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図面 (12)

課題

コンピュータ利用による相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた配列検索情報を、相同配列相違配列とを区別して、容易に視覚化できる参照配列比較配列との比較表示方法を提供する。

解決手段

特定の生体分子配列情報(参照配列)21と該特定の生体分子配列情報と比較する他の生体分子配列情報(比較配列)22とを表示装置グラフカルに表示する配列比較表示方法において、他の生体分子配列情報(比較配列)22は前記特定の生体分子配列(参照配列)21に対する相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた情報であって、表示装置の同一画面上に特定の生体分子配列情報(参照配列)21と他の生体分子配列情報(比較配列)22とを図表示テーブル表示、配列表示によって表示する。

概要

背景

従来から、核酸タンパク質アミノ酸等のシークエンシングによって得られた塩基配列アミノ酸配列等の生体分子配列は、それらの配列が新規なものかどうか確認するために、核酸やタンパク質アミノ酸等の生体分子配列情報が多数蓄積されているGenbank(NCBI:National Center for Biotechnology Information、米国バイオテクノロジー情報センター)、DDBJ、Swiss Prot等のデータベースコンピュータを利用してインターネットを経由しアクセスして、相同性検索で調べることができる。そして、この場合の相同性検索のツールとしては、Blast、Smith−Waterman、Fasta等のプログラムソフトウエアが利用されている。

これらの相同性検索のプログラムソフトウエアと上記データベースを利用して、例えばDNAの場合、相同性検索でクエリー(問い合わせ)配列がすでに報告されている遺伝子配列かどうか乃至類似配列がないかどうかをコンピュータで統計確率的手法で計算し、デイスプレイ上にスコア順乃至e値の低い順にクエリー配列相同乃至類似部分の配列の名称リストで表示し、さらに相同乃至類似部分の配列をペアワイズ塩基配列情報文字列)として表示してくれる。Blastでは、相同乃至類似部分がマルチプルアライメントとして表示できる。

そして、すでに機能のわかっている遺伝子が相同性検索で確率の高い値でヒットした場合には、クエリー配列が遺伝子である可能性を予想させかつ又その機能を予測乃至推定できる。タンパク質ペプチドのアミノ酸配列の場合にも相同性検索でDNAの場合と同様のことができ、検索結果の表示もDNAの場合と同様である。

また、NCBIが公開しているPSI−blastとPHI−blastの同時併用では、検索結果はリストとペアワイズだけでなく相同性乃至類似部分を図に表示する。PSI−blastとPHI−blast併用、Blast、Smith−Waterman、Fasta の検索結果はすべて一画面に上下連続して表示される。

その他、SNPs解析で同じ遺伝子配列の一部を多数の人やマウスから得て相同性検索することにより突然変異を検出し、遺伝子の突然変異と病気との関連も研究されている。

コンピュータを利用して得られたこのような遺伝子予測と遺伝子機能予測の情報をもとに製薬研究開発が行われており、このような手法によって作られる製薬はゲノム創薬と呼ばれている。

さらに、相同性検索によって得られた遺伝子に関する情報は製薬の研究開発だけでなく、遺伝子治療の研究開発にも利用されており、また遺伝子工学による遺伝子組み替え植物作出の研究開発においても利用されている。

なお、相同性検索と類似した検索としてPSI−blast、HMM、Genewise等がある。

概要

コンピュータ利用による相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた配列検索情報を、相同配列相違配列とを区別して、容易に視覚化できる参照配列比較配列との比較表示方法を提供する。

特定の生体分子配列情報(参照配列)21と該特定の生体分子配列情報と比較する他の生体分子配列情報(比較配列)22とを表示装置グラフカルに表示する配列比較表示方法において、他の生体分子配列情報(比較配列)22は前記特定の生体分子配列(参照配列)21に対する相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた情報であって、表示装置の同一画面上に特定の生体分子配列情報(参照配列)21と他の生体分子配列情報(比較配列)22とを図表示テーブル表示、配列表示によって表示する。

目的

そこで、この発明は、以上のような事情に鑑みて考えられたもので、コンピュータ利用による相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた配列検索情報を、相同配列と相違配列とを区別して、容易に視覚化できる参照配列と比較配列との比較表示方法を提供することを課題としている。

