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技術 24P4C12タンパク質に結合する抗体および関連分子

出願人 アジェンシス,インコーポレイテッド
発明者 レイタノアーサービー.モリスンロバートケンダルモリスンカレンジェインメイリックカーンメールスティーブンビー.シャリータ-エイドピアエム.チアシャオ-チガダスジーンジェイコボヴィッツアヤ
出願日 2008年9月5日 (13年3ヶ月経過) 出願番号 2010-524202
公開日 2010年12月9日 (11年0ヶ月経過) 公開番号 2010-537671
状態 特許登録済
技術分野 突然変異または遺伝子工学 微生物による化合物の製造 蛋白脂質酵素含有:その他の医薬 動物の育種及び生殖細胞操作による繁殖 抗原、抗体含有医薬:生体内診断剤 微生物、その培養処理 化合物または医薬の治療活性 生物学的材料の調査,分析 ペプチド又は蛋白質
主要キーワード 飽和平衡 一般ルール 検査試験 固形基材 非凝集化 代替的態様 トラップシステム 開環状
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重要な関連分野

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図面 (20)

課題・解決手段

24P4C12タンパク質に結合する抗体およびその抗体に由来する分子、ならびにその変異体が記載され、ここで、24P4C12は、正常な成体組織において組織特異的発現を示し、表Iに列挙した癌において異常に発現される。結果として、24P4C12は、癌の診断標的、予後標的、予防標的および/または治療標的を提供する。24P4C12遺伝子もしくはそのフラグメント、あるいはそのコードされているタンパク質、またはその変異体、またはそのフラグメントは、体液性免疫反応または細胞性免疫反応を誘発するために使用することができる。24P4C12と反応性の抗体またはT細胞は、能動免疫または受動免疫において使用することができる。

概要

背景

発明の背景
癌は、冠動脈疾患に次いで第2の主要なヒトの死因である。世界中で、毎年何百万人もの人々が癌で亡くなっている。米国癌学会(American Cancer Society)によって報告されるように、米国内のみで、癌は、年間50万人を超える人々の死亡を引き起こし、1年に120万人を超える新規症例が診断されている。心疾患による死亡が大幅に減少している一方で、癌による死亡は概して増加している。次世紀の早い時期には、癌は第1の死因となることが予測される。

世界的に、幾種かの癌が主要な死因として際立っている。特に、前立腺乳房結腸膵臓卵巣および膀胱癌腫は、主要な癌死因である。これらおよび実質的に全ての他の癌腫は、共通の致死性の特徴を共有する。ほとんど例外なく、癌腫からの転移疾患は致命的である。さらに、原発性癌から初期段階で生き残った癌患者でさえ共通体験として人生が劇的に変化すると示されている。多くの癌患者は、再発もしくは処置の失敗の可能性の認識によって強い不安が駆り立てられる。多くの癌患者は、処置後の身体的衰弱を経験する。さらに、多くの癌患者は再発を経験する。

世界的に、前立腺癌は、男性において4番目に多い癌である。北米および欧において、前立腺癌は、男性における圧倒的に最も一般的な癌であり、男性における第2の癌死因である。米国内のみで、年間30,000人を有に超える男性が、この疾患で死亡する。肺癌に次いで第2位である。これらの数値の大きさにもかかわらず、転移性前立腺癌の有効な処置は未だ存在しない。外科前立腺切除放射線治療ホルモン除去(hormone ablation)治療、外科的去勢および化学療法が主要な処置様式であり続けている。残念なことに、これらの処置は多くは有効でなく、しばしば、望ましくない結果を伴う。

診断の最前線において、初期段階の限局性腫瘍を正確に検出することができる前立腺腫瘍マーカーがないことは、依然として、疾患の診断および管理における深刻な制限である。血清前立腺特異的抗原(PSA)アッセイが非常に有用なツールであるが、しかし、その特異性および一般的有用性は、いくつかの重要な点を欠くと広くみなされている。

さらなる前立腺癌特異的マーカーの同定における進歩は、マウスにおいて疾患の異なった段階を再現可能な前立腺癌異種移植片を作製することによって改善されてきた。LAPC(Los Angeles Prostate Cancer)異種移植片は、重症複合型免疫不全(SCID)マウスにおける継代から生き残った前立腺癌異種移植片であり、アンドロゲン依存からアンドロゲン非依存への移行模倣する能力を示している(Klein, et al., 1997 Nat. Med. 3:402(非特許文献1))。つい最近同定された前立腺癌マーカーには、PCTA-1(Su, et al., 1996 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:7252(非特許文献2))、前立腺特異的膜抗原(PSMA)(Pinto, et al., Clin. Cancer Res. 1996 Sep 2 (9):1445-1451(非特許文献3))、STEAP(Hubert, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999 Dec 7; 96(25):14523-14528(非特許文献4))、および前立腺幹細胞抗原(PSCA)(Reiter, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998 95:1735(非特許文献5))が含まれる。

PSA、PSMA、PCTAおよび24P4C12などの以前に同定されているマーカーは、前立腺癌の診断および処置のための努力を促進してきたが、診断および治療のさらなる改善のために、前立腺癌および関連する癌のさらなるマーカーおよび治療標的の同定が必要とされている。2000年に米国において、推定130,200件の結腸直腸癌が、93,800件の結腸癌および36,400件の直腸癌を含めて発生した。

結腸直腸癌は、男性および女性において3番目によく見られる癌である。発症率は1992〜1996年の間に大幅に低下した(年-2.1%)。研究から、これらの低下は、スクリーニングおよびポリープ除去が増加して、ポリープから浸潤癌への進行を防いだことによるものだと示唆されている。2000年には56,300人が死亡したと見積もられ(結腸癌により47,700人、直腸癌により8,600人)、これは、米国での癌死亡の約11%を占めている。

現在、外科手術は、結腸直腸癌および広がっていない癌の最も一般的な治療の形であり、治癒可能なことが多い。化学療法または化学療法+放射線は、腸壁に深い穴が開いている癌またはリンパ節まで広がっている癌のあるほとんどの患者に対して、外科手術の前または後に行われる。永久的結腸造設(身体廃棄物排泄するための腹部開口部の作製)が結腸癌では時として必要であり、直腸癌ではめったに必要とされない。結腸直腸癌の有効な診断法および治療法が依然として必要とされている。

米国における癌の全ての新規症例の中で、膀胱癌は男性において約5%に相当し(5番目に多い新生物)、女性において3%に相当する(8番目に多い新生物)。発症率は、老齢人口が増加すると同時に、ゆっくりと増加している。1998年には、男性39,500件および女性15,000件を含めて推定54,500件の症例が存在した。米国における年齢調整した発症率は、男性について100,000人あたり32件、女性において100,000人あたり8件である。過去の男性/女性比は3:1であったが、これは、女性の喫煙傾向に関連して減少しているかもしれない。1998年に、膀胱癌で推定11,000件(7,800人は男性であり、3,900人は女性である)の死亡が存在した。膀胱癌の発症率および死亡率は年齢に伴って急激に増加し、人口がより高齢化するにつれて高まる問題である。

ほとんどの膀胱癌は膀胱において再発する。膀胱癌は、膀胱の経尿道的切除(TUR)と膀胱内の化学療法もしくは免疫治療との組み合わせによって管理される。膀胱癌の多病性かつ再発性性質はTURの限界を示す。ほとんどの筋肉浸潤癌はTURだけでは治癒しない。根治的膀胱切除および尿路変向は、癌を消滅させる最も有効な手段であるが、排尿機能および性機能否定できない影響を有する。膀胱癌患者に有益な治療法が依然として極めて必要とされ続けている。

2000年に、肺癌および気管支癌の推定164,100件の新規症例が存在し、米国の全ての癌診断の14%に相当する。肺癌および気管支癌の発症率は、男性において、1984年に100,000人あたり86.5件の高さから、1996年に70.0件と大幅に低下している。1990年代に、女性における増加の速度が遅くなり始めた。1996年には、女性における発症率は100,000人あたり42.3件であった。

肺癌および気管支癌は、2000年に推定156,900件の死亡をもたらし、全ての癌死亡の28%に相当する。1992〜1996年の間、肺癌の死亡率は、男性において大幅に低下した(年-1.7%)。一方で、女性の死亡率はなお大幅に増加していた(年0.9%)。1987年から毎年、40年以上にわたって女性の主要な癌死因であった乳癌よりも肺癌によって多くの女性が死亡している。肺癌の発症率および死亡率の減少は、ここ30年間にわたる喫煙率の低下に起因する可能性が最も高い。しかしながら、女性における喫煙傾向の減少は、男性におけるそれよりも大きく劣る。成人煙草使用の低下は鈍化しているが、若年者における煙草使用が再び増加していることが懸念される。

肺癌および気管支癌についての処置選択肢は、癌のタイプおよび段階によって決定され、外科手術、放射線治療、および化学療法が含まれる。多くの限局性癌について、外科手術は、通常、選り抜きの処置である。疾患は、通常、発見された時までに拡散しているので、放射線治療および化学療法は、しばしば外科手術と組み合わされる必要がある。化学療法のみもしくは放射線と組み合わせた化学療法は、小細胞肺癌の選り抜きの処置である。このレジメンにおいて、患者の多くの割合は寛解を経験し、この寛解は場合によっては長く続く。しかし、肺癌および気管支癌に有効な処置および診断アプローチが必要とされ続けている。

推定182,800件の浸潤性乳癌の新規症例が、2000年に米国内の女性の間で発症したと予測された。さらに、約1,400件の乳癌の新規症例が、2000年に男性において診断されたと予測された。女性における乳癌発症率は、1980年代に年約4%増加した後、1990年代には100,000人あたり約110.6件まで低下した。

米国のみで、2000年に、乳癌に起因する推定41,200件の死亡(40,800件は女性、400件は男性)が存在した。乳癌は、女性における癌死亡の間で2番目のランクである。最も最近のデータによれば、死亡率は、白人および黒人の両方で、1992〜1996年の間に大幅に低下しており、若い女性の間で最も大きく低下した。これらの低下は、おそらく早期検出および処置の改善の結果であった。

医学的状況および患者の好みを考慮して、乳癌の処置は、ランペクトミー(腫瘍の局所的除去)および腕下のリンパ節の除去;乳房切除(乳房の外科的除去)および腕下のリンパ節の除去;放射線治療;化学療法;またはホルモン療法を伴うことがある。しばしば、2つまたは以上の方法が併用される。多くの研究から、初期段階の疾患について、ランペクトミー+放射線治療の後の長期生存率は、非定型的乳房切除術の後の生存率と類似することが分かっている。再建技術の顕著な進歩は、乳房切除後の乳房再建についてのいくつかの選択肢を提供する。近年、このような再建は、乳房切除と同時になされている。

十分な量の周囲の正常乳組織を伴う、非浸潤性乳管癌(DCIS)の局所的切除は、DCISの局所的再発を予防することができる。乳房への放射線および/またはタモキシフェンは、残存する乳房組織におけるDCISの発症の確率を下げることができる。DCISが未処置のままである場合、浸潤性乳癌に発達することがあるので、このことは重要である。それにもかかわらず、これらの処置には、深刻な副作用または続発症が存在する。従って、有効な乳癌処置が必要とされている。

推定23,100件の卵巣癌の新規症例が、2000年に米国において存在した。これは、女性間での全ての癌の4%に相当し、婦人科癌の間で2番目のランクである。1992〜1996年の間に、卵巣癌発症率は大幅に低下した。卵巣癌の結果として、2000年に、推定14,000人が死亡した。卵巣癌は、女性生殖系のいかなる他の癌よりも多くの死亡を引き起こす。

外科手術、放射線治療、および化学療法は、卵巣癌の処置の選択肢である。外科手術は、通常、1つもしくは両方の卵巣、ファローピウス管の除去(卵管卵巣摘出)、ならびに子宮の除去(子宮摘出)を含む。いくつかの非常に初期の腫瘍において、特に子供を持つことを望む若い女性においては、関与する卵巣のみを除去する。進行疾患においては、全ての腹内疾患を除去して、化学療法の効果を高める試みが行われる。卵巣癌についての有効な処置選択肢の重要な必要性が、存在し続ける。

2000年に、推定28,300件の新規の膵臓癌の症例が米国において存在した。過去20年間にわたって、膵臓癌の割合は男性において低下している。女性における割合はおよそ一定にとどまっているが、低下し始めているかもしれない。膵臓癌は、2000年に米国内において、推定28,200件の死亡を引き起こした。過去20年にわたって、男性における死亡率はわずかではあるが有意に低下し(年に約-0.9%)、一方、女性の割合はわずかに増加している。

外科手術、放射線治療、および化学療法が膵臓癌についての処置選択肢である。これらの処置選択肢は、多くの患者において生存延ばすことができる、および/または症状を緩和することができるが、ほとんどの場合、治癒しない可能性が高い。癌のさらなる治療および診断の選択肢がかなり必要とされている。これらの選択肢には、抗体、ワクチンおよび低分子の使用が処置法として含まれる。さらにまた、これらの方法を、診断、検出、モニタリングのための研究用ツール、さらに癌の処置および研究の全ての領域における最新技術として使用することも必要とされる。

モノクローナル抗体(mAb)(G. Kohler and C. Milstein, Nature 256:495-497(1975)(非特許文献6))の治療有用性が認識されている。モノクローナル抗体は、現在、移植術、癌、感染性疾患心臓血管疾患および炎症における治療として認められている。異なるアイソタイプは、異なるエフェクター機能を有する。このような機能の相違は、種々の免疫グロブリンアイソタイプの異なる3次元構造に反映される(P. M. Alzari, et al., Annual Rev. Immunol.6:555-580(1988)(非特許文献7))。

マウスは免疫化に便利であり、かつ、ほとんどのヒト抗原を外来物質として認識するので、治療可能性のあるヒト標的に対するmAbは、典型的には、マウス起源である。しかし、マウスmAbにはヒト治療薬として固有の欠点がある。マウスmAbは頻繁な投薬を必要とする。なぜなら、ヒトにおけるmAbの循環半減期ヒト抗体よりも短いからである。より重要なことには、マウス抗体をヒト免疫系に繰り返し投与すると、ヒト免疫系がマウスタンパク質を外来物質として認識することによって応答が引き起こされ、ヒト抗マウス抗体(HAMA)応答が生じる。このようなHAMA応答は、アレルギー反応および系からのマウス抗体の迅速な排出をもたらすことがあり、それによって、マウス抗体による処置を役立たずにしてしまう。このような影響を避けるために、マウス内でヒト免疫系を作り出す試みがなされてきた。

最初の試みは、ヒト配列を有する抗体により抗原に応答可能であるトランスジェニックマウスを作り出すことをねらっていたが(Bruggemann, et al., Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA 86:6709-6713(1989)(非特許文献8)を参照のこと)、入手可能なクローニングビヒクルによって安定的に維持できるDNAの量に限りがあった。酵母人工染色体(YAC)クローニングベクターの使用が、ヒトIg遺伝子座の大きな生殖系列フラグメントトランスジェニック動物内に導入する道を開いた。本質的に、ヒトゲノム中で見出される同じ間隔で配置されるヒトのV領域遺伝子、D領域遺伝子、およびJ領域遺伝子の大部分、ならびにヒト定常領域が、YACを用いてマウス内に導入された。このようなトランスジェニックマウス系統の1つがXenoMouse(登録商標)マウスとして公知であり、Amgen Fremont,Inc.(Fremont CA)から市販されている。

概要

24P4C12タンパク質に結合する抗体およびその抗体に由来する分子、ならびにその変異体が記載され、ここで、24P4C12は、正常な成体組織において組織特異的発現を示し、表Iに列挙した癌において異常に発現される。結果として、24P4C12は、癌の診断標的、予後標的、予防標的および/または治療標的を提供する。24P4C12遺伝子もしくはそのフラグメント、あるいはそのコードされているタンパク質、またはその変異体、またはそのフラグメントは、体液性免疫反応または細胞性免疫反応を誘発するために使用することができる。24P4C12と反応性の抗体またはT細胞は、能動免疫または受動免疫において使用することができる。

目的

再建技術の顕著な進歩は、乳房切除後の乳房再建についてのいくつかの選択肢を提供する

効果

実績

技術文献被引用数
1件
牽制数
0件

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請求項1

24P4C12タンパク質(SEQID NO:)に特異的に結合する抗原結合部位を含む、抗体またはそのフラグメント(SEQ ID NO:)。

請求項2

モノクローナル抗体である、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項3

A.T.C.C.アクセッション番号:が割り当てられている、請求項2記載の抗体またはフラグメント。

請求項4

A.T.C.C.アクセッション番号:が割り当てられている、請求項2記載の抗体またはフラグメント。

請求項5

モノクローナル抗体がヒト化抗体である、請求項2記載の抗体またはフラグメント。

請求項6

フラグメントがFab、F(ab')2、Fv、またはSfvフラグメントである、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項7

完全ヒト抗体である、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項8

抗原結合部位がマウス抗原結合ドメインである、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項9

組換えにより作製された、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項10

組換えタンパク質抗原結合領域を含む、請求項9記載の抗体またはフラグメント。

請求項11

検出可能なマーカー毒素治療剤、または化学療法剤カップリングされている、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項12

検出可能なマーカーが、放射性同位体金属キレート剤酵素蛍光化合物生物発光化合物、または化学発光化合物である、請求項11記載の抗体またはフラグメント。

請求項13

放射性同位体が、212Bi、131I、131In、90Y、186Re、211At、125I、188Re、153Sm、213Bi、32P、またはLuを含む、請求項12記載の抗体またはフラグメント。

請求項14

毒素が、リシン、リシンA鎖、ドキソルビシンダウノルビシンマイタンシノイドタキソール臭化エチジウムマイトマイシンエトポシド、テノポシド、ビンクリスチンビンブラスチンコルヒチンジヒドロキシアントラシンジオン、アクチノマイシンジフテリア毒素シュードモナス属(Pseudomonas)外毒素(PE)A、PE40、アブリン、アブリンA鎖、モデクシンA鎖、αサルシンゲロニンマイトジェリン、レトストクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、キュリシン、クロチンカリケアマイシン、サパオリアオフィシナリス(sapaonaria officinalis)インヒビター糖質コルチコイドアウリスタチン、アウロマイシン、イットリウムビスマスコンブレスタチン、デュオカルマイシンドロスタチン、cc1065、またはシスプラチンを含む、請求項11に記載の抗体またはフラグメント。

請求項15

抗原結合部位が、図2のタンパク質(SEQID NO:)のアミノ酸の中にあるエピトープに特異的に結合する、請求項1記載の抗体またはフラグメント。

請求項16

請求項2記載のモノクローナル抗体を産生する、トランスジェニック動物

請求項17

請求項2記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ

請求項18

請求項2記載の抗体をコードするポリヌクレオチドを含む、ベクター

請求項19

重鎖および軽鎖可変ドメインを含む単鎖である、請求項18記載のベクター。

請求項20

請求項1記載の抗体またはフラグメントをヒト用単位剤形で含む、薬学的組成物

請求項21

生物学的サンプル中の24P4C12タンパク質の存在を検出するためのアッセイであって、以下の工程を含むアッセイ:サンプルと請求項1記載の抗体を接触させる工程、およびサンプル中の24P4C12タンパク質(SEQID NO:)の結合を検出する工程。

請求項22

被験体において、24P4C12(SEQID NO:)を発現する細胞の増殖を阻害する方法であって、以下の工程を含む方法:24P4C12タンパク質(SEQ ID NO:)に特異的に結合するモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメインを含む単鎖モノクローナル抗体をコードするベクターが、単鎖モノクローナル抗体をコードする配列を癌細胞送達し、かつコードされている単鎖抗体が癌細胞内で発現されるように、ベクターを被験体に投与する工程。

請求項23

細胞傷害薬剤または診断剤を、24P4C12タンパク質(SEQID NO:)を発現する細胞に送達する方法であって、以下の工程を含む方法:請求項1記載の抗体またはフラグメントに結合体化された細胞傷害薬剤または診断剤を提供して、抗体薬剤結合体またはフラグメント薬剤結合体を形成する工程;および細胞を抗体薬剤結合体またはフラグメント薬剤結合体に曝露する工程。

