桿菌性ヘモグロビン尿症、腸毒血症、壊死性皮膚病変、及び院内感染症を含む。黄色ブドウ球菌(S. aureus)によって生じる疾病の例は、例えば、ウマにおけるボトリオミセス症、家禽における化膿性滑膜炎及び骨髄炎、ブタにおける流産、及び仔ヒツジにおけるダニ性膿血もまた含む。ストレプトコッカス属(Streptococcus spp.)によって生じる疾病の例は、例えば、咽頭炎猩紅熱、膿痂疹、潰瘍性心内膜炎、リウマチ熱及び連鎖球菌感染後糸球体腎炎、ヒトにおける子宮頸管炎、ウマ及びブタにおける子宮頸管炎、並びにブタにおける髄膜炎及び膿瘍もまた含む。

0163

これらの疾病と関連がある症状及び/又は臨床徴候の治療は、予防的である、または明細書中で記載される疾病の進行後に開始することができる。本明細書で用いられる場合、用語「症状」は、微生物によって患者によって経験され、そして微生物による感染症によって生じる疾患又は疾病の主観的な証拠を意味する。本明細書で用いられる場合、用語「臨床徴候」又は「徴候」は、微生物の感染症によって生じる疾患又は疾病の客観的証拠を意味する。明細書中で言及する疾病と関連がある症状及び/又は臨床徴候、ならびにこのような症状の評価は、当技術分野で通常且つ周知である。予防的、例えば、対象が微生物によって生じる疾病の症状又は徴候を顕在化させる前に開始される治療は、当該疾病を進行する「リスクがある」対象の治療と明細書中で呼ぶ。したがって、典型的には、疾病を進行する「リスクがある」動物は、疾病に罹患していると診断されている且つ/又は動物が微生物によって生じる任意の疾病の症状又は徴候をまだ顕在化していなくても疾病を生じる微生物に曝露されそうである範囲に存在する動物である。従って、組成物の投与は、明細書中で記載される疾病の発生前、中、又は後に実施することができる。疾病の進行後に開始される治療は、疾病の一つの症状の重症度の減少、又は完全な症状の除去をもたらす。本発明のこの態様において、「有効量」は、疾患の症状の顕在化を予防する、疾患の症状の重症度を軽減する、及び/又は完全に症状を除去するのに効果的な量である。動物におけるグラム陽性微生物の感染症の治療の成功は、実施例5において開示され、本発明の組成物を投与することによって、マウスモデルにおいて黄色ブドウ球菌(S. aureus)によって生じる疾患に対する防御を証明する。当該マウスモデルは、これらの微生物によって生じるヒト疾患の研究に関して通常認容されるモデルである。動物におけるグラム陽性微生物感染症の治療の成功はまた、実施例10〜12に開示され、本発明の組成物を投与することによって、乳牛において黄色ブドウ球菌(S. aureus)によって生じる疾患に対する防御を供することを証明する。

0164

本発明はまた、グラム陽性微生物によるコロニー形成を減少するための方法、例えば、骨格系(例えば, 骨,軟骨,及び靭帯)、筋系(例えば,骨格筋及び平滑筋)、循環系(例えば,心臓, 血管,毛細血管及び血液)、神経系(例えば, 脳,脊髄, 及び末梢神経)、呼吸系(例えば,鼻,気管,気管支,細気管支,肺胞)、消化系(例えば, 口,唾液腺,食道,肝臓,,大腸及び小腸)、排泄系(例えば,腎臓,尿管,膀胱及び尿道)、内分泌系(例えば,視床下部,下垂体,甲状腺,膵臓及び副腎)、生殖系(例えば,卵巣,卵管,子宮,膣,乳腺,精巣, 及び精嚢)、リンパ/免疫系(例えば,リンパ液,リンパ節及び管,単核又は白血球, 例えばマクロファージ,好中球,単球,好酸球,好塩基球, 及びリンパ球, 例えばT細胞及びB細胞等)、及び特異的な細胞系(例えば,前駆細胞,上皮細胞,幹細胞)等の組織を含むグラム陽性微生物の付着部位ブロックすることを供する。好適には、グラム陽性微生物は、ミクロコッカス科(Micrococcaceae)のメンバー、好適にはブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、より好適には黄色ブドウ球菌(S. aureus);ストレプトコッカス科(Streptooccaceae)のメンバー、好適には化膿性ストレプトコッカス(Streptococcus pyogenes)、肺炎球菌(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・アガラクチア(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・ウベリス(Streptococcus uberis)、ストレプトコッカス・ボビス(Streptococcus bovis)、腺疫菌(Streptococcus equi)、又は減乳ストレプトコッカス(Streptococcus dysgalactiae);バチルス属(Bacillus spp.)、クロストリジウム属(Clostridium spp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium spp.)、腸球菌属(Enterococus spp.)、エリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)、キトコッカス属(Kytococcus spp.)、リステリア属(Listeria spp.)、ミクロコッカス菌属(Micrococcus spp.)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、及びエリシペロスリクス属(Erysipelothrix spp.)である。

0165

動物においてコロニー形成を減少することは、予防的に実施される、又は微生物によって動物にコロニー形成された後に開始されてよい。予防的な治療、例えば、微生物によって対象にコロニー形成される前に、又は任意のコロニー形成が検出されない状態の中で開始される治療は、微生物によるコロニー形成の「リスクがある」対象の治療と明細書中で呼ぶ。したがって、典型的には、微生物によるコロニー形成の「リスクがある」動物は、動物がまだ微生物によるコロニー形成の検出可能な兆候が顕在化していなくても、また動物が微生物のサブコロニー形成数を保有するかにかかわらず、微生物によって動物にコロニー形成されたと特定されている及び/又は微生物に曝露されそうである範囲に存在する動物である。従って、動物の微生物との最初の接触の前、中、又は後で、組成物の投与を実施することができる。動物の微生物との最初の接触後に開始される治療は、組成物が投与されていない動物と比較して、微生物によるコロニー形成の程度を減少すること、完全に微生物を除去すること、及び/又は微生物によって動物にコロニー形成される可能性を減少することをもたらす。したがって、当該方法は、本発明の組成物の有効量を、グラム陽性微生物によってコロニー形成された又はコロニー形成されるリスクがある動物に投与することを含む。本発明のこの態様において、「有効量」は、微生物による動物中のコロニー形成を減少するために十分な量であり、コロニー形成を減少することは:組成物が投与されていない動物と比較して、微生物によるコロニー形成の程度を減少すること、完全に微生物を除去すること、及び/又は微生物によって動物にコロニー形成される可能性を減少することのうち、1つ又は複数を意味する。微生物による動物のコロニー形成を評価するための方法は、当技術分野で通常且つ周知である。例えば、微生物による動物の腸管のコロニー形成は、動物の糞便中の微生物の存在を測定することによって決定することができる。微生物による動物におけるコロニー形成を減少することは、微生物のヒトへの伝染を減少することが期待される。

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