効果

実績

技術文献被引用数
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牽制数
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請求項1

特定の生体分子配列情報と該特定の生体分子配列情報と比較する他の生体分子配列情報とを表示装置グラフカルに表示する配列比較表示方法において、前記他の生体分子配列情報は前記特定の生体分子配列に対する相同性検索乃至相同性検索と類似する検索によって得られた情報であって、前記表示装置の同一画面上に前記特定の生体分子配列情報と他の生体分子配列情報とを図表示部、テーブル表示部、配列表示部によって表示することを特徴とする配列比較表示方法。

請求項2

前記図表示部は、相同配列箇所と相違配列箇所とを区別して表示することを特徴とする請求項1に記載の配列比較表示方法。

請求項3

前記図表示部は、前記特定の生体分子配列情報に対して相同性の最も高い1以上の前記他の生体分子配列情報を並列配置して表示することを特徴とする請求項1に記載の配列比較表示方法。

請求項4

前記図表示部は、前記特定の生体分子配列情報に対して2回以上相同性検索乃至相同性検索に類似する検索を行って得られた1以上の相同性の最も高い配列情報を2以上のマルチプルアライメントに並列配置して表示することを特徴とする請求項3に記載の配列比較表示方法。

請求項5

前記テーブル表示部は、前記図表示部の配列箇所とリンクして相違配列箇所の位置、相違のタイプ、クオリティーバリューを表示するとともに、該相違配列箇所が遺伝子のORF内か外に位置することを表示することを特徴とする請求項1に記載の配列比較表示方法。

請求項6

前記配列表示部は、前記図表示部及びテーブル表示部とリンクして表示することができ、相違配列箇所の配列をアルファベット文字で表示することを特徴とする請求項1に記載の配列比較表示方法。

請求項7

請求項1に記載の配列比較表示方法をコーデイングされたプログラム命令を保存したコンピュータにて読み取り可能な記録媒体

請求項8

請求項1に記載の配列比較表示方法をコーデイングされたプログラム命令を実行するコンピュータ装置

技術分野

0001

この発明は、バイオインフォマティックス生命情報科学)分野において、コンピュータを利用して核酸配列タンパク質アミノ酸配列等の生体分子配列情報が多数蓄積されているデータべースにアクセスして、所望の核酸配列やタンパク質アミノ酸配列等の検索を行って得られた生体分子配列情報をディスプレイ等の表示装置図表示テーブル表示、配列表示するための配列比較表示方法に関する。

背景技術

0002

従来から、核酸やタンパク質アミノ酸等のシークエンシングによって得られた塩基配列やアミノ酸配列等の生体分子配列は、それらの配列が新規なものかどうか確認するために、核酸やタンパク質アミノ酸等の生体分子配列情報が多数蓄積されているGenbank(NCBI:National Center for Biotechnology Information、米国バイオテクノロジー情報センター)、DDBJ、Swiss Prot等のデータベースにコンピュータを利用してインターネットを経由しアクセスして、相同性検索で調べることができる。そして、この場合の相同性検索のツールとしては、Blast、Smith−Waterman、Fasta等のプログラムソフトウエアが利用されている。

0003

これらの相同性検索のプログラムソフトウエアと上記データベースを利用して、例えばDNAの場合、相同性検索でクエリー(問い合わせ)配列がすでに報告されている遺伝子配列かどうか乃至類似配列がないかどうかをコンピュータで統計確率的手法で計算し、デイスプレイ上にスコア順乃至e値の低い順にクエリー配列相同乃至類似部分の配列の名称リストで表示し、さらに相同乃至類似部分の配列をペアワイズ塩基配列情報文字列)として表示してくれる。Blastでは、相同乃至類似部分がマルチプルアライメントとして表示できる。

0004

そして、すでに機能のわかっている遺伝子が相同性検索で確率の高い値でヒットした場合には、クエリー配列が遺伝子である可能性を予想させかつ又その機能を予測乃至推定できる。タンパク質ペプチドのアミノ酸配列の場合にも相同性検索でDNAの場合と同様のことができ、検索結果の表示もDNAの場合と同様である。