請求項24

細胞傷害剤または診断剤が、検出可能なマーカー、毒素、および治療剤からなる群より選択される、請求項23記載の方法。

請求項25

検出可能なマーカーが、放射性同位体、金属キレート剤、酵素、蛍光化合物、生物発光化合物、または化学発光化合物である、請求項24記載の方法。

請求項26

放射性同位体が、212Bi、131I、131In、90Y、186Re、211At、125I、188Re、153Sm、213Bi、32P、またはLuを含む、請求項25記載の方法。

請求項27

毒素が、リシン、リシンA鎖、ドキソルビシン、ダウノルビシン、マイタンシノイド、タキソール、臭化エチジウム、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ジヒドロキシアントラシンジオン、アクチノマイシン、ジフテリア毒素、シュードモナス属外毒素(PE)A、PE40、アブリン、アブリンA鎖、モデクシンA鎖、αサルシン、ゲロニン、マイトジェリン、レトストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、キュリシン、クロチン、カリケアマイシン、サパオナリア・オフィシナリスインヒビター、糖質コルチコイド、アウリスタチン、アウロマイシン、イットリウム、ビスマス、コンブレスタチン、デュオカルマイシン、ドロスタチン、cc1065、またはシスプラチンを含む、請求項24記載の方法。

請求項28

生物学的サンプル中の24P4C12タンパク質(SEQID NO:)を検出する方法であって、以下の工程を含む方法:生物学的サンプルおよびコントロールサンプルを提供する工程;生物学的サンプルおよびコントロールサンプルと、24P4C12タンパク質に特異的に結合する請求項1記載の抗体を接触させる工程;ならびに生物学的サンプルおよびコントロールサンプル中に存在する24P4C12タンパク質および抗体を含む物質複合体の量を求める工程。

請求項29

表Iに列挙した癌を有する、または表Iに列挙した癌を有すると疑われる患者から生物学的サンプルおよびコントロールサンプルを採取する工程をさらに含む、請求項28記載の方法。

請求項30

図2に示したタンパク質をコードする核酸またはその部分配列に対応する24P4C12 siRNA(二本鎖RNA)を含む組成物であって、該部分配列は長さが19、20、21、22、23、24、もしくは25個の連続したRNAヌクレオチドであり、かつmRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的な配列および非相補的な配列を含む、組成物。

請求項31

細胞増殖を調節する分子を同定する方法であって、以下の工程を含む方法、(a)(i)SEQID NO:1のヌクレオチド配列;(ii)図3に示したアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(iii)図3に示したアミノ酸配列と90%またはそれ以上同一のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;および(iv)(i)、(ii)、または(iii)のヌクレオチド配列のフラグメントからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む系に、核酸を含む分子を導入する工程、あるいは(i)、(ii)、(iii)、もしくは(iv)のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程;ならびに(b)該分子とヌクレオチド配列またはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を確かめる工程であって、該分子とヌクレオチド配列またはタンパク質との間の相互作用が存在することによって、細胞増殖を調節する分子として該分子が同定される、工程。

請求項32

系がインビボである、請求項31記載の方法。

請求項33

系がインビトロである、請求項31記載の方法。

請求項34

分子が、(i)、(ii)、(iii)、または(iv)のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、請求項31記載の方法。

請求項35

分子が、図2に示したタンパク質をコードする核酸またはその部分配列に対応する24P4C12 siRNA(二本鎖RNA)を含む組成物であり、該部分配列は長さが19、20、21、22、23、24、もしくは25個の連続したRNAヌクレオチドであり、かつmRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的な配列および非相補的な配列を含む、請求項31記載の方法。

請求項36

請求項31記載の方法によって同定された分子を、癌と診断された被験体に投与する工程を含み、それにより、該分子は被験体において癌を阻害するか、または遅らせる、被験体において癌を処置する方法。

請求項37

癌が、表Iに示した癌のセットである、請求項36記載の方法。

請求項38

表Iに列挙した癌を処置するための治療剤を同定する方法であって、以下の工程を含む方法、(a)(i)SEQID NO:1のヌクレオチド配列;(ii)図3に示したアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(iii)図3に示したアミノ酸配列と90%またはそれ以上同一のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;および(iv)(i)、(ii)、または(iii)のヌクレオチド配列のフラグメントからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、分子を導入する工程、あるいは(i)、(ii)、(iii)、または(iv)のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程;ならびに(b)該分子とヌクレオチド配列またはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を確かめる工程であって、該分子とヌクレオチド配列またはタンパク質との間の相互作用が存在することによって、表Iに列挙した組織の癌を処置するための治療剤として該分子が同定される、工程。

請求項39

系がインビトロである、請求項38記載の方法。

請求項40

系がインビボである、請求項38記載の方法。

請求項41

分子が、(i)、(ii)、(iii)、または(iv)のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、請求項38記載の方法。

請求項42

分子が、図2に示したタンパク質をコードする核酸またはその部分配列に対応する24P4C12 siRNA(二本鎖RNA)を含む組成物であり、該部分配列は長さが19、20、21、22、23、24、もしくは25個の連続したRNAヌクレオチドであり、かつmRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的な配列および非相補的な配列を含む、請求項38記載の方法。

請求項43

請求項38記載の方法によって同定された分子を、癌と診断された被験体に投与する工程を含み、それにより、該分子は被験体において癌を阻害するか、または遅らせる、被験体において癌を処置する方法。

請求項44

癌が、表Iに示した癌のセットである、請求項43記載の方法。

請求項45

有効量の、24P4C12(SEQID NO:)に特異的に結合するモノクローナル抗体(SEQ ID NO:)および放射線の組み合わせにより哺乳動物を処置する工程を含む、哺乳動物において腫瘍増殖を低減させる方法。

請求項46

有効量の、24P4C12(SEQID NO:)に特異的に結合するモノクローナル抗体(SEQ ID NO:)と化学療法剤との組み合わせにより哺乳動物を処置する工程を含む、哺乳動物において腫瘍増殖を低減させる方法。

請求項47

有効量の、24P4C12(SEQID NO:)に特異的に結合するモノクローナル抗体(SEQ ID NO:)と薬物または生物学的に活性な療法との組み合わせにより哺乳動物を処置する工程を含む、哺乳動物において腫瘍増殖を低減させる方法。

請求項48

24P4C12タンパク質(SEQID NO:)低分子パートナーを同定する方法であって、以下の工程を含む方法:(1)1つまたは複数のタイプの化合物のアレイを提供する工程であって、低分子のアレイは24P4C12タンパク質の生物学的機能を活性化または阻害することができる、工程;(2)アレイと、関心対象の1つまたは複数の24P4C12タンパク質(SEQ ID NO:)を接触させる工程;および(3)特定の低分子-24P4C12タンパク質パートナーの相互作用を確かめる工程。

技術分野

0001

関連出願の相互参照
本願は、2007年9月7日に出願された米国特許仮出願第61/190,034号および2007年9月7日に出願された国際特許出願PCT/US2007/077942の恩典を主張する。本願の内容は参照により本明細書に組み入れられる。

0002

連邦政府支援による研究によってなされた発明に対する権利の記載
該当なし

0003

EFS-WEBを介して提出された配列表の記載
本願は、MPEP 1730 II.B.2(a)(A)において認可され、示されているように、USPTO EFS-WEBサーバを介して電子出願されており、この電子出願は、電子的に提出された配列(SEQID)表を含む。この配列表の全内容は、全ての目的のために参照により本明細書に組み入れられる。配列表は、以下のように、電子出願されたテキストファイル上で特定される。

0004

発明の分野
本明細書に記載の本発明は、24P4C12と称されるタンパク質に結合する抗体、ならびにその結合フラグメントおよびそれから操作された分子に関する。本発明はさらに、24P4C12を発現する癌の処置において有用な、診断方法予後方法予防方法および治療方法、ならびに組成物に関する。

背景技術

0005

発明の背景
癌は、冠動脈疾患に次いで第2の主要なヒトの死因である。世界中で、毎年何百万人もの人々が癌で亡くなっている。米国癌学会(American Cancer Society)によって報告されるように、米国内のみで、癌は、年間50万人を超える人々の死亡を引き起こし、1年に120万人を超える新規症例が診断されている。心疾患による死亡が大幅に減少している一方で、癌による死亡は概して増加している。次世紀の早い時期には、癌は第1の死因となることが予測される。

0006

世界的に、幾種かの癌が主要な死因として際立っている。特に、前立腺乳房結腸膵臓卵巣および膀胱癌腫は、主要な癌死因である。これらおよび実質的に全ての他の癌腫は、共通の致死性の特徴を共有する。ほとんど例外なく、癌腫からの転移疾患は致命的である。さらに、原発性癌から初期段階で生き残った癌患者でさえ共通体験として人生が劇的に変化すると示されている。多くの癌患者は、再発もしくは処置の失敗の可能性の認識によって強い不安が駆り立てられる。多くの癌患者は、処置後の身体的衰弱を経験する。さらに、多くの癌患者は再発を経験する。

0007

世界的に、前立腺癌は、男性において4番目に多い癌である。北米および欧において、前立腺癌は、男性における圧倒的に最も一般的な癌であり、男性における第2の癌死因である。米国内のみで、年間30,000人を有に超える男性が、この疾患で死亡する。肺癌に次いで第2位である。これらの数値の大きさにもかかわらず、転移性前立腺癌の有効な処置は未だ存在しない。外科前立腺切除放射線治療ホルモン除去(hormone ablation)治療、外科的去勢および化学療法が主要な処置様式であり続けている。残念なことに、これらの処置は多くは有効でなく、しばしば、望ましくない結果を伴う。

0008

診断の最前線において、初期段階の限局性腫瘍を正確に検出することができる前立腺腫瘍マーカーがないことは、依然として、疾患の診断および管理における深刻な制限である。血清前立腺特異的抗原(PSA)アッセイが非常に有用なツールであるが、しかし、その特異性および一般的有用性は、いくつかの重要な点を欠くと広くみなされている。

0009

さらなる前立腺癌特異的マーカーの同定における進歩は、マウスにおいて疾患の異なった段階を再現可能な前立腺癌異種移植片を作製することによって改善されてきた。LAPC(Los Angeles Prostate Cancer)異種移植片は、重症複合型免疫不全(SCID)マウスにおける継代から生き残った前立腺癌異種移植片であり、アンドロゲン依存からアンドロゲン非依存への移行模倣する能力を示している(Klein, et al., 1997 Nat. Med. 3:402(非特許文献1))。つい最近同定された前立腺癌マーカーには、PCTA-1(Su, et al., 1996 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:7252(非特許文献2))、前立腺特異的膜抗原(PSMA)(Pinto, et al., Clin. Cancer Res. 1996 Sep 2 (9):1445-1451(非特許文献3))、STEAP(Hubert, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999 Dec 7; 96(25):14523-14528(非特許文献4))、および前立腺幹細胞抗原(PSCA)(Reiter, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998 95:1735(非特許文献5))が含まれる。

0010

PSA、PSMA、PCTAおよび24P4C12などの以前に同定されているマーカーは、前立腺癌の診断および処置のための努力を促進してきたが、診断および治療のさらなる改善のために、前立腺癌および関連する癌のさらなるマーカーおよび治療標的の同定が必要とされている。2000年に米国において、推定130,200件の結腸直腸癌が、93,800件の結腸癌および36,400件の直腸癌を含めて発生した。

0011

結腸直腸癌は、男性および女性において3番目によく見られる癌である。発症率は1992〜1996年の間に大幅に低下した(年-2.1%)。研究から、これらの低下は、スクリーニングおよびポリープ除去が増加して、ポリープから浸潤癌への進行を防いだことによるものだと示唆されている。2000年には56,300人が死亡したと見積もられ(結腸癌により47,700人、直腸癌により8,600人)、これは、米国での癌死亡の約11%を占めている。

0012

現在、外科手術は、結腸直腸癌および広がっていない癌の最も一般的な治療の形であり、治癒可能なことが多い。化学療法または化学療法+放射線は、腸壁に深い穴が開いている癌またはリンパ節まで広がっている癌のあるほとんどの患者に対して、外科手術の前または後に行われる。永久的結腸造設(身体廃棄物排泄するための腹部開口部の作製)が結腸癌では時として必要であり、直腸癌ではめったに必要とされない。結腸直腸癌の有効な診断法および治療法が依然として必要とされている。

0013

米国における癌の全ての新規症例の中で、膀胱癌は男性において約5%に相当し(5番目に多い新生物)、女性において3%に相当する(8番目に多い新生物)。発症率は、老齢人口が増加すると同時に、ゆっくりと増加している。1998年には、男性39,500件および女性15,000件を含めて推定54,500件の症例が存在した。米国における年齢調整した発症率は、男性について100,000人あたり32件、女性において100,000人あたり8件である。過去の男性/女性比は3:1であったが、これは、女性の喫煙傾向に関連して減少しているかもしれない。1998年に、膀胱癌で推定11,000件(7,800人は男性であり、3,900人は女性である)の死亡が存在した。膀胱癌の発症率および死亡率は年齢に伴って急激に増加し、人口がより高齢化するにつれて高まる問題である。

0014

ほとんどの膀胱癌は膀胱において再発する。膀胱癌は、膀胱の経尿道的切除(TUR)と膀胱内の化学療法もしくは免疫治療との組み合わせによって管理される。膀胱癌の多病性かつ再発性性質はTURの限界を示す。ほとんどの筋肉浸潤癌はTURだけでは治癒しない。根治的膀胱切除および尿路変向は、癌を消滅させる最も有効な手段であるが、排尿機能および性機能否定できない影響を有する。膀胱癌患者に有益な治療法が依然として極めて必要とされ続けている。

0015

2000年に、肺癌および気管支癌の推定164,100件の新規症例が存在し、米国の全ての癌診断の14%に相当する。肺癌および気管支癌の発症率は、男性において、1984年に100,000人あたり86.5件の高さから、1996年に70.0件と大幅に低下している。1990年代に、女性における増加の速度が遅くなり始めた。1996年には、女性における発症率は100,000人あたり42.3件であった。

0016

肺癌および気管支癌は、2000年に推定156,900件の死亡をもたらし、全ての癌死亡の28%に相当する。1992〜1996年の間、肺癌の死亡率は、男性において大幅に低下した(年-1.7%)。一方で、女性の死亡率はなお大幅に増加していた(年0.9%)。1987年から毎年、40年以上にわたって女性の主要な癌死因であった乳癌よりも肺癌によって多くの女性が死亡している。肺癌の発症率および死亡率の減少は、ここ30年間にわたる喫煙率の低下に起因する可能性が最も高い。しかしながら、女性における喫煙傾向の減少は、男性におけるそれよりも大きく劣る。成人煙草使用の低下は鈍化しているが、若年者における煙草使用が再び増加していることが懸念される。

0017

肺癌および気管支癌についての処置選択肢は、癌のタイプおよび段階によって決定され、外科手術、放射線治療、および化学療法が含まれる。多くの限局性癌について、外科手術は、通常、選り抜きの処置である。疾患は、通常、発見された時までに拡散しているので、放射線治療および化学療法は、しばしば外科手術と組み合わされる必要がある。化学療法のみもしくは放射線と組み合わせた化学療法は、小細胞肺癌の選り抜きの処置である。このレジメンにおいて、患者の多くの割合は寛解を経験し、この寛解は場合によっては長く続く。しかし、肺癌および気管支癌に有効な処置および診断アプローチが必要とされ続けている。

0018

推定182,800件の浸潤性乳癌の新規症例が、2000年に米国内の女性の間で発症したと予測された。さらに、約1,400件の乳癌の新規症例が、2000年に男性において診断されたと予測された。女性における乳癌発症率は、1980年代に年約4%増加した後、1990年代には100,000人あたり約110.6件まで低下した。

0019

米国のみで、2000年に、乳癌に起因する推定41,200件の死亡(40,800件は女性、400件は男性)が存在した。乳癌は、女性における癌死亡の間で2番目のランクである。最も最近のデータによれば、死亡率は、白人および黒人の両方で、1992〜1996年の間に大幅に低下しており、若い女性の間で最も大きく低下した。これらの低下は、おそらく早期検出および処置の改善の結果であった。

0020

医学的状況および患者の好みを考慮して、乳癌の処置は、ランペクトミー(腫瘍の局所的除去)および腕下のリンパ節の除去;乳房切除(乳房の外科的除去)および腕下のリンパ節の除去;放射線治療;化学療法;またはホルモン療法を伴うことがある。しばしば、2つまたは以上の方法が併用される。多くの研究から、初期段階の疾患について、ランペクトミー+放射線治療の後の長期生存率は、非定型的乳房切除術の後の生存率と類似することが分かっている。再建技術の顕著な進歩は、乳房切除後の乳房再建についてのいくつかの選択肢を提供する。近年、このような再建は、乳房切除と同時になされている。

0021

十分な量の周囲の正常乳組織を伴う、非浸潤性乳管癌(DCIS)の局所的切除は、DCISの局所的再発を予防することができる。乳房への放射線および/またはタモキシフェンは、残存する乳房組織におけるDCISの発症の確率を下げることができる。DCISが未処置のままである場合、浸潤性乳癌に発達することがあるので、このことは重要である。それにもかかわらず、これらの処置には、深刻な副作用または続発症が存在する。従って、有効な乳癌処置が必要とされている。

0022

推定23,100件の卵巣癌の新規症例が、2000年に米国において存在した。これは、女性間での全ての癌の4%に相当し、婦人科癌の間で2番目のランクである。1992〜1996年の間に、卵巣癌発症率は大幅に低下した。卵巣癌の結果として、2000年に、推定14,000人が死亡した。卵巣癌は、女性生殖系のいかなる他の癌よりも多くの死亡を引き起こす。

0023

外科手術、放射線治療、および化学療法は、卵巣癌の処置の選択肢である。外科手術は、通常、1つもしくは両方の卵巣、ファローピウス管の除去(卵管卵巣摘出)、ならびに子宮の除去(子宮摘出)を含む。いくつかの非常に初期の腫瘍において、特に子供を持つことを望む若い女性においては、関与する卵巣のみを除去する。進行疾患においては、全ての腹内疾患を除去して、化学療法の効果を高める試みが行われる。卵巣癌についての有効な処置選択肢の重要な必要性が、存在し続ける。

0024

2000年に、推定28,300件の新規の膵臓癌の症例が米国において存在した。過去20年間にわたって、膵臓癌の割合は男性において低下している。女性における割合はおよそ一定にとどまっているが、低下し始めているかもしれない。膵臓癌は、2000年に米国内において、推定28,200件の死亡を引き起こした。過去20年にわたって、男性における死亡率はわずかではあるが有意に低下し(年に約-0.9%)、一方、女性の割合はわずかに増加している。

0025

外科手術、放射線治療、および化学療法が膵臓癌についての処置選択肢である。これらの処置選択肢は、多くの患者において生存延ばすことができる、および/または症状を緩和することができるが、ほとんどの場合、治癒しない可能性が高い。癌のさらなる治療および診断の選択肢がかなり必要とされている。これらの選択肢には、抗体、ワクチンおよび低分子の使用が処置法として含まれる。さらにまた、これらの方法を、診断、検出、モニタリングのための研究用ツール、さらに癌の処置および研究の全ての領域における最新技術として使用することも必要とされる。

0026

モノクローナル抗体(mAb)(G. Kohler and C. Milstein, Nature 256:495-497(1975)(非特許文献6))の治療有用性が認識されている。モノクローナル抗体は、現在、移植術、癌、感染性疾患心臓血管疾患および炎症における治療として認められている。異なるアイソタイプは、異なるエフェクター機能を有する。このような機能の相違は、種々の免疫グロブリンアイソタイプの異なる3次元構造に反映される(P. M. Alzari, et al., Annual Rev. Immunol.6:555-580(1988)(非特許文献7))。

0027

マウスは免疫化に便利であり、かつ、ほとんどのヒト抗原を外来物質として認識するので、治療可能性のあるヒト標的に対するmAbは、典型的には、マウス起源である。しかし、マウスmAbにはヒト治療薬として固有の欠点がある。マウスmAbは頻繁な投薬を必要とする。なぜなら、ヒトにおけるmAbの循環半減期ヒト抗体よりも短いからである。より重要なことには、マウス抗体をヒト免疫系に繰り返し投与すると、ヒト免疫系がマウスタンパク質を外来物質として認識することによって応答が引き起こされ、ヒト抗マウス抗体(HAMA)応答が生じる。このようなHAMA応答は、アレルギー反応および系からのマウス抗体の迅速な排出をもたらすことがあり、それによって、マウス抗体による処置を役立たずにしてしまう。このような影響を避けるために、マウス内でヒト免疫系を作り出す試みがなされてきた。

0028

最初の試みは、ヒト配列を有する抗体により抗原に応答可能であるトランスジェニックマウスを作り出すことをねらっていたが(Bruggemann, et al., Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA 86:6709-6713(1989)(非特許文献8)を参照のこと)、入手可能なクローニングビヒクルによって安定的に維持できるDNAの量に限りがあった。酵母人工染色体(YAC)クローニングベクターの使用が、ヒトIg遺伝子座の大きな生殖系列フラグメントトランスジェニック動物内に導入する道を開いた。本質的に、ヒトゲノム中で見出される同じ間隔で配置されるヒトのV領域遺伝子、D領域遺伝子、およびJ領域遺伝子の大部分、ならびにヒト定常領域が、YACを用いてマウス内に導入された。このようなトランスジェニックマウス系統の1つがXenoMouse(登録商標)マウスとして公知であり、Amgen Fremont,Inc.(Fremont CA)から市販されている。

先行技術

0029

Klein, et al., 1997 Nat. Med. 3:402
Su, et al., 1996 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:7252
Pinto, et al., Clin. Cancer Res. 1996 Sep 2 (9):1445-1451
Hubert, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999 Dec 7; 96(25):14523-14528
Reiter, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998 95:1735
G. Kohler and C. Milstein, Nature 256:495-497(1975)
P. M. Alzari, et al., Annual Rev. Immunol.6:555-580(1988)
Bruggemann, et al., Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA 86:6709-6713(1989)

0030

本発明は、24P4C12タンパク質および24P4C12タンパク質のポリペプチドフラメトに結合する、抗体ならびにその結合フラグメントおよびそれから操作された分子を提供する。本発明は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、マウスおよび他の哺乳動物の抗体、キメラ抗体ヒト化抗体および完全ヒト抗体、ならびに検出可能なマーカーもしくは治療剤で標識された抗体を含む。特定の態様において、図3の全核酸配列がコードされないこと、および/または図2の全アミノ酸配列が調製されないという条件が存在する。特定の態様において、図3の全核酸配列がコードされ、および/または図2のアミノ酸配列が調製され、いずれも、それぞれのヒト単位剤形の中にある。

0031

本発明はさらに、生物学的サンプル中の24P4C12ポリヌクレオチドおよびタンパク質の存在および状態を検出する方法、ならびに24P4C12を発現する細胞を同定する方法を提供する。本発明の一態様は、ある形の増殖調節不全、例えば、癌を有するか、または有すると疑われる組織サンプルまたは血液サンプル中の24P4C12遺伝子産物をモニタリングする方法を提供する。

0032

本発明はさらに、24P4C12を発現する癌、例えば、表Iに列挙した組織の癌を処置するための、免疫原性組成物または治療用組成物および戦略を、24P4C12の転写翻訳プロセシング、または機能を阻害することを目的とする治療ならびに癌ワクチンを含めて提供する。一局面において、本発明は、ヒト被験体において24P4C12を発現する癌を処置するための組成物、およびその組成物を含む方法を提供する。ここで、組成物は、ヒトへの使用に適切な担体、およびヒト単位用量の、24P4C12の産生もしくは機能を阻害する1種類もしくは1種類より多い薬剤を含む。好ましくは、担体はヒト専用の担体である。本発明の別の局面において、薬剤は、24P4C12タンパク質と免疫反応性である部分である。このような部分の非限定的な例には、抗体(例えば、単鎖抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体またはヒト抗体)、その機能的等価物(天然もしくは合成)、およびその組み合わせが含まれるが、これに限定されない。抗体は、診断用部分または治療用部分に結合体化することができる。別の局面において、薬剤は、本明細書に定義されるような低分子である。

図面の簡単な説明

0033

24P4C12変異体1(「24P4C12v.1」または「24P4C12変異体1」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列配列が、図1Aに示される。開始メチオニンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸44〜2671に及ぶ。
24P4C12変異体2(「24P4C12v.2」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Bに示される。開始メチオニンに対するコドンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸44〜2671に及ぶ。
24P4C12変異体3(「24P4C12v.3」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Cに示される。開始メチオニンに対するコドンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸44〜2671に及ぶ。
24P4C12変異体4(「24P4C12v.4」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Dに示される。開始メチオニンに対するコドンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸44〜2671に及ぶ。
24P4C12変異体5(「24P4C12v.5」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Eに示される。開始メチオニンに対するコドンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸44〜2671に及ぶ。
24P4C12変異体6(「24P4C12v.6」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Fに示される。開始メチオニンに対するコドンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸84〜2711に及ぶ。
24P4C12変異体7(「24P4C12v.7」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Gに示される。開始メチオニンに対するコドンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸276〜2801に及ぶ。
24P4C12変異体8(「24P4C12v.8」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Hに示される。開始メチオニンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸6〜2174に及ぶ。
24P4C12変異体9(「24P4C12v.9」とも呼ぶ)のcDNA配列およびアミノ酸配列が、図1Hに示される。開始メチオニンには下線が引いてある。オープンリーディングフレームは、停止コドンを含めて核酸6〜2144に及ぶ。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Aは、Ha5-1(5)1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Bは、Ha5-1(5)1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Cは、Ha5-1(5)2.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Dは、Ha5-1(5)2.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Eは、Ha5-3(1,4)2.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Fは、Ha5-3(1,4)2.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Gは、Ha5-3(1,4)7.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Hは、Ha5-3(1,4)7.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Iは、Ha5-3(3,5)37.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Jは、Ha5-3(3,5)37.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Kは、Ha5-4(2,5)13.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Lは、Ha5-4(2,5)13.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域である。二重下線は、リーダー配列の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Mは、Ha5-4(2,5)34.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Nは、Ha5-4(2,5)34.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図20は、Ha5-7acd4.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Pは、Ha5-7acd4.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Qは、Ha5-7acd20.1.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Rは、Ha5-7acd20.1.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Sは、Ha5-7be31.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Tは、Ha5-7be31.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Uは、Ha5-7acd10.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Vは、Ha5-7acd10.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Wは、Ha5-7acd13.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Xは、Ha5-7acd13.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Yは、Ha5-7acd19.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2Zは、Ha5-7acd19.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AAは、Ha5-7be37.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ABは、Ha5-7be37.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ACは、Ha5-7acd16.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ADは、Ha5-7acd16.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AEは、Ha5-7acd7.1.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AFは、Ha5-7acd7.1.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AGは、Ha5-7be20.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AHは、Ha5-7be20.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AIは、Ha5-7acd5.1.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AJは、Ha5-7acd5.1.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AKは、Ha5-7be34.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ALは、Ha5-7be34.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AMは、Ha5-7acd3.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ANは、Ha5-7acd3.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AOは、Ha5-7acd2.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2APは、Ha5-7acd2.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AQは、Ha5-8ac4.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ARは、Ha5-8ac4.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ASは、Ha5-4(2,5)31.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2ATは、Ha5-4(2,5)31.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AUは、Ha5-11a1.1.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AVは、Ha5-11a1.1.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。二重下線は、リーダー配列である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AWは、Ha5-11b1.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AXは、Ha5-11b1.1 VLのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。図2AYは、Ha5-7be7.1 VHのcDNA配列およびアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Aは、Ha5-1(5)1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Bは、Ha5-1(5)1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Cは、Ha5-1(5)2.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Dは、Ha5-1(5)2.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Eは、Ha5-3(1,4)2.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Fは、Ha5-3(1,4)2.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Gは、Ha5-3(1,4)7.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Hは、Ha5-3(1,4)7.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Iは、Ha5-3(3,5)37.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Jは、Ha5-3(3,5)37.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Kは、Ha5-4(2,5)13.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Lは、Ha5-4(2,5)13.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Mは、Ha5-4(2,5)34.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Nは、Ha5-4(2,5)34.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Oは、Ha5-7acd4.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Pは、Ha5-7acd4.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Qは、Ha5-7acd20.1.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Rは、Ha5-7acd20.1.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Sは、Ha5-7be31.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Tは、Ha5-7be31.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Uは、Ha5-7acd10.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Vは、Ha5-7acd10.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Wは、Ha5-7acd13.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Xは、Ha5-7acd13.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Yは、Ha5-7acd19.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3Zは、Ha5-7acd19.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AAは、Ha5-7be37.1 VHのアミノ酸配列である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ABは、Ha5-7be37.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ACは、Ha5-7acd16.1 VHのアミノ酸配列である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ADは、Ha5-7acd16.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AEは、Ha5-7acd7.1.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AFは、Ha5-7acd7.1.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AGは、Ha5-7be20.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AHは、Ha5-7be20.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AIは、Ha5-7acd5.1.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AJは、Ha5-7acd5.1.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AKは、Ha5-7be34.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ALは、Ha5-7be34.1 VLのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AMは、Ha5-7acd3.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ANは、Ha5-7acd3.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AOは、Ha5-7acd2.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3APは、Ha5-7acd2.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AQは、Ha5-8ac4.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ARは、Ha5-8ac4.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ASは、Ha5-4(2,5)31.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3ATは、Ha5-4(2,5)31.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AUは、Ha5-11a1.1.1 VHのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AVは、Ha5-11a1.1.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AWは、Ha5-11b1.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、重鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AXは、Ha5-11b1.1 VLのアミノ酸配列である。二重下線は、リーダー配列の部分である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体のアミノ酸配列。図3AYは、Ha5-7be7.1 VHのアミノ酸配列である。下線は、軽鎖定常領域の一部である。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Aは、Ha5-1(5)1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Bは、Ha5-1(5)1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Cは、Ha5-1(5)2.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Dは、Ha5-1(5)2.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Eは、Ha5-3(1,4)2.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Fは、Ha5-3(1,4)2.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Gは、Ha5-3(1,4)7.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Hは、Ha5-3(1,4)7.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Iは、Ha5-3(3,5)37.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Jは、Ha5-3(3,5)37.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Kは、Ha5-4(2,5)13.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Lは、Ha5-4(2,5)13.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Mは、Ha5-4(2,5)34.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Nは、Ha5-4(2,5)34.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Oは、Ha5-7acd4.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Pは、Ha5-7acd4.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Qは、Ha5-7acd20.1.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Rは、Ha5-7acd20.1.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Sは、Ha5-7be31.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Tは、Ha5-7be31.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Uは、Ha5-7acd10.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Vは、Ha5-7acd10.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Wは、Ha5-7acd13.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Xは、Ha5-7acd13.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Yは、Ha5-7acd19.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Zは、Ha5-7acd19.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4Aは、Ha5-7be37.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ABは、Ha5-7be37.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ACは、Ha5-7acd16.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ADは、Ha5-7acd16.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AEは、Ha5-7acd7.1.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AFは、Ha5-7acd7.1.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AGは、Ha5-7be20.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AHは、Ha5-7be20.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AIは、Ha5-7acd5.1.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AJは、Ha5-7acd5.1.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AKは、Ha5-7be34.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ALは、Ha5-7be34.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AMは、Ha5-7acd3.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ANは、Ha5-7acd3.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AOは、Ha5-7acd2.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4APは、Ha5-7acd2.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AQは、Ha5-8acd4.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ARは、Ha5-8acd4.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ASは、Ha5-4(2,5)31.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4ATは、Ha5-4(2,5)31.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AUは、Ha5-11a1.1.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AVは、Ha5-11a1.1.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AWは、Ha5-11b1.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AXは、Ha5-11b1.1 VLとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
24P4C12抗体とヒトIg生殖系列とのアラインメント。図4AYは、Ha5-7be7.1 VHとヒトIg生殖系列とのアラインメントである。
正常組織および患者標本における24P4C12の発現分析。図5Aは、卵巣癌患者標本における24P4C12の発現である。
正常組織および患者標本における24P4C12の発現分析。図5Bは、乳癌患者標本における24P4C12の発現である。
正常組織および患者標本における24P4C12の発現分析。図5Cは、膵臓癌患者標本における24P4C12の発現である。
24P4C12 MAbを用いた複数の癌細胞株モデル表面染色。図6A、6B、6C。複数の癌適応症に相当する、PC3-24P4C12、LNCaP、22RV1、OVCaR-5、HT29、Calu-1、CF-PAC癌細胞株(約100万個の細胞)を、10ug/mlの指示された24P4C12 MAbと4℃で一晩インキュベートした。洗浄後に、細胞を抗ヒトIgG二次Ab-PE結合体とインキュベートし、洗浄し、固定し、FACS分析に供した。24P4C12 MAbとインキュベートした細胞の染色プロフィールヒストグラム(白抜きの緑色線ヒストグラム)を、無関係のコントロールMAbとインキュベートした細胞の染色プロフィール(塗りつぶした紫色線ヒストグラム)と重ね合わせて示した。コントロールと比較して、24P4C12 MAbヒストグラムの蛍光強度が高いのは、MAbと細胞表面上に存在する24P4C12タンパク質が特異的に結合したことを示している。これらのデータは、24P4C12タンパク質が、前立腺癌、卵巣癌、結腸癌、肺癌、および膵臓癌適応症に由来する細胞株において発現し、MAbによって特異的に認識されることを示している。
24P4C12タンパク質配列カニクイザルオルソログとのアラインメント。ヒト24P4C12タンパク質とカニクイザル配列とのアミノ酸アラインメントを示した。98.6%の同一性がある。種間でのアミノ酸の違いは白色(非保存的)および緑色(保存的)で強調した。下線は細胞外配列である。
24P4C12 MAbと、Rat1細胞において発現させた24P4C12タンパク質カニクイザルオルソログとの表面結合。Rat1細胞には、24P4C12カニクイザルオルソログをコードするレトロウイルスを安定に形質導入した。これらの細胞を10ug/mlの指示されたMAbで4℃で2時間染色した。細胞を洗浄し、次いで、PE-結合体化抗ヒトIgG二次Abとインキュベートし、洗浄し、固定し、FACS分析に供した。24P4C12 MAbとインキュベートしたRat1-カニクイザル24P4C12細胞の染色プロフィールのヒストグラム(白抜きの緑色線ヒストグラム)を、コントロールneo細胞と重ね合わせて示した。コントロールneo細胞と比較して、Rat1-カニクイザル24P4C12細胞ヒストグラムの蛍光強度が高いのは、MAbと細胞表面上に存在するカニクイザル24P4C12タンパク質が特異的に結合したことを示している。
24P4C12 MAbは、二次Ab-サポリン毒素結合体を介してPC3-24P4C12細胞の死滅を媒介する。24P4C12抗体は、PC3-24P4C12細胞におけるサポリン依存性死滅を媒介する。1日目に、PC3-24P4C12細胞またはPC3-Neo細胞(500細胞/well)を96ウェルプレート播種した。翌日、指示された2X濃度の一次抗体と、サポリン毒素(Advanced Targeting Systems, San Diego, CA)と結合体化した2倍過剰の抗ヒト(Hu-Sap)または抗ヤギ(Gt-Sap)ポリクローナル抗体を含有する等量の培地を、各ウェルに添加した。細胞を37℃で5日間インキュベートした。インキュベーション期間の終了時に、Alamar Blueを各ウェルに添加し、インキュベーションをさらに4時間続けた。プレートリーダーにおいて、530nmの励起波長および590nmの発光波長を用いて、各ウェルの蛍光を確かめた。結果から、24P4C12抗体HA5-1(5)1.1、HA5-1(5)2.1およびHA5-acd16.1は、24P4C12を発現するPC3細胞ではサポリン依存性細胞傷害性を媒介したが、Neo遺伝子だけしか感染していないPC3細胞ではサポリン依存性細胞傷害性を媒介しなかったことが分かる。特異性をさらに証明するために、同じ24P4C12一次抗体を、2倍過剰のサポリン結合体化ヤギポリクローナル抗体とインキュベートした。これらの結果は、適切な抗24P4C12 MAbを用いて、薬物または細胞傷害性タンパク質を 24P4C12発現細胞に選択的に送達できることを示している。
24P4C12の膜トポロジーおよびアミノ酸配列。24P4C12の膜トポロジーおよびアミノ酸配列を示した。24P4C12タンパク質およびその変異体は、10個の膜貫通ドメインと5個の細胞外ループからなる推定トポロジーを示す。最初の細胞外ループが最も大きい。潜在的なアスパラギン結合型細胞外グリコシル化部位を紫色で示し、ジスルフィド結合に関与し得る潜在的な細胞外システイン残基を緑色で示した。膜貫通ドメインにある荷電アミノ酸も示した。塩基性アミノ酸であるアルギニン(N)、ヒスチジン(H)、およびリジン(K)を青色で示し、酸性残基グルタミン酸(E)を赤色で示した。どちらのタンパク質の膜貫通ドメインにも酸性アスパラギン酸((D)は存在しなかった。
CTL1の膜トポロジーおよびアミノ酸配列。CTL1は、Na+非依存的コリン輸送することが報告されているが、CTL1と比較して24P4C12の膜貫通トポロジーならびに前記の荷電アミノ酸の存在および間隔が異なるために、たぶん、24P4C12は、コリン以外の高分子またはイオンの輸送を媒介するだろう。
高い細胞外K+濃度は、MDCK-24P4C12細胞において、細胞内pHの低下を示すCMFDA蛍光の減少を媒介する。図12A:極性を有するコンフルエントなMDCK-24P4C12(四角)およびコントロールMDCK-neo細胞に、pH感受性蛍光色素である二酢酸5-クロロメチルフルオレセイン(CMFDA)を37℃で1時間添加した。CMFDA蛍光は、H+濃度が増加する(pHが低下する)と共に減少する。洗浄後、細胞を、標準Krebs-hepes緩衝液(130mM NaCl、4.7mM KCl、1.2mM MgSO4、1.2mM KH2PO4、11.7mM D-グルコース、1.3mM CaCl2、10mMHEPES、pH7.4、黒色三角および四角)またはNaCl濃度とKCl濃度交換した高K+Krebs-hepes緩衝液(130mM KClおよび4.7mM NaCl、赤色の三角および四角)の中でインキュベートした。次いで、蛍光を蛍光プレートリーダーにおいて、485nmの励起波長および530nmの発光波長を用いて測定した。20秒間隔で読み取りを行った。図12B:最初に、極性を有するコンフルエントなMDCK-24P4C12(赤色の三角)およびMDCK-neo細胞(黒色の四角)を標準Krebs-hepes緩衝液とインキュベートし、次いで、細胞外K+を100mMまで上げるために、濃いKCl(1M)を添加した(矢印)。
プロピオン酸Na+による培地の酸性化は、MDCK-24P4C12細胞において、細胞内pHの低下を示すCMFDA蛍光の減少を媒介する。極性を有するコンフルエントなMDCK-24P4C12およびneo細胞を、図12に記載のようにCMFDAで標識し、標準Krebs-hepes緩衝液の中に入れた。ベースライン蛍光を得、次いで、細胞外培地を酸性化するために、100uMプロピオン酸ナトリウムを、指示された時間(矢印)に細胞に添加した。次いで、蛍光をモニタリングし続けた。MDCK-24P4C12細胞(赤色の三角)は、細胞内pHの低下を示す、蛍光の著しい減少を示したが、neo細胞(黒色の四角)は示さなかった。
24P4C12 Mabによるキャッピングおよび内部移行。MAb Ha5-7acd19、Ha5-7be37、およびHa5-3(1,4)7を、製造業者説明書(Invitrogen, Carlsbad CA)に従って、Alexa Fluor 488蛍光色素で標識した。PC3-24P4C12細胞を標識MAbと4℃で2時間インキュベートした。洗浄後、細胞を4℃に保つか、37℃に2時間移した。次いで、細胞を固定し、蛍光顕微鏡で調べた。MAbとインキュベートし、4℃に保った細胞の蛍光写真を、図14Aに示した。これは、24P4C12タンパク質の細胞表面染色を示している。図14Bは、MAbで染色し、次いで、37℃で2時間インキュベートした細胞の蛍光写真を示す。これらの細胞は、リング状の細胞表面染色および明るい点の外観消失を示しており、点状の蛍光は、24P4C12タンパク質のMAbを介したキャッピングおよび内部移行を示している。
図15A〜B。膵臓癌患者標本および卵巣癌患者標本における免疫組織化学による24P4C12タンパク質の検出。組織を膵臓癌患者および卵巣癌患者から入手した。結果から、24P4C12は癌患者組織の腫瘍細胞において発現していることが分かった。