0005

また、NCBIが公開しているPSI−blastとPHI−blastの同時併用では、検索結果はリストとペアワイズだけでなく相同性乃至類似部分を図に表示する。PSI−blastとPHI−blast併用、Blast、Smith−Waterman、Fasta の検索結果はすべて一画面に上下連続して表示される。

0006

その他、SNPs解析で同じ遺伝子配列の一部を多数の人やマウスから得て相同性検索することにより突然変異を検出し、遺伝子の突然変異と病気との関連も研究されている。

0007

コンピュータを利用して得られたこのような遺伝子予測と遺伝子機能予測の情報をもとに製薬研究開発が行われており、このような手法によって作られる製薬はゲノム創薬と呼ばれている。

0008

さらに、相同性検索によって得られた遺伝子に関する情報は製薬の研究開発だけでなく、遺伝子治療の研究開発にも利用されており、また遺伝子工学による遺伝子組み替え植物作出の研究開発においても利用されている。

0009

なお、相同性検索と類似した検索としてPSI−blast、HMM、Genewise等がある。

発明が解決しようとする課題

0010

以上のように相同性検索は利用範囲が広いが、相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られる文字情報莫大なものであり、その情報を相同配列相違配列とを区別して、よりわかりやすく視覚化できるような表示方法が望まれている。

0011

そこで、この発明は、以上のような事情に鑑みて考えられたもので、コンピュータ利用による相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた配列検索情報を、相同配列と相違配列とを区別して、容易に視覚化できる参照配列比較配列との比較表示方法を提供することを課題としている。

課題を解決するための手段

0012

かかる課題を解決するために、請求項1に記載の発明は、特定の生体分子配列情報と該特定の生体分子配列情報と比較する他の生体分子配列情報とを表示装置にグラフカルに表示する配列比較表示方法において、前記他の生体分子配列情報は前記特定の生体分子配列に対する相同性検索乃至相同性検索に類似する検索によって得られた情報であって、前記表示装置の同一画面上に前記特定の生体分子配列情報と他の生体分子配列情報とを図表示部、テーブル表示部、配列表示部によって表示することを特徴としている。

0013

請求項2に記載の発明は、請求項1の構成に加えて、前記図表示部は、相同配列箇所と相違配列箇所とを区別して表示することを特徴としている。

0014

請求項3に記載の発明は、請求項1の構成に加えて、前記図表示部は、前記特定の生体分子配列情報に対して相同性の最も高い1以上の前記他の生体分子配列情報を並列配置して表示することを特徴としている。

0015

請求項4に記載の発明は、請求項3の構成に加えて、前記図表示部は、前記特定の生体分子配列情報に対して2回以上相同性検索乃至相同性検索に類似する検索を行って得られた1以上の相同性の最も高い配列情報を2以上のマルチプルアライメントに並列配置して表示することを特徴としている。

0016

請求項5に記載の発明は、請求項1の構成に加えて、前記テーブル表示部は、前記図表示部の配列箇所とリンクして相違配列箇所の位置、相違のタイプ、クオリティーバリューを表示するとともに、該相違配列箇所が遺伝子のORF内か外に位置することを表示することを特徴としている。

0017

請求項6に記載の発明は、請求項1の構成に加えて、前記配列表示部は、図表示部及びテーブル表示部とリンクして表示することができ、相違配列箇所の配列をアルファベット文字で表示することを特徴としている。

0018

請求項7に記載の発明は、請求項1に記載の配列比較表示方法をコーデイングされたプログラム命令を保存したコンピュータにて読み取り可能な記録媒体であることを特徴としている。

0019

請求項8に記載の発明は、請求項1に記載の配列比較表示方法をコーデイングされたプログラム命令を実行するコンピュータ装置であることを特徴としている。

発明を実施するための最良の形態

0020

この発明に適用できる生体分子配列には特に限定はないが、例えば、構成単位が線状に連なった構造を有する核酸(DNA、RNA)、ポリペプチド(タンパク質)、糖鎖等の配列を挙げることができる。この発明の方法は、上記配列及び/又はその配列情報を適切な文字記号、例えば核酸配列はヌクレオチド慣用アルファベット(例:アデニン=A、シトニン=C、グアニン=G、チミン=T)で表示することによって、またポリペプチド等のアミノ酸配列はアミノ酸を慣用のアルファベットで1文字表示、又は3文字表示することによってそれぞれ実施される。この発明において生体分子配列情報とは、生体分配列の比較から得られる情報であればよく、上記構成単位の配列、当該単位が有する置換、挿入、欠失情報の他、構成単位の各種の修飾、例えば、ヌクレオチドのメチル化、アミノ酸への糖鎖や補欠分子族の付加等の情報も包含されるものである。