実施例

0034

発明の詳細な説明
節の概要
I.)定義
II.)24P4C12ポリヌクレオチド
II.A.)24P4C12ポリヌクレオチドの使用
II.A.1.)遺伝子異常のモニタリング
II.A.2.)アンチセンス態様
II.A.3.)プライマーおよびプライマー対
II.A.4.)24P4C12コード核酸分子の単離
II.A.5.)組換え核酸分子および宿主-ベクター系
III.)24P4C12関連タンパク質
III.A.)モチーフを有するタンパク質の態様
III.B.)24P4C12関連タンパク質の発現
III.C.)24P4C12関連タンパク質の改変
III.D.)24P4C12関連タンパク質の用途
IV.)24P4C12抗体
V.)24P4C12細胞性免疫応答
VI.)24P4C12トランスジェニック動物
VII.)24P4C12の検出のための方法
VIII.)24P4C12関連遺伝子およびこれらの産物の状態をモニタリングする方法
IX.)24P4C12と相互作用する分子の同定
X.)治療法および組成物
X.A.)抗癌ワクチン
X.B.)抗体ベースの療法の標的としての24P4C12
X.C.)細胞性免疫応答のための標的としての24P4C12
X.C.1.ミニ遺伝子ワクチン
X.C.2. CTLペプチドヘルパーペプチドとの組み合わせ
X.C.3. CTLペプチドとT細胞抗原刺激剤との組み合わせ
X.C.4. CTLペプチドおよび/またはHTLペプチドが間欠投与(pulse)されたDCを含むワクチン組成物
X.D.)養子免疫療法
X.E.)治療目的または予防目的でのワクチン投与
XI.)24P4C12の診断態様および予後態様
XII.)24P4C12タンパク質機能の阻害
XII.A)細胞内抗体による24P4C12の阻害
XII.B)組み換えタンパク質による24P4C12の阻害
XII.C)24P4C12の転写または翻訳の阻害
XII.D)治療戦略のための一般的な考慮事項
XIII.)24P4C12のモジュレーターの同定、特徴付け、および使用
XIV.)RNAiおよび低分子干渉RNA(siRNA)の治療的使用
XV.)キット/製造物品

0035

I.)定義
特別の定義のない限り、本明細書において使用される全ての技術用語記号、および他の科学用語もしくは専門用語は、本発明の属する当業者によって一般に理解される意味を有することが意図される。場合によっては、一般に理解される意味を有する用語が、明確さのため、および/またはすぐに参照するために本明細書において定義される。本明細書においてこのような定義を含めることは、当技術分野において一般に理解されるとの実質的な差異を示すと解釈しなければならないとは限らない。本明細書において記載または参照される技術および手順のうちの多くは、当業者によって十分に理解され、当業者によって従来の方法論、例えば、Sambrook, et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 2nd.edition(1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Yに記載される広く使用されている分子クローニング方法論を使用して一般的に使用される。適宜、一般的には、市販のキットおよび試薬の使用を含む手順が、特別の記載のない限りは製造業者が規定したプロトコールおよび/またはパラメーターに従って実行される。

0036

進行型癌」、「局所進行型癌」、「進行型疾患」および「局所進行型疾患」という用語は、関連する組織被膜を突き破って拡大した癌を意味し、この用語は、米泌尿器学会(American Urological Association (AUA))のシステムステージCの疾患、Whitmore-JewettのシステムでステージC1〜C2の疾患、およびTNM(腫瘍、結節、転移)システムでステージT3〜T4およびN+の疾患を含むと意図される。一般的に、局所進行型疾患を有する患者に対して、手術は勧められない。これらの患者は、臨床的限局化した(器官限定的な)癌を有する患者と比較して、実質的に好ましくない結果を有する。

0037

ネイティブグリコシル化パターンの変化」とは、ネイティブ配列の24P4C12において見出される1つまたはそれ以上の糖質部分を(基礎となるグリコシル化部位を除去すること、または化学的手段および/もしくは酵素的手段によってグリコシル化欠失させることのいずれかによって)欠失させること、ならびに/あるいは、そのネイティブ配列の24P4C12中には存在しない1つまたはそれ以上のグリコシル化部位を付加することを意味することが本明細書における目的のために意図される。さらに、前記のは、ネイティブタンパク質のグリコシル化の質的変化を、存在する種々の糖質部分の性質および比率の変化を含めて含む。

0038

アナログ」という用語は、別の分子(例えば、24P4C12関連タンパク質)と構造的に類似する、または類似もしくは対応する属性を共有する、分子を指す。例えば、24P4C12タンパク質のアナログは、24P4C12に特異的に結合する抗体もしくはT細胞に特異的に結合することができる。

0039

「抗体」という用語は、特別の明確な定めがない限りは、その最も広い意味で使用される。従って、「抗体」は天然のものでもよく、従来のハイブリドーマ技術によって生成されたモノクローナル抗体など人工生成されてもよい。抗24P4C12抗体は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、ならびにこれらの抗体の抗原結合ドメインおよび/または1つまたはそれ以上の相補性決定領域を含むフラグメントを含む。本明細書において使用される「抗体」という用語は、24P4C12に特異的に結合し、かつ/または望ましい生物学的活性を示す、任意の形態の抗体もしくはそのフラグメントを指す。「抗体」という用語は、具体的には、モノクローナル抗体(全長モノクローナル抗体を含む)、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、および抗体フラグメントを、それらが24P4C12に特異的に結合し、かつ/または望ましい生物学的活性を示す限り含む。本明細書において提供される方法および組成物において、任意の特異的抗体を使用することができる。従って、一態様において、「抗体」という用語は、組み合わされると標的抗原特異的結合部位を形成する、軽鎖免疫グロブリン分子由来の少なくとも1つの可変領域と、重鎖分子由来の少なくとも1つの可変領域とを含む分子を含む。一態様において、抗体は、IgG抗体である。例えば、抗体は、IgG1抗体、IgG2抗体、IgG3抗体、またはIgG4抗体である。本方法および組成物において有用な抗体は、細胞培養物ファージ、またはウシウサギ、ヤギ、マウス、ラットハムスターモルモットヒツジイヌネコサルチンパンジー類人猿が含まれるが、これに限定されない種々の動物において作製することができる。従って、一態様において、本発明の抗体は、哺乳動物抗体である。ファージ技術を用いて、最初の抗体を単離するすることができ、または特異性特徴が変化したもしくはアビディティ特徴が変化した変異体を生成することができる。このような技術は日常的であり、当技術分野で周知である。一態様において、抗体は、当技術分野で公知である組換え手段によって生成される。例えば、組換え抗体は、宿主細胞を、その抗体をコードするDNA配列を含むベクタートランスフェクトすることによって生成することができる。少なくとも1つのVL領域および1つのVH領域を発現するDNA配列を宿主細胞においてトランスフェクトするために、1つまたはそれ以上のベクターを使用することができる。抗体作製および抗体生成するための組換え手段の例示的記載には、Delves,ANTIBODY PRODUCTION:ESSENTIAL TECHNIQUES(Wiley,1997);Shephard, et al.,MONOCLONALANTIBODIES(Oxford University Press,2000);Goding,MONOCLONAL ANTIBODIES:PRINCIPLES AND PRACTICE(Academic Press,1993);CURRENT PROTOCOLS INIMMUNOLOGY(John Wiley & Sons,最新版)が含まれる。本発明の抗体は、望ましい機能の媒介における抗体の効力をさらに高めるように組換え手段によって改変することができる。従って、組換え手段を使用して置換によって抗体を改変できることは本発明の範囲内にある。典型的には、置換は保存的置換である。例えば、抗体の定常領域中の少なくとも1つのアミノ酸を、異なる残基で置換することができる。例えば、米国特許第5,624,821号、米国特許第6,194,551号、出願番号WO9958572;およびAngal, et al.,Mol.Immunol.30:105-08(1993)を参照のこと。アミノ酸における改変には、アミノ酸の欠失、付加、および置換が含まれる。場合によっては、このような変化は、望ましくない活性、例えば、補体依存性細胞傷害性を低減するためになされる。頻繁に、抗体は、検出可能なシグナルを提供する物質共有結合または非共有結合のいずれかで結合することによって標識される。多種多様な標識および結合体化技術が公知であり、科学文献および特許文献の両方において広範に報告されている。これらの抗体は、正常な24P4C12または欠損型24P4C12に対する結合についてスクリーニングすることができる。例えば、ANTIBODY ENGINEERING:A PRACTICALAPPROACH(Oxford University Press,1996)を参照のこと。望ましい生物学的活性を有する適切な抗体は、以下のインビトロアッセイ、増殖、遊走接着軟寒天増殖、脈管形成細胞間連絡アポトーシス、輸送、シグナル伝達が含まれるが、これに限定されない、および以下のインビボアッセイ、例えば、腫瘍増殖の阻害において同定することができる。本明細書において提供される抗体はまた診断用途においても有用であり得る。捕捉抗体または非中和抗体として、これらの抗体は、特定の抗原に、その抗原の受容体結合も生物学的活性も阻害することなく結合する能力について、スクリーニングすることができる。中和抗体として、抗体は、競合結合アッセイにおいて有用であり得る。これらの抗体はまた、24P4C12またはその受容体を定量するために使用することができる。

0040

本明細書で使用する抗体の「抗原結合部分」または「抗体フラグメント」(または単に「抗体部分」)という用語は、抗原に特異的に結合する能力を保持する24P4C12抗体の1つまたは複数のフラグメントを意味する(例えば、24P4C12および変異体;図1)。抗体の抗原結合機能完全長抗体のフラグメントによって働くことが示されている。抗体の「抗原結合部分」という用語の中に含まれる結合フラグメントの例には、(i)Fabフラグメント、VL、V.H、CLおよびCH1ドメインからなる一価フラグメント;(ii)F(ab')2フラグメント、2つのFabフラグメントがジスルフィド架橋によってヒンジ領域で連結されている二価フラグメント;(iii)VHおよびCH1ドメインからなるFdフラグメント;(iv)抗体の1本のアームのVLおよびVHドメインからなるFvフラグメント、(v)VHドメインからなるdAbフラグメント(Ward, et al., (1989) Nature 341:544-546);ならびに(vi)単離された相補性決定領域(CDR)が含まれる。さらに、Fvフラグメントの2つのドメインであるVLおよびVHは別々の遺伝子によってコードされているが、組換え法を用いると、一価分子(単鎖Fv(scFv)として知られる; 例えば、Bird, et al., (1988) Science 242:423-426;およびHuston, et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883)を参照のこと)を形成するように、VL領域およびVH領域が対となった1本のタンパク質鎖として作製されるのを可能にする合成リンカーによって接続することができる。このような単鎖抗体もまた、抗体の「抗原結合部分」という用語の中に含まれることが意図される。これらの抗体フラグメントは、当業者に公知の従来の技法を用いて得られ、フラグメントは、インタクトな抗体と同様に有用性についてスクリーニングされる。

0041

本明細書において使用される場合、「抗原」の任意の形態が、24P4C12に特異的な抗体を作製するために使用することができる。従って、惹起抗原は、1つのエピトープであってもよく、複数のエピトープであってもよく、またはタンパク質全体であってもよく、これらは単独であっても、当技術分野で公知の1つまたはそれ以上の免疫原性増強薬剤と組み合わせてもよい。惹起抗原は、単離された全長タンパク質であっても、細胞表面タンパク質(例えば、その抗原の少なくとも一部でトランスフェクトされた細胞で免疫する)であってもよく、可溶性タンパク質(例えば、そのタンパク質の細胞外ドメイン部分のみで免疫する)であってもよい。抗原は、遺伝子組換え細胞において生成することができる。抗原をコードするDNAは、ゲノムDNAであっても、非ゲノムDNA(例えば、cDNA)であってもよく、細胞外ドメインの少なくとも一部をコードする。本明細書において使用される場合、「部分」という用語は、適宜、関心対象の抗原の免疫原性エピトープを構成する最小限の数のアミノ酸または核酸を指す。関心対象の細胞の形質転換のために適切な任意の遺伝子ベクターを使用することができる。遺伝子ベクターには、アデノウイルスベクタープラスミド、および非ウイルスベクター、例えば、カチオン性脂質が含まれるが、これに限定されない。一態様において、本明細書における方法および組成物の抗体は、関心対象の24P4C12の細胞外ドメインの少なくとも一部に特異的に結合する。

0042

本明細書において提供される、抗体またはその抗原結合フラグメントは、「生物活性薬剤」に結合体化することができる。本明細書において使用される場合、「生物活性薬剤」という用語は、抗原に結合し、かつ/または細胞死滅毒素を増強するために望ましい生物学的効果を増強もしくは媒介する、任意の合成化合物または天然化合物を指す。

0043

一態様において、本発明において有用な結合フラグメントは、生物学的に活性なフラグメントである。本明細書において使用される場合、「生物学的に活性な」という用語は、望ましい抗原性エピトープに結合可能であり、かつ生物学的効果を直接的もしくは間接的に発揮可能である、抗体もしくは抗体フラグメントを指す。直接的効果には、増殖シグナルの調節、刺激、および/もしくは阻害;抗アポトーシスシグナルの調節、刺激、および/もしくは阻害;アポトーシスシグナルもしくは壊死シグナルの調節、刺激、および/もしくは阻害;ADCCカスケードの調節、刺激、および/もしくは阻害;ならびにCDCカスケードの調節、刺激、および/もしくは阻害が含まれるが、これに限定されない。

0044

二重特異性」抗体もまた本方法および組成物において有用である。本明細書において使用される場合、「二重特異性抗体」という用語は、少なくとも2つの異なる抗原性エピトープに対する結合特異性を有する抗体、典型的には、モノクローナル抗体を指す。一態様において、エピトープは同じ抗原に由来する。別の態様において、エピトープは、2つの異なる抗原に由来する。二重特異性抗体を生成する方法は当技術分野で公知である。例えば、二重特異性抗体は、2つの免疫グロブリン重鎖/軽鎖対の同時発現を使用して組換え生成することができる。例えば、Milstein, et al.,Nature 305:537-39(1983)を参照のこと。または、二重特異性抗体は、化学的結合を使用して調製することができる。例えば、Brennan, et al.,Science 229:81(1985)を参照のこと。二重特異性抗体は、二重特異性抗体フラグメントを含む。例えば、Hollinger, et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:6444-48(1993),Gruber, et al.,J.Immunol.152:5368(1994)を参照のこと。

0045

本明細書におけるモノクローナル抗体は、具体的には、重鎖および/または軽鎖の一部が、特定の種に由来する抗体または特定の抗体クラスもしくは抗体サブクラスに属する抗体中の対応配列と同一または相同であるが、その鎖の残りが、別の種に由来する抗体または別の抗体クラスもしくは抗体サブクラスに属する抗体中の対応配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびにこのような抗体のフラグメントを、それらが標的抗原に特異的に結合し、かつ/または望ましい生物学的活性を示す限り含む。(米国特許第4,816,567号;およびMorrison, et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。

0046

化学療法剤」という用語は、腫瘍増殖の阻害において有効な全ての化合物を指す。化学療法剤の非限定的例には、アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタードエチレンイミン化合物、およびアルキルスルホネート代謝拮抗物質、例えば、葉酸プリンアンタゴニストもしくはピリミジンアンタゴニスト;有糸分裂インヒビター、例えば、ビンカアルカロイド、およびポドフィロトキシン誘導体細胞傷害性抗生物質、DNA発現を損なう、または阻害する化合物、ならびに増殖因子受容体アンタゴニストが含まれる。さらに、化学療法剤には、細胞傷害剤(本明細書に定義のもの)、抗体、生物学的分子および低分子が含まれる。

0047

コドン最適化配列」という用語は、使用頻度が約20%未満である任意のコドンを置換することによって、特定の宿主種に対して最適化されたヌクレオチド配列を指す。ポリアデニル化配列の除去、エキソン/イントロンスプライシングシグナルの除去、トランスポゾン様反復の除去、および/またはGC含量の最適化を、コドン最適化に加えて行うことによって所定の宿主種における発現が最適化されているヌクレオチド配列は、本明細書において「発現増強配列」という。

0048

コンビナトリアルライブラリー」とは、多数の化学的「基本単位」、例えば、試薬を組み合わせることによって、化学合成または生物学的合成によって生成された多様な化合物の収集物である。例えば、直線状コンビナトリアル化合物ライブラリー、例えば、ポリペプチド(例えば、ムテイン)ライブラリーは、アミノ酸と呼ばれる一組の化学的基本単位を、所定の化合物の長さ(すなわち、ポリペプチド化合物中のアミノ酸の数)についての可能なあらゆる様式で組み合わせることによって形成される。多数の化合物が、化学的基本単位のこのようなコンビナトリアル混合を介して合成される(Gallop, et al.,J.Med.Chem.37(9):1233-1251(1994))。

0049

コンビナトリアルライブラリーの調製およびスクリーニングは、当業者にとって周知である。このようなコンビナトリアル化合物ライブラリーには、ペプチドライブラリー(例えば、米国特許第5,010,175号,Furka,Pept.Prot.Res.37:487-493(1991),Houghton, et al.,Nature,354:84-88(1991))、ペプトイドライブラリー(PCT公開番号WO91/19735)、コードペプチドライブラリー(PCT公開番号WO93/20242)、ランダムバイオオリゴマーライブラリー(PCT公開番号WO92/00091)、ベンゾジアゼピンライブラリー(米国特許第5,288,514号)、ダイバーソーマー(diversomer)、例えば、ヒダントイン、ベンゾジアゼピン、およびジペプチドライブラリー(Hobbs, et al.,Proc.Nat.Acad.Sci.USA 90:6909-6913(1993))、ビニロガス(vinylogous)ポリペプチドライブラリー(Hagihara, et al.,J.Amer.Chem.Soc.114:6568(1992))、β-D-グルコース骨格を有する非ペプチド性ペプチド模倣物ライブラリー(Hirschmann, et al.,J.Amer.Chem.Soc.114:9217-9218(1992))、低分子化合物ライブラリーの類似有機合成ライブラリー(Chen, et al.,J.Amer.Chem.Soc.116:2661(1994))、オリゴカルバメートライブラリー(Cho, et al.,Science 261:1303(1993))、ならびに/またはペプチジルホスホネートライブラリー(Campbell, et al.,J.Org.Chem.59:658(1994))、一般的には、Gordon, et al.,J.Med.Chem.37:1385(1994)を参照のこと;核酸ライブラリー(例えば、Stratagene,Corp.を参照のこと);ペプチド核酸ライブラリー(例えば、米国特許第5,539,083号を参照のこと);抗体ライブラリー(例えば、Vaughn, et al.,Nature Biotechnology 14(3):309-314(1996)およびPCT/US96/10287を参照のこと);糖質ライブラリー(例えば、Liang, et al.,Science 274:1520-1522(1996)、および米国特許第5,593,853号を参照のこと);ならびに有機低分子ライブラリー(例えば、ベンゾジアゼピン,Baum,C & EN, Jan 18, page 33(1993);イソプレノイド、米国特許第5,569,588号;チアゾリジノンおよびメタチアザノン、米国特許第5,549,974号;ピロリジン,米国特許第5,525,735号および米国特許第5,519,134号;モルホリノ化合物,米国特許第5,506,337号;ベンゾジアゼピン,米国特許第5,288,514号;などを参照のこと)が含まれるが、これに限定されない。

0050

コンビナトリアルライブラリーの調製のための装置が市販されている(例えば、357 NIPS, 390 NIPS, Advanced Chem Tech, Louisville KY;Symphony, Rainin, Woburn, MA;433A,Applied Biosystems, FosterCity, CA;9050, Plus, Millipore, Bedford, NIAを参照のこと)。多数の周知のロボットシステム溶液相化学のために開発されている。これらのシステムは、化学者によって実施される手動合成操作を模倣する、自動化ワークステーション、例えば、Takeda Chemical Industries,LTD.(Osaka, Japan)によって開発された自動合成装置、およびロボットアームを使用する多くのロボットシステム(Zymate H, Zymark Corporation, Hopkinton, Mass.;Orca, Hewlett-Packard, Palo Alto, Calif.)を含む。前記の装置はいずれも、本発明と共に使用するのに適切である。これらの装置が本明細書において考察されるように作動できるようにする、これらの装置に対する改変の種類および実施は(もしあれば)当業者に明らかであろう。さらに、多数のコンビナトリアルライブラリーそれ自体が市販されている(例えば、ComGenex, Princeton, NJ;Asinex, Moscow, RU;Tripos, Inc., St.Louis, MO;ChemStar, Ltd, Moscow, RU;3D Pharmaceuticals, Exton, PA;Martek Biosciences, Columbia, MDなどを参照のこと)。

0051

本明細書において使用される場合、「保存的置換」という用語は、当業者にとって公知であるアミノ酸置換を指し、一般的には、生じる分子の生物学的活性を変えることなく行うことができる。当業者であれば、一般的に、ポリペプチドの非必須領域における一アミノ酸置換は、生物学的活性を実質的には変えないことを認識する(例えば、Watson, et al., MOLECULAR BIOLOGY OF THEGENE, The Benjamin/Cummings Pub. Co., p.224(4th Edition 1987)を参照のこと)。このような例示的置換は、好ましくは、表III(a-b)に示される置換に従ってなされる。例えば、このような変化には、イソロイシン(I)、バリン(V)、およびロイシン(L)のうちのいずれかを、これらの疎水性アミノ酸のうちの他のいずれかで置換すること;グルタミン酸(E)をアスパラギン酸(D)で置換することおよびその逆;アスパラギン(N)をグルタミン(Q)で置換することおよびその逆;ならびにスレオニン(T)をセリン(S)で置換することおよびその逆が含まれる。他の置換もまた、特定のアミノ酸の環境およびタンパク質の三次構造におけるそのアミノ酸の役割に応じて保存的であると考えられ得る。例えば、グリシン(G)およびアラニン(A)は、頻繁に交換可能である。アラニン(A)およびバリン(V)も同様であり得る。比較的疎水性メチオニン(M)は、ロイシンおよびイソロイシンと頻繁に交換可能であり、時には、バリンで交換可能である。リジン(K)およびアルギニン(R)は、そのアミノ酸残基の大きな特徴が電荷であり、かつこれらの2つのアミノ酸残基の異なるpKが重要でない位置において、頻繁に交換可能である。なお他の変化が、特定の環境においては「保存的」であると考えられ得る(例えば、本明細書中の表III(a);第13-15頁「Biochemistry」2nd ED.Lubert Stryer編(Stanford University);Henikoff, et al., PNAS 1992 Vol 89 10915-10919;Lei, et al., J Biol Chem 1995 May19;270(20):11882-6を参照のこと)。他の置換もまた許容可能であり、経験的に、または公知の保存的置換に従って決定することができる。

0052

「細胞傷害剤」という用語は、細胞の発現活性、細胞の機能を阻害もしくは防止し、かつ/または細胞の破壊を引き起こす物質を指す。この用語は、放射性同位体、化学療法剤、および毒素、例えば、細菌起源真菌起源、植物起源、または動物起源の低分子毒素もしくは酵素活性毒素を、そのフラグメントおよび/または変異体を含めて、含むことが意図される。細胞傷害剤の例には、アウリスタチン(auristatin)、アウリスタチンe、アウリスタチンf、アウロマイシン(auromycin)、マイタンシノイドイットリウムビスマスリシン、リシンA鎖、コンブレスタチン(combrestatin)、デュオカルマイシンドロスタチン(dolostatin)、ドキソルビシンダウノルビシンタキソールシスプラチン、cc1065、エチジウムブロミドマイトマイシンエトポシド、テノポシド、ビンクリスチンビンブラスチンコルヒチンジヒドロキシアントラシンジオン、アクチノマイシンジフテリア毒素シュードモナス属(Pseudomonas)外毒素(PE)A、PE40、アブリン、アブリンA鎖、モデクシン(modeccin)A鎖、α-サルシンゲロニン、マイトジェリン(mitogellin)、レトストリクトシン(retstrictocin)、フェノマイシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)、キュリシン(curicin)、クロチンカリチアマイシン、サパオリオア・オフィシナリス(Sapaonaria officinalis)インヒビター、および糖質コルチコイド、ならびに他の化学療法剤、ならびに放射性同位体、例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212またはBi213、P32、およびLu177を含むLuの放射性同位体が含まれるが、これに限定されない。抗体はまた、プロドラッグをその活性形態へと変換可能である抗癌プロドラッグ活性化酵素に結合体化することができる。

0053

本明細書において使用される場合、「ダイアボディ(diabody)」という用語は、2つの抗原結合部位を含む小さい抗体フラグメントを指し、このフラグメントは、同じポリペプチド鎖中に軽鎖可変ドメイン(VL)に接続している重鎖可変ドメイン(VH)を含む(VH-VL)。同じ鎖の2つのドメイン間での対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、それらのドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対合させられ、2つの抗原結合部位を作り出す。ダイアボディは、例えば、EP404,097;WO93/11161;およびHollinger, et al., Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-48(1993)において、より完全に記載される。

0054

「遺伝子産物」は、ペプチド/タンパク質またはmRNAを示すために本明細書において使用される。例えば、「本発明の遺伝子産物」は、時には、本明細書において、「癌アミノ酸配列」、「癌タンパク質」、「表Iに列挙した癌のタンパク質」、「癌mRNA」、「表Iに列挙した癌のmRNA」などとも呼ばれる。一態様において、癌タンパク質は、図1の核酸によってコードされる。癌タンパク質は、フラグメント、あるいは図1の核酸によってコードされる全長タンパク質でもよい。一態様において、癌アミノ酸配列は、配列同一性または配列類似性を決定するために使用される。別の態様において、配列は、図1の核酸によってコードされるタンパク質の天然の対立遺伝子変異体である。別の態様において、配列は、本明細書中にさらに記載されるような、配列変異体である。

0055

ヘテロ結合体」抗体は、本方法および組成物において有用である。本明細書において使用される場合、「ヘテロ結合体抗体」という用語は、共有結合した2つの抗体を指す。このような抗体は、架橋剤の使用を含む合成タンパク質化学における公知方法を使用して調製することができる。例えば、米国特許第4,676,980号を参照のこと。

0056

特定の核酸またはタンパク質産物の存在、非存在、定量、もしくは他の特性についての「ハイスループットスクリーニング」アッセイが、当業者にとって周知である。同様に、結合アッセイおよびレポーター遺伝子アッセイも同様に周知である。従って、例えば、米国特許第5,559,410号は、タンパク質のハイスループットスクリーニング方法を開示する;米国特許第5,585,639号は、核酸結合についての(すなわち、アレイにおける)ハイスループットスクリーニング方法を開示する;一方、米国特許第5,576,220号および米国特許第5,541,061号は、リガンド/抗体結合についてのハイスループットスクリーニング方法を開示する。

0057

さらに、ハイスループットスクリーニングシステムは市販されている(例えば、Amersham Biosciences, Piscataway, NJ;Zymark Corp., Hopkinton, MA;Air Technical Industries, Mentor, OH;Beckman Instruments, Inc. Fullerton, CA;Precision Systems, Inc., Natick, MAなどを参照のこと)。これらのシステムは、典型的には、全てのサンプルおよび試薬のピペッティング液体分配、時間の決まったインキュベーション、ならびにアッセイに適した検出器におけるマイクロプレートの最終読み取りを含む、手順全体を自動化する。これらの設定可能なシステムは、ハイスループットおよび迅速な開始ならびに高度の柔軟性およびカスタマイゼーションを提供する。このようなシステムの製造業者は、種々のハイスループットシステムのための詳細なプロトコールを提供する。従って、例えば、Zymark Corp.は、遺伝子転写の調節、リガンド結合などを検出するためのスクリーニングシステムについて述べた技術報告を提供する。

0058

ホモログ」という用語は、例えば、対応する位置において同じである、または類似する化学残基の配列を有することによって、別の分子に対して相同性を示す分子を指す。

0059

一態様において、本明細書において提供される抗体は、「ヒト抗体」である。本明細書において使用される場合、「ヒト抗体」という用語は、相補性決定領域(CDR)を含む、軽鎖配列および重鎖配列の本質的に全ての配列がヒト遺伝子由来である、抗体を指す。一態様において、ヒトモノクローナル抗体は、トリオーマ技術、ヒトB細胞技術(例えば、Kozbor, et al., Immunol.Today 4:72(1983)を参照のこと)、EBV形質転換技術(例えば、Cole, et al.,MONOCLONALANTIBODIES AND CANCERTHERAPY 77-96(1985)を参照のこと)によって、またはファージディスプレイ(例えば、Marks, et al., J.Mol.Biol.222:581(1991)を参照のこと)によって調製される。特定の態様において、ヒト抗体は、トランスジェニックマウスにおいて産生される。このような部分的または完全なヒトの抗体を作るための技術は当技術分野において公知であり、このような任意の技術を使用することができる。1つの特定の好ましい態様によれば、完全ヒト抗体配列が、ヒト重鎖抗体遺伝子およびヒト軽鎖抗体遺伝子を発現するように操作されたトランスジェニックマウスにおいて作られる。ヒト抗体を産生するトランスジェニックマウスおよびその子孫を調製することに関する例示的記載は、出願番号WO02/43478および米国特許第6,657,103号(Abgenix)において見出される。次いで、望ましい抗体を産生するトランスジェニックマウス由来のB細胞が、その抗体の連続的産生のためのハイブリドーマ細胞株を作るために融合することができる。例えば、米国特許第5,569,825号;同第5,625,126号;同第5,633,425号;同第5,661,016号;および同第5,545,806号;ならびにJakobovits, Adv.Drug Del.Rev.31:33-42(1998);Green, et al., J.Exp.Med.188:483-95(1998)を参照のこと。

0060

ヒト白血球抗原」または「HLA」とは、ヒトのクラスIまたはクラスIIの主要組織適合遺伝子複合体(MHC)タンパク質である(例えば、Stites, et al.,IMMUNOLOGY, 8TH ED., Lange Publishing, Los Altos, CA(1994)を参照のこと)。

0061

本明細書において使用される場合、「ヒト化抗体」という用語は、非ヒト(例えば、マウス)抗体由来の配列ならびにヒト抗体由来の配列を含む、抗体の形態を指す。このような抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含む、キメラ抗体である。一般的に、ヒト化抗体は、少なくとも1つ、典型的には2つの可変ドメインのうちの実質的に全てを含み、その超可変ループのうちの全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、FR領域のうちの全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン配列のものである。ヒト化抗体はまた、任意で、免疫グロブリン定常領域(Fc)の少なくとも一部、典型的には、ヒト免疫グロブリンのものを含む。例えば、Cabilly,米国特許第4,816,567号;Queen, et al., (1989)Proc.Nat'l Acad.Sci.USA 86:10029-10033;およびANTIBODY ENGINEERING: A PRACTICALAPPROACH(Oxford University Press 1996)を参照のこと。

0062

ハイブリダイズする(hybridize)」、「ハイブリダイズしている(hybridizing)」、「ハイブリダイズする(hybridizes)」などという用語は、ポリヌクレオチドの文脈において使用される場合、従来のハイブリダイゼーション条件、好ましくは、例えば、50%ホルムアミド/6XSSC/0.1% SDS/100μg/ml ssDNA中におけるハイブリダイゼーション、ここで、ハイブリダイゼーションの温度は37℃よりも高く、0.1XSSC/0.1%SDSによる洗浄の温度は55℃よりも高い、を指す。

0063

「単離された」または「生物学的に純粋な」という句は、ある物質のネイティブ状態において見出される、通常はその物質に付随する成分を実質的または本質的に含まない、物質を指す。従って、本発明による単離されたペプチドは、好ましくはそのペプチドのインサイチュ環境においてそのペプチドに通常は付随する物質を含まない。例えば、ポリヌクレオチドは、24P4C12遺伝子以外の遺伝子に対応するかもしくは相補的であるか、またはその24P4C12遺伝子産物以外のポリペプチドもしくはそのフラグメントをコードする、汚染ポリヌクレオチドから実質的に分離されている場合に「単離された」と言われる。当業者であれば、単離された24P4C12ポリヌクレオチドを得るために核酸単離手順を容易に使用することができる。タンパク質は、例えば、24P4C12タンパク質に通常は付随する細胞構成物から24P4C12タンパク質を取り出すために物理的方法、機械的方法、または化学的方法が使用される場合に「単離された」と言われる。当業者であれば、単離された24P4C12タンパク質を得るために、標準的な精製方法を容易に使用することができる。または、単離されたタンパク質は化学的手段によって調製することができる。

0064

適切な「標識」には、放射性核種酵素基質補因子、インヒビター、蛍光部分化学発光部分、磁気粒子などが含まれる。このような標識の使用を開示する特許には、米国特許第3,817,837号;同第3,850,752号;同第3,939,350号;同第3,996,345号;同第4,277,437号;同第4,275,149号;および同第4,366,241号が含まれる。さらに、本明細書において提供される抗体は、フルオロディ(fluorobody)の抗原結合成分として有用であり得る。例えば、Zeytun, et al., Nat.Biotechnol.21:1473-79(2003)を参照のこと。

0065

「哺乳動物」という用語は、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、およびヒトを含む、哺乳動物として分類される任意の生物を指す。本発明の一態様において、哺乳動物はマウスである。本発明の別の態様において、哺乳動物はヒトである。

0066

「転移癌」および「転移疾患」という用語は、局所的リンパ節または遠位部位に広がっている癌を意味し、AUAシステムにおけるステージDの疾患およびTNMシステムにおけるステージTxNxM+を含むことを意味する。

0067

「モジュレーター」もしくは「試験化合物」もしくは「薬物候補」という用語または文法等価物は、本明細書において使用される場合、癌の表現型または癌配列、例えば、核酸配列もしくはタンパク質配列の発現または癌配列の効果、例えば、シグナル伝達、遺伝子発現タンパク質相互作用などを直接的もしくは間接的に変える能力について試験しようとする任意の分子、例えば、タンパク質、オリゴペプチド、有機低分子、多糖、ポリヌクレオチドなどを指す。一局面において、モジュレーターは、本発明の癌タンパク質の効果を中和する。「中和する」とは、タンパク質の活性が、細胞に対する結果として生じる効果とともに阻害もしくはブロックされることを意味する。別の局面において、モジュレーターは、本発明の遺伝子およびその対応するタンパク質の効果を、そのタンパク質のレベル規準化することによって中和する。好ましい態様において、モジュレーターは、発現プロフィール、本明細書において提供される核酸またはタンパク質の発現プロフィール、または下流エフェクター経路を変える。一態様において、モジュレーターは、癌の表現型を、例えば、正常な組織フィンガープリントへと抑制する。別の態様において、モジュレーターは、癌の表現型を誘導した。一般的に、複数のアッセイ混合物が、種々の薬剤濃度を用いて並行して実施されて、その種々の濃度に対する応答の差が得られる。典型的には、これらの濃度のうちの1つは、ネガティブコントロール、すなわち、ゼロ濃度または検出レベル未満として役立つ。

0068

モジュレーター、薬物候補、または試験化合物は、多数の化学物質のクラスを含むが、典型的には、これらは、有機分子、好ましくは、100ダルトン超および約2,500ダルトン未満の分子量を有する有機低分子化合物である。好ましい低分子は、2000D未満または1500D未満または1000D未満または500D未満である。候補薬剤は、タンパク質との構造的相互作用、特に、水素結合のために必要な官能基を含み、典型的には、少なくともアミン基カルボニル基ヒドロキシル基、またはカルボキシル基を含み、好ましくは、これらの官能化学基のうちの少なくとも2つを含む。この候補因子は、しばしば、前記の官能基のうちの1つまたはそれ以上で置換された環状炭素構造もしくは複素環式構造、および/または芳香環構造もしくは多芳香環構造を含む。モジュレーターはまた、生体分子、例えば、ペプチド、糖、脂肪酸ステロイド、プリン、ピリミジン、それらの誘導体、それらの構造アナログ、もしくはそれらの組み合わせを含む。特に好ましいのは、ペプチドである。ある種類のモジュレーターは、ペプチドであり、例えば、約5アミノ酸〜約35アミノ酸であり、約5アミノ酸〜約20アミノ酸が好ましく、約7アミノ酸〜約15アミノ酸が特に好ましい。好ましくは、癌調節タンパク質は可溶性であり、非膜貫通領域を含み、かつ/または溶解性補助するためのN末端Cysを有する。一態様において、フラグメントのC末端遊離酸として維持され、そのN末端は、カップリング、すなわち、システインに対するカップリングを補助するための遊離アミンである。一態様において、本発明の癌タンパク質は、本明細書において考察されるような免疫原性薬剤に結合体化される。一態様において、癌タンパク質はBSAに結合体化される。例えば、好ましい長さの本発明のペプチドは、それよりも長いペプチド/タンパク質を作り出すために互いに、または他のアミノ酸に連結することができる。調節ペプチドは、前記で概説されるような天然のタンパク質の消化物、ランダムペプチド、または「偏りのある(biased)」ランダムペプチドでもよい。好ましい態様において、ペプチド/タンパク質ベースのモジュレーターは、本明細書において定義されるような抗体およびそのフラグメントである。

0069

癌のモジュレーターはまた核酸でもよい。核酸調節薬剤は、天然の核酸、ランダム核酸、または「偏りのある」ランダム核酸でもよい。例えば、原核生物または真核生物のゲノム消化物が、タンパク質について前記で概説されたアプローチと同様のアプローチにおいて使用することができる。

0070

「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書において使用される場合、実質的に均一な抗体の集団から得られた抗体、すなわち、その集団を含む個々の抗体は、微量で存在し得る、起こり得る天然の変異以外は同じである、を指す。モノクローナル抗体は非常に特異的であり、1つの抗原性エピトープに対する。対照的に、従来の(ポリクローナル)抗体調製物は、典型的には、異なるエピトープに対する(すなわち、それに特異的な)複数の抗体を含む。一態様において、ポリクローナル抗体は、複数の抗原性エピトープを含む1つの抗原との異なるエピトープ特異性、親和性、またはアビディティを有する、複数のモノクローナル抗体を含む。修飾語モノクローナル」とは、実質的に均一な抗体集団から得られている抗体の特徴を示し、これは、特定の何らかの方法により抗体を産生することを必要とすると解釈すべきではない。例えば、本発明に従って使用されるべきモノクローナル抗体は、Kohler, et al., Nature 256:495(1975)によって最初に記載されたハイブリドーマ方法によって作られてもよく、組換えDNA方法(例えば、米国特許第4,816,567号を参照のこと)によって作られてもよい。「モノクローナル抗体」はまた、例えば、Clackson, et al., Nature 352:624-628(1991)およびMarks, et al., J.Mol.Biol.222:581-597(1991)に記載された技術を使用して、ファージ抗体ライブラリーから単離することができる。これらのモノクローナル抗体は、通常はELISAによって決定される、通常は少なくとも約1μM、より通常は少なくとも約300nM、典型的には少なくとも約30nM、好ましくは少なくとも約10nM、より好ましくは少なくとも約3nM以上のKdで結合する。