0021

以下、DNA配列を例としてこの発明に係る実施の形態について図面に従って説明する。

0022

図1は、この発明の配列比較表示方法に係る実施の形態に関するディスプレイやプロジェクター等の表示装置に表れる画面例を示している。

0023

この発明の配列比較表示方法に係る実施の形態における図表示では、特定の生体分子配列情報である参照配列21の全体長18と、配列全体における配列比較の位置がすぐわかるように等間隔で配列を区切ったスケール19と配列比較の位置を示す矩形20とが、MAP位置表示部14に表示される。さらに、特定の生体分子配列である参照配列21に対して相同性の最も高い1以上の他の生体分子配列情報である比較配列22が特定の生体分子配列情報である参照配列21と平行に位置するように水平方向に1以上配置されてMAP表示部15に表示される。つまり、図表示はMAP位置表示部14とMAP表示部15とからなる図表示部によって実現される。

0024

ここで、比較配列22はシークエンシングした配列でもアセンブルして一本にしたcontig配列でもよいし、未知の配列及び既知の配列乃至公開データベース登録されている配列のいずれでもよい。

0025

MAP表示部15では、検索して得られた情報を水平方向に平行に配置するように参照配列21と比較配列22とを線分で表示し、線分の左端に参照配列名23と比較配列22のプロジェクト名24を表示する。また、表示されている領域の配列位置情報が参照配列21の左右25,25に表示される。

0026

MAP表示部15の拡大図である図2に示したように、比較配列22上に、参照配列21と比較配列22で配列が相違した配列をMutationと命名し四角形の枠30で表示し、参照配列21にあって比較配列22にない配列をDeletionと命名し、三角記号31と線分33で表示し、参照配列21になく比較配列22にある配列をInsertionと命名し逆三角記号32で表示するようにしている。これにより、線分の箇所は相同な配列を示すことにより、相同配列箇所と、Mutation、Deletion、Insertionの相違配列箇所とが容易に区別でき、視覚化も容易となる。

0027

ここで、MAP表示部15の拡大率が大きくなり、塩基のアルファベット文字を表示するのに十分な幅がある場合には、図2に示したように、四角形の枠30の中に塩基のアルファベット文字を表示し、MAP表示部15の拡大率が小さくて四角形の枠30の中に塩基のアルファベット文字を表示するのに十分な幅がないときでも、メニュー表示部10からShow nucleotideを選択することにより四角形の枠30がない状態で塩基のアルファベット文字を表示するようになっている。

0028

MAP表示部15の全体における位置を変えたい時には、MAP位置表示部14の矩形20を水平方向にマウスでドラッグドロップして参照配列21上を任意に動かすかキーボード上の左右のカーソルキーを押すことにより矩形20を水平方向に移動させることにより、見たいMAP表示部15の位置を変えることができる。

0029

図1において、Mutation、Deletion、Insertionの相違配列箇所でマウスの左ボタンクリックすると垂直バー26が表示され、参照配列21のどの位置に対応するかを示す位置情報がBP文字27で表示され、テーブル表示部17とリンクしてその配列箇所の情報がバー表示28がなされる。

0030

Deletion、Insertionでは、相違配列箇所でマウスの左ボタンをクリックすると、DeletionとInsertionの配列情報(塩基配列)が配列表示部16にアルファベット文字で表示される。これにより、対応する塩基配列が表示できる。

0031

上記、相同配列箇所と相違配列箇所の表示記号、名称は、上記で記述したもの以外の表示記号に置き換えて表示してもかまわないし、別の名称で表示してもさしつかえない。

0032

ユーザーは、図3に示したように、MAP表示部15を拡大・縮小して見ることができる。

0033

MAP位置表示部14で、マウスの右ボタンをクリックすることによってMAP表示部15のサイズを変更するポップアップメニュー40を表示させることができ、このポップアップメニュー40の表示サイズを選択して、MAP表示部15の表示サイズを変更することができる。

0034

MAP位置表示部14で、キーボードのShiftキーを押しながらマウスをドラッグ&ドロップして矩形20を拡大・縮小することにより、任意のサイズのMAP表示部15の領域を指定することができる。この場合、MAP表示部15で表示される中央の位置は変わらない。

0035

図4に示したように、MAP表示部15においても、マウスの左ボタンをクリックして拡大したい範囲50を指定するとその範囲が拡大される。

0036

また、ユーザーは、図5に示したように、縮小モードではMAP表示部15の相同配列箇所と相違配列箇所を広く視覚化でき、拡大モードでは相違配列箇所を拡大して見ることができ、特にMutation表示された箇所の配列をMAP表示部15上で直接見ることができる。DeletionとInsertionの記号表示は拡大・縮小によってそのサイズが変化する。

0037

ユーザーは、図6に示したように、相違配列の情報をより詳しく見るために、テーブル表示部17ではDisagreementテーブル表示60とScoreテーブル表示61の2通りの表示で見ることができ、Disagreementテーブル表示60とScoreテーブル表示61をクリックすることによって両者の表示が変えられる。

0038

Disagreementテーブル表示60では、MAP表示部15で表示されている範囲のMutation、Deletion、Insertionの相違配列の参照配列21の全体長における位置情報62を見ることができ、Mutationにおいては参照配列21と比較配列22における配列情報を見ることができる。また、参照配列21に遺伝子のORFの位置情報がある場合には、この情報を基にMutation、Deletion、Insertionの相違配列がORFの内“ORF”か外“ORF−ORF”或いは2以上のORFにまたがっている“ORF,ORF”かの文字表示65がなされる。

0039

Disagreementテーブル表示60ではテーブル中のMutation、Deletion、Insertionのいずれかの相違配列の行をクリックするとバー表示28がなされ、MAP表示部15で同じ相違配列の位置を指示する垂直バー26が表示され、垂直バー26の右横に位置情報27を表示する。

0040

DeletionとInsertionでは、その配列が配列表示部16にアルファベット文字で表示される。Disagreementテーブル表示60では、シークエンシングした配列でクオリティーバリューの情報を持つものの場合において、MutationとInsertionにおけるクオリティーバリュー67が表示される。ユーザーはそのクオリティーバリュー67を基にMutationとInsertionにおける配列がシークエンシングエラーによって表示された配列かどうかを判断できる。さらに、クオリティーバリュー67の情報を見たい時には、Scoreテーブル表示61でさらに詳しく見ることができる。Disagreementテーブル表示60では、base position68をクリックすると相違配列の小から大の位置順ソーティングでき、ORF69をクリックすると相違配列がORFの内にあるものと、ORFの外にあるものと、2以上のORFにまたがっているものとにソーティングされる。

0041

Scoreテーブル表示61は、図7に示したように、1プロジェクトにおいてシークエンシングした比較配列でクオリティーバリューの情報を持つものの場合において、1プロジェクトの1以上のすべての比較配列の配列名70が左のフレームに表示され、その配列名70をクリックするとその配列名70にあるクオリティーバリューの一定値未満のその配列内における位置情報71と配列72とクオリティーバリュー73が表示される。

0042

相違配列の行をクリックするとバー表示74され、MAP表示部15で同じ相違配列の位置を指示する垂直バー26が表示され、垂直バー26の右横に位置情報27を表示する。base position75をクリックすると相違配列の小から大の位置順にソーティングでき、score value76をクリックするとクオリティーバリューの小から大の順にソーティングされる。

0043

この発明の配列比較表示方法に係る実施の形態では、図8に示したように、特定の生体分子配列である参照配列に対して1以上の比較配列からなる2以上のプロジェクトで、それぞれ独立に相同性検索乃至相同性検索と類似する検索を行って得られた情報を表示することができる。

0044

この場合、図表示ではMAP位置表示部14では参照配列21の全体長が表示され、MAP表示部15で各プロジェクトの比較配列22の検索情報が参照配列21と平行にマルチプルアライメントで表示される。