0071

24P4C12関連タンパク質の生物学的モチーフのように、「モチーフ」とは、特定の機能(例えば、タンパク質間相互作用、タンパク質-DNA相互作用など)もしくは修飾(例えば、リン酸化、グリコシル化、もしくはアミド化)もしくは局在化(例えば、分泌配列、核局在化配列など)に関連するタンパク質の一次配列のアミノ酸形成部分、または体液性もしくは細胞性の免疫原性と相関する配列の任意のパターンを指す。モチーフは連続してもよく、特定の機能または特性に一般的に相関する特定の位置に整列されてもよい。HLAモチーフの文脈において、「モチーフ」とは、特定のHLA分子によって認識される、規定された長さのペプチド、通常は、クラスI HLAモチーフについて約8アミノ酸〜約13アミノ酸のペプチド、クラスIIHLAモチーフについて約6アミノ酸〜約25アミノ酸のペプチドにある残基パターンを指す。HLA結合のためのペプチドモチーフは、典型的には、各ヒトHLA対立遺伝子によってコードされる各タンパク質について異なり、かつ一次アンカー残基および二次アンカー残基のパターンが異なる。頻繁に出現するモチーフを表Vに示した。

0072

薬学的賦形剤」とは、アジュバント、担体、pH調整剤、および緩衝剤張性調整剤湿潤剤防腐剤などの物質を含む。

0073

薬学的に許容可能な」とは、ヒトまたは他の哺乳動物と生理学的に適合性である、非毒性および/または不活性の組成を指す。

0074

「ポリヌクレオチド」という用語は、長さが少なくとも10塩基もしくは10塩基対ヌクレオチドリボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチドのいずれか、またはいずれかの型のヌクレオチドの改変形態ポリマー形態を意味し、これは、一本鎖形態および二本鎖形態のDNAおよび/またはRNAを含む。当技術分野において、この用語は、しばしば、「オリゴヌクレオチド」と同義に用いられる。ポリヌクレオチドは、本明細書において開示される配列を含んでもよく、例えば、図1に示したように、チミジン(T)はまたウラシル(U)でもよい、この定義は、DNAとRNAとの間の化学構造の差、特に、RNAにおける4種の主要な塩基のうちの1つがチミジン(T)の代わりにウラシル(U)であるという観察に関係がある。

0075

「ポリペプチド」という用語は、少なくとも約4アミノ酸、少なくとも約5アミノ酸、少なくとも約6アミノ酸、少なくとも約7アミノ酸、または少なくとも約8アミノ酸のポリマーを意味する。本明細書全体を通して、アミノ酸に関する標準的な3文字または1文字の名称が、使用される。当技術分野において、この用語は、しばしば、「ペプチド」または「タンパク質」と同義である。

0076

HLA「一次アンカー残基」とは、免疫原性ペプチドとHLA分子との間の接触点を提供すると理解される、ペプチド配列に沿った特定の位置にあるアミノ酸である。一般的には、規定された長さのペプチド中にある1〜3個、通常は2個の一次アンカー残基が免疫原性ペプチドの「モチーフ」を規定する。これらの残基は、HLA分子のペプチド結合溝と密接に接触して適合すると理解され、その側鎖は、その結合溝の特定のポケット中に埋没している。一態様において、例えば、HLAクラスI分子の一次アンカー残基は、本発明による8残基、9残基、10残基、11残基、または12残基のペプチドエピトープの位置2(アミノ末端位置から)およびカルボキシ末端位置にある。または、別の態様において、HLAクラスII分子に結合するペプチドの一次アンカー残基は、ペプチドの末端に対してではなく互いに対して間隔を空けており、そのペプチドは、一般的には長さが少なくとも9アミノ酸である。各モチーフおよびスーパーモチーフの一次アンカー位置を表IV(a)に示した。例えば、アナログペプチドは、表IVに示した一次アンカー位置および/または二次アンカー位置における特定の残基の存在もしくは不在を変えることによって作り出すことができる。このようなアナログは、特定のHLAモチーフまたはHLAスーパーモチーフを含むペプチドの結合親和性および/または集団範囲を調節するために使用される。

0077

「放射性同位体」には、以下が含まれるが、これに限定されない(非限定的な例示的使用も表IV(I)に示した)。

0078

ランダム化」または文法的等価物とは、本明細書において核酸およびタンパク質に対して適用される場合、各核酸およびペプチドが、それぞれ、本質的にランダムなヌクレオチドおよびアミノ酸からなることを意味する。これらのランダムなペプチド(または本明細書において考察される核酸)は、任意の位置においてヌクレオチドまたはアミノ酸を組み込んでもよい。その合成プロセスは、ランダム化タンパク質またはランダム化核酸を作製して、その配列の長さにわたって可能な組み合わせのうちの全てまたはほとんどの形成を可能にし、それによってランダム化候補生物活性タンパク質様薬剤のライブラリーを形成するように設計することができる。

0079

一態様において、ライブラリーは「完全にランダム化されており」、どの位置にも、配列の優先性不変性もない。別の態様において、ライブラリーは「偏りのあるランダム」ライブラリーである。すなわち、その配列中のいくつかの位置が一定のままであるか、または限定数の可能性から選択されるかのいずれかである。例えば、そのヌクレオチドまたはアミノ酸残基は、規定されたクラス、例えば、疎水性アミノ酸、親水性残基立体的に偏った残基(小さいもしくは大きい)残基の中で、核酸結合ドメインの生成;架橋のためのシステインの生成;SH-3ドメインのためのプロリンリン酸化部位のためのセリン、スレオニン、チロシン、もしくはヒスチジンなど、またはプリンなどに対してランダム化される。

0080

「組換え」DNA分子またはRNA分子は、インビトロでの分子操作に供された、DNA分子またはRNA分子である。

0081

本明細書において使用される場合、「単鎖Fv」または「scFv」または「単鎖」抗体という用語は、抗体のVHドメインおよびVLドメインを含む抗体フラグメントを指し、これらのドメインは、一本のポリペプチド鎖中に存在する。一般的に、Fvポリペプチドは、VHドメインとVLドメインとの間に、sFvが抗原結合のための望ましい構造を形成するのを可能にするポリペプチドリンカーをさらに含む。sFvの概説については、Pluckthun, THEPHARMACOLOGY OF MONOCLONALANTIBODIES, vol.113, RosenburgおよびMoore編、Springer-Verlag, New York, pp.269-315(1994)を参照のこと。

0082

「低分子」の非限定的な例には、24P4C12と結合もしくは相互作用する化合物、24P4C12タンパク質に結合して、好ましくは、その機能を阻害する、ホルモン、神経ペプチドケモカイン臭気物質リン脂質、アミノ酸、ポリアミン、糖質、ステロイド、無機質ビタミン、脂肪酸、ヌクレオチド、アルコール、およびその機能的等価物または誘導体を含むリガンドが含まれる。このような非限定的な低分子は、好ましくは、約10kDa未満、より好ましくは約9kDa未満、約8kDa未満、約7kDa未満、約6kDa未満、約5kDa未満、または約4kDa未満の分子量を有する。特定の態様において、24P4C12タンパク質に物理的に会合する、または結合する低分子は、天然の代謝経路において見出されず、かつ/または非水性溶液よりも水溶液によく溶ける。

0083

本明細書において使用される場合、「特異的な」という用語は、標的抗原エピトープに対する抗体の選択的結合を指す。抗体は、所定の条件の組の下で、適切な抗原に対する結合を、無関係の抗原または抗原混合物に対する結合と比較することによって、結合特異性について試験することができる。抗体は、その適切な抗原に対して、無関係の抗原もしくは抗原混合物よりも少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも7倍、好ましくは少なくとも10倍結合する場合に、その抗体は特異的であると考えられる。一態様において、特異的抗体は、24P4C12抗原にのみ結合するが無関係の抗原には結合しない抗体である。別の態様において、特異的抗体は、ヒト24P4C12抗原に結合するが、24P4C12抗原と70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれ以上のアミノ酸相同性を有する非ヒト24P4C12抗原とは結合しない、抗体である。別の態様において、特異的抗体は、ヒト24P4C12抗原に結合し、かつマウス24P4C12抗原に結合するが、ヒト抗原に対する結合の程度の方が高い、抗体である。別の態様において、特異的抗体は、ヒト24P4C12抗原に結合しかつ霊長類24P4C12抗原に結合するが、ヒト抗原に対する結合の程度の方が高い、抗体である。別の態様において、特異的抗体は、ヒト24P4C12抗原および任意の非ヒト24P4C12抗原に結合するが、ヒト抗原またはその任意の組み合わせに対する結合の程度の方が高い。

0084

ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」とは、当業者によって容易に決定可能であり、一般的には、プローブの長さ、洗浄温度、および塩濃度に依存する経験的計算である。一般的に、長いプローブほど、適切なアニーリングのためには高い温度を必要とし、一方、短いプローブほど低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、一般的には、相補鎖がその融解温度よりも低い環境において存在する場合に変性核酸配列が再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の望ましい相同性の程度が高い程、使用できる相対温度は高くなる。結果として、高い相対温度ほど、反応条件をよりストリンジェントにする傾向があり、一方、低い温度ほどそうではない傾向があることになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーについてのさらなる詳細および説明については、Ausubel, et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。

0085

「ストリンジェントな条件」または「高ストリンジェンシー条件」とは、本明細書において定義される場合、(1)洗浄のために低いイオン強度および高い温度、例えば、50℃で、0.015M塩化ナトリウム/0.0015Mクエン酸ナトリウム/0.1%ドデシル硫酸ナトリウムを使用すること;(2)ハイブリダイゼーションの間に変性剤、例えば、ホルムアミド、例えば、42℃で、50%(v/v)ホルムアミド+0.1%ウシ血清アルブミン/0.1% Ficoll/0.1%ポリビニルピロリドン/50mMリン酸ナトリウム緩衝液、pH6.5+750mM塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウムを使用すること;または(3)50%ホルムアミド、5×SSC(0.75M NaCl、0.075Mクエン酸ナトリウム)、50mMリン酸ナトリウム(pH6.8)、0.1%ピロリン酸ナトリウム、5×デンハート溶液超音波処理済みサケ精子DNA(50μg/ml)、0.1%SDS、および10%硫酸デキストランを42℃で使用し、42℃で0.2×SSC(塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム)中で洗浄し、55℃で50%ホルムアミド中で洗浄し、その後、EDTAを含む0.1×SSCからなる高ストリンジェンシー洗浄を55℃で行うことによって同定されるが、これに限定されない。「中程度にストリンジェントな条件」とは、Sambrook, et al., Molecular Cloning:A Laboratory Manual, New York:Cold Spring Harbor Press, 1989によって記載されるものが含まれるが、これに限定されず、これには、前記の条件よりも低いストリンジェントである洗浄溶液およびハイブリダイゼーション条件(例えば、温度、イオン強度、およびSDS%)が含まれる。中程度にストリンジェントな条件の一例は、1%ウシ血清アルブミン、0.5Mリン酸ナトリウムpH7.5、1.25mM EDTA、および7% SDS、5×SSC(150mM NaCl、15mMクエン酸三ナトリウム)を含む溶液における65℃で一晩のインキュベーション、その後の2×SSC/1%SDS、50℃および0.2×SSC/0.1%SDS、50℃におけるフィルターの洗浄である。当業者であれば、温度、イオン強度などを、必要に応じて、プローブ長などの要因に適合するように調整する方法を認識するだろう。

0086

HLA「スーパーモチーフ」は、2つまたはそれ以上のHLA対立遺伝子によってコードされるHLA分子が共有するペプチド結合特異性である。種々の民族集団におけるHLAスーパータイプの全表現型頻度を表IV(f)に示した。種々のスーパータイプの非限定的な構成要素は、以下の通りである:
A2:A*0201、A*0202、A*0203、A*0204、A*0205、A*0206、A*6802、A*6901、A*0207
A3:A3、A11、A31、A*3301、A*6801、A*0301、A*1101、A*3101
B7:B7、B*3501-03、B*51、B*5301、B*5401、B*5501、B*5502、B*5601、B*6701、B*7801、B*0702、B*5101、B*5602
B44:B*3701、B*4402、B*4403、B*60(B*4001)、B61(B*4006)
A1:A*0102、A*2604、A*3601、A*4301、A*8001
A24:A*24、A*30、A*2403、A*2404、A*3002、A*3003
B27:B*1401-02、B*1503、B*1509、B*1510、B*1518、B*3801-02、B*3901、B*3902、B*3903-04、B*4801-02、B*7301、B*2701-08
B58:B*1516、B*1517、B*5701、B*5702、B58
B62:B*4601、B52、B*1501(B62)、B*1502(B75)、B*1513(B77)
異なるHLAスーパータイプの組み合わせにより生じる集団カバー率(population coverage)の計算値を表IV(g)に示した。

0087

本明細書において使用される場合、「処置するため」または「治療的」および文法的に関連する用語は、疾患の任意の結果についての任意の改善、例えば、生存の延長罹患率の低下、および/または代替治療様式副産物である副作用の減弱を指す。当技術分野において容易に認識されるように、疾患の完全な根絶は、処置行為のための必要要件ではないにも関わらず、好ましい。

0088

「トランスジェニック動物」(例えば、マウスまたはラット)は、トランスジーンを含む細胞を有する動物であり、そのトランスジーンは、出生前、例えば、段階に動物またはその動物の祖先に導入されたものである。「トランスジーン」とは、トランスジェニック動物に発生する細胞のゲノム中に組み込まれるDNAである。

0089

本明細書において使用される場合、HLAまたは細胞免疫応答の「ワクチン」は、本発明の1つまたはそれ以上のペプチドを含むまたはコードする組成物である。このようなワクチンの多数の態様、例えば、1つまたはそれ以上の個々のペプチドのカクテルポリエピトープペプチドによって含まれる本発明の1つまたはそれ以上のペプチド;または、このような個々のペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸、例えば、ポリエピトープペプチドをコードするミニ遺伝子が、存在する。「1つまたはそれ以上のペプチド」は、本発明の1個〜150個またはそれ以上の任意の単位整数全体、例えば、少なくとも2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、31個、32個、33個、34個、35個、36個、37個、38個、39個、40個、41個、42個、43個、44個、45個、46個、47個、48個、49個、50個、55個、60個、65個、70個、75個、80個、85個、90個、95個、100個、105個、110個、115個、120個、125個、130個、135個、140個、145個、または150個もしくはそれ以上のペプチドを含み得る。ペプチドまたはポリペプチドは、任意で、例えば、脂質化、標的化配列もしくは他の配列の付加によって改変することができる。本発明のHLAクラスIペプチドを、HLAクラスIIペプチドと混合もしくは連結して、細胞傷害性Tリンパ球およびヘルパーTリンパ球の両方の活性化を促進することができる。HLAワクチンはまた、ペプチドでパルスした抗原提示細胞、例えば、樹状細胞も含んでもよい。

0090

「変異体」という用語は、記載された型または基準からの変化を示す分子、例えば、具体的に記載されるタンパク質(例えば、図1に示した24P4C12タンパク質)の対応する位置において1つまたはそれ以上の異なるアミノ酸残基を有するタンパク質を指す。アナログは、変異体タンパク質の一例である。スプライスアイソフォームおよび一塩基多型(SNP)が、変異体のさらなる例である。

0091

本発明の「24P4C12関連タンパク質」は、本明細書において具体的に同定されるもの、ならびに本明細書において概説される方法もしくは当技術分野で容易に利用可能な方法に従って過度実験を行わずに単離/作製および特徴付けすることができる、対立遺伝子変異体、保存的置換変異体、アナログ、およびホモログを含む。異なる24P4C12タンパク質の部分またはそのフラグメントを合わせた融合タンパク質、ならびに24P4C12タンパク質と異種ポリペプチドとの融合タンパク質もまた包含される。このような24P4C12タンパク質は、総称して、24P4C12関連タンパク質、本発明のタンパク質、または24P4C12と呼ばれる。「24P4C12関連タンパク質」という用語は、4アミノ酸、5アミノ酸、6アミノ酸、7アミノ酸、8アミノ酸、9アミノ酸、10アミノ酸、11アミノ酸、12アミノ酸、13アミノ酸、14アミノ酸、15アミノ酸、16アミノ酸、17アミノ酸、18アミノ酸、19アミノ酸、20アミノ酸、21アミノ酸、22アミノ酸、23アミノ酸、24アミノ酸、25アミノ酸、もしくは25アミノ酸よりも多くの24P4C12タンパク質配列のポリペプチドフラグメント;あるいは少なくとも30アミノ酸、少なくとも35アミノ酸、少なくとも40アミノ酸、少なくとも45アミノ酸、少なくとも50アミノ酸、少なくとも55アミノ酸、少なくとも60アミノ酸、少なくとも65アミノ酸、少なくとも70アミノ酸、少なくとも80アミノ酸、少なくとも85アミノ酸、少なくとも90アミノ酸、少なくとも95アミノ酸、少なくとも100アミノ酸、少なくとも105アミノ酸、少なくとも110アミノ酸、少なくとも115アミノ酸、少なくとも120アミノ酸、少なくとも125アミノ酸、少なくとも130アミノ酸、少なくとも135アミノ酸、少なくとも140アミノ酸、少なくとも145アミノ酸、少なくとも150アミノ酸、少なくとも155アミノ酸、少なくとも160アミノ酸、少なくとも165アミノ酸、少なくとも170アミノ酸、少なくとも175アミノ酸、少なくとも180アミノ酸、少なくとも185アミノ酸、少なくとも190アミノ酸、少なくとも195アミノ酸、少なくとも200アミノ酸、少なくとも225アミノ酸、少なくとも250アミノ酸、少なくとも275アミノ酸、少なくとも300アミノ酸、少なくとも325アミノ酸、少なくとも330アミノ酸、少なくとも335アミノ酸、少なくとも339アミノ酸またはそれ以上の24P4C12タンパク質配列のポリペプチドフラグメントを指す。

0092

II.)24P4C12ポリヌクレオチド
本発明の一局面は、24P4C12遺伝子、24P4C12mRNAおよび/または24P4C12コード配列の全てもしくは一部に対応するもしくは相補的なポリヌクレオチド、好ましくは、単離された形態、24P4C12関連タンパク質をコードするポリヌクレオチドおよびそのフラグメント、DNA、RNA、DNA/RNAハイブリッド、および関連分子;24P4C12遺伝子配列もしくは24P4C12mRNA配列またはその一部に相補的なポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチド;24P4C12遺伝子、24P4C12 mRNA、24P4C12コードポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド(総称して「24P4C12ポリヌクレオチド」)を提供する。この節において言及される全ての場合において、図1のTはUの場合がある。

0093

24P4C12ポリヌクレオチドの態様には、図1に示した配列を有する24P4C12ポリヌクレオチド;TがUである図1に示した24P4C12のヌクレオチド配列;図1に示した配列を有するポリヌクレオチドのうちの少なくとも10個連続するヌクレオチド;またはTがUである図1に示した配列を有するポリヌクレオチドのうちの少なくとも10個連続するヌクレオチドが含まれる。

0094

24P4C12タンパク質の比較的長い部分をコードするポリヌクレオチドもまた、本発明の範囲内にある。例えば、図1もしくは図3に示した24P4C12タンパク質「もしくは変異体」のうちのほぼアミノ酸1(もしくは20もしくは30もしくは40など)〜ほぼアミノ酸20(もしくは30もしくは40もしくは50など)をコードするポリヌクレオチドが、当技術分野で周知である種々の技術によって作製することができる。これらのポリヌクレオチドフラグメントは、図1に示した24P4C12配列のうちの任意の部分を含み得る。