0045

上記記載と同様、相違配列でDeletionとInsertionのいずれかの相違配列の行をクリックすると垂直バー26が表示され、それらの配列情報(塩基配列)が配列表示部16にアルファベット文字で表示される。テーブル表示部17のDisagreementテーブル表示60ではプロジェクトごとに対応した相違配列の位置情報62、その位置における参照配列の配列21と各プロジェクトの比較配列22の配列80の表示、各プロジェクトにおける相違配列がORFの内“ORF”か外“ORF−ORF”或いは2以上のORFにまたがっている“ORF,ORF”かの文字表示65、相違配列のクオリティーバリュー67を表示する。

0046

Scoreテーブル表示61では、各プロジェクトごとにScoreテーブルが作られ、プロジェクトごとのScoreテーブル表示61は上記の実施の形態と同様、各比較配列名におけるクオリティーバリューの一定値未満のその比較配列内における位置情報とクオリティーバリュー67が表示される。

0047

Disagreementテーブル表示60のbase positionとORFにおけるソーティング機能、Scoreテーブル表示61のbase positionとscore valueのソーティング機能は上記に記載された機能で果たすことができる。

0048

メニュー表示部10では、図1に示したように、File11、View12、Help13のいずれかを選択できる。File11では、CSVファイルへの変換保存機能プログラム終了機能とがある。

0049

View12では、図9及び図10に示したように、MAP表示部15で拡大・縮小にかかわらず常にMutationの位置に配列を表示するShow nucleotide機能90,100とMAP表示部15での各プロジェクトにおける比較配列名を常に表示するShow contig name機能91,101があり、テーブル表示部17のDisagreementテーブル表示60のクオリティーバリューが40以上のもののみを表示させるscore value>=40機能92がある。

0050

View12では、Information機能93をクリックすると図11に示したように、参照配列21の全配列長110、比較配列のプロジェクト名111、各プロジェクトの1以上の比較配列の合計した全配列長112、参照配列長からプロジェクトの1以上の比較配列を合計した全配列長を引いた配列長113、参照配列長に対するプロジェクトの1以上の比較配列を合計した全配列長のパーセント114が表示される。

0051

なお、Help13では、Version情報を見ることができる。

0052

この発明の配列比較表示方法に係る実施の形態において使用される参照配列と比較配列は、核酸配列でもタンパク質アミノ酸配列でもいずれも使用でき、相同性検索乃至相同性と類似した検索において核酸配列対核酸配列、タンパク質アミノ酸配列対タンパク質アミノ酸配列、核酸配列対タンパク質アミノ酸配列、タンパク質アミノ酸配列対核酸、核酸配列フレーム対核酸配列フレームのいずれの組み合わせによる検索であってもかまわない。

0053

これらの組み合わせで得られた情報が、この発明の配列比較表示方法に係る実施の形態で表示されるときの入力情報が最終的に核酸配列対核酸配列乃至タンパク質アミノ酸配列対タンパク質アミノ酸配列の比較情報であれば、同配列箇所と相違配列箇所が図面に示したように、MAP位置表示部やMAP表示部等の図表示の他、テーブル表示部によるテーブル表示、配列表示部による配列表示がなされる。

0054

また、配列検索情報は、配列に関して相同配列箇所と相違配列箇所の各種情報を提供するような図表示、テーブル表示、配列表示できるようにプログラミングされ、このプログラムは各種記録媒体に保存され、プログラム命令は配列が表示可能なコンピュータ装置で実行され、上記各種表示が実現される。

0055

図表示、テーブル表示、配列表示を実現するプログラム言語としては、OSに依存することなく動作させることが可能なJava(登録商標)言語が使用できる。Java(登録商標)言語を使用して上記各種表示方法をコーデイングしたプログラムを作製し、このプログラムを保存する記録媒体及びこのプログラム命令を実行し、図表示、テーブル表示、配列表示を実現できるコンピュータ装置を使用すれば、参照配列と比較配列との相同性乃至類似性度合い及び相同性の高い箇所、相違箇所の位置を一目で視覚化できる。

0056

この発明に係るプログラムを保存する記録媒体及び参照配列と比較配列において相同性検索乃至相同性検索と類似した検索をして得た情報を記録する記録媒体は、そのプログラム乃至検索して得た情報のそれぞれを保存できるメモリー容量をもつ記録媒体、例えばCD—ROM、光磁気デイスクハードデイスク等、或いはこれ以外のものであっても、メモリー容量を満たし保存と出力のできるものであれば使用することができる。

0057

この発明に係るプログラムと上記検索して得た情報を保存した記録媒体を使って配列比較をするためのシステムは、ごく一般に使用されている以下の実施例に示されるコンピュータの性能及び機能を有し、上記プログラムと上記検索して得た情報とを保存し処理できるものであり、以下の実施例に示した画面表示可能なコンピュータ装置であれば実現でき、その際上記条件を満たしておれば、どのようなコンピュータ機種を使用してもよく、以下の実施例に示したいずれのコンピュータ装置においても上記検索して得た情報をこの発明に係るプログラム命令実行した場合の表示方法で表示することができる。

0058

以上説明したように、この発明の配列比較表示方法に係る実施の形態によれば、ユーザーは、特定の参照配列に対して1以上の比較配列を相同性検索乃至相同性検索に類似する検索をして、出力乃至保存したファイルを使用して、この発明に係るプログラム命令を実行できる記録媒体と配列が表示可能なコンピュータ装置を使用することで、デイスプレイ上に図1に示したように、File11、View12、Help13等のメニュー表示部10、MAP位置表示部14とMAP表示部15等の図表示の他、配列表示部16により配列表示と、テーブル表示部17によりテーブル表示がなされ、相同性検索乃至類似の検索で得られた情報を一目で確認できる。

0059

そして、相同性検索乃至相同性検索に類似する検索で得られた情報の相同配列箇所と相違箇所を区別して表示されることにより、参照配列と比較配列との相同性乃至類似性の度合い及び相同性の高い箇所、相違箇所の位置を一目で確認できる。

0060

[実施例1]コンピュータはIBM(登録商標)互換PC、OSはWindows(登録商標)95及びWindows(登録商標)NT4.0以降(マイクロソフト社製)、CPUはPentium(登録商標)II 300MHz以上(インテル社製) 、メモリは64MB以上、ハードディスクは1GB以上、ディスプレイの解像度VGA以上で色数は256色以上。

0061

以上に記載した構成で、この発明に係るプログラム命令が実行でき、上記記載の表示方法が実現できた。

0062

[実施例2]コンピュータはMacintosh(登録商標)PC(アップル社製)、OSはMac(登録商標)OS X(アップル社製)、CPUはPowerPC G4(モトローラ社製)、メモリは64MB以上、ハードディスクは1GB以上、ディスプレイの解像度はVGA以上で色数は256色以上。

0063

以上に記載した構成で、この発明に係るプログラム命令が実行でき、上記記載の表示方法が実現できた。

0064

[実施例3]コンピュータはSun Enterprise 250(サンマクロシステムズ社製)又はAlphaServerES40(コンパック社製)、OSはSun(登録商標)Solaris 7以降(サンマイクロシステムズ社製)又はTru64 UNIX(登録商標) 4.0G以上(コンパック社製)、CPUはUltraSPARC IIs 400MHz(サンマイクロシステムズ社製)又はAlpha 21264(EV6)500MHz(コンパック社製)、メモリは64MB以上、ハードディスクは1GB以上、ディスプレイの解像度はVGA以上で色数は256色以上。

0065

以上に記載した構成で、この発明に係るプログラム命令が実行でき、上記記載の表示方法が実現できた。

発明の効果

0066

以上説明したように、請求項1に記載の発明によれば、特定の生体分子配列情報と該特定の生体分子配列情報と比較する他の生体分子配列情報とをディスプレイ等の表示装置にグラフィカルに表示する配列比較表示方法において、前記他の生体分子配列情報は前記特定の生体分子配列に対する相同性検索乃至類似の検索によって得られた情報であって、前記表示装置の同一画面上に前記特定の生体分子配列情報と他の生体分子配列情報とを図表示部、テーブル表示部、配列表示部によって表示するので、コンピュータ利用による相同性検索乃至相同性に類似する検索によって得られた配列検索情報を使って、相同性検索乃至類似の検索で得られた情報の相同配列箇所と相違箇所を区別して表示することにより、ユーザーが参照配列と比較配列との相同性乃至類似性の度合い及び相同性の高い箇所、相違箇所の位置が一目でわかるように視覚化できる。