0095

II.A.)24P4C12ポリヌクレオチドの用途
II.A.1. 遺伝子異常のモニタリング
前段落のポリヌクレオチドには、多数の異なる具体的な用途がある。ヒト24P4C12遺伝子は、「24P4C12の染色体マッピング」という表題の実施例に示した染色体位置にある。例えば、24P4C12遺伝子はこの染色体に位置するので、24P4C12タンパク質の異なる領域をコードするポリヌクレオチドが、この染色体位置の細胞遺伝学的異常、例えば、種々の癌に関連すると同定された異常を特徴付けるために使用される。特定の遺伝子において、再配列を含む種々の染色体異常が、多数の異なる癌における頻繁な細胞遺伝学的異常として同定されている(例えば、Krajinovic, et al., Mutat.Res.382(3-4):81-83(1998);Johansson, et al., Blood 86(10):3905-3914(1995)およびFinger, et al., P.N.A.S.85(23):9158-9162(1988)を参照のこと)。従って、24P4C12タンパク質の特定領域をコードするポリヌクレオチドは、悪性表現型に寄与し得る24P4C12をコードする染色体領域中の細胞遺伝学的異常を、以前に可能であったよりも正確に示すために使用することができる新たなツールを提供する。この文脈において、これらのポリヌクレオチドは、とらえにくく、かつ珍しい染色体異常を同定するために、染色体スクリーニングの感度を広げるための当技術分野における必要性を満たす(例えば、Evans, et al., Am.J.Obstet.Gynecol 171(4):1055-1057(1994)を参照のこと)。

0096

さらに、24P4C12は、前立腺癌および他の癌において高発現されることが示されたので、24P4C12ポリヌクレオチドは、癌性組織に対して正常組織における24P4C12遺伝子産物の状態を評価する方法において使用される。典型的には、24P4C12タンパク質の特定領域をコードするポリヌクレオチドは、その24P4C12遺伝子の特定領域、例えば、1つまたはそれ以上のモチーフを含む領域における混乱(perturbation)(例えば、抗原を無くす、欠失、挿入、点変異、または変化など)を評価するために使用される。例示的アッセイには、RT-PCRアッセイならびに一本鎖高次構造多型(SSCP)分析(例えば、Marrogi, et al., J.Cutan.Pathol.26(8):369-378(1999)を参照のこと)が含まれ、これらは両方とも、あるタンパク質の特定領域をコードするポリヌクレオチドを使用して、タンパク質中のこれらの領域を調べる。

0097

II.A.2.アンチセンス態様
本明細書において開示される本発明の他の具体的に意図される核酸関連態様は、天然供給源由来または合成の、ゲノムDNA、cDNA、リボザイム、およびアンチセンス分子、ならびに代替骨格に基づく核酸分子または代替塩基を含む核酸分子であり、24P4C12のRNAもしくはタンパク質の発現を阻害可能な分子を含む。例えば、アンチセンス分子はRNAでもよく、ペプチド核酸(PNA)または非核酸分子、例えば、塩基対依存的にDNAもしくはRNAに特異的に結合するホスホロチオエート誘導体を含む、他の分子でもよい。当業者であれば、24P4C12ポリヌクレオチドおよび本明細書において開示されるポリヌクレオチド配列を使用して、これらの種類の核酸分子を容易に得ることができる。

0098

アンチセンス技術は、細胞内に位置する標的ポリヌクレオチドに結合する外因性オリゴヌクレオチドの投与を含む。「アンチセンス」という用語は、このようなオリゴヌクレオチドが、その細胞内標的、例えば、24P4C12に相補的であるという事実を指す。例えば、Jack Cohen, Oligodeoxynucleotides, Antisense Inhibitors of Gene Expression,CRCPress, 1989;およびSynthesis 1:1-5(1988)を参照のこと。本発明の24P4C12アンチセンスオリゴヌクレオチドは、誘導体、例えば、S-オリゴヌクレオチド(ホスホロチオエート誘導体もしくはSオリゴ(Jack Cohen(前出)を参照のこと)を含み、これらは強い癌細胞増殖阻害作用を示す。S-オリゴ(ヌクレオシドホスホロチオエート)は、そのリン酸基非架橋酸素原子イオウ原子で置換されている、オリゴヌクレオチド(O-オリゴ)の等電性アナログである。本発明のS-オリゴは、対応するO-オリゴを、イオウ転移試薬である3H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン-1,1-ジオキシドで処理することによって調製することができる。例えば、Iyer, R.P., et al., J.Org.Chem.55:4693-4698(1990);およびIyer, R.P., et al., J.Am.Chem.Soc.112:1253-1254(1990)を参照のこと。本発明のさらなる24P4C12アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野で公知であるモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチド(例えば、Partridge, et al., 1996, Antisense & Nucleic Acid Drug Development 6:169-175を参照のこと)を含む。

0099

本発明の24P4C12アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的には、24P4C12ゲノム配列もしくは対応するmRNAの最初の100個の5'コドンもしくは最後の100個の3'コドンに相補的でありかつそれと安定にハイブリダイズする、RNAもしくはDNAでもよい。完全に相補することは必要でないが、高度の相補性が好ましい。この領域に相補的なオリゴヌクレオチドの使用は、プロテインキナーゼの他の調節サブユニットを特定するmRNAではなく24P4C12 mRNAへの選択的ハイブリダイゼーションを可能にする。一態様において、本発明の24P4C12アンチセンスオリゴヌクレオチドは、24P4C12 mRNAにハイブリダイズする配列を有するアンチセンスDNA分子の15マー〜30マーフラグメントである。任意で、24P4C12アンチセンスオリゴヌクレオチドは、24P4C12の最初の10個の5'コドンまたは最後の10個の3'コドンにおける領域に対して相補的な30マーオリゴヌクレオチドである。または、アンチセンス分子は、24P4C12発現の阻害においてリボザイムを使用するために改変される。例えば、L.A.Couture & D. T. Stinchcomb; TrendsGenet 12:510-515(1996)を参照のこと。

0100

II.A.3.プライマーおよびプライマー対
本発明のこれらのヌクレオチドのさらなる特定の態様には、本発明のポリヌクレオチドもしくはその任意の特定部分特異的増幅を可能にする、プライマーおよびプライマー対;ならびに本発明の核酸もしくはその任意の部分に対して選択的もしくは特異的にハイブリダイズするプローブが含まれる。プローブは、検出可能なマーカー、例えば、放射性同位体、蛍光化合物生体発光化合物、化学発光化合物金属キレート剤、または酵素で標識することができる。このようなプローブおよびプライマーは、サンプル中の24P4C12ポリヌクレオチドの存在を検出するために、および24P4C12タンパク質を発現する細胞を検出するための手段として使用される。

0101

このようなプローブの例には、図1に示したヒト24P4C12cDNA配列のうちの全てまたは一部を含むポリペプチドが含まれる。24P4C12mRNAを特異的に増幅可能なプライマー対の例もまた、実施例に記載される。当業者によって理解されるように、非常に多数の異なるプライマーおよびプローブが、本明細書において提供される配列に基づいて調製することができ、24P4C12 mRNAを増幅および/または検出するために有効に使用することができる。

0102

本発明の24P4C12ポリヌクレオチドは、24P4C12遺伝子、24P4C12mRNAもしくはそれらのフラグメントの増幅および/もしくは検出のためのプローブおよびプライマーとしての使用;前立腺癌および他の癌の診断および/もしくは予後判定のための試薬としての使用;24P4C12ポリペプチドを発現することができるコード配列としての使用;24P4C12遺伝子の発現および/もしくは24P4C12転写物の翻訳を調節もしくは阻害するためのツールとしての使用;ならびに治療剤としての使用が含まれるが、これに限定されない、種々の目的のために有用である。

0103

本発明は、天然の供給源、例えば、ヒトまたは他の哺乳動物から24P4C12もしくは24P4C12関連核酸配列を同定および単離するための本明細書において記載される任意のプローブの使用、ならびに使用されるプローブに見られる配列の全てもしくはほとんどを含む、単離された核酸配列それ自体の使用を含む。

0104

II.A.4. 24P4C12コード核酸分子の単離
本明細書において記載される24P4C12cDNA配列は、24P4C12遺伝子産物をコードする他のポリヌクレオチドの単離、ならびに24P4C12遺伝子産物ホモログをコードするポリヌクレオチド、24P4C12遺伝子産物の選択的スプライスアイソフォーム、24P4C12遺伝子産物の対立遺伝子変異体、24P4C12遺伝子産物の変異形態、ならびに24P4C12関連タンパク質のアナログをコードするポリヌクレオチドの単離を可能にする。24P4C12遺伝子をコードする全長cDNAを単離するために使用することができる種々の分子クローニング方法が周知である(例えば、Sambrook, J. et al., Molecular Cloning:A Laboratory Manual, 2d edition, Cold Spring Harbor Press, New York, 1989;Current Protocols in Molecular Biology.Ausubel, et al., Eds., Wiley and Sons, 1995を参照のこと)。例えば、λファージクローニング方法論が、市販のクローニングシステム(例えば、Lambda ZAPExpress, Stratagene)を用いて簡便に使用することができる。24P4C12遺伝子cDNAを含むファージクローンは、標識された24P4C12 cDNAまたはそのフラグメントでプロービングすることによって同定することができる。例えば、一態様において、24P4C12 cDNA(例えば、図1)またはその一部を合成することができ、24P4C12遺伝子に対応する重複cDNAおよび全長cDNAを回収するためのプローブとして使用することができる。24P4C12遺伝子自体は、ゲノムDNAライブラリー細菌人工染色体ライブラリー(BAC)、酵母人工染色体ライブラリー(YAC)などを、24P4C12DNAプローブまたは24P4C12DNAプライマーを用いてスクリーニングすることによって単離することができる。

0105

II.A.5.組換え核酸分子および宿主-ベクター系
本発明はまた、24P4C12ポリヌクレオチド、そのフラグメント、アナログもしくはホモログを含む、ファージ、プラスミド、ファージミドコスミド、YAC、BAC、ならびに当技術分野で周知である種々のウイルスベクターおよび非ウイルスベクターが含まれるが、これに限定されない、組換えDNA分子もしくは組換えRNA分子、ならびにこのような組換えDNA分子もしくはRNA分子で形質転換もしくはトランスフェクトされた細胞を提供する。このような分子を作製する方法は、周知である(例えば、Sambrook, et al., 1989, (前出)を参照のこと)。

0106

本発明はさらに、24P4C12ポリヌクレオチド、そのフラグメント、そのアナログもしくはホモログを含む組換えDNA分子を、適切な原核生物宿主細胞もしくは真核生物宿主細胞中に含む、宿主-ベクター系を提供する。適切な真核生物宿主細胞の例には、酵母細胞植物細胞、または動物細胞、例えば、哺乳動物細胞もしくは昆虫細胞(例えば、バキュロウイルス感染性細胞、例えば、Sf9細胞もしくはHighFive細胞)が含まれる。適切な哺乳動物細胞の例には、種々の前立腺癌細胞株、例えば、DU145およびTsuPr1、他のトランスフェクト可能な前立腺癌細胞株もしくは形質導入可能な前立腺癌細胞株、初代細胞(PrEC)、ならびに組換えタンパク質の発現のために日常的に使用される多数の哺乳動物細胞(例えば、COS細胞CHO細胞、293細胞、293T細胞)が含まれる。より具体的には、24P4C12またはそのフラグメント、アナログもしくはホモログのコード配列を含むポリヌクレオチドは、当技術分野で日常的に使用されかつ広範に公知である多数の宿主-ベクター系を使用して、24P4C12タンパク質またはそのフラグメントを生成するために使用することができる。

0107

24P4C12タンパク質またはそのフラグメントの発現のために適切な広範囲の宿主-ベクター系が利用可能である。例えば、Sambrook, et al., 1989, (前出);Current Protocols in Molecular Biology, 1995, (前出)を参照のこと。哺乳動物発現のための好ましいベクターには、pcDNA3.1myc-His-タグ(Invitrogen)およびレトロウイルスベクターpSR tkneo(Muller, et al., 1991, MCB 11:1785)が含まれるが、これに限定されない。これらの発現ベクターを使用して、24P4C12は、例えば、293、293T、rat-1、PC3、NIH 3T3、およびTsuPr1を含む、いくつかの前立腺癌細胞株および非前立腺細胞株において発現することができる。本発明の宿主-ベクター系は、24P4C12タンパク質またはそのフラグメントの生成のために有用である。このような宿主-ベクター系は、24P4C12および24P4C12変異もしくは24P4C12アナログの機能的特性を研究するために使用することができる。

0108

組換えヒト24P4C12タンパク質、または、そのアナログもしくはホモログもしくはフラグメントは、24P4C12関連ヌクレオチドをコードする構築物を用いてトランスフェクトした哺乳動物細胞により産生することができる。例えば、293T細胞は、24P4C12、または、そのフラグメント、アナログもしくはホモログをコードする発現プラスミドを用いてトランスフェクトすることができ、24P4C12関連タンパク質は、この293T細胞において発現され、組換え24P4C12タンパク質は、標準的な精製方法(例えば、抗24P4C12抗体を用いるアフィニティ精製)を用いて単離される。別の態様において、24P4C12コード配列が、レトロウイルスベクターpSRαMSVtkneo内にサブクローニングされ、24P4C12発現細胞株樹立するために、種々の哺乳動物細胞株、例えば、NIH 3T3、TsuPr1、PC3、 293およびrat-1に感染させるために使用される。当技術分野で周知である種々の他の発現系もまた使用することができる。24P4C12コード配列にインフレームで接続されたリーダーペプチドをコードする発現構築物が、分泌形態の組換え24P4C12タンパク質を作製するために使用することができる。

0109

本明細書において考察されるように、遺伝暗号における重複(redundancy)が、24P4C12遺伝子配列におけるバリエーションを可能にする。特に、特定の宿主種は、しばしば、特定のコドンの好みを有することが当技術分野で公知であり、従って、所望の宿主に対して好ましいように、開示される配列を適合させることができる。例えば、好ましいアナログコドン配列は、典型的には、稀なコドン(すなわち、所望の宿主の公知配列において約20%未満の使用頻度を有するコドン)が高頻度のコドンに置換される。特定の種についてのコドンの好みは、例えば、インターネット上で、例えば、URL www.kazusa.or.jp/codon/において利用可能なコドン使用頻度表を利用することによって計算される。

0110

細胞宿主におけるタンパク質発現を増強するさらなる配列の改変が公知である。これらには、偽ポリアデニル化シグナルをコードする配列、エキソン/イントロンスプライス部位シグナルをコードする配列、トランスポゾン様リピートをコードする配列、および/または、遺伝子発現にとって有害である他のこのような十分に特徴付けられた配列を排除することが含まれる。配列のGC含量は、宿主細胞において発現される公知の遺伝子を参照して計算された所定の細胞宿主についての平均的なレベルに調節される。可能である場合、配列は、推定されるヘアピン二次mRNA構造を避けるように改変される。他の有用な改変には、Kozak, Mol.Cell Biol., 9:5073-5080(1989)に記載されたような、オープンリーディングフレームの開始点における翻訳開始コンセンサス配列の付加が含まれる。当業者であれば、真核生物リボソームが5'側に近いAUGコドンでのみ翻訳を開始するという一般ルールは、希な状況下でしか無くならないことを理解する(例えば、Kozak PNAS 92(7):2662-2666, (1995)およびKozak NAR15(20):8125-8148(1987)を参照のこと)。

0111

III.)24P4C12関連タンパク質
本発明の別の局面は、24P4C12関連タンパク質を提供する。24P4C12タンパク質の特定の態様は、図1、好ましくは、図1Aに示したヒト24P4C12のアミノ酸配列の全体もしくは一部を有するポリペプチドを含む。または、24P4C12タンパク質の態様は、図1に示した24P4C12のアミノ酸配列中に変更を有する、変異体、ホモログまたはアナログのポリペプチドを含む。

0112

24P4C12ポリペプチドの態様には、以下:図1に示した配列を有する24P4C12ポリペプチド、TがUである、図1に示した24P4C12ポリヌクレオチド配列によりコードされるペプチド;図1に示した配列を有するポリペプチドの少なくとも10個の連続するヌクレオチド;または、TがUである、図1に示した配列を有するポリヌクレオチドによりコードされる少なくとも10個の連続するペプチドが含まれる。

0113

アミノ酸の略称は表IIに提供される。保存的アミノ酸置換は、タンパク質の立体構造も機能も変更することなく、タンパク質において頻繁に起こり得る。本発明のタンパク質は、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個の保存的置換を含み得る。

0114

本明細書において開示される本発明の態様は、広範な種々の、当技術分野で認められた、24P4C12タンパク質の変異体またはアナログ、例えば、アミノ酸の挿入、欠失および置換を有するポリペプチドを含む。24P4C12変異体は、当技術分野で公知の方法、例えば、部位特異的変異誘発、アラニンスキャニングおよびPCR変異誘発を用いて作製することができる。24P4C12変異体DNAを生成するために、クローニングしたDNAに対して、部位特異的変異誘発(Carter, et al., Nucl.AcidsRes., 13:4331(1986);Zoller, et al., Nucl.Acids Res., 10:6487(1987))、カセット変異誘発(Wells, et al., Gene, 34:315(1985))、制限部位選択的変異誘発(restriction selection mutagenesis)(Wells, et al., Philos.Trans.R.Soc.London SerA, 317:415(1986))、または他の公知技術を行うことができる。

0115

スキャニングアミノ酸分析もまた、連続配列に沿って、特定の生物学的活性、例えば、タンパク質間相互作用に関与する1つまたはそれ以上のアミノ酸を同定するために使用することができる。好ましいスキャニングアミノ酸の中には、比較的小さな中性アミノ酸がある。このようなアミノ酸には、アラニン、グリシン、セリンおよびシステインが含まれる。典型的には、アラニンは、β炭素を超える側鎖を排除し、変異体の主鎖の立体構造を変更する可能性が低いので、アラニンが、この群の中で好ましいスキャニングアミノ酸である。また、典型的には、アラニンは、最も一般的なアミノ酸であるので好ましい。さらに、アラニンは、埋もれた位置および露出された位置の両方において頻繁に見られる(Creighton, The Proteins, (W.H.Freeman & Co., N.Y.);Chothia, J.Mol.Biol., 150:1(1976))。アラニンの置換が、適切な量の変異体をもたらさない場合、等配電子(isosteric)アミノ酸を使用することができる。

0116

本明細書において定義されるように、24P4C12変異体、アナログ、またはホモログは、図1のアミノ酸配列を有する24P4C12タンパク質と「交差反応性」である、少なくとも1つのエピトープを有するという顕著な特質を有する。この文において使用される場合、「交差反応性」とは、24P4C12変異体に特異的に結合する抗体またはT細胞は、図1に示したアミノ酸配列を有する24P4C12タンパク質に特異的にも結合することを意味する。ポリペプチドが、出発24P4C12タンパク質に特異的に結合する抗体またはT細胞によって認識することができるエピトープを含まない場合、このポリペプチドは、図1に示したタンパク質の変異体ではなくなる。当業者であれば、タンパク質を認識する抗体は種々のサイズのエピトープに結合し、連続していてもそうでなくても約4個もしくは5個のアミノ酸のオーダーグループ分けが、最小のエピトープにある代表的なアミノ酸数であるとみなされることを理解する。例えば、Nair, et al., J.Immunol 2000 165(12):6949-6955;Hebbes, et al., Mol Immunol(1989)26(9):865-73;Schwartz, et al., J Immunol(1985)135(4):2598-608を参照のこと。

0117

24P4C12関連タンパク質変異体の他のクラスは、図1のアミノ酸配列またはそのフラグメントと、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上の類似性を共有する。24P4C12タンパク質変異体またはアナログの別の特定のクラスは、本明細書中に記載されるか、または当技術分野において現在公知である、24P4C12の生物学的モチーフの1つまたはそれ以上を含む。従って、本発明により包含されるのは、出発フラグメントと比べて機能的(例えば、免疫学的)特性が変化している24P4C12フラグメントのアナログ(核酸またはアミノ酸)である。現在当技術分野の一部であるか、または、当技術分野の一部となるモチーフは、図1の核酸配列またはアミノ酸配列に適用されることが理解されるべきである。

0118

本明細書において議論されるように、本発明の態様は、図1に示した24P4C12タンパク質の全長より少ないアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。例えば、代表的な本発明の態様は、図1に示した24P4C12タンパク質の4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個またはそれ以上の連続するアミノ酸を有するペプチド/タンパク質を含む。

0119

24P4C12関連タンパク質は、標準的なペプチド合成技術を用いて、または当技術分野で周知である化学的切断法を用いて作製される。または、組換え法を用いて、24P4C12関連タンパク質をコードする核酸分子を作製することができる。一態様において、核酸分子は、24P4C12タンパク質の規定されるフラグメント(または、その変異体、ホモログもしくはアナログ)を作製するための手段を提供する。

0120

III.A.)モチーフを有するタンパク質の態様
本明細書において開示される、さらなる例示的な本発明の態様は、図1に示した24P4C12ポリペプチド配列内に含まれる1つまたはそれ以上の生物学的モチーフのアミノ酸残基を含む24P4C12ポリペプチドを含む。種々のモチーフが当技術分野において公知であり、および、タンパク質は、多数の公的に利用可能なインターネットサイト、例えば、BIMASによって、このようなモチーフの存在について評価することができる。

0121

全ての24P4C12変異体タンパク質のモチーフを有する部分配列は、先に開示されている。

0122

表IV(h)は、いくつかの頻繁に生じるpfam検索に基づくモチーフを示す(URLアドレスpfam.wustl.edu/を参照のこと)。表IV(h)の縦列は、(1)モチーフ名の略称、(2)モチーフファミリーの異なるメンバー間で見られる%同一性、(3)モチーフの名称または説明、および(4)最も一般的な機能を列挙する。モチーフが、位置と関連性がある場合、位置情報も含まれる。

0123

前記に議論された1つまたはそれ以上の24P4C12モチーフを含むポリペプチドは、前記に議論された24P4C12モチーフが増殖調節不全に関連するという観察を考慮すると、悪性表現型の特定の特徴を解明するのに有用である。なぜならば、24P4C12は特定の癌において過剰発現しているからである(例えば、表Iを参照のこと)。例えば、カゼインキナーゼII、cAMPおよびcamp依存性プロテインキナーゼ、ならびにプロテインキナーゼCは、悪性表現型の発生に関与することが公知の酵素である(例えば、Chen, et al., Lab Invest., 78(2):165-174(1998);Gaiddon, et al., Endocrinology 136(10):4331-4338(1995);Hall, et al., Nucleic AcidsResearch 24(6):1119-1126(1996);Peterziel, et al., Oncogene 18(46):6322-6329(1999)およびO'Brian, Oncol.Rep.5(2):305-309(1998)を参照のこと)。さらに、グリコシル化およびミリストイル化は両方とも、癌および癌の進行にも関連するタンパク質の改変である(例えば、Dennis, et al., Biochem.Biophys.Acta 1473(1):21-34(1999);Raju, et al., Exp.Cell Res. 235(1):145-154(1997)を参照のこと)。アミド化は、癌および癌の進行にも関連する別のタンパク質改変である(例えば、Treston, et al., J.Natl.Cancer Inst.Monogr.(13):169-175(1992)を参照のこと)。

0124

別の態様において、本発明のタンパク質は、当技術分野で認められた方法に従って同定された1つまたはそれ以上の免疫反応性エピトープ、例えば、先に開示されるペプチドを含む。CTLエピトープは、特定のHLA対立遺伝子に最適に結合することができる24P4C12タンパク質内のペプチドを同定するために特定のアルゴリズムを用いて決定することができる(例えば、表IV;Epimatrix(商標)およびEpimer(商標), Brown University, URL brown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html、ならびにBIMAS , URL bimas.dcrt.nih.gov/.)。さらに、HLA分子に対する十分な結合親和性を有し、免疫原性エピトープであることと相関しているペプチドを同定するためのプロセスは当技術分野で周知であり、過度の実験を伴わずに行われる。さらに、免疫原性エピトープであるペプチドを同定するためのプロセスは当技術分野で周知であり、インビトロもしくはインビボのいずれかにおける過度の実験を伴わずに行われる。

0125

免疫原性を調節するために、このようなエピトープのアナログを作製するための原理も当技術分野で公知である。例えば、CTLモチーフまたはHTLモチーフを有するエピトープから開始する(例えば、表IVのHLAクラスIおよびHLAクラスIIのモチーフ/スーパーモチーフを参照のこと)。このエピトープは、特定の位置のうちの1つにあるアミノ酸を置換し、そのアミノ酸を、その位置について特定された別のアミノ酸で置き換えることによってアナログ化される。例えば、表IVに規定される残基に基づくと、任意の他の残基、例えば、好ましい残基のほうを選んで、有害な残基を置換して除くこと;好ましい残基で、あまり好ましくない残基を置換すること;または、別の好ましい残基で、もともと存在する好ましい残基を置換することができる。置換は、ペプチド内の一次アンカー位置、または他の位置において起こり得る;例えば、表IVを参照のこと。

0126

種々の参考文献が、関心対象のタンパク質およびそのアナログにおけるエピトープの同定および作製に関する技術を示している。例えば、Chesnut, et al.,に対するWO 97/33602;Sette, Immunogenetics 1999 50(3-4):201-212;Sette, et al., J.Immunol.2001 166(2):1389-1397;Sidney, et al., Hum.Immunol.1997 58(1):12-20;Kondo, et al., Immunogenetics 1997 45(4):249-258;Sidney, et al., J.Immunol.1996 157(8):3480-90;およびFalk, et al., Nature 351:290-6(1991);Hunt, et al., Science 255:1261-3(1992);Parker, et al., J.Immunol.149:3580-7(1992);Parker, et al., J.Immunol.152:163-75(1994));Kast, et al., 1994 152(8):3904-12;Borras-Cuesta, et al., Hum.Immunol.2000 61(3):266-278;Alexander, et al., J.Immunol.2000 164(3);164(3):1625-1633;Alexander, et al.,PMID:7895164, UI:95202582;O'Sullivan, et al., J.Immunol.1991 147(8):2663-2669;Alexander, et al., Immunity 1994 1(9):751-761ならびにAlexander, et al., Immunol.Res.1998 18(2):79-92を参照のこと。

0127

関連する本発明の態様は、表IV(a)、表IV(b)、表IV(c)、表IV(d)および表IV(h)に示した異なるモチーフの組み合わせを含むポリペプチド、ならびに/または、先に開示される1つもしくはそれ以上の推定CTLエピトープ、ならびに/または当技術分野で公知の1つもしくはそれ以上のT細胞結合モチーフを含む。好ましい態様は、モチーフ内、または、ポリペプチドの介在配列内のいずれにも、挿入も欠失も置換も含まない。さらに、例えば、モチーフが位置するポリペプチド構造のより多くの部分を含めるためには、これらのモチーフのいずれかの側に、多数のN末端および/またはC末端アミノ酸残基を含む態様が望ましい場合がある。典型的には、モチーフのいずれかの側にあるN末端および/またはC末端のアミノ酸残基の数は、約1アミノ酸残基〜約100アミノ酸残基であり、好ましくは、5〜約50アミノ酸残基である。

0128

24P4C12関連タンパク質は、多くの形態、好ましくは、単離された形態で具体化される。精製24P4C12タンパク質分子は、抗体、T細胞または他のリガンドに対する24P4C12の結合を損なう他のタンパク質または分子を実質的に含まない。単離および精製の性質および程度は、意図される用途に依存する。24P4C12関連タンパク質の態様は、精製された24P4C12関連タンパク質、および、機能的な可溶性24P4C12関連タンパク質を含む。一態様において、機能的な可溶性24P4C12タンパク質またはそのフラグメントは、抗体、T細胞または他のリガンドにより結合される能力を保持する。

0129

本発明はまた、図1に示した24P4C12アミノ酸配列の生物学的に活性なフラグメントを含む24P4C12タンパク質を提供する。このようなタンパク質は、出発24P4C12タンパク質の特性、例えば、出発24P4C12タンパク質に付随するエピトープに特異的に結合する抗体の作製を誘発する能力;このような抗体により結合される能力;HTLもしくはCTLの活性化を誘発する能力;および/または出発タンパク質にも特異的に結合するHTLもしくはCTLにより認識される能力を示す。

0130

特に興味のある構造を含む24P4C12関連ポリペプチドは、例えば、Chou-Fasman法、Garnier-Robson法、Kyte-Doolittle法、Eisenberg法、Karplus-Schultz法、もしくはJameson-Wolf分析を含む当技術分野で周知である種々の分析技術を用いて、または免疫原性に基づいて推定および/または同定することができる。このような構造を含むフラグメントは、サブユニット特異的な抗24P4C12抗体もしくはT細胞の作製において、または、24P4C12に結合する細胞因子の同定において特に有用である。例えば、Hopp, T.P. and Woods, K.R.1981, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:3824-3828の方法を用いて、親水性プロフィールを作製し、免疫原性ペプチドフラグメントを同定することができる。Kyte, J. and Doolittle, R.F.1982, J.Mol.Biol.157:105-132の方法を用いて、ハイドロパシープロフィールを作製し、免疫原性ペプチドフラグメントが同定することができる。Janin J.1979, Nature 277:491-492の方法を用いて、接近可能残基(Accessible Residues)パーセント(%)のプロフィールを作製し、免疫原性ペプチドフラグメントを同定することができる。Bhaskaran R., Ponnuswamy P.K.1988, Int.J.Pept.Protein Res.32:242-255の方法を用いて、平均可撓性(Average Flexibility)プロフィールを作製し、免疫原性ペプチドフラグメントを同定することができる。Deleage, G., Roux B., 1987, Protein Engineering 1:289-294の方法を用いて、β-ターンプロフィールを作製し、免疫原性ペプチドフラグメントを同定することができる。

0131

特定されたHLA対立遺伝子、例えば、BIMASおよびSYFPEITHIへ最適に結合することができる24P4C12タンパク質内のペプチドを同定するために、特定のアルゴリズムを使用して、CTLエピトープを決定することができる。これを例示すると、ヒトMHCクラスI分子、例えば、HLA-A1、HLA-A2、HLA-A3、HLA-A11、HLA-A24、HLA-B7およびHLA-B35の状況において提示される24P4C12由来のペプチドエピトープが予測された。具体的には、24P4C12タンパク質の完全アミノ酸配列および他の変異体の関連部分、すなわち、HLAクラスI予測については、点変異またはエキソン接合部のいずれかの側にある9個の隣接する残基、およびHLAクラスII予測については、その変異体に対応する、点変異またはエキソン接合部のいずれかの側にある14個の隣接する残基を、バイオインフォマテクスおよび分子的分析の項において見出されるHLAペプチドモチーフ検索アルゴリズムに入力した。

0132

このHLAペプチドモチーフ検索アルゴリズムは、HLAクラスI分子、特に、HLA-A2の溝にある特定のペプチド配列の結合に基づいて、Ken Parker博士によって開発された(例えば、Falk et al., Nature 351:290-6(1991);Hunt et al., Science 255:1261-3(1992);Parker et al., J.Immunol.149:3580-7(1992);Parker et al., J.Immunol.152:163-75(1994)を参照のこと)。このアルゴリズムは、HLA-A2ならびに多くの他のHLAクラスI分子への推定される結合について、完全タンパク質配列から8マー、9マー、および10マーのペプチドの位置および順位付けを可能にする。多くのHLAクラスI結合ペプチドは、8マー、9マー、10マーまたは11マーである。例えば、クラスI HLA-A2に関して、このエピトープは、好ましくは、位置2にロイシン(L)もしくはメチオニン(M)を、およびC末端にバリン(V)もしくはロイシン(L)を含む(例えば、Parker et al., J.Immunol.149:3580-7(1992)を参照のこと)。24P4C12の推定される結合ペプチドの選択された結果が示されている。結合スコアは、pH6.5において37℃での、ペプチドを含む複合体の解離推定半減期に相当する。最高の結合スコアを有するペプチドは、細胞表面上のHLAクラスIに最長時間で最も強く結合すると推定され、従って、T細胞認識最良免疫原性標的である。

0133

HLA対立遺伝子へのペプチドの実際の結合は、抗原プロセシング欠損細胞株T2上のHLA発現の安定化によって評価することができる(例えば、Xue et al., Prostate 30:73-8(1997)およびPeshwa et al., Prostate 36:129-38(1998)を参照のこと)。特定のペプチドの免疫原性は、抗原提示細胞、例えば、樹状細胞の存在下でのCD8+細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の刺激によってインビトロで評価することができる。

0134

BIMASサイト、Epimer(商標)サイトおよびEpimatrix(商標)サイトによって推定されるか、または当技術分野で利用可能なHLAクラスIモチーフもしくはHLAクラスIIモチーフによって特定されるか、または当技術の一部、例えば、表IVに記載のものになっている全てのエピトープは、本発明に従って、24P4C12タンパク質に「適用」されると認識されよう。この状況において使用される場合、「適用」されるとは、関連分野の当業者によって認識されるように、例えば、視覚的にもしくはコンピューターベースパターン発見法によって、24P4C12タンパク質が評価されることを意味する。HLAクラスIモチーフを有する、8アミノ酸残基、9アミノ酸残基、10アミノ酸残基、または11アミノ酸残基からなる24P4C12タンパク質の全ての部分配列、またはHLAクラスIIモチーフを有する9個またはそれ以上のアミノ酸残基からなる部分配列は、本発明の範囲内である。

0135

III.B.)24P4C12関連タンパク質の発現
以下の実施例に記載の態様において、24P4C12は、市販の発現ベクター、例えば、C末端の6XHisおよびMYCタグを有する24P4C12をコードするCMV駆動発現ベクター(pcDNA3.1/mycHIS, InvitrogenまたはTag5, GenHunter Corporation, Nashville TN)でトランスフェクトされた細胞(例えば、293T細胞)において都合よく発現させることができる。このTag5ベクターは、トランスフェクト細胞において分泌型24P4C12タンパク質の産生を促進するために使用することができるIgGK分泌シグナルを提供する。培地中の分泌型HISタグ化24P4C12は、例えば、標準技術を用いるニッケルカラムを使用して精製することができる。

0136

III.C.)24P4C12関連タンパク質の改変
24P4C12関連タンパク質の改変、例えば、共有結合改変は、本発明の範囲内に含まれる。共有結合改変の1つの型は、24P4C12ポリペプチドの標的アミノ酸残基と、有機性誘導体化剤とを反応させることを含む。有機性誘導体化剤は、選択された側鎖または24P4C12タンパク質のN末端残基もしくはC末端残基と反応することができる。本発明の範囲内に含まれる24P4C12ポリペプチドの共有結合改変の別の型は、本発明のタンパク質のネイティブグリコシル化パターンを変更することを含む。24P4C12の共有結合改変の別の型は、24P4C12ポリペプチドを、種々の非タンパク質ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンのうちの1つに、米国特許第4,640,835号;同第4,496,689号;同第4,301,144号;同第4,670,417号;同第4,791,192号または同第4,179,337号に記載される様式で連結することを含む。

0137

本発明の24P4C12関連タンパク質はまた、別の異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列に融合された24P4C12を含むキメラ分子を形成するように改変することができる。このようなキメラ分子は化学的に合成されてもよいし、組換え的に合成されてもよい。キメラ分子は、別の腫瘍関連抗原またはそのフラグメントに融合された本発明のタンパク質を有してもよい。または、本発明によるタンパク質は、24P4C12配列(アミノ酸または核酸)のフラグメントの融合物を含んでもよい。その結果、長さにわたって、図1に示したアミノ酸配列または核酸配列に直接に相同的でない分子が作られる。このようなキメラ分子は、24P4C12の同じ複数の部分配列を含んでもよい。キメラ分子は、24P4C12関連タンパク質とポリヒスチジンエピトープタグとの融合物を含んでもよい。このポリヒスチジンエピトープタグは、固定化ニッケルが、サイトカインまたは増殖因子に選択的に結合し得るエピトープを提供する。このエピトープタグは、一般的に、24P4C12タンパク質のアミノ末端またはカルボキシル末端に配置される。別の態様において、このキメラ分子は、24P4C12関連タンパク質と免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合物を含んでもよい。キメラ分子の二価形態(「イムノアドヘシン(immunoadhesin)」ともいわれる)に関して、このような融合物は、IgG分子のFc領域に対するものであり得る。このIg融合物は、好ましくは、Ig分子内の少なくとも1つの可変領域の代わりに、24P4C12ポリペプチドの可溶型(膜貫通ドメインが欠失されている、または不活性化されている)を置換することを含む。好ましい態様において、この免疫グロブリン融合物は、IgGI分子のヒンジ領域とCH2領域とCH3領域、またはヒンジ領域とCH1領域とCH2領域とCH3領域を含む。免疫グロブリン融合物の作製については、例えば、1995年6月27日に発行された米国特許第5,428,130号を参照のこと。

0138

III.D.)24P4C12関連タンパク質の用途
本発明のタンパク質には、多くの種々の具体的な用途がある。24P4C12は、前立腺癌および他の癌において高発現しているので、24P4C12関連タンパク質は、正常組織対癌組織における24P4C12遺伝子産物の状態(status)を評価し、それによって、悪性表現型を解明する方法において使用される。典型的には、24P4C12タンパク質の特定の領域に由来するポリペプチドは、これらの領域(例えば、1つまたはそれ以上のモチーフを含む領域)における混乱(例えば、欠失、挿入、点変異など)の存在を評価するために使用される。例示的アッセイは、正常組織対癌組織におけるこの領域の特性を評価するため、またはこのエピトープに対する免疫応答を誘発させるために、24P4C12ポリペプチド配列内に含まれる生物学的モチーフのうちの1つまたはそれ以上のアミノ酸残基を含む24P4C12関連タンパク質を標的とする、抗体またはT細胞を利用する。または、24P4C12タンパク質中の生物学的モチーフのうちの1つまたはそれ以上のアミノ酸残基を含む24P4C12関連タンパク質は、24P4C12のその領域と相互作用する因子をスクリーニングするために使用される。

0139

24P4C12タンパク質フラグメント/部分配列は、24P4C12またはその特定の構造ドメインに結合する薬剤または細胞因子を同定するために、ドメイン特異的抗体(例えば、24P4C12タンパク質の細胞外エピトープまたは細胞内エピトープを認識する抗体)を作製および特徴付けすることにおいて、ならびに診断アッセイ、癌ワクチンおよびこのようなワクチンを調製する方法が含まれるが、これに限定されない、種々の治療および診断の状況において特に有用である。

0140

24P4C12遺伝子、またはそのアナログ、ホモログもしくはフラグメントによってコードされるタンパク質は、抗体の作製、ならびに24P4C12遺伝子産物に結合するリガンドおよび他の薬剤および細胞構成成分を同定する方法が含まれるが、これに限定されない、種々の用途を有する。24P4C12タンパク質またはそのフラグメントに対して産生された抗体は、診断アッセイおよび予後アッセイにおいて、ならびに24P4C12タンパク質の発現によって特徴付けられるヒトの癌、例えば、表Iに列挙した癌の管理における画像化方法論において有用である。このような抗体は細胞内で発現され、このような癌を有する患者を処置する方法において使用することができる。24P4C12関連核酸または24P4C12関連タンパク質はまた、HTL応答またはCTL応答を発生させることにおいて使用される。

0141

24P4C12タンパク質の検出のために有用な種々の免疫学的アッセイが使用される。これらのアッセイには、種々の型のラジオイムノアッセイ酵素結合免疫測定法(ELISA)、酵素結合免疫蛍光測定法(ELIFA)、免疫細胞化学法などが含まれるが、これに限定されない。抗体は標識され、(例えば、ラジオシンチグラフィー画像化法において)24P4C12発現細胞を検出することができる免疫学的画像化試薬として使用することができる。24P4C12タンパク質はまた、本明細書でさらに記載のように、癌ワクチンを作製することにおいて特に有用である。

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