0067

請求項2に記載の発明によれば、図表示部にて相同配列箇所と相違配列箇所とを区別して表示するので、請求項1の効果に加えて、相同配列箇所と相違配列箇所の区別がより容易に視覚化できる。

0068

請求項3に記載の発明によれば、図表示部にて特定の生体分子配列情報に対して相同性の最も高い1以上の他の生体分子配列情報を並列配置して表示するので、請求項1の効果に加えて、相同性乃至類似性の確認作業が容易になる。

0069

請求項4に記載の発明によれば、図表示部にて特定の生体分子配列情報に対して2回以上相同性検索乃至相同性検索に類似する検索を行って得られた1以上の相同性の最も高い配列情報を2以上のマルチプルアライメントに並列配置して表示するので、請求項3の効果に加えて、複数配列の相同性乃至類似性の確認作業が容易にできる。

0070

請求項5に記載の発明によれば、テーブル表示部にて図表示部の配列箇所とリンクして相違配列箇所の位置、相違のタイプ、クオリティーバリューを表示するとともに、該相違配列箇所が遺伝子のORF内か外に位置することを表示するので、請求項1の効果に加えて、相違配列箇所のシークエンシングした際の配列情報の品質値に基づいた信頼度の情報が有効に活用できる。

0071

請求項6に記載の発明によれば、配列表示部にて図表示部及びテーブル表示部とリンクして表示することができ、相違配列箇所の配列をアルファベット文字で表示するので、請求項1の効果に加えて、対応する塩基配列が表示できるのでユーザーの意思決定を促進することができる。

0072

請求項7に記載の発明によれば、請求項1に記載の配列比較表示方法をコーデイングされたプログラム命令を保存したコンピュータ装置にて読み取り可能な記録媒体としてので、コンピュータ装置があればユーザーが参照配列と比較配列との相同性乃至類似性の度合い及び相同性の高い箇所、相違箇所の位置が一目でわかるように視覚化できる。

0073

請求項8に記載の発明によれば、請求項1に記載の配列比較表示方法をコーデイングされたプログラム命令を実行するコンピュータ装置としたので、このコンピュータ装置を利用することで、ユーザーが参照配列と比較配列との相同性乃至類似性の度合い及び相同性の高い箇所、相違箇所の位置が一目でわかるように視覚化できる。

図面の簡単な説明

0074

図1この発明の実施の形態に従った配列比較表示を示す画面の説明図である。
図2同実施の形態のMAP表示部における画面の説明図である。
図3同実施の形態のMAP位置表示部でクリックされて表示されるポップアップメニューの説明図である。
図4同実施の形態に従ったMAP表示部で拡大したい範囲を指定した状態を示した説明図である。
図5同実施の形態に従ったMAP表示部で拡大された場合に表示されるMutationの相違配列を示した拡大図(一部のみ表示)である。
図6同実施の形態に従ったテーブル表示部のDisagreementテーブル表示を示した画面の説明図である。
図7同実施の形態に従ったテーブル表示部のScoreテーブル表示を示した画面の説明図である。
図8同実施の形態に従った特定の参照配列に対して2つのプロジェクトにおける各比較配列を相同性検索して得られた情報の場合の、MAP表示部とテーブル表示部との説明図である。
図9同実施の形態に従ったメニュー表示部のViewにおける画面表示の選択が行える画面を示した説明図である。
図10同実施の形態に従ったメニュー表示部のViewにおいてShow nucleotide、Show contig nameを選択して表示されるMAP表示部の説明図である。
図11同実施の形態に従ったメニュー表示部のInformationをクリックして表示される画面の説明図である。

--

0075

10メニュー表示部
14MAP位置表示部(図表示部)
15 MAP表示部(図表示部)
16配列表示部
17テーブル表示部
21参照配列(特定の生体分子配列情報)
22比較配列(他の生体分子配列情報)
60 Disagreementテーブル表示
61 Scoreテーブル表示

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